PROSITE entry PS50914

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	BON
Accession [info]	PS50914
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-AUG-2003 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50914
Associated ProRule [info]	PRU00229

Name and characterization of the entry

Description [info]

BON domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=69;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=64;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.3639259; R2=0.0226507; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=316; N_SCORE=9.5; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=174; N_SCORE=6.3; MODE=1; TEXT='RR';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='D';  M=-10, 16,-24, 18,  3,-20,-11, -5,-18, -6,-13,-11, 10,-13, -2, -9, -2, -4,-17,-31,-14,  0;
/M: SY='D';  M= -7, 21,-26, 31,  8,-30, -9, -1,-27, -2,-22,-19,  7,-10, -2, -6,  0, -8,-19,-33,-16,  2;
/M: SY='A';  M=  5, -4,-19, -5,  2,-18,-13,-11, -9, -7,-11, -9, -4,-11, -4,-11,  4,  2, -5,-28,-15, -2;
/M:         M= -5, -8,-22, -9, -7,-12,-19, -8, -5, -4, -5, -2, -8,-19, -5,  0, -7, -4, -1,-18, -6, -7;
/M: SY='I';  M= -3,-23,-21,-28,-20, -3,-29,-23, 22,-21, 17, 11,-20,-22,-14,-18,-13, -2, 18,-23, -5,-19;
/M: SY='E';  M=  0, -2,-22, -3, 12,-19,-17,-10,-17,  4,-13, -9, -3,-10,  3,  5,  2,  5,-11,-26,-14,  6;
/M: SY='E';  M=  0,  2,-23,  2,  7,-24, -3, -3,-24, -1,-20,-14,  1,-12,  4, -2,  4,  0,-19,-25,-13,  5;
/M: SY='K';  M= -6,  4,-24,  5,  7,-25,-14, -8,-22,  8,-21,-13,  2, -6,  5,  8,  1,  0,-16,-27,-15,  5;
/M: SY='V';  M= -1,-22,-16,-26,-21, -3,-25,-24, 21,-21,  9,  8,-19,-22,-20,-22,-10, -5, 22,-25, -8,-22;
/M: SY='R';  M= -3, -6,-24, -9,  2,-17,-17, -9,-15,  9,-10, -5, -3,-15,  3, 10, -6, -5,-12,-22,-10,  2;
/M: SY='S';  M=  5,  4,-20,  5,  4,-21, -7, -5,-21, -3,-17,-14,  1,-12, -3, -5,  6,  0,-14,-28,-15,  0;
/M: SY='A';  M=  6, -9,-17,-10,  4,-12,-18,-12, -9, -6,  0, -4,-11,-15, -2,-10, -6, -4, -7,-22, -9,  1;
/M: SY='L';  M=-10,-22,-23,-24,-14,  3,-28,-13, 13,-19, 22, 11,-19,-24,-12,-12,-19, -8,  7,-20,  1,-15;
/M: SY='A';  M=  5, -4,-21, -7, -6,-18,-11,-13,-10, -2, -9, -7, -3,-16, -5, -1, -1, -4, -5,-25,-14, -6;
/M: SY='R';  M= -1,-12,-25,-16,-10,-11,-12,-11, -9, -2,-10, -4, -7,-19, -3,  1, -7, -8, -8, -8, -4, -7;
/M: SY='N';  M= -4,  6,-23,  2,  1,-20,-12, -4,-17,  3,-15,-10, 10,-16,  5,  4,  0, -3,-16,-26,-11,  2;
/M: SY='R';  M= -3, -3,-24, -3,  1,-21,-15,-10,-18,  4,-17,-11, -1,  0,  0,  6,  1,  0,-14,-28,-16, -1;
/M: SY='G';  M= -3, -7,-26, -7, -4,-16,  3,-12,-19, -8,-16,-11, -5,-17, -5, -7, -4,-10,-15,-10,-12, -4;
/M: SY='L';  M= -2,-19,-20,-22,-13, -3,-24,-18,  6,-16, 11,  4,-17,-15,-11,-12,-10, -1,  5,-22, -7,-13;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='D';  M= -5,  6,-24,  9,  5,-24, -6, -7,-20,  0,-19,-14,  3, -5, -3, -6, -1, -6,-16,-27,-16,  0; D=-11;
/I:         I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='A';  M=  4,  3,-21,  2, -3,-17, -5,-12,-18, -9,-16,-13,  1, -4, -7,-13,  4,  1,-14,-22,-15, -5; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='A';  M=  3, -7,-21,-11, -8, -8,-10,-12, -9,-11, -9, -8, -3,-11, -7,-12,  0, -1, -8,-20, -7, -8;
/M: SY='N';  M= -3,  8,-25,  8,  2,-26, -1, -1,-25,  0,-23,-15,  9, -8,  1, -2,  3, -6,-21,-29,-17,  1;
/M: SY='I';  M= -8,-28,-24,-34,-27,  1,-34,-25, 37,-26, 19, 18,-22,-23,-19,-25,-17, -6, 27,-21,  0,-26;
/M: SY='N';  M= -9,  8,-24,  7,  7,-24,-12,  5,-24,  9,-23,-13, 12,-13,  8, 10,  4,  0,-20,-30,-12,  7;
/M: SY='V';  M=  1,-29,-12,-30,-29, -1,-30,-29, 29,-20, 10, 10,-28,-28,-28,-21,-10,  0, 46,-29,-10,-29;
/M: SY='E';  M= -2,  2,-22,  4, 10,-22,-14, -9,-15, -3,-15,-10, -1,-11,  5, -6,  5,  2,-11,-29,-15,  7;
/M: SY='V';  M=  3,-17,-15,-20,-17, -4,-17,-20,  7,-16, -1, -1,-14,-21,-18,-17,  0,  4, 17,-24, -6,-18;
/M: SY='E';  M= -8,  1,-23,  3,  6,-15,-18, -2,-14, -4,-12, -9, -2,-14,  2, -5,  1,  0,-11,-24, -4,  3;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='N';  M= -7, 12,-26, 10,  5,-27,  4, -1,-28,  2,-27,-18, 17, -8,  2,  0,  4, -6,-26,-30,-19,  3;
/M: SY='G';  M= -7,  3,-28,  4, -6,-29, 28, -7,-34, -5,-28,-18,  8,-17, -5,  0,  2,-12,-27,-26,-22, -6;
/M: SY='R';  M= -7, -9,-23,-11, -5,-17,-17, -4, -6, -2,-10, -3, -5,-18, -1,  3, -5, -4, -1,-26, -9, -5;
/M: SY='V';  M=  7,-27,-12,-29,-27, -3,-26,-28, 25,-19,  9,  8,-26,-26,-26,-21, -8, -1, 40,-27,-11,-27;
/M: SY='V';  M= -7,-15,-19,-19,-16, -4,-27,-15,  9,-12,  6,  3,-13,-20,-14,-11, -7,  9, 10,-22,  0,-16;
/M: SY='L';  M= -7,-29,-19,-30,-21,  7,-30,-22, 22,-28, 42, 18,-29,-29,-21,-21,-26, -8, 16,-21, -2,-21;
/M: SY='T';  M= -2, -6,-17,-10, -6, -7,-11, -9,-13,-10,-13, -9, -1,-14, -8,-10, 10, 14, -7,-22, -8, -7;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='T';  M= -6, -6,-22, -8,  0,-12,-21, -9, -8, -3, -9, -6, -6,-15, -1, -2, -2,  4, -6,-18, -4, -1;
/M: SY='V';  M= 19,-21,-12,-26,-21, -9,-19,-25, 15,-16,  2,  3,-21,-21,-19,-20, -3, -1, 27,-25,-13,-21;
/M: SY='E';  M= -1,  2,-25,  3,  4,-24,-11, -8,-21,  0,-21,-14,  2,  3,  3, -1,  2, -3,-18,-27,-18,  2;
/M: SY='N';  M= -6, 16,-20, 13,  1,-21,-10, -6,-20, -3,-23,-18, 18,-11, -2, -4, 13, 11,-17,-31,-16, -1;
/M: SY='E';  M=  1, -3,-25,  0, 14,-24,-15, -7,-16, -3,-13,-10, -7,  0, 10, -8, -1, -6,-16,-25,-15, 11;
/M: SY='E';  M=  2, -1,-21,  0,  8,-20,-12, -5,-14, -3,-11, -8, -3,-13,  5, -5,  1, -5,-11,-26,-13,  6;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='E';  M=  0, -1,-21,  2, 13,-20,-16, -8,-11, -4, -7, -5, -7, -8,  3, -9, -2, -4, -8,-25,-14,  8; D=-13;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='R';  M=  2,-14,-23,-17, -9,-15,-15,-15, -7,  5, -7, -3,-10,-18, -6,  9, -7, -7, -1,-21,-11, -9;
/M: SY='E';  M= -5,  5,-27,  9, 24,-28,-13, -5,-25,  6,-20,-15,  1, -3, 12,  3,  1, -5,-23,-28,-17, 17;
/M: SY='R';  M= -2,-13,-23,-16, -6,-13,-19,-10, -9,  8, -4,  1,-10,-18, -2, 11, -9, -7, -4,-21, -8, -5;
/M: SY='A';  M= 27,-17,-16,-26,-17,-10,-14,-23,  8,-17,  2,  0,-14,-15,-14,-22, -1, -2,  9,-20,-12,-17;
/M: SY='E';  M= -5, -5,-24, -6,  5,-17,-11, -8,-10, -3,-11, -6, -3,-14, -1, -3, -2, -5, -9,-25,-12,  1;
/M: SY='E';  M= -4, -2,-24,  1, 10,-23,-15, -8,-19,  7,-15,-10, -3,-11,  6,  9, -1, -6,-13,-26,-15,  7;
/M: SY='V';  M=  7,-22,-12,-26,-21, -4,-23,-23, 15,-21, 14,  6,-21,-23,-19,-21,-11, -5, 18,-23, -7,-21;
/M: SY='A';  M= 28,-15, -2,-23,-16,-14,-12,-23, -1,-14, -4, -5,-15,-17,-16,-20,  4,  3, 11,-25,-17,-16;
/M: SY='R';  M= -5, -5,-26, -5,  6,-21, -8, -9,-23,  6,-19,-13, -2,-14,  4,  9, -1, -4,-19,-13,-12,  4;
/M: SY='N';  M=  1,  6,-21,  2,  3,-23, -1, -6,-21,  2,-23,-15, 13,-13,  3,  1,  9,  0,-18,-29,-18,  2;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='V';  M= -2,-23,-16,-27,-21,  1,-28,-24, 20,-20, 12,  8,-21,-24,-20,-19, -9,  1, 26,-24, -6,-21;
/M: SY='E';  M= -2, -2,-26,  0,  4,-25, -8,-12,-20,  4,-22,-14, -2,  4, -1, -2,  1, -4,-17,-27,-18,  0;
/M: SY='G';  M=  0, -3,-28, -3,-14,-28, 50,-16,-36,-15,-28,-19,  3,-18,-15,-17,  1,-16,-27,-21,-24,-15;
/M: SY='V';  M=  2,-25,-15,-26,-26, -6,-13,-27, 16,-18,  2,  4,-22,-26,-25,-18, -7, -3, 31,-27,-13,-26;
/M: SY='K';  M=  3, -4,-23, -5,  6,-22,-10,-11,-20, 10,-18,-11, -3,-12,  3,  7,  0, -4,-13,-20,-14,  4;
/M: SY='E';  M=  1,  1,-23,  1, 10,-25, -7, -9,-22,  3,-21,-14,  2, -4,  5, -2,  7,  1,-19,-28,-18,  7;
/M: SY='V';  M= -2,-28,-13,-30,-28,  0,-31,-29, 30,-21, 12, 11,-27,-28,-27,-21,-11,  1, 43,-28, -8,-28;
/M: SY='D';  M= -9,  2,-22,  3, -1,-15,-20, -7, -8, -2,-11, -8, -2,-17, -6, -4, -4, -1, -2,-26, -6, -4;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='N';  M= -9, 25,-15, 19,  0,-23, -5, -1,-22, -2,-24,-18, 31,-19, -4, -3,  5, -3,-21,-37,-19, -2;
/M: SY='E';  M= -8,  2,-25,  0,  5,-18,-10,  5,-20,  2,-16,-10,  5,-16,  4,  4, -4, -9,-18,-23, -7,  4;
/M: SY='I';  M= -5,-27,-21,-32,-24,  6,-30,-21, 26,-25, 26, 19,-24,-25,-19,-22,-20, -8, 19,-18,  1,-23;
/M: SY='T';  M= -6, -3,-16, -6, -2,-16,-19,-11,-15,  3,-14, -9, -1,-15,  1,  5,  5, 11, -8,-27,-11, -2;
/M: SY='V';  M=  0,-23,-15,-26,-21, -4,-20,-23, 16,-20,  9,  6,-21,-24,-19,-20,-11, -4, 22,-23, -6,-21;
/M: SY='A';  M=  8, -7,-18,-11, -4,-16,-10,-12, -9, -7, -8, -6, -4,-11, -4, -6,  2,  0, -6,-26,-15, -4;
/M: SY='S';  M=  3,  1,-24,  3,  5,-27, -2,-10,-24, -2,-24,-16,  1,  4,  2, -7,  7, -1,-20,-28,-20,  2;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_06 which contains 572'619 sequence entries.

Total number of hits	23 in 13 different sequences
Number of true positive hits	23 in 13 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	4
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	85.19 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	2
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	BON
Version [info]	4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

13 sequences

DOLP_ECO57  (P64598), DOLP_ECOL6  (P64597), DOLP_ECOLI  (P64596),

DOLP_HAEIN  (P45301), DOLP_SALTY  (Q7CPQ6), HLY2_ACTPL  (P46028), 
KBP_ECOL6   (P0ADE7), KBP_ECOLI   (P0ADE6), OSMY_ECOL6  (P0AFH9), 
OSMY_ECOLI  (P0AFH8), Y4XJ_SINFN  (P55702), Y888_DEIRA  (Q9RVY3), 
YGS2_ANACE  (P35664)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences

4 sequences

ARFA_MYCBO  (P65594), ARFA_MYCBP  (A1KH31), ARFA_MYCTO  (P9WIU4),

ARFA_MYCTU  (P9WIU5)

» more

PDB
[Detailed view]

7 PDB

2KGS; 2KSM; 2L26; 7A2D; 7PVC; 7VCM; 8RJX