PROSITE logo

PROSITE entry PS50865


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry

Entry name [info] ZF_MYND_2
Accession [info] PS50865
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-JAN-2003 CREATED;
13-FEB-2019 DATA UPDATE;
29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC50865
Associated ProRule [info] PRU00134

Name and characterization of the entry

Description [info] Zinc finger MYND-type profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=38;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=4; N2=35;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.2840000; R2=0.0086421; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1470.3616943; R2=3.8778980; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=835; H_SCORE=4708; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=604; H_SCORE=3813; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='C';  M=-10,-11, 99,-22,-25,-20,-25,-24,-28,-25,-22,-20, -8,-37,-25,-25, -7, -8,-13,-48,-28,-25;
/M: SY='Y';  M= -5, -9,-24,-12,-11, -4,-17,  0,-13, -8,-10, -8, -7,-20, -9, -4, -7, -3,-11,  4,  7,-11;
/M: SY='N';  M= -8,  0,-23, -6, -7,-10,-11, -5, -9, -7,-13, -9,  7,-20, -5, -8, -1, -2,-10,-15, -2, -6;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G';  M= -5, -5,-26, -7,-12,-12, 30,-15,-26,-17,-17,-14,  2,-20,-16,-16, -2,-13,-22,-21,-18,-14;
/M: SY='R';  M= -7,  1, -8, -4,  1,-22,-16, -8,-25, 15,-23,-14,  6,-16,  1, 18,  0,  0,-17,-29,-15,  0;
/M: SY='W';  M= -8,-10,-28, -8,  5,-11,-12,-13,-21, -2,-18,-15, -9,-15, -2, -3, -2, -5,-19,  9, -5,  2;
/M: SY='A';  M= 17, -4,-11, -8,  4,-23,-10,-12,-17, -1,-16,-10, -3, -7,  1, -9,  4, -4,-12,-26,-19,  2;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='T';  M=  1, -3,-18, -5, -2,-14, -9,-11, -8, -9, -7, -3, -2, -7, -5,-11,  2,  4, -7,-25,-13, -4; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='Y';  M= -6, -3,-18, -2,  2, -4,-13,  1,-14,  2,-13, -8, -3, -6, -2, -2, -2, -4,-12,-12,  3,  0; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='K';  M=  3, -4,-14, -6,  0,-13, -9,  0, -9,  7, -7,  1, -4, -8,  4,  2, -4, -5, -7,-12, -5,  2; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='K';  M= -8, -3,-24, -4,  5,-21,-20,  0,-22, 18,-17, -8, -1,-13,  4, 18, -3,  2,-15,-24, -8,  3;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/I:         I=-6; MD=-29;
/M: SY='S';  M=  3, -4,-16, -5, -1,-17,  1,-10,-19, -4,-18,-13,  2,-12, -2,  1, 16,  6,-11,-28,-16, -2; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='R';  M= -4, -9,-24,-10, -4,-15,  4, -9,-23,  4,-15, -9, -4,-16, -1, 14, -5,-10,-17,-17,-12, -4; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-29;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='R';  M=-13, -2,-31, -5,  1,-21,-12,  1,-25, 16,-24,-10,  4,-17, 11, 19, -8,-12,-25, -4, -3,  5;
/M: SY='R';  M=-10,  1,-21, -4, -6, -8,-17, -6,-13,  3,-15, -7,  7,-19, -3, 10, -1,  1, -9,-25, -8, -4;
/M: SY='A';  M= 17,-11,-12,-16,-10,-12,-15,-21, -2,-12, -5, -5,-11,-15,-13,-16,  8, 15,  9,-27,-14,-11;
/M: SY='R';  M= -4,-12,-27,-13, -5,-17,-16,  0,-19,  9,-18, -7, -8,-13,  0, 14, -8,-10,-14, -4, -5, -4;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='S';  M=  6,  1, -6,  1, -3,-22,  5,-12,-24,-12,-29,-21,  8,-13, -4,-12, 31, 12,-13,-38,-22, -3;
/M: SY='K';  M= -4, -6,-25, -7,  3,-24,-18,-10,-18, 17,-20, -9, -3, -7,  7, 15, -1, -3,-12,-24,-13,  4;
/M: SY='E';  M= -6,  2,-25,  6, 25,-13,-18, -7,-23,  6,-18,-15, -1, -8,  4, -1,  1, -3,-19,-24,-11, 15;
/M: SY='C';  M=-12,-16, 86,-23,-23,-20,-28, -1,-30,-26,-20,-16,-13,-36,-21,-23,-10,-12,-14,-46,-19,-23;
/M: SY='Q';  M=-10,  0,-30,  0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20,  0,  0,-10, 60, 10,  0,-10,-30,-20,-10, 40;
/M: SY='R';  M= -5,-10,-23,-11, -3,-18,-20,  2,-12,  7,-11, -2, -7,-18,  6, 11, -6, -5, -7,-21, -4,  0;
/M: SY='K';  M=  0, -6,-22, -7,  0,-19,-13,-13,-13,  3, -8, -6, -5,-14,  0,  0, -2, -3, -9,-24,-12, -1;
/M: SY='D';  M= -1, 22,-24, 27, 10,-29,-10, 16,-29, -4,-22,-18, 11,-12,  1, -9,  1, -9,-22,-32,-12,  4;
/M: SY='W';  M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='E';  M=-10, -5,-27, -3,  4,-19,-15, -4,-17,  2,-10, -7, -4, -5,  2,  4, -7, -8,-17,-26,-12,  2;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='G';  M= -1, -5,-22, -7, -8,-15,  4,-12,-17, -7,-12,-10, -3,-18,-10,-10, -1, -3,-12,-20, -8, -9;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='R';  M=-12, -3,-29, -3,  6,-27,-14,  4,-29, 28,-25, -9,  1,-14, 14, 30, -5,-10,-22,-22, -9,  8;
/M: SY='H';  M=-13, -3,-26, -3,  1,-17,-20,  9,-15,  4,-12, -2, -2,-12,  5,  8, -7, -7,-13,-24, -3,  1;
/M: SY='E';  M= -7, -8,-28, -9, 11,-10,-22,-14, -9, -7,-10,-10, -9,-13, -3,-12, -7, -5,-11,  1, -5,  4;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_03 which contains 571'609 sequence entries.


Total number of hits 102 in 102 different sequences
Number of true positive hits 102 in 102 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 11
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 90.27 %

Comments [info]

Taxonomic range [info] Eukaryotes, Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info] 1
Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] N_Hulo
Feature key [info] ZN_FING
Feature description [info] MYND-type
Version [info] 6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
102 sequences

AJM1_CAEEL  (A0A1C3NSL9), ANKY1_HUMAN (Q9P2S6), ANKY2_BOVIN (Q0VCS9), 
ANKY2_CHICK (Q5ZMD2), ANKY2_HUMAN (Q8IV38), ANKY2_MOUSE (Q3TPE9), 
ANMY1_MOUSE (Q8C0W1), ASHR1_ARATH (Q7XJS0), DAF25_CAEEL (Q9N3Q8), 
DEAF1_DROME (Q24180), DEAF1_HUMAN (O75398), DEAF1_MOUSE (Q9Z1T5), 
DEAF1_PANTR (O77562), DEAF1_RAT   (O88450), EGL9_CAEEL  (G5EBV0), 
EGLN1_HUMAN (Q9GZT9), EGLN1_MOUSE (Q91YE3), FB342_ARATH (Q9FK27), 
FB76_ARATH  (Q9FYF9), GACZ_DICDI  (Q55DW9), MSS51_HUMAN (Q4VC12), 
MSS51_MOUSE (Q9D5Z5), MSS51_RAT   (D3ZKV9), MTG16_CHICK (Q5F3B1), 
MTG16_HUMAN (O75081), MTG16_MOUSE (O54972), MTG8R_HUMAN (O43439), 
MTG8R_MOUSE (O70374), MTG8R_XENLA (Q9IAB2), MTG8_HUMAN  (Q06455), 
MTG8_MOUSE  (Q61909), MUB1_ASPCL  (A1CBG9), MUB1_ASPFC  (B0Y1D1), 
MUB1_ASPFN  (B8NKS1), MUB1_ASPFU  (Q4WVI6), MUB1_ASPNC  (A2RA63), 
MUB1_ASPOR  (Q2U685), MUB1_ASPTN  (Q0CW83), MUB1_EMENI  (O42631), 
MUB1_NEOFI  (A1DDX0), MUB1_SCHPO  (P87311), MUB1_YEAST  (Q03162), 
PDCD2_BOVIN (Q2YDC9), PDCD2_HUMAN (Q16342), PDCD2_MOUSE (P46718), 
PDCD2_RAT   (P47816), SET14_CAEEL (Q09415), SET6_SCHPO  (O94256), 
SMY2A_DANRE (Q5BJI7), SMY2A_XENLA (Q7ZXV5), SMY2B_DANRE (Q5RGL7), 
SMY2B_XENLA (Q6GN68), SMYD1_HUMAN (Q8NB12), SMYD1_MOUSE (P97443), 
SMYD2_BOVIN (Q0P585), SMYD2_CHICK (E1C5V0), SMYD2_HUMAN (Q9NRG4), 
SMYD2_MOUSE (Q8R5A0), SMYD2_PIG   (C3RZA1), SMYD2_RAT   (Q7M6Z3), 
SMYD3_HUMAN (Q9H7B4), SMYD3_MOUSE (Q9CWR2), SMYD4_CHICK (Q5F3V0), 
SMYD4_DANRE (Q08C84), SMYD4_HUMAN (Q8IYR2), SMYD4_MOUSE (Q8BTK5), 
SMYD4_PONAB (Q5R5X9), SMYDL_CAEEL (Q8I4F7), TDRD1_DANRE (Q58EK5), 
TDRD1_HUMAN (Q9BXT4), TDRD1_MOUSE (Q99MV1), TDRD1_ORYLA (A9CPT4), 
UBP15_ARATH (Q9FPS9), UBP15_ORYSJ (Q0E2F9), UBP16_ARATH (Q9SB51), 
UBP17_ARATH (Q9FKP5), UBP18_ARATH (Q67XW5), UBP19_ARATH (Q9SJA1), 
UBP19_HUMAN (O94966), UBP19_MOUSE (Q3UJD6), UBP19_RAT   (Q6J1Y9), 
Y2140_DICDI (Q54DL6), Y2454_DICDI (Q54D67), Y4059_DICDI (Q54Q80), 
Y7331_DICDI (Q54ZX8), YR331_MIMIV (Q5UQS2), ZMY10_DANRE (F1QN74), 
ZMY10_DROME (Q9VU41), ZMY10_HUMAN (O75800), ZMY10_MOUSE (Q99ML0), 
ZMY10_RAT   (Q6AXZ5), ZMY10_XENLA (Q5FWU8), ZMY11_HUMAN (Q15326), 
ZMY11_MOUSE (Q8R5C8), ZMY12_HUMAN (Q9H0C1), ZMY15_HUMAN (Q9H091), 
ZMY15_MOUSE (Q8C0R7), ZMY19_HUMAN (Q96E35), ZMY19_MOUSE (Q9CQG3), 
ZMY19_RAT   (Q7TSV3), ZMYD8_DROME (Q7KRS9), ZMYD8_HUMAN (Q9ULU4)
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
11 sequences

ATXR2_ARATH (Q5PP37), BIG_ARATH   (Q9SRU2), BIG_ORYSJ   (B9G2A8), 
SMYD5_CHICK (Q5ZIZ2), SMYD5_DANRE (F1RET2), SMYD5_HUMAN (Q6GMV2), 
SMYD5_MOUSE (Q3TYX3), SMYD5_XENLA (Q6GPQ4), Y3589_DICDI (Q557F7), 
Y3591_DICDI (Q557F6), Y8495_DICDI (Q54IV4)
» more

PDB
[Detailed view]
69 PDB

2D8Q; 2DAN; 2DJ8; 2JW6; 2OD1; 2ODD; 3MEK; 3N71; 3OXF; 3OXG; 3OXL; 3PDN; 3QWP; 3QWV; 3QWW; 3RIB; 3RU0; 3S7B; 3S7D; 3S7F; 3S7J; 3TG4; 3TG5; 4A24; 4O6F; 4WUY; 4YND; 5ARF; 5ARG; 5CCL; 5CCM; 5EX0; 5EX3; 5HDA; 5HI7; 5HQ8; 5KJK; 5KJL; 5KJM; 5KJN; 5MQ4; 5V37; 5V3H; 5WCG; 5XXD; 5XXG; 5XXJ; 5YJO; 6CBX; 6CBY; 6IJL; 6MON; 6N3G; 6O9O; 6P6G; 6P6K; 6P7Z; 6PAF; 6YUH; 6ZRB; 7BJ1; 7O2A; 7O2B; 7O2C; 7QLB; 7QNR; 7QNU; 8J07; 8OWO
» more