PROSITE entry PS50966

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	ZF_SWIM
Accession [info]	PS50966
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-MAR-2004 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50966
Associated ProRule [info]	PRU00325

Name and characterization of the entry

Description [info]

Zinc finger SWIM-type profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=38;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=4; N2=35;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1868844; R2=0.0123659; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=471; N_SCORE=8.0; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=349; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B0=-100; B1=-150; E0=-100; E1=-110; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B0=0; B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='Y';  M=-16,-21,-26,-24,-20, 30,-28, -9,  0,-15,  1,  1,-17,-27,-16,-13,-17, -9,  4, -2, 47,-20;
/M: SY='T';  M= -9, -7,-24, -7,  2,-12,-19, -6,-13,  2,-11, -6, -6,-14,  1,  5, -2, 13,-10,-20, -6,  1;
/M: SY='V';  M= -1,-25, -9,-28,-26, -3,-29,-26, 23,-19,  8,  8,-24,-26,-24,-19, -8,  2, 35,-29, -9,-25;
/M: SY='Q';  M= -6, -4,-23, -5,  0,-15,-16, -3,-12, -2,-12, -5, -2,-14,  2, -1, -1, -1,-10,-22, -7,  0;
/M: SY='I';  M= -4,-23,-20,-26,-20,  0,-24,-18, 16,-21, 12,  8,-20,-23,-17,-19,-14, -7, 14,-18, -2,-20;
/M: SY='D';  M= -7,  6,-23,  8,  4,-22, -5, -7,-21, -2,-18,-13,  3,-13, -1, -5,  0, -5,-17,-26,-13,  1;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='L';  M= -6, -8,-20, -9, -6, -6,-14,-11, -4, -9,  1, -1, -7,-15, -7, -8, -7, -5, -4,-18, -6, -7; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='D';  M= -6,  7,-21,  9,  6,-20, -7, -4,-20,  2,-18,-13,  6, -9,  1,  0,  1, -3,-16,-24,-12,  3; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='D';  M= -5,  6,-18,  7,  4,-19, -5, -5,-18,  1,-15,-11,  6, -8,  0, -1,  0, -3,-15,-24,-13,  1; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='D';  M= -4,  2,-18,  3,  2,-16, -3, -6,-17, -1,-15,-10,  0, -9, -3, -3, -1, -5,-13,-21,-11, -1; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='E';  M= -6,  0,-19,  1,  2,-12,-11, -5,-13, -2,-11, -8, -1,-10, -2, -2, -1, -1,-10,-18, -5, -1; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-21;
/M:         M= -4, -8,-15, -9, -5, -6,-10,-10, -2, -7, -2, -2, -7,-13, -7, -7, -5, -4,  0,-13, -5, -6; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-21; MD=-21; IM=-21; DM=-21;
/M: SY='E';  M= -4,  0,-18, -1,  1,-14, -7, -5,-13, -2,-12, -7,  0,-10, -1, -3,  0, -2,-10,-20, -8,  0; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M:         M=  0,-10,-13,-13,-12,-11, -9,-11,-11,-10,-13, -8, -6,-16,-10, -9, -1, -3, -7,-19, -7,-12;
/M: SY='S';  M= -6, -2,-21, -3,  0,-10,-16, -4,-17,  1,-16,-11,  0,-15, -1,  1,  3,  3,-13,-20, -1, -1;
/M: SY='C';  M=-30,-30,140,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30;
/M: SY='S';  M=  3,  5,-15, 20,  1,-19, -7,-11,-18, -8,-21,-16, 15,-10, -3,-10, 62, 59,-10,-35,-17, -1;
/M: SY='C';  M=-30,-30,140,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30;
/M: SY='P';  M= -6, -8,-26, -5,  2,-23,-12,-10,-22,  1,-22,-14, -6, 18, -2,  0, -3, -6,-21,-26,-17, -2;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M:         M= -4, -4,-19, -4, -4,-11,-12, -6,-13, -4,-11, -7, -4,-17, -4, -5, -4, -6,-10,-14, -3, -5; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='F';  M=-11,-18,-22,-21,-18, 25,-15,-11, -7,-17, -3, -4,-14,-18,-19,-14,-14,-10, -8, 19, 16,-16; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='E';  M= -4,  2,-19,  3, 10,-18,-12, -3,-14,  3,-11, -7,  1, -8, 10,  0, -1, -4,-14,-20,-10, 10; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='H';  M= -9, -2,-19, -4, -3, -9,-11,  1,-13, -2,-10, -6,  0,-16, -2,  1, -2, -2,-12,-18, -1, -3; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='G';  M= -4, -3,-26, -5, -6,-23, 17, -2,-29, -2,-24,-14,  4,-15, -5, -1,  0,-10,-23,-23,-15, -6;
/M:         M= -8,-12,-26,-15,-14, -4, -9,-10, -4,-13, -4, -3, -7,-17,-12,-11,-10, -8, -7,-13,  0,-14;
/M: SY='P';  M=-10,-15,-26,-14,-10,-10,-22,-14, -5,-13, -6, -4,-15, 23,-11,-15,-13, -9,-10,-18, -7,-13;
/M: SY='C';  M=-30,-30,140,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30;
/M: SY='K';  M= -6, -6,-22, -7,  2,-21,-18, -8,-20, 19,-21, -9, -2,-13,  4, 16, -2, -4,-13,-22, -9,  2;
/M: SY='H';  M=-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,140,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30;
/M: SY='I';  M=  3,-22,-17,-28,-21, -6, -3,-22, 19,-19, 10, 11,-18,-21,-14,-19,-11, -5, 17,-22, -7,-19;
/M: SY='L';  M= 10,-24,-17,-28,-21,  1, -4,-28, 16,-21, 17,  9,-22,-34,-18,-19,-14, -6, 16,-18, -1,-21;
/M: SY='A';  M= 27,-10,-14,-17, -9,-16,  5,-24,-12, -7,-11, -8, -8,-13, -9,-11, -5, -1, -4,-20,-14,-10;
/M: SY='V';  M= 15,-24,-13,-26,-22,-10, -3,-24, 16,-20, 13,  7,-23,-24,-21,-20, -8, -5, 25,-25, -9,-22;
/M: SY='L';  M=  5,-19,-18,-23,-14,  4,-23,-13,  6,-15, 12,  7,-17,-22,-13,-13,-14, -7,  4,-16,  3,-14;
/M: SY='L';  M=-10,-15,-22,-18,  0,  1,-24, -8,  3,-13,  9,  5,-12,-22,  2, -9,-13, -5, -1,-15,  6,-11;
/M: SY='A';  M=  1, -8,-18,-11, -6,-11,-14, -1, -5, -5, -5, -4, -5,-17, -3, -4,  0, -1, -8,-22, -3, -5;
/M: SY='L';  M= -6,-17,-14,-20,-14, -3,-22,-11,  0,-10,  6,  6,-15,-22,-10, -7,-12, -7,  3,-14,  3,-13;
/M: SY='N';  M= -4, -1,-21, -4, -1,-18, -5, -7,-17, -1,-14, -9,  2,-17, -1, -2, -2, -6,-15,-24,-11, -2;
/I:         E0=0; E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_05 which contains 572'214 sequence entries.

Total number of hits	48 in 47 different sequences
Number of true positive hits	47 in 46 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	1
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	97.92 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	2
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	N_Hulo
Feature key [info]	ZN_FING
Feature description [info]	SWIM-type
Version [info]	4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

46 sequences

FAR1_ARATH  (Q9SWG3), FHY3_ARATH  (Q9LIE5), FRS10_ARATH (Q9LKR4),

FRS11_ARATH (Q9SY66), FRS12_ARATH (Q3E7I5), FRS1_ARATH  (Q5UBY2), 
FRS2_ARATH  (Q3EBQ3), FRS3_ARATH  (Q9ZVC9), FRS4_ARATH  (Q6NQJ7), 
FRS5_ARATH  (Q9SZL8), FRS6_ARATH  (Q9SSQ4), FRS7_ARATH  (Q9M8J3), 
FRS8_ARATH  (Q9S793), FRS9_ARATH  (Q9SZL7), IRLC_DICDI  (Q55DJ8), 
M3K1_HUMAN  (Q13233), M3K1_MOUSE  (P53349), M3K1_RAT(Q62925), 
SWS1_SCHPO  (O13600), Y018_MYCGE  (P47264), Y020_MYCPN  (P75093), 
Y1109_ARCFU (O29156), Y1493_METJA (Q58888), Y2102_MYCTU (O53500), 
YEHQ_ECOLI  (P33353), YWQB_BACSU  (P96714), ZSWM1_HUMAN (Q9BR11), 
ZSWM1_MOUSE (Q9CWV7), ZSWM2_HUMAN (Q8NEG5), ZSWM2_MOUSE (Q9D9X6), 
ZSWM3_HUMAN (Q96MP5), ZSWM3_MOUSE (Q8CFL8), ZSWM4_HUMAN (Q9H7M6), 
ZSWM4_MOUSE (Q8C7B8), ZSWM5_HUMAN (Q9P217), ZSWM5_MOUSE (Q80TC6), 
ZSWM6_HUMAN (Q9HCJ5), ZSWM6_MOUSE (Q80TB7), ZSWM7_DANRE (A4FVI0), 
ZSWM7_DICDI (Q55FI7), ZSWM7_HUMAN (Q19AV6), ZSWM7_MOUSE (Q9CWQ2), 
ZSWM8_BOVIN (A7E305), ZSWM8_DROME (Q9VWN9), ZSWM8_HUMAN (A7E2V4), 
ZSWM8_MOUSE (Q3UHH1)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False positive sequences

1 sequence

SYE_HALMA   (Q5V5N9)