PROSITE logo

PROSITE entry PS50808


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry

Entry name [info] ZF_BED
Accession [info] PS50808
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-APR-2002 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE;
29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC50808
Associated ProRule [info] PRU00027

Name and characterization of the entry

Description [info] Zinc finger BED-type profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=58;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=53;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.3612000; R2=0.0176589; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2809.9462891; R2=2.4008265; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=433; H_SCORE=3850; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=292; H_SCORE=3511; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R';  M=-11, -5,-27, -6,  1,-18, -6, -6,-24, 12,-18,-10,  1,-17,  4, 19, -5, -9,-20,-22,-12,  1;
/M: SY='K';  M= -8,  0,-29,  3,  2,-21,-12, -4,-23, 14,-21, -8, -3, -8,  4,  7, -7,-10,-19,-17, -2,  2;
/M: SY='R';  M= -8,-11,-24,-12, -5,-15,-19, -9,-12,  1,-12, -4, -8, -2,  1,  7, -1,  3, -9,-23, -7, -4;
/M: SY='D';  M= -3, 18,-19, 24, 14,-27, -6, -4,-27, -4,-29,-23, 15, -9,  3, -8, 21,  6,-20,-39,-20,  9;
/M: SY='K';  M= -6, -2,-27,  1,  4,-24,-18, -4,-17,  7,-20,-11, -3,  0, -1,  2, -4, -7,-13,-27,-13,  0;
/M: SY='V';  M=  6,-21,-20,-25,-20, -7,-16,-20, 12,-17,  0,  4,-17,-12,-17,-20, -5, -4, 14,-21, -7,-20;
/M: SY='W';  M=-14,-32,-40,-33,-25, 10,-21,-21,-13,-18,-11,-13,-32,-27,-17,-18,-29,-19,-21, 99, 30,-19;
/M: SY='E';  M= -7,  0,-15,  1,  6,-23,-11,-10,-22,  2,-18,-12,  0, -7,  1, -3, -1, -6,-19,-30,-17,  3;
/M: SY='H';  M=-16,-13,-26,-15,-13,  9,-25, 38, -7,-14, -7,  1, -7,-24, -7, -9,-11,-11,-10, -8, 32,-13;
/M: SY='F';  M=-10,-24,-22,-28,-24, 31,-14,-13, -1,-22,  7,  0,-19,-27,-25,-18,-16,-10, -1,  0, 21,-24;
/M: SY='T';  M= -4, -8,  0,-11,-14,-15,-16,-18, -9,-11, -7, -7, -9,-21,-14, -6, -4,  2,  0,-30,-15,-15;
/M: SY='E';  M= -7, -1,-28,  3,  7,-17, -8, -7,-21, -6,-15,-12, -5, -1,  3,-10, -4, -7,-21,-21, -9,  4;
/M: SY='V';  M= -7,-17,-21,-20,-11, -4,-25,-17,  7,-11,  0,  1,-12,-19, -8, -5, -4,  0,  8,-24, -6,-11;
/I:         I=-3; MD=-14;
/M: SY='E';  M= -6,  5,-19,  6, 11, -7,-14, -4,-14, -4, -8,-10,  0,-10, -2, -7, -2, -2,-13,-17, -3,  5; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-14;
/M: SY='R';  M= -8, -6,-17, -7,  2,  3,-15, -8,-14,  5,-10, -7, -3,-11, -3,  8, -2, -1,-10,-13, -2,  0; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-14;
/M:         M= -5,  0,-16,  0, -1,-13, -1, -7,-11, -7, -7, -4,  0, -3, -5, -8, -1,  0,-11,-19,-11, -3; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-14; IM=0; DM=-14;
/M: SY='D';  M=-10, 21,-18, 31, 17,-22, -8, -1,-22,  5,-17,-16,  8, -5,  4, -2, -1, -6,-18,-22,-12, 10; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-14;
/M: SY='G';  M= -4,  2,-19,  5,  4,-20, 19, -7,-23, -2,-17,-13,  2, -8, -3, -5, -1,-10,-18,-15,-15,  0; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-14;
/M: SY='K';  M= -5, -1,-14,  0,  1,-12,-14, -8, -6,  3, -8, -5, -2, -8, -2,  2, -1,  3, -2,-17, -7, -1; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-14;
/M: SY='K';  M= -5,  2,-14, -1, -1,-11,-10, -5, -8, 10, -9, -4,  5,-10, -1,  5, -4, -3, -6,-15, -7, -1; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-14;
/M: SY='K';  M= -4, -7,-14, -7, -3,-10, -7, -8, -6,  4, -2,  0, -6,-11, -1,  1, -7, -6, -4,-12, -6, -2; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-14;
/M: SY='G';  M=  8, -3,-10, -5, -4,-13, 11, -8,-13, -3,-13, -8,  0, -7, -4, -6,  6, -2, -8,-13,-12, -4; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-14;
/M: SY='R';  M=-10, -8,-28, -9, -5,-15,-21,  5,-17, 11,-16, -6, -6,-18,  0, 14,-12,-11,-12, -7,  3, -5;
/M: SY='F';  M=  4,-21,-18,-26,-19,  8,-19,-17,  3,-18,  5,  3,-19,-22,-17,-17, -8, -2,  5, -3,  4,-18;
/M: SY='K';  M=-12,-10,-27,-12,  0, -4,-24, -9,-13, 12, -9, -4, -8,-17,  0, 11,-11, -6,-11,-14,  2,  0;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='K';  M= -4, -5,-23, -7, -2,-20,-18, -3,-15, 19,-18, -3, -1,-16,  1, 13, -5, -6, -7,-25, -9, -1;
/M: SY='Y';  M=-13,-20,-26,-22,-16, 10,-22, -4,  1,-11,  6,  3,-17,-25,-10, -6,-17,-10, -3, -2, 24,-15;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='H';  M=-12, -3,-28, -3,  0,-21, -4, 28,-24, -3,-14, -5,  3,-18,  4, -2, -8,-15,-23,-25, -3,  0;
/M: SY='K';  M=-11,-12,-27,-13, -5, -7,-23,-12,-13, 16,-16, -6, -8, -9, -5, 10,-10, -8, -9,-16, -1, -5;
/M: SY='I';  M=-10,-14,-26,-14,-13,-12,-28,-20, 11, -7,  1,  3,-14,-14,-12, -8,-14, -8, 11,-25, -8,-15;
/M: SY='M';  M= -8,-16,-24,-21,-17, -5,-12,-13,  7,-15,  9, 11,-10,-22,-12,-14,-13, -9,  0,-20, -3,-15;
/M: SY='K';  M= -3, -4,-16, -5,  2,-25,-14, -1,-25, 12,-25,-12,  1, -8,  6, 12,  6, -2,-18,-28,-13,  3;
/M: SY='N';  M= -7, -5,-17, -8, -5,-14,  0, -4,-22, -5,-19,-12,  3,-18, -6,  0,  2, -4,-17,-26,-12, -7;
/I:         I=-3; MD=-17;
/M: SY='G';  M= -5,-10,-22,-12,-11,-15,  4, -6,-13,-12, -8, -5, -4,-17, -6, -7, -1,  0,-11,-22,-11, -9; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-17;
/M: SY='G';  M= -2, -4,-21, -4, -5,-22, 12,  3,-24, -7,-22,-12,  2, -7, -1, -7,  7, -2,-19,-24,-13, -4; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='S';  M= -1,  0,-13, -1,  1,-12,  2, -7,-12, -2,-10, -8,  3, -8, -2, -4,  5,  1,-10,-17,-10, -1; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='S';  M=  5,  0,-10, -4, -5,-12,  5, -7,-11, -7,-13, -6,  5, -9, -4, -8, 12,  6, -7,-21,-12, -4; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='T';  M=  4,-11,-18,-17,-12,-13,-20,-21,  0,-14, -8, -6, -8,  2,-11,-17,  7, 20,  1,-27,-13,-13;
/M: SY='S';  M=  1,  6,-15,  3,  5,-17, -7, -5,-19, -6,-24,-17, 13,-11,  1, -7, 24, 15,-14,-33,-13,  3;
/M: SY='N';  M= -3,  7,-24,  0, -3,-19, -3, -3,-21,  3,-24,-15, 17, -5, -2,  5,  3, -4,-22,-26,-13, -4;
/M: SY='L';  M= -9,-23,-20,-25,-16,  5,-25,-14, 12,-20, 26, 19,-22,-25, -9,-14,-18, -7,  6,-20, -1,-12;
/M: SY='R';  M=-11,-14,-26,-17, -8,-16,-24,-12, -1,  9, -8,  4, -8,-17,  2, 15, -9, -7,  0,-22, -8, -6;
/M: SY='R';  M=-10, -7,-26,-11, -5,-15,-22,  1,-11,  8,-13, -4, -1,-17,  3, 16, -6, -2,-10,-19,  0, -4;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='L';  M=-10,-23,-22,-25,-16,  0,-28,-12, 13,-16, 28, 16,-22,-25,-14,-12,-23,-10,  8,-21, -1,-15;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='K';  M= -5, -9,-15,-10, -5, -6,-14,-11, -5,  5, -2, -1, -9,-11, -4,  1, -8, -2, -2, -2, -2, -4; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='R';  M= -6,  3,-20,  1,  2,-20,-13,  4,-21,  8,-18,-10,  5,-13,  7, 17,  2,  1,-16,-23, -9,  2; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M:         M= -3,-13,-11,-16, -9,-11,-15,-15, -8, -2, -8,  0,-12,-11, -6, -6, -7, -4, -3,-22,-11, -8; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='H';  M=-16, -8, 28,-12,-12,-20,-24, 49,-30,-18,-20, -8, -2,-28, -6,-12,-10,-16,-22,-38,  1,-12;
/M: SY='K';  M= -3,-11,-27, -9,  0,-21,-15,-15,-15,  7,-13, -8,-11,  6, -4, -1, -7, -7,-12,-25,-16, -3;
/M: SY='N';  M= -6,  5,-23,  1,  4,-18,-15, -6,-13,  2,-12, -7,  8,-15,  0,  3,  0, -1,-13,-29,-13,  1;
/M: SY='Y';  M= -4, -4,-25, -5,  1, -9,-15, -5, -8, -6, -7, -7, -5,-17, -5,-10, -7, -8, -9,-15,  5, -4;
/M:         M=-12,-15,-28,-13,-10, -6,-22,-14, -7, -7, -6, -6,-14,  0,-11, -4,-12, -8, -8,-12, -3,-12;
/M: SY='K';  M= -2,  3,-23,  2,  3,-17,-15,-11,-20,  7,-19,-13,  1, -7, -3,  2,  0, -1,-13,-25,-13, -1;
/M: SY='E';  M= -4,  4,-25,  5, 11,-26, -9, -8,-23,  6,-22,-14,  3, -4,  5,  1,  2, -4,-18,-28,-18,  7;
/M: SY='V';  M= -3, -7,-19,-11,-16, -6,-15,-12,  4,-13, -6, -3, -5,-22,-15,-15, -2,  0,  9,-22,  0,-17;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_03 which contains 571'609 sequence entries.


Total number of hits 35 in 24 different sequences
Number of true positive hits 35 in 24 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 3
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 92.11 %

Comments [info]

Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 4
Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Feature key [info] ZN_FING
Feature description [info] BED-type
Version [info] 5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
24 sequences

BED3_CAEEL  (Q19787), DPY20_CAEBR (P51558), DPY20_CAEEL (P34807), 
DSLE_ARATH  (Q9M2N5), ENV11_YEAST (P53246), GEI13_CAEEL (P34478), 
HOBOT_DROME (P12258), RSLE1_ORYSJ (B9FJG3), RSLE2_ORYSJ (Q6AVI0), 
RSLE3_ORYSJ (Q75HY5), RSLE4_ORYSJ (Q0JMB2), SUF4_ARATH  (Q9C5G0), 
VID22_YEAST (Q05934), YS54_CAEEL  (Q09663), ZBED1_HUMAN (O96006), 
ZBED2_HUMAN (Q9BTP6), ZBED3_HUMAN (Q96IU2), ZBED4_HUMAN (O75132), 
ZBED4_MOUSE (Q80WQ9), ZBED5_BOVIN (A4Z943), ZBED5_CANLF (A4Z944), 
ZBED5_HUMAN (Q49AG3), ZBED6_HUMAN (P86452), ZBED6_MOUSE (D2EAC2)
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
3 sequences

MIG39_CAEEL (P34418), TPED_TALSN  (B8MV65), ZBED3_MOUSE (Q9D0L1)

		
PDB
[Detailed view]
2 PDB

2CT5; 2DJR