PROSITE logo

PROSITE entry PS50186


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry

Entry name [info] DEP
Accession [info] PS50186
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-DEC-2001 CREATED;
01-OCT-2013 DATA UPDATE;
27-MAR-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC50186
Associated ProRule [info] PRU00066

Name and characterization of the entry

Description [info] DEP domain profile.
Matrix / Profile [info] 
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=79;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=74;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.6291000; R2=0.0182936; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3902.0559082; R2=3.0149851; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=431; H_SCORE=5202; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=321; H_SCORE=4870; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; MM=1; M0=-1;

...
 
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='P';  M= -5,-12,-27, -9, -3,-12,-14,-16,-13,-12,-14,-11,-12, 21, -9,-15, -5, -5,-14,-24,-16, -7;
/M: SY='E';  M=-10,  4,-26,  8, 14,-19, -5, -7,-25,  3,-20,-16,  3,-13,  0,  2, -1, -9,-19,-26,-15,  7;
/M: SY='S';  M=  2, -2,-18, -3, -1,-16,-12, -3,-12, -7,-18,-11,  1,-13, -3, -9, 14,  8, -7,-29, -7, -3;
/M: SY='G';  M= -6,  5,-27,  3, -5,-28, 24, -9,-31, -4,-29,-18, 12,-10, -4, -5,  3,-10,-27,-27,-23, -5;
/M: SY='L';  M= -9,-26,-21,-29,-21,  4,-30,-19, 22,-20, 26, 17,-25,-26,-18,-17,-22, -8, 18,-18,  3,-21;
/M: SY='E';  M=  0,  1,-22,  1,  8,-24,-15,-10,-18,  3,-20,-13,  0, -3,  4, -1,  7,  4,-14,-28,-16,  5;
/M: SY='L';  M=-10,-18,-24,-18,-12, -2,-26,-18,  8,-15,  9,  3,-15,-16,-13, -8,-13, -7,  6,-23, -6,-14;
/M: SY='K';  M=-10, -6,-29, -2,  3,-21,-14, -9,-21, 13,-20,-11, -6, -1, -1, 10, -7, -9,-17,-22,-10, -1;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-25; IM=0;
/M: SY='B';  M= -7, 14,-16, 14,  2,-16, -8, -4,-15, -3,-16,-13, 12,  4, -3, -6,  4,  5,-15,-24,-13, -1; D=-5;
/I:         DM=-25;
/M: SY='R';  M=-12, -4,-19, -8, -5,-14,-17, -5,-13, 11,-11, -6,  4,-18,  0, 27, -7, -6, -9,-22, -9, -5; D=-5;
/I:         DM=-25;
/M: SY='K';  M= -9, -4,-21, -5, -2,-14,-19, -7,-10, 10, -9,  4, -5,-14,  0,  8, -5,  2, -6,-20, -4, -2; D=-5;
/I:         DM=-25;
/M: SY='W';  M= -9,-19,-30,-18,-10, -8,-17,-18,-15, -7,-16,-13,-16,-13, -8, -4, -8, -6,-14, 27,  0, -8;
/M: SY='L';  M=-10,-14,-26,-15,-10, -3,-11,-10, -3,-15,  6,  1,-12,-21,-11,-13,-15,-12, -6,-19, -4,-11;
/M: SY='K';  M= -9, -8,-26, -6, -3,-16,-15, -7,-16,  6, -7, -5, -7,-18, -3,  2, -9, -8,-13,-15, -6, -3;
/M: SY='I';  M=  0,-13,-24,-17,-11,-13,-16,-17,  2, -3, -9, -2, -7,-15, -8, -9, -1, -1,  1,-20, -4,-11;
/M: SY='T';  M= -4,-11,-19,-15,-10,-13,-23,-19, -3, -2, -8, -4, -8, -7, -9, -3,  2, 14,  3,-27,-11,-11;
/M: SY='I';  M= -4,-23,-13,-29,-23,  3,-29,-15, 17,-22,  8,  7,-18,-23,-19,-21,-12, -4, 15,-18,  5,-23;
/M: SY='P';  M= -3, -6,-30, -3,  9,-28,-16,-12,-22,  8,-26,-15, -5, 29,  3, -2, -2, -6,-23,-27,-21,  4;
/M: SY='N';  M=-10, 13,-22,  4, -1,-13,-11, 10,-15,  2,-19, -6, 22,-18,  1,  0,  2, -3,-19,-25, -1, -1;
/M: SY='T';  M=  6, -8, 10,-14,-12,-16,-17,-19,-11,-13,-13,-10, -6,-17, -9,-14, 12, 19,  0,-33,-16,-10;
/M: SY='F';  M=-17,-23,-11,-34,-27, 54,-27,-16,  0,-25,  7,  5,-15,-29,-31,-18,-17, -9,  0, -2, 18,-25;
/M: SY='T';  M= -4,-12,-18,-19,-16, -2,-22,-19,  9,-18,  1,  0, -5,-18,-14,-17,  4, 12,  7,-27, -7,-16;
/M: SY='G';  M=  0, -9,-29,-10,-19,-29, 64,-20,-38,-19,-29,-19,  0,-19,-19,-19,  1,-15,-28,-21,-29,-19;
/M: SY='S';  M=  3,  0,-20, -5, -2,-22, -5, -9,-18,  5,-22,-12,  7,-13,  2,  4,  9,  2,-13,-28,-16, -1;
/M: SY='D';  M= -2, 19,-18, 26, 17,-29,-13, -8,-25, -3,-20,-20,  5,-10,  0,-12,  2, -7,-19,-33,-19,  8;
/M: SY='I';  M=  3,-25,-20,-31,-23, -2,-26,-22, 25,-22, 19, 17,-22,-22,-17,-22,-15, -7, 20,-21, -5,-21;
/M: SY='V';  M=  0,-27,-16,-30,-27, -1,-28,-29, 25,-20,  7,  7,-26,-26,-25,-21,-10,  0, 34,-15, -6,-27;
/M: SY='D';  M=-12, 24,-28, 32, 18,-34, -2, -2,-33,  3,-27,-21, 14,-11,  8, -4,  3, -8,-28,-33,-19, 13;
/M: SY='W';  M=-20,-38,-41,-40,-30, 21,-22,-28,-17,-22,-15,-17,-36,-30,-24,-20,-36,-26,-24,121, 29,-22;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-21,-31,-22,  8,-31,-22, 24,-30, 45, 20,-29,-29,-20,-21,-28,-10, 14,-20,  0,-22;
/M: SY='M';  M=-10,-24,-22,-29,-20,  2,-27,-10, 21,-17, 20, 30,-22,-24, -8,-15,-19, -9, 14,-16,  6,-16;
/M: SY='D';  M=-11, 10,-16, 13,  7,-25,-18, -3,-22,  2,-20,-14,  4,-13,  0, -1,  1, -2,-16,-32,-13,  2;
/M: SY='N';  M=-12, 15, -5,  5,  1,-19,-13, 24,-22, -7,-20,-13, 26,-21, -1, -5, -1, -8,-25,-37,-10, -1;
/M: SY='V';  M= -5,-20,-16,-24,-18,  5,-24,-17, 11,-18, 10, 12,-17,-22,-14,-15, -6,  4, 13,-22, -3,-16;
/M: SY='E';  M= -4, -3,-23,  0, 10,-17,-16,-10,-15, -6,-17,-10, -5,  6,  0,-10,  5,  3,-13,-29,-16,  4;
/I:         I=-5; MI=0; IM=0; DM=-20; MD=-20;
/M: SY='I';  M= -4,-25,-18,-29,-23,  7,-27,-23, 21,-23, 17, 12,-21,-24,-21,-20,-12, -1, 21,-21, -2,-23;
/M: SY='P';  M= -8, -8,-27, -7,  1,-18,-21, -8,-11, -1, -8, -2, -9,  4,  0, -2, -8, -4,-12,-25,-12, -1;
/M: SY='D';  M=-10, 22,-24, 27, 20,-27,-13,  3,-28, -1,-24,-20, 13, -9,  4, -6,  8,  3,-23,-35,-16, 12;
/M: SY='R';  M=-15,-18,-30,-17, -8,-13,-23,-11,-13,  8, -8, -5,-12,-10, -3, 28,-15,-11,-10,-10, -8, -9;
/M: SY='R';  M=-10,  1,-25,  4,  3,-22,-19, -9,-16,  9,-16, -9, -1,-15,  2, 12, -3, -5, -9,-28,-12,  2;
/M: SY='E';  M= -7, 10,-28, 16, 34,-31,-18, -2,-28, 14,-22,-16,  2, -5, 18,  4, -1, -7,-25,-27,-16, 26;
/M: SY='A';  M= 31,-12,-13,-21,-13,-15, -2,-15, -5,-10, -4,  6,-11,-13, -8,-17,  3,  0,  1,-21,-15,-10;
/M: SY='R';  M= -9,-12,-24,-11,  4,-15,-23,-10, -5, -1, -2, -2,-11,-15,  3,  7, -8, -6, -3,-25,-11,  2;
/M: SY='K';  M= -1, -4,-21, -8, -1,-18,-17, -1,-14,  6,-13, -4, -1,-13,  0,  2,  0,  4,-10,-25, -8, -2;
/M: SY='F';  M=-14,-28,-23,-34,-26, 34,-32,-16, 17,-26, 19,  9,-23,-28,-25,-20,-22, -9, 10, -2, 23,-26;
/M: SY='A';  M= 27,-15,-18,-20,-16,-17, 11,-22,-13,-15,-11,-10,-12,-16,-15,-20,  1, -7, -4,-10,-17,-15;
/M: SY='Q';  M=  4,  1,-20,  1, 16,-27,-11,  2,-21, -1,-21,-12,  2, -9, 18, -4, 14,  3,-18,-29,-15, 16;
/M: SY='D';  M= -9,  0,-22,  2, -3, -6,-17,-10, -9, -9, -1, -4, -4,-19, -9, -8, -7, -6, -7,-25, -8, -6;
/M: SY='L';  M=-11,-28,-20,-32,-22, 16,-28,-16, 20,-25, 33, 27,-26,-27,-18,-18,-25, -9, 12,-17,  3,-20;
/M: SY='L';  M= -2,-26,-18,-30,-21,  3,-26,-19, 20,-23, 32, 21,-26,-26,-17,-19,-21, -8, 16,-21, -4,-19;
/M: SY='K';  M= -1,  9,-24,  6,  5,-25,-13, -7,-20, 16,-23,-13, 11,-12,  2,  7,  0, -5,-16,-27,-15,  3;
/M: SY='H';  M= -5, -5,-23, -7,  3,-12,-18, 17,-11, -8, -4,  2, -3,-16,  4, -7, -6, -5,-13,-23,  1,  2;
/M: SY='G';  M= -2,  0,-27, -3,-14,-27, 49,-13,-35,-13,-30,-20, 12,-19,-14,-14,  4,-13,-28,-25,-27,-14;
/M: SY='F';  M=-15,-27,-22,-29,-24, 34,-30, -8,  9,-22, 18,  7,-24,-30,-23,-17,-22, -9,  5,  4, 34,-24;
/M: SY='I';  M=-11,-30,-26,-37,-27, 11,-36,-26, 35,-30, 29, 18,-23,-24,-22,-26,-23,-10, 20,-17,  3,-27;
/M: SY='R';  M= -3,-11,-20,-13, -6, -8,-17,-11,-14,  6,-14, -8, -5,-17, -3, 15,  2,  1, -5,-22, -8, -5;
/M: SY='H';  M=-15, -9,-31, -5,  3,-17,-22, 34,-19, -7,-18, -7, -6,  9,  4, -7,-10,-13,-22,-21,  7, -1;
/M: SY='V';  M=  3,-18, -8,-23,-17, -8,-20,-22,  9,-18,  3,  4,-17,-20,-16,-19, -5,  1, 14,-26,-12,-17;
/I:         MD=-15;
/M: SY='N';  M= -6,  2,-15,  0, -5, -6,  4, -2,-12, -7, -8, -6,  5,-12, -3, -6, -3, -6,-13,-12, -4, -4; D=-3;
/I:         MD=-15;
/M: SY='G';  M= -1, -2,-15, -1, -2,-12,  1, -8,-10, -7, -8, -7, -1,  0, -6, -9, -3, -5, -9,-16,-12, -4; D=-3;
/I:         MD=-15;
/M: SY='K';  M= -4, -1,-13,  0, -1,-12, -4, -4, -9,  4, -9, -2, -1, -8,  2,  3, -1, -3, -6,-14, -7,  1; D=-3;
/I:         MD=-15;
/M: SY='G';  M= -3, -3,-15, -1,  2,-14,  3, -6,-16,  3,-15, -9,  0,  0,  0,  2,  2, -4,-12,-14,-11,  0; D=-3;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-14; IM=0; DM=-14;
/M: SY='D';  M= -6,  9,-13, 13, 10,-14, -8, -3,-14,  2,-10, -9,  3, -5,  2, -2,  1,  0,-11,-17, -8,  6; D=-3;
/I:         DM=-15;
/M: SY='K';  M= -8,  0,-19, -1, -5,-16,-19, -5, -6,  1,-10, -4,  0,-18, -5, -3, -5, -3,  1,-27, -9, -5; D=-3;
/I:         DM=-15;
/M: SY='N';  M= -6,  4,-22, -1,  1,-10, -9,  7,-19,  0,-19,-10, 12,-15,  3, -1,  2, -5,-19,-23, -6,  2; D=-3;
/I:         DM=-15;
/M: SY='K';  M=-11, -7,-27, -8,  3,-17,-22, -3,-17, 20,-15, -4, -6,-16,  7, 17,-10,-10,-12,-20, -6,  5;
/M: SY='Y';  M=-13,-20,-23,-24,-18, 11,-27, -6,  8,-15, 11,  6,-15,-26,-14, -7,-17, -9,  5,-12, 12,-17;
/M: SY='T';  M= -1,  2,-20,  0,  1,-24,-14,-10,-18, -5,-21,-13,  2,  5,  7, -8, 12, 15,-16,-30,-16,  3;
/M: SY='F';  M=-17,-29,-27,-35,-26, 44,-28,-20,  1,-21,  4, -1,-23,-28,-28,-17,-23,-13, -2, 29, 25,-25;
/M: SY='S';  M=  2, -5,-18, -8, -2,-18,-14,-12,-14,  3,-14, -6, -2,-13,  2, -1, 10, 10, -8,-28,-12,  0;
/M: SY='D';  M=-12, 21,-27, 23, 20,-28,-13, -1,-28,  9,-26,-20, 18, -4,  6,  4,  1, -4,-27,-33,-18, 12;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-20; IM=0;
/M: SY='Q';  M= -2,  1,-19,  1,  3,-21, -2,  1,-17,  0,-17, -9,  4,-12,  8,  0,  4, -4,-14,-22,-12,  5; D=-5;
/I:         DM=-20;
/M: SY='C';  M=  4, -9, 18,-15,-11,-16,-16,-16,-20, -7,-18,-14, -6,-20,-10, -6,  8,  8, -8,-30,-14,-11;
/M: SY='Y';  M= -9,-24,-24,-29,-23, 31,-28, -7,  8,-20,  7,  3,-19,-26,-20,-18,-17, -9,  2,  7, 36,-23;
/M: SY='Y';  M=-20,-22,-28,-24,-22, 40,-30, 12,  0,-14,  2,  0,-20,-30,-16,-12,-20,-10, -8, 26, 70,-22;
/M: SY='M';  M= -5,-17,-20,-20,-13, -7,-24,-12,  4, -7,  5,  7,-15,-21, -4,  0, -9,  0,  6,-21, -3,-10;
/M: SY='F';  M=-16,-28,-21,-36,-27, 51,-29,-21,  5,-27, 12,  4,-21,-28,-31,-20,-19, -7,  3,  8, 20,-26;
/M: SY='G';  M=  5, -8,-21,-11,-10,-22, 12,-13,-16,-11,-17, -5, -3,-10, -4,-13,  5, -3,-12,-25,-19, -7;
/M: SY='D';  M=-11, 16,-28, 21, 13,-30,-10, -6,-29, 11,-26,-18,  9, -5,  5,  2,  0, -3,-24,-30,-17,  9;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_02 which contains 571'282 sequence entries.


Total number of hits 110 in 103 different sequences
Number of true positive hits 109 in 102 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 1
Number of false negative sequences 4
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 99.09 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 96.46 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 2
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] DEP
Version [info] 4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences		 102 sequences 

DEP1A_DANRE (Q803Q4), DEP1A_HUMAN (Q5TB30), DEP1A_MOUSE (Q8CIG0), 

DEP1A_XENLA (Q6ING4), DEP1B_HUMAN (Q8WUY9), DEP1B_MACFA (Q4R623), 
DEP1B_MOUSE (Q8BH88), DEPD4_HUMAN (Q8N2C3), DEPD5_HUMAN (O75140), 
DEPD5_MOUSE (P61460), DEPD7_DANRE (Q1JQ19), DEPD7_HUMAN (Q96QD5), 
DEPD7_MACFA (Q95JW3), DEPD7_MOUSE (Q91WS7), DEPD7_PONAB (Q5R8B7), 
DEPD7_RAT   (Q4QR86), DPTOR_HUMAN (Q8TB45), DPTOR_MOUSE (Q570Y9), 
DSH_DROME   (P51140), DVL1_HUMAN  (O14640), DVL1_MOUSE  (P51141), 
DVL1_PANTR  (Q5IS48), DVL1_RAT(Q9WVB9), DVL2_HUMAN  (O14641), 
DVL2_MOUSE  (Q60838), DVL2_XENLA  (P51142), DVL2_XENTR  (Q05AS8), 
DVL3_HUMAN  (Q92997), DVL3_MOUSE  (Q61062), DVL3_XENLA  (Q6DKE2), 
DVL3_XENTR  (B1WAP7), DVLP1_HUMAN (P54792), EGL10_CAEEL (P49809), 
FLBA_EMENI  (P38093), FYV1_DROME  (O96838), FYV1_HUMAN  (Q9Y2I7), 
FYV1_MOUSE  (Q9Z1T6), GBPC_DICDI  (Q8MVR1), GEFQ_DICDI  (Q86G47), 
IML1_ASPCL  (A1CEE0), IML1_ASPFU  (Q4WHH4), IML1_ASPOR  (Q2UMR9), 
IML1_ASPTN  (Q0CHV5), IML1_CANAL  (Q5AIA4), IML1_CANGA  (Q6FK84), 
IML1_CHAGB  (Q2H0S0), IML1_COCIM  (Q1E9Q9), IML1_CRYNB  (P0CO33), 
IML1_CRYNJ  (P0CO32), IML1_DEBHA  (Q6BN00), IML1_EMENI  (Q5AW24), 
IML1_EREGS  (Q75DV2), IML1_KLULA  (Q6CWI2), IML1_NEOFI  (A1DFV9), 
IML1_NEUCR  (Q7S9J6), IML1_PICST  (A3LRB2), IML1_PYRO7  (A4R596), 
IML1_SCHPO  (O74788), IML1_USTMA  (Q4PE51), IML1_YARLI  (Q6CAP3), 
IML1_YEAST  (P47170), LET99_CAEEL (Q21341), LYCHS_HUMAN (Q7Z3F1), 
LYCHS_MOUSE (A2AWR3), LYCHS_PONAB (Q5R9A7), MIG5_CAEEL  (Q22227), 
PLEK2_HUMAN (Q9NYT0), PLEK2_MOUSE (Q9WV52), PLEK_CANLF  (Q6Q308), 
PLEK_HUMAN  (P08567), PLEK_MOUSE  (Q9JHK5), PLEK_RAT(Q4KM33), 
PREX1_HUMAN (Q8TCU6), PREX1_MOUSE (Q69ZK0), PREX2_HUMAN (Q70Z35), 
PREX2_MOUSE (Q3LAC4), RGA8_SCHPO  (Q09697), RGD2_YEAST  (P43556), 
RGS11_HUMAN (O94810), RGS11_MOUSE (Q9Z2H1), RGS1_SCHPO  (Q09777), 
RGS6_HUMAN  (P49758), RGS6_MOUSE  (Q9Z2H2), RGS7_BOVIN  (O46470), 
RGS7_HUMAN  (P49802), RGS7_MOUSE  (O54829), RGS7_RAT(P49803), 
RGS9_BOVIN  (O46469), RGS9_HUMAN  (O75916), RGS9_MOUSE  (O54828), 
RGS9_RAT(P49805), RGS9_TAMST  (Q80ZD1), ROCO8_DICDI (Q54M77), 
RPGF1_CAEEL (P34578), RPGF3_HUMAN (O95398), RPGF3_MOUSE (Q8VCC8), 
RPGF3_RAT   (Q9Z1C8), RPGF4_HUMAN (Q8WZA2), RPGF4_MOUSE (Q9EQZ6), 
RPGF5_MOUSE (Q8C0Q9), SST2_YEAST  (P11972), Y9099_DICDI (Q54XA2)
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences		 4 sequences 

DEP1B_CHICK (Q5ZLD2), DEPD7_XENLA (Q6AZT6), DEPD7_XENTR (Q0VGW0), 

TOE2_CAEEL  (H2KZH5)
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False positive sequences		 1 sequence 

FMN2_HUMAN  (Q9NZ56)


				
	

	

		PDB
[Detailed view]		
		
			39 PDB
			


			1FSH; 1O7F; 1UHW; 1V3F; 1W4M; 2BYV; 2CSO; 2PBI; 2YSR; 3ML6; 4F7Z; 5LNP; 
			
				5SUY; 5SUZ; 6CES; 6CET; 6H7E; 6N9G; 6PCV; 6VSK; 7DKL; 7EWP; 7EWR; 7OWG; 
				7PE7; 7PE8; 7PE9; 7PEA; 7PEB; 7PEC; 7PED; 7RX9; 7SHF; 7T3A; 7T3B; 7T3C; 
				8ADL; 8AE6; 8FW5
			
			

			» more