PROSITE entry PS50858
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | BSD |
| Accession [info] | PS50858 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-MAY-2003 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC50858 |
| Associated ProRule [info] | PRU00036 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | BSD domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=53; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=48; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.7419000; R2=0.0212828; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2313.5722656; R2=2.2196531; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=365; H_SCORE=3124; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=271; H_SCORE=2915; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='W'; M=-11,-13,-24,-14,-12, -6,-16,-15,-14,-12,-10,-10,-13,-23, -8, -8,-16,-13,-15, 25, 0, -9; /M: SY='E'; M= -7, 0,-17, 1, 5,-14,-20,-11,-12, -3, -9, -9, -2,-15, -3, -5, -2, 0, -8,-28,-12, 1; /M: SY='N'; M= -9, 10,-24, 10, 7,-18,-11, -6,-18, -4,-14,-14, 11, -7, -3, -7, 0, -4,-20,-31,-16, 2; /M: SY='E'; M= 1, -2,-23, -3, 4,-17, -8, -6,-19, 0,-19,-12, 0, -9, 1, -2, 4, -4,-16,-24,-13, 2; /M: SY='F'; M=-12,-13,-22,-15, -7, 13,-25,-14, -1,-12, 5, 1,-13,-21,-15,-11,-13, -6, -1,-15, 4,-10; /M: SY='N'; M= -7, 2,-18, 0, -2,-18,-15, -8,-14, 3,-13, -5, 4,-16, 1, 2, 2, 1,-11,-29,-12, -1; /M: SY='L'; M= -8,-23,-18,-25,-20, 11,-26,-18, 10,-18, 13, 6,-19,-25,-19,-13,-12, -2, 13,-17, 4,-20; /M: SY='D'; M=-12, 26,-26, 33, 26,-31,-12, -1,-31, 6,-26,-22, 15, -8, 7, -2, 4, -4,-26,-35,-19, 17; /M: SY='A'; M= 1,-12,-24,-15, -1,-12,-15,-14, -4, -6, -3, -1,-11,-15, -2,-10, -7, -8, -6,-16, -9, -2; /M: SY='Q'; M= -8, 7,-25, 6, 6,-25,-16, -1,-20, 9,-18, -7, 7,-13, 16, 6, 0, -2,-19,-25,-10, 11; /M: SY='R'; M= -7, -5,-17, -6, -1,-16,-16, -5,-16, 3,-15, -9, -2,-17, 0, 7, 0, 0,-11,-24, -7, -3; /M: SY='E'; M= -6, 10,-27, 15, 28,-25,-12, -5,-27, 5,-21,-18, 3, -4, 8, -3, 0, -7,-24,-28,-17, 18; /M: SY='E'; M= -9, -6,-26, -6, 9,-15,-23, 9, -7, -5, -2, 1, -6,-16, 7, -6, -9,-10,-11,-23, -3, 7; /M: SY='I'; M= 1,-20,-23,-25,-14, -9,-26,-18, 17,-15, 10, 11,-16,-18, -5,-15,-12, -7, 11,-21, -7,-11; /M: SY='E'; M= -6, -3,-18, -3, 13,-17,-19, -5,-16, 1,-11, -9, -4,-13, 5, -1, 0, -2,-13,-27,-12, 9; /I: I=-4; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22; /M: SY='A'; M= 3, -7,-21, -8, -3,-17,-10,-13, -9, -5, -8, -6, -4,-15, -4, -6, 1, -3, -6,-26,-14, -4; /M: SY='L'; M= -9,-26,-23,-30,-23, 3,-32,-21, 29,-26, 31, 22,-24,-25,-18,-22,-23, -9, 19,-22, -2,-22; /M: SY='L'; M=-11,-22,-22,-23,-10, 12,-27,-15, 8,-22, 26, 11,-21,-24,-13,-16,-20, -9, 2,-17, 1,-11; /M: SY='E'; M= -5, 5,-19, 5, 13,-27,-16, -5,-24, 13,-21,-13, 3,-12, 11, 10, 0, -5,-19,-27,-15, 12; /M: SY='E'; M= -8, 5,-26, 6, 14,-24, -4, -3,-23, 1,-17,-13, 5,-12, 5, -3, 0, -6,-22,-28,-16, 10; /M: SY='N'; M= -7, 14,-23, 12, 1,-17,-12, 7,-19, -1,-20,-14, 15,-17, -2, -2, 2, -4,-17,-26, -3, -2; /I: I=-6; MD=-32; /M: SY='P'; M= -8, -6,-31, -3, 4,-27,-13,-13,-23, 6,-29,-17, -4, 39, -3, -4, -3, -7,-25,-28,-22, -2; D=-6; /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='D'; M= -2, 0,-22, 3, 3,-17, -7,-11,-13,-10, -8,-10, -3,-15, -6,-13, -2, -6, -9,-26,-12, -2; /M: SY='L'; M= -8,-28,-20,-28,-19, 5,-30,-21, 23,-25, 34, 17,-27,-27,-19,-20,-23, -8, 18,-23, -3,-20; /M: SY='R'; M= -1, -8,-23,-10, 0,-17,-16, -9,-17, 14,-15, -5, -5,-15, 5, 17, -3, -5,-11,-21,-10, 2; /M: SY='K'; M= 1, -3,-24, -5, 5,-25,-12, -2,-20, 14,-18, -6, -1,-12, 12, 8, -2, -7,-17,-23,-11, 8; /M: SY='L'; M= -5,-21,-20,-25,-18, 1,-27,-14, 13,-16, 15, 11,-20,-23,-14,-14,-15, -4, 12,-19, 1,-17; /M: SY='Y'; M=-17,-15,-27,-18,-13, 13,-24, 8, -8, -1, -5, 3,-10,-24, -4, 8,-15,-10,-10, 0, 29,-11; /M: SY='N'; M= -6, 6,-23, 1, 3,-11,-16, -6,-14, 1,-14,-10, 8,-15, -1, -3, -2, -3,-15,-23, -7, 1; /M: SY='E'; M=-11, 9,-28, 13, 20,-26,-17, -1,-25, 11,-19,-13, 4,-11, 13, 10, -3, -8,-23,-25,-11, 16; /I: I=-4; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19; /M: SY='L'; M= -7,-19,-18,-22,-19, 1,-25,-13, 17,-21, 18, 11,-15,-25,-17,-17,-14, -5, 15,-23, -2,-19; D=-4; /I: I=-4; DM=-19; /M: SY='V'; M= -1,-24, 0,-26,-21, -5,-28,-25, 17,-19, 6, 6,-25,-27,-23,-19,-10, -3, 30,-30,-12,-22; /M: SY='P'; M= -6,-10,-31, -5, 0,-26,-15,-15,-20, -7,-29,-19, -6, 54, -7,-14, 2, -1,-25,-32,-26, -7; /I: I=-6; MD=-32; /M: SY='K'; M= 1, 2,-21, 1, 1,-23, -5, 3,-22, 6,-22,-11, 4,-13, 2, 2, 4, -4,-15,-26,-12, 1; D=-6; /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: M= -5,-10,-24,-11, -3,-12,-17, -4, -6, -3, -7, -2, -7,-15, -2, -5, -7, -7, -5,-19, -1, -4; /M: SY='I'; M= -7,-26,-18,-30,-23, 5,-28,-19, 24,-22, 23, 23,-24,-26,-18,-19,-17, -6, 22,-23, -3,-21; /M: SY='S'; M= -2, 7,-20, 8, 1,-19,-12,-11,-22, 1,-24,-17, 5, -4, -3, -5, 13, 11,-15,-31,-15, -1; /M: SY='E'; M= -8, 5,-29, 9, 22,-20,-18, 7,-21, -1,-18,-14, 2, -1, 5, -7, -3, -9,-23,-23, -4, 12; /M: SY='E'; M= -6, 10,-25, 16, 19,-26,-11, -2,-26, 3,-24,-18, 5, -6, 4, -4, 6, -4,-21,-30,-15, 11; /M: SY='E'; M=-10, 10,-20, 14, 19,-27,-18, 0,-22, 2,-18,-12, 3,-11, 11, -3, 1, -2,-18,-31,-14, 15; /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20, 0,-30, 10, 0,-20,-30,-40,-20,-20,-10, 0, 10, 30,-30; /M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20; /M: SY='S'; M= 2, -7,-15,-10, -4,-13,-13, -5,-19, 3,-17,-10, -2,-15, -1, 5, 6, 2,-11,-25, -9, -3; /M: SY='R'; M=-13, -2,-25, -7, -7,-12,-21, -9,-10, 6,-13, -7, 5,-17, -3, 18, -4, 2, -9,-24, -8, -7; /M: SY='Y'; M=-20,-20,-28,-22,-18, 28,-28, 6, -6, -6, 0, -1,-16,-28,-12, 5,-18,-10, -9, 13, 48,-18; /M: SY='F'; M=-18,-28,-23,-35,-26, 56,-30,-16, 5,-24, 11, 3,-20,-28,-31,-18,-20,-10, 2, 6, 29,-26; /M: SY='Y'; M=-11,-11,-26,-14, -9, -2,-21, 0, -7, -7, -7, -3, -7,-16, 0, -5, -8, -6,-12, -3, 12, -5; /M: SY='L'; M= -2,-12,-20,-14, -7,-11,-18,-10, -6, -3, 3, 0, -8,-19, -4, 0, -5, -3, -4,-25, -9, -6; /M: SY='V'; M= -9,-15,-22,-16, -8, -8,-25, -8, 3, -5, 6, 4,-13,-22, -9, -1,-14, -8, 7,-25, -6,-10; /M: SY='H'; M=-11, -6,-27, -6, -3,-10, -8, 12,-17, -4,-10, -5, -2,-20, -2, 3, -8,-11,-17,-16, 7, -5; /M: SY='A'; M= 1,-14,-10,-17,-10, -7,-16,-18,-10, -4, -9, -7,-11,-11,-11, -8, -3, -2, -4,-23,-11,-10; /M: SY='H'; M=-11,-10,-25,-12,-11, -5,-24, 5, 0,-10, -1, 1, -6,-21, -8, -6,-11, -9, -2,-20, 5,-12; /M: SY='E'; M= -1, -8,-23, -8, 6,-15,-14,-10,-16, 5, -9, -7, -6,-14, 1, 6, -3, -5,-11,-23,-12, 3; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 32 in 23 different sequences |
| Number of true positive hits | 32 in 23 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 2 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | window20_shuffled |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | BSD |
| Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
23 sequences
BSC1A_XENLA (Q6INU2), BSC1B_XENLA (Q6NTW1), BSDC1_BOVIN (Q3SX22), BSDC1_CHICK (Q5ZIK6), BSDC1_DANRE (A2BIJ3), BSDC1_HUMAN (Q9NW68), BSDC1_MOUSE (Q80Y55), BSDC1_XENTR (Q5BJ78), DOS2_YEAST (P54858), RASP3_TOXGG (S7UIF3), SAP47_DROME (Q960T2), SYAP1_HUMAN (Q96A49), SYAP1_MOUSE (Q9D5V6), TF2H1_DICDI (Q55FP1), TF2H1_DROME (Q960E8), TF2H1_HUMAN (P32780), TF2H1_MOUSE (Q9DBA9), TFB1A_ARATH (Q3ECP0), TFB1C_ARATH (Q9M322), TFB1_NEUCR (Q9P5N7), TFB1_SCHPO (O13745), TFB1_YEAST (P32776), YF3E_SCHPO (O13905)» more
|
| PDB [Detailed view] |
59 PDB
1X3A; 2DII; 5OQJ; 5OQM; 6GYM; 6NMI; 6O9L; 6O9M; 7AD8; 7BUL; 7EGB; 7EGC; 7ENA; 7ENC; 7K01; 7K04; 7LBM; 7M2U; 7ML0; 7ML1; 7ML2; 7ML3; 7ML4; 7NVR; 7NVW; 7NVX; 7NVY; 7NVZ; 7NW0; 7O4I; 7O4J; 7O4K; 7O4L; 7O72; 7O73; 7O75; 7ZS9; 7ZSA; 7ZSB; 8BVW; 8BYQ; 8CEO; 8EBS; 8EBT; 8EBU; 8EBV; 8EBW; 8EBX; 8EBY; 8GXQ; 8GXS; 8WAK; 8WAL; 8WAN; 8WAO; 8WAP; 8WAQ; 8WAR; 8WAS » more |