PROSITE entry PS50994
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
PURL: https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50994
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
Entry name [info] | INTEGRASE |
Accession [info] | PS50994 |
Entry type [info] | MATRIX |
Date [info] |
01-OCT-2004 CREATED;
13-FEB-2019 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
PROSITE Doc. [info] | PDOC50994 |
Associated ProRule [info] | PRU00457 |
Name and characterization of the entry
Description [info] | Integrase catalytic domain profile. |
Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=161; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=156; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.0267998; R2=0.0160468; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4805.0327148; R2=16.0532780; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 0.5%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=466; H_SCORE=12286; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=342; H_SCORE=10295; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-6; D=-30; I=-30; B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='R'; M= -4,-11,-22, -8, -6, -5,-19, -6, -5, -2, 0, 1,-12,-10, 3, 10, -6, -6, 1,-18, 4, -5; /M: SY='P'; M= 3, -2,-27, -1, 1,-22, 5, -9,-14, 3,-13, -9, -4, 7, 0, -6, 1, -4,-17,-20,-16, -2; /M: SY='E'; M= -1, -6,-14, -4, 7,-17,-16, 5,-10, -2, -2, -1, -7, -1, 1,-11, 4, 4,-10,-24, -5, 5; /M: SY='R'; M= 4, -6,-17, -9, -7,-13, -9,-14,-10, 0, -8, 2, -1,-12, 9, 11, 0, 1, -5,-24,-13, -3; /M: SY='P'; M= -8,-18,-30,-10, 9,-37, -9, 7,-26, 9,-28,-35,-27, 98, 0,-10, -8, 1,-35,-30,-20, -1; /I: I=-6; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19; /M: SY='N'; M= -6, 3,-18, -8,-14, -2, 11,-18, 1, -7, -4, -4, 13,-21,-12, -9, -6, -8, -9,-13, -9,-14; D=-6; /I: I=-6; DM=-19; /M: SY='E'; M= -1, 2,-19, 9, 19,-25, -7, -4,-23, 7,-12,-12, -5, 4, 10, -3, -1,-11,-22,-16,-12, 15; /M: SY='M'; M= -3,-11,-22,-13, -5, -5,-17, 4, 6, -5, 3, 7, -7,-13, -2, -4, -5, -2, 2,-24, 2, -5; /M: SY='W'; M=-26,-34,-22,-30,-15, 13, -6,-34, -6,-16, -2,-12,-43,-30,-13, -3,-21,-26, -4, 93, 33,-15; /M: SY='Q'; M= 3,-13,-17,-13, 6,-13,-21, -1, -9, -4, -7, -6,-12, -7, 29, 7, -6, -1,-11,-16, -4, 13; /M: SY='M'; M= 9,-11,-16,-18,-13,-16, 1, -9, 10, -5, 2, 12, -3,-22,-11,-14, -4, 1, 4,-28,-19,-13; /M: SY='D'; M= 0, 47,-28, 85, 13,-49,-11,-19,-39, 1,-10,-29, 9, -9, -8,-10, 0,-11,-21,-38,-11, 3; /M: SY='F'; M=-11,-21,-11,-29,-21, 23,-18,-19, 11,-14, 13, -2,-15,-30,-20,-14,-12, -8, 11, 3, 12,-22; /M: SY='T'; M= 4, -7,-13,-14,-13,-10,-11,-20, 6, -7, 1, 0, -1,-12, -8,-19, 6, 17, 7,-30, -9,-11; /M: SY='H'; M= -9, -9,-30, -7, 3,-18, 0, 23,-14, -5, -5, -4,-10, -1, -5,-12, -4,-13,-19,-13, -1, 1; /M: SY='P'; M= -6,-13,-27,-11, -9, -4,-13, -2, 1, -7, 0, -9,-16, 4,-13,-12, -7, -4, 0,-17, 4,-13; /M: SY='D'; M= 3, 0,-19, 4, 1,-16, -8,-15, -8, 0, -4, -4, -5, -6, -3, -8, 0, -1, -6,-20, -9, -1; /I: I=-5; MD=-16; /M: SY='I'; M= -4,-13,-16,-13, -7, -8,-12,-11, 4, -6, -1, -7,-13, 4, -6, -9, -3, 3, 3, -8, 1, -8; D=-5; /I: I=-5; MD=-16; /M: SY='F'; M= -5,-10,-20,-13, -5, 9,-11,-12, -6, 2, -3, -8, -8, -1, -7, -6, -4, -7, -6, -6, 1, -8; D=-5; /I: I=-5; MD=-16; /M: SY='A'; M= 5, -3,-11, -5, -4, -6, -1,-11, 5, -4, -3, -4, -3,-11, -7, -8, 4, 2, 4,-15, -8, -6; D=-5; /I: I=-5; MI=0; MD=-16; IM=0; DM=-16; /M: SY='G'; M= 1, 2,-17, 1, 2,-17, 6,-11, -8, 1, -9, -7, 3, -4, 2, -5, 0, -4,-13,-16,-13, 1; D=-5; /I: I=-5; DM=-16; /M: SY='G'; M= -3, 1,-17, -1, -7,-14, 11,-14,-11, -3,-10,-10, 2, -8, -8, -6, -2, -8,-13,-13,-13, -8; D=-5; /I: I=-5; DM=-16; /M: SY='K'; M= -7, -4,-26, -4, -1, -8, -5,-16,-16, 9,-11, -2, -1, -5, 2, 6, -5, -8,-15, -5, -1, -1; /M: SY='M'; M= -3, -8, -6, -9, -3, -6,-14,-17, -2, 0, -2, 1, -7,-11, -7, -1, -3, -2, -2,-21, -5, -5; /M: SY='Y'; M=-16,-16,-34,-13,-12, 7,-18, 7, -2,-10, 9, -1,-15,-18, -9, -9,-10, -7, 1, 5, 27,-13; /M: SY='I'; M= -6,-18,-13,-24,-21, 22,-21,-17, 23,-16, 23, 6,-15,-29,-21,-17,-14, -2, 20,-17, 16,-21; /M: SY='L'; M= 1,-12,-20,-16,-13, 11,-15, -2, 10,-14, 13, 7,-12,-22,-13,-15, -7, -1, 9,-24, 6,-13; /M: SY='V'; M= 8,-13,-21,-18,-23, 1,-20,-24, 24,-15, 5, -1, -9,-23,-19,-17, 0, 17, 29,-33, 0,-22; /M: SY='I'; M= -2,-14, -3,-23,-18, 10,-16,-24, 15,-14, 10, 1, -6,-28,-17,-17, -8, -1, 14,-18, -4,-19; /M: SY='I'; M= 5,-16,-19,-25,-26, 3,-20,-23, 40,-16, 13, 7, -7,-32,-22,-18, -8, 8, 37,-32, 0,-26; /M: SY='D'; M= -3, 31,-16, 59, 11,-37,-14,-11,-29, -3, -2,-18, 2,-11, -9,-12, -4,-10,-17,-34, -6, 3; /M: SY='D'; M= 3, 5,-23, 9, -9,-17, -7,-19, -6, -4, -5, -6, 0,-13, -5, -5, 3, 6, -1,-29, -8, -8; /M: SY='F'; M= -8,-15,-31,-20,-16, 30,-19,-13, -4, -3, 8, -2, -7,-24,-10, -5, -8, -9, 2, -2, 16,-17; /M: SY='S'; M= 11, 1,-20, -2, -6,-13, -5,-13, -7, -3,-14,-13, 5, -8, -7,-16, 33, 27, -4,-37,-18,-10; /M: SY='R'; M= -5, -6,-24, -7, -6,-17, 12,-12,-19, 6,-19, -3, -3, -7, 3, 21, -2,-18,-19, -9,-15, -5; /M: SY='Y'; M=-12,-18,-33,-15,-10, 21,-20,-11, -8, 0, 10, -2,-17,-19, -6, 0,-10,-10, 1, 8, 27,-11; /M: SY='I'; M= 5,-12,-11,-20,-16, -1,-14,-23, 23,-11, 7, 4, -6,-23,-15,-17, -3, 5, 20,-30, -9,-17; /M: SY='Y'; M= -7,-20,-21,-22,-12, 5,-18, -8, 9,-10, 7, 2,-18,-23,-13,-12,-10, -6, 9, 4, 12,-13; /M: SY='A'; M= 12, -7,-19,-10,-12, -8, -1,-21, 9,-10, 2, 1, -6,-19, -7,-12, -1, 3, 10,-28,-13,-12; /M: SY='Y'; M=-10,-18,-20,-17, -8, 5,-20, -8, -2, -9, 5, -5,-18,-17, -4, -6, -7, -4, 1, 4, 15, -8; /M: SY='P'; M= 0,-13,-16,-13, -4, -5,-15, -8, -7, -1, -5, -6,-13, 6, -1, -1, -3, -3, -6,-23, -8, -6; /M: SY='I'; M= 1,-13,-16,-21,-15, -1,-19, -4, 16, -9, 10, 11, -4,-22,-10,-15, -6, 5, 11,-30, -2,-14; /M: SY='S'; M= 2, -5,-21, -4, -2,-14, -8,-15,-13, 5,-14, -9, -7, 5, 0, 3, 6, 1,-10,-24,-13, -5; /M: SY='S'; M= 0, 0,-24, -1, -1,-15, 0,-11,-15, 4,-14, -7, 1, -4, 0, 1, 7, -1,-14,-21,-13, -2; /M: SY='E'; M= 1, -3,-18, 2, 18,-21,-12,-11,-19, 15,-15, -3, -8, 6, 12, 9, 0,-10,-18,-17,-12, 14; /M: SY='T'; M= 7, 4,-19, 4, -1,-19,-12,-11, -7, 1, -5, -2, 6, -8, -4,-15, 9, 12, -4,-36,-15, -3; /M: SY='A'; M= 14, -2,-24, -2, -2,-20, -5,-15, -7, -2,-10, -4, -3, -6, 7, -8, 9, 11, -3,-28,-19, -1; /M: SY='A'; M= 7, -4,-15, -4, 0,-13,-13,-16, 1, 0, -3, 1, -4,-14, -2, -6, 0, 2, 3,-28,-12, -2; /M: SY='E'; M= 2, -2,-12, -3, 6,-16,-18, 2,-12, -2, -7, -5, 1, -4, 2,-12, 2, 2,-10,-32,-15, 5; /M: SY='V'; M= 1,-13,-13,-17,-16, 2,-20,-19, 12,-13, 10, 2,-10,-22, -8,-14, -4, 11, 14,-21, 5,-12; /M: SY='V'; M= 6,-10,-24,-13,-13, -3,-16,-14, 12, -5, 5, 8, -5,-22, -7, -7, -4, 6, 14,-26, 0,-13; /M: SY='K'; M= 1, -5,-16, -6, 4, -6,-10,-13, -8, 5, -5, 0, -4, -9, -1, -5, -1, -5, -7,-20, -9, 1; /M: SY='Q'; M= 5, -4,-20, -2, 1,-16,-10, -2,-12, -2, -9, -3, -4, -6, 8, -2, 0, -3,-10,-27,-14, 1; /M: SY='L'; M= 2,-11,-11,-13,-11, 6,-17,-16, 14,-11, 17, 12,-12,-26,-12,-14,-11, 1, 12,-22, 5,-11; /M: SY='L'; M= -5,-13, -8,-19,-15, 15,-22,-11, 13,-13, 20, 9,-10,-27,-16,-14,-11, 2, 11,-23, 11,-15; /M: SY='E'; M= -1, -1,-14, 6, 19,-23,-15, -4,-19, 6, -8, -6, -9, -4, 13, 2, -4,-11,-18,-12, -7, 17; /M: SY='A'; M= 8, -9,-13,-12, 0,-12,-11,-10, 0, -4, -3, 5, -6,-15, 8, -4, -3, -1, -3,-20,-13, 1; /M: SY='F'; M= -1,-16,-23,-23,-18, 22,-16,-19, 13,-10, 14, 3,-11,-25,-10,-12, -8, -3, 13,-13, 8,-17; /M: SY='A'; M= 4, -8,-14,-11, -5, 2,-15,-11, 0, -5, 0, 0, -4,-18, 0, -2, -1, -1, 0,-25, -7, -5; /M: SY='Y'; M= -7,-16,-19,-15, -4, -2,-15,-10, 0, -3, 3, 1,-15,-14, -2, -3, -8, -7, -1, -1, 7, -5; /I: I=-5; MD=-17; /M: SY='F'; M= -4,-13,-20,-16,-12, 15,-13,-13, 2, -3, 5, 2, -9,-19, -8, -1, -7, -7, 4, -8, 6,-13; D=-5; /I: I=-5; MD=-17; /M: SY='H'; M= -7, -8,-19, -7, -1, -4, -3, 4, -9, -1, -3, -4, -7, -4, 0, 1, -5,-10, -9, -4, 2, -1; D=-5; /I: I=-5; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17; /M: SY='G'; M= -4, -7,-33,-12,-11,-20, 33,-12,-14, -5,-16,-16, -7, 5, -8, -8, -4,-14,-24, -2,-17,-11; /M: SY='M'; M= 0, -8,-15,-10, -5, -7,-14,-14, 2, 1, -2, 3, -5, -7, -5, -1, -5, -2, 1,-25, -7, -7; /M: SY='P'; M= -5,-17,-27,-14, -3,-25, -7, 1, -9, 1,-16,-20,-19, 51, -6, -8,-10, -2,-17,-27,-14, -8; /M: SY='K'; M= -1, -5,-19, -2, 12,-13,-17, -7,-11, 13, -7, 8, -7, 1, 3, 2, -4, -5,-11,-22, -4, 8; /M: SY='T'; M= 5, -8,-21,-10, -4,-10,-17,-11, 2, 0, -2, 4, -6,-10, -1, -7, 2, 8, 5,-28, -5, -3; /M: SY='I'; M= -5,-17,-14,-24,-20, 17,-21, -8, 29,-17, 25, 13,-13,-31,-21,-18,-15, -1, 21,-23, 14,-20; /M: SY='H'; M= -8,-11,-30,-14, -9, -7,-18, 17, 2, -7, 2, 7, -5,-11, -3, -6, -7, -2, -1,-25, 6, -8; /M: SY='T'; M= 5, -7,-19,-10,-12, -9,-13,-16, -3, -6, -4, -7, -2, -7, -6,-17, 16, 23, 3,-28, -8,-11; /M: SY='D'; M= 0, 50,-30, 90, 10,-50,-10,-20,-40, 0,-10,-30, 10,-10,-10,-10, 0,-10,-20,-40,-10, 0; /M: SY='N'; M= 0, 16,-16, 1, -2,-14, -9, -4, -9, 5,-18, 3, 39,-18, 12, 5, -4, 0,-20,-44,-25, 2; /M: SY='G'; M= 0, 1,-34, -1, -9,-32, 50,-17,-15, -5,-17,-15, -2, -6,-10,-13, -2,-17,-27, -1,-24,-10; /M: SY='P'; M= 0, -9,-27, -8, 0,-20, -3, -8,-17, 7,-18, -9, -9, 19, 0, 1, 6, 2,-17,-20,-14, -4; /M: SY='E'; M= 10, 0, -9, -1, 12,-25, -8,-14, -8, 0,-10, -5, 1, -6, 12, -8, -1, -1,-10,-28,-23, 12; /M: SY='F'; M=-20,-26,-33,-30,-27, 56,-26,-18, 2,-11, 23, -8,-21,-32,-21, -8,-14,-12, 11, 16, 42,-27; /I: I=-4; MI=0; MD=-14; IM=0; DM=-14; /M: SY='T'; M= -1, -8, -3,-13,-12, -4,-15,-21, 3, -9, 3, -1, -5,-14, -9,-15, 3, 14, 5,-22, -4,-11; D=-4; /I: I=-4; DM=-14; /M: SY='S'; M= 5, 4,-13, -2, -3,-12, 0,-11, -6, -1,-13, -7, 13,-15, -7,-12, 15, 9,-10,-28,-20, -7; D=-4; /I: I=-4; DM=-14; /M: SY='Q'; M= 4, -3,-24, -3, 1,-18, -8, -2,-12, 1,-11, -2, -1, -2, 10, 0, 4, 4,-12,-27,-11, 3; /M: SY='Q'; M= 5, -3,-21, -2, 2,-18,-11,-10,-10, 3, -9, 0, -4, -4, 9, 4, 1, 0, -6,-26,-12, 3; /M: SY='F'; M=-13,-23,-30,-31,-25, 37,-25, -6, 6,-11, 15, -2,-12,-27,-18,-12, -9, -5, 10, -3, 23,-25; /M: SY='Q'; M= 8, -6,-16, -5, 10,-19,-10,-11, -9, 2, -8, -2, -8, -6, 21, 4, -1, -1,-10,-20,-12, 14; /M: SY='Q'; M= 3, 5,-15, 10, 12,-22,-12, -9,-15, 4, -8, -5, 0, -9, 13, 2, -1, -5,-14,-23,-11, 12; /M: SY='F'; M=-14,-24,-23,-29,-21, 33,-19,-21, 6,-12, 15, -3,-21,-30,-15, -8,-14,-11, 8, 18, 25,-20; /M: SY='C'; M= 0,-10, 26,-15, -4, -5,-20,-23, 4,-13, 10, 5, -9,-22, -9,-16, -8, 1, 3,-28,-14, -6; /M: SY='Q'; M= 1, -2,-18, -3, 6,-18,-14, -4,-11, 6,-12, 2, 1, -7, 9, 3, -2, -4,-12,-24,-13, 5; /M: SY='Q'; M= -4, -8,-24, -1, 9,-13,-15, 1,-18, 4, -8, -5,-11, -6, 11, 6, 1, -6,-15, -8, 2, 8; /M: SY='Y'; M=-12,-15,-24,-14, -7, 9,-18, 5, -1, -9, 13, 6,-17,-17, -8, -9,-11, -6, -2, -4, 22, -8; /M: SY='G'; M= -1, 5,-32, -2, -6,-26, 42,-17,-13, 1,-19,-10, 8, -7,-10,-11, -1,-15,-27, -9,-25, -8; /M: SY='I'; M= -1,-20,-20,-35,-29, 16,-16,-22, 43,-18, 19, 5, -5,-31,-21,-23, -9, 0, 33,-25, 1,-29; /M: SY='E'; M= 2, 0,-17, 4, 13,-18,-14, -8,-14, 10, -9, 1, -4, -4, 9, 5, -1, -7,-13,-23,-10, 11; /M: SY='H'; M= -8,-15,-28,-17, -8, -9,-18, 32, 0,-11, 2, 7,-11, -3, -8,-12,-10, -5, -6,-27, 3, -9; /M: SY='T'; M= -1,-10,-23,-11, -4, -7,-14, -9, 1, -1, 0, 1, -8,-12, -3, -7, 2, 5, 2,-18, 2, -5; /M: SY='F'; M= -3,-12,-17,-21,-17, 11,-22, -9, 1, -7, 9, 3, -4,-13,-11,-16, -3, 10, 3,-26, 4,-15; /M: SY='C'; M= 1, -4, 11,-11, -5,-21, 3,-15, -8,-11,-11,-10, 1,-13,-10,-17, 9, 4,-11,-28,-30, -9; /M: SY='V'; M= 2, -8,-17, -9, -8,-12,-14,-16, 2, -1, -5, -1, -5, -8, -2, 3, 0, 0, 5,-27,-11, -8; /I: I=-8; MD=-29; /M: SY='P'; M= -1,-13,-26, -8, 3,-27, -9, -2,-18, 8,-20,-19,-17, 57, 0, -6, -4, 3,-21,-28,-16, -2; D=-8; /I: I=-8; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29; /M: SY='Y'; M=-16,-15,-39,-10,-12, -4, 6, 2,-12, -8, 0, -9,-18,-11, -2, 0, -9,-13,-11, 17, 22,-10; D=-8; /I: I=-8; DM=-29; /M: SY='N'; M= -3, 8,-19, 3, -5,-17,-13, 10,-11, -2,-12, 0, 18,-13, -3, -2, 1, 0,-12,-41,-16, -6; /M: SY='P'; M= -5,-14,-14, -9, 7,-30,-11, 7,-22, 3,-23,-26,-18, 58, -3,-10, 1, 2,-28,-31,-23, -2; /M: SY='Q'; M= -3,-13,-21,-10, 8,-16,-17, -8,-18, -1,-10, -8,-14, -7, 37, 16, -7, -4,-17, 6, 4, 17; /M: SY='S'; M= 9, 6,-24, 9, -2,-23, 1,-13,-11, -4,-11,-11, 1, -8, -1,-12, 13, 10, -9,-30,-17, -4; /M: SY='N'; M= 2, 9,-19, 1, 2,-13,-10,-12,-10, 8,-18, 0, 21,-13, 12, 8, 0, 0,-15,-34,-18, 3; /M: SY='G'; M= 12, 0,-37, -7,-14,-27, 56,-27, -7, -7,-17,-11, 0,-10,-11,-17, 3,-11,-18, -8,-33,-14; /M: SY='M'; M= 3, -9,-18, -9, -2,-10,-17,-14, -1, 5, -2, 8, -9,-11, 2, 4, -6, -1, 1,-23, -4, -2; /M: SY='V'; M= 10,-12,-15,-16,-22, 0,-22,-24, 29,-14, 7, 4, -8,-33,-21,-13, -6, 8, 32,-34, -4,-22; /M: SY='E'; M= 0, 0, 10, 10, 60,-40,-20, 0,-30, 20,-10,-10,-10, 10, 20,-10, 0,-20,-30,-10,-20, 50; /M: SY='R'; M= -4, -9,-14, -6, -8,-10,-15,-12,-20, 5,-18, -3, -3,-14, 15, 46, -1,-15, -9,-16,-10, -4; /M: SY='F'; M= 1,-15,-25,-24,-20, 19,-17,-15, 4, -4, 9, 4, -5,-21,-13,-13, -2, 5, 8,-21, 3,-19; /M: SY='N'; M= -6, 5,-23,-11,-15, -1,-14, 16, 5, -9, -6, 4, 28,-24,-13,-15, -7, -2, -5,-41,-12,-15; /M: SY='R'; M= -1, -7,-28, -6, 1,-20, 5, -7,-20, 7,-19, -4, -7, -4, 17, 23, -2,-14,-21, -9,-12, 4; /M: SY='T'; M= 1, -4,-21, -6,-15, -8,-19,-16, 2,-10, 8, 1, -2, -9, -5,-21, 7, 27, 8,-31, 6,-10; /M: SY='I'; M= -6,-15,-11,-21,-20, 18,-19,-16, 31,-19, 30, 12,-15,-31,-21,-20,-16, 0, 23,-20, 18,-20; /M: SY='K'; M= 1, 0,-22, -2, 9,-13,-12,-14,-13, 21,-13, 12, 4, -4, 5, 9, -3, -7,-13,-25,-11, 6; /M: SY='E'; M= 3, 5,-12, 11, 19,-26,-16, -6,-19, 6,-11, -7, 1, -5, 14, 2, 0, -6,-16,-25,-15, 17; /M: SY='Y'; M= -8, -8,-21, -7, 1, -8,-13, -9, -6, 1, -1, 1, -7,-11, 0, -2, -7, -7, -6, -5, 5, 0; /M: SY='I'; M= -5,-17, -4,-24,-18, 17,-20,-16, 20,-16, 19, 5,-12,-29,-19,-17,-11, -3, 16,-20, 6,-19; /M: SY='R'; M= -4,-12,-19,-14, -9, -2,-15,-12, -2, -3, 0, -2,-10, -4, 2, 6, -6, -3, -1,-19, 0, -7; /M: SY='K'; M= -1, -6,-11, -9, 1,-10,-16,-11, -4, 6, -8, 4, -2, -9, -5, -4, 1, -1, -4,-26,-10, -3; /M: SY='L'; M= -5, -9,-23, -8, -6, -6, -6, -5, -2, -5, 6, 3,-12,-16, -2, -2,-10, -9, -4,-11, 6, -5; /M: SY='M'; M= -3, -8,-17, -7, -3, -5,-15, -9, -1, 0, 4, 8, -9,-11, -4, -4, -5, -1, -1,-22, 3, -4; /M: SY='R'; M= -4, -5,-16, 3, 1,-19,-11, -7,-16, -1, -9, -9,-12, -2, 1, 7, -2,-10,-12,-12, -7, 0; /M: SY='F'; M= -5, -7,-22, -9,-10, 8, -7,-13, -8, -5, 2, -7, -6,-19, -9, -6, -4, -9, -7, -9, 1,-11; /M: SY='E'; M= 0, -1,-13, 0, 2,-13,-11,-12,-12, -1, -6, -8, -1, -6, -1, -9, 2, 0, -9,-24,-11, -1; /I: I=-4; MD=-15; /M: SY='D'; M= -1, 8,-18, 10, 1,-17, -2, -9,-12, 5,-12, -8, 5, 7, -4, -5, 1, -1,-13,-23,-12, -3; D=-4; /I: I=-4; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15; /M: SY='L'; M= -1, -6, -8,-10, -5, 2,-12, -7, 3, -2, 4, 3, -2,-12, -6, -7, -3, 0, 2,-17, -2, -6; D=-4; /I: I=-4; DM=-15; /M: SY='E'; M= 7, 0,-16, -2, 8,-18, -9,-11, -9, 2, -8, -5, 2, -4, 8, -9, 5, 4,-10,-28,-16, 7; /M: SY='E'; M= 0, -2,-22, 1, 6,-13,-14, -7,-13, 3, -5, -6, -4, -3, 1, -9, 0, -1, -9,-21, -5, 4; /M: SY='W'; M= -9,-17,-18,-18,-11, 3,-10,-20, -1, -9, 2, -4,-20,-13, -8, -8, -9, -4, -2, 15, 10,-10; /M: SY='N'; M= 2, 9,-17, 9, 7,-21, -7, -8,-12, 1,-11, -7, 11,-12, 8, -3, -2, -4,-15,-28,-15, 7; /M: SY='E'; M= 2, 2,-15, 7, 13,-20,-15, -8,-15, 4, -7, -5, -2, -7, 7, -5, 0, -3,-12,-20, -9, 11; /M: SY='A'; M= 9,-10,-20,-12, -1, -2,-13,-14, 3, -4, 1, 4,-10,-15, 4, -7, -4, -2, 3,-20, -7, 0; /M: SY='I'; M= -2,-15,-12,-20,-19, 16,-20,-17, 26,-16, 25, 12,-14,-31,-20,-16,-13, 1, 22,-23, 15,-19; /M: SY='Q'; M= 3, 0,-19, 2, 5,-17,-14, 1,-11, 0, -7, -2, -2, -3, 7, -2, 0, 0,-11,-30,-10, 5; /M: SY='Y'; M= -8,-11,-25, -7, -4, -4,-16, -6, -7, -1, 3, 2,-14,-11, 0, 1, -5, -3, -3, -6, 13, -4; /M: SY='W'; M= 1,-19,-26,-21,-15, 9, -9,-25, 7,-11, 2, -3,-18,-21, -9,-11, -7, -6, 10, 11, 4,-15; /M: SY='L'; M= 0,-12, 1,-15, -5, -4,-21,-15, 12,-10, 13, 8,-11,-22, -7,-11,-10, 1, 9,-24, 0, -5; /M: SY='Y'; M= -4, -4,-21, -2, -4,-10,-15, -9, -3, -6, 1, -4, -4,-16, -1, -9, -6, -4, -1,-13, 2, -4; /M: SY='Q'; M= -1, -6,-15, -3, -3,-11,-16,-12, -7, -4, -3, -5, -8,-12, 3, -1, 1, 0, -3,-17, -4, -2; /M: SY='Y'; M=-20,-19,-28,-13,-17, 19,-25, -5, 5,-14, 24, 1,-23,-24,-14, -9,-15, -5, 11, 5, 42,-17; /M: SY='N'; M= 1, 32,-14, 7,-10,-10, 1,-11, -2, 0,-18, 0, 65,-27, -7,-15, 0, 7,-17,-60,-34,-10; /M: SY='N'; M= -2, 3,-21, -4, -5, -6,-12, -5,-10, 0,-10, -2, 15,-14, 7, 3, -2, -1,-12,-30,-11, -2; /M: SY='R'; M= -2,-10,-17,-11, -2, -9,-10,-16, -9, 3, -8, 0, -8, -9, 9, 11, -2, -4, -8,-12, -6, 0; /M: SY='R'; M= -6,-12,-22,-11, -3, -7,-17,-10,-15, 6,-13, -8, -9, 8, 8, 20, -7,-10,-11,-16, -5, -2; /I: I=-7; MD=-25; /M: SY='R'; M= -1, -9,-16, -9, -2, -7,-10, -6, -6, 3, -6, -2, -9, -1, 0, 7, -1, -5, -5,-16, -5, -3; D=-7; /I: I=-7; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25; /M: SY='H'; M= -7,-10,-32,-10, -2,-18,-10, 40,-10, -5, -5, 10, -6, 0, -5, -8, -6, -8,-16,-30, -4, -4; /M: SY='S'; M= 5, -2,-22, 1, 1,-19, 0,-13,-15, 3,-16,-11, -4, -2, 2, 4, 11, 0,-12,-22,-17, -2; /I: I=-9; MD=-32; /M: SY='I'; M= 2, -7,-15,-11,-10, -5, -8,-12, 6, -7, 4, 3, -6,-13, -5, -8, -4, 4, 3,-19, -2, -8; D=-9; /I: I=-9; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='T'; M= 1, -2,-16, -9, -5,-14, -3, -8, -5, -5, -5, -3, 3, -6, -3,-16, 5, 8, -9,-29,-13, -4; /M: SY='G'; M= -2, 0,-32, -5,-12,-16, 33,-23,-12, -4,-14,-13, 1,-12, -7, -7, -1,-12,-20, -1,-15,-11; /M: SY='H'; M= -6,-11,-22,-10, 3,-10,-18, 9, -6, 2, 1, 8,-11, -5, 2, 0, -6, -6, -8,-18, 4, 2; /M: SY='T'; M= 6, -3,-12, -9, -9,-16,-15,-17, -2, -5, -5, -4, 3, -5, -1,-14, 14, 24, 2,-37,-13, -7; /M: SY='P'; M=-10,-20,-29,-10, 9,-37, -9, 7,-29, 9,-29,-38,-30, 99, 0, -8, -9, -1,-38,-23,-18, -1; /M: SY='L'; M= 0,-12,-24,-12, -3, -2,-13, -8, 0, -2, 2, 1,-11,-11, -3, -9, -4, -3, 0,-11, 2, -5; /M: SY='E'; M= 3, 3, -9, 9, 29,-26,-17, -2,-22, 9,-10, -8, -2, -1, 21, -1, -2,-11,-22,-20,-15, 27; /M: SY='V'; M= -2,-16,-15,-18,-11, 6,-19,-16, 7, -4, 6, 4,-12,-22, -4, 6, -9, -9, 10,-16, 3,-10; /M: SY='F'; M= -9,-19,-21,-23,-14, 18,-18, -7, 3,-11, 8, 0,-16,-25,-11, -6,-12,-11, 3, 4, 13,-13; /M: SY='H'; M= -2, -8,-24,-11, -4, 0,-14, 1, -3, -4, 0, 1, -3,-11, -6,-12, -4, -5, -4,-19, -3, -6; /M: SY='Q'; M= -1, -2,-24, -2, -1,-14, -3,-10,-11, 0,-10, -7, 0, -7, 8, 3, -1, -4,-13,-17, -7, 0; /M: SY='Q'; M= -1, -5,-21, -5, 2,-16, -6,-10,-10, 3,-10, -5, -2, -1, 5, 3, -4, -6,-11,-19,-10, 2; /M: SY='E'; M= 0, -5,-24, -3, 2,-14,-10, -4, -8, 2, -6, -2, -6, 0, 1, -5, 0, 0, -9,-23, -5, 0; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
Total number of hits | 290 in 290 different sequences |
Number of true positive hits | 290 in 290 different sequences |
Number of 'unknown' hits | 0 |
Number of false positive hits | 0 |
Number of false negative sequences | 0 |
Number of 'partial' sequences | 0 |
Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
Taxonomic range [info] | Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses |
Maximum number of repetitions [info] | 1 |
Matrix type [info] | protein_domain |
Scaling database [info] | reversed |
Author [info] | N_Hulo |
Feature key [info] | DOMAIN |
Feature description [info] | Integrase catalytic |
Version [info] | 6 |
Cross-references [info]