Home  |  Contact
Entry: PS50914

General information about the entry

Entry name [info] BON
Accession [info] PS50914
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-AUG-2003 CREATED;
01-OCT-2013 DATA UPDATE;
12-AUG-2020 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC50914
Associated ProRule [info] PRU00229

Name and characterization of the entry

Description [info] BON domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=69;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=64;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.3639259; R2=0.0226507; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=316; N_SCORE=9.5; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=174; N_SCORE=6.3; MODE=1; TEXT='RR';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='D';  M=-10, 16,-24, 18,  3,-20,-11, -5,-18, -6,-13,-11, 10,-13, -2, -9, -2, -4,-17,-31,-14,  0;
/M: SY='D';  M= -7, 21,-26, 31,  8,-30, -9, -1,-27, -2,-22,-19,  7,-10, -2, -6,  0, -8,-19,-33,-16,  2;
/M: SY='A';  M=  5, -4,-19, -5,  2,-18,-13,-11, -9, -7,-11, -9, -4,-11, -4,-11,  4,  2, -5,-28,-15, -2;
/M:         M= -5, -8,-22, -9, -7,-12,-19, -8, -5, -4, -5, -2, -8,-19, -5,  0, -7, -4, -1,-18, -6, -7;
/M: SY='I';  M= -3,-23,-21,-28,-20, -3,-29,-23, 22,-21, 17, 11,-20,-22,-14,-18,-13, -2, 18,-23, -5,-19;
/M: SY='E';  M=  0, -2,-22, -3, 12,-19,-17,-10,-17,  4,-13, -9, -3,-10,  3,  5,  2,  5,-11,-26,-14,  6;
/M: SY='E';  M=  0,  2,-23,  2,  7,-24, -3, -3,-24, -1,-20,-14,  1,-12,  4, -2,  4,  0,-19,-25,-13,  5;
/M: SY='K';  M= -6,  4,-24,  5,  7,-25,-14, -8,-22,  8,-21,-13,  2, -6,  5,  8,  1,  0,-16,-27,-15,  5;
/M: SY='V';  M= -1,-22,-16,-26,-21, -3,-25,-24, 21,-21,  9,  8,-19,-22,-20,-22,-10, -5, 22,-25, -8,-22;
/M: SY='R';  M= -3, -6,-24, -9,  2,-17,-17, -9,-15,  9,-10, -5, -3,-15,  3, 10, -6, -5,-12,-22,-10,  2;
/M: SY='S';  M=  5,  4,-20,  5,  4,-21, -7, -5,-21, -3,-17,-14,  1,-12, -3, -5,  6,  0,-14,-28,-15,  0;
/M: SY='A';  M=  6, -9,-17,-10,  4,-12,-18,-12, -9, -6,  0, -4,-11,-15, -2,-10, -6, -4, -7,-22, -9,  1;
/M: SY='L';  M=-10,-22,-23,-24,-14,  3,-28,-13, 13,-19, 22, 11,-19,-24,-12,-12,-19, -8,  7,-20,  1,-15;
/M: SY='A';  M=  5, -4,-21, -7, -6,-18,-11,-13,-10, -2, -9, -7, -3,-16, -5, -1, -1, -4, -5,-25,-14, -6;
/M: SY='R';  M= -1,-12,-25,-16,-10,-11,-12,-11, -9, -2,-10, -4, -7,-19, -3,  1, -7, -8, -8, -8, -4, -7;
/M: SY='N';  M= -4,  6,-23,  2,  1,-20,-12, -4,-17,  3,-15,-10, 10,-16,  5,  4,  0, -3,-16,-26,-11,  2;
/M: SY='R';  M= -3, -3,-24, -3,  1,-21,-15,-10,-18,  4,-17,-11, -1,  0,  0,  6,  1,  0,-14,-28,-16, -1;
/M: SY='G';  M= -3, -7,-26, -7, -4,-16,  3,-12,-19, -8,-16,-11, -5,-17, -5, -7, -4,-10,-15,-10,-12, -4;
/M: SY='L';  M= -2,-19,-20,-22,-13, -3,-24,-18,  6,-16, 11,  4,-17,-15,-11,-12,-10, -1,  5,-22, -7,-13;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='D';  M= -5,  6,-24,  9,  5,-24, -6, -7,-20,  0,-19,-14,  3, -5, -3, -6, -1, -6,-16,-27,-16,  0; D=-11;
/I:         I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='A';  M=  4,  3,-21,  2, -3,-17, -5,-12,-18, -9,-16,-13,  1, -4, -7,-13,  4,  1,-14,-22,-15, -5; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='A';  M=  3, -7,-21,-11, -8, -8,-10,-12, -9,-11, -9, -8, -3,-11, -7,-12,  0, -1, -8,-20, -7, -8;
/M: SY='N';  M= -3,  8,-25,  8,  2,-26, -1, -1,-25,  0,-23,-15,  9, -8,  1, -2,  3, -6,-21,-29,-17,  1;
/M: SY='I';  M= -8,-28,-24,-34,-27,  1,-34,-25, 37,-26, 19, 18,-22,-23,-19,-25,-17, -6, 27,-21,  0,-26;
/M: SY='N';  M= -9,  8,-24,  7,  7,-24,-12,  5,-24,  9,-23,-13, 12,-13,  8, 10,  4,  0,-20,-30,-12,  7;
/M: SY='V';  M=  1,-29,-12,-30,-29, -1,-30,-29, 29,-20, 10, 10,-28,-28,-28,-21,-10,  0, 46,-29,-10,-29;
/M: SY='E';  M= -2,  2,-22,  4, 10,-22,-14, -9,-15, -3,-15,-10, -1,-11,  5, -6,  5,  2,-11,-29,-15,  7;
/M: SY='V';  M=  3,-17,-15,-20,-17, -4,-17,-20,  7,-16, -1, -1,-14,-21,-18,-17,  0,  4, 17,-24, -6,-18;
/M: SY='E';  M= -8,  1,-23,  3,  6,-15,-18, -2,-14, -4,-12, -9, -2,-14,  2, -5,  1,  0,-11,-24, -4,  3;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='N';  M= -7, 12,-26, 10,  5,-27,  4, -1,-28,  2,-27,-18, 17, -8,  2,  0,  4, -6,-26,-30,-19,  3;
/M: SY='G';  M= -7,  3,-28,  4, -6,-29, 28, -7,-34, -5,-28,-18,  8,-17, -5,  0,  2,-12,-27,-26,-22, -6;
/M: SY='R';  M= -7, -9,-23,-11, -5,-17,-17, -4, -6, -2,-10, -3, -5,-18, -1,  3, -5, -4, -1,-26, -9, -5;
/M: SY='V';  M=  7,-27,-12,-29,-27, -3,-26,-28, 25,-19,  9,  8,-26,-26,-26,-21, -8, -1, 40,-27,-11,-27;
/M: SY='V';  M= -7,-15,-19,-19,-16, -4,-27,-15,  9,-12,  6,  3,-13,-20,-14,-11, -7,  9, 10,-22,  0,-16;
/M: SY='L';  M= -7,-29,-19,-30,-21,  7,-30,-22, 22,-28, 42, 18,-29,-29,-21,-21,-26, -8, 16,-21, -2,-21;
/M: SY='T';  M= -2, -6,-17,-10, -6, -7,-11, -9,-13,-10,-13, -9, -1,-14, -8,-10, 10, 14, -7,-22, -8, -7;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='T';  M= -6, -6,-22, -8,  0,-12,-21, -9, -8, -3, -9, -6, -6,-15, -1, -2, -2,  4, -6,-18, -4, -1;
/M: SY='V';  M= 19,-21,-12,-26,-21, -9,-19,-25, 15,-16,  2,  3,-21,-21,-19,-20, -3, -1, 27,-25,-13,-21;
/M: SY='E';  M= -1,  2,-25,  3,  4,-24,-11, -8,-21,  0,-21,-14,  2,  3,  3, -1,  2, -3,-18,-27,-18,  2;
/M: SY='N';  M= -6, 16,-20, 13,  1,-21,-10, -6,-20, -3,-23,-18, 18,-11, -2, -4, 13, 11,-17,-31,-16, -1;
/M: SY='E';  M=  1, -3,-25,  0, 14,-24,-15, -7,-16, -3,-13,-10, -7,  0, 10, -8, -1, -6,-16,-25,-15, 11;
/M: SY='E';  M=  2, -1,-21,  0,  8,-20,-12, -5,-14, -3,-11, -8, -3,-13,  5, -5,  1, -5,-11,-26,-13,  6;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='E';  M=  0, -1,-21,  2, 13,-20,-16, -8,-11, -4, -7, -5, -7, -8,  3, -9, -2, -4, -8,-25,-14,  8; D=-13;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='R';  M=  2,-14,-23,-17, -9,-15,-15,-15, -7,  5, -7, -3,-10,-18, -6,  9, -7, -7, -1,-21,-11, -9;
/M: SY='E';  M= -5,  5,-27,  9, 24,-28,-13, -5,-25,  6,-20,-15,  1, -3, 12,  3,  1, -5,-23,-28,-17, 17;
/M: SY='R';  M= -2,-13,-23,-16, -6,-13,-19,-10, -9,  8, -4,  1,-10,-18, -2, 11, -9, -7, -4,-21, -8, -5;
/M: SY='A';  M= 27,-17,-16,-26,-17,-10,-14,-23,  8,-17,  2,  0,-14,-15,-14,-22, -1, -2,  9,-20,-12,-17;
/M: SY='E';  M= -5, -5,-24, -6,  5,-17,-11, -8,-10, -3,-11, -6, -3,-14, -1, -3, -2, -5, -9,-25,-12,  1;
/M: SY='E';  M= -4, -2,-24,  1, 10,-23,-15, -8,-19,  7,-15,-10, -3,-11,  6,  9, -1, -6,-13,-26,-15,  7;
/M: SY='V';  M=  7,-22,-12,-26,-21, -4,-23,-23, 15,-21, 14,  6,-21,-23,-19,-21,-11, -5, 18,-23, -7,-21;
/M: SY='A';  M= 28,-15, -2,-23,-16,-14,-12,-23, -1,-14, -4, -5,-15,-17,-16,-20,  4,  3, 11,-25,-17,-16;
/M: SY='R';  M= -5, -5,-26, -5,  6,-21, -8, -9,-23,  6,-19,-13, -2,-14,  4,  9, -1, -4,-19,-13,-12,  4;
/M: SY='N';  M=  1,  6,-21,  2,  3,-23, -1, -6,-21,  2,-23,-15, 13,-13,  3,  1,  9,  0,-18,-29,-18,  2;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='V';  M= -2,-23,-16,-27,-21,  1,-28,-24, 20,-20, 12,  8,-21,-24,-20,-19, -9,  1, 26,-24, -6,-21;
/M: SY='E';  M= -2, -2,-26,  0,  4,-25, -8,-12,-20,  4,-22,-14, -2,  4, -1, -2,  1, -4,-17,-27,-18,  0;
/M: SY='G';  M=  0, -3,-28, -3,-14,-28, 50,-16,-36,-15,-28,-19,  3,-18,-15,-17,  1,-16,-27,-21,-24,-15;
/M: SY='V';  M=  2,-25,-15,-26,-26, -6,-13,-27, 16,-18,  2,  4,-22,-26,-25,-18, -7, -3, 31,-27,-13,-26;
/M: SY='K';  M=  3, -4,-23, -5,  6,-22,-10,-11,-20, 10,-18,-11, -3,-12,  3,  7,  0, -4,-13,-20,-14,  4;
/M: SY='E';  M=  1,  1,-23,  1, 10,-25, -7, -9,-22,  3,-21,-14,  2, -4,  5, -2,  7,  1,-19,-28,-18,  7;
/M: SY='V';  M= -2,-28,-13,-30,-28,  0,-31,-29, 30,-21, 12, 11,-27,-28,-27,-21,-11,  1, 43,-28, -8,-28;
/M: SY='D';  M= -9,  2,-22,  3, -1,-15,-20, -7, -8, -2,-11, -8, -2,-17, -6, -4, -4, -1, -2,-26, -6, -4;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='N';  M= -9, 25,-15, 19,  0,-23, -5, -1,-22, -2,-24,-18, 31,-19, -4, -3,  5, -3,-21,-37,-19, -2;
/M: SY='E';  M= -8,  2,-25,  0,  5,-18,-10,  5,-20,  2,-16,-10,  5,-16,  4,  4, -4, -9,-18,-23, -7,  4;
/M: SY='I';  M= -5,-27,-21,-32,-24,  6,-30,-21, 26,-25, 26, 19,-24,-25,-19,-22,-20, -8, 19,-18,  1,-23;
/M: SY='T';  M= -6, -3,-16, -6, -2,-16,-19,-11,-15,  3,-14, -9, -1,-15,  1,  5,  5, 11, -8,-27,-11, -2;
/M: SY='V';  M=  0,-23,-15,-26,-21, -4,-20,-23, 16,-20,  9,  6,-21,-24,-19,-20,-11, -4, 22,-23, -6,-21;
/M: SY='A';  M=  8, -7,-18,-11, -4,-16,-10,-12, -9, -7, -8, -6, -4,-11, -4, -6,  2,  0, -6,-26,-15, -4;
/M: SY='S';  M=  3,  1,-24,  3,  5,-27, -2,-10,-24, -2,-24,-16,  1,  4,  2, -7,  7, -1,-20,-28,-20,  2;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2020_04 which contains 563'082 sequence entries.


Total number of hits 21 in 12 different sequences
Number of true positive hits 21 in 12 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 4
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 84.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 2
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] BON
Version [info] 4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
12 sequences

HLY2_ACTPL  (P46028    ), KBP_ECOL6   (P0ADE7    ), KBP_ECOLI   (P0ADE6    ), 
OSMY_ECOL6  (P0AFH9    ), OSMY_ECOLI  (P0AFH8    ), Y1658_HAEIN (P45301    ), 
Y4XJ_SINFN  (P55702    ), Y888_DEIRA  (Q9RVY3    ), YGS2_ANACE  (P35664    ), 
YRAP_ECO57  (P64598    ), YRAP_ECOL6  (P64597    ), YRAP_ECOLI  (P64596    )
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
4 sequences

ARFA_MYCBO  (P65594    ), ARFA_MYCBP  (A1KH31    ), ARFA_MYCTO  (P9WIU4    ), 
ARFA_MYCTU  (P9WIU5    )
» more

PDB
[Detailed view]
4 PDB

2KGS; 2KSM; 2L26; 5FIM

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission