PROSITE entry PS50245

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	CAP_GLY_2
Accession [info]	PS50245
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2001 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00660
Associated ProRule [info]	PRU00045

Name and characterization of the entry

Description [info]

CAP-Gly domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=44;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=40;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.3912000; R2=0.0139045; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2675.9406738; R2=1.5437037; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=584; H_SCORE=3577; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=440; H_SCORE=3355; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='G';  M= -3,-10,-30,-10,-17,-28, 54,-17,-38,-11,-28,-18,  0,-20,-15, -4, -2,-18,-28,-20,-27,-17;
/M: SY='P';  M=  3, -9,-24, -6,  9,-22,-18,-16,-13, -6,-16,-13,-12, 20, -5,-13,  0,  0,-10,-28,-20,  1;
/M: SY='V';  M= -3,-16,-16,-18,-10, -8,-27,-22, 13,-14,  1,  1,-16,-18,-15,-16, -2,  9, 21,-29,-10,-13;
/M: SY='E';  M=-10,  8,-28, 15, 22,-30,-15, 11,-27, -1,-25,-16,  3,  5, 13, -5,  4, -6,-27,-32,-14, 16;
/M: SY='F';  M= -9,-11,-23,-16,-15,  8, -8,-16,-10,-18, -3, -7, -4, -7,-19,-16, -7, -1,-11,-19, -6,-17;
/M: SY='K';  M= -1, -9,-25,-10, -3,-24, -3,-12,-20, 13,-19, -8, -5,-16,  3, 12, -5, -9,-11,-21,-15, -1;
/M: SY='P';  M=  6, -1,-27,  1,  3,-29,-13,-14,-23,  8,-24,-16, -6, 19, -3, -5, -3, -7,-19,-26,-20, -2;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='M';  M= -3,-21,-23,-26,-19, -1,-23,-10, 13,-14,  5, 18,-20, -7,-11,-17,-14, -7,  8,-14,  6,-17;
/M: SY='W';  M=-20,-34,-38,-37,-29, 34,-24,-20,-11,-22, -8,-11,-31,-30,-24,-19,-31,-21,-18, 91, 37,-23;
/M: SY='V';  M=  1,-24,  3,-28,-24, -1,-27,-21, 12,-21,  8,  4,-23,-27,-22,-21,-12, -5, 18,-21, -1,-24;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='I';  M= -6,-30,-20,-34,-29,  1,-34,-29, 37,-26, 20, 16,-26,-26,-24,-24,-17, -6, 35,-24, -4,-29;
/M: SY='E';  M=-12, 14,-30, 24, 47,-33,-18,  2,-30,  8,-22,-18,  3, -3, 24,  0,  0,-10,-30,-30,-18, 35;
/M: SY='L';  M=-13,-30,-26,-30,-21, 13,-29,-14, 11,-25, 32, 11,-30,-30,-18,-18,-30,-13,  1, 12, 18,-20;
/M: SY='D';  M=-16, 14,-26, 25,  2,-18,-19, -9,-13,-13,  6, -8, -2,-19, -9,-14,-13,-10,-12,-31,-11, -3;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='E';  M=  9,  6,-20,  2, 16,-23,-11, -8,-20,  5,-18,-15,  5, -8,  3, -3,  6,  2,-16,-27,-18, 10;
/M: SY='P';  M=-10, -6,-35, -1,  9,-28,-17,-12,-21, -6,-29,-20, -5, 60, -4,-14, -5, -8,-30,-32,-27, -1;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='L';  M=-12,-13,-22,-21,-16,  8,-25,-14,  5,-15, 11,  3, -6,-23,-15, -5,-12, -1,  0,-20, -1,-16;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='H';  M=-15, 22,-25, 11,  0,-20, -9, 51,-25, -5,-25,-11, 37,-20,  5,  0,  1, -9,-30,-35, -2,  0;
/M: SY='D';  M=-20, 41,-30, 58, 17,-37,-11,  0,-39,  4,-29,-27, 17,-11,  1,  2, -1,-10,-29,-37,-19,  9;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='S';  M=  4, -8,-12,-11, -9,-12,-11,-13, -4,-11,-13,  0, -3,-15, -6,-11, 19, 16,  4,-34,-14, -8;
/M: SY='F';  M= -3,-23,-16,-28,-23, 19,-25, -8,  8,-20,  3,  3,-19,-26,-25,-17,-11, -6, 18,-17,  5,-23;
/M: SY='K';  M=-11, 11,-27, 11, 14,-27,-16,  0,-21, 16,-20, -3,  7,-11, 14,  7, -5, -9,-21,-27,-13, 14;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='T';  M= -6,-13,-18,-18,-13,-11,-25,-19,  2,  0, -5, -1,-10,-18,-11,  3, -2, 11, 11,-26, -9,-13;
/M: SY='R';  M= -9, -6,-24, -4,  9,-23,-18, -6,-19, 15,-19, -9, -3,-14, 11, 22,  0, -4,-12,-26,-13,  8;
/M: SY='Y';  M=-20,-22,-28,-23,-22, 39,-30, 13,  0,-13,  2,  0,-20,-30,-15,-12,-20,-10, -8, 27, 71,-22;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='Q';  M=-11,  4,-30,  6, 17,-30,-22, -4,-17, 14,-18, -7,  0,-10, 20,  6, -6,-10,-18,-24,-12, 18;
/M: SY='C';  M=  2,-14, 44,-24,-21,-15,-24,-26,-11,-21,-11,-11,-13,-24,-20,-23,  1,  9, -1,-36,-19,-21;
/M: SY='K';  M=-11,  3,-29,  7, 13,-27,-19, -9,-27, 16,-24,-16, -1,  7,  4, 12, -3, -1,-22,-27,-16,  7;
/I:         I=-4; MD=-19;
/M: SY='H';  M= -9, -1,-14, -4, -6,  0,-11, 16, -5, -7, -1,  0,  3,-14, -3, -4, -7, -6, -9, -8, 12, -6; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='P';  M=-10,-13,-36, -6,  6,-28, -9,-14,-26, -1,-27,-18,-11, 44, -3, -2, -7,-11,-28,-27,-25, -2;
/M: SY='Y';  M=-11,-11,-26,-12, -4, -6,-24, -2, -9,  6, -4, -1,-11,-19,  4,  2,-10, -2,-11, -8, 16, -1;
/M: SY='H';  M= -8, -4,-24, -5, -3,-17, -6, 24,-21, -8,-19, -7,  2,-17,  8, -5,  4, -1,-20,-21,  5,  0;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='I';  M= -6,-21,-23,-25,-20, -5,-10,-19, 13,-23, 13, 12,-15,-21,-15,-20,-11, -8,  6,-23, -8,-19;
/M: SY='F';  M=-18,-28,-20,-38,-28, 66,-28,-17,  3,-27, 12, 10,-20,-28,-33,-18,-20,-10,  2,  5, 25,-27;
/M: SY='V';  M=  3,-26,  0,-31,-27, -5,-29,-29, 23,-23,  6,  6,-23,-25,-24,-24,-10, -4, 30,-28,-11,-27;
/M: SY='R';  M=-14,-10,-33, -7,  4,-27,-20, -6,-26, 18,-24,-11, -6, 15, 12, 30, -8,-10,-24,-23,-16,  4;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_06 which contains 572'619 sequence entries.

Total number of hits	77 in 55 different sequences
Number of true positive hits	77 in 55 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	3
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann, CJA_Sigrist
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	CAP-Gly
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

55 sequences

ALP11_SCHPO (Q10235), BIK1_YEAST  (P11709), CE350_HUMAN (Q5VT06),

CE350_MOUSE (E9Q309), CL190_DROME (Q9VJE5), CLIP1_CHICK (O42184), 
CLIP1_HUMAN (P30622), CLIP1_MOUSE (Q922J3), CLIP1_RAT   (Q9JK25), 
CLIP2_HUMAN (Q9UDT6), CLIP2_MOUSE (Q9Z0H8), CLIP2_RAT   (O55156), 
CLIP3_HUMAN (Q96DZ5), CLIP3_MOUSE (B9EHT4), CLIP3_PONAB (Q5R686), 
CLIP3_XENLA (Q5U243), CLIP4_HUMAN (Q8N3C7), CLIP4_MOUSE (Q8CI96), 
CLIP4_RAT   (Q66HD5), CLP1H_CAEEL (P34531), CYLD_BOVIN  (Q1RMU2), 
CYLD_HUMAN  (Q9NQC7), CYLD_MOUSE  (Q80TQ2), CYLD_PONAB  (Q5RED8), 
CYLD_RAT(Q66H62), DCTN1_CHICK (P35458), DCTN1_DROME (P13496), 
DCTN1_HUMAN (Q14203), DCTN1_MOUSE (O08788), DCTN1_PIG   (A0A287B8J2), 
DCTN1_RAT   (P28023), DCTN1_XENLA (Q6PCJ1), DYNA_NEUCR  (Q01397), 
KI13B_HUMAN (Q9NQT8), NIP80_YEAST (P33420), PAC2_YEAST  (P39937), 
SSM4_SCHPO  (O42667), TBCB_ARATH  (Q67Z52), TBCB_BOVIN  (Q5E951), 
TBCB_CAEEL  (Q20728), TBCB_DICDI  (Q54Z01), TBCB_HUMAN  (Q99426), 
TBCB_MOUSE  (Q9D1E6), TBCB_YEAST  (P53904), TBCE_ARATH  (Q8GRL7), 
TBCE_BOVIN  (Q32KS0), TBCE_DANRE  (Q5U378), TBCE_DICDI  (Q55CN0), 
TBCE_DROME  (A1Z6J5), TBCE_HUMAN  (Q15813), TBCE_MOUSE  (Q8CIV8), 
TBCE_PONAB  (Q5RBD9), TBCE_RAT(Q5FVQ9), TBCE_XENLA  (Q5U508), 
TIP1_SCHPO  (P79065)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

44 PDB

1IXD; 1LPL; 1TOV; 1TXQ; 1WHG; 1WHH; 1WHJ; 1WHK; 1WHL; 1WHM; 2COW; 2COY; 2COZ; 2CP0; 2CP2; 2CP3; 2CP5; 2CP6; 2CP7; 2E3H; 2E3I; 2E4H; 2HKN; 2HKQ; 2HL3; 2HL5; 2HQH; 2M02; 2MPX; 2QK0; 2Z0W; 3E2U; 3RDV; 3TQ7; 6FC5; 6FC6; 6ZNL; 7OWC; 7OWD; 7Z8F; 8PQW; 8PQZ; 8PR0; 8PTK
» more