PROSITE entry PS50863

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	B3
Accession [info]	PS50863
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-MAR-2004 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50863
Associated ProRule [info]	PRU00326

Name and characterization of the entry

Description [info]

B3 DNA-binding domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=94;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=94;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.3398848; R2=0.0141015; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=366; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=189; N_SCORE=6.0; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-30; I=-30; B1=-140; E1=-200; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='F';  M=-13,-21,-11,-27,-21, 27,-24,-15, -4,-19,  1, -2,-15,-24,-22,-13,-14, -8, -3, -5,  9,-20;
/M:         M= -8,-12,-18,-14, -9, -1,-22,-14, -5, -8, -5, -4,-10,-12,-10, -6, -8, -5, -2,-21, -6, -9;
/M: SY='K';  M= -8, -6,-21, -8, -2,-14,-20, -5,-13,  5,-14, -6, -4,-13, -1,  3, -4, -2, -8,-24, -7, -2;
/M: SY='L';  M= -5,-19,-20,-22,-14,  7,-21,-15,  3,-15,  8,  5,-16,-19,-14,-13,-11, -5,  3,-18, -2,-14;
/M: SY='L';  M= -7,-14,-19,-18,-12, -2,-23,-14,  3,-11,  8,  5,-12,-21,-11,-10, -9,  0,  3,-22, -3,-12;
/M: SY='V';  M= -6,-12,-19,-14,-10, -9,-22,-11, -2, -6, -2,  0,-10,-14, -8, -5, -7, -1,  1,-24, -7,-10;
/M: SY='T';  M= -3, -5,-20, -9, -7,-12,-15,-10,-12, -5,-15, -9, -1, -2, -6, -5,  4,  7, -9,-26,-11, -7;
/M: SY='S';  M= -2,  0,-19,  0, -4,-16,-12,-10,-11,-11,-12, -9,  2, -5, -6,-13,  6,  1, -9,-31,-15, -6;
/M:         M= -9, -1,-20, -1, -5, -5,-16, -2,-12,-11,-10, -9, -1,-18, -9,-10,  0, -1, -8,-23, -2, -7;
/M: SY='V';  M= -2, -9,-17,-11,-11,-11,-15,-12, -2,-12, -4, -3, -7,-15,-12,-12, -2,  0,  2,-26,-11,-12;
/M:         M= -5, -9,-22,-12,-10,-10, -3,-13,-10,-11, -6, -6, -5,-19,-10, -9, -2, -2, -8,-23, -9,-11;
/M: SY='R';  M= -9, -2,-24, -3,  1,-12,-16, -6,-16,  2,-17,-10,  1, -9, -1,  3,  2, -1,-13,-24, -7, -1;
/M: SY='N';  M= -8, -1,-23, -1,  0,-17,-13, -2,-15, -1,-14, -9,  1,-13, -2,  0, -2, -4,-13,-25, -8, -2;
/M: SY='D';  M= -6,  3,-18,  4,  3,-18, -3, -6,-22, -4,-19,-13,  3,-14, -3, -7,  1, -6,-18,-27,-14,  0;
/M: SY='R';  M= -9, -9,-19,-13, -8, -6,-19, -6,-11, -2, -7, -2, -5,-20, -3,  7, -6, -2, -9,-18, -3, -6;
/M: SY='L';  M=-11,-24,-20,-26,-17,  5,-28,-15, 12,-16, 22, 15,-21,-25,-13, -8,-20, -9,  8,-19,  1,-16;
/M: SY='V';  M= -4,-16,-23,-18,-13, -6,-18,-12,  2,-10, -2,  0,-13,-15,-11, -8, -7, -4,  3,-17,  0,-14;
/M: SY='I';  M= -9,-29,-24,-33,-25,  4,-33,-25, 31,-27, 26, 17,-25,-21,-21,-24,-21, -8, 21,-20, -2,-25;
/M: SY='P';  M= -7,-11,-30, -4,  0,-28,-16,-16,-20, -7,-27,-18,-12, 53, -7,-16, -3, -6,-24,-31,-25, -6;
/M: SY='R';  M= -9, -6,-25, -5,  1,-17,-18,-10,-16,  9,-14, -7, -5, -9,  0, 10, -7, -7,-12,-23,-10, -1;
/M: SY='D';  M= -7,  6,-25, 10,  7,-23,-10, -1,-24,  3,-21,-14,  4, -8,  2,  2,  2, -4,-19,-28,-13,  3;
/M: SY='F';  M=-13,-20,-19,-26,-17, 37,-26,-12, -5,-17,  1, -3,-15,-23,-23,-12,-14, -7, -4, -1, 18,-18;
/M: SY='A';  M=  7,-11,-10,-16,-10, -8,-17,-14, -5,-10, -6, -4, -9,-18,-10,-12, -1,  1,  0,-23, -8,-10;
/M: SY='R';  M= -7,  1,-23,  1,  6,-17,-14, -7,-18,  4,-16,-11,  3,-13,  1,  8,  1, -3,-14,-27,-13,  2;
/I:         I=-6; MD=-19;
/M: SY='E';  M= -2,  1,-20,  1,  2,-17,-11, -2,-14, -2,-11, -6,  0,-13,  0, -3, -1, -3,-11,-23, -9,  0; D=-6;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='N';  M= -7, -1,-19, -4, -6, -6, -6,  0,-11,-10, -8, -6,  3,-17, -8, -9, -3, -5,-11,-18, -1, -8; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-19;
/M:         M= -5, -5,-25, -5,  0,-15, -1, -9,-16, -7, -9, -8, -3,-12, -5, -8, -5, -9,-15,-23,-14, -3; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-19;
/M:         M= -8, -2,-27, -3, -4,-18,-12, -8,-12, -3,-12, -7,  0, -3, -5, -5, -6, -7,-13,-25,-11, -6; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-19;
/M: SY='K';  M= -7, -5,-26, -7,  0,-17,-18, -8,-10,  2,-12, -5, -2, -6, -1,  1, -5, -4,-10,-25,-11, -2;
/M: SY='E';  M= -8, -4,-27, -3,  3,-17, -5, -6,-18, -1,-11, -7, -3,-14, -3, -2, -7,-10,-16,-24,-12, -1;
/M: SY='S';  M=  0, -6,-16, -5, -3,-22, -3,-15,-19,-10,-20,-15, -5,  2, -8,-12,  5, -1,-13,-30,-20, -7;
/M: SY='R';  M= -6, -7,-21, -8, -3,-21, -5, -8,-18,  3,-15, -7, -4,-16,  0,  5, -4, -6,-12,-24,-13, -2;
/M: SY='E';  M= -4, -2,-23, -3,  6,-19,-16,-11,-14,  1,-13, -5, -4, -6,  1, -3,  0,  3,-10,-26,-13,  3;
/M: SY='I';  M= -2,-27,-21,-33,-24,  4,-30,-25, 28,-24, 19, 14,-23,-23,-21,-23,-16, -7, 24,-21, -3,-24;
/M: SY='V';  M= -5,-11,-18,-15,-11, -5,-24,-17,  3, -8, -1, -1,-10,-19,-12, -8, -5,  5,  6,-23, -4,-13;
/M: SY='L';  M= -7,-29,-19,-30,-22,  7,-30,-22, 23,-26, 35, 18,-28,-28,-21,-20,-23, -8, 19,-21, -2,-22;
/M: SY='M';  M= -9, -6,-20, -7, -1,-15,-21, -8, -7,  1, -4,  2, -6,-18,  1,  1, -7, -2, -5,-25, -8, -1;
/I:         I=-7; MD=-23;
/M: SY='D';  M= -9, 21,-22, 25,  4,-24, -3,  0,-24, -2,-21,-17, 16,-13, -1, -4,  4, -3,-19,-31,-15,  1; D=-7;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='E';  M= -5, -9,-26, -7,  5,-19,-14,-10,-14,  0,-12, -8, -8,  1,  2, -1, -4, -6,-15,-22,-13,  3; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-23;
/M: SY='R';  M= -7, -1,-26,  0,  2,-19, -6,  2,-24,  1,-21,-13,  2,-15,  1,  4,  1, -6,-20,-18, -9,  1;
/M: SY='G';  M= -2, -3,-25, -2, -9,-26, 40,-15,-34,-13,-27,-18,  2,-17,-12,-14,  3,-13,-26,-24,-25,-10;
/M: SY='R';  M=-10, -4,-24, -5,  1,-21,-16, -7,-19, 17,-17, -7, -1,-16,  3, 20, -6, -6,-13,-23,-11,  1;
/M: SY='K';  M= -4, -4,-22, -5,  5,-20,-17,-10,-15,  8,-18, -8, -1,-10,  4,  3,  6,  3, -9,-28,-13,  4;
/M: SY='W';  M=-20,-36,-46,-37,-27, 10,-21,-24,-18,-17,-17,-16,-35,-29,-17,-15,-36,-27,-27,126, 29,-19;
/M: SY='E';  M= -6,  0,-23,  1,  7,-21,-10, -6,-20,  3,-18,-12,  2, -7,  2,  0,  1, -2,-17,-27,-14,  4;
/M: SY='V';  M= -5,-26,-16,-30,-24, 12,-27,-22, 18,-22, 16, 12,-23,-25,-23,-19,-13, -2, 23,-21, -1,-23;
/M: SY='R';  M= -9, -3,-26, -4,  0,-18,-12, -7,-16,  8,-16, -7, -1,-15,  0, 10, -5, -7,-13,-20, -9, -1;
/I:         I=-5; MD=-18;
/M: SY='L';  M=-12,-24,-13,-27,-21, 17,-28, -8,  9,-22, 20, 10,-21,-27,-19,-17,-20, -8,  5, -9, 15,-20; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-18;
/M: SY='R';  M= -8, -8,-15,-10, -3,-16,-19,-11,-13, 10,-10, -4, -5,-17, -1, 11, -7, -4, -8,-23, -9, -3; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-18;
/M: SY='R';  M=-11,-13,-25,-16, -8,  0,-19, -5, -8,  0, -7, -3, -9,-17, -5,  5,-10, -8, -8, -5,  5, -8; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18;
/M: SY='N';  M= -1,  5,-19,  3,  0,-20,  0, -4,-19,  1,-20,-12,  8, -9,  0, -2,  6, -1,-15,-24,-13,  0; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-18;
/M: SY='N';  M= -3, -1,-21, -4, -3,-19, -2, -9,-19, -2,-17,-11,  4,-14, -3,  1,  4,  0,-15,-27,-15, -4;
/M: SY='N';  M= -7, -1,-20, -2, -2,-18,  1, -8,-22, -6,-18,-13,  3,-17, -3, -5,  1, -4,-19,-20,-12, -3;
/M: SY='R';  M= -7, -3,-21, -7, -4,-16, -9, -8,-19,  3,-17,-10,  2,-17, -1,  9,  1,  0,-15,-20,-10, -3;
/M: SY='Y';  M= -8,-14,-20,-18,-15,  2,-18, -3, -2, -9, -3,  4,-10,-22, -9, -6, -8, -3, -1,-14,  9,-13;
/M: SY='Y';  M= -9,-18,-21,-22,-18,  9,-20, -8,  0,-11,  0,  4,-13,-23,-14, -6,-11, -5,  0, -7, 11,-17;
/M: SY='L';  M=-11,-28,-21,-32,-23, 19,-30,-18, 19,-26, 28, 16,-24,-27,-22,-20,-22, -8, 13,-15,  6,-22;
/M: SY='S';  M=  0, -6,-18,-10, -7,-17, -4,-11,-14, -7,-13, -9, -1,-14, -4, -4,  5,  4,-10,-27,-14, -6;
/M: SY='R';  M= -5, -2,-16, -2,  0,-21, -4, -8,-26,  2,-22,-15,  0,-15, -2,  4,  1, -4,-18,-21,-14, -1;
/M: SY='G';  M= -1, -8,-29, -8,-18,-29, 62,-19,-37,-19,-28,-19,  1,-20,-19,-19,  1,-18,-28,-22,-29,-18;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='W';  M=-19,-38,-48,-39,-29,  9,-20,-29,-18,-20,-18,-19,-38,-29,-20,-20,-37,-27,-27,139, 29,-20;
/M: SY='R';  M= -8,  2,-23,  0,  4,-22,-12, -5,-21, 13,-21,-12,  8,-12,  4, 15,  1, -3,-18,-27,-14,  3;
/M: SY='E';  M= -7,  8,-24, 11, 12,-27, -5, -3,-28,  8,-25,-17,  8,-11,  5,  6,  3, -6,-23,-29,-17,  8;
/M: SY='F';  M=-17,-30,-18,-38,-30, 62,-30,-22,  7,-29, 12,  3,-21,-29,-36,-21,-19, -9,  7,  2, 22,-29;
/M: SY='V';  M=  9,-21, 17,-26,-23,-10,-22,-26,  5,-19, -3, -2,-20,-26,-23,-21, -3, -1, 20,-32,-16,-23;
/M: SY='K';  M= -7,  4,-24,  5,  9,-24,-14, -4,-21, 10,-18,-11,  3,-13,  7,  7,  0, -3,-17,-27,-13,  7;
/M: SY='D';  M=  9, 10,-21, 14,  8,-26, -5,-10,-22, -3,-19,-17,  2,-10, -2,-11,  5, -3,-14,-29,-19,  3;
/M: SY='N';  M=-11, 23,-23, 10,  1,-19, -8, 19,-20,  2,-24,-12, 37,-18,  3,  1,  3, -4,-26,-34,-10,  1;
/M: SY='G';  M= -5,  1,-23,  0, -3,-25, 13, -6,-27, -3,-24,-15,  5,-15, -5, -2,  1, -9,-21,-27,-19, -5;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-20,-30,-21, 11,-30,-21, 20,-27, 39, 18,-28,-29,-20,-19,-26, -9, 13,-19,  1,-21;
/M: SY='K';  M= -8, -4,-25, -3,  9,-24,-16, -7,-18, 14,-16, -6, -3,-13,  9, 11, -6, -8,-14,-24,-12,  8;
/M: SY='E';  M=  3, -4,-21, -3,  4,-17,-17,-12, -9, -6, -9, -8, -7, -9, -4,-10,  0,  0, -5,-26,-13, -1;
/M: SY='G';  M= -4, -3,-29, -4,-14,-27, 46,-12,-34,-14,-27,-18,  5,-18,-14,-14, -1,-16,-28,-21,-24,-14;
/M: SY='D';  M=-15, 35,-28, 49, 21,-34,-11,  0,-34,  0,-26,-25, 15,-10,  3, -8,  2, -7,-27,-36,-17, 12;
/M: SY='F';  M= -5,-10,-17,-16,-15,  4,-19,-15,  0,-12, -5, -3, -5,-19,-15,-11, -1,  2,  3,-21, -3,-15;
/M: SY='L';  M= -9,-27,  6,-32,-26, 10,-31,-24, 13,-26, 15,  6,-23,-29,-25,-22,-18, -7, 14,-22, -1,-26;
/M: SY='V';  M= -3,-17,-15,-20,-15, -3,-23,-20,  7,-14,  5,  2,-15,-21,-15,-12, -3,  7, 13,-25, -7,-16;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='F';  M=-18,-31,-25,-38,-28, 56,-29,-21,  1,-27, 11,  1,-24,-29,-33,-20,-24,-13, -2, 24, 24,-27;
/M: SY='E';  M= -7, -3,-24, -3, 11,-19,-19, -5,-17,  9,-14, -6, -3,-12,  6,  8,  0, -1,-13,-24, -8,  8;
/I:         I=-6; MD=-19;
/M: SY='F';  M=-13,-21,-22,-23,-15, 16,-25, -5,  1,-15, 14,  5,-17,-24,-14, -5,-18, -9, -2, -8, 13,-15; D=-6;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='R';  M=-10, -1,-21,  1,  0,-18,-14, -7,-16,  1,-15, -9, -2,-16, -3,  5, -3, -4,-10,-24,-12, -3; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-19;
/M: SY='G';  M= -6,  1,-20,  4,  6,-27, 11, -9,-32,  2,-25,-17,  2,-14, -1,  0,  0,-10,-24,-27,-20,  2; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-19;
/M: SY='N';  M= -4,  7,-20,  6,  2,-21, -8, -6,-21, -2,-22,-16,  9, -7, -3, -4,  3, -1,-18,-28,-15, -1;
/M: SY='G';  M= -1, -5,-22, -6, -8,-18, 13,-12,-21,-10,-15, -9, -2,-17, -9, -9,  3, -3,-15,-24,-15, -9;
/M: SY='E';  M= -4, -4,-21, -5,  5,-18,-18,-11,-12,  0,-14, -9, -4, -6, -2, -2,  2,  3, -7,-29,-14,  1;
/M: SY='F';  M=-11,-22,-21,-26,-18, 18,-24,-15,  0,-18, 10,  4,-18,-12,-19,-13,-16, -7, -2,-12,  4,-18;
/M:         M=-11,-12,-11,-13, -7, -8,-21, -3,-10, -8, -7, -3,-10,-12, -9, -6, -9, -6, -7,-23, -5, -9;
/M: SY='V';  M= -6,-27,-16,-31,-26, 15,-27,-23, 19,-22, 15, 12,-24,-27,-25,-18,-15, -4, 25,-19,  0,-25;
/M: SY='A';  M=  1,-11,-16,-14,-10,-11, -9, -6,-11, -9, -6, -3, -8,-18, -6, -7, -3, -4, -8,-22, -7, -9;
/M: SY='I';  M= -8,-24,-21,-28,-21,  2,-28,-20, 20,-19, 17, 12,-20,-24,-17,-15,-17, -7, 16,-20, -2,-20;
/M: SY='F';  M=-12,-17,-16,-19,-14, 11,-22,-12, -5,-12,  2, -2,-13,-24,-16, -2,-11, -7, -1,-16,  3,-15;
/M: SY='R';  M= -9, -4,-15, -4, -1,-22,-10, -9,-24,  5,-19,-12, -1,-10,  0, 12, -2, -5,-18,-27,-16, -2;
/M: SY='S';  M= -1, -6,-21, -8, -2,-18, -9, -9,-18, -1,-19,-12, -2, -3, -3,  0,  3,  0,-14,-23,-13, -4;
/M: SY='E';  M= -5,  3,-24,  3,  4,-23,-10, -8,-21,  4,-22,-14,  4, -6,  2,  2,  4,  1,-17,-27,-15,  2;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_05 which contains 572'214 sequence entries.

Total number of hits	300 in 202 different sequences
Number of true positive hits	300 in 202 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	22
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	93.17 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	7
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist, N_Hulo
Feature key [info]	DNA_BIND
Feature description [info]	TF-B3
Version [info]	4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

202 sequences

ABI3_ARATH  (Q01593), ARF2A_SOLLC (Q2LAJ3), ARF2B_SOLLC (K4DF01),

ARFA_ARATH  (Q8L7G0), ARFA_ORYSJ  (Q5NB85), ARFB_ARATH  (Q94JM3), 
ARFB_ORYSJ  (Q0JKI9), ARFC_ARATH  (O23661), ARFC_ORYSJ  (Q5JMM1), 
ARFD_ARATH  (Q9ZTX9), ARFD_ORYSJ  (Q5JK20), ARFE_ARATH  (P93024), 
ARFE_ORYSJ  (Q6Z2W3), ARFF_ARATH  (Q9ZTX8), ARFF_ORYSI  (A2X1A1), 
ARFF_ORYSJ  (Q6H6V4), ARFG_ARATH  (P93022), ARFG_ORYSJ  (Q6YVY0), 
ARFH_ARATH  (Q9FGV1), ARFH_ORYSJ  (Q6K223), ARFI_ARATH  (Q9XED8), 
ARFI_ORYSJ  (Q0JCZ4), ARFJ_ARATH  (Q9SKN5), ARFJ_ORYSI  (Q01I35), 
ARFJ_ORYSJ  (Q7XKK6), ARFK_ARATH  (Q9ZPY6), ARFK_ORYSI  (Q01K26), 
ARFK_ORYSJ  (Q8S983), ARFL_ARATH  (Q9XID4), ARFL_ORYSI  (Q258Y5), 
ARFL_ORYSJ  (Q0J951), ARFM_ARATH  (Q9FX25), ARFM_ORYSJ  (Q7XSS9), 
ARFN_ARATH  (Q9LQE8), ARFN_ORYSJ  (Q0DGS1), ARFO_ARATH  (Q9LQE3), 
ARFO_ORYSJ  (Q8S985), ARFP_ARATH  (Q93YR9), ARFP_ORYSI  (A2YAA5), 
ARFP_ORYSJ  (A3B9A0), ARFQ_ARATH  (Q84WU6), ARFQ_ORYSI  (A2YG67), 
ARFQ_ORYSJ  (Q653U3), ARFR_ARATH  (Q9C5W9), ARFR_ORYSJ  (Q653H7), 
ARFS_ARATH  (Q8RYC8), ARFS_ORYSJ  (Q0D9R7), ARFT_ARATH  (Q9C7I9), 
ARFT_ORYSJ  (A3BH85), ARFU_ARATH  (Q9C8N9), ARFU_ORYSJ  (Q6YZW0), 
ARFV_ARATH  (Q9C8N7), ARFV_ORYSJ  (Q9AV47), ARFW_ARATH  (Q9LP07), 
ARFW_ORYSI  (A2ZET6), ARFW_ORYSJ  (Q2R3F5), ARFX_ORYSJ  (Q2QQX6), 
ARFY_ORYSJ  (Q2QM84), FUS3_ARATH  (Q9LW31), IDEF1_ORYSJ (Q6Z1Z3), 
IDEFH_ORYSJ (Q7XKC5), LEC2_ARATH  (Q1PFR7), LFL1_ORYSJ  (A4LBC0), 
NGA1_ARATH  (O82799), NGA2_ARATH  (Q9M268), NGA3_ARATH  (Q9MAN1), 
NGA4_ARATH  (O82595), RAV1_ARATH  (Q9ZWM9), RAV2_ARATH  (P82280), 
RAVL1_ARATH (Q9C6M5), RAVL2_ARATH (Q9C6P5), RAVL3_ARATH (Q9C688), 
RAVL4_ARATH (Q9LS06), REM10_ARATH (P0DH85), REM11_ARATH (P0CAP3), 
REM12_ARATH (P0CAP4), REM13_ARATH (P0CAP5), REM14_ARATH (Q8GYM4), 
REM15_ARATH (O23076), REM16_ARATH (Q8RYD1), REM17_ARATH (Q84WP3), 
REM19_ARATH (Q9XIB5), REM1_ARATH  (Q84J39), REM1_BRAOB  (O65098), 
REM20_ARATH (Q8LAV5), REM21_ARATH (Q9M8K2), REM22_ARATH (Q9STF1), 
REM23_ARATH (Q9LXE1), REM2_ARATH  (Q3E9T2), REM3_ARATH  (Q8VZQ9), 
REM4_ARATH  (Q9SB79), REM5_ARATH  (Q9SB80), REM6_ARATH  (O81782), 
REM7_ARATH  (Q8H2D0), REM8_ARATH  (Q8H2D1), REM9_ARATH  (O81778), 
REML1_ARATH (Q8S8E8), REML2_ARATH (F4IQL7), REML3_ARATH (F4KFT6), 
VAL1_ARATH  (Q8W4L5), VAL2_ARATH  (Q5CCK4), VAL3_ARATH  (O65420), 
VIV1_MAIZE  (P26307), VIV_ORYSJ   (P37398), VRN1_ARATH  (Q8L3W1), 
Y1030_ORYSJ (Q7XFU9), Y1054_ORYSJ (Q5N6V0), Y1071_ORYSJ (Q8LNN8), 
Y1086_ORYSJ (Q7XGM6), Y1129_ORYSJ (Q53N90), Y1154_ORYSJ (Q2R0Z3), 
Y1160_ORYSJ (Q53QI0), Y1176_ORYSJ (Q2R9D2), Y1203_ARATH (Q9C6X0), 
Y1208_ORYSJ (Q2QMT6), Y1209_ORYSJ (Q2QMT5), Y1214_ORYSJ (Q2QMT7), 
Y1223_ORYSJ (Q2QMT2), Y1235_ORYSJ (Q8S2E6), Y1237_ORYSJ (Q5JNA1), 
Y1341_ORYSJ (Q0JP99), Y1407_ORYSJ (Q9AWS7), Y1410_ORYSJ (Q9AWS0), 
Y1475_ARATH (Q9XIB4), Y1592_ARATH (Q5RM09), Y1593_ARATH (Q9MA32), 
Y1664_ARATH (Q9FX77), Y1898_ARATH (Q8GWU1), Y1934_ORYSJ (Q8RZX9), 
Y2042_ORYSJ (A3A463), Y2142_ARATH (Q9SIC7), Y2172_ARATH (Q8RV83), 
Y2531_ARATH (Q5PNU4), Y2558_ORYSJ (Q6K3B2), Y2559_ORYSJ (Q6K3B1), 
Y2608_ARATH (Q8GYJ2), Y2621_ARATH (Q5BPT7), Y2641_ORYSJ (Q0DXB1), 
Y2835_ORYSJ (Q6EU30), Y2881_ARATH (Q9ZV39), Y2982_ORYSJ (Q6K5K2), 
Y3123_ORYSJ (Q10Q26), Y3158_ARATH (Q8RYD3), Y3160_ORYSJ (Q851V1), 
Y3196_ORYSJ (Q6AV22), Y3198_ORYSJ (Q10GP0), Y3204_ORYSJ (Q851W5), 
Y3205_ORYSJ (Q851W4), Y3209_ORYSJ (Q8LMR9), Y3216_ORYSJ (Q851V5), 
Y3221_ORYSJ (Q10GM4), Y3222_ORYSJ (Q10GM3), Y3440_ARATH (Q9SZ05), 
Y3485_ARATH (Q9LRX6), Y3518_ARATH (Q9LSF7), Y3622_ARATH (Q1PES7), 
Y3643_ORYSJ (B7EIH2), Y3701_ARATH (Q9LSP6), Y3845_ORYSJ (Q10QS9), 
Y3852_ARATH (Q9LH88), Y3896_ARATH (Q84R27), Y3918_ARATH (Q1G3M3), 
Y3961_ARATH (Q9SCJ8), Y3982_ORYSJ (Q6AV21), Y4158_ARATH (Q9ZSH7), 
Y4469_ORYSJ (Q7XS75), Y4474_ORYSJ (Q7XS74), Y4765_ORYSJ (Q7XKC4), 
Y4814_ORYSJ (Q7F9W2), Y4869_ORYSJ (Q7XLP4), Y5013_ARATH (Q9LVG1), 
Y5014_ARATH (Q9FHB0), Y5142_ARATH (Q9LST3), Y5270_ARATH (Q9FMZ4), 
Y5405_ARATH (Q9FLV7), Y5475_ARATH (Q680D9), Y5498_ORYSJ (Q6L4H4), 
Y5547_ARATH (Q1PDT6), Y5578_ARATH (Q9FFM6), Y5625_ARATH (Q9FNI3), 
Y5698_ARATH (Q9FGD2), Y5772_ARATH (Q9FHH1), Y5800_ARATH (Q9FJG2), 
Y5809_ARATH (Q9FK61), Y5814_ORYSJ (Q5KQI4), Y5828_ARATH (Q9FHB2), 
Y5849_ARATH (Q9FFX2), Y5850_ARATH (Q9FFX1), Y6078_ORYSJ (Q5VS55), 
Y6112_ORYSJ (Q9LHY9), Y6325_ORYSJ (Q67VL7), Y6944_ORYSJ (Q69V36), 
Y7282_ORYSJ (Q84YL3), Y7633_ORYSJ (Q0D5G4), Y7797_ORYSJ (Q6Z3U3), 
Y7832_ORYSJ (Q8H507), Y7833_ORYSJ (Q8H506), Y7838_ORYSJ (A3BH91), 
Y8251_ORYSJ (Q6Z0D2), Y8335_ORYSJ (Q6YTQ4), Y8347_ORYSJ (Q6Z0D9), 
Y8577_ORYSJ (Q7EZD5)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences

22 sequences

Y1022_ARATH (Q9SX41), Y1045_ARATH (Q9XIK5), Y1056_ARATH (F4I8U3),

Y1060_ARATH (Q9LM90), Y1197_ARATH (Q9ZU26), Y1317_ARATH (Q1G3Z6), 
Y1786_ARATH (Q9SYL8), Y2146_ARATH (Q9SIC3), Y2186_ARATH (Q6DSS2), 
Y2192_ARATH (Q9SJ07), Y2272_ARATH (Q1G3B8), Y2372_ARATH (O23659), 
Y2467_ARATH (Q9SJ98), Y2741_ARATH (Q9XIP5), Y4261_ARATH (B3H469), 
Y4287_ARATH (Q9SY12), Y4316_ARATH (Q9ZR15), Y4317_ARATH (Q9ZR14), 
Y4563_ARATH (Q9M0U1), Y5406_ARATH (Q3E7N5), Y5680_ARATH (Q3E922), 
Y5691_ARATH (F4KIX1)

» more

PDB
[Detailed view]

18 PDB

1WID; 1YEL; 4I1K; 4LDU; 4LDV; 4LDW; 4LDX; 4LDY; 5OS9; 5YZY; 5YZZ; 5Z00; 6FAS; 6J9A; 6J9B; 6J9C; 6YCQ; 7ET6
» more