PROSITE entry PS51051

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	DSL
Accession [info]	PS51051
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2004 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51051
Associated ProRule [info]	PRU00377

Name and characterization of the entry

Description [info]

DSL domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=45;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=41;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.8295677; R2=0.0097802; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2493.5966797; R2=2.9556451; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=764; H_SCORE=4752; N_SCORE=10.3; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=376; H_SCORE=3605; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-50; I=-50; B1=-200; E1=-200; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='I';  M= -7,-17,-19,-25,-25,  5,-28,-22, 24,-21,  6,  7,-10,-25,-22,-20,-11, -4, 24,-25, -5,-25;
/M: SY='K';  M= -4,-11,-21,-13,-10,-15,-10,-18, -7,  1, -9, -4, -8,-17,-10, -4, -2,  1,  1,-25,-12,-10;
/M: SY='C';  M=-10,-15, 90,-26,-27,-18,-28,-26,-21,-27,-17,-16,-12,-36,-26,-27, -9, -9, -8,-46,-26,-27;
/M: SY='B';  M= -4, 14,-24, 14,  4,-20,-13, -4,-16, -1,-18,-14, 10,-14, -2, -7,  0, -5,-15,-25, -7,  0;
/M: SY='R';  M=-12,  1,-28,  5, 19,-25,-18, -5,-27, 14,-22,-16,  0,  0,  8, 21,  0, -4,-23,-27,-16, 11;
/M: SY='N';  M=-12, 14,-22,  3, -5, -8,-13, 12,-12, -6,-14, -9, 25,-21,  0, -4, -1, -1,-20,-22,  4, -4;
/M: SY='W';  M=-19,-31,-39,-31,-25, 18,-25, -8, -8,-17, -5, -8,-31,-30,-16,-16,-31,-20,-18, 83, 48,-20;
/M: SY='Y';  M=-19,-16,-27,-19,-14, 24,-26, 20,-13, -6, -6, -2, -9,-25,-11,  1,-16,-12,-13, -1, 31,-14;
/M: SY='G';  M= -1, -8,-28, -9,-15,-29, 52,-17,-35,-16,-27,-17,  0,-18,-11,-16,  2,-12,-27,-21,-26,-13;
/M: SY='H';  M= -7, -1,-25, -2, 10,-15, -8, 12,-22, -4,-14,-10,  3,-15,  1,  0, -2, -9,-20,-26, -8,  4;
/M: SY='H';  M= -5,  1,-25,  2,  1,-22, -9, 11,-25,  6,-22,-11,  3,-15,  6,  9,  2, -6,-19,-24, -5,  2;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='E';  M= -3, 14,-24, 19, 21,-28, -4, -5,-29,  1,-24,-20,  8, -9,  4, -2,  8, -4,-23,-32,-20, 12;
/M: SY='K';  M=-10,  1,-25, -1, -1,-21,-19,  5,-16, 11,-19, -7,  4,-15,  1,  8, -3, -4,-11,-27, -7, -2;
/M: SY='F';  M=-11,-21,-21,-27,-20, 41,-24, -1, -5,-22,  3, -1,-14,-26,-23,-16,-11, -7, -5,  0, 25,-20;
/M: SY='C';  M=-10,-18,105,-27,-25,-22,-29,-26,-29,-26,-20,-18,-18,-37,-21,-26, -9,-10,-12,-47,-28,-23;
/M: SY='D';  M=-14, 11,-19, 12,  2,-25,-19,  2,-20,  8,-20,-12,  7,-16, -1,  3, -7,-10,-17,-30,-10, -1;
/M: SY='P';  M= -6,  4,-30, 12, 18,-31,-15, -8,-26,  2,-25,-18, -3, 23,  7, -7,  0, -7,-26,-30,-21, 11;
/M: SY='R';  M=-15,  7,-28, 10, 12,-25,-16,  7,-30, 16,-24,-15,  9,-14,  8, 30, -2, -8,-23,-28,-12,  8;
/M: SY='D';  M= -7,  8,-25, 12,  5,-20,-15, -7,-21, -3,-16,-13,  1, -5,  4, -7,  1, -2,-18,-27,-12,  4;
/M: SY='D';  M= 11, 24,-20, 27,  5,-29, -5, -7,-25, -4,-22,-20, 11,-11, -4,-13,  5, -5,-17,-32,-20,  0;
/M: SY='H';  M= -4, -9,-22,-13, -7,-10,-18,  9,-12, -4,-10, -4, -3,-17, -3,  3, -1, -2, -9,-24, -3, -7;
/M: SY='F';  M= -9, -9,-21,-15,-11, 11,-19,  7,-13, -8, -8, -5, -2,-20,-11, -2, -5, -3,-11,-17,  6,-11;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='G';  M=  3,-11,-15,-14,-14,-12, 12,-14, -4,-13, -7, -1, -7,-14,-12,-14, -1, -6,  0,-17,-13,-14; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='H';  M= -8,  0,-21, -2, -5,-17, 11, 25,-23, -6,-18, -8,  8,-14, -2,  0, -3,-12,-21,-19, -5, -5; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='Y';  M=-17,-18,-29,-21,-14, 17,-25, -3,-11,  4, -8, -1,-14,-24, -9,  8,-18,-12,-12, 14, 29,-12;
/M: SY='R';  M= -9, -9,-23, -8,  2,-16,-20, -3,-14,  7,-11, -6, -6,-17,  0, 17, -3, -2, -6,-26,-10,  0;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='D';  M=-13, 36,-24, 40, 11,-31, -8,  1,-29, -1,-28,-23, 27,-13,  3, -6,  7,  0,-26,-38,-19,  7;
/M: SY='E';  M= -6, -1,-28,  3, 12,-20,-18, -3,-19,  2,-19,-12, -3,  3,  5, -4, -3, -8,-19,-25,-12,  8;
/M: SY='Q';  M=-13, 14,-27, 15,  8,-28,-15,  7,-21,  7,-18, -6, 10,-14, 16,  3, -4, -9,-23,-28,-10, 12;
/M: SY='G';  M= -2, -4,-30, -2,-16,-31, 62,-18,-40,-18,-30,-21,  2,-19,-18,-19,  0,-19,-30,-22,-29,-17;
/M: SY='N';  M= -7, 10,-24,  7, -1,-25,  2, -5,-23,  1,-24,-14, 14,-16,  4,  1,  4, -2,-20,-29,-17,  1;
/M: SY='L';  M=-14,-20,-26,-22,-13,  4,-26,-11,  0, -4,  8,  7,-17,-16,-10,  2,-19,-10, -4,-12,  6,-13;
/M: SY='G';  M= -3, -9,-21,-11,-11,-19,  6,-16,-18, -2,-18,-11, -4,-18,-10,  2,  4,  3, -6,-26,-17,-11;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='L';  M= -6,-12,-23,-13,-10, -8,-20, -3,  0,-18, 13,  6,-12, -8,-10,-15,-16, -9, -6,-25, -7,-11;
/M: SY='P';  M=-11, -5,-34,  0, 11,-26,-21,-12,-13, -6,-20,-14, -6, 35,  1,-13, -7, -9,-21,-29,-21,  3;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='W';  M=-17,-32,-37,-34,-26, 19,-24,-21,-10,-16, -7,-10,-31,-29,-21,-16,-30,-20,-15, 82, 28,-20;
/M: SY='T';  M= -4, -4,-10, -8, -1,-18,-17, -1,-17, -2,-14, -5, -2,-14,  4,  3,  7, 11,-11,-29,-10,  1;
/M: SY='G';  M= -1, -5,-29, -7,-18,-29, 63,-17,-38,-18,-30,-20,  6,-20,-18,-18,  1,-18,-30,-22,-29,-18;
/M: SY='P';  M= -9,  3,-30,  9,  2,-27, -8,-12,-24, -6,-25,-19,  0, 25, -6,-12,  0, -6,-24,-32,-23, -4;
/M: SY='B';  M=-15, 16,-28, 16,  4,-18,-14,  6,-22,  1,-18,-14, 13,-17, -1, -2, -7,-10,-23,-16, -4,  1;
/M: SY='C';  M=-10,-14,106,-25,-27,-20,-27,-26,-29,-27,-21,-20,-12,-38,-27,-27, -8, -9,-12,-49,-29,-27;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_04 which contains 571'864 sequence entries.

Total number of hits	23 in 23 different sequences
Number of true positive hits	23 in 23 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	3
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	88.46 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	V_Lesaux
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	DSL
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

23 sequences

APX1_CAEEL  (P41990), DLL1_HUMAN  (O00548), DLL1_MOUSE  (Q61483),

DLL1_RAT(P97677), DLL4_HUMAN  (Q9NR61), DLL4_MOUSE  (Q9JI71), 
DLL4_RAT(D3ZHH1), DLLA_DANRE  (Q6DI48), DLLB_DANRE  (O57409), 
DLLC_DANRE  (Q9IAT6), DLLD_DANRE  (Q8UWJ4), DL_DROME(P10041), 
DSL1_CAEEL  (O45201), JAG1A_DANRE (Q90Y57), JAG1B_DANRE (Q90Y54), 
JAG1_HUMAN  (P78504), JAG1_MOUSE  (Q9QXX0), JAG1_RAT(Q63722), 
JAG2_HUMAN  (Q9Y219), JAG2_MOUSE  (Q9QYE5), JAG2_RAT(P97607), 
LAG2_CAEEL  (P45442), SERR_DROME  (P18168)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences

3 sequences

DLL3_HUMAN  (Q9NYJ7), DLL3_MOUSE  (O88516), DLL3_RAT(O88671)

PDB
[Detailed view]

16 PDB

2KB9; 2VJ2; 4CBZ; 4CC0; 4CC1; 4XBM; 4XL1; 4XLW; 5BO1; 5MVX; 5MW5; 5MW7; 5MWF; 5UK5; 7ALK; 7ALT
» more