PROSITE entry PS51098
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
Entry name [info] | PTS_EIIB_TYPE_1 |
Accession [info] | PS51098 |
Entry type [info] | MATRIX |
Date [info] |
01-APR-2005 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
PROSITE Doc. [info] | PDOC00795 |
Associated ProRule [info] | PRU00421 |
Name and characterization of the entry
Description [info] | PTS_EIIB type-1 domain profile. |
Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=82; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=77; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.5026250; R2=0.0143734; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4908.4462891; R2=5.3482141; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=592; H_SCORE=8075; N_SCORE=11.0; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=279; H_SCORE=6401; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-1000; E1=-1000; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='Q'; M= -6, 1,-25, 1, 6,-20,-16, -2,-17, 5,-17, -9, 1, -7, 7, 0, -1, -4,-17,-23, -7, 6; /M: SY='E'; M= -5, 5,-26, 8, 13,-23,-15, -6,-21, 5,-19,-13, 1, -7, 6, -1, 0, -6,-17,-27,-14, 9; /M: SY='L'; M= -8, -9,-22,-10, -3, -9,-22,-11, -4, -6, 1, 0, -8,-17, -3, -3, -7, 1, -4,-22, -5, -4; /M: SY='A'; M= 26,-14, -9,-21,-15,-14,-10,-22, 1,-14, -5, -4,-12,-15,-14,-20, 4, 1, 10,-25,-16,-15; /M: SY='K'; M= -2, -3,-23, -3, 9,-24,-15, -3,-21, 13,-19, -9, -2,-12, 11, 10, -1, -6,-16,-22,-10, 9; /M: SY='E'; M= -3, 4,-25, 5, 12,-24,-12, -2,-22, 6,-19,-12, 2,-11, 8, 2, 0, -6,-19,-26,-13, 10; /M: SY='I'; M=-10,-28,-25,-32,-24, 6,-34,-23, 32,-26, 23, 15,-23,-24,-20,-24,-20, -9, 22,-17, 5,-25; /M: SY='I'; M=-10,-28,-23,-32,-25, 7,-33,-22, 29,-26, 27, 16,-24,-26,-20,-21,-22, -8, 20,-18, 3,-25; /M: SY='E'; M= -4, 2,-24, 4, 11,-22,-17, -8,-15, 1,-11,-10, -1, -9, 4, -4, -1, -2,-14,-27,-13, 7; /M: SY='A'; M= 16, -9,-18,-16,-12,-10, -3, -9, -9,-13, -3, -5, -6,-18,-11,-15, -2, -5, -6,-19, -8,-12; /M: SY='V'; M= -6,-28,-16,-30,-25, 8,-30,-23, 23,-24, 24, 13,-27,-28,-23,-20,-18, -5, 25,-21, 0,-25; /M: SY='G'; M= 0,-11,-30,-11,-20,-29, 65,-20,-37,-20,-28,-18, -1,-20,-19,-20, -1,-19,-28,-20,-29,-20; /M: SY='G'; M= 1,-10,-29,-10,-19,-30, 66,-20,-39,-19,-30,-20, 0,-20,-19,-19, 1,-18,-29,-20,-29,-19; /M: SY='K'; M= -3,-10,-25,-11, -1,-14,-19,-12,-11, 5,-13, -6, -8, -7, -3, 2, -5, -6, -8,-18, -9, -3; /M: SY='D'; M= -9, 21,-27, 29, 26,-32, -9, -2,-31, 5,-25,-21, 10, -8, 9, -4, 3, -7,-26,-32,-19, 17; /M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20, 0,-20, 0, 10,-20, 0,-30,-20, 60,-20, 0, 0, 10, 0,-30,-40,-20, 0; /M: SY='I'; M= -9,-29,-26,-36,-29, 3,-37,-26, 41,-27, 19, 17,-22,-23,-21,-26,-19, -8, 29,-18, 4,-28; /M: SY='S'; M= -2, -3,-19, -6, 2,-16,-17,-11, -8, -2,-11, -7, 0,-15, -3, -4, 4, 4, -3,-29,-13, -1; /M: SY='S'; M= 1, 6,-19, 5, 5,-19, -9, -6,-20, 1,-22,-15, 9,-12, 0, -3, 12, 3,-15,-31,-15, 3; /M: SY='V'; M= -2,-25,-13,-28,-24, 4,-27,-21, 19,-22, 15, 9,-23,-27,-22,-20,-14, -5, 23,-21, 0,-24; /M: SY='T'; M= -4, 7,-20, 6, -1,-14,-11, -9,-16, -8,-16,-14, 5,-14, -6,-11, 7, 9,-11,-24, -8, -3; /M: SY='H'; M= -1, 6,-22, -1, -4,-17,-11, 35,-20, -7,-19, -8, 16,-17, 0, -4, 1, -6,-19,-28, -1, -4; /M: SY='C'; M=-10,-17,111,-26,-28,-20,-29,-29,-30,-28,-20,-20,-18,-38,-28,-29, -9, -8,-10,-49,-29,-28; /M: SY='M'; M= 8,-16,-17,-25,-17, -7,-19,-16, 12,-15, 6, 15,-14,-17,-10,-17, -4, 1, 11,-23, -8,-14; /M: SY='T'; M= 1, 0,-10, -9,-10,-11,-18,-19,-10,-10,-12,-10, 2,-11,-10,-10, 20, 44, 0,-31,-11,-10; /M: SY='R'; M=-19, -9,-29, -9, 1,-21,-19, -1,-30, 30,-21,-10, 0,-19, 10, 66, -9, -9,-20,-21,-10, 1; /M: SY='L'; M=-10,-29,-20,-31,-21, 10,-30,-20, 21,-28, 44, 22,-29,-29,-20,-20,-28,-10, 12,-20, 0,-20; /M: SY='R'; M=-19, -9,-29,-10, 0,-20,-20, 1,-29, 29,-20,-10, 0,-19, 9, 65, -9, -8,-19,-21, -9, 0; /M: SY='F'; M=-12,-30,-19,-35,-27, 27,-32,-22, 21,-28, 24, 12,-25,-28,-27,-22,-21, -8, 17,-12, 9,-26; /M: SY='T'; M= -3, 1,-20, -1, -1,-19,-13, -6,-14, -2,-15, -9, 1,-14, 0, -6, 5, 7, -8,-28,-10, -1; /M: SY='V'; M= -6,-29,-17,-31,-25, 5,-30,-24, 27,-25, 27, 17,-28,-27,-23,-20,-20, -6, 28,-24, -4,-25; /M: SY='K'; M= -8, -2,-25, -6, -1,-19,-20, 1,-14, 16,-18, -5, 3,-16, 2, 9, -7, -7,-10,-23, -5, -1; /M: SY='D'; M=-18, 43,-28, 58, 16,-36,-10, 3,-37, 0,-29,-27, 21,-11, 0, -7, 2, -8,-28,-39,-18, 8; /M: SY='E'; M= -5, 1,-23, 0, 5,-20,-17, -8,-15, 0,-17, -9, 0, -3, 1, -5, 1, 0,-14,-26,-13, 2; /M: SY='S'; M= 3, 4,-18, 3, 8,-21, -7, -8,-19, -3,-21,-15, 7,-10, 2, -6, 16, 8,-14,-32,-17, 4; /I: I=-14; MD=-29; /M: SY='K'; M= -8,-11,-26,-11, -2,-17,-23,-14, -9, 15, -4, 0,-10,-12, 0, 7,-14, -8, -8,-21, -8, -1; D=-14; /I: I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; /M: SY='V'; M= 8,-24,-15,-28,-23, -6,-22,-26, 20,-19, 7, 6,-22,-22,-22,-21, -7, -2, 29,-26,-11,-23; /M: SY='D'; M=-14, 38,-26, 42, 12,-31, -8, 2,-30, 2,-29,-24, 30,-12, 3, -4, 4, -4,-28,-38,-19, 7; /M: SY='E'; M= -5, 1,-23, 2, 8,-19,-18, -9,-13, 1,-11, -9, -2,-12, 2, -4, -2, 0,-11,-26,-11, 5; /M: SY='E'; M= 1, 11,-24, 11, 14,-27, -8, -4,-24, 4,-22,-16, 9, -6, 4, -4, 3, -5,-21,-29,-18, 9; /M: SY='K'; M= 2, -4,-23, -5, 7,-21,-14,-11,-17, 9,-15, -9, -5,-11, 3, 4, -3, -6,-12,-23,-13, 4; /M: SY='L'; M= -9,-29,-22,-34,-25, 8,-33,-25, 28,-27, 29, 16,-25,-26,-21,-23,-23, -9, 19,-17, 0,-24; /M: SY='K'; M= -9, 2,-28, 3, 15,-28,-15, -7,-28, 28,-25,-12, 2,-10, 10, 19, -4, -6,-21,-24,-13, 12; /M: SY='K'; M= 1, 1,-23, 0, 7,-25,-10, -5,-21, 9,-19,-10, 3,-12, 8, 3, 3, -1,-17,-26,-14, 7; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='L'; M= -4,-22,-22,-26,-18, -2,-24,-18, 17,-21, 20, 14,-18,-20,-13,-18,-15, -6, 9,-22, -5,-17; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='G'; M= -2, -6,-29, -5,-12,-28, 41,-16,-34,-11,-28,-18, 1,-13,-13,-13, 1,-14,-26,-19,-24,-12; /M: SY='V'; M= 14,-21,-11,-25,-20, -7,-20,-24, 13,-17, 4, 3,-20,-21,-19,-20, -3, 0, 23,-25,-11,-20; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='M'; M= -2,-13,-23,-17, -8,-14,-21,-10, -1, 3, -3, 4,-11,-15, -4, -1, -9, -6, 1,-23, -7, -7; /M: SY='G'; M= 1, -7,-27, -8,-16,-28, 54,-18,-36,-15,-29,-19, 1,-18,-16,-16, 3,-14,-26,-22,-27,-16; /M: SY='V'; M= 2,-22,-11,-25,-22, -3,-26,-25, 17,-18, 5, 5,-21,-23,-21,-18, -5, 6, 28,-26, -8,-22; /M: SY='V'; M= -8,-14,-19,-19,-19, 6,-22,-15, 10,-15, 5, 6, -9,-24,-18,-13,-10, -5, 11,-22, -2,-18; /I: I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27; /M: SY='K'; M= -9,-11,-24,-12, -3, -8,-21, -8, -6, 1, -5, -3, -9,-16, -4, 1,-10, -7, -5,-13, -3, -4; D=-13; /I: I=-13; DM=-27; /M: SY='N'; M= -3, 3,-20, 1, 1,-20,-13, -6,-14, 1,-18,-10, 7,-11, 1, -2, 5, 2,-10,-31,-15, 1; /M: SY='G'; M= 0, 5,-24, 6, -4,-27, 26,-11,-30,-10,-26,-19, 8,-15, -7,-13, 7, -8,-23,-28,-23, -6; /M: SY='G'; M= -6, 9,-26, 10, 2,-27, 14, -2,-30, -4,-27,-18, 12,-11, -4, -8, 4, -7,-25,-30,-20, -2; /M: SY='Q'; M= -4, 2,-24, -1, 12,-26,-11, 1,-19, 1,-19, -8, 5,-11, 24, 0, 5, -2,-22,-25,-13, 18; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='I'; M=-11,-27,-19,-30,-25, 17,-31,-13, 18,-23, 17, 10,-23,-28,-22,-20,-20, -9, 14, -7, 15,-24; /M: SY='Q'; M=-10, -2,-29, -2, 15,-35,-21, 13,-18, 8,-18, 0, -1,-12, 50, 9, -2,-10,-25,-20, -7, 32; /M: SY='I'; M= 0,-27,-15,-33,-27, -2,-30,-28, 31,-24, 13, 11,-23,-24,-23,-24,-13, -5, 31,-25, -7,-27; /M: SY='I'; M= -6,-30,-21,-35,-30, 2,-35,-29, 40,-26, 17, 16,-25,-25,-24,-25,-16, -6, 37,-24, -4,-30; /M: SY='I'; M=-12,-29,-23,-35,-28, 22,-34,-22, 27,-27, 19, 13,-23,-26,-25,-23,-20, -9, 20,-10, 12,-27; /M: SY='G'; M= -1, -7,-29, -8,-19,-29, 66,-18,-39,-19,-30,-20, 4,-20,-19,-19, 1,-19,-30,-21,-29,-19; /M: SY='P'; M= -2, -2,-24, -3, -1,-22, -5,-12,-18, -8,-20,-13, 1, 11, -3,-12, 5, 4,-18,-29,-20, -3; /M: SY='D'; M= -9, 9,-27, 13, 10,-25, 4, -4,-29, 0,-22,-16, 6,-13, 0, -4, -1,-10,-24,-27,-17, 5; /M: SY='V'; M= 9,-17,-12,-20,-18, -8,-20,-22, 8,-13, -2, 0,-16,-21,-17,-16, 0, 3, 20,-27,-12,-18; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='D'; M= -5, 12,-25, 14, 13,-25,-12, -2,-22, 1,-22,-16, 9, -5, 5, -5, 2, -4,-21,-28,-13, 8; /M: SY='K'; M= -9, -4,-25, -5, 1,-15,-20, -6,-10, 6,-11, -5, -2,-16, 3, 4, -6, -6,-10,-21, -5, 1; /M: SY='V'; M= -4,-27,-17,-30,-26, 7,-29,-22, 24,-22, 16, 11,-25,-27,-23,-20,-15, -4, 27,-19, 3,-25; /M: SY='Y'; M= -7,-11,-25,-14,-10, 4,-18, 0,-13, 4,-11, -6, -8,-20, -6, 3, -9, -5,-11, -3, 22,-10; /M: SY='D'; M= -8, 14,-27, 19, 16,-30,-10, -3,-27, 7,-24,-17, 8, -8, 11, 1, 2, -6,-24,-30,-17, 13; /M: SY='E'; M= 5, 3,-23, 3, 18,-23,-14, -5,-18, 2,-14, -9, -1,-10, 8, -3, 0, -6,-15,-25,-15, 13; /M: SY='L'; M=-11,-28,-22,-34,-25, 17,-31,-19, 24,-25, 27, 23,-24,-26,-20,-20,-22, -9, 16,-15, 5,-23; /M: SY='Q'; M= -7, -3,-22, -4, 2,-20,-18, -8, -8, 0, -8, -2, -3,-16, 6, 0, -4, -5, -8,-26,-12, 3; /M: SY='E'; M= -2, 6,-23, 6, 10,-24,-13, -5,-21, 8,-19,-13, 5,-10, 4, 2, 2, -1,-17,-28,-15, 7; /M: SY='L'; M= -7,-19,-21,-21,-12, -1,-25,-13, 9,-17, 15, 10,-18,-22, -7,-14,-13, -4, 5,-18, 1,-10; /M: SY='L'; M= -7,-18,-22,-22,-17, 0,-22,-16, 11,-18, 13, 11,-15,-20,-14,-15,-13, -4, 6,-18, -1,-16; /M: SY='N'; M= -3, 7,-26, 7, 7,-27, 7, -6,-27, -2,-25,-17, 9, -7, 0, -6, 3, -7,-24,-29,-21, 3; /M: SY='N'; M= -5, 0,-23, -1, -1,-16,-11, -6,-12, -4,-13, -7, 2,-14, -2, -5, 0, -3,-11,-26,-11, -3; /M: SY='N'; M= 0, 4,-23, 3, 3,-23, -7, -7,-19, 2,-19,-11, 5,-10, 2, -2, 4, -2,-16,-27,-16, 2; /M: SY='E'; M= -4, -4,-24, -5, 1,-18,-12, -5,-14, 0,-13, -7, -3,-11, 0, -2, -3, -5,-12,-23, -9, -1; /M: SY='S'; M= -1, -1,-21, -2, -2,-17, -9, -6,-14, -8,-17,-11, 1, -8, -5,-11, 6, 1, -9,-29,-13, -4; /M: SY='E'; M= 2, -1,-22, -1, 6,-23, -7,-10,-17, -2,-18,-12, -1, -9, 4, -7, 6, -1,-14,-25,-16, 5; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
Total number of hits | 110 in 110 different sequences |
Number of true positive hits | 110 in 110 different sequences |
Number of 'unknown' hits | 0 |
Number of false positive hits | 0 |
Number of false negative sequences | 0 |
Number of 'partial' sequences | 0 |
Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
Taxonomic range [info] | Prokaryotes (Bacteria) |
Maximum number of repetitions [info] | 1 |
Matrix type [info] | protein_domain |
Scaling database [info] | reversed |
Author [info] | V_Lesaux |
Feature key [info] | DOMAIN |
Feature description [info] | PTS EIIB type-1 |
Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
110 sequences
PTG3B_CORGT (Q45298), PTG3C_BACSU (P20166), PTG3C_GEOSE (P42015), PTG3C_MYCGE (P47315), PTG3C_MYCPN (P75569), PTG3C_STAA1 (A7WXI2), PTG3C_STAA2 (A6TXX3), PTG3C_STAA3 (Q2FK73), PTG3C_STAA8 (Q2G1G8), PTG3C_STAA9 (A5IP58), PTG3C_STAAB (Q2YUZ1), PTG3C_STAAC (Q5HJI3), PTG3C_STAAE (A6QDH3), PTG3C_STAAM (Q99X32), PTG3C_STAAN (Q7A807), PTG3C_STAAR (Q6GKB7), PTG3C_STAAS (Q6GCT7), PTG3C_STAAT (A8Z0F5), PTG3C_STAAW (Q8NYM1), PTG3C_STACT (Q57071), PTG3C_STAEP (Q8VRH0), PTG3C_STAEQ (Q5HL73), PTG3C_STAES (Q7CCJ4), PTG3C_STAHJ (Q4L945), PTG3C_STAS1 (Q4A0C4), PTG3C_STRPN (P35595), PTGCB_BUCAI (P57437), PTGCB_BUCAP (Q8K9J0), PTGCB_BUCBP (Q89AG6), PTGCB_ECO57 (P69788), PTGCB_ECOL6 (P69787), PTGCB_ECOLI (P69786), PTGCB_SALTY (P37439), PTIBC_ECOLI (P24241), PTN3B_CORGL (Q46072), PTOCB_BACSU (P54715), PTOCB_ECOLI (P19642), PTS3B_PEDPE (P43470), PTS3B_STRMU (P12655), PTSBC_BACSU (P05306), PTSBC_KLEPN (P27219), PTSBC_PASMU (Q9CJZ2), PTSBC_SALTM (P08470), PTSBC_STAXY (P51184), PTSBC_VIBAL (P22825), PTSB_LACLL (Q04938), PTTBC_BACSU (P39794), PTTBC_ECOLI (P36672), PTU3C_STAA1 (A7X6P1), PTU3C_STAA2 (A6U4R9), PTU3C_STAA3 (Q2FDW8), PTU3C_STAA8 (Q2FV87), PTU3C_STAA9 (A5IVW5), PTU3C_STAAB (Q2YWC1), PTU3C_STAAC (Q5HD13), PTU3C_STAAE (A6QK27), PTU3C_STAAM (Q99R97), PTU3C_STAAN (Q7A3G4), PTU3C_STAAR (Q6GDR0), PTU3C_STAAS (Q6G6D6), PTU3C_STAAT (A8Z3D6), PTU3C_STAAW (Q8NUS2), PTU3C_STACT (Q53922), PTUCB_FUSMR (O06900), PTUCB_KLEPN (Q9AGA7), PTUCB_LEPBD (C7NB69), PTV3B_BACSU (P40739), PTV3B_DICCH (P26207), PTV3B_ECOLI (P08722), PTV3B_HALH5 (Q9KF90), PTW3C_BACSU (P39816), PTW3C_ECOLI (P09323), PTW3C_KLEPN (P45604), PTWB_STRCO (Q9S2H6), PTWCB_BACSU (O34521), PTXBC_BACSU (Q797S1), PTXBC_STAA3 (Q2FK70), PTXBC_STAA8 (Q2G1G5), PTXBC_STAAB (Q2YV12), PTXBC_STAAC (Q5HJI0), PTXBC_STAAM (Q99X29), PTXBC_STAAN (Q7A804), PTXBC_STAAR (Q6GKB4), PTXBC_STAAS (Q6GCT4), PTXBC_STAAW (Q7A1Y1), PTXBC_STAEQ (Q5HLT2), PTXBC_STAES (Q8CNB2), PTXBC_STAHJ (Q4L8H5), PTXBC_STAS1 (Q49ZN7), PTXB_ECOLI (P69789), PTXB_SHIFL (P69790), PTYBC_ALIF1 (Q5E5T6), PTYBC_ECO57 (Q8XBJ1), PTYBC_ECOL6 (Q8FFA9), PTYBC_ECOLI (P77272), PTYBC_ECOUT (Q1R8U3), PTYBC_PASMU (Q9CKN5), PTYBC_PHOLL (Q7N9D9), PTYBC_SHIBS (Q31Y50), PTYBC_SHIDS (Q32DC5), PTYBC_SHIFL (Q83QN3), PTYBC_VIBCH (Q9KVD9), PTYBC_VIBPA (Q87FD5), PTYBC_VIBVU (Q8D4Z3), PTYBC_VIBVY (Q7MBS2), SACX_BACSU (P15400), Y129_MYCGE (Q49397), Y178_UREPA (Q9PQW5), Y268_MYCPN (P75507), Y367_BORBU (O51340)» more
|
PDB [Detailed view] |
4 PDB
1IBA; 1O2F; 3BP3; 3BP8 |