PROSITE entry PS50914
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | BON |
| Accession [info] | PS50914 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-AUG-2003 CREATED;
01-OCT-2013 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC50914 |
| Associated ProRule [info] | PRU00229 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | BON domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=69; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=64; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.3639259; R2=0.0226507; TEXT='NScore'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=316; N_SCORE=9.5; MODE=1; TEXT='R'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=174; N_SCORE=6.3; MODE=1; TEXT='RR'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='D'; M=-10, 16,-24, 18, 3,-20,-11, -5,-18, -6,-13,-11, 10,-13, -2, -9, -2, -4,-17,-31,-14, 0; /M: SY='D'; M= -7, 21,-26, 31, 8,-30, -9, -1,-27, -2,-22,-19, 7,-10, -2, -6, 0, -8,-19,-33,-16, 2; /M: SY='A'; M= 5, -4,-19, -5, 2,-18,-13,-11, -9, -7,-11, -9, -4,-11, -4,-11, 4, 2, -5,-28,-15, -2; /M: M= -5, -8,-22, -9, -7,-12,-19, -8, -5, -4, -5, -2, -8,-19, -5, 0, -7, -4, -1,-18, -6, -7; /M: SY='I'; M= -3,-23,-21,-28,-20, -3,-29,-23, 22,-21, 17, 11,-20,-22,-14,-18,-13, -2, 18,-23, -5,-19; /M: SY='E'; M= 0, -2,-22, -3, 12,-19,-17,-10,-17, 4,-13, -9, -3,-10, 3, 5, 2, 5,-11,-26,-14, 6; /M: SY='E'; M= 0, 2,-23, 2, 7,-24, -3, -3,-24, -1,-20,-14, 1,-12, 4, -2, 4, 0,-19,-25,-13, 5; /M: SY='K'; M= -6, 4,-24, 5, 7,-25,-14, -8,-22, 8,-21,-13, 2, -6, 5, 8, 1, 0,-16,-27,-15, 5; /M: SY='V'; M= -1,-22,-16,-26,-21, -3,-25,-24, 21,-21, 9, 8,-19,-22,-20,-22,-10, -5, 22,-25, -8,-22; /M: SY='R'; M= -3, -6,-24, -9, 2,-17,-17, -9,-15, 9,-10, -5, -3,-15, 3, 10, -6, -5,-12,-22,-10, 2; /M: SY='S'; M= 5, 4,-20, 5, 4,-21, -7, -5,-21, -3,-17,-14, 1,-12, -3, -5, 6, 0,-14,-28,-15, 0; /M: SY='A'; M= 6, -9,-17,-10, 4,-12,-18,-12, -9, -6, 0, -4,-11,-15, -2,-10, -6, -4, -7,-22, -9, 1; /M: SY='L'; M=-10,-22,-23,-24,-14, 3,-28,-13, 13,-19, 22, 11,-19,-24,-12,-12,-19, -8, 7,-20, 1,-15; /M: SY='A'; M= 5, -4,-21, -7, -6,-18,-11,-13,-10, -2, -9, -7, -3,-16, -5, -1, -1, -4, -5,-25,-14, -6; /M: SY='R'; M= -1,-12,-25,-16,-10,-11,-12,-11, -9, -2,-10, -4, -7,-19, -3, 1, -7, -8, -8, -8, -4, -7; /M: SY='N'; M= -4, 6,-23, 2, 1,-20,-12, -4,-17, 3,-15,-10, 10,-16, 5, 4, 0, -3,-16,-26,-11, 2; /M: SY='R'; M= -3, -3,-24, -3, 1,-21,-15,-10,-18, 4,-17,-11, -1, 0, 0, 6, 1, 0,-14,-28,-16, -1; /M: SY='G'; M= -3, -7,-26, -7, -4,-16, 3,-12,-19, -8,-16,-11, -5,-17, -5, -7, -4,-10,-15,-10,-12, -4; /M: SY='L'; M= -2,-19,-20,-22,-13, -3,-24,-18, 6,-16, 11, 4,-17,-15,-11,-12,-10, -1, 5,-22, -7,-13; /I: I=-11; MD=-23; /M: SY='D'; M= -5, 6,-24, 9, 5,-24, -6, -7,-20, 0,-19,-14, 3, -5, -3, -6, -1, -6,-16,-27,-16, 0; D=-11; /I: I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23; /M: SY='A'; M= 4, 3,-21, 2, -3,-17, -5,-12,-18, -9,-16,-13, 1, -4, -7,-13, 4, 1,-14,-22,-15, -5; D=-11; /I: I=-11; DM=-23; /M: SY='A'; M= 3, -7,-21,-11, -8, -8,-10,-12, -9,-11, -9, -8, -3,-11, -7,-12, 0, -1, -8,-20, -7, -8; /M: SY='N'; M= -3, 8,-25, 8, 2,-26, -1, -1,-25, 0,-23,-15, 9, -8, 1, -2, 3, -6,-21,-29,-17, 1; /M: SY='I'; M= -8,-28,-24,-34,-27, 1,-34,-25, 37,-26, 19, 18,-22,-23,-19,-25,-17, -6, 27,-21, 0,-26; /M: SY='N'; M= -9, 8,-24, 7, 7,-24,-12, 5,-24, 9,-23,-13, 12,-13, 8, 10, 4, 0,-20,-30,-12, 7; /M: SY='V'; M= 1,-29,-12,-30,-29, -1,-30,-29, 29,-20, 10, 10,-28,-28,-28,-21,-10, 0, 46,-29,-10,-29; /M: SY='E'; M= -2, 2,-22, 4, 10,-22,-14, -9,-15, -3,-15,-10, -1,-11, 5, -6, 5, 2,-11,-29,-15, 7; /M: SY='V'; M= 3,-17,-15,-20,-17, -4,-17,-20, 7,-16, -1, -1,-14,-21,-18,-17, 0, 4, 17,-24, -6,-18; /M: SY='E'; M= -8, 1,-23, 3, 6,-15,-18, -2,-14, -4,-12, -9, -2,-14, 2, -5, 1, 0,-11,-24, -4, 3; /I: I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; /M: SY='N'; M= -7, 12,-26, 10, 5,-27, 4, -1,-28, 2,-27,-18, 17, -8, 2, 0, 4, -6,-26,-30,-19, 3; /M: SY='G'; M= -7, 3,-28, 4, -6,-29, 28, -7,-34, -5,-28,-18, 8,-17, -5, 0, 2,-12,-27,-26,-22, -6; /M: SY='R'; M= -7, -9,-23,-11, -5,-17,-17, -4, -6, -2,-10, -3, -5,-18, -1, 3, -5, -4, -1,-26, -9, -5; /M: SY='V'; M= 7,-27,-12,-29,-27, -3,-26,-28, 25,-19, 9, 8,-26,-26,-26,-21, -8, -1, 40,-27,-11,-27; /M: SY='V'; M= -7,-15,-19,-19,-16, -4,-27,-15, 9,-12, 6, 3,-13,-20,-14,-11, -7, 9, 10,-22, 0,-16; /M: SY='L'; M= -7,-29,-19,-30,-21, 7,-30,-22, 22,-28, 42, 18,-29,-29,-21,-21,-26, -8, 16,-21, -2,-21; /M: SY='T'; M= -2, -6,-17,-10, -6, -7,-11, -9,-13,-10,-13, -9, -1,-14, -8,-10, 10, 14, -7,-22, -8, -7; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='T'; M= -6, -6,-22, -8, 0,-12,-21, -9, -8, -3, -9, -6, -6,-15, -1, -2, -2, 4, -6,-18, -4, -1; /M: SY='V'; M= 19,-21,-12,-26,-21, -9,-19,-25, 15,-16, 2, 3,-21,-21,-19,-20, -3, -1, 27,-25,-13,-21; /M: SY='E'; M= -1, 2,-25, 3, 4,-24,-11, -8,-21, 0,-21,-14, 2, 3, 3, -1, 2, -3,-18,-27,-18, 2; /M: SY='N'; M= -6, 16,-20, 13, 1,-21,-10, -6,-20, -3,-23,-18, 18,-11, -2, -4, 13, 11,-17,-31,-16, -1; /M: SY='E'; M= 1, -3,-25, 0, 14,-24,-15, -7,-16, -3,-13,-10, -7, 0, 10, -8, -1, -6,-16,-25,-15, 11; /M: SY='E'; M= 2, -1,-21, 0, 8,-20,-12, -5,-14, -3,-11, -8, -3,-13, 5, -5, 1, -5,-11,-26,-13, 6; /I: I=-13; MD=-27; /M: SY='E'; M= 0, -1,-21, 2, 13,-20,-16, -8,-11, -4, -7, -5, -7, -8, 3, -9, -2, -4, -8,-25,-14, 8; D=-13; /I: I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27; /M: SY='R'; M= 2,-14,-23,-17, -9,-15,-15,-15, -7, 5, -7, -3,-10,-18, -6, 9, -7, -7, -1,-21,-11, -9; /M: SY='E'; M= -5, 5,-27, 9, 24,-28,-13, -5,-25, 6,-20,-15, 1, -3, 12, 3, 1, -5,-23,-28,-17, 17; /M: SY='R'; M= -2,-13,-23,-16, -6,-13,-19,-10, -9, 8, -4, 1,-10,-18, -2, 11, -9, -7, -4,-21, -8, -5; /M: SY='A'; M= 27,-17,-16,-26,-17,-10,-14,-23, 8,-17, 2, 0,-14,-15,-14,-22, -1, -2, 9,-20,-12,-17; /M: SY='E'; M= -5, -5,-24, -6, 5,-17,-11, -8,-10, -3,-11, -6, -3,-14, -1, -3, -2, -5, -9,-25,-12, 1; /M: SY='E'; M= -4, -2,-24, 1, 10,-23,-15, -8,-19, 7,-15,-10, -3,-11, 6, 9, -1, -6,-13,-26,-15, 7; /M: SY='V'; M= 7,-22,-12,-26,-21, -4,-23,-23, 15,-21, 14, 6,-21,-23,-19,-21,-11, -5, 18,-23, -7,-21; /M: SY='A'; M= 28,-15, -2,-23,-16,-14,-12,-23, -1,-14, -4, -5,-15,-17,-16,-20, 4, 3, 11,-25,-17,-16; /M: SY='R'; M= -5, -5,-26, -5, 6,-21, -8, -9,-23, 6,-19,-13, -2,-14, 4, 9, -1, -4,-19,-13,-12, 4; /M: SY='N'; M= 1, 6,-21, 2, 3,-23, -1, -6,-21, 2,-23,-15, 13,-13, 3, 1, 9, 0,-18,-29,-18, 2; /I: I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27; /M: SY='V'; M= -2,-23,-16,-27,-21, 1,-28,-24, 20,-20, 12, 8,-21,-24,-20,-19, -9, 1, 26,-24, -6,-21; /M: SY='E'; M= -2, -2,-26, 0, 4,-25, -8,-12,-20, 4,-22,-14, -2, 4, -1, -2, 1, -4,-17,-27,-18, 0; /M: SY='G'; M= 0, -3,-28, -3,-14,-28, 50,-16,-36,-15,-28,-19, 3,-18,-15,-17, 1,-16,-27,-21,-24,-15; /M: SY='V'; M= 2,-25,-15,-26,-26, -6,-13,-27, 16,-18, 2, 4,-22,-26,-25,-18, -7, -3, 31,-27,-13,-26; /M: SY='K'; M= 3, -4,-23, -5, 6,-22,-10,-11,-20, 10,-18,-11, -3,-12, 3, 7, 0, -4,-13,-20,-14, 4; /M: SY='E'; M= 1, 1,-23, 1, 10,-25, -7, -9,-22, 3,-21,-14, 2, -4, 5, -2, 7, 1,-19,-28,-18, 7; /M: SY='V'; M= -2,-28,-13,-30,-28, 0,-31,-29, 30,-21, 12, 11,-27,-28,-27,-21,-11, 1, 43,-28, -8,-28; /M: SY='D'; M= -9, 2,-22, 3, -1,-15,-20, -7, -8, -2,-11, -8, -2,-17, -6, -4, -4, -1, -2,-26, -6, -4; /I: I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22; /M: SY='N'; M= -9, 25,-15, 19, 0,-23, -5, -1,-22, -2,-24,-18, 31,-19, -4, -3, 5, -3,-21,-37,-19, -2; /M: SY='E'; M= -8, 2,-25, 0, 5,-18,-10, 5,-20, 2,-16,-10, 5,-16, 4, 4, -4, -9,-18,-23, -7, 4; /M: SY='I'; M= -5,-27,-21,-32,-24, 6,-30,-21, 26,-25, 26, 19,-24,-25,-19,-22,-20, -8, 19,-18, 1,-23; /M: SY='T'; M= -6, -3,-16, -6, -2,-16,-19,-11,-15, 3,-14, -9, -1,-15, 1, 5, 5, 11, -8,-27,-11, -2; /M: SY='V'; M= 0,-23,-15,-26,-21, -4,-20,-23, 16,-20, 9, 6,-21,-24,-19,-20,-11, -4, 22,-23, -6,-21; /M: SY='A'; M= 8, -7,-18,-11, -4,-16,-10,-12, -9, -7, -8, -6, -4,-11, -4, -6, 2, 0, -6,-26,-15, -4; /M: SY='S'; M= 3, 1,-24, 3, 5,-27, -2,-10,-24, -2,-24,-16, 1, 4, 2, -7, 7, -1,-20,-28,-20, 2; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 23 in 13 different sequences |
| Number of true positive hits | 23 in 13 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 4 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 85.19 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Taxonomic range [info] | Prokaryotes (Bacteria) |
| Maximum number of repetitions [info] | 2 |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | BON |
| Version [info] | 4 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
13 sequences
DOLP_ECO57 (P64598), DOLP_ECOL6 (P64597), DOLP_ECOLI (P64596), DOLP_HAEIN (P45301), DOLP_SALTY (Q7CPQ6), HLY2_ACTPL (P46028), KBP_ECOL6 (P0ADE7), KBP_ECOLI (P0ADE6), OSMY_ECOL6 (P0AFH9), OSMY_ECOLI (P0AFH8), Y4XJ_SINFN (P55702), Y888_DEIRA (Q9RVY3), YGS2_ANACE (P35664)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
4 sequences
ARFA_MYCBO (P65594), ARFA_MYCBP (A1KH31), ARFA_MYCTO (P9WIU4), ARFA_MYCTU (P9WIU5)» more |
| PDB [Detailed view] |
6 PDB
2KGS; 2KSM; 2L26; 7A2D; 7PVC; 7VCM |