PROSITE entry PS50526
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | RDRP_SSRNA_NEG_NONSEG |
| Accession [info] | PS50526 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-NOV-2005 CREATED;
01-OCT-2013 DATA UPDATE; 08-NOV-2023 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC50507 |
| Associated ProRule [info] | PRU00539 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=185; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=180; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2551589; R2=0.0181613; TEXT='NScore'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=358; N_SCORE=8.75; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=234; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-1000; E1=-1000; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='V'; M= 0,-22,-18,-26,-20, -6,-25,-22, 18,-13, 5, 8,-18,-22,-16,-11, -8, -2, 23,-25, -8,-20; /M: SY='S'; M= 4, -4, -6, -7, -7,-19, -7, -7,-20, -8,-20,-14, 0,-13, -7, -6, 12, 10,-10,-31,-15, -8; /M: SY='V'; M= 0,-20, 3,-26,-21, 0,-24,-19, 6,-20, -1, 0,-16,-23,-18,-21, -5, -1, 9,-21, 0,-21; /M: SY='F'; M= 5,-12, -7,-19,-15, 10,-14,-16, -7,-17,-10, -9, -4,-20,-17,-16, 7, 3, -1,-22, -5,-15; /M: SY='I'; M=-11,-15,-24,-23,-17, 7,-27,-15, 15,-17, 12, 11, -7,-22,-15,-15,-16, -8, 5,-19, 0,-17; /M: SY='T'; M= -5, 3,-17, -4, -8,-14,-15, 8, -9,-10,-15, -8, 11,-17, -6, -8, 10, 13, -6,-33, -8, -8; /M: SY='L'; M= -5,-16,-18,-23,-18, -2,-27,-22, 13,-20, 16, 8,-14,-19,-15,-17, -5, 16, 10,-24, -5,-17; /M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10, 0,-40, 0,-30,-30, 20,-10, 0,-10, 0,-10,-30,-40,-20, 10; /M: SY='F'; M=-14,-28,-23,-31,-23, 28,-31,-11, 14,-25, 27, 11,-25,-29,-22,-19,-25,-10, 5, -2, 25,-23; /M: SY='E'; M= -4, 5,-22, 6, 19,-25,-14, -5,-21, 8,-23,-14, 7, -9, 12, 1, 9, 0,-18,-31,-16, 15; /M: SY='K'; M= -9, 0,-29, 0, 10,-30,-19,-10,-30, 47,-30,-10, 0,-10, 10, 28, -8, -9,-20,-21,-10, 10; /M: SY='W'; M=-20,-32,-36,-35,-27, 35,-26,-14, -9,-20, -6, -9,-29,-30,-23,-17,-29,-19,-16, 78, 44,-23; /M: SY='C'; M=-10, 15, 39, -1,-13,-20,-13, -7,-24,-13,-26,-20, 26,-28,-13,-13, 2, -4,-22,-44,-24,-13; /M: SY='L'; M= -7, -3,-21, -9, -6,-12,-14, -7, -5,-12, 5, 0, 3,-19, 1, -9, -7, -1,-11,-26,-10, -3; /M: SY='H'; M= 1, 9,-21, 1, -1,-21, -5, 21,-21, -5,-22,-11, 19,-16, 7, -5, 6, -5,-22,-28, -7, 2; /M: SY='W'; M=-15,-22,-31,-26,-13, 9,-22,-10, -7,-11, -5, 7,-20,-22, 3, -9,-20,-16,-15, 34, 12, -2; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='Y'; M=-14,-12,-30,-12, -3, 2,-25, 6,-10, 3, -8, -4,-12,-16, 3, 0,-14,-10,-15, 3, 32, -3; /M: SY='E'; M=-10, 2,-28, 6, 34,-17,-18, -3,-23, 3,-15,-14, -2, -7, 13, 0, -2, -8,-23,-24,-13, 24; /M: SY='T'; M= 0, -5,-14,-10, -9, -6,-14,-14, -7,-13,-12, -8, 2,-12, -9,-12, 16, 19, -3,-30,-11, -9; /M: SY='T'; M= -3, 0, -8, -9,-10,-14,-17,-13, -4,-12,-13, -7, 7,-16, -6,-12, 11, 16, -3,-33,-13, -9; /M: SY='A'; M= 7, -7, -9,-11, -4,-18, -5,-15,-15, -7,-13,-10, -4,-16, -6,-10, 3, -4,-10,-26,-17, -5; /M: SY='P'; M= -4,-15,-29,-13,-10,-17,-14, -9, -5,-16, -8, -5,-14, 15,-12,-19,-10,-10, -9,-25,-13,-14; /M: SY='F'; M=-10,-28, -3,-34,-29, 28,-30,-25, 12,-25, 9, 4,-23,-30,-32,-21,-15, -4, 20,-15, 5,-29; /M: SY='F'; M= 4,-21,-11,-30,-22, 29,-16,-21, -3,-23, 1, -4,-15,-23,-26,-21, -7, -6, 0, -8, 5,-22; /M: SY='Q'; M=-12, 7,-27, 11, 14,-29,-17, 1,-27, 13,-23,-13, 4, -9, 17, 15, 1, -3,-23,-27,-13, 15; /M: SY='R'; M= -4,-11,-16,-13, -8,-12,-20,-10, -5, -4,-10, -5, -7,-17, -3, 2, -1, 0, 2,-24, -7, -7; /M: SY='L'; M= -8,-26, -5,-31,-22, 2,-27,-18, 14,-25, 28, 21,-26,-28,-17,-20,-23,-10, 8,-19, -4,-20; /M: SY='D'; M=-11, 29,-27, 32, 3,-31, 15, -3,-34, -6,-30,-24, 26,-16, -6,-10, 4, -9,-29,-34,-23, -1; /M: SY='E'; M= -8, 4,-28, 8, 28,-32,-15, 2,-27, 11,-21,-12, 1, -8, 26, 10, 0, -9,-26,-25,-15, 26; /M: SY='L'; M=-11,-27, -8,-33,-25, 12,-31,-21, 19,-27, 24, 17,-23,-27,-21,-22,-21, -8, 12,-20, 0,-24; /M: SY='F'; M=-17,-24,-24,-28,-21, 36,-28, 4, 3,-21, 14, 8,-19,-28,-20,-15,-21,-11, -3, 2, 33,-21; /M: SY='G'; M= 0, -8,-30, -9,-19,-30, 67,-19,-39,-19,-30,-20, 3,-20,-19,-19, 0,-19,-30,-21,-30,-19; /M: SY='L'; M= -9,-23,-13,-27,-22, 13,-25,-15, 9,-21, 16, 10,-21,-26,-20,-17,-15, 0, 9,-14, 9,-21; /M: SY='P'; M=-10, -7,-33, -3, 4,-26,-13,-12,-24, 3,-25,-15, -7, 30, 2, -2, -6, -7,-25,-26,-20, 1; /M: SY='N'; M= -5, 7,-22, 2, 0,-20, -2, 11,-23, -3,-25,-14, 17,-12, 2, 0, 9, -1,-22,-29,-10, 0; /M: SY='L'; M=-11,-30,-19,-32,-23, 23,-28,-21, 16,-29, 35, 14,-27,-30,-25,-20,-25, -9, 11,-15, 5,-23; /M: SY='F'; M=-18,-29,-23,-38,-29, 61,-32,-18, 9,-28, 12, 4,-20,-28,-34,-21,-20,-10, 4, 6, 28,-29; /M: SY='E'; M= -4, 9,-14, 8, 12,-23,-11, -4,-23, -1,-22,-17, 12,-12, 6, -1, 11, 3,-19,-33,-17, 9; /M: SY='W'; M=-18,-24,-38,-24,-14, -5,-21,-16,-21, 2,-18,-14,-19,-24, -6, 19,-22,-16,-21, 56, 8,-10; /M: SY='T'; M= -4,-16,-17,-22,-18, -4,-20,-19, 9,-18, 10, 9,-14,-19,-14,-16, -3, 13, 10,-26, -7,-16; /M: SY='H'; M=-20, -2,-23, -2, -2,-17,-21, 90,-28,-11,-19, -1, 7,-21, 7, -2,-11,-19,-28,-28, 21, -2; /M: SY='E'; M=-11, -3,-26, 2, 17,-15,-22, -7,-15, 0, -5, -8, -7, -8, 5, -2, -7, -6,-16,-23, -9, 10; /M: SY='F'; M=-13,-22,-24,-28,-19, 13,-29,-18, 8,-13, 8, 5,-14,-22,-16, 0,-14, -3, 6,-15, 3,-19; /M: SY='F'; M=-14,-30,-21,-35,-26, 41,-31,-22, 12,-28, 20, 7,-23,-23,-30,-21,-22, -9, 8, -6, 13,-26; /M: SY='E'; M=-10, -2,-22, 1, 21,-26,-19, -5,-21, 5,-18, -8, -4, 6, 12, 1, -3, -8,-22,-28,-17, 16; /M: SY='K'; M= -8, 0,-26, 0, 5,-18,-15, -6,-21, 13,-16, -8, 0,-14, 5, 10, -6, -8,-17,-22,-10, 4; /M: SY='S'; M= 6, -4, 12, -9, -8,-17,-10,-16,-18,-14,-22,-17, 1,-15, -8,-14, 25, 21, -6,-38,-19, -8; /M: SY='Y'; M= -9,-18,-22,-22,-19, 5,-25,-15, 2,-17, 5, -1,-18,-23,-15,-15,-10, 8, 1, 7, 14,-18; /M: SY='I'; M=-10,-28,-23,-34,-26, 9,-32,-20, 31,-25, 24, 24,-23,-24,-18,-22,-21, -9, 21,-17, 3,-24; /M: SY='Y'; M=-17,-21,-27,-23,-21, 21,-30, 12, 8,-14, 3, 5,-19,-28,-13,-13,-18,-10, 1, 11, 52,-21; /I: I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27; /M: SY='V'; M= -2,-24, -3,-27,-24, 4,-27,-18, 12,-20, 8, 4,-23,-28,-21,-20,-12, -4, 18,-18, 5,-24; /M: SY='S'; M= 8, -1, 0, -8, -9,-21, 4,-13,-20,-12,-22,-16, 6,-17, -7,-14, 13, 4,-13,-32,-21, -8; /M: SY='D'; M=-14, 29,-27, 41, 10,-29, -4, 0,-32, -3,-26,-23, 13,-13, 0,-10, 3, -7,-25,-30,-10, 4; /M: SY='P'; M=-12,-15,-34,-11, -6,-21, -2,-11,-26, 1,-24,-15, -9, 21, -6, 12, -9,-12,-25,-21,-16,-10; /M: SY='H'; M=-12,-10,-28, -9, -2, -3,-20, 10,-17, -9,-17,-10, -6, 9, -6,-10, -6, -6,-20,-17, 6, -6; /I: I=-6; MD=-29; /M: SY='B'; M= -7, 15, 1, 13, -4,-17,-11, -2,-22, -8,-21,-18, 13,-20, -8,-12, 0, -5,-19,-28, -7, -7; D=-6; /I: I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29; /M: SY='P'; M= -8,-23,-27,-18,-10,-11,-23,-20, 0,-17, 3, -2,-23, 30,-15,-19,-15, -7, -5,-25,-16,-15; D=-6; /I: I=-6; DM=-29; /M: SY='P'; M= -8,-20,-32,-16, -7,-21,-19,-17, -8, -9,-16, -2,-19, 47, -9,-15,-11, -9,-14,-27,-21,-11; /M: SY='D'; M= -8, 5,-24, 8, 4,-18,-14, 6,-19, -1,-18,-11, 2,-13, 0, -4, 0, -2,-15,-24, -2, 0; /M: SY='I'; M= -7,-11,-17,-15,-16, 3,-23,-18, 7,-19, 4, 1, -8,-19,-18,-18, -8, -2, 6,-24, -5,-17; /M: SY='R'; M= -9, 1,-25, 3, 2,-22,-12, -6,-21, 5,-18,-12, -1,-11, 0, 7, -2, -3,-15,-24,-13, 0; /M: SY='N'; M= -4, 7,-22, 5, 2,-23, -1, -6,-24, 0,-22,-15, 10, -9, -2, 0, 4, 1,-20,-29,-18, -1; /M: SY='H'; M=-11, 7,-27, 8, 1,-24, -4, 11,-22, -4,-18,-11, 7,-17, 0, -1, -4,-10,-19,-29,-10, -1; /M: SY='Y'; M=-10,-10,-22,-11, -4, -7,-21, -6, -6, -8, -6, -3,-10,-13, -3, -6, -7, -4, -7,-17, 4, -6; /I: I=-4; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22; /M: SY='D'; M= -6, 13, -4, 15, 2,-18, -9, -5,-17, -5,-14,-13, 8, -9, -4, -8, 0, -4,-13,-25,-13, -1; D=-4; /I: I=-4; DM=-22; /M: SY='L'; M= -8,-19,-17,-20,-12, 3,-23,-14, 9,-14, 23, 9,-17,-20,-12, -6,-17, -5, 6,-16, -2,-13; D=-4; /I: I=-4; DM=-22; /M: SY='D'; M= -6, 17,-18, 20, 9,-23, -5, -3,-20, -4,-18,-15, 11,-11, 0, -8, 2, -5,-17,-28,-15, 4; D=-4; /I: I=-4; DM=-22; /M: SY='N'; M=-10, 0,-23, -2, -5,-10,-18, -7, -7, -6, -6, -6, 1,-11, -6, -6, -6, -4, -9,-24, -7, -6; D=-4; /I: I=-4; DM=-22; /M: SY='V'; M= -2,-13,-20,-16,-14,-11,-13,-13, 1,-14, -3, 1,-10,-12,-13,-14, -4, 0, 4,-26,-11,-14; /I: I=-6; MD=-32; /M: SY='P'; M= -4,-10,-27, -6, 0,-19,-16,-17, -9,-11,-11,-10,-11, 19, -8,-16, -4, -4,-10,-27,-18, -6; D=-6; /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='D'; M=-12, 29,-27, 34, 25,-31, -9, 3,-30, 4,-27,-22, 21,-10, 9, -3, 4, -7,-29,-35,-19, 16; /M: SY='G'; M= -3, 1,-22, 3, 2,-28, 4, -7,-25, -5,-23,-14, 1, -3, 4, -9, 3, -6,-22,-28,-20, 2; /M: SY='P'; M= -7, -6,-28, -1, -3,-24,-10,-10,-17, -7,-19,-13, -6, 17, -5, -9, -2, -6,-16,-29,-19, -6; /M: SY='I'; M= -8,-20,-24,-24,-22, -2,-17,-11, 8,-20, -2, 3,-13,-22,-17,-18,-10, -5, 7, -7, 1,-20; /M: SY='C'; M= -5,-20, 25,-26,-22, 10,-23,-20, -8,-24, -3, -7,-16,-28,-24,-21, -5, -3, -1,-24, -4,-22; /M: SY='W'; M=-14,-30,-36,-34,-26, 13,-27,-18, 4,-19, -3, -3,-27,-26,-18,-18,-26,-17, -5, 57, 28,-22; /I: I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23; /M: SY='R'; M= -8, -2,-22, -6, -1,-18,-18, 3,-12, 3,-16, -7, 4,-16, 2, 9, 1, 0, -9,-28, -9, -2; /M: SY='G'; M= -5, -3,-26, -5,-14,-14, 29, -6,-27,-14,-24,-16, 6,-20,-13,-14, 2,-10,-23,-17, -7,-14; /M: SY='H'; M=-12, -2,-30, 2, 3,-25,-19, 19,-21, -6,-16, -8, -3, 11, 8, -7, -7,-10,-24,-28, -8, 3; /M: SY='M'; M= -7, -9,-25,-11, -1,-16,-15, -7, -9, 7, -3, 11, -9,-16, 3, 7,-12,-10, -9,-22, -9, 0; /M: SY='G'; M= 2, -8,-27, -9,-15,-28, 55,-19,-36,-18,-28,-19, 1,-18,-16,-18, 5,-12,-26,-23,-28,-16; /M: SY='G'; M= -1, -9,-30, -9,-19,-29, 64,-19,-37,-19,-28,-17, 0,-20,-19,-19, -1,-19,-28,-21,-28,-19; /I: I=-6; MD=-32; /M: SY='I'; M= -9,-24,-27,-30,-21, -2,-28,-23, 25,-18, 15, 14,-18,-20,-14,-18,-18,-10, 14,-19, -2,-20; D=-6; /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='E'; M=-10, 9,-30, 19, 58,-30,-18, -1,-30, 9,-20,-20, 0, -1, 19, -1, 0,-10,-30,-30,-20, 38; /M: SY='G'; M= -1,-10,-30,-10,-19,-30, 68,-19,-40,-19,-30,-20, 0,-20,-19,-18, 0,-20,-30,-20,-29,-19; /M: SY='L'; M=-13,-29,-25,-30,-22, 14,-29,-15, 13,-25, 32, 15,-28,-29,-18,-18,-28,-12, 3, 5, 15,-20; /M: SY='C'; M=-13,-12, 33,-16,-11,-21,-22,-12,-28, 1,-21,-14, -7,-27, -4, 18, -6, -8,-16,-34,-19, -9; /M: SY='Q'; M=-10, 0,-30, 0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20, 0, 0,-10, 60, 10, 0,-10,-30,-20,-10, 40; /M: SY='K'; M=-11, -2,-30, -2, 7,-24,-21, -7,-27, 44,-27, -9, -2,-12, 8, 26,-11,-10,-19,-15, -1, 7; /M: SY='L'; M= -3,-20,-22,-22,-21, -7, 9,-19, -3,-22, 10, 5,-16,-24,-19,-19,-13,-11, -2,-21,-13,-20; /M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20; /M: SY='T'; M= 2, 0,-10, -8, -8,-12,-16,-18,-12,-10,-14,-12, 2,-10, -8,-10, 24, 44, -2,-32,-12, -8; /M: SY='I'; M= -8,-26,-21,-34,-26, -1,-33,-23, 35,-25, 18, 22,-20,-21,-17,-24,-16, -7, 23,-23, -3,-24; /M: SY='I'; M= -3,-21, -7,-25,-15, -2,-27,-21, 12,-21, 11, 7,-18,-22,-16,-20,-12, -5, 10,-24, -7,-16; /M: SY='T'; M= 5, 2,-13, -5, -7,-13,-10,-12,-11,-10,-13,-11, 8,-14, -7,-10, 18, 22, -7,-32,-14, -7; /M: SY='I'; M= -7,-28, -9,-32,-26, 0,-32,-26, 27,-27, 19, 12,-23,-26,-22,-24,-17, -7, 23,-25, -4,-26; /M: SY='C'; M= 4,-18, 8,-21,-15,-11,-18,-21, -5,-20, 1, -5,-16,-12,-16,-20, -3, -2, -1,-31,-16,-16; /M: SY='M'; M= -4,-16,-18,-18,-14, -4,-21,-13, 0,-11, 4, 6,-16,-22, -8, -6,-12, -5, 3,-12, -1,-11; /M: SY='I'; M= -9,-28,-25,-33,-23, 2,-35,-26, 35,-27, 26, 17,-23,-23,-19,-25,-21, -9, 23,-21, -2,-24; /M: SY='E'; M= -9, 2,-26, 5, 9,-15,-19, 3,-13, -5,-10, -5, -2,-14, 4, -7, -4, -7,-14,-23, -3, 5; /M: SY='L'; M=-10,-22,-22,-22,-15, -1,-25,-13, 2, -8, 15, 5,-18,-25,-11, 8,-17, -7, 3,-15, 0,-14; /M: SY='V'; M= 8,-15,-16,-16, -6,-11,-19,-20, 6,-13, -1, -2,-15,-17,-12,-16, 0, -1, 14,-28,-13, -9; /M: SY='A'; M= 20, -9,-11,-14, -5,-16, -6,-15, -9,-12, -7, -6, -7,-14, -7,-15, 9, 2, -4,-27,-16, -6; /M: SY='R'; M= -4,-12,-22,-14, -6,-11,-21, -8, -7, 4, -9, -3, -9,-18, -1, 6, -5, -3, -3,-19, -2, -5; /M: SY='K'; M= -9, -5,-28, -4, 13,-23,-23, -6,-14, 15,-15, -6, -5,-12, 10, 11, -7, -8,-13,-23,-10, 10; /M: SY='T'; M= -6, -5,-18, -9, -8,-13,-13, 2,-15, -4,-15, -9, 2,-18, -5, 5, 5, 9, -8,-26, -5, -8; /M: SY='N'; M= -6, 11,-26, 5, -3,-25, 10, 1,-27, 3,-28,-16, 21,-14, -1, 2, 2, -8,-26,-29,-18, -2; /M: SY='V'; M= -2,-18, 1,-24,-21, 2,-23,-22, 3,-20, 4, 0,-17,-24,-22,-18, -4, 9, 11,-26, -7,-21; /M: SY='R'; M= -8, -4,-23, -6, 1,-21,-19, -7,-20, 13,-16, -8, -1,-15, 8, 26, 0, 4,-13,-24,-11, 2; /M: SY='V'; M= -8,-24,-20,-28,-23, 6,-29,-10, 20,-21, 12, 12,-20,-25,-19,-18,-14, -5, 21,-20, 4,-23; /M: SY='K'; M= -1, -4,-21, -9, -3,-13,-14, -5,-17, 8,-16, -5, -1,-14, 2, 6, 1, 2,-12,-21, -6, -1; /M: SY='V'; M= 5,-16,-13,-20,-16, -8,-19,-20, 9,-19, 2, 0,-12,-19,-14,-19, 3, 3, 11,-29,-11,-16; /M: SY='L'; M= -7,-26,-16,-30,-22, 4,-26,-15, 20,-22, 29, 29,-25,-25,-14,-18,-22, -9, 14,-21, -2,-18; /M: SY='A'; M= 14,-19,-17,-23,-21,-13, 3,-24, 2,-18, -3, -2,-16,-21,-20,-21, -3, -6, 12,-23,-17,-21; /M: SY='Q'; M= -9, 0,-28, -3, 8,-32, -7, 5,-17, 3,-17, 3, 4,-13, 37, 3, -1,-10,-25,-22,-12, 22; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='D'; M=-20, 49,-30, 69, 21,-40,-10, 0,-40, 0,-30,-30, 20,-10, 0,-10, 0,-10,-30,-40,-20, 11; /M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20, 0,-20, 0, 10,-20, 0,-30,-20, 60,-20, 0, 0, 10, 0,-30,-40,-20, 0; /M: SY='Q'; M= -9, -2,-28, -2, 17,-35,-21, 5,-16, 7,-17, 0, -3,-11, 49, 6, -1, -9,-22,-22,-11, 33; /M: SY='V'; M= 7,-18, -3,-23,-20, -9,-21,-24, 10,-18, -2, -1,-15,-21,-19,-19, 3, 7, 21,-30,-13,-20; /M: SY='I'; M=-10,-29,-27,-37,-27, 2,-36,-27, 41,-29, 25, 21,-22,-22,-19,-27,-22,-10, 25,-20, -1,-27; /M: SY='A'; M= 9, 1, -1, -5, -8,-20,-10,-15,-15,-10,-15,-12, 1,-16, -7,-12, 6, 6, -8,-30,-18, -8; /M: SY='V'; M= -5,-24,-19,-29,-24, -2,-30,-26, 26,-22, 13, 11,-21,-19,-21,-21,-10, 3, 27,-26, -6,-24; /M: SY='T'; M= -4, -6,-11,-13, -9,-13,-21, -7, -7,-11, -7, -5, -3,-15, -4, -9, 8, 21, -3,-29, -8, -7; /I: I=-6; MD=-29; /M: SY='Y'; M= -7, -5,-17, -7, -4, -5,-15, -1,-11, 7,-11, -4, -4,-12, 1, 6, -1, 3, -9, -8, 11, -3; D=-6; /I: I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29; /M: SY='R'; M=-10,-11,-24,-11, -1,-13,-20, -6, -8, 5, -6, 2, -9, -5, 0, 9,-10, -7, -8,-21, -7, -3; D=-6; /I: I=-6; DM=-29; /M: SY='V'; M= -5,-23,-18,-25,-21, 3,-26,-22, 15,-18, 6, 5,-21,-18,-21,-18, -9, 1, 21,-22, -2,-22; /I: I=-3; MD=-15; /M: SY='P'; M= -7, -9,-27, -7, 0,-22,-14,-10,-19, 1,-22,-13, -7, 25, -3, -1, -1, 0,-18,-26,-17, -4; D=-3; /I: I=-3; MD=-15; /M: M= -4,-11,-21,-11, -4,-12,-16,-12, -4, -8, -5, -3, -7, -7, -6, -6, -2, -3, -3,-26,-11, -6; D=-3; /I: I=-3; MD=-15; /M: SY='S'; M= -4, 3,-21, 2, 4,-17, -6, -2,-20, -2,-19,-13, 5,-13, 1, -3, 8, 4,-16,-24, -7, 2; D=-3; /I: I=-3; MD=-15; /M: SY='L'; M= -9,-16,-24,-17, -9, -4,-21,-11, -1,-10, 4, 2,-15,-20, -6, -5,-14, -7, -2, -4, 0, -8; D=-3; /I: I=-3; MD=-15; /M: SY='D'; M= -7, 14,-24, 17, 5,-27, -5, -2,-25, -4,-26,-19, 12, 4, 0, -7, 6, -2,-24,-32,-19, 2; D=-3; /I: I=-3; MD=-15; /M: SY='Y'; M= -7, -2,-23, -2, -1,-12,-17, 2,-13, -3,-12, -8, -1,-11, 2, -1, -1, -2,-13,-18, 3, -2; D=-3; /I: I=-3; MD=-15; /M: SY='D'; M= -9, 9,-23, 13, 8,-20,-15, -5,-18, 0,-16,-12, 4,-13, 2, -4, 1, -1,-13,-26,-12, 5; D=-3; /I: I=-3; MD=-15; /M: SY='E'; M= -6, -5,-26, -2, 9,-21, 8, -5,-21, -6,-14,-10, -4,-13, 1, -7, -4,-12,-18,-22,-15, 4; D=-3; /I: I=-3; MD=-15; /M: SY='K'; M= -6, -6,-21, -6, 2,-15,-14, -9,-11, 7, -6, -3, -5,-13, 3, 4, -6, -4, -9,-20, -9, 2; D=-3; /I: I=-3; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15; /M: SY='K'; M= -5,-11,-21,-11, -2,-15,-21, -9, -8, 5, -5, -2, -8,-16, -2, 2, -7, -6, -6,-25, -8, -3; /M: SY='Q'; M= -6, 3,-24, 0, 10,-23,-16, -2,-20, 9,-19,-11, 6,-12, 12, 11, 3, 1,-18,-26,-12, 10; /M: SY='E'; M= -3, 0,-22, -2, 10,-21,-17, -4,-15, 4,-13, -8, 2,-13, 7, 4, -1, -6,-15,-27,-13, 7; /M: SY='V'; M= 6,-11,-12,-16,-15,-11,-19,-17, 7,-16, 3, 6,-11,-19,-13,-19, -7, -5, 8,-26,-11,-15; /M: SY='Y'; M= -7,-10,-25,-11, -2, -9,-21, 0,-10, 4,-10, -4, -9,-18, 2, 5, -6, -6, -8,-13, 9, -2; /M: SY='E'; M= -7, 2,-22, 2, 11,-23,-15, -4,-21, 6,-17,-11, 2,-13, 9, 9, 1, -4,-18,-28,-14, 9; /M: SY='N'; M= -3, 0,-20, -8, -8,-11,-16, -9, -2, -9, 0, -2, 6,-20, -7, -6, -4, -1, -5,-28,-11, -8; /M: SY='A'; M= 16, -3,-11,-11,-10,-15, -8,-12, -6,-11,-12, -5, 3,-15, -7,-14, 11, 6, -2,-29,-16, -9; /M: SY='K'; M= -6, 0,-24, -2, 4,-16,-19, -9,-13, 5,-11, -7, 0,-15, 3, 4, -4, -3,-11,-24,-10, 3; /M: SY='R'; M= -8, 1,-25, -1, 4,-21,-14, -5,-22, 14,-18,-11, 4,-15, 5, 19, -1, -4,-17,-25,-11, 3; /M: SY='F'; M= -9,-26,-22,-32,-25, 24,-29,-17, 18,-23, 10, 9,-19,-25,-23,-21,-14, -7, 14, -8, 15,-25; /M: SY='F'; M=-10,-17,-21,-21,-18, 22,-24,-14, 4,-19, 12, 10,-16,-23,-19,-15,-15, -7, 2,-11, 8,-18; /M: SY='E'; M= -7, 4,-24, 6, 8,-24,-11, -2,-22, 7,-19,-12, 4,-13, 4, 5, -1, -5,-17,-28,-14, 6; /M: SY='A'; M= 13, -2,-19, -3, 5,-21, -9,-11,-16, -3,-12,-11, -4,-12, 0, -4, 5, -2, -9,-26,-17, 2; /M: SY='L'; M=-10,-30,-22,-32,-23, 8,-32,-22, 26,-29, 40, 20,-27,-28,-20,-22,-26, -9, 16,-20, 0,-23; /M: SY='R'; M= -6, -5,-26, -4, 5,-16,-20, -6,-14, 7,-11, -8, -5,-15, 1, 14, -6, -8,-11,-20, -6, 1; /M: SY='K'; M= -7, 3,-23, 2, 5,-21,-17, 2,-17, 6,-18, -7, 4,-13, 4, 4, 0, -3,-15,-26,-10, 4; /M: SY='N'; M= -3, -4,-22, -8, -4,-15, -3, -6,-13, -8,-14, -9, 1,-17, -8, -8, -1, -4, -8,-23,-12, -7; /M: SY='F'; M= -6,-12,-18,-20,-17, 15,-21,-11, 0,-16, 6, 4, -7,-22,-16,-13, -7, 6, -2,-13, 8,-16; /M: SY='S'; M= -3, -4,-22, -5, 1,-14, -7, -1,-19, -4,-15,-10, 0,-15, -2, 0, 3, -1,-14,-24, -8, -1; /M: SY='K'; M= -3, 3,-25, 4, -1,-23, 1, -9,-24, 7,-19,-12, 2,-15, -3, 3, -2, -8,-18,-24,-14, -3; /M: SY='L'; M= -2,-23,-13,-26,-19, -3,-25,-21, 15,-21, 17, 9,-19,-24,-16,-16,-12, -4, 13,-25, -7,-19; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='H'; M=-14,-18,-25,-18,-12, -3,-27, 29, 1,-22, 19, 12,-13,-25, -8,-12,-21,-14, -5,-24, 8,-12; /M: SY='P'; M=-11, -4,-27, -8, -3,-12,-20, -2,-11, -4,-13, -8, 2, 4, -5, -6, -6, -3,-15,-26, -9, -6; /M: SY='L'; M=-10,-30,-22,-32,-22, 8,-32,-22, 27,-30, 43, 20,-28,-28,-20,-22,-28,-10, 15,-20, 0,-22; /M: SY='K'; M=-10, 6,-28, 3, 8,-28,-17, -7,-28, 42,-30,-12, 10,-12, 8, 25, -7, -8,-22,-23,-12, 8; /M: SY='A'; M= 1, -9,-24, -9, -3,-17,-17,-16, -3, -9, -5, -4,-10, -2, -8,-14, -6, -6, -3,-26,-15, -7; /M: SY='D'; M=-10, 16,-25, 19, 17,-27, -7, -2,-26, 1,-21,-17, 12,-11, 7, -1, 4, -3,-24,-32,-18, 12; /M: SY='E'; M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20, 0,-30, 10,-20,-20, 0, 0, 20, 0, 0,-10,-30,-30,-20, 40; /M: SY='T'; M= 0, -1, -4,-11,-11,-10,-20,-20,-11,-11,-10,-10, -1,-11,-11,-11, 19, 47, 0,-31,-11,-11; /M: SY='W'; M=-14,-30,-31,-35,-26, 13,-29,-18, 15,-22, 11, 13,-26,-25,-17,-20,-26,-15, 3, 30, 18,-22; /M: SY='V'; M= -6,-20,-12,-25,-18, -9,-29,-19, 16,-15, 4, 8,-16,-22,-10,-14, -9, -1, 17,-26, -8,-16; /M: SY='S'; M= 8, 0,-11, 0, 0,-20, -1, -2,-21,-10,-29,-19, 10,-11, 1, -9, 36, 17,-11,-39,-17, 0; /M: SY='S'; M= 4, 4,-19, 6, 9,-21,-10, -4,-22, -1,-21,-16, 4,-10, 2, -1, 13, 5,-15,-29,-13, 5; /M: SY='D'; M=-13, 21,-20, 26, 8,-29, -6, 10,-32, -2,-26,-19, 15,-14, 1, -4, 3, -6,-26,-35,-14, 4; /M: SY='F'; M=-15,-28,-22,-33,-24, 36,-30,-14, 12,-26, 25, 14,-24,-28,-24,-18,-24,-10, 5, -3, 20,-23; /M: SY='F'; M=-13,-23,-22,-28,-19, 31,-27,-14, 5,-22, 11, 5,-17,-25,-17,-16,-14, -7, 0, -6, 15,-17; /M: SY='I'; M=-10,-17,-22,-24,-20, 6,-27,-14, 19,-18, 7, 13,-11,-23,-16,-17,-13, -6, 14,-18, 3,-19; /M: SY='Y'; M=-19,-21,-28,-23,-21, 31,-29, 14, 3,-12, 3, 5,-20,-29,-12,-11,-20,-10, -7, 23, 68,-20; /M: SY='G'; M= 3, 0,-21, -3,-10,-25, 35,-13,-30,-14,-30,-20, 11,-16,-10,-14, 16, -2,-22,-30,-25,-10; /M: SY='K'; M=-10, 0,-30, 0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10, 0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10; /M: SY='R'; M=-10, -8,-24, -8, -9,-13,-20,-10, -7, 3,-10, -4, -7,-19, -7, 7, -7, -2, 0,-23, -6, -9; /M: SY='I'; M=-10,-24,-29,-26,-16, -9,-29,-19, 18,-19, 9, 14,-20, 6, -9,-20,-17,-10, 6,-23, -9,-15; /M: SY='Y'; M=-15,-20,-23,-24,-17, 16,-29, 7, 5,-18, 5, 5,-16,-25,-10,-14,-17,-11, -2, -3, 28,-15; /M: SY='Y'; M=-16,-22,-11,-26,-21, 27,-28, -1, -3,-19, 3, -1,-18,-29,-19,-15,-17,-10, -6, 5, 33,-21; /M: SY='R'; M=-14, 12,-29, 17, 13,-28,-15, -2,-29, 14,-26,-18, 10, -3, 7, 18, -3, -8,-26,-30,-17, 8; /M: SY='G'; M= -1, -9,-30, -9,-16,-31, 61,-15,-38,-17,-29,-18, 0,-19,-13,-17, 0,-19,-30,-20,-27,-15; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 81 in 81 different sequences |
| Number of true positive hits | 81 in 81 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | S_Spirin, N_Hulo |
| Taxonomic range [info] | Eukaryotic viruses |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | RdRp catalytic |
| Version [info] | 3 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
81 sequences
L_ABLVB (Q9QSP0), L_ABLVH (Q8JTG9), L_AMPV1 (Q2Y2L8), L_BDV1 (Q8JMN0), L_BDVV (P52639), L_BEFVB (Q9E784), L_BRSVA (O91940), L_CDVO (P24658), L_CHAV (P13179), L_CPSVP (Q6DN67), L_DMSVA (C6S3N3), L_EBLV1 (A4UHQ2), L_EBLV2 (A4UHQ7), L_EBORE (Q91DD4), L_EBORR (Q8JPX5), L_EBOSM (Q66802), L_EBOSU (Q5XX01), L_EBOZ5 (Q6V1Q2), L_EBOZM (Q05318), L_HENDH (O89344), L_HIRRV (Q77SJ8), L_HMPVC (Q6WB93), L_HRSV (Q9IWW8), L_HRSVA (P28887), L_HRSVB (O36635), L_IHNVO (Q82707), L_IHNVW (Q82685), L_ISFV (Q5K2K3), L_LBVAV (Q8B0U2), L_LNYV3 (Q4W382), L_MABVA (Q1PD54), L_MABVM (P31352), L_MABVO (Q6UY63), L_MABVP (P35262), L_MABVR (Q1PDC4), L_MEASA (P35975), L_MEASC (Q9WMB3), L_MEASE (P12576), L_MILVL (Q8BCV9), L_MMVR (Q6E0W6), L_MOKV (P0C568), L_MPV15 (Q50EW2), L_MUMPM (P30929), L_NDVB (P11205), L_NDVB1 (Q9DLD3), L_NIPAV (Q997F0), L_PI2HT (P26676), L_PI3H4 (P12577), L_PIV5 (Q88434), L_PIV5W (Q03396), L_RABVA (Q4F8Z9), L_RABVB (Q66T60), L_RABVD (Q0GBX5), L_RABVE (A3F5L9), L_RABVH (Q8B6J5), L_RABVI (A3RM23), L_RABVN (Q9IPJ5), L_RABVP (P11213), L_RABVR (Q0GBY0), L_RABVS (P16289), L_RINDR (P41357), L_RYSV (O10378), L_SENDA (Q9DUD8), L_SENDE (P06829), L_SENDF (Q06996), L_SENDO (O55528), L_SENDZ (P06447), L_SHRV (Q9QJT4), L_SV41 (P35341), L_SVCV (Q91DR9), L_SYNV (P31332), L_TAVCV (Q5GA85), L_TIBVC (D8V078), L_TUPVT (Q4VKV2), L_VSIVA (P03523), L_VSIVC (Q8B0H0), L_VSIVM (Q98776), L_VSIVN (Q8B0I0), L_VSIVS (Q8B0H5), L_VSNJH (P13615), L_VSNJO (P16379)» more
|
| PDB [Detailed view] |
10 PDB
5A22; 6PZK; 6U1X; 6U5O; 6UEB; 6UEN; 6V85; 6V86; 8FPI; 8FPJ |