PROSITE logo

PROSITE entry PS51058


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry

Entry name [info] ZF_CXXC
Accession [info] PS51058
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-JAN-2005 CREATED;
13-FEB-2019 DATA UPDATE;
03-MAY-2023 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC51058
Associated ProRule [info] PRU00509

Name and characterization of the entry

Description [info] Zinc finger CXXC-type profile.
Matrix / Profile [info] 
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=48;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=44;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.9837625; R2=0.0100230; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2157.0463867; R2=2.8840206; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=551; H_SCORE=3746; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=351; H_SCORE=3169; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-10; D=-20; I=-20; B1=-200; E1=-200; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...
 
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S';  M=  3, -8,-18,-11, -6,-23, -7,-12,-17, -2,-16,-11,  0,-10, -5, -3,  5, -1,-12,-30,-20, -6;
/M: SY='K';  M= -5,-13,-22,-16, -8,-16,-11,-13,-17,  3,-14, -4, -8, -8, -4, -2, -3, -8,-13,-24,-15, -7;
/M:         M= -5,-17,-19,-19, -8, -9,-20,-13, -9, -1, -4, -1,-13,-20, -6, -2, -6, -8, -7,-21, -8, -8;
/M: SY='R';  M= -7, -6,-27,-14,  3,-27,-18,  1,-28, 25,-20,-11,  0,-15,  8, 27, -3, -8,-23,-29,-16,  3;
/M: SY='R';  M= -8, -6,-28,-13,  4,-28,-18, -4,-27, 20,-19, -9,  1,-17,  8, 31, -3, -8,-24,-29,-20,  4;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='K';  M= -5, -8,-22,-12, -3,-22,-19,-12,-13,  7,-14, -7, -4,-16, -1,  7, -5, -1, -7,-29,-17, -4;
/M: SY='R';  M= -4, -9,-27,-13, -4,-28,  2, -9,-29,  5,-24,-14, -3,-14, -1, 16, -4,-11,-25,-27,-23, -5;
/M: SY='C';  M=  2,-29, 85,-29,-38,-20,-28,-29,-10,-29,-10,-10,-29,-29,-29,-29, -9, -9, -9,-21,-20,-29;
/M: SY='G';  M=  0, -8,-28,-10,-16,-29, 44,-16,-37,-13,-35,-26,  3,-19,-15,-11,  0,-16,-28,-23,-28,-16;
/M: SY='V';  M= -2,-11,-18,-11, -1,-19,-21,-14, -5, -3, -8, -3,-10,-16, -3, -8, -4,  0,  2,-28,-15, -2;
/M: SY='C';  M=  0,-30, 90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30;
/M: SY='E';  M= -3, -2,-28,  2, 19,-26,-16, -7,-24,  5,-23,-14, -6,-11, 10,  2, -1, -7,-17,-23,-18, 15;
/M: SY='G';  M= 11,-13,-17,-11,-13,-25, 14,-20,-19,-15,-22,-17,-11, -7,-14,-17,  1, -9,-11,-28,-24,-13;
/M: SY='C';  M=  0,-30, 90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30;
/M: SY='Q';  M= -8,-13,-20,-15,  1,-22,-24,-10,-15,  4, -6,  2, -9,-17, 17,  7, -6, -8,-11,-23,-13,  5;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='R';  M= -4,-13,-13,-17, -5,-18,-20,-11, -9,  1, -7,  1, -8,-15,  4,  8, -6, -1, -5,-22,-13, -3; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='K';  M= -6, -8,-25, -8,  2,-29,-19,-11,-24,  9,-20,-11, -5,  4,  6,  7, -2,  1,-17,-29,-21,  3;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='E';  M= -6,  2,-19,  7, 13,-17,-13, -7,-11, -2,-14, -9, -2, -9,  3, -7,  0, -1, -7,-21,-14,  9; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='D';  M=-18, 31,-31, 40, 18,-30, -9, -4,-30, -5,-36,-26, 20,-10,  2,-12,  2, -7,-28,-39,-26, 11;
/M: SY='C';  M=  0,-30, 90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30;
/M: SY='G';  M= -3, -6,-31, -5, -8,-30, 43,-15,-38,-14,-37,-26,  2,-18,-10,-15,  0,-17,-28,-22,-27, -9;
/M: SY='Q';  M= -8, -3,-25, -5,  5,-22,-16,  0,-17,  2,-18,-10, -2,-15,  6, -3, -3, -7,-11,-27,-12,  5;
/M: SY='C';  M=  0,-30, 90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30;
/M: SY='S';  M= -3, -3,-15, -1, -2,-21,-16, -9,-15, -4,-16,-11, -1,-11, -5,-11,  6,  6,-11,-28,-18, -3;
/M: SY='F';  M=  0,-19,-14,-20,-17,  1,-16,-14, -1,-17, -7, -5,-14,-19,-16,-20, -4, -4,  1,-18,  0,-17;
/M: SY='C';  M=  0,-30, 90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30;
/M: SY='R';  M= -9,-20,-16,-25,-10,-17,-28,-15, -9,  6,  4,  4,-13,-22,  0, 10,-11,-10,-10,-24,-15, -9;
/M: SY='D';  M=-14, 19,-26, 26,  5,-25,-10,-10,-21, -9,-24,-19, 11,-15, -4,-13, -1, -8,-21,-36,-24,  0;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='K';  M= -7,-12,-19,-16, -4,-17,-16,-12,-13, 11, -5,  9, -7,-13,  5,  6, -2, -8,-10,-20,-15, -1; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='P';  M= -5,-15,-17,-16, -8,-19,-19,-15, -9,  1, -7, -2,-12,  4, -5, -3, -5, -4, -5,-25,-16, -8; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-21; MD=-21; IM=-21; DM=-21;
/M: SY='K';  M=-11, -6,-25,-12,  1,-17,-19,  1,-22, 20,-15, -8, -4, -8,  4,  9, -5,-11,-17,-22, -9,  1; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='F';  M=-14,-15,-20,-17,-16, 21,-21, -6, -8,-13, -8, -5,-12,-22,-16,-15,-10,-12,-12, -7,  9,-16; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='G';  M= -4, -5,-27, -2, -8,-26, 29,-11,-32,-13,-33,-24, -1, -6,-11,-15, -2,-15,-24,-22,-23, -9; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='G';  M= -5, -6,-24, -7, -9,-23, 21,-10,-25,-10,-24,-18,  1,-17,-10, -9, -3,-13,-19,-22,-20,-10; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='P';  M= -2,-13,-20,-14, -6,-20,-14,-10,-19,  2,-14, -8, -9,  3, -3,  2, -2, -6,-15,-26,-16, -6; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='N';  M= -9,  6,-28,  2, -3,-28, 12, -2,-32, -2,-31,-21, 15,-14, -3, -5,  5,-10,-27,-29,-21, -3;
/M: SY='R';  M= -7,-12,-22,-16, -7,-21,-18,-13,-10,  3,-10, -5, -6,-19, -2,  7, -5, -4, -9,-28,-17, -6;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='K';  M= -3,-12,-17,-14, -7,-17,-12,-11,-15,  3,-11, -4, -7, -9, -4, -6,  3, -4,-11,-18,-14, -6; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='K';  M=-11, -6,-26,-11,  2,-17,-13,  3,-26, 16,-21,-12, -2,-16,  2,  9, -4,-11,-22,-15, -8,  1; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='Q';  M= -5, -4,-16, -6,  8,-25,-17, -4,-24,  9,-16, -3, -3,-11, 27, 10, -1, -8,-17,-20,-12, 15; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='K';  M=  2,-11, -4,-13, -7,-14,-14,-14, -6,  3, -5, -1, -8,-12, -5, -5,  2, -2, -3,-21,-13, -6; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='C';  M=  0,-30, 90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30;
/M: SY='K';  M= -5,-15,-20,-17, -5,-18,-25,-16, -4,  4, -2,  1,-14,-18, -3,  0, -9, -8, -1,-28,-16, -5;
/M: SY='K';  M=-12,-15,-23,-18, -4,-10,-25,-11,-14,  5, -4,  4,-12,-20,  5,  2, -9,-11,-12,-13, -7, -2;
/M: SY='R';  M=-10, -9,-30,-19,  1,-30,-20, -1,-30, 22,-20,-10,  0,-19, 10, 48, -9,-10,-29,-30,-20,  1;
/M: SY='R';  M=-10, -8,-28,-14,  4,-25,-20, -4,-27, 18,-18, -7, -2,-17, 16, 28, -6, -8,-23,-25,-16,  6;
/M: SY='C';  M=  0,-30, 90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30;
/M:         M= -9,-16,-20,-14, -7,-15,-26,-17, -3,-11,  0, -1,-12, -9, -6,-15, -8, -5, -3,-27,-15, -8;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2023_02 which contains 569'516 sequence entries.


Total number of hits 47 in 43 different sequences
Number of true positive hits 47 in 43 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 1
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 97.92 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 3
Feature key [info] ZN_FING
Feature description [info] CXXC-type
Version [info] 6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences		 43 sequences 

CXXC1_BOVIN (Q5EA28    ), CXXC1_DROME (Q9W352    ), CXXC1_HUMAN (Q9P0U4    ), 

CXXC1_MOUSE (Q9CWW7    ), CXXC4_HUMAN (Q9H2H0    ), CXXC4_MOUSE (Q6NXI8    ), 
CXXC4_RAT   (Q9EQC9    ), CXXC4_XENLA (Q800L6    ), CXXC4_XENTR (Q0VFP6    ), 
CXXC5_BOVIN (Q32LB3    ), CXXC5_HUMAN (Q7LFL8    ), CXXC5_MOUSE (Q91WA4    ), 
CXXC5_PONAB (Q5R7N4    ), CXXC5_RAT   (Q5XIQ3    ), DNMT1_BOVIN (Q24K09    ), 
DNMT1_CHICK (Q92072    ), DNMT1_HUMAN (P26358    ), DNMT1_MOUSE (P13864    ), 
DNMT1_PARLI (Q27746    ), DNMT1_RAT   (Q9Z330    ), FXL19_HUMAN (Q6PCT2    ), 
FXL19_MOUSE (Q6PB97    ), JHD1_DROME  (Q9VHH9    ), KDM2A_HUMAN (Q9Y2K7    ), 
KDM2A_MOUSE (P59997    ), KDM2A_XENTR (Q5U263    ), KDM2B_HUMAN (Q8NHM5    ), 
KDM2B_MOUSE (Q6P1G2    ), KDM2B_XENLA (Q640I9    ), KMT2A_HUMAN (Q03164    ), 
KMT2A_MOUSE (P55200    ), KMT2B_HUMAN (Q9UMN6    ), KMT2B_MOUSE (O08550    ), 
MBD1_HUMAN  (Q9UIS9    ), MBD1_MOUSE  (Q9Z2E2    ), TET1_HUMAN  (Q8NFU7    ), 
TET1_MOUSE  (Q3URK3    ), TET3A_XENLA (A0A1L8GSA2), TET3B_XENLA (K9JHZ4    ), 
TET3_HUMAN  (O43151    ), TET3_MOUSE  (Q8BG87    ), TET3_XENTR  (A0JP82    ), 
TET_DROME   (M9NEY8    )
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences		 1 sequence 

CFP1_CAEEL  (Q9XUE7    )


				
	

	

		PDB
[Detailed view]		
		
			32 PDB
			


			2J2S; 2JYI; 2KKF; 3AV4; 3AV5; 3AV6; 3PT6; 3PTA; 3QMB; 3QMC; 3QMD; 3QMG; 
			
				3QMH; 3QMI; 3SWR; 4BBQ; 4D4W; 4HP1; 4HP3; 4NW3; 4O64; 4PZI; 4WXX; 4YOC; 
				4Z3C; 5EXH; 5VC9; 5W9Q; 5W9S; 5WY1; 6ASB; 6ASD
			
			

			» more