PROSITE logo

PROSITE entry PS51150


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry

Entry name [info] AGOUTI_2
Accession [info] PS51150
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-OCT-2005 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE;
29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC60024
Associated ProRule [info] PRU00494

Name and characterization of the entry

Description [info] Agouti domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=40;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=36;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.7000277; R2=0.0052378; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2728.9633789; R2=3.2879581; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1108; H_SCORE=6372; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=726; H_SCORE=5116; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-11; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='V';  M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='A';  M= 28,-10,-16,-17, -7,-20, -6,-14,-16,  3,-13,-10, -7,-13, -4,  8,  4, -3, -6,-20,-17, -7;
/M: SY='T';  M= -4, -5,-14,-13,-12, -5,-21,-16, -2,-15,  7, -2, -2,-17,-12,-12,  3, 25,  0,-28, -8,-12;
/M: SY='R';  M=-17,-16,-27,-16, -6,-11,-23, -6,-14, 11,  2, -1, -9,-23,  1, 42,-16,-10,-11,-20, -7, -6;
/M: SY='D';  M=-15, 35,-28, 43, 28,-32,-11,  2,-32,  3,-27,-25, 23, -9,  6, -5,  2, -8,-30,-37,-20, 17;
/M: SY='S';  M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='K';  M=-10, -9,-27, -9,  1,-17,-23,-13,-14, 25, -5, -1, -9,-16,  1, 14,-16,-10,-11,-20, -7,  1;
/M: SY='P';  M= -4,-14,-32, -8, -6,-28, 11,-18,-26,-13,-30,-20, -9, 40,-12,-18,  1, -9,-27,-28,-28,-12;
/M: SY='P';  M=-13,-14,-37, -7,  0,-27,-20, 18,-23,-10,-27,-14,-11, 55, -4,-14,-10,-13,-30,-30,-14, -7;
/M: SY='A';  M= 31, -7,-16,-14, -1,-26, -6,-11,-13, -4,-13, -7, -7,-10, 12,-11,  7, -3, -9,-20,-17,  6;
/M: SY='P';  M=-10,-24,-35,-22,-12,-16,-27,-23,  7,-19, -5, -3,-21, 41,-14,-23,-15,-10, -6,-26,-17,-17;
/M: SY='A';  M= 31,-13,-19,-17, -7,-23, -6,-20,-13,-10,-16,-13,-13, 22,-10,-20,  4, -3, -9,-23,-23,-10;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='D';  M=-19, 49,-29, 64, 18,-38, -9,  1,-38,  0,-30,-29, 25,-11,  0, -9,  1, -9,-30,-40,-20,  9;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='A';  M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='S';  M=  2, -5,-12,-10, -8,  0,-11,-15,-13,-13,-17,-13,  2,-13,-10,-12, 24, 24, -5,-28, -8, -8;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='Q';  M=-13, -6,-30, -6,  7,-18,-23, 13,-14,  4,-14,  0, -6,-16, 38,  4, -6,-10,-24, -4, 18, 21;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='R';  M=-14,  6,-27, -1, -3,-22,  1,  0,-28, 13,-25,-15, 19,-20,  2, 33, -2, -8,-25,-26,-16, -3;
/M: SY='S';  M= 23, -3,-10, -6, -3,-20,  0,-13,-17,-10,-24,-17,  4,-10, -3,-13, 31, 14, -7,-34,-20, -3;
/M: SY='A';  M= 26,-16,-13,-25,-16, 12, -9,-19, -7,-16, -5, -7,-12,-16,-19,-19,  2, -2, -1,-12, -4,-16;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='T';  M= -3, -6,-16, -9, -9, -1,-16, -4,-11,-10,-14,-11, -3,-16, -6,-10, 15, 20, -7,-15, 15, -9;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='V';  M= -3,-21,-16,-21,-17, -9,-27,-24, 11,  2, -3,  4,-21,-24,-17, -4,-10, -3, 28,-27,-10,-17;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-23,-33,-23,  7,-33,-23, 29,-30, 41, 20,-27,-27,-20,-23,-27,-10, 16,-20,  0,-23;
/M: SY='N';  M=  2, 16,-14,  7, -1,-19, -1, -3,-19, -6,-29,-19, 29,-14, -1, -6, 27, 14,-17,-39,-19, -1;
/M: SY='P';  M= -8,-14,-28,-11, -5,-20,-21,-19,-15, -9,-17,-13,-13, 42, -9,-11, -2,  9,-17,-29,-20,-10;
/M: SY='T';  M= -3,  9,-14, -2, -6,-14,-14,-11,-15, -5,-17,-13, 15,-13, -5, -2, 17, 31, -9,-32,-13, -6;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_03 which contains 571'609 sequence entries.


Total number of hits 48 in 48 different sequences
Number of true positive hits 48 in 48 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 10
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 82.76 %

Comments [info]

Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] Agouti
Version [info] 5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
48 sequences

AGRP_BOVIN  (P56413), AGRP_HUMAN  (O00253), AGRP_MOUSE  (P56473), 
AGRP_PIG(Q9TU18), ASIP_BOVIN  (Q29414), ASIP_CALGE  (A1YL78), 
ASIP_CALGO  (A1YL80), ASIP_CALJA  (A1YL77), ASIP_CANLF  (Q5UK76), 
ASIP_CEBPY  (A1YL79), ASIP_CERMI  (Q1XGU9), ASIP_CHLAE  (Q1XGV1), 
ASIP_COLPO  (Q1XGU5), ASIP_ERYPA  (Q1XGV0), ASIP_FELCA  (Q865F0), 
ASIP_GORGO  (Q1XGV5), ASIP_HORSE  (Q95MP2), ASIP_HUMAN  (P42127), 
ASIP_LEOCY  (A1YL81), ASIP_LEORO  (A1YL82), ASIP_MACAR  (A8CEM9), 
ASIP_MACAS  (A8CEN3), ASIP_MACCY  (A8CEM1), ASIP_MACFA  (Q1XGV3), 
ASIP_MACFU  (A8CEM0), ASIP_MACHE  (A8CEM5), ASIP_MACMR  (A8CEM4), 
ASIP_MACMU  (A1YL67), ASIP_MACNE  (A1YL69), ASIP_MACNG  (A1YL68), 
ASIP_MACNR  (A8CEM7), ASIP_MACRA  (Q1XGV2), ASIP_MACSI  (A8CEN1), 
ASIP_MACSL  (A8CEM8), ASIP_MACSY  (A1YL66), ASIP_MOUSE  (Q03288), 
ASIP_PANPA  (Q1XGV6), ASIP_PANTR  (Q1XGV7), ASIP_PAPAN  (A1YL70), 
ASIP_PIG(Q6ZYM3), ASIP_PONPY  (Q1XGV4), ASIP_RAT(Q99JA2), 
ASIP_SEMEN  (Q1XGU8), ASIP_TRAAU  (A1YL72), ASIP_TRACR  (Q1XGU6), 
ASIP_TRAFR  (A1YL74), ASIP_TRAOB  (Q1XGU7), ASIP_VULVU  (P79407)
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
10 sequences

TXD01_LYCSI (B6DD19), TXD02_LYCSI (B6DD20), TXD03_LYCSI (B6DD21), 
TXD04_LYCSI (B6DD22), TXD05_LYCSI (B6DD23), TXD06_LYCSI (B6DD24), 
TXD07_LYCSI (B6DD25), TXD08_LYCSI (B6DD26), TXD09_LYCSI (B6DD27), 
TXD10_LYCSI (B6DD28)
» more

PDB
[Detailed view]
6 PDB

1HYK; 1MR0; 1Y7J; 1Y7K; 2KZA; 2L1J