Due to maintenance work, this service will be unavailable from
Mon Nov 11 17:30 until
Tue Nov 12 09:00
CET.
Apologies for the inconvenience.
PROSITE entry PS50525
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
Entry name [info] | RDRP_SSRNA_NEG_SEG |
Accession [info] | PS50525 |
Entry type [info] | MATRIX |
Date [info] |
01-NOV-2005 CREATED;
13-FEB-2019 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
PROSITE Doc. [info] | PDOC50507 |
Associated ProRule [info] | PRU00539 |
Name and characterization of the entry
Description [info] | RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. |
Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=193; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=186; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.5244743; R2=0.0084245; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=18282.5078125; R2=13.3647604; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=829; H_SCORE=29362; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=591; H_SCORE=26181; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-80; I=-80; B1=-1000; E1=-1000; MI=-255; MD=-255; IM=-255; DM=-255; ... A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y /I: B1=0; BI=-255; BD=-255; /M: SY='N'; M= 17,-21, 20, -7,-23,-12,-11,-15, -4, -9,-13, 23,-22, -6, 17, 14, 7, -4,-36,-19; /M: SY='R'; M= 1,-26,-16, -9,-21, -1, 21, -2, 15,-12, 20, -7,-21, 13, 27, 3, 3, -4,-30,-12; /M: SY='K'; M=-16,-31, -9, 5,-31,-24, -9,-32, 61,-30,-18, -2,-18, 8, 42,-10,-11,-27,-25,-17; /M: SY='M'; M=-15,-26, 9, 15, 7,-24, -8, -7, -5, 9, 35, 8,-21, 22, 3,-10, 6,-10,-27, -8; /M: SY='C'; M= -3, 39,-17, -4, 21,-23,-17, 16,-18, 11, 14, 15,-27,-16,-22, -2, -8, 8,-26, -7; /M: SY='G'; M= 5,-23,-11, 1,-24, 28,-17, -2, 1,-18,-14, 9,-20, -8, 4, 14, 5, 4,-32,-21; /M: SY='D'; M=-14, 29, 31, -7,-20,-19,-10, 7, 3,-10, 24, 28,-24, -9, 2, -1, -7, 2,-39,-17; /M: SY='K'; M= -7,-25, 12, 10,-27,-13, 12,-26, 30,-16,-17, 13,-17, 17, 3, 28, -2,-23,-32,-16; /M: SY='G'; M= -2,-27,-12, 1, 10, 23, 12,-16, -8,-14, 10, 8,-23, 8, 4, 2,-11, -8,-17, 23; /M: SY='W'; M= 7,-27, 29, 4, 4,-18, 17,-15, 3,-15, 5, 9,-23, 10,-10, -8,-11, -5, 41, 13; /M: SY='T'; M=-10,-20,-20,-18, 9, -3,-22, 1, -4, 14, -2,-13, 12,-18,-18, -5, 34, 12,-28,-11; /I: I=-15; MI=0; MD=-47; IM=0; DM=-47; /M: SY='C'; M=-25, 18,-46,-44, 5,-13,-36, 6,-40, -1, 10,-39,-45,-39,-41,-33,-25, 17,-34, 5; D=-15; /I: I=-15; DM=-47; /M: SY='C'; M= 5, 49, -9, 12,-22,-17,-14,-27,-12,-26,-22, 9,-23, -9,-19, 22, 15,-19,-32, 4; D=-15; /I: I=-15; DM=-47; /M: SY='I'; M=-13, 25,-28,-27, -2,-34,-25, 33,-24, 22, 6,-21,-27,-23,-27,-13, 22, 23,-26, 7; /M: SY='S'; M= 3,-16, -6,-10,-25, -5,-12,-23, -9,-27,-20, 16,-16, -4,-14, 52, 31,-15,-37,-19; /M: SY='G'; M= 18,-25, 31, -9,-24, 42,-14,-27,-15,-25, 0, -2,-20,-12,-21, 6,-11,-21,-27, 2; /M: SY='D'; M=-20,-33, 83, 17,-40,-17, -6,-39, -7,-37,-36, 13,-19, -7,-16, -8,-10,-35,-56,-23; /M: SY='N'; M= 28,-21, -5, -6,-27, -8, 35,-21, -6,-20, 9, 38,-21, 24, -9, 1, -6,-17,-35,-15; /M: SY='S'; M= 7,-18, -7, 5,-26, -8,-13,-23, -5,-26,-20, 1,-15, -2, 2, 47, 29,-15,-35,-19; /M: SY='K'; M=-15,-29, -7, 6,-31,-22,-10,-32, 66,-31,-18, 0,-15, 8, 24, -9,-10,-27,-25,-18; /M: SY='W'; M=-28,-49,-51,-32, 23,-27,-42,-22,-25,-19,-22,-45,-32,-25,-27,-33,-37,-35,147, 32; /M: SY='N'; M= -5,-20, 3,-12,-30, 28, -4,-30, -6,-35,-24, 58,-22, -5,-13, 29, 1,-28,-39,-24; /M: SY='P'; M= 15,-31, -3, 35,-36,-17,-11,-27, -2,-27,-18,-12, 51, 35, -9, -5,-11,-23,-29,-25; /M: SY='C'; M= -7, 63,-16,-17,-25, 30,-17, -9,-11,-19, 3, 8,-24, 6, 0, 13, 2,-15,-34,-22; /I: I=-24; MI=0; MD=-77; IM=0; DM=-77; /M: SY='H'; M=-16,-27, 4, -8,-11,-27, 63, -3,-13, 18, 36, -9,-25, 22,-11,-15,-15, 0,-35, -2; /M: SY='C'; M=-15, 64, 8,-12, 10,-20, 31,-19,-13, -7,-11, 20,-28, 8,-16, 1, 4,-18,-24, 22; /M: SY='P'; M=-13, 26,-23,-16,-12,-24,-18, -5,-18,-16,-12,-23, 71,-20,-25, -3, -8, 12,-21, 22; /M: SY='K'; M= 9,-23, 12, 20, -4,-15,-12,-25, 24,-24,-19, -3,-16, 0, 11, 19, 11,-18,-29,-15; /M: SY='Y'; M= 7,-24,-22,-13, 26,-24,-11, -4, 25, 7, 13,-16,-25,-10, -3,-13,-11, 2,-10, 30; /M: SY='F'; M=-24,-25,-38,-34, 70,-35,-16, 18,-28, 10, 30,-28,-34,-31,-26,-25,-17, 2, 1, 33; /M: SY='W'; M= 1,-25,-30,-21, -4,-27,-19, 17,-12, 28, 30,-23,-28,-13, 15, -6,-12, 3, 49, -6; /M: SY='A'; M= 26, 25,-23,-19,-14, 2,-21, 4,-15, 16, -2,-16,-25,-14, 0, 4, 3, -2,-29,-17; /M: SY='M'; M=-16,-23,-37,-30, 28,-34,-19, 31,-25, 24, 56,-27,-29,-21,-25,-24,-12, 22,-20, 1; /M: SY='W'; M= 5,-22,-33,-25, 0,-27,-21, 14,-24, 37, 34,-27,-28,-19,-24,-17, 1, 5, 50, -5; /M: SY='C'; M= 2, 40,-18,-10,-19,-21,-13, -7, -7, -1, 26,-10,-22, 27, 5, 6, 21, 0,-32,-15; /I: I=-18; MD=-57; /M: SY='N'; M=-18,-31, -8, 11,-12,-25, 14,-14, -4,-14, 22, 26,-27, 11, 15,-13,-14, -7,-24, 24; D=-18; /I: I=-18; MD=-57; /M: SY='L'; M=-24,-30,-38,-31, 31,-39,-28, 24,-31, 31, 6,-35, 26,-30,-33,-29,-18, 4,-20, -3; D=-18; /I: I=-18; MD=-57; /M: SY='T'; M=-15,-26,-20, -7, -9, -6, 17, 11,-20, 13, -3,-15,-24,-17,-24, -9, 27, -3,-29, 9; D=-18; /I: I=-18; MD=-57; /M: SY='L'; M=-38,-47,-37,-10, -5,-52,-36, -9, 3, 4,-18,-37,-45,-26, -4,-39,-34,-23,-42,-27; D=-18; /I: I=-18; MI=-57; MD=-57; IM=-57; DM=-57; /M: SY='D'; M=-35,-45, 27,-18,-46,-39,-29,-41, -7,-29,-37, 1,-40,-25, -7,-23, 3,-39,-60,-39; D=-18; /I: I=-18; DM=-57; /M: SY='P'; M= -8,-26, 17, -7,-21, 4,-11,-18,-10,-24,-17, 12, 38, 7,-17, 19, 16, -7,-29, 7; /M: SY='P'; M=-11,-33, 6, -3,-35, 16,-15,-29, 10,-32,-21, -8, 65, 19,-10, 4, 1,-28,-31,-26; /M: SY='D'; M=-16,-29, 32, 31, 6,-28,-10, 3, -8, 5, 12,-10,-21, 12,-13,-14,-12, -1,-24, 8; /M: SY='W'; M=-22,-35, -8,-21, 12,-30,-25, 5, -7, 19, -3,-28, 9,-19,-20,-26,-21,-10,108, 18; /M: SY='H'; M=-15,-28,-10, 2, 10,-21, 45,-13, -7,-12, 12, 20,-25, 8, 4, 0,-11, -6, 42, 30; /M: SY='P'; M= -1,-26,-15,-12, 1, 19,-16,-15, 13, -8,-13, 8, 27, -9, 5, 9, -8, -6,-26,-15; /M: SY='F'; M= -5,-25, 18, 5, 36,-24,-12, -7, 9, 14, 14, 4,-25,-11,-11,-15,-12,-10,-19, 0; /M: SY='I'; M=-16, 29, -1, -4, -1,-35,-22, 32,-23, 26, 7,-23,-29,-20,-26,-22,-12, 21,-25, 11; /M: SY='C'; M=-16, 30, 2, 4, 13,-29,-13, 8, 24, 0, -6,-14,-25, -9, -4,-16,-12, 8,-16, 26; /I: I=-15; MI=0; MD=-47; IM=0; DM=-47; /M: SY='C'; M= 8, 30,-14,-19,-23, 9,-18,-19,-17, -2,-14, 21,-25,-15,-22, 19, 14,-15,-38,-23; D=-15; /I: I=-15; DM=-47; /M: SY='C'; M=-18, 58,-35,-31, -9,-39,-31, 29,-24, 21, 3,-27,-34,-26, -6,-22, -1, 14,-35,-17; D=-15; /I: I=-15; DM=-47; /M: SY='A'; M= 17,-22,-24,-14, 7,-19,-19, 10,-16, 9, 16,-18, 12, 15,-18, 5, -7, 14,-25,-10; /M: SY='M'; M=-17,-26,-28,-20, 13,-31,-18, 19, -4, 24, 35,-23, 29,-16, 1,-20, -2, 3,-23, -6; /M: SY='W'; M=-22,-35, -4,-21, 26,-29,-18, 3, -6, 1, -7,-26,-31,-19,-18,-23,-20, -1,106, 44; /M: SY='H'; M= -4,-25,-19,-16, 24,-24, 46, 7,-16, 6, 23, 5,-26, 6,-15,-12, -1, 4,-20, 18; /M: SY='F'; M=-20,-25, 1,-15, 43,-28, 34, -3, 4, 18, 27, 1,-28,-14,-12,-19,-15, -8,-17, 8; /M: SY='C'; M=-12, 68,-14, -6,-23,-21, 32,-25, 38,-11,-14, -5,-23, -3, 5, 8, -8,-21,-34,-15; /M: SY='K'; M= -3,-27, -5, 0, -5,-17, -5,-27, 36,-26,-16, 32,-21, 27, 32, -5, -9,-25,-27,-14; /M: SY='K'; M=-15,-28,-21,-10, -9,-30,-14, 19, 28, 5, 24,-15,-24, 10, 14,-16,-11, 14,-21, 11; /M: SY='M'; M=-13,-23,-33,-28, 35,-31,-18, 25,-24, 10, 42,-24,-29,-22,-24, -7, -9, 28,-15, 20; /I: I=-8; MD=-26; /M: SY='C'; M=-15, 25,-26, 13,-45,-45,-36,-27, -8,-35,-32,-33,-39, 0,-26,-29,-29, -5,-54,-41; D=-8; /I: I=-8; MD=-26; /M: SY='K'; M=-40,-54,-46,-36,-40,-57,-46, 7, 11,-29,-27,-38,-47,-31, -4,-42,-35,-10,-52,-39; D=-8; /I: I=-8; MI=0; MD=-26; IM=0; DM=-26; /M: SY='L'; M=-16,-39,-51,-45, 17,-48,-39, 16,-43, 18, 10,-44,-46,-40,-43,-38,-29, -4,-33,-14; D=-8; /I: I=-8; DM=-26; /M: SY='N'; M=-27,-42, -2, -7,-47, 6,-22,-46,-17,-48,-38, 30, 6,-20, -3,-17, -7,-43,-53,-40; D=-8; /I: I=-8; DM=-26; /M: SY='D'; M=-27,-40, 20,-23,-28,-41,-34, 1,-33, 0,-17,-25,-41,-14,-36,-15,-22, 9,-52,-30; D=-8; /I: I=-8; DM=-26; /M: SY='D'; M=-31,-49, 7,-21,-49,-38,-33,-45, 0,-29,-38,-23,-42, -4,-24, 4,-26,-43,-56,-40; D=-8; /I: I=-8; DM=-26; /M: SY='L'; M=-20,-46,-39,-37, -9,-42,-35,-31,-12, -6,-26, -7,-50,-31, -8,-18,-31,-33,-47,-31; D=-8; /I: I=-8; DM=-26; /M: SY='F'; M=-43,-49,-53,-43, 15,-57,-39,-13,-14, 4, 3,-46,-53,-38, -8,-46,-39,-24,-38,-20; D=-8; /I: I=-8; DM=-26; /M: SY='R'; M=-35,-52,-15,-22,-53,-44,-31,-52, 8,-50,-41,-25,-43, -2, 22,-14,-12,-47,-54,-40; D=-8; /I: I=-8; DM=-26; /M: SY='L'; M=-37,-46,-43,-42,-29,-49,-40, -3,-17, 9,-17,-12,-51,-36,-37,-20,-31,-20,-51,-35; D=-8; /I: I=-8; DM=-26; /M: SY='F'; M=-17,-46,-45,-40, 8,-45,-40,-10,-28,-30,-30,-36,-47,-35, 5,-15,-10,-25,-42,-25; D=-8; /I: I=-8; DM=-26; /M: SY='D'; M=-35, 18, 30,-19,-55,-38,-32,-53,-11,-53,-49, -1,-43,-29,-32,-11,-11,-48,-68,-45; D=-8; /I: I=-8; DM=-26; /M: SY='Q'; M=-16,-48,-30, -5,-49,-40,-35,-20,-10,-40,-34,-28,-39, 11,-27, -6,-10,-32,-53,-40; D=-8; /I: I=-8; DM=-26; /M: SY='H'; M=-33,-48,-35,-43,-41, 5, 20,-12,-39,-34,-30, 6,-48,-37,-43,-31,-32, -4,-61,-36; D=-8; /I: I=-8; DM=-26; /M: SY='P'; M=-19,-50, -9,-10,-46,-14,-43,-14,-18,-37,-35,-33, 1,-33,-37,-31,-20,-15,-56,-44; D=-8; /I: I=-8; DM=-26; /M: SY='T'; M= 16,-19,-19, -5,-15, 0,-25, 13,-17, 3, -3,-14,-21,-17,-23, -3, 26, 25,-34,-17; /M: SY='L'; M=-15,-26, 23, 23,-11,-27,-13, -5, 12, 28, 0,-11,-22, -4, -8, -6,-11, -9,-30,-14; /M: SY='A'; M= 20,-22,-13, -3, 5,-16,-14, 10, 4, -9, 10, 15,-21, 6, 5, -4, 5, -3,-26,-11; /M: SY='F'; M=-18,-24, 2, -1, 38,-30,-12, 6,-18, 18, 14,-17,-26,-17,-21,-14, 14, -2,-10, 31; /M: SY='M'; M= 10, 24,-16, 1,-20,-16,-13,-11, 3, 0, 32,-10, 13, 11,-11, 15, 5,-10,-30,-16; /M: SY='D'; M=-12,-27, 42, 12,-25,-18, -9, -5, 14,-17, 8, 14,-20, -3, 8, 10, -5, -4,-38,-18; /M: SY='E'; M= -4,-27, 15, 35,-25, 13,-11, -9, -3, -9,-15, 10,-17, -1, 5, 2, 1,-16,-33,-21; /M: SY='K'; M= -3,-27, 20, 9, 14, 0,-12,-20, 32, -8,-13, -5,-20, -4, 1, -9, 0,-18,-21, 4; /M: SY='I'; M=-15, 29,-34,-29, 1,-37,-23, 34,-22, 28, 9,-28,-32,-22, -3,-23,-12, 26,-23, 13; /M: SY='R'; M= -1,-27,-12, -3,-26,-20, -9,-18, 37,-20, 5, 9,-21, 11, 42, 0, -9, -7,-29,-16; /M: SY='N'; M= -3,-27, 12, -2,-24, 3, -4,-29, 26,-29,-19, 34,-22, 15, 24, 5, -7,-26,-27, 5; /M: SY='V'; M= 0,-23,-20, -1, 11,-26,-18, 17, -2, 11, 0,-17,-24, 3,-15, -2, 5, 20,-21, 13; /M: SY='F'; M=-21,-25,-21, -4, 43,-31, 30, 10,-20, 24, 21, -1,-30,-17,-20,-21,-15, -2,-13, 22; /I: I=-14; MI=0; MD=-45; IM=0; DM=-45; /M: SY='E'; M=-14,-33, 18, 43,-37, 11,-11,-37, 7,-33,-26, 10,-17, 14, 2, -8, -3,-31,-36,-27; D=-14; /I: I=-14; DM=-45; /M: SY='S'; M= 10,-25,-11, 14,-29, 11,-16,-20,-11,-22, 6, -8,-20, 11,-16, 28, -4, -8,-34,-22; D=-14; /I: I=-14; DM=-45; /M: SY='Y'; M=-17,-28,-12, 3, 16,-24, -3,-14, 12, -3, -8, 5, 12, 7, -6, -9, 9,-15, -5, 49; /M: SY='H'; M=-10,-29, 25, 20,-31, 2, 30,-34, 24,-30,-21, 1,-17, 3, 23, 16, -7,-28,-35,-16; /M: SY='P'; M=-11,-26,-13, 1,-20, 25,-16, -3, -2, 3, 10, 8, 31,-12,-17, -7, 12,-11,-30,-20; /I: I=-22; MD=-71; /M: SY='H'; M= -6,-31,-22, -4, 6,-30, 17,-16, -7, -7,-15,-18,-30,-17,-20, 1, 7, -7,-29, 9; D=-22; /I: I=-22; MI=-71; MD=-71; IM=-71; DM=-71; /M: SY='N'; M=-26,-35, 5, 5, 5,-34,-21, 7, -6, 8,-10, 14,-33,-18,-22,-23,-19,-11,-35,-17; D=-22; /I: I=-22; DM=-71; /M: SY='E'; M=-14,-30, 32, 42, -1,-22, -8,-11, 10,-22,-19, 11,-16, 3, 7, 2, -9,-19,-31,-15; /M: SY='F'; M=-16,-28, 13, 5, 28,-26,-15, 3, 0, 8, -5,-13, 12, 20,-12, -5,-11, 1,-21, -3; /M: SY='F'; M=-15,-24,-29,-23, 33, -7,-22, 21,-22, 27, 6,-22,-29, 7,-23,-17, 0, 16,-18, 0; /M: SY='P'; M= 7,-27,-13, 13,-15,-24, 15, 4, -8, -1, -6,-15, 24, 9, 2, -9, 2, 9,-27, 5; /M: SY='P'; M=-14,-30, 25, 11,-29,-18,-10,-23, 7,-14,-17, 22, 48, 9, 1, 2, 5,-23,-36,-22; /M: SY='W'; M= -6,-32,-20, -4, 18,-21,-17,-16,-16, -6,-13, 11,-27,-14,-20,-15, -5,-20,112, 34; /M: SY='M'; M=-18,-25,-38,-32, 36,-35,-20, 36,-27, 24, 53,-27,-29,-23,-26,-26,-14, 13,-17, 4; /M: SY='Q'; M= -8,-27, -4, 20,-29,-17, -9, -9, 16,-22,-15, 11, 15, 33, -2, 17, 15,-16,-31,-19; /I: I=-13; MI=0; MD=-42; IM=0; DM=-42; /M: SY='K'; M=-10,-34, 20, -5,-36,-24, 20,-30, 23,-32,-23, 20,-28, 7, 16,-13,-16,-19,-43,-22; D=-13; /I: I=-13; DM=-42; /M: SY='G'; M=-10,-37, 5, -6,-43, 63,-26,-49,-24,-44,-35, -8,-26,-21,-32,-10,-25,-42,-35,-36; D=-13; /I: I=-13; DM=-42; /M: SY='C'; M=-21, 18,-33,-29,-25, 1, 14, 0,-24, -5, 6,-24,-36, -4, -8,-22, -8, 4,-44,-23; D=-13; /I: I=-13; MI=0; MD=-42; IM=0; DM=-42; /M: SY='N'; M=-15,-37,-27,-33,-39,-30,-30,-27,-29,-33, -2, 14,-39,-27,-35, 8, 5,-14,-57,-37; D=-13; /I: I=-13; DM=-42; /M: SY='H'; M=-13,-38,-28,-29, 20, -7, 47,-27,-27,-21,-17,-21,-37,-23,-26,-20, -8,-27,-15, 43; D=-13; /I: I=-13; DM=-42; /M: SY='I'; M=-16, 30,-38,-35, 11,-10,-34, 36,-31, 10, 18,-29,-33,-30,-33,-24,-14, 28,-30,-11; D=-13; /I: I=-13; DM=-42; /M: SY='E'; M=-15,-32, -7, 23, 0,-23,-10,-26, 8,-23, 2, 6, 12, 21, 21, 6,-12,-25,-29,-15; D=-13; /I: I=-13; DM=-42; /M: SY='C'; M= -5, 32,-23,-21,-11,-24,-25, 15,-20, 11, -1,-14,-24,-19,-24, 16, 25, 27,-36,-15; /M: SY='R'; M= -9,-27, -8, 19,-18,-21,-11, -7, 18,-19,-14, -8, 15, 0, 21, 16, 7, -5,-25, 7; /M: SY='T'; M= -9,-23,-16,-16,-17, 16,-14,-11, -7, 9, 13, 8, 9,-10, 16, 11, 16,-12,-31,-16; /M: SY='G'; M= -8,-27, 21,-13,-33, 54, 21,-38,-12,-36,-25, 41,-22,-11,-19, -1,-12,-35,-37,-23; /M: SY='W'; M=-18,-29,-41,-28, 15,-28,-17, 3,-21, 10, 71,-29,-26,-15,-20,-26,-19, -5,102, 8; /M: SY='M'; M=-14,-23,-32,-28, 16, 17,-16, 7,-25, 36, 49,-23,-29,-19,-24,-21,-16, 0,-21, -4; /M: SY='Q'; M=-12,-32,-13, 6,-27,-22, -1,-12, 2, -6, 45, -7,-20, 70, 2, -6,-14,-16,-25,-10; /M: SY='G'; M= -1,-29,-17,-28,-35, 77,-23,-43,-22,-39,-28, -3,-21,-20,-30, -2,-21,-37,-26,-30; /M: SY='M'; M=-15,-24,-16,-24, -8,-23,-12, 38,-16, 7, 47, 35,-25,-14,-20,-15, -7, 11,-32,-11; /M: SY='F'; M= -7,-22,-33,-27, 46,-32, 17, 7,-28, 40, 10,-28,-34,-24,-25,-24,-16, 1,-14, 8; /M: SY='H'; M=-18,-25, 6, -8,-25,-10, 76,-32, -4,-29,-15, 62,-24, -1, -7, -2, -7,-34,-52, -6; /M: SY='Y'; M= -5,-25,-16,-19, 18,-21, 0, -5, 0, 5, 37, 24,-28,-10,-11,-12,-11, -9, -6, 50; /M: SY='T'; M= 2, 31,-20,-20,-11,-23,-23, 14,-18, 16, -1,-11,-21,-18,-23, 8, 39, 4,-34,-15; /M: SY='S'; M= 5,-17,-10,-11, 2, -3,-12,-24,-11,-26,-21, 2,-17, -3,-15, 59, 10,-18,-30,-13; /M: SY='S'; M= 1,-17, 19, -6,-26, -8,-13,-22, -9,-26,-21, 4,-15, -5,-15, 46, 35,-15,-39,-19; /M: SY='L'; M=-16,-21,-33,-28, 28,-36,-20, 14,-27, 38, 11,-29,-33,-25,-26,-21, 1, 24,-17, 17; /M: SY='F'; M= -5,-23,-33,-28, 39,-32,-14, 9,-26, 32, 8,-30,-35,-24,-24,-21,-14, 15, -6, 39; /M: SY='H'; M= 8,-26,-11,-13,-25, 33, 77,-33,-14,-25,-14, 0,-20, -7,-14, 7, 0,-27,-39, -6; /M: SY='S'; M= 11,-18,-19,-17,-12,-17, 16, 3,-17, 13, -2,-11,-23,-13,-20, 24, 15, 19,-34,-13; /M: SY='C'; M= 0, 67,-30,-27, -9,-26,-27, 35,-25, 11, 17,-20,-28,-21,-28, 6, -7, 10,-32,-15; /M: SY='M'; M= 24,-19,-21,-18, 18,-15, 13, 3,-17, 1, 26,-12,-21,-13,-19, 12, 15, -2,-24, -5; /M: SY='M'; M= 10,-21,-15, 10,-13,-19,-13, -4,-11, 20, 29,-13,-21, 15,-14, 11, 5, -5,-28,-13; /I: I=-8; MI=0; MD=-26; IM=0; DM=-26; /M: SY='C'; M=-15, 30, 4, 7,-23, -2,-16, -6,-10, 1,-11, 5,-26, 17, -1, 0, 1,-15,-36,-21; D=-8; /I: I=-8; DM=-26; /M: SY='F'; M=-25,-29,-40,-35, 56,-38,-18, 2,-30, 18, 16,-33,-39,-31,-28,-29,-21, 3, 38, 38; D=-8; /I: I=-8; DM=-26; /M: SY='M'; M= 5,-25,-21, -3,-12, -5,-19, 4, -4, 4, 14,-18,-25,-14,-18, -1, 2, 9,-27, 8; D=-8; /I: I=-8; MI=0; MD=-26; IM=0; DM=-26; /M: SY='I'; M=-38,-51,-39,-14,-28,-55,-38, 0,-12,-16,-24,-40,-46,-31,-10,-38,-21, -8,-42, -2; D=-8; /I: I=-8; DM=-26; /M: SY='C'; M=-12, 47,-32,-32,-32,-32,-31,-17,-12,-29, -1, 6,-41,-26,-13,-11,-23,-26, 46,-28; D=-8; /I: I=-8; DM=-26; /M: SY='M'; M= -6,-28, 3,-15, 11,-26,-12, 2, -3, 1, 26, 1,-28, 3,-15,-14, 0, -2,-20, 22; D=-8; /I: I=-8; DM=-26; /M: SY='K'; M= 4,-29, -8, 10,-35, -2,-13,-31, 33,-31,-21, 10,-20, 24, 3, 1, 2,-25,-32,-23; D=-8; /I: I=-8; DM=-26; /M: SY='H'; M=-18,-32,-15, 12,-19,-30, 36, -3, 9, 9, -7,-16, 27, -8,-11, -8,-14, -7,-35,-15; D=-8; /I: I=-8; DM=-26; /M: SY='D'; M=-21,-29, 31, 3, 22,-25,-10,-13,-16, 6, 10, 17,-29,-14,-20, -6,-13,-17,-24, 12; D=-8; /I: I=-8; DM=-26; /M: SY='P'; M= 7,-27, 23, 8,-29, 2,-13,-24, 14,-15,-17, 9, 31, 5, -7, 4, 4,-20,-33,-22; /M: SY='R'; M= 1,-26, 8, 14, 2, 13,-15,-12, 13, -8,-12, -9,-21, -5, 15, -1,-10, 3,-27,-14; /M: SY='Y'; M=-11, 22, 6, 2, -3,-21, -9, -9, 1, 4, -7,-10, -1, -9,-13, 15, 5, -3,-16, 35; /M: SY='D'; M= 1, 29, 37, 10,-30, 15,-13,-28, 1,-28,-23, 14,-18, -8,-14, 7, 22,-21,-40,-23; /M: SY='C'; M=-12, 66,-34,-31, 14,-12,-27, 18,-28, 15, 2,-26,-34,-29,-29,-19,-10, 31,-25, 10; /I: I=-17; MD=-53; /M: SY='W'; M=-17,-27,-28,-29, 25,-31,-26, 25,-24, 4, 14, 0,-28,-24,-28, -6, 12, 9, 45, -3; D=-17; /I: I=-17; MD=-53; /M: SY='W'; M=-17, 20,-30,-30, 9, -5,-32, 19,-26, -8, -9, -2, 4,-27,-31,-19, -2, 15, 73, -7; D=-17; /I: I=-17; MD=-53; /M: SY='D'; M=-15,-30, 53, 13,-34,-19,-11,-27, -7,-31,-27, 13,-22, -7, 3, 10, 5,-15,-48,-24; D=-17; /I: I=-17; MD=-53; /M: SY='W'; M= -5, 23,-24,-24, 6, 13, 37,-15,-21,-11, 31, 2,-28,-17,-22, -4,-16,-11, 48, -5; D=-17; /I: I=-17; MD=-53; /M: SY='M'; M= 6,-24,-35,-28, -2,-29,-17, 9,-25, 19, 44,-29,-31,-20,-25,-20,-13, 21,-22, 21; D=-17; /I: I=-17; MD=-53; /M: SY='Q'; M=-16,-36, -9, 23,-37, -6, 20,-26, -7,-27,-19,-11,-23, 42,-11, -9, 4,-13,-39,-21; D=-17; /I: I=-17; MI=-53; IM=-53; DM=-53; /M: SY='H'; M= 0,-21, -8, -9,-25, 6, 62,-30,-10,-27,-18, 4,-18, -1,-11, 47, 3,-24,-39, -8; /M: SY='S'; M= 7,-16, -8, -9,-27, -2,-11,-26, -9,-30,-23, 3,-16, -1,-14, 61, 12,-19,-35,-19; /M: SY='D'; M=-20,-33, 83, 17,-40,-17, -6,-39, -7,-37,-36, 13,-19, -7,-16, -8,-10,-35,-56,-23; /M: SY='D'; M=-20,-33, 83, 17,-40,-17, -6,-39, -7,-37,-36, 13,-19, -7,-16, -8,-10,-35,-56,-23; /M: SY='F'; M= 1,-22,-13,-13, 42,-13, -8,-16,-11,-13,-12, 21,-25, 16,-14, 25, -3,-16,-13, 19; /M: SY='I'; M= 18,-20,-21,-17,-15, -5,-22, 21,-17, 3, -3,-13,-22, 5,-20, 16, 7, 18,-31,-16; /M: SY='M'; M=-13,-21,-20,-17, 24,-25, 21, -3, -2, 12, 31,-11,-22,-13,-14, 1, 27, -5,-19, 17; /M: SY='C'; M=-13, 28, -3,-23, 26, -3,-21, 25,-23, 13, 23,-16,-27,-20,-25, 6, -9, 4,-22, -3; /M: SY='I'; M= -3,-25,-33,-30, 36,-31,-24, 40,-27, 14, 5,-24,-29,-25,-28, -6,-10, 19,-13, 19; /M: SY='C'; M= 4, 30,-14,-15,-19, 4,-17, 4, 9, -4, -9, 17,-23,-10,-11, 19, -2, 10,-34,-19; /M: SY='F'; M= 16,-23,-26,-22, 27, -1,-21, 22,-20, -1, -2,-19,-26, -2,-23, -9, 1, 17,-16, 16; /M: SY='P'; M= -1,-29, 1, -7,-25,-17,-16, -5, 6,-10,-13,-11, 53, -7, 18, 16, -6,-14,-31,-21; /M: SY='N'; M= -6,-23, 14, 7,-28, 18, -8,-25, 5,-17,-18, 32,-19, 13, -9, 23, 7,-23,-35,-21; /M: SY='W'; M=-17,-27, 6,-13, 11,-23, 19, -8, -2, 4, -7, 18, 10,-13,-14,-11, 6, -3, 52, 27; /M: SY='D'; M= -9,-26, 35, 10,-25,-17,-12, 0, 12,-18,-15, 11,-19, 12, -7, 18, -3, 6,-37,-18; /M: SY='D'; M=-12,-27, 24, 15,-22, -2, 21, -3, 18, -7, 7, 13,-20, -3, -5, 1, -8, -3,-35,-15; /M: SY='M'; M= 0,-24, 10, 4,-20, -6,-12, 8, 19,-11, 22, 19,-19, -5, -5, 4, 5, -6,-32,-16; /I: I=-13; MI=0; MD=-40; IM=0; DM=-40; /M: SY='F'; M=-32,-44,-33,-24, 19,-41, 18,-29,-18,-12,-20,-26,-43, 14, 10,-15,-29,-32,-28, 10; D=-13; /I: I=-13; DM=-40; /M: SY='W'; M= -5,-40, 8,-19,-24,-31,-27,-10, -7,-27,-24,-22,-35, 1,-23, -8,-21,-10, 50, 5; D=-13; /I: I=-13; DM=-40; /M: SY='S'; M= 5,-32,-16, -3,-39, -2,-21,-34,-12,-35,-27, 4, 4, 7, 0, 11, 8,-27,-42,-31; D=-13; /I: I=-13; DM=-40; /M: SY='A'; M= 16,-31,-25, -8, 1,-11,-26, -2,-23, -7,-14, -3,-32, 1,-27,-15,-18, -3,-34,-20; D=-13; /I: I=-13; DM=-40; /M: SY='E'; M= -7,-32, 35, 39,-37,-21, -7,-36, 7,-33,-26, 23,-19, 17, 10, -8,-12,-31,-40,-25; D=-13; /I: I=-13; DM=-40; /M: SY='W'; M= -5, 29,-26,-18, 8,-27,-15, 11, -6, 5, 27,-18,-27, 4, 25,-14, 0, -3, 43, 7; /M: SY='F'; M= -4,-25,-18,-11, 35,-22,-10, -8, 8, 13, -3, 4,-27, 19, 2, 0,-11,-11,-13, 18; /M: SY='Y'; M= -1,-24, -9, 12, -6,-20, -5,-12, 6, -1, 22, 8,-21, -3, 8, 4, 11,-11,-17, 29; /M: SY='W'; M= -1,-26,-24,-17, 7, 13,-17,-10, 5, 14, 11,-16,-26,-10, 24, -2,-14,-12, 50, -6; /M: SY='Y'; M= 1,-22,-21,-18, -4,-22, 20, 10,-14, 7, -2,-14,-25,-12, 1, 14, 6, 20,-22, 23; /M: SY='C'; M= -6, 84, 4, 10, 5,-25,-18,-14, -5, 6, 8,-14,-28,-14,-18, -2,-11,-12,-33,-15; /M: SY='K'; M=-16,-26,-22,-15, 20, -6, 18, 8, 24, 23, 2,-15,-26,-11, -4,-18,-14, 3,-21, -3; /M: SY='W'; M= -3,-23,-29,-24, -3,-30, 29, 20,-24, 29, 7,-23,-29,-20,-24,-17, 1, 21, 48, -4; /M: SY='F'; M= 5,-22,-22, -7, 48,-24,-17, 11,-20, 6, -3, -3,-28,-20,-22, -3, -9, 13,-11, 19; /M: SY='W'; M= 1,-27,-21,-21, 5, 41,-18,-17, -6, -9,-14,-10,-24,-14, 2, 10,-12, -9, 49, 8; /M: SY='W'; M=-15, 28, -6,-22, -4,-30,-21, 30,-18, 15, 26,-20,-28,-17, -2, -6,-11, 14, 41, 5; /M: SY='N'; M=-12, 22, -3,-10, -1,-13, 23, -7, 3,-20,-14, 46,-24, 11, 6, 12, 7,-17,-35,-12; /M: SY='M'; M= 8,-22,-19,-14, 6,-19, -9, -3, -2, -1, 45, 2,-23, 10, 3, 1, 5, 3,-21, 12; /M: SY='S'; M= -4, 29, -8, 6, -2,-12,-11,-22, 13,-23,-18, 12,-20, 11, 7, 35, 1,-12,-30,-14; /M: SY='M'; M=-15,-27,-18,-11,-13,-24, 21, 8, 10, 15, 29, 5, 12, 10, 8, -4,-10, -5,-29,-10; /M: SY='W'; M=-14,-27, -7, 16, 6, -7,-12,-19, 32, -1,-12, 16,-20, -2, 2, 1,-10,-20, 49, -8; /M: SY='K'; M=-80,-94,-72,-59,-96,-87,-76,-97,114,-96,-83,-65,-80,-57,-41,-74,-75,-92,-90,-83; /M: SY='S'; M= -5, 31,-10, -1, 16,-13, 20,-18,-12, -9,-13, 11,-22, -8,-16, 34, 11,-16,-25, 6; /M: SY='Y'; M=-18, 26,-30,-30, 34,-10, -8, 16,-24, 12, 18,-25,-33,-22,-23,-21,-15, 7, 0, 55; /I: E1=0; IE=-255; DE=-255;» more |
Numerical results [info]
Total number of hits | 152 in 152 different sequences |
Number of true positive hits | 152 in 152 different sequences |
Number of 'unknown' hits | 0 |
Number of false positive hits | 0 |
Number of false negative sequences | 0 |
Number of 'partial' sequences | 1 |
Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
Taxonomic range [info] | Eukaryotic viruses |
Maximum number of repetitions [info] | 1 |
Scaling database [info] | reversed |
Author [info] | S_Spirin, N_Hulo |
Feature key [info] | DOMAIN |
Feature description [info] | RdRp catalytic |
Version [info] | 6 |
Cross-references [info]
UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
152 sequences
L_ALLVP (Q6XQI9), L_ANDV (Q9E005), L_BCCV (V5IVB1), L_BCNVU (A0PJ24), L_BUNL8 (Q8JPR2), L_BUNLC (A5HC98), L_BUNYW (P20470), L_CCHFI (Q6TQR6), L_CHAVB (B2C4J3), L_CPXVB (Q6XQH2), L_DOBV (Q806Y6), L_DUGBA (Q66431), L_EMARV (Q6Q305), L_GOGV (J7H8Q3), L_GTOVV (Q6UY70), L_HANTV (P23456), L_HTRV (J3TRD1), L_IPPYV (Q27YE1), L_JUNIN (Q6XQI4), L_LASSJ (O09705), L_LASV (Q6GWS6), L_LATVB (B2MW49), L_LYCVA (P14240), L_MACHU (Q6IUF8), L_MOBVC (Q27YE5), L_OLVVA (Q6XQH7), L_PARVP (B2MW51), L_PIRVV (Q6RSS2), L_PUUMG (P27176), L_PUUMS (P0C760), L_RSVT (Q85431), L_RVFV (A2SZS3), L_RVFVZ (P27316), L_SABVB (Q6UY61), L_SBVBH (H2AM11), L_SEOU8 (P27314), L_SFTS (I0DF35), L_SINV (Q89709), L_TACVF (P20430), L_TAMVU (A9JR23), L_TOSV (P37800), L_TSWV1 (P28976), L_TULV (Q9YQR5), L_UUKS (P33453), L_WWAVU (B2ZDY2), RDRP_DHVI1 (P27153), RDRP_I000X (Q9IQ46), RDRP_I00A0 (Q8QPH4), RDRP_I00A1 (Q289L9), RDRP_I01A0 (Q809M3), RDRP_I01A1 (Q809M7), RDRP_I01A2 (Q809M5), RDRP_I01A3 (Q809L9), RDRP_I02A1 (Q6DNS6), RDRP_I02A2 (Q6DNS5), RDRP_I02A3 (Q6DNS4), RDRP_I02A4 (Q6DNS3), RDRP_I02A5 (Q6J847), RDRP_I02A6 (Q6DNS2), RDRP_I02A7 (Q6DNQ9), RDRP_I03A0 (Q6J856), RDRP_I03A1 (Q6DNQ5), RDRP_I05A1 (Q2LFH3), RDRP_I06A0 (B4URE4), RDRP_I07A0 (A8C8K2), RDRP_I18A0 (Q3HM40), RDRP_I33A0 (P03430), RDRP_I34A1 (P03431), RDRP_I35A3 (A4GCM7), RDRP_I36A0 (A4GCJ4), RDRP_I40A0 (Q0HD52), RDRP_I43A0 (A4GCL6), RDRP_I45A0 (A4U6W0), RDRP_I47A0 (Q82571), RDRP_I49A1 (Q0A440), RDRP_I51A0 (A4U7B4), RDRP_I54A2 (A4K151), RDRP_I56A0 (P16502), RDRP_I56A1 (Q20P14), RDRP_I56A2 (Q0A429), RDRP_I57A0 (Q1K9Q5), RDRP_I57A1 (P26119), RDRP_I57A2 (P26120), RDRP_I57A3 (P26121), RDRP_I57A5 (P16511), RDRP_I59A0 (Q0A2G8), RDRP_I60A0 (P21426), RDRP_I61A1 (B3EUR4), RDRP_I66A0 (Q0A2D9), RDRP_I66A1 (Q0A451), RDRP_I67A0 (Q6XU19), RDRP_I67A2 (A8C8X1), RDRP_I68A3 (Q0A461), RDRP_I68A4 (Q910D6), RDRP_I68A5 (P16506), RDRP_I68A6 (P03432), RDRP_I69A0 (Q6XT06), RDRP_I70A0 (Q6XT02), RDRP_I71A1 (Q3YPY7), RDRP_I72A2 (Q1K9E3), RDRP_I72A3 (Q463W7), RDRP_I72A4 (Q2ICQ2), RDRP_I73A4 (P16504), RDRP_I73A5 (Q1PUD1), RDRP_I73A6 (P26118), RDRP_I75A0 (Q30NP3), RDRP_I75A3 (P31341), RDRP_I76A6 (Q2RF98), RDRP_I77A4 (Q9EA41), RDRP_I77AA (A4GBY5), RDRP_I77AB (Q1WP01), RDRP_I77AD (P16512), RDRP_I77AF (P16503), RDRP_I78A3 (P16508), RDRP_I78A7 (Q2VNE5), RDRP_I78A8 (Q2VNC5), RDRP_I78AC (Q0A3Q1), RDRP_I79A4 (P18882), RDRP_I79A7 (Q20PL6), RDRP_I80A2 (Q2VC92), RDRP_I80A4 (Q2RCG8), RDRP_I80A6 (Q08II5), RDRP_I80A8 (P16513), RDRP_I80AA (A4GCK5), RDRP_I80AD (Q20NV3), RDRP_I81A4 (P16510), RDRP_I82A4 (P16509), RDRP_I83A1 (A4GCI3), RDRP_I83A4 (Q0A2F7), RDRP_I83A5 (Q0A2H9), RDRP_I83A6 (Q0A2D0), RDRP_I83A8 (Q38SQ0), RDRP_I85A3 (Q0A2Q6), RDRP_I86A3 (P16505), RDRP_I88A3 (P16507), RDRP_I88A7 (P16514), RDRP_I93A0 (O91741), RDRP_I96A0 (Q9Q0V0), RDRP_I96A2 (A3DRP8), RDRP_I96A3 (Q07FH7), RDRP_I97A0 (O89749), RDRP_I97A1 (Q9WLS3), RDRP_INBAC (P13871), RDRP_INBAD (P13872), RDRP_INBLE (P07832), RDRP_INBP9 (O36430), RDRP_INCAA (Q6I7C3), RDRP_INCJH (Q9IMP4), RDRP_INCJJ (P19703), RDRP_ISAV8 (Q8V3T6), RDRP_QRFVE (D0QX26), RDRP_THOGV (O41353)» more
|
UniProtKB/Swiss-Prot 'Partial' sequences |
1 sequence
RDRP_I82A2 (P26144) |
PDB [Detailed view] |
89 PDB
5AMQ; 5AMR; 5D98; 5D9A; 6F5P; 6L42; 6QNW; 6QPG; 6QWL; 6QX3; 6QX8; 6QXE; 6RR7; 6XZD; 6XZG; 6XZP; 6XZQ; 6XZR; 6Y0C; 6Y6K; 6Z6B; 6Z6G; 6Z8K; 7ALP; 7EEI; 7NHA; 7NHC; 7NHX; 7NI0; 7NIK; 7NIL; 7NIR; 7NIS; 7NJ3; 7NJ4; 7NJ5; 7NJ7; 7NK1; 7NK2; 7NK4; 7NK6; 7NK8; 7NKA; 7NKC; 7NKI; 7NKR; 7ORI; 7ORJ; 7ORK; 7ORL; 7ORM; 7ORN; 7ORO; 7VGQ; 7VH1; 7VH2; 7VH3; 7X6S; 7X6V; 8C4S; 8C4T; 8C4U; 8C4V; 8H69; 8P0B; 8P0G; 8P0U; 8P1J; 8P1K; 8P1L; 8P1M; 8P1N; 8QE5; 8QGT; 8QGU; 8QH3; 8QHD; 8R60; 8R65; 8Z85; 8Z8J; 8Z8N; 8Z8X; 8Z90; 8Z97; 8Z98; 8Z9H; 8Z9Q; 8Z9R » more |