We are deeply saddened by the passing of Amos Bairoch (1957–2025), the creator of PROSITE. We wish to dedicate our latest paper, published shortly before his death, to him. He will always be a source of inspiration to us.
Our deepest condolences go out to his family and friends, and to all those who had the privilege of working with him. Rest in peace, Amos. Your work will live on long after you are gone.
Our deepest condolences go out to his family and friends, and to all those who had the privilege of working with him. Rest in peace, Amos. Your work will live on long after you are gone.
PROSITE entry PS50891
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
PURL: https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50891
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | LOB |
| Accession [info] | PS50891 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-JAN-2003 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC50891 |
| Associated ProRule [info] | PRU00291 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | LOB domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=102; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=97; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.8090000; R2=0.0094432; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=8619.4580078; R2=9.4890051; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=603; H_SCORE=14341; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=391; H_SCORE=12330; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-1000; E1=-1000; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='N'; M= -7, 5,-21, -3, -4,-19, -5, -3,-16, -1,-17, -4, 13,-16, 4, 5, 5, 5,-16,-28,-14, -1; /M: SY='P'; M= 10,-13,-26,-12, -3,-24,-11,-16,-18, -5,-23,-16,-10, 33, -6, -8, 3, -3,-17,-27,-23, -7; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='A'; M= 29, 1,-14, -7, 2,-21, -3,-12,-15, -6,-17,-14, 4,-10, -3,-13, 13, 1, -9,-27,-20, -1; /M: SY='A'; M= 19,-17,-13,-20,-18,-14, -2,-23, 0,-15, -7, -5,-14,-19,-18,-19, 4, 0, 14,-26,-18,-18; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='K'; M=-13, -7,-30, -8, 2,-23,-23,-10,-19, 34,-21, -6, -3,-14, 6, 32,-11,-10,-13,-20, -9, 2; /M: SY='H'; M=-13,-16,-22,-20,-17, 12,-27, 18, -1,-18, -2, 2, -9,-23,-14,-13,-10, -4, 0,-15, 17,-17; /M: SY='Q'; M=-10,-13,-26,-13, 2,-17,-24, -6, -4, -2, 9, 7,-13,-19, 19, 0,-14,-10,-12,-20, -6, 10; /M: SY='R'; M=-16, 9,-26, 1, 0,-20,-12, 4,-26, 19,-24,-14, 23,-20, 6, 43, -2, -6,-24,-28,-14, 0; /M: SY='R'; M=-14, -3,-30, -2, 12,-26,-20, -5,-30, 37,-25,-11, 0,-13, 11, 43, -9,-10,-21,-21,-11, 9; /M: SY='K'; M= -8, 3,-26, -1, 3,-27, -5, -6,-26, 20,-25,-11, 8,-14, 9, 16, -1, -3,-22,-24,-14, 5; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='A'; M= 8, -6,-18,-11, -8,-17,-12,-14, -8, -4,-15, -6, -2, -1, -7,-10, 5, 4, -4,-29,-17, -8; /M: SY='E'; M= -6, 6,-28, 4, 14,-25,-13, -4,-24, 8,-24,-17, 10, 8, 4, 7, -1, -7,-25,-29,-20, 7; /M: SY='N'; M=-12, 18,-24, 13, 3,-10, -5, -1,-19, -6,-18,-10, 20,-17, -5, -7, -1, -7,-21,-28,-12, 0; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='I'; M= -9,-22,-28,-27,-14, -7,-32,-21, 27,-19, 9, 15,-18, -8,-12,-21,-15, -9, 15,-23, -7,-16; /M: SY='F'; M=-16,-27,-23,-30,-23, 36,-30,-10, 9,-25, 25, 9,-24,-30,-24,-17,-24,-10, 2, 2, 29,-23; /M: SY='A'; M= 36, -9,-13,-16, -7,-20, -3,-16,-14, -5,-14,-11, -6,-11, -6, -7, 11, 1, -4,-22,-19, -7; /M: SY='P'; M=-11,-16,-35, -9, 6,-24,-21,-15,-17, -6,-17,-14,-17, 52, -5, -9,-11,-10,-24,-28,-23, -4; /M: SY='Y'; M=-17,-19, -8,-20,-19, 15,-29, 17, -5,-15, 1, 0,-18,-30,-12,-13,-19,-11,-10, 6, 48,-19; /M: SY='F'; M=-19,-30,-21,-40,-30, 69,-31,-21, 7,-30, 11, 3,-20,-29,-37,-21,-20,-10, 4, 6, 26,-30; /M: SY='P'; M=-10,-17,-39, -9, 3,-31,-20,-16,-20, -7,-29,-17,-17, 76, 0,-16, -9,-10,-30,-29,-27, -3; /M: SY='A'; M= 7,-12,-22,-13, -7,-12,-10,-10,-15, -9,-19,-13, -8, -7, -1,-12, 7, 0,-14, 2, 1, -5; /M: SY='E'; M= -9, 7,-24, 8, 16,-21,-17, -6,-16, 0,-17,-13, 8,-11, 4, 1, 4, 1,-15,-31,-15, 8; /M: SY='D'; M=-12, 9,-29, 17, 17,-28,-10, -6,-26, 8,-16,-13, 1,-12, 8, 0, -6,-11,-22,-27,-15, 12; /I: I=-10; MD=-22; /M: SY='T'; M= -5,-10,-19,-12, -5,-12,-20,-14, -5,-11, 0, -3,-10, 4, -2,-10, -2, 12, -7,-23,-10, -4; D=-10; /I: I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22; /M: SY='H'; M= -3, 9,-24, 9, 11,-25,-12, 17,-26, 7,-24,-13, 10,-12, 6, 2, 3, -6,-22,-30, -9, 7; /M: SY='K'; M= 1, 1,-23, -1, 9,-24,-14, -7,-19, 12,-17, -9, 3,-12, 10, 5, 1, -4,-17,-25,-14, 10; /M: SY='F'; M=-17,-24,-21,-31,-25, 56,-29,-11, -1,-23, 5, -1,-17,-27,-29,-16,-15, -2, -2, 9, 36,-25; /M: SY='E'; M= -5, 1,-25, 5, 15,-25,-19, -7,-15, 4,-11, -7, -5,-12, 12, -2, -5, -8,-12,-26,-13, 13; /M: SY='A'; M= 6, -3,-14,-12,-14, -1,-11,-13, -3,-12,-11, -8, 5,-20,-15,-13, 5, 1, 3,-27,-11,-14; /M: SY='V'; M= 10,-25,-12,-29,-25, -5,-24,-28, 23,-19, 7, 7,-24,-24,-24,-21, -7, -1, 36,-27,-11,-25; /M: SY='H'; M= -7, 6,-25, -2, -5,-18,-14, 45,-15,-10,-17, -4, 17,-19, 1, -6, -3,-11,-19,-30, 2, -5; /M: SY='K'; M=-12, -1,-30, 0, 16,-29,-20, -4,-29, 35,-25,-10, 0,-11, 17, 33, -7,-10,-23,-21,-11, 15; /M: SY='I'; M= -9,-30,-21,-35,-27, 14,-33,-25, 29,-28, 26, 15,-25,-27,-25,-23,-21, -8, 24,-18, 2,-27; /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20, 0,-30, 10, 0,-20,-30,-40,-20,-20,-10, 0, 10, 30,-30; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='V'; M= 11,-17,-14,-22,-16, -9,-19,-20, 3,-10, 3, 0,-16,-20,-15, -6, -3, 4, 14,-24,-12,-16; /M: SY='S'; M= 6, -7,-19, -6, 3,-20,-11,-13,-15, -5,-20,-14, -4, 2, -3, -5, 13, 4, -8,-32,-19, -1; /M: SY='N'; M= -6, 20,-20, 8, -4,-20, 5, 9,-22, -6,-26,-17, 35,-18, -3, -5, 11, 4,-24,-35,-16, -4; /M: SY='I'; M= -6,-30,-19,-33,-27, 3,-33,-27, 34,-26, 24, 16,-27,-27,-24,-23,-19, -6, 33,-24, -4,-27; /M: SY='T'; M= 0,-13, -1,-21,-15,-12,-23,-17, 3,-14, -2, 6,-12,-18, -6,-15, -1, 10, 6,-28,-11,-11; /M: SY='K'; M= -6, 1,-20, -5, -2, -9,-16,-11,-19, 12,-20,-11, 6,-14, -4, 5, 5, 9,-13,-24, -7, -2; /M: SY='M'; M=-13,-25,-23,-32,-24, 16,-29,-10, 21,-20, 21, 29,-22,-24,-14,-17,-22,-10, 10, -9, 14,-20; /M: SY='L'; M= -9,-29,-21,-32,-23, 5,-31,-21, 28,-26, 34, 24,-26,-26,-18,-21,-24, -9, 19,-21, -1,-22; /M: SY='K'; M=-10, 13,-26, 13, 13,-28,-13, -1,-27, 16,-27,-15, 14,-12, 13, 14, 4, -4,-24,-30,-15, 13; /M: SY='N'; M= -2, 10,-22, 8, 6,-23,-12, 8,-24, 4,-22,-14, 11,-13, 2, 4, 5, 1,-19,-30,-11, 3; /M: SY='L'; M= 1,-27,-17,-30,-22, 2,-27,-23, 21,-25, 29, 13,-26,-26,-21,-21,-19, -6, 21,-23, -5,-22; /M: SY='P'; M=-10, -2,-29, 5, 13,-24,-17, 1,-23, -2,-19,-15, -4, 16, 2, -1, -2, -7,-23,-30,-16, 5; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='P'; M=-11, 3,-34, 14, 29,-31,-19, -8,-27, 0,-26,-21, -6, 36, 5,-10, -4,-10,-30,-31,-24, 15; /M: SY='E'; M= -5, -1, -8, 0, 16,-20,-16, 1,-19, -5,-16, -7, -1,-11, 4, -7, 7, 2,-15,-33,-14, 10; /M: SY='Q'; M=-11, 7,-30, 11, 24,-37,-19, 5,-25, 14,-23, -7, 2, -9, 41, 9, -1,-10,-29,-24,-12, 32; /M: SY='R'; M=-18, -8,-30, -8, 2,-22,-20, -2,-30, 35,-22,-10, 0,-18, 10, 61,-10,-10,-20,-20,-10, 2; /M: SY='E'; M=-10, -1,-30, 4, 17,-26,-22, -9,-15, -3,-17,-12, -5, 15, 8, -9, -3, -3,-19,-28,-17, 11; /M: SY='M'; M= -5, -2,-25, -3, -2,-10,-20,-12, -3, -5, -5, 2, -6,-14, -6,-11, -9, -9, -4,-22, -7, -5; /M: SY='A'; M= 20,-16,-14,-23,-14, -7,-14,-20, 2,-18, 13, 2,-16,-18,-14,-19, -4, 3, 4,-21,-11,-14; /M: SY='M'; M= 8,-15,-14,-23,-16, 2,-15,-14, 2,-14, 1, 12,-12,-17,-12,-15, 0, 5, 6,-20, -5,-13; /M: SY='B'; M=-12, 18,-25, 18, 12,-27,-14, 0,-26, 10,-24,-16, 16,-12, 11, 10, 2, 0,-24,-30,-15, 11; /M: SY='S'; M= 3, 1, 4, -4, -6,-18, -8,-13,-19,-11,-24,-18, 9,-14, -6,-11, 27, 21,-10,-39,-19, -6; /M: SY='L'; M=-10,-30,-22,-32,-22, 8,-32,-22, 27,-30, 43, 20,-28,-28,-20,-22,-28,-10, 15,-20, 0,-22; /M: SY='I'; M= -1,-19,-23,-26,-18, -2,-26,-16, 13,-15, 8, 5,-15,-20,-12,-10,-10, -1, 8,-15, 5,-18; /M: SY='Y'; M=-19,-25,-32,-27,-23, 27,-27, 3, -1,-14, 0, 4,-24,-29,-14,-13,-24,-14,-10, 46, 54,-20; /M: SY='E'; M= -4, 6,-28, 11, 42,-29,-18, 8,-27, 6,-19,-15, 0, -4, 19, -1, 0,-10,-26,-28,-15, 30; /M: SY='A'; M= 39, -9,-13,-17,-10,-21, 10,-19,-15,-11,-15,-12, -7,-11,-10,-19, 12, -1, -5,-22,-21,-10; /M: SY='E'; M=-11, 3, -6, -1, 7,-17,-19, -2,-18, 1,-14,-10, 6,-19, 4, -3, -6, -8,-19,-26, -7, 5; /M: SY='A'; M= 18,-19,-21,-22,-16,-15, -1,-23, -9,-14,-13,-10,-17, -5,-16,-20, -4, -7, -2, -4,-15,-16; /M: SY='R'; M=-18,-14,-13,-16, -6,-18,-21, -7,-28, 14,-20,-12, -8,-23, 5, 39,-13,-13,-21, -1, -7, -3; /M: SY='T'; M= 3, -7,-18,-12,-10, -5,-20,-17, -3,-12, -5, -4, -7,-15, -8,-14, 2, 9, 1,-22, -7, -9; /M: SY='R'; M=-12, -9,-24, -9, 1,-13,-22, -9,-10, 6, -2, -3, -5,-20, -2, 17,-11, -8, -6,-25,-10, -2; /M: SY='D'; M=-13, 41,-24, 44, 10,-30, -5, 3,-30, -1,-30,-25, 34,-14, 0, -6, 8, -3,-28,-40,-20, 5; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='V'; M= -4,-29,-19,-30,-26, -4,-31,-29, 29,-21, 7, 9,-26,-12,-25,-23,-13, -4, 35,-27,-10,-27; /M: SY='N'; M= -6, 3,-21, -1, -5,-15, -4, 6,-18, -3,-17,-11, 12,-18, -3, -4, 5, -2,-17,-27, -6, -5; /M: SY='G'; M= -1, -4,-29, -6,-17,-29, 61,-16,-37,-17,-30,-20, 8,-20,-17,-17, 1,-17,-30,-23,-29,-17; /M: SY='C'; M= 3,-16, 34,-20,-19,-21, -8,-24,-20,-20,-20,-16,-13,-12,-20,-23, 0, -6, -8,-36,-26,-20; /M: SY='Y'; M=-11,-20,-23,-23,-19, 14,-26, 2, 7,-20, 8, 5,-15,-25,-15,-16,-12, -7, 3,-10, 20,-19; /M: SY='G'; M= -6, -2,-30, 1,-10,-30, 40,-14,-38, -4,-29,-19, 2,-18,-11, -4, -2,-17,-28,-22,-24,-11; /M: SY='M'; M= -5,-17,-19,-24,-12, 4,-23,-12, 10,-13, 8, 22,-16,-18, -9,-14,-11, -2, 8,-19, -2,-11; /M: SY='I'; M=-10,-26,-25,-32,-24, 5,-34,-21, 30,-26, 23, 15,-21,-23,-18,-23,-19, -4, 17,-15, 8,-24; /M: SY='Q'; M=-12,-13,-16,-12, 1,-14,-21, -6,-17, -4,-11, -8,-12,-20, 9, 1,-10,-10,-19, 2, 1, 5; /M: SY='Q'; M= -4, 5,-24, 2, 3,-22,-15, -2,-20, 9,-19,-10, 5,-14, 12, 9, 1, 0,-18,-21, -6, 7; /M: SY='L'; M=-10,-26,-24,-27,-21, 6,-18,-16, 13,-26, 30, 12,-24,-27,-19,-20,-24,-11, 5,-14, 5,-21; /M: SY='M'; M=-10, -6, -8,-12, -5,-16,-21, -7, -9, 1, -2, 5, -4,-21, 5, -1,-11, -9,-11,-26,-10, 0; /M: SY='W'; M=-13, -5,-17, -9, -6, -8,-15, -8,-21, -7,-21,-17, 1,-22, -6, -5, -8,-10,-23, 20, 3, -6; /M: SY='Q'; M=-11, -1,-28, -5, 5,-16,-21, 0, -9, 9,-13, 1, 1,-15, 11, 3, -8, -9,-14,-17, 1, 7; /M: SY='I'; M= -9,-29,-27,-33,-24, -2,-34,-26, 32,-27, 20, 14,-23, -9,-20,-26,-20, -9, 19,-22, -5,-25; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='Y'; M=-12, -6, -6,-10, -6, -8,-18, 4,-14, -4,-12, -2, -4,-20, -4, -6,-11,-10,-15, -3, 6, -5; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='Q'; M=-14, -1,-26, -4, 0, -5,-20, -4,-15, 1, -8, -4, 1,-19, 7, 4, -9, -9,-17,-18, -3, 4; /M: SY='L'; M= 5,-17,-18,-20,-13, -8,-20, -5, 2,-10, 8, 4,-16,-21,-12,-11,-11, -7, 7,-23, -5,-13; /M: SY='E'; M= 5, -2,-25, -1, 18,-22,-16, -3,-20, 8,-16,-10, -5, -9, 14, -1, -1, -7,-18,-17, -5, 16; /M: SY='E'; M= 0, -2,-23, -1, 17,-24,-19, -9,-16, 9,-16, -9, -5,-10, 9, 1, 0, -2,-10,-26,-15, 13; /M: SY='E'; M=-10, 9,-28, 16, 34,-23,-18, 3,-25, 4,-20,-17, 1, -7, 15, -3, 2, -7,-25,-23, -5, 24; /M: SY='L'; M= -7,-26,-19,-28,-21, 5,-30,-22, 21,-26, 33, 15,-25,-26,-20,-20,-19, -1, 16,-23, -3,-21; /M: SY='K'; M= -1, -1,-20, -1, 1,-19,-15,-11,-12, 3,-16,-10, 0,-16, -4, 3, 2, -2, -2,-30,-15, -2; /M: SY='A'; M= 2,-10,-22,-12, 0,-14,-18, -2, -6, -6, -1, -2, -8,-15, -3, -8, -5, -6, -6,-25, -8, -3; /M: SY='T'; M= 5, -9,-15,-15,-13,-10,-17,-16, -2, -8, -2, -3, -5,-19,-11, -3, 0, 9, 5,-26,-12,-13; /M: SY='Q'; M= -8, 1,-26, -2, 1,-26, -5, -4,-20, 11,-22, -8, 7,-16, 12, 11, -3, -8,-17,-25,-14, 6; /M: SY='N'; M= -2, 5,-26, 3, 8,-27, 0, -6,-25, 3,-26,-16, 11, -1, 5, -3, 4, -6,-24,-29,-20, 6; /M: SY='E'; M= -8, -1,-25, 2, 15,-22,-19, -6,-15, 2, -6, -6, -4,-13, 12, -1, -3, -6,-16,-26,-12, 13; /M: SY='L'; M=-10,-30,-23,-33,-23, 7,-33,-23, 30,-30, 40, 20,-27,-27,-20,-23,-27,-10, 17,-20, 0,-23; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 48 in 48 different sequences |
| Number of true positive hits | 48 in 48 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | LOB |
| Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
48 sequences
AS2_ARATH (O04479), IAL1_MAIZE (A1YKY7), LBD10_ARATH (O64836), LBD11_ARATH (Q9SK08), LBD12_ARATH (Q8LBW3), LBD13_ARATH (Q9AT61), LBD14_ARATH (Q9SJW5), LBD15_ARATH (Q8L5T5), LBD16_ARATH (Q9SLB7), LBD17_ARATH (Q9SLB6), LBD18_ARATH (O22131), LBD19_ARATH (O22132), LBD1_ARATH (Q9LQR0), LBD20_ARATH (Q9SRV3), LBD21_ARATH (Q9SRL8), LBD22_ARATH (Q9LRW1), LBD23_ARATH (P59467), LBD24_ARATH (P59468), LBD25_ARATH (Q8L8Q3), LBD26_ARATH (Q9LIJ0), LBD27_ARATH (Q9STS6), LBD28_ARATH (Q9SCS4), LBD29_ARATH (Q9M2J7), LBD2_ARATH (Q9LNB9), LBD30_ARATH (O81323), LBD31_ARATH (O81322), LBD32_ARATH (O49651), LBD33_ARATH (Q9LHS8), LBD34_ARATH (P59469), LBD35_ARATH (Q9FFL3), LBD36_ARATH (Q9FKZ3), LBD37_ARATH (Q9FN11), LBD38_ARATH (Q9SN23), LBD39_ARATH (Q9SZE8), LBD3_ARATH (Q9SA51), LBD40_ARATH (Q9ZW96), LBD41_ARATH (Q9M886), LBD42_ARATH (Q9CA30), LBD4_ARATH (Q9SHE9), LBD5_ARATH (Q9C8V8), LBD6_MAIZE (Q32SG3), LBD6_ORYSI (A2WXT0), LBD6_ORYSJ (Q8LQH4), LBD7_ARATH (Q9SSM9), LBD8_ARATH (Q9ZUP0), LBD9_ARATH (O82198), LBD_ORYSJ (Q5UG13), LOB_ARATH (Q9FML4)» more
|