PROSITE logo

PROSITE entry PS50914


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry

Entry name [info] BON
Accession [info] PS50914
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-AUG-2003 CREATED;
01-OCT-2013 DATA UPDATE;
29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC50914
Associated ProRule [info] PRU00229

Name and characterization of the entry

Description [info] BON domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=69;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=64;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.3639259; R2=0.0226507; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=316; N_SCORE=9.5; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=174; N_SCORE=6.3; MODE=1; TEXT='RR';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='D';  M=-10, 16,-24, 18,  3,-20,-11, -5,-18, -6,-13,-11, 10,-13, -2, -9, -2, -4,-17,-31,-14,  0;
/M: SY='D';  M= -7, 21,-26, 31,  8,-30, -9, -1,-27, -2,-22,-19,  7,-10, -2, -6,  0, -8,-19,-33,-16,  2;
/M: SY='A';  M=  5, -4,-19, -5,  2,-18,-13,-11, -9, -7,-11, -9, -4,-11, -4,-11,  4,  2, -5,-28,-15, -2;
/M:         M= -5, -8,-22, -9, -7,-12,-19, -8, -5, -4, -5, -2, -8,-19, -5,  0, -7, -4, -1,-18, -6, -7;
/M: SY='I';  M= -3,-23,-21,-28,-20, -3,-29,-23, 22,-21, 17, 11,-20,-22,-14,-18,-13, -2, 18,-23, -5,-19;
/M: SY='E';  M=  0, -2,-22, -3, 12,-19,-17,-10,-17,  4,-13, -9, -3,-10,  3,  5,  2,  5,-11,-26,-14,  6;
/M: SY='E';  M=  0,  2,-23,  2,  7,-24, -3, -3,-24, -1,-20,-14,  1,-12,  4, -2,  4,  0,-19,-25,-13,  5;
/M: SY='K';  M= -6,  4,-24,  5,  7,-25,-14, -8,-22,  8,-21,-13,  2, -6,  5,  8,  1,  0,-16,-27,-15,  5;
/M: SY='V';  M= -1,-22,-16,-26,-21, -3,-25,-24, 21,-21,  9,  8,-19,-22,-20,-22,-10, -5, 22,-25, -8,-22;
/M: SY='R';  M= -3, -6,-24, -9,  2,-17,-17, -9,-15,  9,-10, -5, -3,-15,  3, 10, -6, -5,-12,-22,-10,  2;
/M: SY='S';  M=  5,  4,-20,  5,  4,-21, -7, -5,-21, -3,-17,-14,  1,-12, -3, -5,  6,  0,-14,-28,-15,  0;
/M: SY='A';  M=  6, -9,-17,-10,  4,-12,-18,-12, -9, -6,  0, -4,-11,-15, -2,-10, -6, -4, -7,-22, -9,  1;
/M: SY='L';  M=-10,-22,-23,-24,-14,  3,-28,-13, 13,-19, 22, 11,-19,-24,-12,-12,-19, -8,  7,-20,  1,-15;
/M: SY='A';  M=  5, -4,-21, -7, -6,-18,-11,-13,-10, -2, -9, -7, -3,-16, -5, -1, -1, -4, -5,-25,-14, -6;
/M: SY='R';  M= -1,-12,-25,-16,-10,-11,-12,-11, -9, -2,-10, -4, -7,-19, -3,  1, -7, -8, -8, -8, -4, -7;
/M: SY='N';  M= -4,  6,-23,  2,  1,-20,-12, -4,-17,  3,-15,-10, 10,-16,  5,  4,  0, -3,-16,-26,-11,  2;
/M: SY='R';  M= -3, -3,-24, -3,  1,-21,-15,-10,-18,  4,-17,-11, -1,  0,  0,  6,  1,  0,-14,-28,-16, -1;
/M: SY='G';  M= -3, -7,-26, -7, -4,-16,  3,-12,-19, -8,-16,-11, -5,-17, -5, -7, -4,-10,-15,-10,-12, -4;
/M: SY='L';  M= -2,-19,-20,-22,-13, -3,-24,-18,  6,-16, 11,  4,-17,-15,-11,-12,-10, -1,  5,-22, -7,-13;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='D';  M= -5,  6,-24,  9,  5,-24, -6, -7,-20,  0,-19,-14,  3, -5, -3, -6, -1, -6,-16,-27,-16,  0; D=-11;
/I:         I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='A';  M=  4,  3,-21,  2, -3,-17, -5,-12,-18, -9,-16,-13,  1, -4, -7,-13,  4,  1,-14,-22,-15, -5; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='A';  M=  3, -7,-21,-11, -8, -8,-10,-12, -9,-11, -9, -8, -3,-11, -7,-12,  0, -1, -8,-20, -7, -8;
/M: SY='N';  M= -3,  8,-25,  8,  2,-26, -1, -1,-25,  0,-23,-15,  9, -8,  1, -2,  3, -6,-21,-29,-17,  1;
/M: SY='I';  M= -8,-28,-24,-34,-27,  1,-34,-25, 37,-26, 19, 18,-22,-23,-19,-25,-17, -6, 27,-21,  0,-26;
/M: SY='N';  M= -9,  8,-24,  7,  7,-24,-12,  5,-24,  9,-23,-13, 12,-13,  8, 10,  4,  0,-20,-30,-12,  7;
/M: SY='V';  M=  1,-29,-12,-30,-29, -1,-30,-29, 29,-20, 10, 10,-28,-28,-28,-21,-10,  0, 46,-29,-10,-29;
/M: SY='E';  M= -2,  2,-22,  4, 10,-22,-14, -9,-15, -3,-15,-10, -1,-11,  5, -6,  5,  2,-11,-29,-15,  7;
/M: SY='V';  M=  3,-17,-15,-20,-17, -4,-17,-20,  7,-16, -1, -1,-14,-21,-18,-17,  0,  4, 17,-24, -6,-18;
/M: SY='E';  M= -8,  1,-23,  3,  6,-15,-18, -2,-14, -4,-12, -9, -2,-14,  2, -5,  1,  0,-11,-24, -4,  3;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='N';  M= -7, 12,-26, 10,  5,-27,  4, -1,-28,  2,-27,-18, 17, -8,  2,  0,  4, -6,-26,-30,-19,  3;
/M: SY='G';  M= -7,  3,-28,  4, -6,-29, 28, -7,-34, -5,-28,-18,  8,-17, -5,  0,  2,-12,-27,-26,-22, -6;
/M: SY='R';  M= -7, -9,-23,-11, -5,-17,-17, -4, -6, -2,-10, -3, -5,-18, -1,  3, -5, -4, -1,-26, -9, -5;
/M: SY='V';  M=  7,-27,-12,-29,-27, -3,-26,-28, 25,-19,  9,  8,-26,-26,-26,-21, -8, -1, 40,-27,-11,-27;
/M: SY='V';  M= -7,-15,-19,-19,-16, -4,-27,-15,  9,-12,  6,  3,-13,-20,-14,-11, -7,  9, 10,-22,  0,-16;
/M: SY='L';  M= -7,-29,-19,-30,-21,  7,-30,-22, 22,-28, 42, 18,-29,-29,-21,-21,-26, -8, 16,-21, -2,-21;
/M: SY='T';  M= -2, -6,-17,-10, -6, -7,-11, -9,-13,-10,-13, -9, -1,-14, -8,-10, 10, 14, -7,-22, -8, -7;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='T';  M= -6, -6,-22, -8,  0,-12,-21, -9, -8, -3, -9, -6, -6,-15, -1, -2, -2,  4, -6,-18, -4, -1;
/M: SY='V';  M= 19,-21,-12,-26,-21, -9,-19,-25, 15,-16,  2,  3,-21,-21,-19,-20, -3, -1, 27,-25,-13,-21;
/M: SY='E';  M= -1,  2,-25,  3,  4,-24,-11, -8,-21,  0,-21,-14,  2,  3,  3, -1,  2, -3,-18,-27,-18,  2;
/M: SY='N';  M= -6, 16,-20, 13,  1,-21,-10, -6,-20, -3,-23,-18, 18,-11, -2, -4, 13, 11,-17,-31,-16, -1;
/M: SY='E';  M=  1, -3,-25,  0, 14,-24,-15, -7,-16, -3,-13,-10, -7,  0, 10, -8, -1, -6,-16,-25,-15, 11;
/M: SY='E';  M=  2, -1,-21,  0,  8,-20,-12, -5,-14, -3,-11, -8, -3,-13,  5, -5,  1, -5,-11,-26,-13,  6;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='E';  M=  0, -1,-21,  2, 13,-20,-16, -8,-11, -4, -7, -5, -7, -8,  3, -9, -2, -4, -8,-25,-14,  8; D=-13;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='R';  M=  2,-14,-23,-17, -9,-15,-15,-15, -7,  5, -7, -3,-10,-18, -6,  9, -7, -7, -1,-21,-11, -9;
/M: SY='E';  M= -5,  5,-27,  9, 24,-28,-13, -5,-25,  6,-20,-15,  1, -3, 12,  3,  1, -5,-23,-28,-17, 17;
/M: SY='R';  M= -2,-13,-23,-16, -6,-13,-19,-10, -9,  8, -4,  1,-10,-18, -2, 11, -9, -7, -4,-21, -8, -5;
/M: SY='A';  M= 27,-17,-16,-26,-17,-10,-14,-23,  8,-17,  2,  0,-14,-15,-14,-22, -1, -2,  9,-20,-12,-17;
/M: SY='E';  M= -5, -5,-24, -6,  5,-17,-11, -8,-10, -3,-11, -6, -3,-14, -1, -3, -2, -5, -9,-25,-12,  1;
/M: SY='E';  M= -4, -2,-24,  1, 10,-23,-15, -8,-19,  7,-15,-10, -3,-11,  6,  9, -1, -6,-13,-26,-15,  7;
/M: SY='V';  M=  7,-22,-12,-26,-21, -4,-23,-23, 15,-21, 14,  6,-21,-23,-19,-21,-11, -5, 18,-23, -7,-21;
/M: SY='A';  M= 28,-15, -2,-23,-16,-14,-12,-23, -1,-14, -4, -5,-15,-17,-16,-20,  4,  3, 11,-25,-17,-16;
/M: SY='R';  M= -5, -5,-26, -5,  6,-21, -8, -9,-23,  6,-19,-13, -2,-14,  4,  9, -1, -4,-19,-13,-12,  4;
/M: SY='N';  M=  1,  6,-21,  2,  3,-23, -1, -6,-21,  2,-23,-15, 13,-13,  3,  1,  9,  0,-18,-29,-18,  2;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='V';  M= -2,-23,-16,-27,-21,  1,-28,-24, 20,-20, 12,  8,-21,-24,-20,-19, -9,  1, 26,-24, -6,-21;
/M: SY='E';  M= -2, -2,-26,  0,  4,-25, -8,-12,-20,  4,-22,-14, -2,  4, -1, -2,  1, -4,-17,-27,-18,  0;
/M: SY='G';  M=  0, -3,-28, -3,-14,-28, 50,-16,-36,-15,-28,-19,  3,-18,-15,-17,  1,-16,-27,-21,-24,-15;
/M: SY='V';  M=  2,-25,-15,-26,-26, -6,-13,-27, 16,-18,  2,  4,-22,-26,-25,-18, -7, -3, 31,-27,-13,-26;
/M: SY='K';  M=  3, -4,-23, -5,  6,-22,-10,-11,-20, 10,-18,-11, -3,-12,  3,  7,  0, -4,-13,-20,-14,  4;
/M: SY='E';  M=  1,  1,-23,  1, 10,-25, -7, -9,-22,  3,-21,-14,  2, -4,  5, -2,  7,  1,-19,-28,-18,  7;
/M: SY='V';  M= -2,-28,-13,-30,-28,  0,-31,-29, 30,-21, 12, 11,-27,-28,-27,-21,-11,  1, 43,-28, -8,-28;
/M: SY='D';  M= -9,  2,-22,  3, -1,-15,-20, -7, -8, -2,-11, -8, -2,-17, -6, -4, -4, -1, -2,-26, -6, -4;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='N';  M= -9, 25,-15, 19,  0,-23, -5, -1,-22, -2,-24,-18, 31,-19, -4, -3,  5, -3,-21,-37,-19, -2;
/M: SY='E';  M= -8,  2,-25,  0,  5,-18,-10,  5,-20,  2,-16,-10,  5,-16,  4,  4, -4, -9,-18,-23, -7,  4;
/M: SY='I';  M= -5,-27,-21,-32,-24,  6,-30,-21, 26,-25, 26, 19,-24,-25,-19,-22,-20, -8, 19,-18,  1,-23;
/M: SY='T';  M= -6, -3,-16, -6, -2,-16,-19,-11,-15,  3,-14, -9, -1,-15,  1,  5,  5, 11, -8,-27,-11, -2;
/M: SY='V';  M=  0,-23,-15,-26,-21, -4,-20,-23, 16,-20,  9,  6,-21,-24,-19,-20,-11, -4, 22,-23, -6,-21;
/M: SY='A';  M=  8, -7,-18,-11, -4,-16,-10,-12, -9, -7, -8, -6, -4,-11, -4, -6,  2,  0, -6,-26,-15, -4;
/M: SY='S';  M=  3,  1,-24,  3,  5,-27, -2,-10,-24, -2,-24,-16,  1,  4,  2, -7,  7, -1,-20,-28,-20,  2;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_03 which contains 571'609 sequence entries.


Total number of hits 23 in 13 different sequences
Number of true positive hits 23 in 13 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 4
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 85.19 %

Comments [info]

Taxonomic range [info] Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 2
Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] BON
Version [info] 4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
13 sequences

DOLP_ECO57  (P64598), DOLP_ECOL6  (P64597), DOLP_ECOLI  (P64596), 
DOLP_HAEIN  (P45301), DOLP_SALTY  (Q7CPQ6), HLY2_ACTPL  (P46028), 
KBP_ECOL6   (P0ADE7), KBP_ECOLI   (P0ADE6), OSMY_ECOL6  (P0AFH9), 
OSMY_ECOLI  (P0AFH8), Y4XJ_SINFN  (P55702), Y888_DEIRA  (Q9RVY3), 
YGS2_ANACE  (P35664)
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
4 sequences

ARFA_MYCBO  (P65594), ARFA_MYCBP  (A1KH31), ARFA_MYCTO  (P9WIU4), 
ARFA_MYCTU  (P9WIU5)
» more

PDB
[Detailed view]
6 PDB

2KGS; 2KSM; 2L26; 7A2D; 7PVC; 7VCM