PROSITE entry PS51058
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
Entry name [info] | ZF_CXXC |
Accession [info] | PS51058 |
Entry type [info] | MATRIX |
Date [info] |
01-JAN-2005 CREATED;
13-FEB-2019 DATA UPDATE; 03-MAY-2023 INFO UPDATE. |
PROSITE Doc. [info] | PDOC51058 |
Associated ProRule [info] | PRU00509 |
Name and characterization of the entry
Description [info] | Zinc finger CXXC-type profile. |
Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=48; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=44; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.9837625; R2=0.0100230; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2157.0463867; R2=2.8840206; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=551; H_SCORE=3746; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=351; H_SCORE=3169; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-10; D=-20; I=-20; B1=-200; E1=-200; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='S'; M= 3, -8,-18,-11, -6,-23, -7,-12,-17, -2,-16,-11, 0,-10, -5, -3, 5, -1,-12,-30,-20, -6; /M: SY='K'; M= -5,-13,-22,-16, -8,-16,-11,-13,-17, 3,-14, -4, -8, -8, -4, -2, -3, -8,-13,-24,-15, -7; /M: M= -5,-17,-19,-19, -8, -9,-20,-13, -9, -1, -4, -1,-13,-20, -6, -2, -6, -8, -7,-21, -8, -8; /M: SY='R'; M= -7, -6,-27,-14, 3,-27,-18, 1,-28, 25,-20,-11, 0,-15, 8, 27, -3, -8,-23,-29,-16, 3; /M: SY='R'; M= -8, -6,-28,-13, 4,-28,-18, -4,-27, 20,-19, -9, 1,-17, 8, 31, -3, -8,-24,-29,-20, 4; /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; /M: SY='K'; M= -5, -8,-22,-12, -3,-22,-19,-12,-13, 7,-14, -7, -4,-16, -1, 7, -5, -1, -7,-29,-17, -4; /M: SY='R'; M= -4, -9,-27,-13, -4,-28, 2, -9,-29, 5,-24,-14, -3,-14, -1, 16, -4,-11,-25,-27,-23, -5; /M: SY='C'; M= 2,-29, 85,-29,-38,-20,-28,-29,-10,-29,-10,-10,-29,-29,-29,-29, -9, -9, -9,-21,-20,-29; /M: SY='G'; M= 0, -8,-28,-10,-16,-29, 44,-16,-37,-13,-35,-26, 3,-19,-15,-11, 0,-16,-28,-23,-28,-16; /M: SY='V'; M= -2,-11,-18,-11, -1,-19,-21,-14, -5, -3, -8, -3,-10,-16, -3, -8, -4, 0, 2,-28,-15, -2; /M: SY='C'; M= 0,-30, 90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30; /M: SY='E'; M= -3, -2,-28, 2, 19,-26,-16, -7,-24, 5,-23,-14, -6,-11, 10, 2, -1, -7,-17,-23,-18, 15; /M: SY='G'; M= 11,-13,-17,-11,-13,-25, 14,-20,-19,-15,-22,-17,-11, -7,-14,-17, 1, -9,-11,-28,-24,-13; /M: SY='C'; M= 0,-30, 90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30; /M: SY='Q'; M= -8,-13,-20,-15, 1,-22,-24,-10,-15, 4, -6, 2, -9,-17, 17, 7, -6, -8,-11,-23,-13, 5; /I: I=-6; MD=-32; /M: SY='R'; M= -4,-13,-13,-17, -5,-18,-20,-11, -9, 1, -7, 1, -8,-15, 4, 8, -6, -1, -5,-22,-13, -3; D=-6; /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='K'; M= -6, -8,-25, -8, 2,-29,-19,-11,-24, 9,-20,-11, -5, 4, 6, 7, -2, 1,-17,-29,-21, 3; /I: I=-6; MD=-32; /M: SY='E'; M= -6, 2,-19, 7, 13,-17,-13, -7,-11, -2,-14, -9, -2, -9, 3, -7, 0, -1, -7,-21,-14, 9; D=-6; /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='D'; M=-18, 31,-31, 40, 18,-30, -9, -4,-30, -5,-36,-26, 20,-10, 2,-12, 2, -7,-28,-39,-26, 11; /M: SY='C'; M= 0,-30, 90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30; /M: SY='G'; M= -3, -6,-31, -5, -8,-30, 43,-15,-38,-14,-37,-26, 2,-18,-10,-15, 0,-17,-28,-22,-27, -9; /M: SY='Q'; M= -8, -3,-25, -5, 5,-22,-16, 0,-17, 2,-18,-10, -2,-15, 6, -3, -3, -7,-11,-27,-12, 5; /M: SY='C'; M= 0,-30, 90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30; /M: SY='S'; M= -3, -3,-15, -1, -2,-21,-16, -9,-15, -4,-16,-11, -1,-11, -5,-11, 6, 6,-11,-28,-18, -3; /M: SY='F'; M= 0,-19,-14,-20,-17, 1,-16,-14, -1,-17, -7, -5,-14,-19,-16,-20, -4, -4, 1,-18, 0,-17; /M: SY='C'; M= 0,-30, 90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30; /M: SY='R'; M= -9,-20,-16,-25,-10,-17,-28,-15, -9, 6, 4, 4,-13,-22, 0, 10,-11,-10,-10,-24,-15, -9; /M: SY='D'; M=-14, 19,-26, 26, 5,-25,-10,-10,-21, -9,-24,-19, 11,-15, -4,-13, -1, -8,-21,-36,-24, 0; /I: I=-4; MD=-21; /M: SY='K'; M= -7,-12,-19,-16, -4,-17,-16,-12,-13, 11, -5, 9, -7,-13, 5, 6, -2, -8,-10,-20,-15, -1; D=-4; /I: I=-4; MD=-21; /M: SY='P'; M= -5,-15,-17,-16, -8,-19,-19,-15, -9, 1, -7, -2,-12, 4, -5, -3, -5, -4, -5,-25,-16, -8; D=-4; /I: I=-4; MI=-21; MD=-21; IM=-21; DM=-21; /M: SY='K'; M=-11, -6,-25,-12, 1,-17,-19, 1,-22, 20,-15, -8, -4, -8, 4, 9, -5,-11,-17,-22, -9, 1; D=-4; /I: I=-4; DM=-21; /M: SY='F'; M=-14,-15,-20,-17,-16, 21,-21, -6, -8,-13, -8, -5,-12,-22,-16,-15,-10,-12,-12, -7, 9,-16; D=-4; /I: I=-4; DM=-21; /M: SY='G'; M= -4, -5,-27, -2, -8,-26, 29,-11,-32,-13,-33,-24, -1, -6,-11,-15, -2,-15,-24,-22,-23, -9; D=-4; /I: I=-4; DM=-21; /M: SY='G'; M= -5, -6,-24, -7, -9,-23, 21,-10,-25,-10,-24,-18, 1,-17,-10, -9, -3,-13,-19,-22,-20,-10; D=-4; /I: I=-4; DM=-21; /M: SY='P'; M= -2,-13,-20,-14, -6,-20,-14,-10,-19, 2,-14, -8, -9, 3, -3, 2, -2, -6,-15,-26,-16, -6; D=-4; /I: I=-4; DM=-21; /M: SY='N'; M= -9, 6,-28, 2, -3,-28, 12, -2,-32, -2,-31,-21, 15,-14, -3, -5, 5,-10,-27,-29,-21, -3; /M: SY='R'; M= -7,-12,-22,-16, -7,-21,-18,-13,-10, 3,-10, -5, -6,-19, -2, 7, -5, -4, -9,-28,-17, -6; /I: I=-4; MD=-21; /M: SY='K'; M= -3,-12,-17,-14, -7,-17,-12,-11,-15, 3,-11, -4, -7, -9, -4, -6, 3, -4,-11,-18,-14, -6; D=-4; /I: I=-4; MD=-21; /M: SY='K'; M=-11, -6,-26,-11, 2,-17,-13, 3,-26, 16,-21,-12, -2,-16, 2, 9, -4,-11,-22,-15, -8, 1; D=-4; /I: I=-4; MD=-21; /M: SY='Q'; M= -5, -4,-16, -6, 8,-25,-17, -4,-24, 9,-16, -3, -3,-11, 27, 10, -1, -8,-17,-20,-12, 15; D=-4; /I: I=-4; MD=-21; /M: SY='K'; M= 2,-11, -4,-13, -7,-14,-14,-14, -6, 3, -5, -1, -8,-12, -5, -5, 2, -2, -3,-21,-13, -6; D=-4; /I: I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21; /M: SY='C'; M= 0,-30, 90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30; /M: SY='K'; M= -5,-15,-20,-17, -5,-18,-25,-16, -4, 4, -2, 1,-14,-18, -3, 0, -9, -8, -1,-28,-16, -5; /M: SY='K'; M=-12,-15,-23,-18, -4,-10,-25,-11,-14, 5, -4, 4,-12,-20, 5, 2, -9,-11,-12,-13, -7, -2; /M: SY='R'; M=-10, -9,-30,-19, 1,-30,-20, -1,-30, 22,-20,-10, 0,-19, 10, 48, -9,-10,-29,-30,-20, 1; /M: SY='R'; M=-10, -8,-28,-14, 4,-25,-20, -4,-27, 18,-18, -7, -2,-17, 16, 28, -6, -8,-23,-25,-16, 6; /M: SY='C'; M= 0,-30, 90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30; /M: M= -9,-16,-20,-14, -7,-15,-26,-17, -3,-11, 0, -1,-12, -9, -6,-15, -8, -5, -3,-27,-15, -8; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
Total number of hits | 47 in 43 different sequences |
Number of true positive hits | 47 in 43 different sequences |
Number of 'unknown' hits | 0 |
Number of false positive hits | 0 |
Number of false negative sequences | 1 |
Number of 'partial' sequences | 0 |
Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 97.92 % |
Comments [info]
Matrix type [info] | protein_domain |
Scaling database [info] | window20 |
Author [info] | N_Hulo |
Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
Maximum number of repetitions [info] | 3 |
Feature key [info] | ZN_FING |
Feature description [info] | CXXC-type |
Version [info] | 6 |
Cross-references [info]
UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
43 sequences
CXXC1_BOVIN (Q5EA28 ), CXXC1_DROME (Q9W352 ), CXXC1_HUMAN (Q9P0U4 ), CXXC1_MOUSE (Q9CWW7 ), CXXC4_HUMAN (Q9H2H0 ), CXXC4_MOUSE (Q6NXI8 ), CXXC4_RAT (Q9EQC9 ), CXXC4_XENLA (Q800L6 ), CXXC4_XENTR (Q0VFP6 ), CXXC5_BOVIN (Q32LB3 ), CXXC5_HUMAN (Q7LFL8 ), CXXC5_MOUSE (Q91WA4 ), CXXC5_PONAB (Q5R7N4 ), CXXC5_RAT (Q5XIQ3 ), DNMT1_BOVIN (Q24K09 ), DNMT1_CHICK (Q92072 ), DNMT1_HUMAN (P26358 ), DNMT1_MOUSE (P13864 ), DNMT1_PARLI (Q27746 ), DNMT1_RAT (Q9Z330 ), FXL19_HUMAN (Q6PCT2 ), FXL19_MOUSE (Q6PB97 ), JHD1_DROME (Q9VHH9 ), KDM2A_HUMAN (Q9Y2K7 ), KDM2A_MOUSE (P59997 ), KDM2A_XENTR (Q5U263 ), KDM2B_HUMAN (Q8NHM5 ), KDM2B_MOUSE (Q6P1G2 ), KDM2B_XENLA (Q640I9 ), KMT2A_HUMAN (Q03164 ), KMT2A_MOUSE (P55200 ), KMT2B_HUMAN (Q9UMN6 ), KMT2B_MOUSE (O08550 ), MBD1_HUMAN (Q9UIS9 ), MBD1_MOUSE (Q9Z2E2 ), TET1_HUMAN (Q8NFU7 ), TET1_MOUSE (Q3URK3 ), TET3A_XENLA (A0A1L8GSA2), TET3B_XENLA (K9JHZ4 ), TET3_HUMAN (O43151 ), TET3_MOUSE (Q8BG87 ), TET3_XENTR (A0JP82 ), TET_DROME (M9NEY8 )» more
|
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
1 sequence
CFP1_CAEEL (Q9XUE7 ) |
PDB [Detailed view] |
32 PDB
2J2S; 2JYI; 2KKF; 3AV4; 3AV5; 3AV6; 3PT6; 3PTA; 3QMB; 3QMC; 3QMD; 3QMG; 3QMH; 3QMI; 3SWR; 4BBQ; 4D4W; 4HP1; 4HP3; 4NW3; 4O64; 4PZI; 4WXX; 4YOC; 4Z3C; 5EXH; 5VC9; 5W9Q; 5W9S; 5WY1; 6ASB; 6ASD » more |