PROSITE entry PS50881
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
PURL: https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50881
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
Entry name [info] | S5_DSRBD |
Accession [info] | PS50881 |
Entry type [info] | MATRIX |
Date [info] |
01-NOV-2002 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
PROSITE Doc. [info] | PDOC00505 |
Associated ProRule [info] | PRU00268 |
Name and characterization of the entry
Description [info] | S5 double stranded RNA-binding domain profile. |
Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=64; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=59; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.5520999; R2=0.0130968; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4251.0678711; R2=4.5533981; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=531; H_SCORE=6669; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=378; H_SCORE=5972; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='L'; M=-14,-30,-23,-33,-23, 28,-30,-18, 12,-28, 30, 11,-27,-30,-24,-19,-27,-11, 4, 3, 16,-23; /M: SY='E'; M=-10, 6,-27, 10, 23,-27,-19, -1,-23, 13,-19,-12, 1, -9, 14, 7, -1, -5,-20,-27,-13, 18; /M: SY='E'; M=-13, 14,-29, 24, 37,-27,-19, 2,-26, 4,-19,-16, 2, -7, 12, -4, -2,-10,-24,-28,-12, 24; /M: SY='E'; M=-13, 3,-29, 7, 24,-27,-20, 1,-28, 24,-23,-13, 1,-10, 13, 24, -6,-10,-23,-25,-13, 17; /M: SY='V'; M= -4,-29,-16,-31,-27, 1,-30,-26, 29,-22, 18, 16,-28,-25,-24,-20,-15, -4, 35,-26, -7,-26; /M: SY='I'; M= -7,-29,-20,-33,-26, 2,-32,-24, 33,-24, 23, 22,-26,-26,-21,-22,-19, -7, 29,-23, -3,-25; /M: SY='D'; M= -6, 12,-25, 16, 7,-26,-14, -4,-23, 8,-21,-13, 5,-13, 6, 0, -1, -4,-17,-27,-12, 7; /M: SY='I'; M= -6,-29,-22,-35,-29, 0,-35,-28, 39,-25, 18, 19,-24,-24,-22,-25,-17, -7, 34,-23, -3,-28; /M: SY='N'; M= -7, 10,-23, 2, 0,-20, -8, -2,-20, 12,-23,-11, 19,-16, 3, 12, 2, -2,-19,-28,-12, 0; /M: SY='R'; M=-15,-14,-29,-14, -4,-17,-22, -7,-16, 13,-12, -4, -8, -5, 2, 35,-11, -9,-13,-22,-11, -5; /M: SY='V'; M= 1,-26, -7,-28,-27, -2,-28,-29, 24,-19, 7, 7,-25,-27,-27,-20, -7, 4, 40,-30,-10,-27; /M: SY='Q'; M= 3, -3, -9, -7, 2,-25,-14, -7,-16, -4,-19, -9, -1,-12, 17, -5, 13, 9,-13,-29,-15, 10; /M: SY='K'; M=-11, -1,-30, -2, 8,-28,-19, -8,-30, 44,-28,-10, 2,-12, 10, 37, -9,-10,-20,-21,-10, 8; /M: SY='V'; M= -3,-16,-17,-20,-13,-12,-24,-13, 10, -9, 1, 13,-16,-20, 1, -9, -5, 2, 15,-25, -9, -6; /M: SY='T'; M= -1,-12,-11,-17,-17, -6,-24,-19, 4,-13, -3, -2,-11,-18,-16,-13, 7, 27, 17,-29, -8,-17; /M: SY='K'; M=-10, 8,-28, 12, 9,-30,-14, -5,-31, 29,-28,-14, 5,-11, 7, 19, -3, -7,-21,-25,-13, 7; /M: SY='G'; M= 14, -8,-22,-11,-13,-26, 38,-18,-29,-14,-25,-17, -1,-15,-13,-17, 8, -8,-19,-23,-25,-13; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='R'; M=-16, -5,-30, -4, 10,-26,-20, 0,-28, 29,-22, -9, 0,-15, 19, 47, -7,-10,-23,-21,-11, 12; /M: SY='R'; M=-14, -9,-28,-12, -4,-18,-22, -5,-14, 17,-13, -4, -1,-19, 4, 35,-10, -8,-10,-22, -9, -3; /M: SY='F'; M= -6,-17,-17,-23,-16, 18,-23,-16, 3,-18, 8, 6,-14,-21,-18,-15, -6, 5, 4,-17, 2,-16; /M: SY='R'; M= -6, -5,-22, -6, 0,-21,-11, -6,-25, 14,-24,-13, 4,-15, 5, 30, 9, 3,-16,-27,-14, 0; /M: SY='F'; M=-20,-28,-22,-37,-28, 70,-30,-14, 1,-27, 10, 1,-20,-30,-35,-18,-20,-10, -1, 12, 37,-28; /M: SY='R'; M= -3, -4,-22, -6, 0,-20,-13, -8,-23, 15,-22,-12, 2,-14, 3, 21, 6, 5,-14,-24,-11, 0; /M: SY='A'; M= 36,-14, -5,-23,-15,-16, -8,-23, -2,-13, -6, -6,-14,-15,-15,-21, 5, 0, 9,-23,-18,-15; /M: SY='L'; M=-10,-27,-19,-31,-23, 17,-31,-21, 19,-27, 29, 13,-25,-27,-23,-20,-21, -5, 14,-16, 6,-23; /M: SY='V'; M= 1,-23,-14,-27,-25, -3,-27,-25, 24,-19, 8, 11,-21,-25,-23,-19, -7, 2, 34,-28, -9,-24; /M: SY='V'; M= 8,-26,-13,-29,-26, -3,-25,-28, 24,-20, 9, 8,-25,-25,-25,-21, -8, -1, 37,-27,-10,-26; /M: SY='V'; M= -3,-29, -8,-31,-29, -1,-31,-28, 29,-22, 12, 14,-27,-28,-26,-21,-13, -3, 41,-28, -8,-28; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='D'; M=-15, 45,-25, 46, 10,-30, -5, 5,-30, 0,-30,-25, 40,-15, 0, -5, 5, -5,-30,-40,-20, 5; /M: SY='R'; M=-11, -5,-24, -5, 4,-19, -6, 0,-25, 10,-20, -8, -1,-16, 5, 13, -5,-10,-21,-20, -7, 3; /M: SY='D'; M=-12, 27,-27, 28, 14,-30,-11, 2,-29, 11,-27,-19, 23,-13, 7, 6, 1, -6,-27,-33,-17, 10; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='H'; M=-15, -9,-28,-10, -5, -9,-22, 24,-14, 2,-10, 0, -4,-20, 7, 11,-10, -9,-16,-13, 17, -3; /M: SY='V'; M= -1,-29,-14,-32,-29, 0,-31,-29, 32,-22, 13, 12,-28,-28,-27,-22,-12, -2, 44,-28, -8,-29; /M: SY='G'; M= 1, -9,-29, -9,-19,-29, 66,-19,-39,-19,-30,-20, 1,-19,-19,-19, 2,-18,-29,-21,-29,-19; /M: SY='F'; M=-11,-28,-21,-31,-25, 22,-30,-15, 16,-23, 20, 11,-25,-29,-23,-19,-21, -8, 14, -5, 17,-24; /M: SY='G'; M= 4,-10,-28,-11,-19,-29, 64,-20,-37,-19,-28,-19, -1,-19,-19,-20, 1,-18,-27,-20,-29,-19; /M: SY='V'; M= -7,-17,-19,-21,-14, 1,-27,-11, 9,-12, 1, 4,-15,-20,-13,-12, -9, -1, 10,-18, 3,-15; /M: SY='G'; M= 5, -9,-27,-10,-14,-28, 45,-18,-34, -7,-27,-17, -1,-17,-13,-11, 0,-16,-24,-20,-25,-14; /M: SY='K'; M=-11, -4,-10, -6, 3,-27,-22, -9,-28, 34,-26,-10, -3,-15, 4, 23, -9, -9,-17,-24,-12, 3; /M: SY='A'; M= 38, -6,-12,-12, -8,-21, 4,-18,-15,-10,-15,-13, -5,-11, -8,-18, 14, 2, -5,-24,-21, -8; /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='K'; M= -9, 3,-27, 3, 8,-25,-14, -7,-25, 23,-23,-12, 5,-11, 6, 20, -3, -6,-19,-25,-13, 6; /M: SY='E'; M=-11, 14,-29, 23, 45,-32,-19, 1,-29, 8,-21,-18, 3, -3, 22, 0, 1, -7,-29,-30,-18, 33; /M: SY='V'; M= 1,-28,-12,-29,-27, -1,-24,-27, 23,-20, 11, 10,-27,-28,-27,-20,-11, -2, 38,-27,-10,-27; /M: SY='P'; M= 4,-13,-25,-14, -8,-22, -7,-17,-12, -9,-18,-11, -9, 15, -7,-10, 1, -3,-11,-26,-20,-10; /M: M= -2, -2,-23, -1, 0,-19, -5,-14,-14, -9,-13,-11, -3, -7, -7,-12, 0, -1,-10,-28,-17, -4; /M: SY='A'; M= 50,-10,-10,-20,-10,-20, 0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10, 0, 0,-20,-20,-10; /M: SY='I'; M= -9,-29,-26,-38,-29, 1,-37,-28, 44,-27, 18, 19,-21,-22,-20,-26,-18, -8, 31,-21, -1,-29; /M: SY='R'; M=-12, -5,-29, -5, 9,-25,-18, -1,-26, 24,-21, -8, -1,-14, 22, 35, -6,-10,-22,-20,-10, 13; /M: SY='K'; M= -6, -2,-29, -2, 5,-30, -8,-12,-30, 39,-29,-11, 0,-11, 5, 21, -8,-11,-20,-20,-13, 5; /M: SY='A'; M= 38, -9,-13,-16,-11,-22, 11,-19,-16,-12,-15,-13, -6,-12,-11,-19, 11, -1, -6,-22,-22,-11; /M: SY='I'; M= -6,-23,-23,-29,-23, -2,-26,-18, 24,-19, 11, 16,-19,-22,-16,-19,-15, -6, 19,-20, -1,-22; /M: SY='E'; M= -5, -1,-26, -1, 8,-19,-20,-11, -9, 0,-12, -9, -3,-12, 0, -3, -3, -5, -9,-21,-11, 3; /M: SY='D'; M= -3, 10,-24, 12, 5,-21,-14, -5,-16, 0,-14,-10, 4,-14, 1, -5, -2, -6,-14,-26, -9, 3; /M: SY='A'; M= 41,-11, -3,-20,-12,-21, 4,-21,-14,-12,-13,-12,-10,-13,-12,-21, 8, -3, -3,-22,-22,-12; /M: SY='K'; M=-13, -4,-29, -5, 5,-21,-21, -5,-26, 36,-24, -9, -1,-14, 6, 32,-10,-10,-18,-19, -7, 5; /M: SY='R'; M=-12,-11,-25,-13, -4,-12,-22, -9, -9, 11, 2, 4, -8,-20, 0, 14,-16, -9, -9,-21, -6, -3; /M: SY='N'; M= -5, 23,-19, 11, 0,-21, -4, 10,-21, -1,-27,-17, 37,-17, 2, 0, 13, 3,-24,-36,-16, 1; /M: SY='I'; M= -9,-28,-22,-34,-25, 5,-32,-21, 31,-25, 28, 25,-24,-25,-18,-22,-22, -9, 21,-20, 0,-23; /M: SY='I'; M= -7,-25,-22,-31,-24, 0,-32,-16, 28,-20, 10, 16,-20,-23,-17,-18,-15, -7, 25,-23, -1,-23; /M: SY='P'; M=-10, -2,-29, 2, 11,-20,-19, -8,-22, 5,-21,-15, -3, 15, 1, 0, -3, -3,-22,-25,-13, 5; /M: SY='V'; M= -3,-30,-16,-33,-30, 3,-33,-30, 34,-23, 13, 12,-27,-27,-28,-23,-13, -3, 43,-26, -6,-30; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
Total number of hits | 736 in 736 different sequences |
Number of true positive hits | 736 in 736 different sequences |
Number of 'unknown' hits | 0 |
Number of false positive hits | 0 |
Number of false negative sequences | 1 |
Number of 'partial' sequences | 0 |
Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 99.86 % |
Comments [info]
Taxonomic range [info] | Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria) |
Maximum number of repetitions [info] | 1 |
Matrix type [info] | protein_domain |
Scaling database [info] | reversed |
Author [info] | N_Hulo |
Feature key [info] | DOMAIN |
Feature description [info] | S5 DRBM |
Version [info] | 5 |
Cross-references [info]