PROSITE entry PS50252
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | TBOX_3 |
| Accession [info] | PS50252 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-DEC-2001 CREATED;
01-OCT-2013 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC00972 |
| Associated ProRule [info] | PRU00201 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | T-box domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=180; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=175; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.3213; R2=0.01478616; TEXT='NScore'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=554; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=418; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='L'; M= -8,-21,-21,-19, -6, 0,-21,-16, 7,-22, 30, 9,-21,-23,-12,-16,-19, -8, 1,-23, -6, -9; /M: SY='E'; M= -5, 3,-14, 4, 8,-23,-18, 4,-16, -7,-15,-10, 1,-13, 2,-10, 0, -4,-13,-31,-12, 4; /M: SY='N'; M= -8, 23,-22, 19, 5,-25, -5, -2,-24, -2,-24,-18, 24,-13, 3, -5, 9, 7,-23,-34,-18, 4; /M: SY='R'; M= -9, 3,-25, 6, 9,-27,-15, -4,-25, 16,-24,-11, 3,-12, 13, 18, 3, -4,-18,-27,-14, 10; /M: SY='E'; M= -9, 13,-29, 19, 26,-30,-14, -5,-28, 9,-25,-20, 5, 6, 6, -1, -1, -6,-26,-31,-20, 15; /M: SY='L'; M= -9,-24,-21,-24,-13, -1,-28,-15, 13,-21, 31, 15,-24,-26, -6,-14,-22, -9, 7,-21, -3,-10; /M: SY='W'; M=-20,-39,-46,-40,-30, 19,-21,-29,-17,-21,-16,-17,-37,-30,-23,-20,-37,-27,-26,132, 30,-21; /M: SY='B'; M= -3, 9,-23, 7, 5,-25,-12, -3,-20, 6,-18,-10, 9,-14, 9, 5, 2, -4,-18,-28,-14, 7; /M: SY='K'; M= -9, -7,-26, -7, 6,-21,-21, -8,-14, 15,-10, -3, -5,-14, 12, 11, -7, -5,-13,-22, -9, 8; /M: SY='F'; M=-18,-29,-10,-38,-29, 66,-30,-21, 0,-30, 12, 1,-21,-31,-37,-21,-20,-10, 0, 3, 23,-29; /M: SY='H'; M=-14, -4,-22, -7, -5,-13,-20, 54,-17,-13,-14, -1, 6,-20, 2, -6, -5,-12,-18,-29, 9, -5; /M: SY='E'; M= -4, 1,-28, 3, 14,-26, -7, -5,-25, 3,-22,-15, 1, 2, 8, 0, 1, -8,-24,-25,-15, 10; /M: SY='L'; M=-11,-13,-16,-13,-11, -6,-27, -7, 7,-19, 10, 4,-14,-22,-12,-18,-16,-10, 2,-23, 1,-13; /M: SY='G'; M= -6, -6,-27, -7,-13,-23, 20, -7,-20,-13,-18,-10, -1,-18,-11,-14, -2, -9,-15,-24,-16,-13; /I: I=-6; MD=-33; /M: SY='T'; M= -4, 8,-13, -3, -8,-10,-13, -7, -8, -6,-11, -3, 14,-13, -5, -6, 10, 24, -7,-28,-10, -6; D=-6; /I: I=-6; MI=-33; IM=-33; DM=-33; /M: SY='E'; M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20, 0,-30, 10,-20,-20, 0, 0, 20, 0, 0,-10,-30,-30,-20, 40; /M: SY='M'; M= -9,-19,-20,-27,-16, -4,-21, -2, 16, -9, 15, 49,-19,-20, 4, -9,-17, -9, 9,-21, -2, -6; /M: SY='I'; M= -6,-27,-21,-33,-27, -1,-33,-27, 36,-24, 15, 18,-22,-22,-21,-23,-14, -2, 31,-24, -4,-26; /M: SY='V'; M= -4,-30,-17,-34,-30, 0,-34,-30, 37,-24, 14, 14,-26,-26,-26,-24,-14, -4, 43,-26, -6,-30; /M: SY='T'; M= -3, -7,-13,-15,-15, 2,-23,-18, -4,-13, -5, -6, -6,-15,-15,-12, 10, 35, 4,-22, 1,-15; /M: SY='K'; M=-10, 5,-27, 1, 5,-25,-17, -7,-24, 35,-27,-11, 9,-14, 6, 25, -6, -8,-18,-24,-12, 5; /M: SY='N'; M= 1, 14,-18, 10, 3,-23, -5, -4,-22, 3,-28,-18, 21,-13, 2, -2, 18, 6,-18,-35,-18, 3; /M: SY='G'; M= -2, -9,-17, -9,-12,-29, 52,-19,-38,-18,-28,-20, -2,-20,-17,-19, -1,-18,-28,-24,-29,-14; /M: SY='R'; M=-19,-11,-18,-12, -2,-20,-21, -2,-30, 25,-20,-11, -2,-22, 7, 62,-10,-10,-19,-22,-12, -2; /M: SY='R'; M=-16,-10,-28,-10, -1,-20,-21, -5,-23, 28,-18, -8, -3,-19, 7, 52,-10, -9,-13,-21,-10, -1; /M: SY='M'; M=-11,-25,-22,-33,-23, 11,-26,-11, 23,-20, 25, 39,-22,-23,-12,-16,-22,-10, 12,-17, 3,-18; /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20, 0,-30, 10, 0,-20,-30,-40,-20,-20,-10, 0, 10, 30,-30; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='T'; M= 3,-10,-16,-14, -9,-11,-17,-17, -6, -3, -5, -4, -9,-16, -7, -7, 2, 11, 1,-24,-10, -8; /M: SY='L'; M= -5,-25, -8,-27,-19, 2,-26,-19, 8,-23, 20, 7,-25,-16,-20,-20,-19, -8, 6,-21, -2,-20; /M: SY='K'; M= -3, 0,-25, 0, 12,-26,-15, 1,-26, 20,-25,-12, 2,-10, 9, 16, 3, -4,-19,-26,-12, 10; /M: SY='F'; M=-12,-26,-21,-30,-25, 29,-30,-11, 13,-21, 11, 6,-23,-29,-24,-18,-18, -7, 12, 0, 29,-25; /M: SY='N'; M= -4, 5,-20, 0, 3,-20,-13, -8,-16, 7,-21,-12, 12,-13, 1, 4, 9, 6,-12,-31,-14, 1; /M: SY='V'; M= -1,-29,-14,-32,-28, 5,-30,-28, 28,-22, 14, 11,-27,-28,-28,-21,-13, -3, 38,-25, -6,-28; /M: SY='S'; M= 0, -6,-16, -9, -4,-11,-14, -3,-15, -7,-12, -9, 0,-15, -4, -1, 12, 12, -9,-29, -9, -4; /M: SY='G'; M= -1, -3,-29, -6,-17,-29, 60,-16,-37,-17,-30,-20, 8,-20,-17,-17, 1,-17,-30,-23,-29,-17; /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-21, 9,-30,-20, 21,-29, 46, 22,-29,-29,-19,-20,-29,-10, 12,-20, 0,-20; /M: SY='D'; M=-15, 28,-27, 38, 15,-30,-15, -1,-25, -2,-21,-20, 13,-12, 1, -9, 0, -6,-19,-36,-17, 8; /M: SY='P'; M= -1,-14,-30, -9, 1,-25,-16,-18,-18, -6,-24,-16,-13, 49, -7,-15, -1, -2,-21,-29,-24, -6; /M: SY='B'; M= -5, 12,-23, 10, 0,-15,-14, 2,-17, -2,-17,-11, 10,-16, -4, -6, -1, -4,-15,-26, -6, -3; /M: SY='A'; M= 9, -7, -4,-10, -5,-21,-14,-16,-17, 6,-15,-10, -7,-15, -5, -3, 0, -2, -8,-27,-16, -5; /M: SY='L'; M=-11,-16,-11,-18,-12, -6,-24, -9, 0, -9, 14, 11,-15,-24, -8, -5,-18, -9, -3,-24, -6,-10; /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20, 0,-10, 0, 0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20; /M: SY='S'; M= 4, -9, -1,-13,-10,-12,-14,-14,-10, -8,-13, -7, -4,-18, -9,-11, 9, 6, -3,-29,-12,-10; /M: SY='M'; M= -3,-25,-17,-31,-24, 8,-26,-18, 22,-19, 16, 25,-23,-24,-18,-18,-15, -6, 22,-20, -1,-21; /M: SY='L'; M= -7,-20,-12,-22,-14, 0,-17,-16, 5,-20, 12, 11,-17,-23,-14,-17,-12, -7, 4,-24, -7,-14; /M: SY='L'; M= -9,-28,-19,-32,-24, 11,-29,-19, 23,-25, 31, 23,-26,-27,-20,-19,-23, -8, 19,-19, 1,-22; /M: SY='D'; M=-18, 19,-17, 27, 12,-30,-17, 24,-34, -1,-24,-17, 9,-15, 5, 1, -5,-13,-27,-34, -9, 7; /M: SY='F'; M=-13,-29,-21,-36,-27, 33,-31,-20, 19,-26, 20, 17,-23,-27,-26,-21,-20, -9, 15,-10, 10,-26; /M: SY='V'; M= -2, -2,-20, 1, -6,-17,-21,-17, 2,-11, -6, -5, -9,-18,-11,-16, -4, -3, 11,-30,-13, -9; /M: SY='P'; M= -2,-16,-24,-13, -5,-22,-19,-18,-12, -6,-16,-11,-15, 33, -9,-13, -7, -7,-13,-28,-21, -9; /M: SY='V'; M= 6,-14,-15,-16,-15, -7,-20,-20, 5,-15, 4, 0,-14,-20,-16,-15, -3, 3, 13,-26,-10,-16; /M: SY='D'; M=-13, 37,-25, 48, 14,-34, -4, -1,-34, -2,-30,-26, 21,-11, 0, -9, 8, -4,-27,-39,-20, 7; /M: SY='D'; M= -6, 22,-25, 25, 9,-28, -6, -3,-26, -1,-26,-20, 18, -1, -1, -8, 6, -4,-24,-35,-20, 3; /M: SY='H'; M=-13, -6,-17,-10, -6, -4,-21, 22,-20, 2,-15, -6, -1,-21, -3, 3, -9,-11,-17,-18, 10, -6; /M: SY='R'; M=-17, -7,-28, -8, 1,-21,-20, 0,-28, 29,-21,-10, 0,-18, 8, 55, -8, -5,-19,-21, -9, 1; /M: SY='Y'; M=-19,-20,-30,-21,-18, 28,-26, -3, -6,-16, -1, -4,-20,-27,-14,-13,-21,-13,-12, 32, 41,-16; /M: SY='K'; M=-11, -2,-28, -1, 12,-28,-18, -5,-28, 33,-26,-11, 1,-12, 15, 31, -4, -8,-21,-22,-12, 12; /M: SY='F'; M=-20,-27,-27,-32,-26, 53,-29, -5, -2,-21, 3, -2,-22,-30,-26,-16,-22,-12, -7, 31, 50,-25; /M: SY='N'; M= -2, 7,-17, 1, -5,-18,-12, 2,-12, -8,-18,-11, 13,-18, -2, -8, 5, 0,-11,-27,-12, -4; /M: SY='N'; M=-12, 9,-26, 4, -3,-16, -1, 8,-26, 4,-24,-14, 17,-19, -2, 6, -2, -9,-24,-24, -6, -4; /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='G'; M= -2, 2,-25, 3, 1,-28, 19, -9,-30, -3,-28,-18, 8,-11, 0, -6, 9, -6,-24,-28,-22, 1; /M: SY='Q'; M= -8, 2,-24, 4, 19,-30,-18, -1,-26, 18,-23,-11, 2,-10, 23, 16, -1, -8,-24,-25,-14, 21; /M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20; /M: SY='V'; M= -2,-18,-18,-22,-13, -7,-25,-18, 14,-15, 7, 11,-16,-19,-10,-16, -7, 2, 16,-25, -8,-12; /M: SY='P'; M= -4,-10,-23, -8, 2,-18,-21,-16, -4, -6,-13, -9,-10, 8, -8,-12, -3, -1, 0,-30,-18, -5; /M: SY='A'; M= 11, -7, -1,-14,-13,-14, -2,-15,-16,-13,-16,-13, -4,-17,-12,-16, 10, 10, -8,-24, -9,-13; /M: SY='G'; M= -5, -2,-28, 2,-11,-27, 35,-16,-30,-12,-21,-16, -1,-19,-15,-14, -4,-15,-21,-24,-23,-13; /M: SY='K'; M= -7, 1,-25, -1, 5,-25,-17,-10,-24, 31,-27,-11, 4, -9, 5, 19, -2, -1,-16,-25,-12, 5; /M: SY='A'; M= 18,-12,-19,-15, -8,-21, -5,-18,-12, -9,-15,-10,-10, 5, -7,-14, 5, 2, -6,-24,-19, -9; /M: SY='E'; M=-10, 14,-27, 23, 32,-30,-17, -3,-26, 6,-22,-18, 3, -7, 12, -2, 2, -6,-21,-32,-18, 22; /M: SY='P'; M=-10, -4,-31, -4, -1,-19,-14, -8,-20, 2,-26,-15, 2, 28, -6, -5, -5, -8,-24,-27,-17, -6; /M: SY='H'; M= -8, -2,-15, -3, 6,-23,-19, 18,-22, 2,-19, -8, 0,-10, 7, 0, -2, -6,-19,-29, -7, 5; /I: I=-6; MD=-29; /M: SY='M'; M= -8,-12,-25,-11, -3,-15,-22,-11, -2, -4, -2, 7,-13, 0, -1, -6,-11, -7, -4,-24,-11, -3; D=-6; /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; /M: SY='P'; M= -8,-10,-28, -4, 5,-16,-14,-13,-17, -6,-18,-14,-11, 38, -6,-12, -6, -8,-21,-22,-18, -2; D=-6; /I: I=-6; DM=-29; /M: SY='P'; M= -2, -1,-17, -1, -1,-24, -4,-11,-22, 2,-26,-16, 4, 7, -2, -5, 7, 0,-19,-29,-19, -2; D=-6; /I: I=-6; DM=-29; /M: SY='R'; M=-12, -7,-17, -6, 4,-23,-19, -8,-27, 17,-23,-13, -3, -6, 4, 28, -3, -3,-19,-26,-15, 2; /M: SY='V'; M= -5,-18,-13,-23,-18, 4,-24,-18, 6,-10, 3, 7,-16,-22,-16,-11, -7, 2, 12,-21, -2,-17; /M: SY='Y'; M=-11,-21,-24,-24,-21, 26,-26, 2, 4,-16, 3, 2,-18,-26,-16,-15,-14, -7, -1, 7, 41,-20; /M: SY='I'; M= -7,-26,-14,-29,-21, -1,-29,-23, 17,-21, 9, 9,-25,-25,-19,-20,-18, -9, 16, -5, -2,-21; /M: SY='H'; M=-17, -2,-29, -3, -2,-19,-20, 84,-24,-11,-18, 0, 8,-19, 7, -3, -7,-17,-25,-30, 16, -2; /M: SY='P'; M= -5,-17,-33,-11, -2,-25,-18,-13,-17,-11,-22,-15,-16, 60, -9,-18, -6, -6,-23,-29,-24, -9; /M: SY='D'; M= -9, 29,-25, 38, 11,-32, -4, -3,-30, -3,-24,-19, 14,-12, 1,-10, 4, -7,-23,-35,-19, 6; /M: SY='S'; M= 2, -4,-15, -5, -2,-21, 5,-13,-20, -9,-24,-16, 3,-13, -4, -8, 19, 6,-13,-33,-20, -4; /M: SY='P'; M= -8,-22,-23,-19,-11,-20,-25,-23, -2,-17,-16, -9,-19, 43,-14,-22,-10, -8, -9,-30,-22,-17; /M: SY='A'; M= 8, 0,-21, -5, 5,-19,-11, -7,-19, 5,-16,-11, 4,-13, 3, 7, 2, -4,-15,-24,-15, 3; /M: SY='T'; M= -4, -2,-17,-10, -8, -5,-17,-13,-12, -5,-13, -7, 2, -8, -8, -5, 10, 21, -7,-26, -8, -8; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-19,-30, 67,-20,-39,-20,-30,-20, -1,-17,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='A'; M= 11, 6,-20, 7, 11,-20,-10,-10,-22, 0,-18,-16, 0, -9, 0, -8, 5, -4,-15,-25,-16, 6; /M: SY='H'; M=-13, 3,-30, 6, 5,-23,-18, 23,-24, 0,-17, -8, 0,-16, 10, -1, -9,-12,-24,-10, 1, 7; /M: SY='W'; M=-19,-38,-44,-39,-29, 15,-22,-28,-14,-22, -9,-14,-37,-30,-21,-20,-37,-26,-23,119, 26,-21; /M: SY='M'; M=-10,-19,-20,-28,-19, -1,-20, -2, 17, -9, 18, 52,-18,-20, -1, -8,-17, -6, 8,-21, -1,-10; /M: SY='K'; M= -4, -2,-24, -5, 1,-21,-14, -8,-22, 18,-21,-11, 3,-14, 5, 17, 2, 0,-16,-20,-11, 2; /M: SY='Q'; M= -5, -1,-25, 0, 7,-25,-10, 0,-22, 6,-18, -9, 2,-14, 16, 8, 1, -6,-20,-24,-11, 11; /M: SY='P'; M= -6,-10,-28, -8, -7,-20,-10,-18, -9,-13,-15,-11, -9, 21,-13,-18, -5, -4,-10,-29,-20,-12; /M: SY='V'; M= -3,-29,-18,-33,-29, 0,-32,-28, 35,-23, 14, 17,-25,-25,-24,-23,-14, -4, 39,-26, -6,-28; /M: SY='S'; M= 3, 8, -4, 10, 5,-24, -6, -9,-24, -8,-27,-21, 9,-12, -1,-11, 23, 8,-15,-39,-21, 2; /M: SY='F'; M=-19,-29,-20,-39,-29, 75,-29,-19, 1,-29, 11, 4,-20,-29,-37,-19,-20,-10, 1, 8, 28,-29; /M: SY='D'; M= -9, 14,-26, 20, 13,-30, -4, 14,-31, -2,-26,-17, 10,-12, 8, -5, 4, -8,-26,-32,-13, 10; /M: SY='K'; M= -8, 5,-28, 7, 9,-29,-17, -7,-28, 32,-25,-10, 2,-11, 9, 22, -7, -9,-20,-23,-12, 9; /M: SY='L'; M= -5,-28,-17,-30,-24, 9,-29,-23, 22,-25, 27, 14,-27,-28,-24,-20,-19, -4, 23,-21, -2,-24; /M: SY='K'; M=-11, 0,-28, -2, 6,-20,-19, -9,-27, 39,-26,-10, 3,-13, 6, 26, -9, -9,-19,-19, -8, 6; /M: SY='L'; M=-10,-30,-24,-34,-24, 6,-34,-24, 31,-30, 39, 20,-26,-26,-20,-24,-26,-10, 17,-20, 0,-24; /M: SY='T'; M= -1, -2,-11,-11,-11, -4,-19,-19,-10,-11,-10,-10, -1,-11,-11,-11, 19, 43, -1,-28, -8,-11; /M: SY='N'; M= -8, 34,-18, 16, -1,-19, -1, 6,-19, -2,-29,-19, 52,-18, -1, -2, 13, 5,-26,-39,-19, -1; /M: SY='N'; M= -8, 18,-17, 6, -3,-18, -9, 1,-16, 3,-24,-15, 32,-19, -1, 3, 6, -1,-20,-33,-14, -3; /I: I=-5; MD=-24; /M: SY='E'; M= -2, -8,-22, -9, 1,-16,-18, 1, -7, -5, -8, -4, -6, -1, -1, -8, -4, -3, -9,-23, -8, -2; D=-5; /I: I=-5; MI=0; MD=-24; IM=0; DM=-24; /M: SY='L'; M= -6,-15,-22,-15, -3, -7,-21,-13, 0,-10, 9, 4,-14,-19, -4, -8,-10, -5, -2,-23, -7, -3; /M: SY='D'; M=-14, 33,-27, 41, 19,-32, -9, 0,-31, 0,-29,-25, 21, -3, 2, -7, 4, -6,-29,-38,-21, 10; /M: SY='K'; M= -8, 6,-26, 6, 1,-27, 0,-10,-27, 10,-26,-15, 7, -6, -1, 2, 0, -3,-21,-27,-18, 0; /M: SY='N'; M=-10, 13,-23, 8, -2,-17, -6, 11,-19, -8,-21,-13, 20,-17, 0, -7, 4, -4,-20,-31,-10, -2; /M: SY='G'; M= 4, -4,-26, -6, -9,-27, 40,-15,-33,-11,-26,-18, 3,-17,-11,-10, 2,-13,-25,-23,-25,-11; /M: SY='H'; M=-10, -4,-24, -5, 2,-15,-17, 29,-21, -2,-18, -5, 2,-16, 14, 1, 2, -5,-20,-24, 3, 6; /I: I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27; /M: SY='I'; M= -7,-27,-23,-34,-27, -1,-35,-28, 38,-26, 16, 15,-21,-22,-21,-25,-14, -2, 30,-23, -3,-27; /M: SY='I'; M=-11,-21,-14,-26,-18, -2,-31, -5, 18,-20, 6, 13,-16,-22,-13,-19,-15,-10, 13,-23, 1,-18; /M: SY='L'; M= -9,-30,-19,-30,-21, 9,-30,-21, 21,-29, 46, 19,-30,-30,-21,-20,-28, -9, 14,-21, -1,-21; /M: SY='N'; M=-10, 16,-23, 6, -2,-17, -9, 18,-17, -7,-18,-11, 29,-12, 0, -5, 2, -4,-23,-34,-11, -2; /M: SY='S'; M= 7, -4,-14, -4, -3,-19, -6,-13,-14,-11,-25,-17, 5, -3, -3,-12, 31, 17, -8,-37,-19, -3; /M: SY='M'; M=-12,-17,-23,-22,-12, -7,-21, 6, 7, -7, 13, 37,-15,-20, 6, -2,-17,-11, 0,-21, -1, -4; /M: SY='H'; M=-18, -3,-17, -4, -4,-16,-21, 75,-26,-11,-18, -2, 5,-21, 4, -4, -8,-13,-25,-27, 18, -4; /M: SY='K'; M=-12, -4,-29, -5, 5,-25,-20, -7,-26, 40,-24, -5, -2,-13, 9, 37,-11,-10,-18,-20, -9, 6; /M: SY='Y'; M=-20,-21,-29,-21,-21, 34,-30, 17, 0,-11, 1, 0,-20,-30,-12,-11,-20,-10, -9, 29, 76,-21; /M: SY='Q'; M= -9, -3,-27, -4, 12,-27,-22, -1,-11, 3,-11, -1, -2,-12, 29, 3, -2, -3,-18,-23,-10, 20; /M: SY='P'; M=-10,-21,-39,-12, -2,-28,-22,-21,-15,-12,-26,-17,-20, 82,-11,-21,-11,-10,-25,-29,-28,-12; /M: SY='R'; M=-15,-16,-26,-16, -8,-14,-23, -8,-12, 15,-11, -4, -8,-22, 0, 44,-11, -8, -2,-22, -9, -8; /M: SY='I'; M=-10,-30,-20,-35,-27, 20,-32,-24, 25,-27, 25, 15,-25,-27,-26,-22,-21, -8, 21,-16, 4,-26; /M: SY='H'; M=-15, 1,-26, 2, -1,-20,-19, 59,-24, -6,-19, -4, 6,-18, 4, -1, -5, -9,-20,-30, 8, -2; /M: SY='I'; M= -7,-30,-23,-36,-28, 2,-36,-28, 40,-27, 23, 17,-24,-24,-23,-26,-19, -7, 32,-23, -3,-28; /M: SY='V'; M= -8,-26,-19,-28,-26, 11,-31,-12, 22,-18, 8, 8,-25,-29,-22,-18,-15, -5, 27, -8, 23,-26; /M: SY='R'; M=-14, -1,-30, 3, 26,-24,-21, 1,-27, 19,-20,-12, -1,-11, 17, 27, -6,-10,-24,-21, -8, 20; /M: SY='V'; M= 8,-17,-12,-20,-15,-11,-13,-19, 2,-11, -1, 3,-15,-20,-12,-12, -1, -1, 11,-26,-13,-14; /M: SY='D'; M= -6, 14,-25, 19, 3,-29, -2, -7,-24, -6,-25,-18, 8, -4, 0,-10, 5, -4,-19,-33,-20, 1; /I: I=-4; MD=-21; /M: SY='D'; M= -8, 12,-17, 14, 5,-24, -4, -3,-24, -5,-21,-17, 10, -8, -2, -8, 3, -5,-22,-32,-18, 1; D=-4; /I: I=-4; MD=-21; /M: SY='D'; M= -7, 4,-25, 7, 4,-22, -8, -8,-16, -4,-16,-12, 3, -5, -2, -3, 0, -6,-15,-28,-16, 0; D=-4; /I: I=-4; MD=-21; /M: SY='H'; M= -5, -1,-12, -2, -1,-14, -1, 3,-17, -5,-13, -8, 3,-14, -2, -5, 0, -6,-15,-21, -8, -2; D=-4; /I: I=-4; MD=-21; /M: SY='B'; M= -3, 1,-18, 1, -1,-17, -7, -6,-11, -1,-13, -2, 0, 0, -1, -5, 0, -2,-10,-22,-12, -2; D=-4; /I: I=-4; MD=-21; /M: SY='L'; M= -6,-12,-14,-13, -6, 4,-15, -9, 1,-11, 5, 1,-10, -8, -5, -9, -6, -4, -1,-12, -1, -5; D=-4; /I: I=-4; MD=-21; /M: SY='P'; M= -5, 0,-12, 2, 4,-17, -5, 2,-16, -4,-15, -9, -1, 6, 3, -6, 1, -5,-15,-18,-10, 3; D=-4; /I: I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21; /M: SY='E'; M= -1, 2,-15, 2, 10,-16, -9, -5,-13, 2,-14, -8, 2, -6, 4, -1, 7, 3,-10,-21,-11, 7; D=-4; /I: I=-4; DM=-21; /M: SY='Q'; M=-10, -4,-25, -5, 2,-11,-18, -3,-11, 1, -7, -1, -4,-13, 5, -2, -8, -6,-14, -8, 1, 3; D=-4; /I: I=-4; DM=-21; /M: SY='Q'; M= -5, -4,-25, -5, 7,-23,-12, 1,-18, 4,-17, -7, -1,-13, 10, 8, 1, -4,-16,-25,-11, 7; /M: M= -5, -6,-23, -9, -5,-12,-13, -7,-10, -3, -5, -3, -3,-17, -5, -1, -5, -1, -9,-21, -4, -6; /M: SY='V'; M=-10,-25,-19,-30,-25, 19,-30,-15, 17,-22, 13, 8,-20,-28,-25,-17,-16, -7, 20,-16, 6,-25; /M: SY='K'; M= 0, -6, -6,-10, -3,-22,-15, -4,-22, 8,-19,-10, -3,-16, 1, 6, 0, -2,-13,-27,-12, -2; /M: SY='T'; M= 2, -1,-13, -6, -1,-16,-15,-14,-13, -6,-15,-11, 0,-10, -1, -7, 19, 29, -5,-30,-13, -1; /M: SY='F'; M= -5,-19, -9,-26,-20, 27,-23, -2, -7,-19, -2, -4,-14,-25,-21,-16,-10, -4, -4, -5, 19,-20; /M: SY='T'; M= -2,-10,-17,-12, -9,-15,-18,-15, -8, 2,-14, -7, -6,-15, -7, 7, 7, 10, 4,-29,-13, -9; /M: SY='F'; M=-18,-30,-21,-39,-29, 68,-31,-21, 5,-30, 15, 3,-21,-29,-37,-21,-21,-10, 3, 5, 25,-29; /M: SY='P'; M=-10, -8,-34, 0, 7,-29,-18,-15,-23, -3,-28,-19,-11, 55, -4,-11, -4, -5,-27,-30,-25, -2; /M: SY='E'; M=-12, 5,-30, 13, 44,-22,-21, 12,-26, 6,-18,-15, -1, -6, 16, -1, -3,-11,-28,-23, -4, 29; /M: SY='T'; M= 1, -1,-11,-10,-10,-11,-17,-17, -9,-10,-10, -5, 1,-11, -8,-10, 18, 40, -1,-30,-11, -9; /I: I=-6; MD=-33; /M: SY='Q'; M= -3, -6,-22, -6, 10,-21,-19, -7, -7, 0,-11, -4, -5,-11, 13, 1, 1, -3, -8,-23,-12, 10; D=-6; /I: I=-6; MI=-33; IM=-33; DM=-33; /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20, 0,-30, 10, 0,-20,-30,-40,-20,-20,-10, 0, 10, 30,-30; /M: SY='I'; M= -7,-23,-23,-32,-25, -2,-33,-24, 33,-23, 13, 18,-17,-19,-16,-23,-11, 3, 23,-23, -3,-24; /M: SY='A'; M= 27, -5,-10,-14, -8,-17, -7,-18,-12,-10,-13,-12, -4,-10, -8,-15, 18, 20, -2,-26,-17, -8; /M: SY='V'; M= -1,-29, 1,-30,-30, -2,-30,-30, 25,-21, 7, 7,-29,-31,-30,-21,-10, -1, 45,-32,-12,-30; /M: SY='T'; M= 1, 0,-10, -9, -9,-11,-18,-19,-11,-10,-12,-11, 1,-10, -9,-10, 22, 48, -1,-31,-11, -9; /M: SY='A'; M= 33,-10,-14,-18, -6,-18, -7,-17, -5,-10, -7, -3,-10,-11, -7,-18, 6, -1, 0,-22,-17, -7; /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20, 0,-10, 0, 0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20; /M: SY='Q'; M=-12, -2,-30, -2, 15,-35,-20, 12,-23, 15,-21, -2, 1,-12, 44, 21, -3,-11,-28,-21, -8, 28; /M: SY='N'; M= -9, 33,-21, 16, -1,-21, 5, 6,-22, 1,-30,-19, 51,-19, -1, 0, 8, -2,-29,-37,-20, -1; /M: SY='Q'; M=-12, 6,-29, 11, 18,-31,-13, 17,-28, 4,-22,-11, 4, -9, 22, 5, -1,-10,-28,-27,-10, 19; /M: SY='E'; M= -7, -2,-26, 2, 16,-22,-21, -9,-18, 14,-14, -9, -5,-12, 5, 9, -7, -8,-11,-26,-13, 10; /M: SY='I'; M= -3,-21,-23,-30,-25, -3,-30,-25, 32,-23, 13, 11,-14,-22,-19,-24,-13, -6, 24,-24, -6,-25; /M: SY='T'; M= -6, 0,-17, -8, -7,-14,-20,-14,-14, 3,-14, -9, 3,-13, -4, 8, 9, 27, -6,-27,-10, -7; /M: SY='E'; M= -6, 1,-25, 4, 17,-27,-18, -6,-20, 14,-20,-10, -1,-10, 16, 6, 1, -2,-16,-26,-14, 16; /M: SY='L'; M=-10,-29,-15,-30,-20, 8,-29,-19, 18,-28, 45, 22,-29,-29,-19,-19,-28,-10, 9,-21, -1,-19; /M: SY='K'; M=-10, 0,-30, 0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10, 0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10; /M: SY='I'; M= -8,-22,-26,-30,-22, -4,-34,-26, 30,-19, 13, 12,-16,-18,-16,-20,-14, 0, 19,-22, -3,-22; /M: SY='D'; M= -6, 12,-25, 16, 12,-26, -6, -7,-26, 5,-20,-16, 8,-12, 1, -2, 1, -7,-21,-30,-17, 7; /M: SY='N'; M= -8, 5,-22, -4, -8, -9, -4, 13,-13, -6,-15, 1, 15,-20, -3, -6, -1, -6,-17,-24, -2, -6; /M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20, 0,-20, 0, 10,-20, 0,-30,-20, 60,-20, 0, 0, 10, 0,-30,-40,-20, 0; /M: SY='P'; M=-10,-16,-37, -9, 1,-29,-19,-17,-22, -1,-29,-18,-15, 66, -6, -6, -8, -9,-27,-29,-26, -7; /M: SY='F'; M=-20,-26,-23,-33,-26, 63,-29, -3, -3,-25, 6, 0,-17,-29,-31,-17,-19,-11, -4, 9, 37,-26; /M: SY='A'; M= 38, -9, 2,-18,-10,-20, -3,-19,-13,-12,-14,-13, -8,-13,-10,-19, 13, 2, -3,-26,-21,-10; /M: SY='K'; M=-12, -3,-29, -3, 6,-26,-20, -8,-29, 40,-26,-10, 0,-13, 9, 38, -8, -6,-19,-21,-10, 6; /M: SY='G'; M= 3, -8,-26,-10,-16,-26, 44, -8,-33,-17,-25,-16, 0,-18,-15,-17, 2,-11,-24,-22,-22,-16; /M: SY='F'; M=-17,-20,-20,-26,-22, 58,-26,-17, -5,-25, 4, -4,-14,-26,-32,-18,-14, -8, -3, 0, 20,-23; /M: SY='R'; M=-18,-14,-28,-14, -4,-14,-22, -4,-19, 17, -5, -4, -6,-22, 4, 51,-14,-10,-14,-20, -8, -4; /M: SY='D'; M=-13, 23,-30, 32, 21,-34, -8, -4,-34, 14,-28,-21, 11, -9, 5, 3, -2,-10,-27,-31,-18, 13; /I: E1=0;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 104 in 104 different sequences |
| Number of true positive hits | 104 in 104 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | K_Hofmann |
| Feature key [info] | DNA_BIND |
| Feature description [info] | T-box |
| Version [info] | 3 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
104 sequences
BRC2_HALRO (O01409), BYN_DROME (P55965), EOMES_HUMAN (O95936), EOMES_MOUSE (O54839), EOMES_XENLA (P79944), H15_DROME (Q94890), MGAP_HUMAN (Q8IWI9), MGAP_MOUSE (A2AWL7), OMB_DROME (Q24432), TBR1_HUMAN (Q16650), TBR1_MOUSE (Q64336), TBR1_PATPE (Q9NL40), TBX10_HUMAN (O75333), TBX10_MOUSE (Q810F8), TBX11_CAEEL (Q20257), TBX12_CAEEL (P90971), TBX15_HUMAN (Q96SF7), TBX15_MOUSE (O70306), TBX18_CAEEL (O02073), TBX18_HUMAN (O95935), TBX18_MOUSE (Q9EPZ6), TBX19_CANLF (Q5XNS0), TBX19_CHICK (P79778), TBX19_HUMAN (O60806), TBX19_MOUSE (Q99ME7), TBX1A_XENLA (Q8AX98), TBX1B_XENLA (Q32NI9), TBX1_CAEEL (O17212), TBX1_DANRE (Q8AXX2), TBX1_HUMAN (O43435), TBX1_MOUSE (P70323), TBX1_XENTR (Q3SA49), TBX20_CHICK (Q8UW76), TBX20_DANRE (Q9I9K7), TBX20_HUMAN (Q9UMR3), TBX20_MOUSE (Q9ES03), TBX20_XENLA (Q8AXW8), TBX20_XENTR (Q3SA46), TBX21_HUMAN (Q9UL17), TBX21_MOUSE (Q9JKD8), TBX22_HUMAN (Q9Y458), TBX22_MOUSE (Q8K402), TBX2A_XENLA (Q9IBC8), TBX2B_XENLA (Q6PCL0), TBX2_CAEEL (Q19691), TBX2_CANLF (Q863A2), TBX2_DANRE (Q7ZTU9), TBX2_HUMAN (Q13207), TBX2_MOUSE (Q60707), TBX2_XENTR (Q3SA48), TBX30_CAEEL (Q9N2K7), TBX31_CAEEL (Q9TZL0), TBX32_CAEEL (O61764), TBX33_CAEEL (O45291), TBX34_CAEEL (Q9NAH2), TBX35_CAEEL (Q09376), TBX36_CAEEL (Q23622), TBX37_CAEEL (Q9U2C9), TBX38_CAEEL (Q9XVD5), TBX39_CAEEL (Q9NA56), TBX3_CHICK (O73718), TBX3_HUMAN (O15119), TBX3_MOUSE (P70324), TBX3_RAT(Q7TST9), TBX40_CAEEL (Q9NA55), TBX41_CAEEL (Q22813), TBX4_CANLF (Q861Q9), TBX4_HUMAN (P57082), TBX4_MOUSE (P70325), TBX5A_DANRE (Q9IAK8), TBX5_CHICK (Q9PWE8), TBX5_HUMAN (Q99593), TBX5_MOUSE (P70326), TBX5_RAT(Q5I2P1), TBX5_XENLA (Q9W7C2), TBX5_XENTR (Q3SA47), TBX6L_CHICK (P79779), TBX6L_DANRE (P79742), TBX6_BOVIN (E1BEA8), TBX6_DANRE (Q8JIS6), TBX6_GORGO (A1YF56), TBX6_HUMAN (O95947), TBX6_MOUSE (P70327), TBX6_RAT(D3ZJK7), TBX6_XENLA (Q8AV66), TBX6_XENTR (Q66JL1), TBX7_CAEEL (Q95PX3), TBX8_CAEEL (Q22292), TBX9_CAEEL (Q22289), TBXT1_BRAFL (Q17134), TBXT2_BRAFL (P80492), TBXTA_DANRE (Q07998), TBXT_CANLF (Q9GL27), TBXT_CHICK (P79777), TBXT_HALRO (P56158), TBXT_HEMPU (Q25113), TBXT_HUMAN (O15178), TBXT_MOUSE (P20293), TBXT_PATPE (Q9U903), TBXT_XENLA (P24781), VEGTA_XENLA (P87377), VEGTB_XENLA (O13161), VEGT_XENBO (Q98UD2), VEGT_XENTR (Q28HY0)» more
|
| PDB [Detailed view] |
63 PDB
1H6F; 1XBR; 2X6U; 2X6V; 4A04; 4S0H; 5BQD; 5FLV; 5QRF; 5QRG; 5QRH; 5QRI; 5QRJ; 5QRK; 5QRL; 5QRM; 5QRN; 5QRO; 5QRP; 5QRQ; 5QRR; 5QRS; 5QRT; 5QRU; 5QRV; 5QRW; 5QRX; 5QRY; 5QRZ; 5QS0; 5QS1; 5QS2; 5QS3; 5QS4; 5QS5; 5QS6; 5QS7; 5QS8; 5QS9; 5QSA; 5QSB; 5QSC; 5QSD; 5QSE; 5QSF; 5QSG; 5QSH; 5QSI; 5QSJ; 5QSK; 5QSL; 5QT0; 5T1J; 6F58; 6F59; 6ZU8; 7ZK2; 7ZKF; 7ZL2; 8A10; 8A7N; 8CDN; 8FMU » more |