PROSITE entry PS50276
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | PANCREATIC_HORMONE_2 |
| Accession [info] | PS50276 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-DEC-2001 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 13-SEP-2023 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC00238 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Pancreatic hormone family profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=36; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=4; N2=33; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-0.3308000; R2=0.0180494; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1727.2871094; R2=2.2454090; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=490; H_SCORE=2828; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=379; H_SCORE=2578; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-20; E1=-40; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; M0=-10; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='Y'; M= 1,-16,-22,-21,-18, 4, -5, -4, -5,-13, -3, 7,-13,-21,-11,-14, -8, -6, -5, -4, 16,-16; /M: SY='P'; M=-10,-22,-37,-13, -3,-23,-22,-20,-13,-13,-16,-13,-22, 69,-12,-20,-13,-10,-23,-28,-25,-12; /M: SY='P'; M= 7,-12,-21,-13, -7,-17,-13,-16, -7,-14,-10, -9, -8, 10, -7,-16, 5, 2, -8,-29,-18, -8; /M: SY='Q'; M=-10, -1,-32, 3, 21,-33,-20, -4,-26, 21,-25,-11, -3, 9, 22, 10, -5,-10,-26,-24,-16, 21; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='E'; M= -9, 5,-25, 10, 18,-24,-20, -2,-19, 2,-17,-11, -2, -1, 5, -5, -1, 0,-15,-30,-14, 11; /M: SY='Y'; M= -9, -3,-24, -8, -9, -1,-17, 12,-14, -1,-14, -9, 4,-22, -3, 5, -2, -2,-15, -8, 22, -9; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='G'; M= -2, -8,-29, -7,-11,-29, 51,-16,-37,-13,-28,-19, 0,-18,-13,-10, 1,-16,-28,-22,-27,-12; /M: SY='D'; M=-13, 27,-29, 39, 31,-33,-10, -1,-33, 2,-26,-24, 12, -3, 6, -6, 2, -9,-29,-35,-21, 18; /M: SY='D'; M=-15, 11,-25, 13, -3, -1,-12, -3,-19,-12,-10,-12, 5,-19,-10,-12, -7,-10,-18,-21, -2, -6; /M: SY='A'; M= 31, -2,-13, -8, -5,-21, -4,-16,-15, -6,-15,-13, -4,-11, -7,-11, 11, 4, -5,-25,-19, -6; /M: SY='S'; M= -1, -1,-20, -3, -2,-21,-10, -5,-19, -9,-26,-17, 5, 15, -4,-11, 16, 12,-17,-35,-18, -4; /M: SY='P'; M= 0,-15,-28,-11, 0,-23,-19,-19,-12, -4,-19,-12,-16, 35, -9,-13, -6, -6,-10,-28,-22, -7; /M: SY='E'; M= -6, 17,-27, 24, 37,-31,-15, 0,-28, 5,-22,-19, 7, -5, 16, -3, 2, -8,-27,-31,-19, 26; /M: SY='E'; M= -7, 17,-28, 25, 32,-34,-15, 1,-28, 5,-22,-17, 5, -6, 22, -2, 1, -9,-27,-29,-17, 27; /M: SY='L'; M=-12,-28,-23,-30,-21, 10,-28,-13, 16,-24, 35, 23,-28,-28,-15,-17,-28,-11, 6, -5, 10,-18; /M: SY='A'; M= 11, -8,-20,-14, -6,-19,-13,-10,-11, 2,-12, -7, -3,-15, 2, 10, 1, -3, -6,-22,-14, -4; /M: SY='Q'; M=-13, -1,-29, -1, 7,-23,-21, -3,-18, 13,-17, -6, -1,-14, 20, 17, -5, -9,-18,-21, -8, 13; /M: SY='Y'; M=-20,-21,-29,-22,-21, 36,-30, 15, 0,-12, 1, 0,-20,-30,-14,-11,-20,-10, -9, 28, 74,-21; /M: SY='Y'; M=-10,-21,-24,-22,-15, 11,-26, 0, 5,-16, 17, 8,-21,-26,-11,-13,-20, -9, -1, -2, 27,-15; /M: SY='A'; M= 7, 3,-19, 1, -1,-21,-10,-10,-20, 3,-18,-14, 3,-13, -2, 6, 7, 4,-12,-28,-16, -2; /M: SY='B'; M= 9, 13,-20, 11, 11,-27, -7, -4,-21, -1,-21,-16, 12,-10, 7, -7, 7, -3,-19,-29,-19, 9; /M: SY='L'; M= -8,-30,-19,-31,-23, 6,-31,-23, 25,-27, 36, 19,-29,-29,-22,-21,-24, -8, 22,-22, -2,-23; /M: SY='R'; M=-13, 4,-26, -1, 3,-21,-14, 4,-24, 14,-22,-11, 14,-18, 15, 31, 1, -5,-23,-24, -9, 6; /M: SY='H'; M=-14, 3,-30, 4, 20,-28,-19, 30,-27, 10,-21, -8, 5,-12, 23, 14, -5,-12,-28,-26, -4, 19; /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20, 0,-10, 0, 0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20; /M: SY='I'; M=-12,-28,-26,-33,-25, 13,-34,-19, 27,-23, 19, 13,-21,-25,-20,-19,-21, -9, 16,-11, 13,-25; /M: SY='N'; M= 2, 19,-18, 6, -1,-20, -4, 1,-16, -3,-20,-14, 31,-17, 3, -5, 9, 2,-20,-33,-18, 1; /M: SY='L'; M= -9,-24,-21,-29,-22, 6,-30,-20, 23,-24, 26, 17,-20,-26,-19,-18,-20, -6, 16,-21, -1,-22; /M: SY='I'; M= -8,-28,-22,-33,-26, 4,-32,-20, 32,-23, 19, 21,-24,-25,-19,-21,-19, -7, 26,-18, 5,-25; /M: SY='T'; M= -1, -5,-17,-12,-14,-12, 10,-20,-20,-14,-16,-13, -1,-14,-15,-14, 11, 23,-10,-25,-15,-14; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='P'; M=-11,-10,-33, -6, 6,-30,-20, 5,-21, -4,-24,-10, -8, 37, 15, -7, -5, -7,-28,-27,-16, 7; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='Y'; M=-20,-25,-25,-29,-25, 54,-30, 1, 0,-19, 5, 0,-20,-30,-24,-15,-20,-10, -5, 21, 56,-25; /I: E1=0;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 86 in 86 different sequences |
| Number of true positive hits | 86 in 86 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 7 |
| Number of 'partial' sequences | 7 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 92.47 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | K_Hofmann |
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
86 sequences
NPF_ARTTR (P41334), NPF_CORAP (P41321), NPF_MONEX (P41967), NPY1_CONBE (P0CJ22), NPY2_CONBE (P0CJ23), NPYV_MEIAT (P0DP55), NPY_ALLMI (P68007), NPY_APLCA (Q27441), NPY_BOVIN (Q6RUW3), NPY_CARAU (P28672), NPY_CAVPO (P68008), NPY_CHICK (P28673), NPY_CYPCA (Q9DGK7), NPY_DANRE (Q9I8P3), NPY_DICLA (Q9PTA0), NPY_GADMO (P80167), NPY_HUMAN (P01303), NPY_ICTPU (Q9I9D3), NPY_LAMFL (P48097), NPY_MACMU (Q9XSW6), NPY_MOUSE (P57774), NPY_ONCMY (P29071), NPY_PAROL (Q90WF4), NPY_PELRI (P69101), NPY_PIG (P01304), NPY_RABIT (P68006), NPY_RANTE (P69102), NPY_RAT (P07808), NPY_SHEEP (P14765), NPY_TORMA (P28674), NPY_TYPNA (Q9PW68), NPY_XENLA (P33689), PAHO_ALLMI (P06305), PAHO_ANSAN (P06304), PAHO_BOVIN (P01302), PAHO_CANLF (P01299), PAHO_CAVPO (P13083), PAHO_CERSI (P37999), PAHO_CHICH (P41519), PAHO_CHICK (P68248), PAHO_DIDVI (P18107), PAHO_EQUPR (P68010), PAHO_EQUZE (P68009), PAHO_ERIEU (P41335), PAHO_FELCA (P06884), PAHO_HUMAN (P01298), PAHO_LARAR (P41337), PAHO_LITCT (P15427), PAHO_MACMU (P33684), PAHO_MELGA (P68249), PAHO_MOUSE (P10601), PAHO_PIG(P01300), PAHO_RABIT (P41336), PAHO_RANTE (P31229), PAHO_RAT(P06303), PAHO_SHEEP (P01301), PAHO_STRCA (P11967), PAHO_TAPPI (P39659), PMY_PETMA (P80024), PPY_LOPAM (P09475), PYY3_HUMAN (Q5JQD4), PYYA_DANRE (Q9I8P2), PYYV_VARER (E2E4L2), PYY_AMICA (P29205), PYY_ANGJA (Q76CL2), PYY_ATRSP (P69094), PYY_BERRH (P29206), PYY_BOVIN (P51694), PYY_CANLF (P68004), PYY_CHICK (P29203), PYY_DICLA (Q9PT99), PYY_HUMAN (P10082), PYY_LAMFL (P48098), PYY_MOUSE (Q9EPS2), PYY_MYOSC (P09641), PYY_ONCKI (P69092), PYY_ONCMY (P69093), PYY_ORENI (P81028), PYY_PELRI (P29204), PYY_PIG (P68005), PYY_RABIT (Q9TR93), PYY_RAT (P10631), PYY_SCYCA (P69095), PYY_SQUAC (P69096), PY_DICLA(Q9PT98), SPYY_PHYBI (P80952)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
7 sequences
NPF_AEDAE (Q8MP00), NPF_ANOGA (Q7Q7R8), NPF_DROME (Q9VET0), NPF_DROPS (Q29B55), NPF_LOCMI (P86442), PYY2_BOVIN (P06833), PYY2_HUMAN (Q9NRI6)» more |
| UniProtKB/Swiss-Prot 'Partial' sequences |
7 sequences
NPF_HELZE (P85106), NPF_SCHGR (P86443), PYF1_PENMO (P84005), PYF2_PENMO (P84006), PYF3_PENMO (P84007), PYF4_PENMO (P84008), PYF_LOLVU (P84004)» more |
| PDB [Detailed view] |
35 PDB
1BBA; 1F8P; 1FVN; 1ICY; 1K8V; 1LJV; 1PPT; 1QBF; 1QFA; 1R9N; 1RON; 1RU5; 1RUU; 1TZ4; 1TZ5; 1V1D; 2BF9; 2DEZ; 2DF0; 2H3S; 2H3T; 2H4B; 2L60; 2NA5; 2OON; 2OOP; 2RLK; 7RT9; 7RTA; 7VGX; 7X9A; 7X9B; 7X9C; 7YON; 7YOO » more |