PROSITE entry PS51050
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
Entry name [info] | ZF_CW |
Accession [info] | PS51050 |
Entry type [info] | MATRIX |
Date [info] |
01-DEC-2004 CREATED;
07-APR-2021 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. |
PROSITE Doc. [info] | PDOC51050 |
Associated ProRule [info] | PRU00454 |
Name and characterization of the entry
Description [info] | Zinc finger CW-type profile. |
Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=54; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=49; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.3607429; R2=0.0105080; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3876.0109863; R2=2.6966760; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=680; H_SCORE=5710; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=490; H_SCORE=5197; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='S'; M= -4, -8,-20, -9, -9, -6,-18,-10, -8, -4,-10, -7, -6,-19, -8, 0, 1, 0, -2,-21, -1,-10; /M: SY='P'; M= -4, -4,-27, -2, 0,-24, -7,-11,-18, -1,-19,-10, -4, 4, -1, -3, -2, -7,-15,-27,-18, -2; /M: SY='E'; M= -3, -5,-23, -3, 6,-19,-16, -7,-11, -8,-10, -5, -4, 0, 1,-10, 3, -1,-12,-30,-15, 3; /M: SY='I'; M= -6, -9,-18,-11, -9,-16,-19,-16, 4,-12, -3, 0, -7,-19, -5,-14, -7, -7, 3,-27,-11, -8; /M: SY='D'; M= -8, 6,-27, 13, 4,-27, -6, -5,-20, -8,-19,-14, -1, -3, -3,-13, -3,-10,-16,-30,-17, -1; /M: SY='T'; M= 0, -7,-21,-13, -8, -8,-18, -7, -4, -9, -6, -3, -4,-10, -5,-10, -3, 1, -5,-21, -5, -7; /M: SY='W'; M=-18,-32,-39,-35,-27, 22,-23,-20,-12,-19,-10,-10,-31,-28,-20,-18,-29,-18,-19, 93, 33,-20; /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='V'; M= 4,-27,-13,-30,-27, -2,-28,-28, 28,-20, 11, 11,-26,-26,-25,-21,-10, -2, 39,-27, -9,-27; /M: SY='Q'; M= -8, -2,-19, -3, 14,-37,-20, 5,-20, 7,-19, -2, -2,-12, 49, 8, 0, -8,-27,-22,-12, 31; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='D'; M= -9, 24,-16, 33, 13,-27,-14, -4,-29, -3,-22,-22, 7,-12, -2,-11, 2, -3,-21,-31,-12, 5; /M: SY='D'; M= -7, 9,-24, 12, 8,-21,-14, -4,-22, 6,-16,-13, 5,-13, 0, 0, 0, -5,-17,-29,-12, 4; /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: M=-11, -9,-24,-10, 0, -3,-13, -1,-14, -4, -5, -4, -5,-19, -5, 0, -8, -8,-13,-19, -2, -3; /M: SY='K'; M= -7, -1,-28, -2, 8,-29,-19,-11,-28, 45,-28,-10, 0,-10, 8, 27, -8, -7,-18,-20,-10, 8; /M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20; /M: SY='R'; M=-19, -9,-29, -9, 0,-20,-19, 4,-30, 26,-20,-10, 1,-20, 10, 63, -8, -9,-20,-21, -9, 0; /M: SY='R'; M=-10,-13,-19,-15, -7,-14,-24,-13, -7, 8, -3, 0,-10,-19, -2, 13,-11, -3, -3,-23, -8, -6; /M: SY='L'; M= -7,-29,-21,-32,-23, 5,-31,-23, 28,-28, 35, 19,-26,-26,-20,-22,-24, -9, 19,-21, -2,-23; /M: SY='P'; M= -8, -9,-31, -1, 0,-28,-18,-17,-19, -9,-25,-18,-11, 55, -9,-16, -7, -7,-24,-31,-25, -8; /M: SY='T'; M= 1, -4,-18, -7, -8, -6,-11,-13,-13, -8,-12,-10, -4,-16, -9,-10, 7, 9, -6,-22, -5, -9; /M: SY='Q'; M= -8, 4,-26, 4, 7,-23, -3, 2,-23, 3,-20, -7, 6,-14, 9, 1, 0, -8,-22,-26,-13, 8; /M: SY='I'; M= -5,-12,-21,-12, -5, -8,-22,-15, 5,-14, 5, 4,-13,-18, -7,-14, -8, -3, 4,-25, -8, -6; /I: I=-4; MD=-19; /M: SY='B'; M= -7, 14,-20, 12, 7,-15,-11, 1,-18, 2,-19,-13, 14,-13, 1, -2, 1, -4,-16,-26,-11, 4; D=-4; /I: I=-4; MD=-19; /M: SY='Y'; M= -6,-11,-20,-11, -8, 2,-15, -4, -3,-10, -3, -3,-11, -7, -8,-11, -6, -2, -5, -6, 14,-10; D=-4; /I: I=-4; MD=-19; /M: SY='E'; M= -3, 2,-11, 2, 10,-11,-10, -4, -8, 1, -8, -6, 1, -5, 4, -1, 3, 3, -6,-15, -8, 7; D=-4; /I: I=-4; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19; /M: SY='K'; M= -5, 4,-19, 4, 7,-19, -9, -5,-18, 8,-19,-12, 7, -6, 4, 6, 5, 0,-15,-23,-13, 5; D=-4; /I: I=-4; DM=-19; /M: M= -9, -8,-24, -8, -7,-10,-18,-14, -5, -5, -5, -1, -8,-13, -5, -7, -8, -5, -3,-24, -9, -6; /M: SY='L'; M= -9,-21,-16,-22,-13, 2,-28,-15, 9,-20, 22, 8,-20,-24,-11,-16,-16, -3, 5,-20, 1,-12; /M: SY='P'; M= -4, -8,-30, -3, 10,-26,-14,-12,-21, -3,-25,-17, -7, 36, 1,-10, 1, -5,-24,-29,-22, 4; /M: SY='D'; M=-11, 23,-25, 32, 16,-27,-13, -5,-27, 2,-22,-20, 11,-11, 0, -6, 3, -2,-21,-34,-16, 8; /M: SY='P'; M= -6, -4,-27, -3, 2,-23,-18,-13,-18, 7,-20,-12, -4, 12, -3, 2, -3, 0,-15,-27,-17, -2; /M: SY='W'; M=-20,-37,-43,-39,-30, 25,-22,-26,-15,-22,-13,-15,-35,-30,-24,-20,-35,-25,-23,117, 32,-22; /M: SY='F'; M=-11,-15,-20,-20,-18, 15,-25,-10, 3,-15, 1, 1,-11,-23,-18, -9, -8, 2, 5,-13, 11,-18; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='S'; M= 2, -1,-20, -1, -1,-20, 0, -9,-19, -3,-21,-12, 2,-13, -1, -7, 13, 3,-13,-27,-13, -1; /M: SY='M'; M=-11, -4,-17, -9, -7, -8,-19, -5, -7, -3, -2, 10, -3,-19, -1, 2, -7, -2, -8,-24, -6, -4; /I: I=-3; MD=-17; /M: SY='N'; M= -4, 15,-16, 3, -1,-19, -9, -1,-17, 4,-19,-12, 25,-18, 2, 4, 2, -2,-20,-30,-15, 0; D=-3; /I: I=-3; MD=-17; /M: SY='P'; M= -7, -8,-26, -7, 0,-18,-11,-12,-18, -4,-20,-13, -4, 17, -4, -4, 0, -1,-18,-26,-17, -4; D=-3; /I: I=-3; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17; /M: SY='D'; M=-14, 11,-27, 18, 1,-17,-12, -6,-21, -7,-15,-16, 0, -7, -6,-11,-10,-11,-21, 5, -5, -2; D=-3; /I: I=-3; DM=-17; /M: SY='P'; M= -6, -4,-22, -4, 0,-19,-11,-10,-14, 0,-19,-12, -1, 20, -4, -3, 0, -1,-14,-24,-17, -4; D=-3; /I: I=-3; DM=-17; /M: SY='R'; M= -1, -6,-20, -7, 0,-15, -5, -9,-16, 0,-13, -9, -4, -1, 0, 1, 0, -2,-13,-19,-12, -1; D=-3; /I: I=-3; DM=-17; /M: SY='Y'; M=-12, -1,-23, -1, -3, -1,-14, 3,-12, -5,-10, -5, 0,-18, -3, -2, -5, -7,-12,-14, 7, -4; D=-3; /I: I=-3; DM=-17; /M: SY='N'; M= -3, 6,-10, -1, -7,-18,-11, -7,-10, -7,-13, -6, 10,-19, -5, -8, 0, -4,-10,-32,-16, -6; /M: SY='S'; M= -3, 8,-18, 7, 2,-21, -7, 2,-23, 0,-27,-17, 14,-13, 3, 3, 18, 7,-17,-34,-13, 2; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='D'; M= -4, 16,-22, 19, 18,-26, -7, -1,-25, 0,-25,-20, 14,-10, 4, -5, 11, -1,-21,-35,-19, 11; /M: SY='V'; M= 0, -5,-20, -4, -7,-15,-20,-16, 3,-11, -3, -2,-10,-18, -9,-15, -4, -4, 8,-28,-12, -9; /M: SY='P'; M= -4,-12,-30, -7, 1,-23,-17,-16,-16, -8,-22,-15,-12, 40, -6,-13, -2, -5,-18,-29,-22, -5; /M: SY='E'; M= -1, 4,-27, 9, 39,-30,-14, -2,-26, 8,-19,-15, -1, -4, 20, -1, 1, -9,-25,-26,-18, 29; /M: SY='E'; M=-13, 19,-26, 30, 32,-33,-14, -2,-32, 6,-22,-20, 6, -8, 12, -1, -2,-10,-28,-32,-19, 22; /M: SY='I'; M= -8,-16,-26,-18, -7,-11,-23,-17, 8, -9, 5, 5,-13,-13, -5,-11,-11, -7, 2,-23, -8, -8; /M: SY='E'; M= -8, -3,-25, -4, 3,-14,-15, -3,-16, -7,-15,-10, -3,-10, 0, -8, 0, 2,-16, -9, -2, 1; /M: SY='T'; M= -4, 1,-22, -1, -3,-14,-18, -6,-12, 0,-14, -8, -1,-13, 0, -4, 1, 4,-10,-20, 0, -3; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
Total number of hits | 28 in 28 different sequences |
Number of true positive hits | 28 in 28 different sequences |
Number of 'unknown' hits | 0 |
Number of false positive hits | 0 |
Number of false negative sequences | 2 |
Number of 'partial' sequences | 0 |
Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 93.33 % |
Comments [info]
Matrix type [info] | protein_domain |
Scaling database [info] | window20 |
Author [info] | N_Hulo |
Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
Maximum number of repetitions [info] | 1 |
Feature key [info] | ZN_FING |
Feature description [info] | CW-type |
Version [info] | 6 |
Cross-references [info]
UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
28 sequences
ASHH2_ARATH (Q2LAE1), CWZF3_ORYSJ (Q0DRX6), CWZF5_ORYSJ (Q0DIQ5), CWZF7_ORYSJ (A0A0P0X9Z7), FB304_ARATH (Q9M1I1), KDM1B_HUMAN (Q8NB78), KDM1B_MOUSE (Q8CIG3), MBD12_ARATH (Q9FZP6), MBD1_ARATH (Q5XEN5), MBD2_ARATH (Q8LA53), MBD4_ARATH (Q9LYB9), MOR2A_MOUSE (Q69ZX6), MOR2B_MOUSE (Q8C5W4), MORC1_HUMAN (Q86VD1), MORC1_MOUSE (Q9WVL5), MORC2_HUMAN (Q9Y6X9), MORC3_HUMAN (Q14149), MORC3_MOUSE (F7BJB9), MORC4_HUMAN (Q8TE76), MORC4_MOUSE (Q8BMD7), VAL1_ARATH (Q8W4L5), VAL2_ARATH (Q5CCK4), Y7633_ORYSJ (Q0D5G4), Y7797_ORYSJ (Q6Z3U3), ZCPW1_HUMAN (Q9H0M4), ZCPW1_MOUSE (Q6IR42), ZCPW2_HUMAN (Q504Y3), ZCPW2_MOUSE (Q08EN7)» more
|
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
2 sequences
MBD3_ARATH (Q4PSK1), ULT1_ARATH (Q8GZA8) |
PDB [Detailed view] |
35 PDB
2E61; 2L7P; 2RR4; 4FWE; 4FWF; 4FWJ; 4GU0; 4GU1; 4GUR; 4GUS; 4GUT; 4GUU; 4HSU; 4O62; 4QQ4; 4Z0O; 4Z0R; 5IX1; 5IX2; 5OF9; 5OFA; 5OFB; 5SVI; 5SVX; 5SVY; 5YVX; 6O1E; 6O5W; 6QXZ; 6R1U; 6R25; 7K7T; 7XE1; 7XE2; 7XE3 » more |