PROSITE entry PS51071

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS51071
Entry name [info]	HTH_RPIR
Accession [info]	PS51071
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-JAN-2005 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51071
Associated ProRule [info]	PRU00390

Name and characterization of the entry

Description [info]

RpiR-type HTH domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=77;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=72;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2726376; R2=0.0145922; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5058.8837891; R2=3.9102941; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=468; H_SCORE=6889; N_SCORE=9.1; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=290; H_SCORE=6193; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='M';  M= -7,-16,-20,-23,-18, -3,-15, -7,  9,-13,  6, 27,-13,-19, -6,-13, -7,  1,  4,-19,  2,-13;
/M: SY='G';  M= -7,  9,-25,  7, -5,-24, 16, -8,-25,-10,-19,-15, 13,-18, -5,-11,  1, -6,-23,-28,-20, -5;
/M: SY='L';  M= -6,-23,-20,-24,-21,  0,-13,-16, 10,-21, 13,  9,-20,-25,-18,-18,-13, -7, 11,-19,  0,-20;
/M: SY='L';  M= -3,-21,-20,-23,-11,  0,-26,-19, 12,-22, 29, 10,-22,-22,-14,-18,-17, -3,  6,-22, -5,-13;
/M: SY='E';  M=  1, -3,-23, -4, 10,-20,-16,-11,-11, -6,-11,-10, -3,  0,  3,-10,  3,  1,-12,-28,-16,  5;
/M: SY='R';  M=-13,-11,-28,-12, -3,-14,-24, -6,-12, 18,-10, -2, -8,-18,  4, 21,-13, -9, -9,-15,  1, -1;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-27,-37,-27,  3,-37,-27, 41,-30, 29, 20,-23,-23,-20,-27,-23,-10, 24,-20,  0,-27;
/M: SY='R';  M=-10,  2,-27,  2, 14,-27,-10, -2,-27, 17,-24,-13,  6,-12, 15, 22,  1, -7,-24,-26,-15, 13;
/M: SY='E';  M= -4,  8,-21,  5, 15,-23,-10,  0,-18,  0,-21, -8, 12,-11, 15, -2, 12,  1,-20,-32,-16, 15;
/M: SY='M';  M= -5,-14,-26,-16, -6,-15,-21, -2, -4,  0, -1,  8,-11, -9,  1,  0,-13,-10, -7,-22, -6, -4;
/M: SY='Y';  M=-11,-15,-27,-16,-11, -2,-16, -3, -5, -5, -2,  0,-12,-21, -2, -6,-12, -9, -9, -6, 18, -8;
/M: SY='N';  M= -7, 10,-22,  9, 13,-18,-11,  6,-22, -3,-23,-15, 14,-12, 10, -4, 10, -1,-22,-30,-12, 11;
/M: SY='E';  M= -8,  3,-27,  7, 11,-28,  0,  0,-31, 11,-27,-16,  4,-12,  4,  8,  1, -8,-24,-27,-16,  7;
/M: SY='L';  M= -7,-25,-20,-30,-22, 20,-17,-18,  7,-25, 24, 13,-22,-26,-22,-19,-20,-10,  3,-13,  3,-21;
/M: SY='T';  M=  1,  5,-16, -4, -5,-17,-13,-13,-15, -2,-18,-13,  9, -5, -6, -6, 14, 25,-10,-31,-15, -6;
/M: SY='E';  M=-10,  4,-32,  9, 16,-31, -9, -7,-28, 10,-27,-17,  2, 13,  7,  0, -4,-10,-28,-28,-20, 11;
/M: SY='S';  M=  6, 11,-13,  4, -2,-19, -2, -6,-18, -7,-27,-18, 23,-13, -2, -8, 27, 15,-14,-38,-19, -2;
/M: SY='E';  M=-12, 17,-30, 28, 53,-32,-18,  0,-32,  8,-22,-22,  3, -2, 17, -2,  0,-10,-30,-32,-20, 35;
/M: SY='R';  M= -7, -6,-26, -7,  4,-18,-17, -5,-23, 19,-21, -8, -1,-14, 13, 23, -2, -6,-18,-19, -8,  8;
/M: SY='K';  M=-12, -2,-28, -3,  5,-25,-20,  1,-28, 35,-25, -9,  1,-13,  8, 32, -7, -6,-19,-22, -7,  5;
/M: SY='I';  M= -9,-30,-25,-36,-27,  3,-36,-27, 39,-29, 29, 19,-24,-24,-21,-26,-23, -9, 25,-21, -1,-27;
/M: SY='A';  M= 34,-16,-13,-24,-15,-13, -9,-22,  2,-15,  0, -3,-15,-15,-14,-21,  2, -2,  9,-21,-15,-15;
/M: SY='D';  M=-15, 22,-30, 33, 31,-33,-16, -2,-34, 14,-26,-21,  8, -7, 10,  8, -3,-10,-27,-31,-17, 20;
/M: SY='Y';  M=-16,-22,-26,-25,-22, 30,-27, -3, -1,-16, -1, -3,-20,-27,-19,-14,-16, -3, -4, 26, 45,-21;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-26,-36,-26,  4,-36,-26, 38,-30, 32, 20,-24,-24,-20,-26,-24,-10, 22,-20,  0,-26;
/M: SY='L';  M=-10,-24,-22,-24,-13,  1,-28,-16, 12,-19, 36, 15,-24,-26, -9,-13,-25,-10,  3,-20, -2,-11;
/M: SY='N';  M=  6,  7,-19,  4,  3,-21, -8, -7,-19,  2,-18,-14,  9,-13, -1, -1,  6, -1,-15,-29,-17,  1;
/M: SY='N';  M= -8, 16,-24, 15,  5,-26, -8, 15,-25, -4,-28,-17, 21, -3,  5, -5,  9, -2,-25,-36,-14,  4;
/M: SY='P';  M= -7,-16,-30,-12, -6,-22,-10,-17,-16, -5,-18,-12,-13, 27, -9, -6, -6, -7,-15,-27,-21,-10;
/M: SY='D';  M=-13, 24,-25, 29,  9,-29,-12, 13,-30,  5,-27,-18, 17,-13,  2, -1,  3, -3,-24,-34,-11,  5;
/M: SY='N';  M= -2,  2,-19, -4, -3,-14, -9,-10,-10, -6, -7, -8,  7,-17, -7, -8,  0,  3, -9,-28,-14, -5;
/M: SY='V';  M=  6,-21, -5,-28,-21,  0,-23,-24, 11,-22,  5,  2,-17,-22,-20,-22, -6, -3, 13,-23, -8,-21;
/M: SY='I';  M= -7,-17, -7,-21,-16, -9,-26,-15,  6,-14, -4,  0,-11,-21, -7,-11, -3,  0,  6,-24, -3,-13;
/M: SY='H';  M=  0,  3,-24,  5, 12,-21,-14, 21,-23, -3,-18,-11,  1,-12,  8, -6,  2, -7,-20,-24, -1,  8;
/M: SY='L';  M= -5,-18,-10,-19,-13, -8,-21,-17,  0,-14,  6,  5,-16,-11,-12,-13, -7, -3,  2,-28,-11,-13;
/M: SY='S';  M= 11,  2,-13, -2, -4,-20,  5,-11,-20,-10,-26,-18, 11,-12, -4,-11, 29, 14,-12,-35,-20, -4;
/M: SY='I';  M= -4,-25,-21,-30,-24, -3,-30,-26, 31,-24, 11, 10,-18,-21,-19,-23, -8, -2, 26,-26, -6,-24;
/M: SY='N';  M=  3,  7,-21,  5,  4,-25, -8, -5,-23, 10,-25,-15, 11,-12,  6,  7,  9,  0,-17,-29,-16,  4;
/M: SY='E';  M= -2,  9,-27, 14, 27,-29,-17, -4,-20,  2,-17,-13,  0, -7, 15, -6,  0, -8,-20,-28,-17, 21;
/M: SY='L';  M= -9,-28,-21,-32,-23,  5,-30,-20, 28,-25, 34, 26,-26,-26,-18,-20,-24, -9, 19,-21, -1,-22;
/M: SY='A';  M= 44, -9,-10,-17, -9,-20,  0,-19,-11,-10,-13,-11, -7,-10, -9,-19, 14,  3, -1,-23,-20, -9;
/M: SY='K';  M= -5,  4,-26,  2, 12,-26, -9, -6,-23, 15,-20,-11,  6,-12,  9,  7, -3, -9,-22,-25,-15, 11;
/M: SY='E';  M= 11, -3,-22, -5, 13,-24,-13, -2,-18,  5,-13, -9, -5,-10,  8, -3, -1, -7,-15,-23,-13, 10;
/M: SY='A';  M= 17,-16,  8,-21,-14,-12,-13,-20, -7,-19,  2, -5,-14,-20,-14,-20,  1, -1, -1,-28,-16,-14;
/M: SY='G';  M=  3,  3,-25,  0, -9,-28, 34,-11,-31,-12,-27,-18, 10,-17, -7,-13,  6,-10,-25,-26,-25, -8;
/M: SY='V';  M=  1,-23,-12,-25,-24, -4,-26,-26, 21,-19,  3,  5,-21,-24,-23,-19, -1,  6, 35,-31,-11,-24;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='S';  M=  8, -2,-13, -2, -3,-22, 11,-12,-23,-12,-30,-20,  8,-12, -3,-12, 34, 14,-13,-37,-22, -3;
/M: SY='E';  M=-10,  7,-28, 13, 35,-31,-17,  0,-28, 13,-23,-15,  2, -6, 22,  9,  2, -7,-26,-28,-16, 28;
/M: SY='A';  M= 31, -7,-12,-12, -6,-21, -1,-16,-14,-10,-19,-14, -4, -3, -6,-16, 19,  6, -6,-28,-21, -6;
/M: SY='S';  M= 12, -4,-11, -9, -6,-16, -7,-13,-12,-10,-17, -8,  1,-11, -4,-12, 24, 20, -4,-32,-16, -5;
/M: SY='I';  M= -5,-30,-20,-35,-29,  1,-35,-29, 38,-25, 17, 15,-25,-25,-25,-25,-16, -5, 38,-25, -5,-29;
/M: SY='V';  M= -4,-22,-16,-27,-25, -1,-29,-25, 27,-21, 11,  9,-19,-25,-23,-20,-10,  1, 32,-27, -7,-25;
/M: SY='R';  M=-16, -6,-30, -6,  4,-24,-20, -4,-30, 37,-24,-10,  0,-16, 10, 56,-10,-10,-20,-20,-10,  4;
/M: SY='F';  M=-15,-30,-19,-36,-28, 54,-30,-21,  8,-29, 20,  6,-24,-30,-34,-20,-21, -9,  8, -2, 18,-28;
/M: SY='C';  M=  9,-12, 36,-20,-17,-15,-17,-20,-18,-17,-15,-14,-10,-23,-16,-20,  5,  7, -6,-31,-15,-17;
/M: SY='R';  M=-13, -3,-30, -3, 10,-30,-20, -2,-27, 33,-24, -7,  0,-13, 24, 37, -7,-10,-23,-20,-10, 15;
/M: SY='K';  M= -6, -6,-23, -8,  0,-20,-20,-12,-12, 14,-13, -5, -4,-13,  5,  6, -1,  3, -9,-24, -9,  2;
/M: SY='L';  M=-10,-28,-21,-31,-21,  7,-30,-18, 24,-27, 41, 27,-27,-27,-17,-20,-27,-10, 13,-20,  0,-20;
/M: SY='G';  M= -2, -1,-29, -2,-15,-30, 58,-16,-38,-17,-30,-21,  7,-19,-17,-18,  1,-18,-30,-23,-28,-16;
/M: SY='F';  M= -9,-23,-21,-28,-22, 35,-26,-10,  3,-21, 12,  3,-20,-26,-23,-17,-16, -5,  0,  3, 28,-22;
/M: SY='K';  M= -8,  5,-24,  1,  6,-26,-13, -3,-25, 23,-27,-13, 11,-13, 12, 22,  4, -2,-21,-27,-14,  8;
/M: SY='G';  M=  1, -9,-29, -9,-19,-29, 65,-19,-39,-19,-30,-20,  1,-19,-19,-19,  3,-17,-29,-21,-29,-19;
/M: SY='F';  M=-20,-27,-23,-35,-27, 66,-30, -9,  0,-25,  7,  0,-20,-30,-32,-17,-20,-10, -3, 15, 44,-27;
/M: SY='Q';  M= -5, -4,-24, -4,  6,-27,-15, -6,-21,  6,-24,-11,  0,  4, 17,  7,  9,  4,-20,-28,-16, 10;
/M: SY='D';  M= -9, 24,-27, 32, 32,-32,-13,  0,-30,  4,-24,-21, 12, -7, 12, -4,  2, -8,-28,-33,-19, 22;
/M: SY='F';  M=-16,-30,-20,-36,-26, 50,-30,-20,  9,-30, 27,  9,-24,-30,-31,-20,-24,-10,  4, -3, 17,-26;
/M: SY='R';  M=-14, -4,-30, -4,  6,-26,-20, -6,-30, 42,-26,-10,  0,-14, 10, 46,-10,-10,-20,-20,-10,  6;
/M: SY='V';  M= -4,-25,-17,-28,-23,  0,-27,-20, 24,-21, 18, 19,-22,-25,-18,-19,-12, -3, 25,-26, -6,-21;
/M: SY='A';  M= 10, -4,-19, -7, -2,-11,-13, -6,-15, -4, -9, -9, -5,-14, -6, -6, -1, -2, -9,-21, -9, -4;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-22,-31,-22, 10,-32,-18, 24,-27, 38, 17,-27,-28,-20,-21,-26, -9, 14,-16,  7,-22;
/M: SY='A';  M= 20, -9,-17,-14, -2,-17,-11,-17, -6, -6, -7, -7, -8,-12, -5,-13,  5, -1, -2,-24,-15, -4;
/M: SY='Q';  M= -8, -3,-28, -1,  1,-24, -4,-12,-20,  1,-21,-12, -4,-15,  3, -4, -4,-10,-17,-10,-12,  2;
/M: SY='E';  M= -5, 13,-24, 21, 23,-23,-13, -2,-26, -1,-22,-20,  4, -9,  5, -7,  7, -3,-21,-27, -9, 13;
/M: SY='L';  M=-12,-15,-24,-16,-11,  8,-28,-14,  8,-20, 17,  5,-16,-22,-15,-17,-16, -5,  2,-15,  7,-13;
/M: SY='A';  M= 20, -6,-14,-10, -3,-21, -6,-14,-13, -3,-18,-11, -3,-12,  0, -9, 16,  6, -4,-28,-17, -2;
/M: SY='N';  M= -2,  6,-23,  0,  4,-26,-12, -3,-20,  8,-24,-12, 13, -4, 12,  6,  5,  0,-21,-28,-16,  7;
/M: SY='Q';  M= -1, -6,-23, -6,  3,-20,-10, -7,-17,  2,-20,-10, -5, -7,  6, -3,  4, -3,-13,-22, -8,  4;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_01 which contains 572'970 sequence entries.

Total number of hits	47 in 47 different sequences
Number of true positive hits	47 in 47 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	window20
Author [info]	PS_Langendijk_Genevaux
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	HTH rpiR-type
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

47 sequences

GLK_BURL3   (Q39IQ1), GLK_BURMA   (Q62HW8), GLK_BURO1   (Q1BYA7),

GLK_BURP1   (Q3JPP0), GLK_BURPS   (Q63RQ7), GLK_BURTA   (Q2SYA5), 
GLK_PARXL   (Q143F8), GLVR_BACSU  (P54717), HEXR_ECOLI  (P46118), 
HEXR_PSEAE  (O68281), HEXR_PSEPK  (Q88P32), MURR_CITK8  (A8ADG3), 
MURR_ECO24  (A7ZPM7), MURR_ECO55  (B7LCH1), MURR_ECO57  (Q8XBJ3), 
MURR_ECO5E  (B5YZX2), MURR_ECO5T  (C6UQ16), MURR_ECO7I  (B7NPW3), 
MURR_ECO8A  (B7M6T6), MURR_ECOBD  (C5W7D8), MURR_ECOBR  (C6UMS6), 
MURR_ECOBW  (C4ZVV8), MURR_ECODH  (B1XA98), MURR_ECOHS  (A8A2S4), 
MURR_ECOLC  (B1IX45), MURR_ECOLI  (P77245), MURR_ECOLU  (B7N617), 
MURR_ECOSE  (B6I503), MURR_ECOSM  (B1LMM1), MURR_ESCF3  (B7LKK8), 
MURR_SALAR  (A9MIE1), MURR_SHIB3  (B2TX16), MURR_SHIBS  (Q31Y52), 
MURR_SHIDS  (Q32DC7), MURR_SHIF8  (Q0T281), MURR_SHIFL  (Q83K75), 
MURR_SHISS  (Q3YZB5), RPIR_ECOL6  (P0ACS8), RPIR_ECOLI  (P0ACS7), 
Y143_HAEIN  (P44540), Y189_CLOPE  (P26833), Y191_CLOAB  (Q97MK5), 
Y211_CALS4  (Q8RD36), Y326_THEMA  (Q9WYG1), YARA_PROST  (P46117), 
YBBH_BACSU  (Q45581), YFHH_ECOLI  (P37767)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

1 PDB

2O3F