PROSITE entry PS50843
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | EXPANSIN_CBD |
| Accession [info] | PS50843 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-JAN-2002 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC50842 |
| Associated ProRule [info] | PRU00078 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Expansin, Cellulose-binding-like domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=82; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=77; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.9064000; R2=0.0129824; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=6029.1855469; R2=4.6393919; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=585; H_SCORE=8743; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=431; H_SCORE=8029; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='Y'; M=-14, -2,-25, -7,-10, 2,-15, 14,-12, -2,-14, -7, 6,-23, -6, -1, -7, -7,-15, -8, 23,-10; /M: SY='Y'; M=-17,-20,-29,-23,-19, 30,-25, -1, -6,-15, -4, -6,-17,-27,-17,-13,-18, -9,-12, 35, 45,-18; /M: SY='L'; M=-11,-21,-21,-25,-16, 14,-27,-16, 14,-24, 29, 13,-18,-26,-18,-18,-22, -9, 5,-18, 2,-17; /M: SY='A'; M= 19,-14,-14,-19,-11,-11,-11,-16, -1,-14, 2, 1,-12,-16, -8,-16, 4, 2, 3,-25,-13,-10; /M: SY='V'; M= -6,-29,-12,-32,-27, 7,-31,-26, 26,-25, 18, 11,-25,-28,-26,-22,-15, -4, 30,-24, -4,-27; /M: SY='L'; M= -6,-20,-20,-22,-15, 2,-24,-15, 8,-16, 22, 10,-17,-25,-14,-11,-17, -5, 5,-20, -1,-15; /M: SY='V'; M= -6,-30,-18,-34,-29, 7,-33,-29, 34,-25, 16, 13,-26,-27,-27,-23,-16, -5, 37,-23, -3,-29; /M: SY='E'; M= -7, -7,-23, -8, 7, -9,-21,-10,-11, 2, -3, -2, -8,-14, 0, -2, -5, -1,-10,-22, -6, 4; /M: SY='Y'; M=-16, 2,-25, -7,-13, 16,-18, 12, -8, -8,-11, -8, 11,-26, -9, -7, -8, -6,-17, 0, 35,-13; /M: SY='V'; M= 3,-10,-16,-12, -5,-13,-20,-16, 4, -9, -5, -3,-10,-19, -8,-12, -1, 2, 13,-29,-14, -7; /M: SY='G'; M= 0, 7,-25, 3, -9,-27, 30,-10,-31, -7,-27,-19, 15,-18,-10, -7, 3,-11,-26,-26,-24, -9; /M: SY='G'; M= -2,-10,-30,-10,-15,-28, 52,-19,-34,-16,-26,-18, -3,-14,-17,-18, -2,-18,-26,-21,-27,-16; /M: SY='D'; M= 0, 9,-23, 14, 2,-25, -2, -8,-21, -7,-17,-14, 1,-14, -1,-12, 1, -7,-14,-27,-14, 0; /M: SY='G'; M= -1, -1,-27, -1,-13,-28, 44,-16,-34,-14,-27,-19, 4,-18,-15,-14, 3,-10,-25,-24,-25,-14; /I: I=-6; MD=-32; /M: SY='D'; M=-10, 31,-23, 39, 14,-30, -9, -3,-29, -2,-25,-23, 18,-10, 0, -8, 8, 2,-23,-36,-18, 7; D=-6; /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='I'; M= -7,-30,-20,-34,-28, 5,-33,-27, 34,-25, 20, 17,-25,-26,-24,-23,-18, -6, 33,-23, -3,-28; /M: SY='V'; M= 8,-13,-16,-14,-11,-14,-11,-19, -3, -8, -6, -4,-12,-19,-12, -9, 0, -1, 9,-27,-14,-12; /M: SY='S'; M= 8, -1,-13, -5, 1,-22, -4, -9,-18, -4,-20,-13, 4,-13, 2, -6, 10, 0,-14,-28,-16, 1; /M: SY='V'; M= -2,-29,-14,-31,-28, 0,-30,-26, 30,-21, 15, 16,-27,-27,-25,-20,-13, -3, 40,-27, -7,-27; /M: SY='E'; M= -8, 9,-27, 15, 25,-25,-16, 2,-28, 8,-23,-16, 2, -8, 11, 0, 1, -8,-24,-24,-12, 18; /M: SY='I'; M= -6,-30,-19,-33,-28, 2,-33,-28, 34,-26, 23, 16,-27,-27,-24,-23,-18, -6, 34,-24, -4,-28; /M: SY='K'; M= -4, -5,-27, -7, 3,-24,-17, -7,-22, 26,-21, -4, -4,-13, 11, 20, -7, -8,-16,-15, -9, 7; /M: SY='E'; M= -6, -4,-29, -2, 10,-29, 4, -9,-27, -2,-23,-14, -3, 3, 9, -4, 0, -5,-26,-25,-20, 9; /M: SY='S'; M= 8, -5,-15, -8, -4,-17,-12, 0,-12, -7,-16, -9, -1,-14, -3, -8, 12, 7, -4,-30,-11, -4; /I: I=-4; MD=-22; /M: SY='G'; M= -3, -3,-17, -4, -8,-15, 21, -9,-18, -5,-12, -7, 1,-12, -7, -5, -3, -9,-14,-14,-13, -8; D=-4; /I: I=-4; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22; /M: SY='S'; M= 1, -1,-14, -3, -4,-23, 10,-11,-26, -4,-27,-17, 7,-14, -3, -5, 17, 6,-17,-31,-20, -4; /M: SY='G'; M= -5, 3,-23, 2, -1,-22, 6, -8,-27, -3,-23,-16, 5,-14, -5, -5, 6, 5,-19,-23,-15, -3; /M: SY='E'; M= -4, 1,-26, 1, 16,-26, -6, -4,-24, 6,-20,-12, 2,-11, 13, 5, 1, -7,-21,-24,-14, 14; /M: SY='W'; M=-20,-38,-47,-39,-30, 15,-21,-27,-18,-20,-17,-18,-38,-30,-21,-20,-38,-28,-27,136, 32,-21; /M: SY='I'; M= -9,-20,-24,-24,-14, -4,-29,-17, 16,-13, 14, 13,-17,-20, -9,-12,-15, -5, 9,-20, -1,-13; /M: SY='P'; M= 0, -8,-25, -6, 1,-21,-14,-10,-19, -3,-23,-14, -6, 18, 3, -7, 6, 0,-18,-26,-15, 0; /M: SY='M'; M= -7,-21,-20,-30,-20, 0,-20, -3, 19,-12, 22, 52,-21,-21, -3,-12,-20,-10, 10,-20, -1,-11; /M: SY='R'; M= 0, -1,-20, -3, 4,-23,-10, -8,-22, 10,-23,-13, 3,-12, 8, 12, 11, 6,-15,-28,-15, 5; /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='R'; M=-16, -4,-29, -2, 11,-25,-19, 10,-29, 22,-22, -9, 1,-15, 17, 40, -6,-10,-23,-23, -8, 11; /M: SY='N'; M= -4, 13,-18, 5, -3,-18, -7, -3,-13, -2,-20, -9, 23,-17, -2, -4, 11, 3,-14,-35,-16, -2; /I: I=-6; MD=-32; /M: SY='W'; M=-18,-30,-41,-31,-23, 9,-16,-15,-18,-14,-16,-14,-28,-27,-15,-10,-30,-23,-24, 96, 28,-17; D=-6; /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='G'; M= 0, -6,-28, -5,-16,-29, 58,-18,-38,-18,-30,-20, 2,-18,-17,-18, 5,-15,-28,-23,-28,-16; /M: SY='A'; M= 21, -6,-18,-11, -1,-23, -5,-14,-12, -7,-15,-10, -4, -4, 0,-14, 7, -2, -9,-25,-19, -1; /M: SY='V'; M= -3, -6,-16,-14,-18, -7,-20,-16, 12,-15, -2, 0, 2,-23,-16,-14, -2, 2, 15,-31,-12,-18; /M: SY='W'; M=-20,-37,-47,-37,-28, 13,-21,-21,-18,-19,-17,-17,-36,-30,-19,-19,-37,-27,-27,129, 33,-20; /M: SY='Q'; M=-10, 4,-22, 6, 16,-29,-17, 5,-26, 11,-22,-11, 4,-12, 21, 16, -1, -7,-24,-27,-13, 17; /M: SY='I'; M= -4,-22,-14,-26,-21, 0,-24,-22, 16,-23, 13, 8,-17,-23,-18,-20, -8, 1, 14,-25, -6,-21; /M: SY='B'; M= -5, 14,-21, 14, 2,-18,-10, -1,-21, -1,-22,-14, 13,-15, -1, -5, 6, -2,-16,-31,-12, 1; /M: SY='S'; M= 8, -1,-17, -5, -2,-19, -6,-11,-15, -7,-17,-13, 4, -5, -2,-10, 13, 7,-11,-31,-18, -3; /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='B'; M= 2, 6,-24, 6, -4,-23, 2,-10,-21, -7,-22,-17, 6, -1, -9,-13, 2, -6,-17,-27,-17, -7; /M: SY='P'; M= -9,-17,-26,-15, -8,-11,-19,-11, -7, -7, 0, -2,-15, 5,-10, -7,-12, -7, -9,-24,-10,-10; /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; /M: SY='P'; M= -4, -7,-27, -8, -3,-20,-18,-12,-15, -1,-15,-10, -5, 14, -3, 0, -4, -1,-15,-25,-15, -6; /M: SY='G'; M= -2,-16,-24,-17,-17,-14, 19,-15,-14,-20, 1, -3,-11,-23,-17,-17, -9,-13,-11,-22,-15,-17; /M: SY='Q'; M= -7, 1,-27, 0, 7,-30,-14, -3,-23, 10,-22, -9, 2, -4, 20, 9, 1, -1,-22,-25,-14, 13; /I: I=-4; MD=-23; /M: SY='G'; M= 5,-10,-23,-10,-10,-22, 24,-15,-23,-12,-19,-13, -5, -2,-10,-13, 2, -9,-18,-20,-22,-11; D=-4; /I: I=-4; MD=-23; /M: SY='P'; M= -5, -8,-19, -4, 1,-15,-10, -9,-11, -2,-15, -9, -8, 37, -2, -7, -5, -5,-15,-14,-13, -2; D=-4; /I: I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23; /M: SY='F'; M=-14,-29,-20,-34,-24, 36,-29,-19, 12,-29, 33, 15,-26,-29,-27,-19,-26,-10, 6, -9, 11,-23; /M: SY='S'; M= 2, 8,-14, 3, 1,-21, -5, -6,-19, -4,-27,-17, 17,-12, 4, -5, 26, 16,-15,-36,-17, 2; /M: SY='F'; M=-14,-30,-22,-37,-28, 37,-33,-24, 21,-29, 20, 10,-23,-27,-30,-23,-21, -9, 15, -8, 12,-28; /M: SY='R'; M=-16, -6,-29, -5, 7,-24,-19, -1,-29, 30,-22,-10, 0,-16, 14, 51, -7, -9,-21,-21,-11, 7; /M: SY='L'; M= -9,-30,-18,-33,-26, 18,-31,-24, 23,-26, 26, 15,-26,-28,-26,-21,-21, -7, 23,-18, 2,-26; /M: SY='T'; M= -3, -9,-14,-15,-12, -8,-23,-19, -2, -8, -1, -3, -9,-16,-10, -6, 5, 26, 6,-27, -9,-12; /M: SY='S'; M= 7, -7,-12, -8, -3,-14,-12,-15, -8,-11,-13,-10, -3,-13, -7,-12, 18, 16, 1,-33,-15, -5; /I: I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23; /M: SY='E'; M= -4, 7,-23, 10, 12,-24,-10, -8,-23, 3,-21,-15, 2,-10, 2, -3, 6, 4,-16,-28,-13, 7; /M: SY='S'; M= -2, 8,-22, 11, -1,-26, 10,-11,-28, -7,-28,-21, 9, -8, -6,-10, 15, 4,-20,-33,-21, -3; /M: SY='G'; M= -4, -6,-30, -7,-12,-27, 37,-12,-32, -8,-27,-16, 1,-18, -9,-11, -2,-16,-26,-16,-20,-11; /M: SY='K'; M=-10, -5,-29, -6, 1,-22,-17, -8,-18, 18,-18, -2, -4,-15, 9, 11,-10,-11,-16, -7, -7, 5; /M: SY='T'; M= -5, -8,-17,-13,-11,-10,-21,-16, -8, -3,-11, -7, -6,-16,-10, -3, 4, 21, 1,-15, -7,-11; /M: SY='I'; M= -9,-18,-24,-23,-16, -5,-27,-17, 16,-18, 12, 8,-12,-23, -8,-16,-15, -8, 8,-17, -4,-14; /M: SY='V'; M= 3,-17,-16,-20,-18, -7,-22,-22, 10,-16, -1, 0,-15,-20,-15,-17, 0, 7, 18,-21, -8,-17; /M: SY='A'; M= 15, -7,-11,-12,-11, -4, -7,-16,-11,-14,-10,-10, -6,-17,-13,-17, 5, -1, -4,-22,-11,-11; /M: SY='D'; M=-11, 2,-27, 4, 1,-16,-13, 0,-22, 3,-20,-14, 2,-10, 0, 1, -3, -5,-20,-13, 0, -1; /M: SY='B'; M=-12, 33,-25, 31, 11,-28, -4, 3,-28, 1,-27,-22, 32,-14, 3, -2, 5, -3,-28,-36,-19, 7; /M: SY='V'; M= 5,-28,-11,-29,-27, -2,-27,-28, 25,-19, 9, 8,-27,-27,-27,-20, -9, -1, 42,-28,-11,-27; /M: SY='I'; M= -2,-27,-24,-35,-26, -1,-32,-27, 36,-26, 19, 16,-21,-21,-20,-26,-16, -8, 26,-21, -4,-26; /M: SY='P'; M= -9,-19,-38, -9, 0,-29,-19,-19,-20,-10,-30,-20,-18, 85, -9,-19, -7, -8,-29,-31,-29, -9; /M: SY='A'; M= 17, -3,-18, -5, -1,-22, -9,-14,-16, -2,-16,-13, -3, -3, -5, -8, 6, 1, -9,-26,-18, -4; /M: SY='N'; M= -8, 15,-26, 10, -2,-20, 3, 3,-25, -2,-25,-18, 21,-18, -3, -3, 1, -8,-26,-19,-10, -3; /M: SY='W'; M=-20,-39,-47,-40,-30, 17,-21,-29,-18,-21,-17,-18,-38,-30,-22,-20,-38,-28,-27,135, 30,-21; /M: SY='K'; M= -5, -2,-23, -6, -1,-21,-15, -9,-15, 8,-17, -8, 1,-14, 7, 5, 1, 2,-12,-20,-10, 3; /M: SY='P'; M= 3,-19,-22,-21,-13, 1,-17,-19, -6,-15,-10, -8,-16, 10,-16,-18, -4, -3, -4,-18, -7,-15; /M: SY='G'; M= -3, 0,-29, 1,-13,-30, 53,-15,-38,-14,-30,-21, 7,-19,-15,-15, 0,-17,-30,-24,-27,-14; /M: SY='Q'; M= 2, -3,-21, -5, 3,-22,-16, -5,-16, 5,-13, -5, -3,-13, 10, 3, 2, 2,-13,-24,-11, 6; /M: SY='T'; M= 2, -8, -6,-17,-15, -7,-21,-21, 0,-15, -5, -5, -6,-16,-14,-15, 9, 24, 7,-29,-10,-15; /M: SY='Y'; M=-20,-22,-28,-23,-22, 38,-30, 14, 0,-13, 2, 0,-20,-30,-15,-12,-20,-10, -8, 27, 72,-22; /M: SY='R'; M=-11, 6,-26, 8, 7,-25,-14, 0,-25, 9,-21,-12, 3,-13, 9, 11, 0, -1,-20,-22,-11, 7; /M: SY='S'; M= 8, -5,-17, -5, -5,-22, 10,-15,-22,-12,-27,-18, 3, -1, -6,-14, 23, 10,-14,-33,-22, -6; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 107 in 107 different sequences |
| Number of true positive hits | 107 in 107 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 2 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | N_Hulo |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | Expansin-like CBD |
| Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
107 sequences
EXB10_MAIZE (Q1ZYQ8), EXB10_ORYSJ (Q8H7T4), EXB11_MAIZE (P0C1Y5), EXB11_ORYSJ (Q6H676), EXB12_ORYSJ (Q10G40), EXB13_ORYSJ (Q946J4), EXB14_ORYSJ (Q6H677), EXB15_ORYSJ (Q7XT40), EXB16_ORYSJ (Q0DZ85), EXB17_ORYSJ (Q7X6J9), EXB18_ORYSJ (Q5W6Z9), EXB6L_ARATH (F4IBJ3), EXLA1_ARATH (Q9LZT4), EXLA1_ORYSJ (Q10S70), EXLA2_ARATH (Q9SVE5), EXLA2_ORYSJ (Q7XCL0), EXLA3_ARATH (Q9LZT5), EXLA3_ORYSJ (Q8H274), EXLA4_ORYSJ (Q5Z980), EXLB1_ARATH (O23547), EXLB1_ORYSJ (Q850K7), EXP10_ARATH (Q9LDR9), EXP10_ORYSJ (Q7XUD0), EXP11_ARATH (Q9LNU3), EXP11_ORYSJ (Q4PNY1), EXP12_ARATH (Q9LDJ3), EXP12_ORYSJ (Q7G6Z2), EXP13_ARATH (Q9M9P0), EXP13_ORYSJ (Q4PR52), EXP14_ARATH (Q9FMA0), EXP14_ORYSJ (Q4PR51), EXP15_ARATH (O80622), EXP15_ORYSJ (Q4PR50), EXP16_ARATH (Q9M2S9), EXP16_ORYSJ (Q69XV9), EXP17_ARATH (Q9ZSI1), EXP17_ORYSJ (Q4PR49), EXP18_ARATH (Q9LQ07), EXP18_ORYSJ (Q4PR48), EXP19_ORYSJ (Q7G6Z5), EXP20_ARATH (Q9SZM1), EXP20_ORYSJ (Q10RK1), EXP21_ARATH (Q9FL81), EXP21_ORYSJ (Q10KN4), EXP22_ARATH (Q9FL80), EXP22_ORYSJ (Q4PR44), EXP23_ARATH (Q9FL79), EXP23_ORYSJ (Q4PR43), EXP24_ARATH (Q9FL76), EXP24_ORYSJ (Q4PR42), EXP25_ARATH (Q9FL77), EXP25_ORYSJ (Q4PR41), EXP26_ARATH (Q9FL78), EXP26_ORYSJ (Q2QP13), EXP27_ORYSJ (Q7XE35), EXP28_ORYSJ (Q4PR40), EXP29_ORYSJ (Q4PR39), EXP30_ORYSJ (Q8W2X8), EXP31_ORYSJ (Q75I75), EXP32_ORYSJ (Q6YYW5), EXP33_ORYSJ (P0C1Y4), EXPA1_ARATH (Q9C554), EXPA1_ORYSJ (Q7XWU8), EXPA2_ARATH (Q38866), EXPA2_ORYSJ (Q40636), EXPA3_ARATH (O80932), EXPA3_ORYSJ (Q40637), EXPA4_ARATH (O48818), EXPA4_ORYSI (A2Y5R6), EXPA4_ORYSJ (Q0DHB7), EXPA5_ARATH (Q38864), EXPA5_ORYSJ (Q6ZGU9), EXPA6_ARATH (Q38865), EXPA6_ORYSJ (Q9M4X7), EXPA7_ARATH (Q9LN94), EXPA7_ORYSJ (Q852A1), EXPA8_ARATH (O22874), EXPA8_ORYSJ (Q9XHX0), EXPA9_ARATH (Q9LZ99), EXPA9_ORYSJ (Q4PR53), EXPB1_ARATH (Q9SKU2), EXPB1_MAIZE (P58738), EXPB1_ORYSJ (Q40638), EXPB1_PASNO (B8PYF3), EXPB2_ARATH (Q9SHY6), EXPB2_ORYSJ (O24230), EXPB3_ARATH (Q9M0I2), EXPB3_ORYSJ (Q336T5), EXPB4_ARATH (Q9SHD1), EXPB4_ORYSJ (Q94LR4), EXPB5_ARATH (Q9M203), EXPB5_ORYSJ (Q7XT39), EXPB6_ARATH (Q6IVU7), EXPB6_ORYSJ (Q7XCA7), EXPB7_ORYSJ (Q9LD07), EXPB8_ORYSJ (Q10T32), EXPB9_MAIZE (Q07154), EXPB9_ORYSJ (Q7XCG7), MPAC1_CYNDA (O04701), MPAG3_DACGL (P93124), MPAH1_HOLLA (P43216), MPAL1_LOLPR (P14946), MPAL2_LOLPR (P14947), MPAL3_LOLPR (P14948), MPAP1_PHAAQ (Q41260), MPAP1_PHLPR (P43213), MPAP2_PHLPR (P43214)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot 'Partial' sequences |
2 sequences
EXPB1_PSEMZ (P85909), EXPB_PASNO (P85293) |
| PDB [Detailed view] |
6 PDB
1BMW; 1N10; 1WHO; 1WHP; 2HCZ; 2VXQ |