PROSITE entry PS50878
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
PURL: https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50878
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
Entry name [info] | RT_POL |
Accession [info] | PS50878 |
Entry type [info] | MATRIX |
Date [info] |
01-OCT-2004 CREATED;
01-OCT-2013 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
PROSITE Doc. [info] | PDOC50878 |
Associated ProRule [info] | PRU00405 |
Name and characterization of the entry
Description [info] | Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. |
Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=178; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=173; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0494502; R2=0.0204990; TEXT='NScore'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=315; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=218; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-400; E1=-400; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='E'; M= -7, 2, -8, 3, 19,-21,-18, -7,-21, 0,-14,-14, 1,-13, 3, -4, 0, -5,-19,-32,-17, 11; /M: SY='H'; M= -7, -5,-24, -7, -4,-18, -4, 3,-12, -8,-16, -8, 3,-18, -5, -3, 0, -7,-10,-28,-11, -6; /M: SY='R'; M=-10, -3,-22, -8, -7,-13,-18, -8, -8, 7, -9, -4, 5,-22, -5, 15, -8, -5, -4,-27,-11, -7; /M: SY='R'; M=-14, -9,-30,-10, 7,-18,-26, 4, -5, 0, -8, -1, -5,-14, 8, 9,-10,-11, -9,-24, -6, 4; /M: SY='H'; M= -9, -6,-23,-10, -3,-12,-18, 3, -5, -7, -4, 3, 1,-18, -1, 0, -3, -5, -8,-28, -7, -4; /M: SY='G'; M= -7, -3,-27, -2, -6,-22, 7,-14,-29, 1,-25,-17, -1,-16, -6, 1, 1, -3,-21, -8,-13, -6; /M: SY='Y'; M=-10,-12,-27,-13, -5, -5,-26, -9, -3, -5, -8, -5,-11, -2, -6,-10, -6, 4, -7,-12, 10, -9; /M: SY='G'; M= -2, -8,-26,-10, -8,-18, 8, -8,-24, 1,-19,-11, -4,-17, -1, 3, -2, -5,-18,-14, -5, -6; /M: SY='P'; M= -8,-11,-27, -9, -1,-21,-19,-15,-17, 6,-17,-11, -8, 17, -3, 4, -3, 1,-16,-26,-16, -4; /M: SY='P'; M= -9, -4,-26, 1, 6, -9,-19,-13,-17,-10,-13,-14, -7, 11, -8,-13, -1, 0,-16,-26,-13, -2; /M: SY='A'; M= 15, 6,-18, -4, -6,-21, 2,-10,-19, 0,-20,-14, 13,-14, -6, -7, 7, 2,-14,-27,-19, -6; /M: SY='F'; M=-16,-27,-29,-29,-19, 24,-26,-19, -6,-17, 4, -3,-22, -9,-21, -8,-22,-13,-10, 12, 8,-19; /M: SY='K'; M= -4, -9,-24,-11, -8,-10,-20, -9, -7, 4, -9, -5, -7, -9, -7, -3, -9, -6, -6,-16, 2, -9; /M: SY='P'; M=-10, 0,-27, -3, -2,-21,-17, 15,-20, -8,-23,-13, 6, 20, -3, -9, 1, 4,-23,-32,-11, -6; /M: SY='A'; M= 13, -7,-16,-13,-12,-18, 11,-15,-15,-12,-15, -5, -3,-14, -9,-15, 12, 7, -8,-26,-18,-10; /M: SY='R'; M=-10,-10,-30, -9, -1,-26, -9,-10,-22, 13,-22,-10, -6, 1, 5, 16, -7,-10,-17,-23,-16, 0; /M: SY='I'; M= -6,-29,-18,-32,-27, 2,-31,-24, 32,-23, 22, 20,-26,-26,-22,-21,-18, -6, 32,-24, -4,-26; /M: SY='R'; M=-16,-17,-24,-20,-12, 12,-24,-11,-13, 8, -8, -4,-10,-23,-11, 25,-13, -9, -5,-12, 2,-12; /M: SY='L'; M= -1,-16,-20,-24,-18, 6,-21,-14, 11,-20, 18, 13,-11,-23,-15,-17,-15, -7, 4,-20, -3,-17; /M: SY='I'; M= -9,-30,-26,-38,-29, 1,-38,-29, 44,-29, 22, 19,-22,-22,-21,-28,-20, -9, 31,-21, -1,-29; /M: SY='P'; M=-11, -8,-34, 0, 2,-26,-20,-16,-19, -1,-19,-14,-12, 43, -7,-10,-11,-10,-23,-28,-21, -5; /M: SY='K'; M=-10, 0,-30, 0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10, 0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10; /M: SY='P'; M=-10, -2,-32, -1, 5,-29,-17,-11,-25, 21,-30,-15, 1, 26, 1, 7, -7, -9,-25,-26,-19, 1; /M: SY='D'; M= -8, 14,-26, 17, 3,-28, -1, -9,-28, 0,-28,-20, 10, 1, -4, -6, 5, -1,-23,-32,-20, -1; /M: SY='N'; M= -4, 2,-21, -2, -5,-22, 7, 3,-25, -3,-24,-14, 10,-15, -4, -4, 9, 5,-19,-29,-13, -5; /I: I=-5; MD=-25; /M: SY='N'; M= -1, 9,-12, 2, -4,-13, 6, -5,-15, -6,-17,-12, 17,-11, -4, -6, 11, 8,-13,-23,-13, -4; D=-5; /I: I=-5; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25; /M: SY='F'; M=-13,-26,-26,-31,-23, 30,-26,-16, 3,-23, 4, -1,-20,-26,-22,-19,-16, -9, -3, 22, 23,-22; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='P'; M=-10,-20,-32,-17, -7,-17,-25,-20, -4, -7, -5, -4,-19, 31,-10,-13,-16,-10,-12,-25,-16,-11; /M: SY='I'; M= -9,-30,-24,-36,-27, 3,-36,-27, 38,-29, 28, 19,-24,-24,-21,-26,-22, -9, 27,-21, -1,-27; /M: SY='V'; M= 7,-15,-11,-19,-17, -9,-16,-19, 7,-14, -4, 3,-13,-19,-14,-15, 8, 10, 19,-30,-13,-16; /M: SY='B'; M=-11, 12,-22, 12, -5,-16,-18,-10, -5,-11, -6, -8, 8,-19,-10,-13, -4, 0, -4,-33,-13, -8; /M: SY='F'; M=-13,-25,-24,-29,-22, 28,-15,-18, -1,-24, 11, 6,-20,-14,-25,-19,-19,-11, -4, -9, 5,-22; /M: SY='N'; M= -8, 10, -5, 6, -1,-22,-10, -4,-26, 2,-26,-18, 17,-19, -1, 12, 9, 1,-20,-36,-18, -2; /M: SY='K'; M=-11, -6,-31, -3, 10,-24, -9, -4,-25, 12,-23,-12, -5, 0, 10, 9, -7,-11,-25,-18, -8, 8; /M: SY='R'; M=-12,-20,-24,-21,-15, 3,-15,-15, -6, -5, 6, 1,-15,-24,-14, 7,-16,-10, -2,-17, -4,-15; /M: SY='S'; M= 1, 3,-17, -1, -8, -8,-12,-12, -7,-12,-14,-11, 7,-17,-11,-14, 9, 2, -3,-29,-12, -9; /M: SY='K'; M=-10, -3,-27, -1, -1,-22,-12,-12,-21, 19,-16, -8, -4,-17, -2, 15,-10,-10,-12,-23,-12, -2; /M: SY='M'; M= -4, -9,-26,-14, -7,-15, -8,-11, -3, -6, -6, 3, -2,-17, -5, -2, -7, -9, -6,-23,-12, -8; /M: SY='T'; M= -7, -2,-19, -7, -2, -4,-18,-11,-12, 0,-14,-10, 3,-17, -7, 2, 3, 6, -6,-25, -8, -4; /M: SY='Q'; M= -9, 6,-24, 7, 19,-26,-19, -2,-18, 2,-14, -4, 0, -9, 21, -2, 3, 5,-19,-27,-12, 20; /M: SY='R'; M=-17, -2,-28, 1, 3, -4,-11, -7,-26, 4,-16,-13, -1,-18, -5, 18, -8,-11,-20,-18, -6, -2; /M: SY='V'; M= -7,-18,-17,-21,-16, 6,-24,-19, 1, -8, 2, 0,-14,-22,-17, -3, -6, 3, 10,-21, -3,-16; /M: SY='M'; M= -9,-14,-25,-19,-15, -5,-19,-14, -1,-11, -2, 3, -8,-21, -8, -6, -8, -2, -5, 2, -2,-12; /M: SY='E'; M=-13,-11,-29, -9, 7, -9,-23, -8,-16, 3, -8, -9,-12,-16, 0, 5,-12, -7,-17, 6, 5, 3; /M: SY='K'; M= -8,-10,-27,-10, -2,-21,-22,-13,-12, 22,-17, 1,-10, -1, -1, 9,-11, -8, -6,-23,-11, -2; /M: SY='R'; M=-12,-10,-28,-12, 4,-18,-24, -6, -7, 9, -5, 5, -8,-16, 11, 15,-12,-10,-10,-21, -8, 6; /M: SY='L'; M= -4,-17,-18,-22,-17, 11,-22,-17, 6,-22, 23, 6,-13,-25,-18,-17,-15, -2, 2,-19, -1,-17; /M: M= -2, -3,-22, -3, -4, -9, -3, -2,-18,-12,-13,-11, -3,-17,-11,-13, -1, -4,-10,-23, -8, -7; /M: SY='R'; M= -8, -7,-21,-12, -9,-14,-21,-13, -4, 3,-11, -4, 0,-18, -5, 10, 0, 4, 1,-27,-10, -9; /M: SY='P'; M= -7,-13,-24,-15,-12,-13,-23,-19, 2,-15, -6, -4, -9, 13,-14,-17, -5, 5, -1,-29,-15,-15; /M: SY='N'; M= -6, 11,-22, 6, -2, -9,-13, 11,-21, -3,-19,-12, 15,-17, -5, -4, 0, -2,-18,-26, -5, -4; /M: SY='L'; M= -9,-11,-26, -8, -6,-13,-23,-14, 0,-16, 7, 0,-13, -2, -5,-16,-11, -7, -6,-26,-11, -7; /M: SY='Q'; M= -1,-10,-22,-14, -2, -9,-19, -9,-13, 3, -7, -3, -7,-16, 8, 5, -4, -2,-11,-17, -5, 3; /M: SY='K'; M= -5, -6,-24, -7, -6,-20, -2,-14,-17, 2,-17,-10, -1, -5, -7, -3, -1, -5,-12,-27,-17, -7; /I: I=-1; MI=0; MD=-7; IM=0; DM=-7; /M: SY='F'; M=-12,-24,-23,-26,-19, 13,-17,-18, -1,-18, 10, 2,-19,-15,-21, -8,-17,-10, 0,-15, -2,-20; /M: SY='K'; M= -5, -8,-27, -7, -2,-25, 3,-13,-23, 5,-20,-10, -4, -4, 1, -1, -2, -8,-20,-24,-17, -1; /M: SY='P'; M= -7, -8,-30, -3, 7,-28, -5,-12,-27, 6,-28,-17, -5, 21, 0, 2, 0, -7,-25,-27,-22, 1; /M: SY='K'; M= -9, 5,-26, 5, 14,-19,-16, -1,-23, 18,-24,-14, 7,-12, 7, 9, 0, -5,-21,-21, -3, 10; /M: SY='L'; M=-10,-11, -4,-15,-11, -9,-23,-15, -6, -4, 8, 1, -9,-25,-11, -5,-17, -9, -6,-27, -9,-11; /M: SY='Y'; M= -7,-15,-23,-16,-14, 11,-16, -4,-11,-13,-15,-11, -9,-21,-10,-12, 4, 1,-12, 13, 24,-12; /M: SY='F'; M= -7,-29,-21,-36,-27, 44,-25,-23, 1,-24, 3, -2,-23,-27,-32,-20,-17,-10, 4, 19, 17,-26; /M: SY='V'; M= 1,-22,-15,-27,-22, -2,-25,-22, 19,-19, 13, 13,-20,-22,-18,-19, -8, 4, 24,-25, -7,-21; /M: SY='K'; M= -7, -9,-21,-10, 0, -6,-20,-13,-13, 6,-14, -8, -6,-16, -5, 6, 0, 2, -4,-23, -7, -3; /M: SY='L'; M= -9,-29,-19,-32,-25, 14,-30,-21, 23,-26, 30, 19,-27,-28,-23,-20,-22, -8, 20,-19, 1,-24; /M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10, 0,-40, 0,-30,-30, 20,-10, 0,-10, 0,-10,-30,-40,-20, 10; /M: SY='V'; M= -5,-30,-18,-33,-29, 1,-33,-29, 36,-25, 19, 15,-27,-27,-25,-23,-16, -5, 38,-25, -5,-29; /M: SY='K'; M= -2, -1,-22, -1, 5,-25, 0,-12,-27, 12,-27,-15, 3,-11, 1, 4, 9, 3,-18,-28,-17, 3; /M: SY='D'; M= 2, 7,-23, 10, 10,-28, -2, -9,-28, 7,-26,-18, 4,-10, 2, -2, 8, -3,-19,-29,-19, 6; /M: SY='C'; M= 23,-15, 49,-25,-19,-20,-14,-25,-19,-19,-15,-15,-15,-24,-19,-25, 1, -5, -5,-34,-25,-19; /M: SY='Y'; M=-20,-24,-26,-28,-24, 50,-30, 4, 0,-18, 4, 0,-20,-30,-22,-14,-20,-10, -6, 22, 60,-24; /M: SY='D'; M=-20, 27,-28, 39, 6,-10,-16, -1,-28, -6,-19,-21, 8,-16, -8,-12, -6,-10,-22,-22, 2, -1; /M: SY='S'; M= -4, -2,-18, -5, -2,-18,-12, 5,-21, 0,-21,-12, 5,-14, 1, 11, 16, 14,-13,-31,-10, -2; /M: SY='I'; M= -6,-30,-21,-35,-29, 1,-35,-29, 38,-26, 20, 16,-25,-25,-24,-25,-17, -6, 35,-24, -4,-29; /M: SY='P'; M= -9,-12,-34, -9, -3,-22,-15,-16,-21, -4,-29,-19, -8, 39, -7,-11, -5, -8,-26, -7,-17, -7; /M: SY='H'; M=-15,-11,-27,-11, -2,-15,-23, 23,-13, -3, 1, 4, -6,-21, 11, 11,-14,-13,-16,-23, 1, 2; /M: SY='D'; M=-16, 25,-29, 37, 22,-30,-15, 14,-29, 0,-20,-13, 9,-10, 6, -6, -4,-11,-25,-34,-12, 13; /M: SY='E'; M=-10, -9,-29, -5, 11,-19,-10,-11,-18, 0, -7, -8,-10, 0, -1, 0,-11,-11,-18,-24,-16, 3; /M: SY='L'; M= -3,-12, -5,-13,-14, -8,-23,-17, 4,-20, 13, 7,-15,-23,-14,-20,-15, -9, 2,-27,-10,-15; /M: SY='F'; M= -1,-20,-18,-27,-20, 17,-22,-18, 7,-21, 9, 8,-15,-21,-19,-18, -7, 1, 5,-15, 2,-18; /M: SY='R'; M=-13,-10,-25,-11, 1,-15,-21, -6,-14, 13, -5, 3, -7,-17, 4, 26,-10, -4,-11,-22, -8, 0; /M: SY='K'; M=-10,-14,-28,-15, -2, -9,-26,-18, -2, 3, -9, -3,-12, -1, -7, -5,-12, -9, -2,-21, -8, -6; /M: SY='L'; M=-12,-24,-23,-25,-19, 7,-30, 1, 14,-23, 25, 13,-22,-28,-15,-17,-22,-10, 7,-14, 15,-19; /M: SY='K'; M= 6, -7,-21,-11, -2,-19,-17,-15,-15, 15,-11, -6, -7,-13, -2, 5, -3, 2, -8,-22,-11, -2; /M: SY='K'; M= 1, -1,-21, -2, -1,-20,-15,-12,-18, 8,-12, -9, -2,-14, -2, 7, 0, 1,-11,-25,-12, -2; /M: SY='F'; M= -4,-20,-21,-26,-20, 11,-27,-17, 11,-13, 2, 3,-16,-21,-18,-15,-10, -1, 11,-11, 10,-20; /M: SY='L'; M= -7,-19,-23,-23,-18, -5,-16,-21, 9,-17, 14, 6,-15,-21,-15,-16,-13, -1, 4,-22, -7,-18; /M: SY='K'; M= -5,-11,-25,-11, -4,-18,-19,-16, -8, 4,-13, -6, -6, 0, -3, -3, 0, -2, -7,-27,-13, -5; /M: SY='D'; M=-11, 5,-28, 11, 0,-18,-15, -5,-18, -9,-18,-16, 2, 11, -6,-13, -2, -5,-20,-26, -7, -5; /I: I=-1; MI=0; MD=-5; IM=0; DM=-5; /M: SY='K'; M= -6, -6,-27, -6, -1,-25, -3,-13,-27, 13,-26,-14, -2, 1, -1, 11, 1, -1,-19,-25,-17, -3; /M: SY='I'; M= -2,-19, -7,-25,-18, 1,-25,-15, 6,-18, -2, 0,-13,-21,-10,-19, -6, -6, 2,-16, 4,-15; /M: SY='Y'; M=-16,-16,-30,-17,-15, 3,-15, 15, -7, -7, -7, -2,-10,-24, -7, 0,-14,-13,-11, 0, 31,-15; /M: SY='Y'; M=-11,-17,-25,-18,-10, -5,-27, -9, 4, -1, 6, 6,-16,-21, -2, -4,-16, -9, 1,-13, 9, -7; /M: SY='Q'; M=-10, -9,-31, -9, 3,-30,-10, -5,-15, 0,-17, -4, -5, -1, 23, 3, -5,-11,-21,-21,-14, 11; /M: SY='Y'; M=-11,-12,-10,-16, -9, 2,-12, -8,-13, -8, -9, -1,-11,-21,-11, -9, -9, -5,-11,-13, 6,-10; /M: SY='R'; M= -3, 3,-22, 0, -2,-19,-15, -7,-13, 3,-10, -7, 4,-18, 2, 5, -4, -6,-10,-27,-13, -1; /M: SY='G'; M= -1,-12,-27,-12,-17,-25, 41,-20,-27,-10,-23,-14, -5,-20,-17,-13, -3,-15,-15,-22,-24,-17; /M: SY='I'; M= -9,-30,-23,-35,-26, 4,-35,-26, 35,-29, 31, 19,-25,-25,-21,-25,-23, -9, 24,-21, -1,-26; /M: SY='P'; M=-11,-21,-38,-13, -3,-17,-21,-20,-18,-12,-25,-18,-20, 76,-13,-20,-11,-10,-27,-25,-23,-12; /M: SY='Q'; M=-10, -3,-29, -4, 14,-34,-20, 9,-14, 7,-14, 8, -3,-11, 52, 7, -3,-10,-24,-20, -9, 33; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='S'; M= 2,-14,-18,-14,-11, -9,-11,-17, -9,-15,-15,-12, -8,-18,-10,-14, 13, 6, -3, -5, -8,-10; /M: M= -6, -8,-10,-14,-13,-15, -9,-16, -5, -9, -8, -5, -1,-21,-11,-11, -5, -7, -6,-28,-14,-13; /M: SY='L'; M= -7,-27,-22,-28,-22, 1,-15,-22, 15,-27, 29, 12,-24,-27,-21,-21,-22,-11, 10,-21, -6,-22; /M: SY='S'; M= 9, -1,-13, -1, -3,-21, 9,-11,-23,-11,-30,-20, 9,-11, -3,-11, 35, 15,-13,-37,-21, -3; /M: SY='P'; M= 2,-13,-27, -9, -2,-25,-14,-18,-18,-10,-26,-18,-11, 47, -8,-17, 6, 4,-19,-31,-25, -8; /M: SY='I'; M= -2,-26,-24,-32,-22, 14,-28,-24, 17,-24, 10, 5,-19, -9,-22,-24,-15, -8, 9,-14, 1,-23; /M: SY='L'; M=-10,-30,-23,-33,-23, 7,-33,-23, 28,-30, 42, 20,-27,-27,-20,-23,-27,-10, 16,-20, 0,-23; /M: SY='C'; M=-10,-22, 29,-27,-24, 10,-27,-18, -6,-24, 0, -5,-19,-31,-25,-21,-11, -6, 1,-22, 2,-24; /M: SY='S'; M= 3, 10,-19, 8, 4,-26, -7, 7,-22, -4,-25,-14, 13,-12, 10, -6, 15, 2,-19,-33,-14, 6; /M: SY='I'; M= -9,-21,-22,-26,-16, 10,-26,-17, 12,-21, 11, 6,-14,-21,-10,-17, -9, -5, 4,-17, 2,-13; /M: SY='F'; M= -9,-22, -3,-26,-23, 23,-25,-14, 1,-20, -2, -3,-18,-28,-24,-17, -7, -3, 8,-10, 16,-23; /M: SY='Y'; M= -9,-15,-21,-20,-16, 6,-21, 2, 4,-10, 3, 20,-13,-21, -5,-10, -6, 2, -1, -8, 22,-12; /M: SY='S'; M= 4, 5,-17, 4, 3,-21, -2,-13,-21, -8,-21,-17, 4,-10, -4,-11, 18, 16,-12,-32,-18, -1; /M: SY='D'; M= -5, 18,-24, 24, 6,-26,-14, -9,-23, 2,-15,-15, 4,-13, -3, -6, -2, -2,-16,-30,-15, 1; /M: SY='I'; M= -9,-28,-22,-33,-24, 3,-31,-20, 30,-24, 28, 28,-25,-25,-17,-21,-22, -9, 21,-21, -1,-22; /M: SY='E'; M=-11, -8, -8, -5, 2,-15,-25,-16, -7,-15, 1, -6,-13, -5, -9,-17,-13,-10,-10,-30,-15, -5; /M: SY='E'; M= -8, 15,-24, 16, 23,-22,-13, -2,-21, -2,-15,-16, 14,-11, 5, -5, 4, -3,-22,-33,-17, 14; /M: SY='P'; M= -9,-18,-30,-15, -4, -7,-20,-19,-13, -7,-17,-12,-17, 13,-11,-12, -9, -8,-12, -1, -8, -8; /M: SY='Y'; M=-12,-21,-21,-22,-18, 18,-26, 5, 3,-19, 9, 4,-17,-27,-16,-14,-13, -7, 2, -9, 22,-18; /M: SY='R'; M=-10,-13,-25,-14, -2, -4,-23,-13, -5, -1, 0, -1,-10,-18, -5, 3, -9, -7, -5,-21, -5, -4; /M: SY='K'; M= -5, 2,-26, 4, 6,-20, -7, -4,-25, 8,-21,-15, 0,-14, 1, 7, 0, -7,-19,-19, -5, 2; /M: SY='F'; M= -7,-15,-24,-19,-13, 15,-12, 6,-13,-14, -7, -3, -9,-22, -6,-11, -9,-11,-13, -5, 15, -9; /M: SY='I'; M=-10,-10,-25,-17,-13, 0,-24,-16, 3,-11, -2, -1, -3, -5,-14,-12, -9, -2, -3,-22, -5,-15; /I: I=-3; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17; /M: SY='L'; M= -3,-26,-23,-30,-21, 6,-29,-18, 22,-25, 27, 13,-23,-24,-17,-21,-20, -9, 12,-13, 8,-21; /M: SY='F'; M= -9,-23,-19,-26,-20, 17,-25,-11, 10,-21, 17, 11,-21,-26,-18,-16,-14, -5, 8,-12, 13,-19; /M: SY='R'; M=-10, -4,-25, -6, 3,-23,-17, -4,-24, 18,-21,-10, 1,-14, 14, 34, 3, 2,-18,-24,-11, 6; /M: SY='Y'; M=-15,-24,-25,-24,-21, 20,-30, 2, 10,-18, 17, 8,-24,-30,-15,-14,-22, -9, 3, 8, 45,-21; /M: SY='A'; M= 16,-16,-13,-24,-17, -9,-14,-16, 8,-12, 3, 16,-16,-17,-11,-16, -2, 2, 14,-23,-11,-14; /M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10, 0,-40, 0,-30,-30, 20,-10, 0,-10, 0,-10,-30,-40,-20, 10; /M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10, 0,-40, 0,-30,-30, 20,-10, 0,-10, 0,-10,-30,-40,-20, 10; /M: SY='F'; M=-13,-24,-21,-31,-23, 29,-29,-14, 11,-22, 16, 13,-19,-25,-21,-18,-16, -2, 6, -6, 17,-22; /M: SY='L'; M=-10,-28,-22,-30,-23, 11,-31,-16, 22,-25, 32, 15,-27,-29,-20,-20,-24, -9, 15,-13, 12,-23; /M: SY='I'; M= -8,-30,-19,-34,-27, 12,-32,-25, 28,-27, 26, 15,-26,-28,-25,-22,-20, -7, 26,-20, 0,-27; /M: SY='G'; M= -5,-21,-27,-24,-24,-12, 11,-24, 4,-25, 1, 1,-14,-22,-21,-23,-12,-13, 3,-21,-14,-24; /M: SY='T'; M= 11, -5,-10,-10, -8,-14,-10,-17, -9,-11,-16,-12, -1,-13, -8,-13, 23, 24, 2,-33,-16, -8; /M: SY='T'; M= -6, -1,-21, 1, -3,-17,-18,-15,-12, -4,-11,-10, -5, -4, -8, -8, 2, 8, -6,-30,-14, -6; /M: SY='D'; M= -9, 10,-25, 13, 1,-23, -2, 5,-22, -9,-15,-12, 9,-17, 1, -9, 1, -7,-21,-31,-13, 1; /M: SY='E'; M= -6, -9,-24, -7, 9,-17,-22,-11, -3, -2, -6, -3, -9,-14, 4, -6, -3, -5, -3,-27,-12, 6; /M: SY='Q'; M= -9, -5,-26,-10, -1,-19,-23, -9, -4, 4, -6, 1, -1,-15, 11, 1, -7, -3, -9,-23, -8, 4; /M: SY='H'; M= -4, 12,-25, 8, 0,-26, 3, 22,-27, -6,-24,-13, 17,-16, 5, -6, 1,-10,-26,-29,-11, 1; /I: I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27; /M: SY='A'; M= 8, -5,-19,-11, -8,-15,-14, 4, -9, -5, -6, -3, -1,-18, -6, -7, -4, -6, -4,-26, -8, -8; /M: SY='K'; M=-11, -8,-27, -8, 9,-18,-23, -9, -8, 11, -9, 2, -8,-13, 4, 11,-10, -9, -6,-24,-10, 5; /M: SY='T'; M= -5, 3,-18, -6, -8,-13,-16,-11, -5, -6,-10, -7, 11,-16, -6, -7, 7, 13, -6,-30,-12, -8; /M: SY='F'; M=-14,-20,-25,-24,-15, 21,-28,-13, 0, -3, 3, 2,-15,-23,-16, -5,-18,-10, -2, -4, 17,-15; /M: SY='L'; M=-13,-22,-27,-25,-17, 1,-30,-13, 13,-10, 16, 10,-18,-24,-11, -4,-21,-10, 5,-13, 9,-17; /M: SY='E'; M= -4, 11,-26, 13, 20,-28,-14, -4,-28, 17,-23,-16, 8, -9, 8, 11, -1, -8,-22,-27,-16, 13; /M: SY='L'; M= 1,-10,-19,-12, 0,-10,-21,-16, -5, -8, 8, -1,-12,-15, -7, -9, -6, 6, -3,-24,-10, -3; /M: SY='L'; M= -1,-15,-16,-20,-17, 7,-19,-16, 6,-20, 13, 3,-10,-24,-18,-16, -9, -3, 6,-22, -4,-17; /M: SY='T'; M= -7, -8,-19,-14,-12, -9,-19,-11, 1, -7, -2, 4, -1,-19, -7, 0, -1, 5, 2,-28, -9,-11; /M: SY='N'; M=-14, 9,-26, 6, 0,-14, -5, -1,-24, 2,-21,-13, 15,-18, 4, 10, -2, -9,-24,-24,-11, 2; /M: SY='G'; M=-10,-20,-28,-21,-20, 1, 6, -2,-15,-21, -7, -6,-14,-25,-19,-17,-15,-17,-12, 4, 1,-19; /M: SY='F'; M= -1,-15,-17,-21,-17, 13,-19,-16, 3,-20, 10, 1, -9,-24,-19,-16, -8, -3, 3,-19, -2,-17; /M: SY='E'; M=-10, -5,-25, 0, 5,-18,-19, -8,-13, -6, -2, -6, -7, -6, 3, -3, -6, -6,-14,-27,-13, 3; /I: I=-6; MD=-32; /M: SY='K'; M= -8, 0,-23, 2, 16,-23,-15, -5,-25, 23,-22,-12, 1, -8, 9, 21, 0, -5,-18,-22,-12, 12; D=-6; /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='W'; M=-16,-20,-32,-23,-19, 8,-23, 2, -6,-17, 2, -3,-17,-28,-13,-14,-25,-16,-15, 39, 27,-16; /M: SY='G'; M= -2, 1,-28, -3,-16,-28, 55,-13,-36,-16,-30,-20, 13,-20,-16,-16, 2,-16,-30,-24,-28,-16; /M: SY='L'; M= -5,-27, -7,-34,-25, 15,-29,-24, 15,-28, 19, 8,-22,-26,-24,-24,-18, -9, 10,-17, 1,-25; /M: SY='T'; M= -3, -3,-17, -6, -4,-17,-16, 0,-15, 2,-18, -9, 1,-13, -3, -1, 11, 15, -6,-30, -8, -4; /M: SY='V'; M= 1,-18,-14,-24,-20, 5,-22,-20, 9,-17, 9, 9,-17,-21,-18,-16, -5, 10, 15,-22, -4,-18; /M: SY='N'; M= -8, 26,-22, 13, 0,-22, -3, 3,-20, -3,-30,-20, 41, -1, -2, -4, 10, 0,-28,-38,-22, -2; /M: SY='E'; M= -5, -4,-26, 0, 4,-18,-18,-10,-12, -5, -3, -3, -9, -1, -3, -4,-10, -9,-12,-26,-14, -1; /M: SY='E'; M= -6, 6,-27, 9, 18,-27,-16, 9,-28, 16,-23,-13, 2,-10, 9, 12, -4,-10,-22,-26,-11, 12; /M: SY='K'; M=-10, 0,-30, 0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10, 0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10; /M: SY='T'; M= -6, -7,-17,-14,-12, -8,-23, -1, -3,-14, -2, -2, -4,-15, -9,-12, 5, 25, 0,-28, -3,-12; /M: SY='Q'; M= -7,-15,-23,-15, -7,-16,-13,-13, -4, -5, 1, 3,-14,-21, 4, -5,-11, -9, -2,-22,-10, -2; /M: SY='R'; M= -4,-13,-24,-17,-11,-14,-23, -3, 0, 0, -7, 1, -8,-17, -6, 2, -7, -3, 2,-23, -5,-11; /I: I=-2; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12; /M: SY='E'; M=-10, 3,-30, 7, 27,-30, -8, 6,-30, 13,-24,-14, 1, -8, 15, 5, -3,-12,-28,-25,-14, 21; /M: SY='E'; M= -7, -1,-26, 3, 4,-19, -8, -8,-22, -1,-22,-16, -3, 4, -3, -7, 3, 1,-20,-22, -6, -1; /M: SY='P'; M= -9,-16,-28,-13, -5,-13,-20,-11,-12, -2, -8, -7,-13, 12, -6, -1, -8, -6,-14,-21, -6, -8; /M: SY='F'; M= -5,-17, -7,-22, -8, 9,-22,-13, -6,-15, 3, 3,-15,-21, -8,-14,-11, -9, -6,-16, -1, -6; /M: SY='P'; M= -9, -3,-24, -2, -5,-17,-16,-11,-11, -7,-11,-10, -1, 3, -8, -3, -3, -3,-10,-31,-16, -8; /M: SY='W'; M=-20,-34,-36,-37,-29, 39,-25,-20,-10,-22, -6,-10,-30,-30,-26,-19,-30,-20,-16, 81, 37,-24; /M: SY='M'; M=-11,-22, -8,-29,-20, 6,-27,-15, 10,-15, 17, 22,-20,-25,-14,-13,-20,-10, 5,-20, -1,-17; /M: SY='G'; M= -2, -9,-30, -9,-18,-29, 60, -6,-39,-19,-29,-18, 1,-20,-17,-18, -1,-20,-30,-21,-24,-18; /M: SY='Y'; M=-10,-24,-23,-28,-23, 15,-29,-12, 17,-21, 9, 6,-19,-25,-18,-19,-13, -5, 12, -7, 21,-23; /M: SY='T'; M= 0, -6,-15,-12,-12,-10,-16,-16, 2,-15, -6, -5, 1,-18,-11,-14, 10, 12, 5,-32,-12,-12; /M: SY='I'; M= -8,-27,-22,-31,-24, 3,-33,-25, 29,-27, 28, 15,-23,-24,-20,-23,-18, -2, 21,-22, -2,-24; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
Total number of hits | 288 in 288 different sequences |
Number of true positive hits | 287 in 287 different sequences |
Number of 'unknown' hits | 0 |
Number of false positive hits | 1 |
Number of false negative sequences | 6 |
Number of 'partial' sequences | 0 |
Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 99.65 % |
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 97.95 % |
Comments [info]
Taxonomic range [info] | Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses |
Maximum number of repetitions [info] | 1 |
Matrix type [info] | protein_domain |
Scaling database [info] | reversed |
Author [info] | N_Hulo |
Feature key [info] | DOMAIN |
Feature description [info] | Reverse transcriptase |
Version [info] | 3 |
Cross-references [info]