PROSITE entry PS51081
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | ZF_SIAH |
| Accession [info] | PS51081 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-FEB-2005 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51081 |
| Associated ProRule [info] | PRU00455 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Zinc finger SIAH-type profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=61; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=56; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.3849263; R2=0.0085326; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4587.2543945; R2=2.9152544; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=776; H_SCORE=6849; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=483; H_SCORE=5995; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-200; E1=-200; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='S'; M= 14, -3,-10, -7, 0,-19, -8,-13,-18, -2,-20,-14, 1,-11, -1, -7, 17, 9, -9,-29,-17, -1; /M: SY='V'; M= 4,-22,-18,-26,-21, -5,-17,-23, 16,-21, 9, 7,-18,-22,-18,-21, -7, -3, 18,-25,-10,-21; /M: SY='L'; M= -5,-13,-23,-15, -3,-10,-22, -8, -3, -4, 3, 3,-11,-16, -2, -1,-10, -6, -4,-22, -7, -3; /M: SY='V'; M= -6,-28,-11,-32,-28, 21,-29,-24, 18,-24, 10, 6,-24,-28,-29,-21,-13, -4, 26,-17, 3,-28; /M: SY='P'; M= -1,-16,-31,-11, -2,-26,-16,-18,-18, -9,-25,-16,-15, 57, -8,-15, -2, -4,-22,-29,-25, -9; /M: SY='C'; M=-10,-19,107,-28,-29,-21,-24,-29,-31,-28,-21,-20,-18,-38,-28,-27, -9,-11,-11,-47,-29,-29; /M: SY='K'; M= -4, -9,-28, -8, -1,-25, -9,-12,-23, 11,-22,-12, -6, 9, 0, 10, -3, -7,-19,-24,-18, -2; /M: SY='H'; M=-12, 3,-25, -5,-10, 5,-17, 24,-11, -9,-13, -7, 13,-23, -6, -7, -6, -8,-18,-11, 23,-10; /M: SY='A'; M= 25, -5,-12,-12, -7,-20, -7,-14,-13, -5,-14,-11, -3,-13, -4, -8, 10, 5, -5,-25,-17, -6; /M: SY='K'; M= 0, -3,-19, -5, 1,-21,-12, -3,-18, 3,-19, -9, -1, -6, -1, -1, 2, 0,-13,-28,-13, -1; /M: SY='Y'; M=-12,-11,-25,-13, -8, 5,-18, 15,-13, -9, -7, -4, -6,-21, -7, -7, -9, -9,-14, -6, 18, -9; /M: SY='G'; M= -1,-10,-30,-10,-19,-29, 65,-19,-39,-17,-29,-19, 0,-20,-18,-15, -1,-19,-29,-20,-29,-19; /M: SY='C'; M= -7,-19,113,-29,-29,-20,-28,-29,-29,-29,-19,-19,-19,-38,-29,-29, -9, -9, -9,-48,-29,-29; /M: SY='T'; M= 0, -7,-17, -9, -3,-19,-15,-13,-15, -2,-13, -8, -6, 0, -3, -4, 2, 7,-11,-27,-15, -4; /M: SY='E'; M= 1, -3,-23, -1, 11,-21,-14, -6,-16, 0,-14,-10, -5,-12, 1, -6, -1, -7,-11,-21,-12, 6; /M: SY='R'; M= -8, -7,-22,-12, -6, -9,-20,-11,-11, 7,-13, -5, -1,-16, -3, 10, 1, 6, -7,-21, -4, -6; /M: SY='I'; M= -9,-24,-20,-29,-23, 13,-29,-20, 16,-23, 15, 9,-20,-20,-22,-19,-14, 1, 15,-18, 3,-23; /M: SY='P'; M= 3,-11,-22,-12, -7,-17,-13,-10,-12,-12,-16,-11, -8, 16,-10,-15, 4, 3, -9,-28,-15,-10; /M: SY='Y'; M=-19,-18,-29,-19,-17, 21,-29, 21, -2,-10, 0, 1,-17,-28, -7, -7,-18,-10, -9, 17, 62,-16; /M: SY='A'; M= 4, -7,-15,-11, -9,-14, 2, -4,-19,-12,-16,-10, -4,-17, -6,-13, 3, -1,-13,-21, -8, -8; /M: SY='D'; M= -9, 16,-22, 17, 16,-26,-10, -3,-25, 5,-21,-16, 14,-13, 5, 0, 0, -6,-24,-32,-17, 10; /M: SY='K'; M=-10, -9,-26, -9, 4,-19,-22, -9,-11, 14, -9, 0, -7,-15, 6, 14, -9, -8, -8,-23, -9, 4; /M: SY='S'; M= -3, -1,-22, 0, 1,-17,-16, -9,-15, -4,-10,-10, -3, -7, -4, -4, 2, 2,-11,-28,-13, -2; /I: I=-5; MD=-27; /M: SY='E'; M= 4, 1,-22, 2, 9,-21, -8,-11,-21, 0,-20,-16, 0,-10, 1, -7, 6, 0,-16,-15,-14, 5; D=-5; /I: I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27; /M: SY='H'; M=-20, 0,-30, 0, 0,-20,-20,100,-30,-10,-20, 0, 10,-20, 10, 0,-10,-20,-30,-30, 20, 0; /M: SY='E'; M= -9, 6,-29, 14, 49,-28,-20, -1,-27, 10,-18,-17, -1, -3, 18, 3, -2,-10,-27,-28,-18, 34; /M: SY='E'; M= -1, 0,-25, 1, 15,-26,-17, -7,-21, 14,-17,-10, -3,-10, 11, 9, -3, -7,-16,-24,-14, 13; /M: SY='A'; M= 7, -5,-19, -6, 1,-19,-11,-12, -9, -7,-10, -8, -7,-14, -2, -9, 3, 0, -3,-27,-15, -1; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='P'; M= -6, -6,-27, -4, 6,-21,-14,-10,-15, -1,-15, -8, -5, 8, 0, -1, -3, -6,-16,-27,-17, 1; /M: SY='Y'; M=-19,-19,-14,-24,-20, 33,-27, 21,-10,-20, -3, -2,-12,-28,-19,-13,-17,-13,-11, -1, 34,-20; /I: I=-5; MD=-25; /M: SY='R'; M= 7, -5,-18, -6, 3,-19, -7, -8,-20, 8,-17,-11, -1,-11, 2, 14, 5, -1,-12,-22,-14, 1; D=-5; /I: I=-5; MD=-25; /M: SY='P'; M= -8,-16,-30, -9, -1,-21,-16,-16,-13, -9,-19,-13,-16, 64, -9,-16, -9, -8,-21,-23,-22, -9; D=-5; /I: I=-5; MD=-25; /M: SY='Y'; M= -6,-12, 10,-16,-15, 3,-18, -4, -3,-12, -3, -2,-12,-19,-11,-12, -6, -2, -1, -7, 14,-14; D=-5; /I: I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25; /M: SY='F'; M= -8, -8,-14,-10, -5, 3,-16, -5, -8, -5, -4, -4, -5,-15, -5, 1, -3, -1, -6,-14, 2, -5; D=-5; /I: I=-5; DM=-25; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='P'; M= -7,-17,-28,-15, -8, -5,-17,-13,-13,-13,-18,-12,-14, 28,-12,-15, -3, -5,-15,-21, -9,-12; /M: SY='C'; M= -9,-16, 55,-22,-15,-12,-28,-17,-16,-20,-11, -8,-17,-29,-17,-22,-11,-10, -8,-32,-11,-17; /I: I=-3; MD=-17; /M: SY='P'; M= -3,-17,-34,-11, -3,-27,-10,-18,-20, -9,-26,-18,-16, 63,-10,-15, -7, -9,-25,-27,-27,-10; D=-3; /I: I=-3; MD=-17; /M: SY='G'; M= -2, -5,-24, -5,-11,-18, 19,-16,-20,-12,-18,-13, -1,-18,-14,-12, 0,-10,-13,-23,-18,-13; D=-3; /I: I=-3; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17; /M: SY='S'; M= 1, -5, -1, -5, -3,-17,-14,-14,-14,-10,-12,-11, -5,-10, -6,-11, 6, 2, -8,-31,-17, -5; D=-3; /I: I=-3; DM=-17; /M: SY='N'; M= -5, 10,-23, 11, 4,-25, 10, -6,-27, -2,-25,-18, 12,-14, -3, -3, 6, -5,-21,-29,-20, 1; D=-3; /I: I=-3; DM=-17; /M: SY='C'; M=-10,-20,103,-29,-29,-12,-29,-28,-27,-29,-18,-18,-19,-38,-29,-28, -9, -9, -9,-45,-25,-29; /M: SY='N'; M= -1, 6,-22, 0, -4,-23, 8, -6,-24, 1,-24,-15, 15,-16, -4, 1, 5, -3,-20,-28,-18, -5; /I: I=-6; MD=-32; /M: SY='W'; M=-14,-27,-31,-29,-23, 26,-25, -9, -4,-17, -4, -6,-25,-23,-19,-16,-22,-14, -9, 48, 39,-21; D=-6; /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='Q'; M= 7, -8,-19,-12, -3,-18,-15, -5,-10, -4,-11, -5, -6,-14, 8, -3, 5, 4, -7,-22, -8, 2; /M: SY='G'; M= 2, -8,-26, -8,-16,-28, 56,-18,-36,-18,-30,-20, 2,-18,-16,-18, 8,-12,-26,-24,-28,-16; /M: SY='S'; M= 5, -6,-13, -7, -7,-14, -5,-11,-16,-11,-16,-12, -3,-12, -9,-10, 9, 1, -9,-28,-14, -8; /M: SY='Y'; M= -5,-17,-22,-19,-12, 2,-25, -8, 5,-14, 7, 3,-18,-18,-10,-14,-11, -1, 2,-10, 14,-12; /I: I=-6; MD=-29; /M: SY='K'; M= 5, 1,-21, 1, 4,-23, -8, -6,-21, 6,-20,-13, 1, -6, 1, 1, 4, -3,-14,-26,-15, 2; D=-6; /I: I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29; /M: SY='D'; M= -2, 8,-21, 11, 4,-18,-13, -7,-15, -6, -9,-10, 2,-13, -1, -8, 0, -2,-12,-26,-11, 1; D=-6; /I: I=-6; DM=-29; /M: SY='L'; M= -6,-30,-22,-31,-23, 6,-28,-24, 19,-26, 29, 12,-29,-28,-22,-21,-24,-10, 15, -4, 0,-22; /I: I=-6; MD=-32; /M: SY='Y'; M=-10,-13,-25,-13, -9, 0,-22, -4, -2, -7, -1, 3,-14,-15, -7, -9,-13, -8, -5, -1, 15,-10; D=-6; /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='E'; M= 1, 4,-23, 4, 6,-26, -3, -4,-24, 0,-23,-15, 4, -6, 2, -3, 6, -3,-19,-29,-17, 3; /M: SY='H'; M=-20, -2,-29, -2, -2,-15,-21, 94,-28,-11,-18, 0, 8,-21, 7, -1,-11,-19,-28,-28, 21, -2; /M: SY='F'; M= -9,-26,-15,-30,-22, 25,-28,-17, 9,-25, 23, 8,-23,-28,-23,-19,-20, -6, 5, -9, 13,-22; /M: SY='M'; M= 0, -8,-15,-12, -4,-14,-19,-10, -8, -2, -4, 1, -8,-16, -3, -1, -4, 1, -5,-24, -9, -4; /M: SY='A'; M= 4, -2,-21, -3, -2,-20,-10, -7,-16, -3,-13, -9, -3, -9, -5, -5, 1, 0,-10,-27,-14, -5; /M: SY='E'; M= -4, 2,-23, 2, 6,-23, -8, -6,-21, 1,-18,-11, 3,-12, 5, 3, 5, 4,-17,-28,-15, 5; /M: SY='H'; M=-17, 0,-29, -1, 0,-20,-19, 95,-29,-10,-20, 0, 9,-20, 9, -1, -9,-19,-29,-30, 18, 0; /M: SY='K'; M= -1, 0,-24, -1, 3,-23, -7, -5,-22, 10,-22,-11, 3, -8, 1, 2, 1, -6,-17,-25,-13, 1; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 42 in 42 different sequences |
| Number of true positive hits | 39 in 39 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 3 in 3 different sequences |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 2 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 95.12 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | window20 |
| Author [info] | N_Hulo |
| Feature key [info] | ZN_FING |
| Feature description [info] | SIAH-type |
| Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
39 sequences
DIS1_ORYSJ (Q10L91), RNF41_DANRE (Q7ZW16), RNF41_HUMAN (Q9H4P4), RNF41_MOUSE (Q8BH75), RNF41_PONAB (Q5R7T5), SIA1A_MOUSE (P61092), SIA1B_MOUSE (Q06985), SIAH1_CAEBR (A8X679), SIAH1_CAEEL (Q965X6), SIAH1_DANRE (Q7ZVG6), SIAH1_HUMAN (Q8IUQ4), SIAH1_RAT (Q920M9), SIAH2_DANRE (Q7SYL3), SIAH2_HUMAN (O43255), SIAH2_MOUSE (Q06986), SIAH2_RAT (Q8R4T2), SIAH2_XENLA (Q9I8X5), SIL10_ARATH (Q84K34), SIL11_ARATH (Q9FM14), SINA1_ARATH (P93748), SINA2_ARATH (Q9M2P4), SINA3_ARATH (Q84JL3), SINA4_ARATH (Q9STN8), SINA5_ARATH (Q8S3N1), SINAL_DROME (Q8T3Y0), SINA_DROER (P61093), SINA_DROME (P21461), SINA_DROVI (P29304), SINA_DROWI (Q8I147), SINA_SCHMA (Q86MW9), SINL1_ARATH (Q9C6H4), SINL2_ARATH (Q9C6H3), SINL3_ARATH (Q9C6H2), SINL4_ARATH (Q9C9M0), SINL5_ARATH (Q7XA77), SINL6_ARATH (Q9FKD9), SINL7_ARATH (Q9FKD7), SINL8_ARATH (Q9FKD6), SINL9_ARATH (Q9FKD5)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
2 sequences
SIAH3_HUMAN (Q8IW03), SINA6_ARATH (Q93WE4) |
| UniProtKB/Swiss-Prot 'Unknown' sequences |
3 sequences
RN151_BOVIN (Q2TBT8), RN151_HUMAN (Q2KHN1), RN151_MOUSE (Q9CQ29) |
| PDB [Detailed view] |
12 PDB
1K2F; 2A25; 2AN6; 4C9Z; 4CA1; 4I7B; 4I7C; 4I7D; 4X3G; 5H9M; 5WZZ; 8HEO |