PROSITE entry PS50524

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	RDRP_DSRNA_BIR
Accession [info]	PS50524
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-NOV-2005 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50507
Associated ProRule [info]	PRU00539

Name and characterization of the entry

Description [info]

RdRp of Birnaviridae dsRNA viruses catalytic domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=205;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=200;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.2377453; R2=0.0095943; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=757; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=549; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-1000; E1=-1000; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='L';  M=-10,-27,-20,-30,-20,  7,-27,-14, 20,-24, 41, 32,-27,-27,-14,-17,-27,-10, 10,-20,  0,-17;
/M: SY='I';  M= -5,-30,-20,-35,-30,  0,-35,-30, 40,-25, 15, 15,-25,-25,-25,-25,-15, -5, 40,-25, -5,-30;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='A';  M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='N';  M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='I';  M=  6,-25,-25,-35,-25, -5,-30,-27, 34,-25, 12, 12,-17,-17,-17,-27,-12, -7, 22,-20, -5,-25;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-30,-40,-30,  0,-40,-30, 50,-30, 20, 20,-20,-20,-20,-30,-20,-10, 30,-20,  0,-30;
/M: SY='Y';  M=-12,-25,-22,-25,-22, 17,-30, -4, 13,-18, 18,  8,-25,-30,-18,-15,-21, -8, 10,  1, 34,-22;
/M: SY='H';  M=-15, -9,-28,-11, -3, -9,-23, 32, -9, -4, -7, 12, -7,-20, 18, -2,-12,-12,-17, -9, 23,  5;
/M: SY='D';  M=-10, 20,-28, 33, 10,-33,-10, -8,-30, -5,-30,-25,  7, 16, -3,-13,  7, -3,-25,-37,-23,  2;
/M: SY='N';  M=-12, 30,-22, 14,  0,-20, -4,  8,-22,  6,-28,-18, 48,-20,  2, 14,  6, -2,-28,-36,-18,  0;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='T';  M= -3, -8,-15,-18,-15, -7,-25,-23,  6,-15, -2, -2, -5,-13,-13,-15, 10, 34,  8,-27, -7,-15;
/M: SY='W';  M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='Y';  M=-20,-22,-28,-24,-22, 40,-30, 12,  0,-14,  2,  0,-20,-30,-16,-12,-20,-10, -8, 26, 70,-22;
/M: SY='S';  M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-30,-40,-30,  0,-40,-30, 50,-30, 20, 20,-20,-20,-20,-30,-20,-10, 30,-20,  0,-30;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='E';  M= -7,  7,-25, 12, 42,-25,-20, -5,-25,  5,-17,-17,  0, -3, 12, -3,  5,  6,-22,-30,-17, 27;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='E';  M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='A';  M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='N';  M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='C';  M=  2,-18, 95,-28,-26,-20,-24,-28,-26,-26,-18,-18,-18,-34,-26,-28, -6, -8, -8,-44,-28,-26;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='P';  M=-15,-15,-35,-10,  0,-25,-20,-10,-25, 10,-25,-15,-10, 35,  0, 25,-10,-10,-25,-25,-20, -5;
/M: SY='Q';  M=-13, 15,-30, 22, 28,-38,-17,  5,-27,  7,-23,-12,  5, -8, 36,  3,  0,-10,-30,-27,-15, 32;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='H';  M= -2, -3,-25, -5, -3,-20,-15, 69,-25,-10,-17, -3,  5,-17,  5, -5, -5,-15,-22,-27, 10, -3;
/M: SY='M';  M=  2,-18,-18,-28,-18, -4,-16, -4, 14,-10, 14, 46,-18,-18, -2,-12,-14, -8,  8,-20, -4,-10;
/M: SY='Q';  M= -7,  0,-25, -3, 12,-32,-20,  2,-17,  5,-17, -3,  0,-10, 42,  5,  5,  6,-22,-23,-10, 27;
/M: SY='A';  M= 37, -7,-10,-17,-10,-17, -5,-20,-10,-10,-10,-10, -7,-10,-10,-17, 13, 13,  0,-23,-17,-10;
/M: SY='A';  M= 22,-17,-13,-25,-17,-10,-12,-16,  7,-12,  3, 15,-17,-17,-11,-17, -3, -3, 13,-22,-12,-14;
/M: SY='M';  M= -6,-16,-18,-24,-16, -4,-16, -2, 12,-10, 10, 44,-14,-18,  0,-10, -8, -4,  6,-24, -4, -8;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='Y';  M=-15,-15,-22,-15,-15, 22,-22, 15,  0, -7,  0,  0,-15,-22, -7, -7,-15, -7, -7, 22, 59,-15; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-22,-32,-22,  8,-32,-22, 27,-30, 43, 20,-28,-28,-20,-22,-28,-10, 15,-20,  0,-22;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='W';  M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='T';  M=  2,  0,-10, -8, -8,-12,-15,-18,-12,-10,-15,-12,  2,-10, -8,-10, 25, 43, -2,-32,-12, -8;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='N';  M= -2, 12,-15,  6,  4,-19, -4,  2,-15, -1,-21,-11, 21,-11, 12, -1, 14,  3,-18,-27,-13,  8; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='D';  M=-14, 25,-30, 36, 30,-34,-16, -3,-34, 16,-27,-22,  9, -7,  9,  4, -3,-10,-27,-32,-17, 19;
/M: SY='D';  M=-15, 35,-28, 40, 15,-35,-10,  5,-30,  3,-27,-20, 24,-12, 16, -2,  2, -8,-30,-35,-17, 16;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='S';  M=  0, 12,-15, 14,  2,-22, -8,-10,-22, -8,-25,-20, 10,-10, -3,-10, 25, 21,-12,-37,-17,  0;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='M';  M= -1,-18,-24,-25,-15,-10,-21,-12,  7, -3,  2, 14,-12,-18, -4,  7,-11, -8,  4,-20, -7,-12;
/M: SY='Y';  M=-20,-24,-26,-29,-24, 52,-30,  3,  0,-19,  4,  0,-20,-30,-23,-14,-20,-10, -6, 21, 58,-24;
/M: SY='N';  M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='P';  M= -1,-13,-29,-12, -2,-15,-19, -2,-13, -5,-16, -8,-13, 15,  6,-10, -6, -8,-19,-10,  5, -1;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='W';  M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='A';  M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='T';  M= -5, -5,-15,-13,-13,  0,-23,-10, -7,-10, -7, -7, -5,-15,-10,-10, 10, 34, -3,-14, 14,-13;
/M: SY='F';  M=-15,-30,-22,-37,-27, 46,-32,-22, 15,-30, 22,  9,-23,-28,-31,-22,-23,-10,  9, -4, 16,-27;
/M: SY='A';  M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='M';  M=-10,-23,-20,-30,-20,  3,-23, -5, 20,-15, 28, 50,-23,-23, -5,-13,-23,-10, 10,-20,  0,-13;
/M: SY='N';  M=-13, 13,-23,  0, -9, -3,-12, 11, -7, -5,-12,  1, 23,-23, -3, -5, -4, -5,-17,-18, 10, -7;
/M: SY='I';  M= -4,-25,-24,-29,-27, -8, -8,-27, 20,-24,  4,  6,-18,-23,-23,-24,-12,-10, 20,-23,-11,-27;
/M: SY='A';  M= 27,-15,-18,-24,-17,-16, -1,-23,  1,-17, -5, -4,-11,-14,-14,-23,  1, -5,  4,-20,-16,-17;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='S';  M= 12, -8,-15,-10, -8, -7, -8, -4,-12,-10,-17,-12, -3,-15, -5,-12, 17,  7, -8,-17,  6, -8;
/M: SY='M';  M=-10,-24,-20,-30,-20,  4,-24, -9, 20,-19, 33, 43,-24,-24, -9,-14,-24,-10, 10,-20,  0,-14;
/M: SY='V';  M=  0,-22,-10,-25,-25, -3,-27,-27, 20,-17,  5,  5,-22,-25,-25,-17, -2, 13, 37,-30,-10,-25;
/M: SY='V';  M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='S';  M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='S';  M=  3, -8,-15,-12, -9,-13,-13,-17,  0,-15,-14, -8,  1,-13, -7,-15, 21, 16,  2,-33,-13, -9;
/M: SY='C';  M= -5,-15, 86,-22,-22,-20,-22,-25,-27,-25,-23,-20,-12,-32,-22,-25,  3, -2,-10,-47,-27,-22;
/M: SY='L';  M= -7,-30,-17,-30,-23,  7,-30,-23, 23,-27, 40, 17,-30,-30,-23,-20,-25, -7, 20,-23, -3,-23;
/M: SY='L';  M=-12,-30,-22,-34,-24, 21,-32,-22, 23,-30, 35, 16,-26,-28,-24,-22,-26,-10, 13,-14,  6,-24;
/M: SY='M';  M=-10,-15,-23,-22,-12, -8,-20, -3,  7,  6,  7, 42,-15,-17,  3,  0,-17,-10,  2,-20, -3, -5;
/M: SY='N';  M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='L';  M=-13,-30,-20,-33,-23, 28,-30,-20, 15,-30, 40, 15,-27,-30,-25,-20,-27,-10,  7,-12,  8,-23;
/M: SY='Q';  M=-10,  0,-30,  0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20,  0,  0,-10, 60, 10,  0,-10,-30,-20,-10, 40;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-25,-35,-25,  5,-35,-25, 35,-30, 35, 20,-25,-25,-20,-25,-25,-10, 20,-20,  0,-25;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='T';  M= -3, 10,-13, -2, -7,-13,-15,-12,-13, -7,-15,-13, 16,-13, -7, -7, 17, 37, -8,-33,-13, -7;
/M: SY='Y';  M=-17,-20,-33,-17,-15, 14,-27, 10, -5,-10, -8, -5,-20,  1,-10,-13,-17,-10,-15, 14, 51,-17;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='Q';  M=-10,  0,-30,  0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20,  0,  0,-10, 60, 10,  0,-10,-30,-20,-10, 40;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='S';  M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='N';  M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='A';  M= 34,-13,-18,-17, -7,-23, -5,-20,-13,-10,-15,-13,-13, 16,-10,-20,  5, -3, -8,-23,-23,-10;
/M: SY='W';  M= -4,-30,-31,-35,-25, 24,-18,-25,-12,-21, -8,-12,-27,-25,-24,-20,-22,-17,-14, 67, 18,-21;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-22,-32,-22,  8,-32,-22, 27,-30, 43, 20,-28,-28,-20,-22,-28,-10, 15,-20,  0,-22;
/M: SY='N';  M=-10, 26,-22,  8, -6,-16, -8,  2, -6, -6,-20,-12, 44,-20, -4, -6,  4, -2,-18,-36,-16, -6;
/M: SY='N';  M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='L';  M= -5,-24,-15,-26,-21,  3,-28,-23, 17,-23, 28, 12,-24,-26,-21,-18,-15,  4, 19,-25, -5,-21;
/M: SY='L';  M=-10,-27,-20,-30,-20,  7,-27,-14, 20,-24, 41, 32,-27,-27,-14,-17,-27,-10, 10,-20,  0,-17;
/M: SY='S';  M=  7,  0,-10, -3, -3,-17, -5,-13,-17,-10,-25,-17,  7,-10, -3,-10, 35, 28, -7,-37,-17, -3;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-28,-38,-28,  2,-38,-28, 43,-30, 27, 20,-22,-22,-20,-28,-22,-10, 25,-20,  0,-28;
/M: SY='V';  M= -5,-30,-15,-30,-25,  5,-30,-25, 25,-25, 28, 15,-30,-30,-25,-20,-19, -5, 32,-25, -5,-25;
/M: SY='V';  M= -5,-27,-15,-30,-25,  2,-27,-20, 25,-20, 22, 25,-27,-27,-20,-17,-17, -5, 30,-25, -5,-22;
/M: SY='B';  M=  8, 17,-21, 14, -2,-27, 11, -7,-26, -7,-24,-19, 17,-15, -7,-12,  6, -6,-21,-30,-22, -5;
/M: SY='E';  M=-10,  3,-30,  6, 28,-32,-20, -2,-28, 28,-25,-11,  0, -7, 25, 16, -5,-10,-25,-23,-13, 26;
/M: SY='W';  M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='N';  M= -5, -1,-19, -8,-11,-13,-16,  3,  0,-13,-12, -4,  9,-19, -7,-12,  6,  0,  0,-33, -9,-11;
/M: SY='E';  M=-10, -2,-28,  2, 26,-21,-22, -8,-18, 13, -7, -8, -7,-10,  8,  4,-10,-10,-18,-25,-12, 17;
/M: SY='A';  M= 20,-18,-18,-28,-18,-10,-15,-18, 13,-15,  5, 14,-15,-15,-10,-20, -5, -5, 10,-20,-10,-15;
/M: SY='G';  M= -2, -8,-30, -8,-13,-30, 49,-18,-38, -4,-30,-18,  0,-18,-13, -8, -2,-18,-28,-20,-25,-13;
/M: SY='Q';  M=-11, -1,-30, -1, 13,-33,-20,  0,-26, 30,-24, -6,  0,-11, 32, 27, -6,-10,-24,-20,-10, 22;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='N';  M= -5, 20,-20, 10,  5,-25, -5,  5,-20,  0,-27,-15, 32,-15, 16,  0, 14,  2,-25,-35,-17, 10;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='R';  M= -9,  4,-22,  5, -1,-19,-12, -3,-14,  0,-13,  4,  1,-15,  2,  6,  2, -2,-11,-30,-12, -1;
/M: SY='S';  M=  3, -5,-18, -4, -2,-21, -9,-14,-18,-10,-27,-18,  1, 16, -4,-13, 24, 17,-14,-36,-21, -4;
/M: SY='K';  M=-13, 15,-30, 23, 24,-33,-17, -5,-33, 27,-28,-18,  5, -8, 10, 12, -5,-10,-25,-28,-15, 17;
/M: SY='E';  M= -7,  0,-25,  7, 36,-22,-23, -8,-14,  2,-12,-12, -8, -8,  7, -5, -3, -7, -9,-30,-17, 22;
/M: SY='F';  M=-17,-30,-23,-40,-30, 59,-33,-23, 13,-30, 13,  5,-20,-27,-35,-23,-20,-10,  8,  2, 22,-30;
/M: SY='M';  M=-10, -7,-25,-10,  8,-15,-20, -2, -5,  9, -2, 23,-10,-12,  8,  2,-12,-10, -8,-23, -8,  8;
/M: SY='D';  M=-10, 25,-25, 35, 13,-33,-10, -5,-33, 11,-30,-22, 12,-10,  3,  0,  7, -3,-23,-35,-17,  8;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-22,-32,-22,  8,-32,-22, 27,-30, 43, 20,-28,-28,-20,-22,-28,-10, 15,-20,  0,-22;
/M: SY='E';  M=  6,  5,-25, 10, 42,-27,-15, -5,-25,  5,-17,-17, -3, -3, 12, -5,  3, -7,-22,-27,-20, 27;
/M: SY='S';  M= 13, 10,-18, 13, 11,-26, -6, -9,-23, -4,-22,-19,  4, -8,  0,-12, 14,  1,-15,-32,-20,  6;
/M: SY='K';  M=  2, -7,-23,-12, -2,-20,-16, -9,-13, 23,-13,  8, -7,-13,  3, 10, -9, -8, -8,-20, -9,  1;
/M: SY='T';  M= -2, -7,-12,-15,-12, -5,-22,-20, -3,-15,  4, -3, -7,-15,-12,-12,  8, 36,  2,-28, -8,-12;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-30,-40,-30,  0,-40,-30, 50,-30, 20, 20,-20,-20,-20,-30,-20,-10, 30,-20,  0,-30;
/M: SY='N';  M=-13, 43,-23, 33,  5,-25, -3,  7,-25,  0,-30,-23, 50,-17,  0, -3,  7, -3,-30,-40,-20,  3;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='I';  M= -7,-30,-25,-37,-30,  0,-37,-30, 45,-27, 17, 17,-23,-23,-23,-27,-17, -7, 35,-23, -3,-30;
/M: SY='E';  M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='R';  M=-17,-15,-27,-15, -5,-12,-23, -5,-17, 14, -2, -2, -8,-23,  2, 46,-15,-10,-12,-20, -7, -5;
/M: SY='E';  M= -3, -3,-20,  2, 22,-20,-18,-10,-12, -3,-14,-12, -6,-10,  2, -8,  7,  0, -4,-32,-17, 12;
/M: SY='I';  M= -7,-30,-22,-34,-27,  3,-34,-27, 36,-27, 27, 17,-26,-26,-23,-24,-20, -7, 29,-23, -3,-27;
/M: SY='D';  M=-10, 14,-25, 18, 17,-27,-18, -8,-27, 15,-23,-17,  5, -8,  4,  4,  2,  6,-19,-29,-14, 11;
/M: SY='B';  M=-12, 34,-26, 33,  4,-30, 10,  0,-31, -4,-30,-24, 33,-16, -4, -8,  4, -8,-30,-36,-22,  0;
/M: SY='L';  M=-13,-30,-22,-35,-25, 26,-32,-22, 22,-30, 32, 15,-25,-28,-25,-22,-25,-10, 12,-12,  8,-25;
/M: SY='R';  M=-18,-12,-32,-10,  0,-22,-20, -4,-28, 22,-22,-12, -4,  2,  6, 52,-10,-10,-22,-22,-14, -2;
/M: SY='E';  M= -3,  2,-23,  4, 19,-25,  4,-10,-27, -4,-22,-18,  1, -8,  2, -8, 10,  4,-21,-29,-20, 10;
/M: SY='K';  M=-10, -6,-27, -9, -1,-20,-23,-13,-15, 25,-18, -6, -3,-13,  2, 23, -7,  0,-10,-22, -9, -1;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-23,-33,-23,  7,-33,-23, 29,-30, 41, 20,-27,-27,-20,-23,-27,-10, 16,-20,  0,-23;
/M: SY='M';  M=-12,-18,-29,-24,-12,-13,-29,-11, 13, -5,  3, 15,-11,-18,  6,  4,-14,-10,  4,-20, -4, -6;
/M: SY='E';  M=  6,  2,-25,  5, 32,-30,-15, -3,-22,  5,-17,-13, -3, -5, 22, -3,  3, -7,-22,-25,-18, 27;
/M: SY='A';  M= 36,-15,-12,-22,-12,-13, -7,-20, -3,-15,  4, -3,-15,-15,-12,-20,  1, -2,  2,-20,-15,-12;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='V';  M= -5,-28,-17,-33,-28,  0,-31,-24, 33,-21, 15, 22,-25,-25,-22,-21,-15, -5, 37,-25, -5,-26;
/M: SY='P';  M=-13,  9,-35, 22, 17,-33,-17,-10,-28, -3,-28,-23, -3, 41, -2,-13, -5,-10,-30,-33,-25,  5;
/M: SY='T';  M= -4, -7,-16,-13, -8, -9,-22,-18, -7, -3,  0, -3, -7,-15, -8, -5,  2, 24, -2,-26, -8, -8;
/M: SY='A';  M= 40, -7,-10,-15, -7,-20,  0,-17,-13,-10,-15,-13, -5,-10, -7,-17, 18,  5, -3,-25,-20, -7;
/M: SY='P';  M= -8, -2,-27, -4, -1,-24,-17, -7,-10, -5,-20, -9,  4, 14,  5, -8, -2, -5,-14,-30,-19,  0;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='H';  M= -7, -4,-14, -4,  0, -9,-11, 18, -6, -5,  0,  3, -2,-10,  9, -1, -6, -7, -9,-12,  2,  4; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-21; MD=-21; IM=-21; DM=-21;
/M: SY='D';  M= -8, 11,-21, 17,  4,-21,-12, -9,-19, -4,-18,-16,  1, 16, -4,-10,  2,  4,-16,-25,-15, -1; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='G';  M=  0, -7,-22, -7,-15,-22, 52,-15,-30,-15,-22,-15,  0,-15,-15,-15,  0,-15,-22,-15,-22,-15; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='Y';  M=-15,-17,-20,-19,-17, 32,-22,  7,  0,-11,  2,  0,-15,-22,-13, -9,-15, -7, -5, 18, 49,-17; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='L';  M= -7,-22,-15,-22,-15,  7,-22,-15, 15,-22, 37, 15,-22,-22,-15,-15,-22, -7,  7,-15,  0,-15; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='A';  M= 18, -5,-11, -8, -7,-17, 14,-12,-16, -9,-16,-12, -1, -9, -7,-12, 12,  1, -8,-19,-17, -7; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='D';  M=-10, 23,-22, 33,  5,-27, 11, -5,-30, -5,-22,-20, 10,-10, -5,-10,  0,-10,-22,-25,-17,  0; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='G';  M= -5,-10,-30,-10,-15,-27, 46,-15,-37, -7,-27,-17,  0,-20,-12,  4, -3,-17,-27,-20,-25,-15;
/M: SY='V';  M=  3,-15,-10,-17,-17, -8,-19,-22,  7,-15, -6, -3,-12,-20,-17,-15, 11, 16, 22,-33,-13,-17;
/M: SY='E';  M=-11, 20,-26, 29, 34,-29,-17, -4,-29,  3,-21,-21,  6, -5,  8, -5,  4,  2,-24,-33,-18, 21;
/I:         I=-6; MD=-29;
/M: SY='L';  M= -5, -1,-10, -5, -6, -1, -9, -4,  2, -9,  9,  2,  3,-13, -6, -6, -7, -3, -3,-14, -4, -6; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='P';  M= -5,-10,-20, -5,  0,-15,-10,-10,-10, -5,-15,-10,-10, 45, -5,-10, -5, -5,-15,-15,-15, -5; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-29;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='R';  M=-14,  7,-28,  8, 26,-24,-17,  2,-28, 16,-22,-16, 10,-11, 13, 28, -2, -8,-26,-28,-16, 17;
/M: SY='R';  M= -8, -6,-22, -9,  0,-21,-21, -9,-14, 12,-15, -5, -4,-14, 11, 14,  0,  7, -7,-24,-10,  4;
/I:         I=-5; MD=-27;
/M: SY='P';  M= -7, -9,-28, -2, 12,-22,-15,-11,-17, -3,-20,-15,-11, 49, -2,-11, -5, -7,-22,-22,-20,  2; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
/M: SY='G';  M=  2, -5,-17, -5,-10,-20, 35,-12,-25,-12,-22,-15,  2,-12,-10,-12,  9, -5,-17,-19,-20,-10; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-27;
/M: SY='P';  M= -7, -9,-26, -4,  3,-22,-15,-12,-18, 11,-22,-12, -9, 36, -1,  1, -7, -7,-19,-19,-16, -1; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-27;
/M: SY='T';  M= 13,-11,-15,-21,-15,-10,-19,-23,  6,-15, -2, -2, -8,-13,-13,-18,  6, 19,  8,-24,-10,-15;
/M: SY='V';  M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='E';  M=-12, 18,-30, 30, 52,-32,-18,  0,-32,  8,-22,-22,  4, -2, 16, -2,  0,-10,-30,-32,-20, 34;
/M: SY='L';  M=-10,-27,-20,-30,-20,  7,-27,-15, 20,-25, 42, 30,-27,-27,-15,-17,-27,-10, 10,-20,  0,-17;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='L';  M=-10,-27,-20,-30,-20,  7,-27,-15, 20,-25, 42, 30,-27,-27,-15,-17,-27,-10, 10,-20,  0,-17;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='W';  M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='S';  M=  2, 13,-15, 18,  5,-25, -3, -7,-25, -7,-30,-23, 13,-10,  0,-10, 30, 12,-15,-40,-20,  3;
/M: SY='A';  M= 37,-15,-10,-23,-15,-15, -8,-23,  0,-13, -5, -5,-15,-15,-15,-20,  5,  0, 13,-23,-17,-15;
/M: SY='T';  M= -2, -9,-13,-18,-16, -7,-25,-23,  6,-15, -2, -2, -8,-14,-14,-15,  9, 33, 12,-28, -8,-16;
/M: SY='Y';  M=-20,-15,-30,-15,-15, 17,-27, 41, -8,-10, -5,  0,-12,-27, -5, -7,-17,-13,-15, 14, 64,-15;
/M: SY='S';  M=  7,  0,-10, -3, -3,-17, -5,-13,-17,-10,-25,-17,  7,-10, -3,-10, 35, 28, -7,-37,-17, -3;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='R';  M=-12, -5,-22, -5,  2,-17,-15, -2,-22, 27,-17, -7,  0,-12,  7, 42, -7, -7,-15,-15, -7,  2; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='E';  M=-14, 14,-30, 22, 27,-33,-18, 23,-29,  4,-22,-12,  7, -9, 26,  1, -2,-12,-30,-29, -9, 25;
/M: SY='L';  M=-13,-26,-20,-33,-23, 25,-26,-13, 15,-23, 29, 29,-24,-26,-18,-16,-24,-10,  7,-12,  8,-19;
/M: SY='G';  M= -7,  8,-30, 15, 12,-32, 27,-10,-37, -7,-27,-22,  4,-12, -4,-12,  0,-15,-30,-27,-25,  4;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='M';  M= -7,-17,-17,-24,-17,  0,-19, -7, 22,-12, 15, 35,-15,-15, -5,-12,-15, -7, 12,-15,  0,-12; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-28,-35,-28, 54,-28,-13, -4,-23,  2, -4,-24,-30,-29,-18,-24,-14, -8, 42, 42,-26;
/M: SY='V';  M=  0,-22,-10,-25,-25, -3,-27,-27, 20,-17,  5,  5,-22,-25,-25,-17, -2, 13, 37,-30,-10,-25;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='V';  M= -2,-30,-13,-32,-30,  0,-32,-30, 33,-22, 12, 12,-28,-28,-28,-22,-12, -2, 47,-28, -8,-30;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='D';  M= -9, 25,-25, 36, 27,-32,-10, -3,-32,  0,-27,-24, 11, -7,  6, -7, 10, -2,-25,-37,-20, 17;
/M: SY='K';  M=-10, 12,-27,  6,  7,-27,-14, -4,-27, 35,-30,-13, 18,-13,  7, 21, -4, -7,-23,-26,-13,  7;
/M: SY='E';  M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='F';  M=-15,-30,-23,-38,-28, 42,-33,-23, 19,-30, 21, 10,-22,-27,-30,-23,-22,-10, 11, -5, 15,-28;
/M: SY='C';  M= 12, -8, 15,-13, -8,-23,-12,-18,-22,  1,-22,-14, -6,-17, -8, -7,  6, -1,-10,-31,-20, -8;
/M: SY='S';  M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='A';  M= 27,-18,-15,-27,-18,-12,-15,-24, 11,-17,  1,  1,-15,-15,-15,-23, -1, -3, 15,-21,-13,-18;
/M: SY='A';  M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_06 which contains 572'619 sequence entries.

Total number of hits	9 in 9 different sequences
Number of true positive hits	9 in 9 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	1
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	90.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	S_Spirin, N_Hulo
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	RdRp catalytic
Version [info]	3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

9 sequences

RDRP_BSNV   (Q8AZL8), RDRP_DXV96  (Q91CD5), RDRP_IBDV   (Q9Q6Q5),

RDRP_IBDV5  (P31817), RDRP_IBDVA  (P12918), RDRP_IBDVB  (A7L9Z4), 
RDRP_IBDVU  (Q82630), RDRP_IPNVJ  (P22173), RDRP_IPNVS  (P22174)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences

1 sequence

RDRP_HPBVH  (Q50LE4)

PDB
[Detailed view]

10 PDB

2PGG; 2PUS; 2QJ1; 2R70; 2R72; 2YI8; 2YI9; 2YIA; 2YIB; 3ZED