PROSITE entry PS51053
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
Entry name [info] | SERTA |
Accession [info] | PS51053 |
Entry type [info] | MATRIX |
Date [info] |
01-JAN-2005 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 24-JAN-2024 INFO UPDATE. |
PROSITE Doc. [info] | PDOC51053 |
Associated ProRule [info] | PRU00396 |
Name and characterization of the entry
Description [info] | SERTA domain profile. |
Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=48; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=44; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0283349; R2=0.0138353; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2580.4648438; R2=2.0314844; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=468; H_SCORE=3531; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=324; H_SCORE=3239; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='Y'; M=-14,-20,-30,-19,-12, 4,-28, 0, 3,-13, 3, 2,-19, -8, -3,-12,-17,-10, -8, 0, 29,-11; /M: SY='R'; M= 1, -6,-20,-11, -2,-12,-15,-10,-17, 5,-16, -9, -2,-14, 5, 7, 5, 5,-12,-21, -8, 1; /M: SY='E'; M= -7, -4,-21, 1, 8,-13,-20,-12, -6,-11, 3, -5, -9,-16, -5,-12, -4, -4, -3,-30,-13, 1; /M: SY='Q'; M= -1, -2,-24, -2, 15,-19,-19, 1,-17, 1,-14, -8, -5,-11, 19, -3, 1, -1,-18,-16, 0, 16; /M: SY='R'; M=-14, -7,-27, -7, 3,-23,-17, 0,-27, 21,-22,-10, 2,-17, 17, 48, -1, -5,-20,-23,-12, 6; /M: SY='Q'; M= 0, -5,-23, -6, 7,-27,-16, -3,-15, 5,-13, -3, -4,-13, 25, 3, 2, -4,-17,-23,-11, 16; /M: SY='S'; M= 4, -3,-18, -6, -2,-20,-11, 1,-21, 4,-21,-12, 2,-13, 1, 6, 13, 9,-12,-29,-11, -2; /M: SY='I'; M=-10,-30,-25,-35,-25, 5,-35,-25, 36,-30, 34, 20,-25,-25,-20,-25,-25,-10, 21,-20, 0,-25; /M: SY='F'; M=-14,-27,-21,-30,-20, 28,-29,-17, 7,-22, 28, 10,-23,-29,-22, -8,-24,-10, 3,-11, 8,-20; /M: SY='B'; M=-16, 22,-27, 22, 6,-23,-12, 7,-25, 5,-24,-16, 21,-17, 9, 9, -1, -7,-26,-26, -6, 6; /M: SY='L'; M=-10,-27,-23,-33,-23, 4,-31,-18, 30,-25, 33, 30,-24,-24,-15,-21,-24,-10, 16,-20, 0,-21; /M: SY='S'; M= 7, -3, 9, -4, -4,-20, -4,-13,-21,-13,-29,-20, 6,-14, -4,-13, 33, 16,-10,-41,-21, -4; /M: SY='L'; M= 0,-26,-17,-29,-20, 3,-24,-19, 17,-23, 31, 19,-26,-26,-17,-19,-20, -7, 15,-22, -4,-19; /M: SY='M'; M=-13, -7,-23, -5, -4, -1,-23, 5, -4,-13, 3, 7,-10,-20, -9,-12,-13,-10, -2,-23, 0, -7; /M: SY='K'; M=-10, 0,-30, 0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10, 0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10; /M: SY='L'; M= -8,-29,-18,-30,-22, 7,-29,-19, 22,-26, 39, 24,-29,-29,-19,-19,-25, -8, 16,-22, -2,-20; /M: SY='Q'; M=-10, -2,-27, 0, 13,-21,-19, 19,-21, 6,-19, -7, 0,-13, 22, 3, -1, -8,-23,-18, 6, 16; /M: SY='R'; M=-17, -6,-26,-10, -6, -5,-19, 12,-18, 4, -8, -5, 5,-23, -1, 26,-11,-10,-17,-21, -1, -6; /M: SY='S'; M= -7,-14, -1,-20,-16, -2,-22, -2, -2,-21, -9, -4, -6,-21,-13,-18, 2, -2, -2,-28, -3,-16; /M: SY='R'; M=-15, -7,-27, -4, -3,-14,-22, 6,-16, 5, -1, -1, -6,-21, 0, 17,-15,-11,-13,-24, -4, -4; /M: SY='Q'; M=-11, 5,-30, 11, 5,-31, -3, -4,-23, -3,-20, -6, -1, 3, 12, -8, -4,-12,-24,-27,-18, 8; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='L'; M= -6,-16,-18,-15, -7, -8,-19,-12, 4,-12, 8, 4,-16, 0, -3,-10,-12, -6, 0,-18, -8, -6; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='S'; M= 0, -8,-17, -9, -6,-17,-13,-14,-13, -5,-20,-13, -2, -3, -5, 0, 16, 14, -4,-33,-17, -7; /M: SY='E'; M= 0, 7,-27, 14, 49,-28,-17, -3,-27, 7,-18,-18, -2, -2, 15, -3, 2, -8,-25,-28,-20, 32; /M: SY='P'; M= 0,-17,-31,-12, -2,-27,-18,-17,-13, -8,-21,-13,-17, 49, -3,-16, -6, -7,-17,-27,-24, -6; /M: SY='N'; M= -4, 17,-18, 14, 1,-17, -5, 1,-21, -6,-27,-19, 22,-15, -1, -7, 19, 6,-19,-32, -9, -1; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20, 0,-20; /M: SY='R'; M=-17,-11, -9,-13, -4,-17,-23, 0,-24, 13,-17, -8, -5,-23, 10, 36,-10,-10,-19,-18, -1, -1; /M: SY='R'; M=-18, -7,-30, -7, 2,-22,-20, 13,-30, 27,-22, -8, 2,-18, 10, 53,-10,-12,-22,-22, -5, 2; /M: SY='S'; M= 1, -5,-15, -6, -5,-14,-11, 5,-14,-13,-13, -9, 2,-15, -3,-10, 18, 14, -9,-34, -9, -5; /M: SY='V'; M= 0,-30,-10,-30,-30, 0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10, 0, 50,-30,-10,-30; /M: SY='L'; M=-10,-29, 0,-30,-21, 6,-30,-21, 13,-30, 40, 14,-29,-31,-21,-21,-27,-10, 7,-24, -4,-21; /M: SY='I'; M= -8,-30,-27,-38,-30, 0,-38,-30, 47,-28, 18, 18,-22,-22,-22,-28,-18, -8, 33,-22, -2,-30; /M: SY='N'; M= -2, 8, 0, -3,-10,-17,-12, 9,-14,-10,-18,-11, 18,-23, -8,-10, 1, -5,-11,-35,-13,-10; /M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20, 0,-20, 0, 10,-20, 0,-30,-20, 60,-20, 0, 0, 10, 0,-30,-40,-20, 0; /M: SY='T'; M= -3, -7,-13,-15,-13, -6,-21,-17, -2,-12, 2, 4, -7,-14,-10,-11, 8, 34, 3,-27, -7,-11; /M: SY='L'; M=-10,-27,-20,-29,-21, 10,-29,-13, 19,-23, 34, 20,-27,-29,-18,-17,-25, -9, 13,-14, 10,-20; /M: SY='R'; M=-14, -7, -8, -9, 1,-26,-21, -5,-28, 23,-22,-10, -3,-19, 12, 36, -8,-10,-20,-24,-13, 5; /M: SY='R'; M=-17, -7,-30, -7, 6,-26,-20, 3,-27, 24,-20, -7, 0,-17, 25, 52, -7,-10,-23,-20,-10, 12; /M: SY='I'; M=-10,-30,-27,-37,-27, 3,-37,-27, 41,-30, 29, 20,-23,-23,-20,-27,-23,-10, 24,-20, 0,-27; /M: SY='Q'; M=-12, 12,-29, 12, 15,-35,-16, 19,-24, 5,-23, -7, 12,-13, 38, 5, 0,-10,-30,-27, -9, 26; /M: SY='E'; M= 7, 5,-24, 7, 15,-27, -2, -8,-26, 2,-19,-17, 0, -9, 2, -1, 2, -8,-19,-26,-20, 8; /M: SY='E'; M= 3, 5,-24, 11, 40,-27,-14, -5,-25, 4,-20,-18, 0, -3, 12, -5, 8, -4,-22,-30,-20, 26; /M: SY='L'; M=-10,-27,-22,-32,-22, 5,-30,-17, 27,-24, 34, 32,-25,-25,-14,-20,-25,-10, 15,-20, 0,-20; /M: SY='R'; M= -3, -7,-24, -9, 3,-19,-19,-11,-15, 12,-14, -8, -4,-13, 2, 18, -3, 0,-10,-23,-12, 1; /M: SY='Q'; M= -4,-13,-26,-14, -1,-20,-19, -6, -9, -1, -4, 4,-11, -1, 13, 3, -9, -9,-14,-22,-12, 5; /M: SY='E'; M= 7, 8,-24, 12, 28,-29,-12, -5,-24, 2,-18,-16, 0, -6, 12, -7, 3, -7,-21,-27,-19, 20; /M: SY='G'; M= 10, -5,-25, -8, -7,-26, 15,-15,-25, -3,-24,-16, 1, 2, -9,-11, 1, -9,-20,-24,-23, -9; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
Total number of hits | 10 in 10 different sequences |
Number of true positive hits | 10 in 10 different sequences |
Number of 'unknown' hits | 0 |
Number of false positive hits | 0 |
Number of false negative sequences | 0 |
Number of 'partial' sequences | 0 |
Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
Matrix type [info] | protein_domain |
Scaling database [info] | reversed |
Author [info] | CJA_Sigrist |
Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
Maximum number of repetitions [info] | 1 |
Feature key [info] | DOMAIN |
Feature description [info] | SERTA |
Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
10 sequences
CDCA4_HUMAN (Q9BXL8), CDCA4_MOUSE (Q9CWM2), SRTD1_HUMAN (Q9UHV2), SRTD1_MOUSE (Q9JL10), SRTD2_HUMAN (Q14140), SRTD2_MOUSE (Q9JJG5), SRTD3_HUMAN (Q9UJW9), SRTD3_MOUSE (Q9ERC3), SRTD4_HUMAN (Q9NUC0), SRTD4_MOUSE (A7DTG3)» more
|