PROSITE entry PS50525

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	RDRP_SSRNA_NEG_SEG
Accession [info]	PS50525
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-NOV-2005 CREATED; 13-FEB-2019 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50507
Associated ProRule [info]	PRU00539

Name and characterization of the entry

Description [info]

RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=193;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=186;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.5244743; R2=0.0084245; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=18282.5078125; R2=13.3647604; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=829; H_SCORE=29362; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=591; H_SCORE=26181; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-80; I=-80; B1=-1000; E1=-1000; MI=-255; MD=-255; IM=-255; DM=-255;

...

                A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y
/I:         B1=0; BI=-255; BD=-255;
/M: SY='N';  M= 17,-21, 20, -7,-23,-12,-11,-15, -4, -9,-13, 23,-22, -6, 17, 14,  7, -4,-36,-19;
/M: SY='R';  M=  1,-26,-16, -9,-21, -1, 21, -2, 15,-12, 20, -7,-21, 13, 27,  3,  3, -4,-30,-12;
/M: SY='K';  M=-16,-31, -9,  5,-31,-24, -9,-32, 61,-30,-18, -2,-18,  8, 42,-10,-11,-27,-25,-17;
/M: SY='M';  M=-15,-26,  9, 15,  7,-24, -8, -7, -5,  9, 35,  8,-21, 22,  3,-10,  6,-10,-27, -8;
/M: SY='C';  M= -3, 39,-17, -4, 21,-23,-17, 16,-18, 11, 14, 15,-27,-16,-22, -2, -8,  8,-26, -7;
/M: SY='G';  M=  5,-23,-11,  1,-24, 28,-17, -2,  1,-18,-14,  9,-20, -8,  4, 14,  5,  4,-32,-21;
/M: SY='D';  M=-14, 29, 31, -7,-20,-19,-10,  7,  3,-10, 24, 28,-24, -9,  2, -1, -7,  2,-39,-17;
/M: SY='K';  M= -7,-25, 12, 10,-27,-13, 12,-26, 30,-16,-17, 13,-17, 17,  3, 28, -2,-23,-32,-16;
/M: SY='G';  M= -2,-27,-12,  1, 10, 23, 12,-16, -8,-14, 10,  8,-23,  8,  4,  2,-11, -8,-17, 23;
/M: SY='W';  M=  7,-27, 29,  4,  4,-18, 17,-15,  3,-15,  5,  9,-23, 10,-10, -8,-11, -5, 41, 13;
/M: SY='T';  M=-10,-20,-20,-18,  9, -3,-22,  1, -4, 14, -2,-13, 12,-18,-18, -5, 34, 12,-28,-11;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-47; IM=0; DM=-47;
/M: SY='C';  M=-25, 18,-46,-44,  5,-13,-36,  6,-40, -1, 10,-39,-45,-39,-41,-33,-25, 17,-34,  5; D=-15;
/I:         I=-15; DM=-47;
/M: SY='C';  M=  5, 49, -9, 12,-22,-17,-14,-27,-12,-26,-22,  9,-23, -9,-19, 22, 15,-19,-32,  4; D=-15;
/I:         I=-15; DM=-47;
/M: SY='I';  M=-13, 25,-28,-27, -2,-34,-25, 33,-24, 22,  6,-21,-27,-23,-27,-13, 22, 23,-26,  7;
/M: SY='S';  M=  3,-16, -6,-10,-25, -5,-12,-23, -9,-27,-20, 16,-16, -4,-14, 52, 31,-15,-37,-19;
/M: SY='G';  M= 18,-25, 31, -9,-24, 42,-14,-27,-15,-25,  0, -2,-20,-12,-21,  6,-11,-21,-27,  2;
/M: SY='D';  M=-20,-33, 83, 17,-40,-17, -6,-39, -7,-37,-36, 13,-19, -7,-16, -8,-10,-35,-56,-23;
/M: SY='N';  M= 28,-21, -5, -6,-27, -8, 35,-21, -6,-20,  9, 38,-21, 24, -9,  1, -6,-17,-35,-15;
/M: SY='S';  M=  7,-18, -7,  5,-26, -8,-13,-23, -5,-26,-20,  1,-15, -2,  2, 47, 29,-15,-35,-19;
/M: SY='K';  M=-15,-29, -7,  6,-31,-22,-10,-32, 66,-31,-18,  0,-15,  8, 24, -9,-10,-27,-25,-18;
/M: SY='W';  M=-28,-49,-51,-32, 23,-27,-42,-22,-25,-19,-22,-45,-32,-25,-27,-33,-37,-35,147, 32;
/M: SY='N';  M= -5,-20,  3,-12,-30, 28, -4,-30, -6,-35,-24, 58,-22, -5,-13, 29,  1,-28,-39,-24;
/M: SY='P';  M= 15,-31, -3, 35,-36,-17,-11,-27, -2,-27,-18,-12, 51, 35, -9, -5,-11,-23,-29,-25;
/M: SY='C';  M= -7, 63,-16,-17,-25, 30,-17, -9,-11,-19,  3,  8,-24,  6,  0, 13,  2,-15,-34,-22;
/I:         I=-24; MI=0; MD=-77; IM=0; DM=-77;
/M: SY='H';  M=-16,-27,  4, -8,-11,-27, 63, -3,-13, 18, 36, -9,-25, 22,-11,-15,-15,  0,-35, -2;
/M: SY='C';  M=-15, 64,  8,-12, 10,-20, 31,-19,-13, -7,-11, 20,-28,  8,-16,  1,  4,-18,-24, 22;
/M: SY='P';  M=-13, 26,-23,-16,-12,-24,-18, -5,-18,-16,-12,-23, 71,-20,-25, -3, -8, 12,-21, 22;
/M: SY='K';  M=  9,-23, 12, 20, -4,-15,-12,-25, 24,-24,-19, -3,-16,  0, 11, 19, 11,-18,-29,-15;
/M: SY='Y';  M=  7,-24,-22,-13, 26,-24,-11, -4, 25,  7, 13,-16,-25,-10, -3,-13,-11,  2,-10, 30;
/M: SY='F';  M=-24,-25,-38,-34, 70,-35,-16, 18,-28, 10, 30,-28,-34,-31,-26,-25,-17,  2,  1, 33;
/M: SY='W';  M=  1,-25,-30,-21, -4,-27,-19, 17,-12, 28, 30,-23,-28,-13, 15, -6,-12,  3, 49, -6;
/M: SY='A';  M= 26, 25,-23,-19,-14,  2,-21,  4,-15, 16, -2,-16,-25,-14,  0,  4,  3, -2,-29,-17;
/M: SY='M';  M=-16,-23,-37,-30, 28,-34,-19, 31,-25, 24, 56,-27,-29,-21,-25,-24,-12, 22,-20,  1;
/M: SY='W';  M=  5,-22,-33,-25,  0,-27,-21, 14,-24, 37, 34,-27,-28,-19,-24,-17,  1,  5, 50, -5;
/M: SY='C';  M=  2, 40,-18,-10,-19,-21,-13, -7, -7, -1, 26,-10,-22, 27,  5,  6, 21,  0,-32,-15;
/I:         I=-18; MD=-57;
/M: SY='N';  M=-18,-31, -8, 11,-12,-25, 14,-14, -4,-14, 22, 26,-27, 11, 15,-13,-14, -7,-24, 24; D=-18;
/I:         I=-18; MD=-57;
/M: SY='L';  M=-24,-30,-38,-31, 31,-39,-28, 24,-31, 31,  6,-35, 26,-30,-33,-29,-18,  4,-20, -3; D=-18;
/I:         I=-18; MD=-57;
/M: SY='T';  M=-15,-26,-20, -7, -9, -6, 17, 11,-20, 13, -3,-15,-24,-17,-24, -9, 27, -3,-29,  9; D=-18;
/I:         I=-18; MD=-57;
/M: SY='L';  M=-38,-47,-37,-10, -5,-52,-36, -9,  3,  4,-18,-37,-45,-26, -4,-39,-34,-23,-42,-27; D=-18;
/I:         I=-18; MI=-57; MD=-57; IM=-57; DM=-57;
/M: SY='D';  M=-35,-45, 27,-18,-46,-39,-29,-41, -7,-29,-37,  1,-40,-25, -7,-23,  3,-39,-60,-39; D=-18;
/I:         I=-18; DM=-57;
/M: SY='P';  M= -8,-26, 17, -7,-21,  4,-11,-18,-10,-24,-17, 12, 38,  7,-17, 19, 16, -7,-29,  7;
/M: SY='P';  M=-11,-33,  6, -3,-35, 16,-15,-29, 10,-32,-21, -8, 65, 19,-10,  4,  1,-28,-31,-26;
/M: SY='D';  M=-16,-29, 32, 31,  6,-28,-10,  3, -8,  5, 12,-10,-21, 12,-13,-14,-12, -1,-24,  8;
/M: SY='W';  M=-22,-35, -8,-21, 12,-30,-25,  5, -7, 19, -3,-28,  9,-19,-20,-26,-21,-10,108, 18;
/M: SY='H';  M=-15,-28,-10,  2, 10,-21, 45,-13, -7,-12, 12, 20,-25,  8,  4,  0,-11, -6, 42, 30;
/M: SY='P';  M= -1,-26,-15,-12,  1, 19,-16,-15, 13, -8,-13,  8, 27, -9,  5,  9, -8, -6,-26,-15;
/M: SY='F';  M= -5,-25, 18,  5, 36,-24,-12, -7,  9, 14, 14,  4,-25,-11,-11,-15,-12,-10,-19,  0;
/M: SY='I';  M=-16, 29, -1, -4, -1,-35,-22, 32,-23, 26,  7,-23,-29,-20,-26,-22,-12, 21,-25, 11;
/M: SY='C';  M=-16, 30,  2,  4, 13,-29,-13,  8, 24,  0, -6,-14,-25, -9, -4,-16,-12,  8,-16, 26;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-47; IM=0; DM=-47;
/M: SY='C';  M=  8, 30,-14,-19,-23,  9,-18,-19,-17, -2,-14, 21,-25,-15,-22, 19, 14,-15,-38,-23; D=-15;
/I:         I=-15; DM=-47;
/M: SY='C';  M=-18, 58,-35,-31, -9,-39,-31, 29,-24, 21,  3,-27,-34,-26, -6,-22, -1, 14,-35,-17; D=-15;
/I:         I=-15; DM=-47;
/M: SY='A';  M= 17,-22,-24,-14,  7,-19,-19, 10,-16,  9, 16,-18, 12, 15,-18,  5, -7, 14,-25,-10;
/M: SY='M';  M=-17,-26,-28,-20, 13,-31,-18, 19, -4, 24, 35,-23, 29,-16,  1,-20, -2,  3,-23, -6;
/M: SY='W';  M=-22,-35, -4,-21, 26,-29,-18,  3, -6,  1, -7,-26,-31,-19,-18,-23,-20, -1,106, 44;
/M: SY='H';  M= -4,-25,-19,-16, 24,-24, 46,  7,-16,  6, 23,  5,-26,  6,-15,-12, -1,  4,-20, 18;
/M: SY='F';  M=-20,-25,  1,-15, 43,-28, 34, -3,  4, 18, 27,  1,-28,-14,-12,-19,-15, -8,-17,  8;
/M: SY='C';  M=-12, 68,-14, -6,-23,-21, 32,-25, 38,-11,-14, -5,-23, -3,  5,  8, -8,-21,-34,-15;
/M: SY='K';  M= -3,-27, -5,  0, -5,-17, -5,-27, 36,-26,-16, 32,-21, 27, 32, -5, -9,-25,-27,-14;
/M: SY='K';  M=-15,-28,-21,-10, -9,-30,-14, 19, 28,  5, 24,-15,-24, 10, 14,-16,-11, 14,-21, 11;
/M: SY='M';  M=-13,-23,-33,-28, 35,-31,-18, 25,-24, 10, 42,-24,-29,-22,-24, -7, -9, 28,-15, 20;
/I:         I=-8; MD=-26;
/M: SY='C';  M=-15, 25,-26, 13,-45,-45,-36,-27, -8,-35,-32,-33,-39,  0,-26,-29,-29, -5,-54,-41; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-26;
/M: SY='K';  M=-40,-54,-46,-36,-40,-57,-46,  7, 11,-29,-27,-38,-47,-31, -4,-42,-35,-10,-52,-39; D=-8;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-26; IM=0; DM=-26;
/M: SY='L';  M=-16,-39,-51,-45, 17,-48,-39, 16,-43, 18, 10,-44,-46,-40,-43,-38,-29, -4,-33,-14; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-26;
/M: SY='N';  M=-27,-42, -2, -7,-47,  6,-22,-46,-17,-48,-38, 30,  6,-20, -3,-17, -7,-43,-53,-40; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-26;
/M: SY='D';  M=-27,-40, 20,-23,-28,-41,-34,  1,-33,  0,-17,-25,-41,-14,-36,-15,-22,  9,-52,-30; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-26;
/M: SY='D';  M=-31,-49,  7,-21,-49,-38,-33,-45,  0,-29,-38,-23,-42, -4,-24,  4,-26,-43,-56,-40; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-26;
/M: SY='L';  M=-20,-46,-39,-37, -9,-42,-35,-31,-12, -6,-26, -7,-50,-31, -8,-18,-31,-33,-47,-31; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-26;
/M: SY='F';  M=-43,-49,-53,-43, 15,-57,-39,-13,-14,  4,  3,-46,-53,-38, -8,-46,-39,-24,-38,-20; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-26;
/M: SY='R';  M=-35,-52,-15,-22,-53,-44,-31,-52,  8,-50,-41,-25,-43, -2, 22,-14,-12,-47,-54,-40; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-26;
/M: SY='L';  M=-37,-46,-43,-42,-29,-49,-40, -3,-17,  9,-17,-12,-51,-36,-37,-20,-31,-20,-51,-35; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-26;
/M: SY='F';  M=-17,-46,-45,-40,  8,-45,-40,-10,-28,-30,-30,-36,-47,-35,  5,-15,-10,-25,-42,-25; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-26;
/M: SY='D';  M=-35, 18, 30,-19,-55,-38,-32,-53,-11,-53,-49, -1,-43,-29,-32,-11,-11,-48,-68,-45; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-26;
/M: SY='Q';  M=-16,-48,-30, -5,-49,-40,-35,-20,-10,-40,-34,-28,-39, 11,-27, -6,-10,-32,-53,-40; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-26;
/M: SY='H';  M=-33,-48,-35,-43,-41,  5, 20,-12,-39,-34,-30,  6,-48,-37,-43,-31,-32, -4,-61,-36; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-26;
/M: SY='P';  M=-19,-50, -9,-10,-46,-14,-43,-14,-18,-37,-35,-33,  1,-33,-37,-31,-20,-15,-56,-44; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-26;
/M: SY='T';  M= 16,-19,-19, -5,-15,  0,-25, 13,-17,  3, -3,-14,-21,-17,-23, -3, 26, 25,-34,-17;
/M: SY='L';  M=-15,-26, 23, 23,-11,-27,-13, -5, 12, 28,  0,-11,-22, -4, -8, -6,-11, -9,-30,-14;
/M: SY='A';  M= 20,-22,-13, -3,  5,-16,-14, 10,  4, -9, 10, 15,-21,  6,  5, -4,  5, -3,-26,-11;
/M: SY='F';  M=-18,-24,  2, -1, 38,-30,-12,  6,-18, 18, 14,-17,-26,-17,-21,-14, 14, -2,-10, 31;
/M: SY='M';  M= 10, 24,-16,  1,-20,-16,-13,-11,  3,  0, 32,-10, 13, 11,-11, 15,  5,-10,-30,-16;
/M: SY='D';  M=-12,-27, 42, 12,-25,-18, -9, -5, 14,-17,  8, 14,-20, -3,  8, 10, -5, -4,-38,-18;
/M: SY='E';  M= -4,-27, 15, 35,-25, 13,-11, -9, -3, -9,-15, 10,-17, -1,  5,  2,  1,-16,-33,-21;
/M: SY='K';  M= -3,-27, 20,  9, 14,  0,-12,-20, 32, -8,-13, -5,-20, -4,  1, -9,  0,-18,-21,  4;
/M: SY='I';  M=-15, 29,-34,-29,  1,-37,-23, 34,-22, 28,  9,-28,-32,-22, -3,-23,-12, 26,-23, 13;
/M: SY='R';  M= -1,-27,-12, -3,-26,-20, -9,-18, 37,-20,  5,  9,-21, 11, 42,  0, -9, -7,-29,-16;
/M: SY='N';  M= -3,-27, 12, -2,-24,  3, -4,-29, 26,-29,-19, 34,-22, 15, 24,  5, -7,-26,-27,  5;
/M: SY='V';  M=  0,-23,-20, -1, 11,-26,-18, 17, -2, 11,  0,-17,-24,  3,-15, -2,  5, 20,-21, 13;
/M: SY='F';  M=-21,-25,-21, -4, 43,-31, 30, 10,-20, 24, 21, -1,-30,-17,-20,-21,-15, -2,-13, 22;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-45; IM=0; DM=-45;
/M: SY='E';  M=-14,-33, 18, 43,-37, 11,-11,-37,  7,-33,-26, 10,-17, 14,  2, -8, -3,-31,-36,-27; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-45;
/M: SY='S';  M= 10,-25,-11, 14,-29, 11,-16,-20,-11,-22,  6, -8,-20, 11,-16, 28, -4, -8,-34,-22; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-45;
/M: SY='Y';  M=-17,-28,-12,  3, 16,-24, -3,-14, 12, -3, -8,  5, 12,  7, -6, -9,  9,-15, -5, 49;
/M: SY='H';  M=-10,-29, 25, 20,-31,  2, 30,-34, 24,-30,-21,  1,-17,  3, 23, 16, -7,-28,-35,-16;
/M: SY='P';  M=-11,-26,-13,  1,-20, 25,-16, -3, -2,  3, 10,  8, 31,-12,-17, -7, 12,-11,-30,-20;
/I:         I=-22; MD=-71;
/M: SY='H';  M= -6,-31,-22, -4,  6,-30, 17,-16, -7, -7,-15,-18,-30,-17,-20,  1,  7, -7,-29,  9; D=-22;
/I:         I=-22; MI=-71; MD=-71; IM=-71; DM=-71;
/M: SY='N';  M=-26,-35,  5,  5,  5,-34,-21,  7, -6,  8,-10, 14,-33,-18,-22,-23,-19,-11,-35,-17; D=-22;
/I:         I=-22; DM=-71;
/M: SY='E';  M=-14,-30, 32, 42, -1,-22, -8,-11, 10,-22,-19, 11,-16,  3,  7,  2, -9,-19,-31,-15;
/M: SY='F';  M=-16,-28, 13,  5, 28,-26,-15,  3,  0,  8, -5,-13, 12, 20,-12, -5,-11,  1,-21, -3;
/M: SY='F';  M=-15,-24,-29,-23, 33, -7,-22, 21,-22, 27,  6,-22,-29,  7,-23,-17,  0, 16,-18,  0;
/M: SY='P';  M=  7,-27,-13, 13,-15,-24, 15,  4, -8, -1, -6,-15, 24,  9,  2, -9,  2,  9,-27,  5;
/M: SY='P';  M=-14,-30, 25, 11,-29,-18,-10,-23,  7,-14,-17, 22, 48,  9,  1,  2,  5,-23,-36,-22;
/M: SY='W';  M= -6,-32,-20, -4, 18,-21,-17,-16,-16, -6,-13, 11,-27,-14,-20,-15, -5,-20,112, 34;
/M: SY='M';  M=-18,-25,-38,-32, 36,-35,-20, 36,-27, 24, 53,-27,-29,-23,-26,-26,-14, 13,-17,  4;
/M: SY='Q';  M= -8,-27, -4, 20,-29,-17, -9, -9, 16,-22,-15, 11, 15, 33, -2, 17, 15,-16,-31,-19;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-42; IM=0; DM=-42;
/M: SY='K';  M=-10,-34, 20, -5,-36,-24, 20,-30, 23,-32,-23, 20,-28,  7, 16,-13,-16,-19,-43,-22; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-42;
/M: SY='G';  M=-10,-37,  5, -6,-43, 63,-26,-49,-24,-44,-35, -8,-26,-21,-32,-10,-25,-42,-35,-36; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-42;
/M: SY='C';  M=-21, 18,-33,-29,-25,  1, 14,  0,-24, -5,  6,-24,-36, -4, -8,-22, -8,  4,-44,-23; D=-13;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-42; IM=0; DM=-42;
/M: SY='N';  M=-15,-37,-27,-33,-39,-30,-30,-27,-29,-33, -2, 14,-39,-27,-35,  8,  5,-14,-57,-37; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-42;
/M: SY='H';  M=-13,-38,-28,-29, 20, -7, 47,-27,-27,-21,-17,-21,-37,-23,-26,-20, -8,-27,-15, 43; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-42;
/M: SY='I';  M=-16, 30,-38,-35, 11,-10,-34, 36,-31, 10, 18,-29,-33,-30,-33,-24,-14, 28,-30,-11; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-42;
/M: SY='E';  M=-15,-32, -7, 23,  0,-23,-10,-26,  8,-23,  2,  6, 12, 21, 21,  6,-12,-25,-29,-15; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-42;
/M: SY='C';  M= -5, 32,-23,-21,-11,-24,-25, 15,-20, 11, -1,-14,-24,-19,-24, 16, 25, 27,-36,-15;
/M: SY='R';  M= -9,-27, -8, 19,-18,-21,-11, -7, 18,-19,-14, -8, 15,  0, 21, 16,  7, -5,-25,  7;
/M: SY='T';  M= -9,-23,-16,-16,-17, 16,-14,-11, -7,  9, 13,  8,  9,-10, 16, 11, 16,-12,-31,-16;
/M: SY='G';  M= -8,-27, 21,-13,-33, 54, 21,-38,-12,-36,-25, 41,-22,-11,-19, -1,-12,-35,-37,-23;
/M: SY='W';  M=-18,-29,-41,-28, 15,-28,-17,  3,-21, 10, 71,-29,-26,-15,-20,-26,-19, -5,102,  8;
/M: SY='M';  M=-14,-23,-32,-28, 16, 17,-16,  7,-25, 36, 49,-23,-29,-19,-24,-21,-16,  0,-21, -4;
/M: SY='Q';  M=-12,-32,-13,  6,-27,-22, -1,-12,  2, -6, 45, -7,-20, 70,  2, -6,-14,-16,-25,-10;
/M: SY='G';  M= -1,-29,-17,-28,-35, 77,-23,-43,-22,-39,-28, -3,-21,-20,-30, -2,-21,-37,-26,-30;
/M: SY='M';  M=-15,-24,-16,-24, -8,-23,-12, 38,-16,  7, 47, 35,-25,-14,-20,-15, -7, 11,-32,-11;
/M: SY='F';  M= -7,-22,-33,-27, 46,-32, 17,  7,-28, 40, 10,-28,-34,-24,-25,-24,-16,  1,-14,  8;
/M: SY='H';  M=-18,-25,  6, -8,-25,-10, 76,-32, -4,-29,-15, 62,-24, -1, -7, -2, -7,-34,-52, -6;
/M: SY='Y';  M= -5,-25,-16,-19, 18,-21,  0, -5,  0,  5, 37, 24,-28,-10,-11,-12,-11, -9, -6, 50;
/M: SY='T';  M=  2, 31,-20,-20,-11,-23,-23, 14,-18, 16, -1,-11,-21,-18,-23,  8, 39,  4,-34,-15;
/M: SY='S';  M=  5,-17,-10,-11,  2, -3,-12,-24,-11,-26,-21,  2,-17, -3,-15, 59, 10,-18,-30,-13;
/M: SY='S';  M=  1,-17, 19, -6,-26, -8,-13,-22, -9,-26,-21,  4,-15, -5,-15, 46, 35,-15,-39,-19;
/M: SY='L';  M=-16,-21,-33,-28, 28,-36,-20, 14,-27, 38, 11,-29,-33,-25,-26,-21,  1, 24,-17, 17;
/M: SY='F';  M= -5,-23,-33,-28, 39,-32,-14,  9,-26, 32,  8,-30,-35,-24,-24,-21,-14, 15, -6, 39;
/M: SY='H';  M=  8,-26,-11,-13,-25, 33, 77,-33,-14,-25,-14,  0,-20, -7,-14,  7,  0,-27,-39, -6;
/M: SY='S';  M= 11,-18,-19,-17,-12,-17, 16,  3,-17, 13, -2,-11,-23,-13,-20, 24, 15, 19,-34,-13;
/M: SY='C';  M=  0, 67,-30,-27, -9,-26,-27, 35,-25, 11, 17,-20,-28,-21,-28,  6, -7, 10,-32,-15;
/M: SY='M';  M= 24,-19,-21,-18, 18,-15, 13,  3,-17,  1, 26,-12,-21,-13,-19, 12, 15, -2,-24, -5;
/M: SY='M';  M= 10,-21,-15, 10,-13,-19,-13, -4,-11, 20, 29,-13,-21, 15,-14, 11,  5, -5,-28,-13;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-26; IM=0; DM=-26;
/M: SY='C';  M=-15, 30,  4,  7,-23, -2,-16, -6,-10,  1,-11,  5,-26, 17, -1,  0,  1,-15,-36,-21; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-26;
/M: SY='F';  M=-25,-29,-40,-35, 56,-38,-18,  2,-30, 18, 16,-33,-39,-31,-28,-29,-21,  3, 38, 38; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-26;
/M: SY='M';  M=  5,-25,-21, -3,-12, -5,-19,  4, -4,  4, 14,-18,-25,-14,-18, -1,  2,  9,-27,  8; D=-8;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-26; IM=0; DM=-26;
/M: SY='I';  M=-38,-51,-39,-14,-28,-55,-38,  0,-12,-16,-24,-40,-46,-31,-10,-38,-21, -8,-42, -2; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-26;
/M: SY='C';  M=-12, 47,-32,-32,-32,-32,-31,-17,-12,-29, -1,  6,-41,-26,-13,-11,-23,-26, 46,-28; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-26;
/M: SY='M';  M= -6,-28,  3,-15, 11,-26,-12,  2, -3,  1, 26,  1,-28,  3,-15,-14,  0, -2,-20, 22; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-26;
/M: SY='K';  M=  4,-29, -8, 10,-35, -2,-13,-31, 33,-31,-21, 10,-20, 24,  3,  1,  2,-25,-32,-23; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-26;
/M: SY='H';  M=-18,-32,-15, 12,-19,-30, 36, -3,  9,  9, -7,-16, 27, -8,-11, -8,-14, -7,-35,-15; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-26;
/M: SY='D';  M=-21,-29, 31,  3, 22,-25,-10,-13,-16,  6, 10, 17,-29,-14,-20, -6,-13,-17,-24, 12; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-26;
/M: SY='P';  M=  7,-27, 23,  8,-29,  2,-13,-24, 14,-15,-17,  9, 31,  5, -7,  4,  4,-20,-33,-22;
/M: SY='R';  M=  1,-26,  8, 14,  2, 13,-15,-12, 13, -8,-12, -9,-21, -5, 15, -1,-10,  3,-27,-14;
/M: SY='Y';  M=-11, 22,  6,  2, -3,-21, -9, -9,  1,  4, -7,-10, -1, -9,-13, 15,  5, -3,-16, 35;
/M: SY='D';  M=  1, 29, 37, 10,-30, 15,-13,-28,  1,-28,-23, 14,-18, -8,-14,  7, 22,-21,-40,-23;
/M: SY='C';  M=-12, 66,-34,-31, 14,-12,-27, 18,-28, 15,  2,-26,-34,-29,-29,-19,-10, 31,-25, 10;
/I:         I=-17; MD=-53;
/M: SY='W';  M=-17,-27,-28,-29, 25,-31,-26, 25,-24,  4, 14,  0,-28,-24,-28, -6, 12,  9, 45, -3; D=-17;
/I:         I=-17; MD=-53;
/M: SY='W';  M=-17, 20,-30,-30,  9, -5,-32, 19,-26, -8, -9, -2,  4,-27,-31,-19, -2, 15, 73, -7; D=-17;
/I:         I=-17; MD=-53;
/M: SY='D';  M=-15,-30, 53, 13,-34,-19,-11,-27, -7,-31,-27, 13,-22, -7,  3, 10,  5,-15,-48,-24; D=-17;
/I:         I=-17; MD=-53;
/M: SY='W';  M= -5, 23,-24,-24,  6, 13, 37,-15,-21,-11, 31,  2,-28,-17,-22, -4,-16,-11, 48, -5; D=-17;
/I:         I=-17; MD=-53;
/M: SY='M';  M=  6,-24,-35,-28, -2,-29,-17,  9,-25, 19, 44,-29,-31,-20,-25,-20,-13, 21,-22, 21; D=-17;
/I:         I=-17; MD=-53;
/M: SY='Q';  M=-16,-36, -9, 23,-37, -6, 20,-26, -7,-27,-19,-11,-23, 42,-11, -9,  4,-13,-39,-21; D=-17;
/I:         I=-17; MI=-53; IM=-53; DM=-53;
/M: SY='H';  M=  0,-21, -8, -9,-25,  6, 62,-30,-10,-27,-18,  4,-18, -1,-11, 47,  3,-24,-39, -8;
/M: SY='S';  M=  7,-16, -8, -9,-27, -2,-11,-26, -9,-30,-23,  3,-16, -1,-14, 61, 12,-19,-35,-19;
/M: SY='D';  M=-20,-33, 83, 17,-40,-17, -6,-39, -7,-37,-36, 13,-19, -7,-16, -8,-10,-35,-56,-23;
/M: SY='D';  M=-20,-33, 83, 17,-40,-17, -6,-39, -7,-37,-36, 13,-19, -7,-16, -8,-10,-35,-56,-23;
/M: SY='F';  M=  1,-22,-13,-13, 42,-13, -8,-16,-11,-13,-12, 21,-25, 16,-14, 25, -3,-16,-13, 19;
/M: SY='I';  M= 18,-20,-21,-17,-15, -5,-22, 21,-17,  3, -3,-13,-22,  5,-20, 16,  7, 18,-31,-16;
/M: SY='M';  M=-13,-21,-20,-17, 24,-25, 21, -3, -2, 12, 31,-11,-22,-13,-14,  1, 27, -5,-19, 17;
/M: SY='C';  M=-13, 28, -3,-23, 26, -3,-21, 25,-23, 13, 23,-16,-27,-20,-25,  6, -9,  4,-22, -3;
/M: SY='I';  M= -3,-25,-33,-30, 36,-31,-24, 40,-27, 14,  5,-24,-29,-25,-28, -6,-10, 19,-13, 19;
/M: SY='C';  M=  4, 30,-14,-15,-19,  4,-17,  4,  9, -4, -9, 17,-23,-10,-11, 19, -2, 10,-34,-19;
/M: SY='F';  M= 16,-23,-26,-22, 27, -1,-21, 22,-20, -1, -2,-19,-26, -2,-23, -9,  1, 17,-16, 16;
/M: SY='P';  M= -1,-29,  1, -7,-25,-17,-16, -5,  6,-10,-13,-11, 53, -7, 18, 16, -6,-14,-31,-21;
/M: SY='N';  M= -6,-23, 14,  7,-28, 18, -8,-25,  5,-17,-18, 32,-19, 13, -9, 23,  7,-23,-35,-21;
/M: SY='W';  M=-17,-27,  6,-13, 11,-23, 19, -8, -2,  4, -7, 18, 10,-13,-14,-11,  6, -3, 52, 27;
/M: SY='D';  M= -9,-26, 35, 10,-25,-17,-12,  0, 12,-18,-15, 11,-19, 12, -7, 18, -3,  6,-37,-18;
/M: SY='D';  M=-12,-27, 24, 15,-22, -2, 21, -3, 18, -7,  7, 13,-20, -3, -5,  1, -8, -3,-35,-15;
/M: SY='M';  M=  0,-24, 10,  4,-20, -6,-12,  8, 19,-11, 22, 19,-19, -5, -5,  4,  5, -6,-32,-16;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-40; IM=0; DM=-40;
/M: SY='F';  M=-32,-44,-33,-24, 19,-41, 18,-29,-18,-12,-20,-26,-43, 14, 10,-15,-29,-32,-28, 10; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-40;
/M: SY='W';  M= -5,-40,  8,-19,-24,-31,-27,-10, -7,-27,-24,-22,-35,  1,-23, -8,-21,-10, 50,  5; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-40;
/M: SY='S';  M=  5,-32,-16, -3,-39, -2,-21,-34,-12,-35,-27,  4,  4,  7,  0, 11,  8,-27,-42,-31; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-40;
/M: SY='A';  M= 16,-31,-25, -8,  1,-11,-26, -2,-23, -7,-14, -3,-32,  1,-27,-15,-18, -3,-34,-20; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-40;
/M: SY='E';  M= -7,-32, 35, 39,-37,-21, -7,-36,  7,-33,-26, 23,-19, 17, 10, -8,-12,-31,-40,-25; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-40;
/M: SY='W';  M= -5, 29,-26,-18,  8,-27,-15, 11, -6,  5, 27,-18,-27,  4, 25,-14,  0, -3, 43,  7;
/M: SY='F';  M= -4,-25,-18,-11, 35,-22,-10, -8,  8, 13, -3,  4,-27, 19,  2,  0,-11,-11,-13, 18;
/M: SY='Y';  M= -1,-24, -9, 12, -6,-20, -5,-12,  6, -1, 22,  8,-21, -3,  8,  4, 11,-11,-17, 29;
/M: SY='W';  M= -1,-26,-24,-17,  7, 13,-17,-10,  5, 14, 11,-16,-26,-10, 24, -2,-14,-12, 50, -6;
/M: SY='Y';  M=  1,-22,-21,-18, -4,-22, 20, 10,-14,  7, -2,-14,-25,-12,  1, 14,  6, 20,-22, 23;
/M: SY='C';  M= -6, 84,  4, 10,  5,-25,-18,-14, -5,  6,  8,-14,-28,-14,-18, -2,-11,-12,-33,-15;
/M: SY='K';  M=-16,-26,-22,-15, 20, -6, 18,  8, 24, 23,  2,-15,-26,-11, -4,-18,-14,  3,-21, -3;
/M: SY='W';  M= -3,-23,-29,-24, -3,-30, 29, 20,-24, 29,  7,-23,-29,-20,-24,-17,  1, 21, 48, -4;
/M: SY='F';  M=  5,-22,-22, -7, 48,-24,-17, 11,-20,  6, -3, -3,-28,-20,-22, -3, -9, 13,-11, 19;
/M: SY='W';  M=  1,-27,-21,-21,  5, 41,-18,-17, -6, -9,-14,-10,-24,-14,  2, 10,-12, -9, 49,  8;
/M: SY='W';  M=-15, 28, -6,-22, -4,-30,-21, 30,-18, 15, 26,-20,-28,-17, -2, -6,-11, 14, 41,  5;
/M: SY='N';  M=-12, 22, -3,-10, -1,-13, 23, -7,  3,-20,-14, 46,-24, 11,  6, 12,  7,-17,-35,-12;
/M: SY='M';  M=  8,-22,-19,-14,  6,-19, -9, -3, -2, -1, 45,  2,-23, 10,  3,  1,  5,  3,-21, 12;
/M: SY='S';  M= -4, 29, -8,  6, -2,-12,-11,-22, 13,-23,-18, 12,-20, 11,  7, 35,  1,-12,-30,-14;
/M: SY='M';  M=-15,-27,-18,-11,-13,-24, 21,  8, 10, 15, 29,  5, 12, 10,  8, -4,-10, -5,-29,-10;
/M: SY='W';  M=-14,-27, -7, 16,  6, -7,-12,-19, 32, -1,-12, 16,-20, -2,  2,  1,-10,-20, 49, -8;
/M: SY='K';  M=-80,-94,-72,-59,-96,-87,-76,-97,114,-96,-83,-65,-80,-57,-41,-74,-75,-92,-90,-83;
/M: SY='S';  M= -5, 31,-10, -1, 16,-13, 20,-18,-12, -9,-13, 11,-22, -8,-16, 34, 11,-16,-25,  6;
/M: SY='Y';  M=-18, 26,-30,-30, 34,-10, -8, 16,-24, 12, 18,-25,-33,-22,-23,-21,-15,  7,  0, 55;
/I:         E1=0; IE=-255; DE=-255;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_05 which contains 572'214 sequence entries.

Total number of hits	152 in 152 different sequences
Number of true positive hits	152 in 152 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	1

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	S_Spirin, N_Hulo
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	RdRp catalytic
Version [info]	6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

152 sequences

L_ALLVP (Q6XQI9), L_ANDV  (Q9E005), L_BCCV  (V5IVB1),

L_BCNVU (A0PJ24), L_BUNL8 (Q8JPR2), L_BUNLC (A5HC98), 
L_BUNYW (P20470), L_CCHFI (Q6TQR6), L_CHAVB (B2C4J3), 
L_CPXVB (Q6XQH2), L_DOBV  (Q806Y6), L_DUGBA (Q66431), 
L_EMARV (Q6Q305), L_GOGV  (J7H8Q3), L_GTOVV (Q6UY70), 
L_HANTV (P23456), L_HTRV  (J3TRD1), L_IPPYV (Q27YE1), 
L_JUNIN (Q6XQI4), L_LASSJ (O09705), L_LASV  (Q6GWS6), 
L_LATVB (B2MW49), L_LYCVA (P14240), L_MACHU (Q6IUF8), 
L_MOBVC (Q27YE5), L_OLVVA (Q6XQH7), L_PARVP (B2MW51), 
L_PIRVV (Q6RSS2), L_PUUMG (P27176), L_PUUMS (P0C760), 
L_RSVT  (Q85431), L_RVFV  (A2SZS3), L_RVFVZ (P27316), 
L_SABVB (Q6UY61), L_SBVBH (H2AM11), L_SEOU8 (P27314), 
L_SFTS  (I0DF35), L_SINV  (Q89709), L_TACVF (P20430), 
L_TAMVU (A9JR23), L_TOSV  (P37800), L_TSWV1 (P28976), 
L_TULV  (Q9YQR5), L_UUKS  (P33453), L_WWAVU (B2ZDY2), 
RDRP_DHVI1  (P27153), RDRP_I000X  (Q9IQ46), RDRP_I00A0  (Q8QPH4), 
RDRP_I00A1  (Q289L9), RDRP_I01A0  (Q809M3), RDRP_I01A1  (Q809M7), 
RDRP_I01A2  (Q809M5), RDRP_I01A3  (Q809L9), RDRP_I02A1  (Q6DNS6), 
RDRP_I02A2  (Q6DNS5), RDRP_I02A3  (Q6DNS4), RDRP_I02A4  (Q6DNS3), 
RDRP_I02A5  (Q6J847), RDRP_I02A6  (Q6DNS2), RDRP_I02A7  (Q6DNQ9), 
RDRP_I03A0  (Q6J856), RDRP_I03A1  (Q6DNQ5), RDRP_I05A1  (Q2LFH3), 
RDRP_I06A0  (B4URE4), RDRP_I07A0  (A8C8K2), RDRP_I18A0  (Q3HM40), 
RDRP_I33A0  (P03430), RDRP_I34A1  (P03431), RDRP_I35A3  (A4GCM7), 
RDRP_I36A0  (A4GCJ4), RDRP_I40A0  (Q0HD52), RDRP_I43A0  (A4GCL6), 
RDRP_I45A0  (A4U6W0), RDRP_I47A0  (Q82571), RDRP_I49A1  (Q0A440), 
RDRP_I51A0  (A4U7B4), RDRP_I54A2  (A4K151), RDRP_I56A0  (P16502), 
RDRP_I56A1  (Q20P14), RDRP_I56A2  (Q0A429), RDRP_I57A0  (Q1K9Q5), 
RDRP_I57A1  (P26119), RDRP_I57A2  (P26120), RDRP_I57A3  (P26121), 
RDRP_I57A5  (P16511), RDRP_I59A0  (Q0A2G8), RDRP_I60A0  (P21426), 
RDRP_I61A1  (B3EUR4), RDRP_I66A0  (Q0A2D9), RDRP_I66A1  (Q0A451), 
RDRP_I67A0  (Q6XU19), RDRP_I67A2  (A8C8X1), RDRP_I68A3  (Q0A461), 
RDRP_I68A4  (Q910D6), RDRP_I68A5  (P16506), RDRP_I68A6  (P03432), 
RDRP_I69A0  (Q6XT06), RDRP_I70A0  (Q6XT02), RDRP_I71A1  (Q3YPY7), 
RDRP_I72A2  (Q1K9E3), RDRP_I72A3  (Q463W7), RDRP_I72A4  (Q2ICQ2), 
RDRP_I73A4  (P16504), RDRP_I73A5  (Q1PUD1), RDRP_I73A6  (P26118), 
RDRP_I75A0  (Q30NP3), RDRP_I75A3  (P31341), RDRP_I76A6  (Q2RF98), 
RDRP_I77A4  (Q9EA41), RDRP_I77AA  (A4GBY5), RDRP_I77AB  (Q1WP01), 
RDRP_I77AD  (P16512), RDRP_I77AF  (P16503), RDRP_I78A3  (P16508), 
RDRP_I78A7  (Q2VNE5), RDRP_I78A8  (Q2VNC5), RDRP_I78AC  (Q0A3Q1), 
RDRP_I79A4  (P18882), RDRP_I79A7  (Q20PL6), RDRP_I80A2  (Q2VC92), 
RDRP_I80A4  (Q2RCG8), RDRP_I80A6  (Q08II5), RDRP_I80A8  (P16513), 
RDRP_I80AA  (A4GCK5), RDRP_I80AD  (Q20NV3), RDRP_I81A4  (P16510), 
RDRP_I82A4  (P16509), RDRP_I83A1  (A4GCI3), RDRP_I83A4  (Q0A2F7), 
RDRP_I83A5  (Q0A2H9), RDRP_I83A6  (Q0A2D0), RDRP_I83A8  (Q38SQ0), 
RDRP_I85A3  (Q0A2Q6), RDRP_I86A3  (P16505), RDRP_I88A3  (P16507), 
RDRP_I88A7  (P16514), RDRP_I93A0  (O91741), RDRP_I96A0  (Q9Q0V0), 
RDRP_I96A2  (A3DRP8), RDRP_I96A3  (Q07FH7), RDRP_I97A0  (O89749), 
RDRP_I97A1  (Q9WLS3), RDRP_INBAC  (P13871), RDRP_INBAD  (P13872), 
RDRP_INBLE  (P07832), RDRP_INBP9  (O36430), RDRP_INCAA  (Q6I7C3), 
RDRP_INCJH  (Q9IMP4), RDRP_INCJJ  (P19703), RDRP_ISAV8  (Q8V3T6), 
RDRP_QRFVE  (D0QX26), RDRP_THOGV  (O41353)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
'Partial' sequences

1 sequence

RDRP_I82A2  (P26144)

PDB
[Detailed view]

89 PDB

5AMQ; 5AMR; 5D98; 5D9A; 6F5P; 6L42; 6QNW; 6QPG; 6QWL; 6QX3; 6QX8; 6QXE; 6RR7; 6XZD; 6XZG; 6XZP; 6XZQ; 6XZR; 6Y0C; 6Y6K; 6Z6B; 6Z6G; 6Z8K; 7ALP; 7EEI; 7NHA; 7NHC; 7NHX; 7NI0; 7NIK; 7NIL; 7NIR; 7NIS; 7NJ3; 7NJ4; 7NJ5; 7NJ7; 7NK1; 7NK2; 7NK4; 7NK6; 7NK8; 7NKA; 7NKC; 7NKI; 7NKR; 7ORI; 7ORJ; 7ORK; 7ORL; 7ORM; 7ORN; 7ORO; 7VGQ; 7VH1; 7VH2; 7VH3; 7X6S; 7X6V; 8C4S; 8C4T; 8C4U; 8C4V; 8H69; 8P0B; 8P0G; 8P0U; 8P1J; 8P1K; 8P1L; 8P1M; 8P1N; 8QE5; 8QGT; 8QGU; 8QH3; 8QHD; 8R60; 8R65; 8Z85; 8Z8J; 8Z8N; 8Z8X; 8Z90; 8Z97; 8Z98; 8Z9H; 8Z9Q; 8Z9R
» more