PROSITE entry PS50824

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	DAPIN
Accession [info]	PS50824
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2001 CREATED; 26-FEB-2020 DATA UPDATE; 08-NOV-2023 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50824
Associated ProRule [info]	PRU00061

Name and characterization of the entry

Description [info]

DAPIN domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=89;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=84;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.2703000; R2=0.0157633; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4960.8281250; R2=6.5158372; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=459; H_SCORE=7952; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=332; H_SCORE=7124; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='M';  M=-10,-20,-20,-30,-20,  0,-20,  0, 20,-10, 20, 60,-20,-20,  0,-10,-20,-10, 10,-20,  0,-10;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='A';  M= 22, -4,-10, -9, -3,-16, -3,-11,-11,  1,-13, -9, -3, -7, -3, -6,  9,  1, -4,-17,-13, -3; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-27;
/M: SY='K';  M= -6, -1,-25,  0,  7,-25,  9,-10,-28, 16,-24,-13,  0,-10,  1,  6, -4,-11,-21,-18,-16,  4; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-27;
/M: SY='Y';  M= -8, -7,-24, -7, -1, -8, -6, -2,-19, -3,-16,-12, -4,-17, -3,  1,  2,  1,-16,-12,  9, -4;
/M: SY='A';  M=  5,-10,-24,-13, -5, -9,-16,  1,-18,  4,-17, -8, -7, -1, -6, -3, -6, -9,-14,-18, -5, -6;
/M: SY='R';  M=-12, -2,-29, -4,  5,-18,-15, -6,-26, 13,-24,-16,  3,-16,  4, 20, -4, -8,-23, -1, -8,  4;
/M: SY='D';  M=-10,  4,-30,  8,  0,-24,  5,-14,-13,-13,-15,-12,  0,-14, -9,-17, -6,-13,-13,-27,-17, -6;
/M: SY='H';  M= -3,-16,-20,-17,-13,-10,-22, 14, -3,-10,  0,  3,-11,-23, -9, -1,-10, -9,  4,-26, -2,-13;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-23,-33,-23,  7,-33,-23, 29,-30, 41, 20,-27,-27,-20,-23,-27,-10, 16,-20,  0,-23;
/M: SY='L';  M= -1,-23,-21,-26,-14, -3,-25,-17, 14,-21, 26, 12,-21,-22, -7,-17,-18, -8,  6,-20, -5,-11;
/M: SY='T';  M= -6,  5,  2,  5,  5,-23,-18,-13,-24, -1,-21,-17,  1,-13, -3, -6,  8, 11,-14,-34,-17,  1;
/M: SY='A';  M= 11,-13,-19,-17,-17,-11,  8,-15,-11,-14,-11, -8,-10,-19,-16,-17,  1, -1, -2,-15, -4,-17;
/M: SY='L';  M=-11,-30,-20,-31,-21, 20,-30,-20, 17,-30, 44, 17,-29,-30,-23,-20,-29,-10,  9,-16,  4,-21;
/M: SY='E';  M=-11, 16,-30, 27, 54,-31,-19,  0,-31,  9,-21,-21,  3, -1, 17, -1,  0,-10,-30,-31,-20, 36;
/M: SY='N';  M=-12, 17,-21, 11,  2, -6,-13, -3,-14, -6,-17,-14, 22,-19, -8, -7,  0, -4,-14,-30,-11, -2;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-23,-33,-23,  7,-33,-23, 28,-30, 42, 20,-27,-27,-20,-23,-27,-10, 16,-20,  0,-23;
/M: SY='T';  M= -1,  0,-17, -5, -8,-18, -2,-14,-15, -2,-19,-12,  6,-15, -8, -5, 10, 13, -7,-30,-16, -8;
/M: SY='D';  M=  3, 16,-26, 23,  7,-31,-10,-10,-27,  4,-24,-20,  3,  3, -3, -8,  0, -7,-20,-30,-20,  2;
/M: SY='Y';  M=-16,  3,-30, 11, 21, -6,-23,  8,-19,  0,-13,-13, -5,-14,  4, -6, -8,-10,-22, -6, 22, 10;
/M: SY='E';  M=-13, 17,-29, 21, 32,-30,-16, 17,-28,  4,-23,-16, 13, -8, 19,  0,  0,-10,-30,-31,-13, 25;
/M: SY='F';  M=-14,-30,-20,-34,-24, 39,-30,-20, 12,-30, 33, 12,-26,-30,-28,-20,-26,-10,  6, -7, 13,-24;
/M: SY='K';  M=-14,  6,-30, 10, 15,-29,-19, -4,-31, 32,-26,-14,  3,-12, 10, 32, -7,-10,-23,-24,-13, 11;
/M: SY='K';  M=-11, -6,-27, -7,  8,-20,-20, -4,-16, 24,-13,  9, -6,-13,  9, 19,-11,-10,-13,-22, -9,  7;
/M: SY='F';  M=-17,-30,-19,-39,-30, 69,-30,-21,  4,-29, 10,  1,-21,-30,-39,-20,-19, -9,  7,  4, 24,-30;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='K';  M= -8,  0,-25,  0, 10,-27,-17, -5,-24, 36,-24, -7,  0, -8, 16, 22, -7, -8,-19,-17, -8, 13; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='F';  M= -7,-21,-19,-26,-19, 19,-23,-19,  8,-24, 12,  3,-14,-23,-20,-19, -6, -1,  5,-17,  3,-19;
/M: SY='Y';  M=-13,-16,-26,-17, -9,  6,-26,-10, -7,  6,  4,  2,-15,-22, -9,  2,-19,-10, -7, -8, 12, -9;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='A';  M= 15, -9,-17,-12, -6,-20,  3,-13,-14,-12,-12, -9, -4,-14, -1,-13, 10,  0,-10,-26,-17, -3;
/M: SY='N';  M=-10, 28,-21, 24,  3,-23, -6,  3,-20, -3,-22,-11, 30,-16,  0, -6,  7, -2,-21,-37,-17,  1;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='R';  M= -5, -3,-14, -3,  3,-14, -8,  0,-14,  8,-13, -6,  2, -9, 11, 20,  3, -1,-11,-15, -7,  5; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-22;
/M: SY='R';  M= -9, -2,-17,  0, 10,-14,-11, -1,-17, 17,-13, -7,  0, -7,  7, 25, -4, -6,-13,-13, -7,  7; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-22;
/M: SY='E';  M= -3,  1,-19,  4, 17,-22,  1, -3,-20,  0,-17,-12,  2, -6, 12, -3,  6, -4,-19,-20,-14, 14; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-22;
/M: SY='D';  M=-12, 15,-27, 23, 20,-22,-15, 14,-27, -1,-22,-17,  6,-11,  6, -6,  2, -7,-24,-26, -1, 12;
/M:         M= -4,-17,-21,-17,-13,  0, -6,-17, -8,-20, -1, -6,-12, -5,-16,-17, -1, -3, -9,-23,-10,-14;
/M: SY='R';  M=-14, -3,-29, -6, -5,-15, -5,  0,-26, 15,-21,-11,  5,-20,  1, 29, -7,-10,-21,-15, -1, -5;
/M: SY='I';  M= -9,-24,-26,-28,-15, -3,-34,-24, 31,-22, 16, 12,-20,-20,-15,-23,-17, -9, 21,-23, -5,-18;
/M: SY='P';  M=  1,  0,-22, -3,  5,-21,-14,-13,-17, -6,-20,-16,  1, 17, -4,-11,  6, 11,-17,-30,-20, -1;
/M: SY='R';  M=-13,-11,-27,-11, -3,-17,-21,-10,-19, 13,-12, -7, -7, -1,  0, 27, -9, -2,-15,-23,-12, -4;
/M: SY='A';  M= 17, -6,-18, -9, -7,-24, 17,-16,-24, -5,-24,-16,  0,-13, -7,-10, 13, -1,-14,-26,-21, -7;
/M: SY='Q';  M=  7, -4,-23, -7, 11,-26,-14, -4,-15,  7,-13,  1, -6,-10, 19,  0, -1, -7,-15,-22,-13, 15;
/M: SY='I';  M=-11,-21,-29,-22,-12, -9,-28,-19,  8, -7,  8,  5,-17, -4,-10, -3,-18,-10,  1,-22, -8,-14;
/M: SY='E';  M=-11,  2,-29,  8, 35,-24,-21, 13,-22,  2,-10, -9, -3, -8, 18, -1, -6,-11,-24,-27,-10, 26;
/M: SY='K';  M=-10, -3,-29, -1, 11,-26,-20,-10,-26, 25,-24,-13, -3,  4,  6, 19, -4, -2,-20,-24,-14,  7;
/M: SY='M';  M=  7,-17,-19,-24,-17, -1,-20,-13,  9,-16,  9, 10,-16,-19,-12,-17, -7,  2,  6,-15,  4,-16;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='D';  M=-14, 33,-25, 42, 11,-31, -8,  0,-33,  2,-29,-24, 21,-13,  1,  2,  6, -4,-26,-37,-19,  6;
/M: SY='R';  M= -3, -7,-29, -6,  6,-26, -3,-10,-27, 11,-23,-14, -4,  0,  1, 16, -4,-10,-22,-23,-19,  1;
/M: SY='I';  M= -9,-28,-24,-36,-27,  1,-34,-24, 39,-26, 23, 25,-23,-23,-18,-24,-20, -9, 27,-21, -1,-26;
/M: SY='D';  M=-14, 23,-30, 34, 25,-37,-16,  1,-32, 11,-26,-17,  9, -8, 21,  2, -1,-10,-29,-30,-16, 23;
/M: SY='L';  M= -7,-29,-18,-31,-24,  4,-30,-22, 27,-24, 30, 22,-27,-27,-20,-20,-21, -7, 25,-23, -3,-23;
/M: SY='A';  M= 43, -9,-10,-19,-10,-19, -3,-20,-10,-10,-10,-10, -9,-10,-10,-19, 11,  7,  0,-21,-19,-10;
/M: SY='D';  M=-10, 21,-21, 27,  6,-26,-13,  8,-27, -6,-23,-18, 11,-12, -1, -8, 10,  9,-19,-36,-11,  1;
/M: SY='L';  M=-12,-20,-24,-20,-11,  2,-27,-11,  2, -4, 19,  8,-20,-24,-10, -4,-23,-10, -2,-12,  9,-11;
/M: SY='M';  M=-10,-26,-22,-32,-22,  4,-27,-13, 25,-22, 33, 37,-24,-24,-12,-17,-24,-10, 13,-20,  0,-17;
/M: SY='V';  M= -1,-20,-16,-20,-13, -7,-26,-23, 17,-16,  1,  3,-18,-21,-17,-17, -2,  0, 27,-30,-11,-16;
/M: SY='E';  M=  5,  0,-22,  0, 14,-26, -1, -9,-23, -3,-20,-14,  0, -9,  8, -7, 10,  2,-19,-27,-19, 11;
/M: SY='Q';  M=-11, -6,-24,-10, -4, -4,-21, -1, -9,  2,-12, -3, -1,-20,  8,  0, -7, -7,-10,-14,  6,  2;
/M: SY='Y';  M=-10,-21,-24,-26,-21, 37,-26,  3, -1,-16,  1, -1,-19,-27,-19,-14,-16, -9, -6, 17, 52,-21;
/M: SY='G';  M= -6,-14,-24,-16,-16,-14, 16,-17,-17,-15, -3, -6, -9,-21,-14, -6, -7, -6,-13,-21,-16,-16;
/M: SY='E';  M=  4,  0,-24,  3, 18,-27, 12,-10,-29, -4,-23,-19,  0, -9,  1,-10,  7, -7,-23,-27,-23, 10;
/M: SY='T';  M= -7,  4,-21,  5,  8,-23,-20,-10,-16,  4,-16,-10, -1,-12,  6, -1,  3,  9, -9,-28,-13,  7;
/M: SY='D';  M= -6,  7,-24, 11, -1,-12,-14,  1,-21, -1,-18,-15,  1,-17, -3,  1,  0, -4,-16,-15,  9, -4;
/M: SY='A';  M= 26,-12,-19,-17,-14,-15, 15,-14,-17,-13,-14,-11, -9,-16,-13,-18,  3, -7,-10,-12, -8,-14;
/M: SY='V';  M=  1,-29,-21,-32,-26,  0,-26,-27, 18,-21, 10,  5,-27,-26,-23,-22,-16, -8, 22,  2, -2,-24;
/M: SY='E';  M= -7,  6,-26, 11, 18,-27, -3, -3,-23, -1,-19, -8,  2,-10, 11, -6,  3, -7,-21,-29,-17, 14;
/M: SY='L';  M=-10,-22,-21,-23,-15,  8,-27,-19,  5, -6, 16,  7,-20,-24,-16, -6,-20, -9,  6,-17,  0,-15;
/M: SY='T';  M=  5, -9,-13,-17,-13, -7,-18,-17, -1,-13,  3,  5, -9,-14,-10,-13,  6, 25,  3,-26, -9,-11;
/M: SY='I';  M=  0,-23,-21,-27,-18, -4,-27,-23, 18,-14, 15, 10,-20,-21,-16,-15,-16, -7, 16,-21, -6,-18;
/M: SY='R';  M=-14,  4,-29,  3, 13,-25,-17, 17,-27, 17,-23,-10, 10,-14, 17, 26, -4,-10,-26,-26, -8, 12;
/M: SY='V';  M= -4,-25,-18,-31,-27, -2,-33,-28, 32,-23, 11, 11,-21,-23,-23,-23,-10,  3, 34,-26, -6,-27;
/M: SY='F';  M=-13,-27,-23,-31,-23, 26,-27,-22,  4,-25, 19,  4,-24,-27,-24,-18,-21, -4,  0, 13, 11,-21;
/M: SY='R';  M=-16,  6,-30, 12, 23,-29,-18,  1,-30, 17,-22,-15,  3,-11, 18, 29, -4,-10,-26,-26,-14, 19;
/M: SY='D';  M=  2,  6,-23,  8,  3,-15,-13, -8,-21,  1,-17,-12,  0,-13,  2, -6, -2, -7,-16,-21,-10,  3;
/M: SY='I';  M=-10,-27,-26,-36,-26,  1,-33,-20, 37,-24, 24, 32,-21,-21,-14,-23,-21,-10, 21,-20,  0,-23;
/M: SY='P';  M= -7,  2,-30,  0, -4,-27, 12,-10,-27, -1,-30,-19, 11, 13, -7, -7, -2,-10,-29,-28,-24, -7;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='L';  M=-11,-10,-24,-13, -7, -4,-23, -5, -1, -5, 10,  4, -7,-23, -1, -4,-16, -9, -8,-16,  6, -5;
/M: SY='R';  M= -3,-10,-23,-12,  2,-18,-19, -6,-10,  5, -8,  3, -9,-16,  8, 14, -6, -7, -5,-23,-11,  4;
/M: SY='L';  M= -8, -7,-21, -3, -2, -5,-21, -8, -3,-13,  4, -3,-11,-20, -9,-13, -6, -4, -1,-21,  2, -6;
/M: SY='L';  M=  0,-26,-17,-29,-20,  3,-24,-19, 17,-23, 31, 20,-26,-26,-17,-19,-20, -7, 15,-22, -4,-19;
/M: SY='A';  M= 20,  6,  4,  5, -4,-26, -8,-16,-22,-10,-17,-17, -3,-15,-10,-19,  4, -5,-10,-31,-22, -7;
/M: SY='E';  M=  2,  7,-24, 11, 16,-28,  0, -9,-28,  4,-24,-19,  3, -9,  2, -5,  6, -5,-21,-29,-20,  9;
/M: SY='Q';  M=-10, -9,-24, -9,  6,-17,-23, -6, -9, -2,  2,  1, -9,-16, 14,  5, -8, -2,-13,-23, -8, 10;
/M: SY='L';  M= -1,-27,-18,-28,-18,  5,-25,-20, 15,-27, 41, 15,-27,-27,-18,-20,-24, -8,  8,-20, -3,-18;
/M: SY='Q';  M= -4, -3,-27, -4,  9,-30,-17, 13,-23, 13,-20, -4,  0,-13, 29, 16, -3,-10,-23,-21, -8, 17;
/M: SY='R';  M= -5,  5,-26,  3, 18,-24,-14, -3,-26, 17,-21,-14,  7,-11,  9, 21, -1, -7,-22,-26,-16, 12;
/M: SY='A';  M= 18, -3,-19, -6,  8,-23,  2,-14,-20, -6,-16,-14, -4, -9, -3,-13,  7,  1,-13,-24,-20,  2;
/M: SY='A';  M= 10, -3,-22, -6,  5,-24, -1,-14,-23,  8,-20,-13, -3,-10, -1, -2,  3,  0,-14,-23,-17,  2;
/M: SY='Q';  M= -1,-10,-26,-11,  0,-19, -7,  2,-10,-11, -5, -2, -7,-16,  3,-11, -7,-11,-12,-23, -9,  0;
/M: SY='Q';  M=-10,  8,-27, 11, 11,-31,-16, 14,-27, 14,-26,-10,  6,-12, 21,  8,  2, -7,-24,-27, -8, 15;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2023_05 which contains 570'420 sequence entries.

Total number of hits	56 in 56 different sequences
Number of true positive hits	56 in 56 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	3
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	94.92 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	1
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	DAPIN
Version [info]	6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

56 sequences

AIM2_HUMAN  (O14862), AIM2_MOUSE  (Q91VJ1), ASC_BOVIN   (Q8HXK9),

ASC_DANRE   (Q9I9N6), ASC_HUMAN   (Q9ULZ3), ASC_MOUSE   (Q9EPB4), 
CASPA_DANRE (Q9I9L7), CASPB_DANRE (Q504J1), IF16_HUMAN  (Q16666), 
IF16_PONAB  (Q5RD14), IFI3_MOUSE  (O35368), IFI4_MOUSE  (P0DOV2), 
IFI5A_MOUSE (Q8CGE8), IFI5B_MOUSE (P0DOV1), IFI8_MOUSE  (Q3V3Q4), 
IFIXL_MOUSE (Q504N7), IFIX_HUMAN  (Q6K0P9), IFIX_MOUSE  (Q8BV49), 
MEFV_HUMAN  (O15553), MEFV_MOUSE  (Q9JJ26), MEFV_RAT(Q9JJ25), 
MNDAL_MOUSE (D0QMC3), MNDA_HUMAN  (P41218), MNDA_MACFA  (Q8SPH9), 
NAL10_HUMAN (Q86W26), NAL10_MOUSE (Q8CCN1), NAL11_HUMAN (P59045), 
NAL12_HUMAN (P59046), NAL12_MOUSE (E9Q5R7), NAL13_HUMAN (Q86W25), 
NAL14_HUMAN (Q86W24), NAL4A_MOUSE (Q8BU40), NAL4C_MOUSE (Q3TKR3), 
NAL4E_MOUSE (Q66X19), NALP2_HUMAN (Q9NX02), NALP4_HUMAN (Q96MN2), 
NALP5_BOVIN (Q647I9), NALP5_HUMAN (P59047), NALP7_HUMAN (Q8WX94), 
NALP8_HUMAN (Q86W28), NLR9B_MOUSE (Q66X22), NLR9C_MOUSE (Q66X01), 
NLRP1_HUMAN (Q9C000), NLRP3_BOVIN (A6QLE5), NLRP3_HUMAN (Q96P20), 
NLRP3_MACMU (B0FPE9), NLRP3_MOUSE (Q8R4B8), NLRP3_RAT   (D4A523), 
NLRP6_HUMAN (P59044), NLRP6_MOUSE (Q91WS2), NLRP6_RAT   (Q63035), 
NLRP9_BOVIN (Q288C4), NLRP9_HUMAN (Q7RTR0), PYDC1_HUMAN (Q8WXC3), 
PYDC2_HUMAN (Q56P42), PYDC5_HUMAN (W6CW81)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences

3 sequences

NAL4B_MOUSE (Q8C6J9), NAL4F_MOUSE (Q66X05), NLR9A_MOUSE (Q66X03)

PDB
[Detailed view]

42 PDB

1PN5; 1UCP; 2DBG; 2DO9; 2HM2; 2KM6; 2KN6; 2L6A; 2M5V; 2MPC; 2N00; 2N1F; 2NAQ; 2YU0; 3J63; 3QF2; 3VD8; 4EWI; 4N1J; 4N1K; 4N1L; 4O7Q; 4QOB; 4XHS; 5GPP; 5H7N; 5H7Q; 5WPZ; 6MB2; 6NCV; 6NDJ; 6NPY; 6X6C; 6Z2G; 7BSO; 7E5B; 7K3R; 7LFH; 7PZC; 7PZD; 7VTQ; 8ERT
» more