PROSITE entry PS51150
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
Entry name [info] | AGOUTI_2 |
Accession [info] | PS51150 |
Entry type [info] | MATRIX |
Date [info] |
01-OCT-2005 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. |
PROSITE Doc. [info] | PDOC60024 |
Associated ProRule [info] | PRU00494 |
Name and characterization of the entry
Description [info] | Agouti domain profile. |
Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=40; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=36; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.7000277; R2=0.0052378; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2728.9633789; R2=3.2879581; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1108; H_SCORE=6372; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=726; H_SCORE=5116; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-11; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='V'; M= 0,-30,-10,-30,-30, 0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10, 0, 50,-30,-10,-30; /M: SY='A'; M= 28,-10,-16,-17, -7,-20, -6,-14,-16, 3,-13,-10, -7,-13, -4, 8, 4, -3, -6,-20,-17, -7; /M: SY='T'; M= -4, -5,-14,-13,-12, -5,-21,-16, -2,-15, 7, -2, -2,-17,-12,-12, 3, 25, 0,-28, -8,-12; /M: SY='R'; M=-17,-16,-27,-16, -6,-11,-23, -6,-14, 11, 2, -1, -9,-23, 1, 42,-16,-10,-11,-20, -7, -6; /M: SY='D'; M=-15, 35,-28, 43, 28,-32,-11, 2,-32, 3,-27,-25, 23, -9, 6, -5, 2, -8,-30,-37,-20, 17; /M: SY='S'; M= 10, 0,-10, 0, 0,-20, 0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10, 0,-10, 40, 20,-10,-40,-20, 0; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='K'; M=-10, -9,-27, -9, 1,-17,-23,-13,-14, 25, -5, -1, -9,-16, 1, 14,-16,-10,-11,-20, -7, 1; /M: SY='P'; M= -4,-14,-32, -8, -6,-28, 11,-18,-26,-13,-30,-20, -9, 40,-12,-18, 1, -9,-27,-28,-28,-12; /M: SY='P'; M=-13,-14,-37, -7, 0,-27,-20, 18,-23,-10,-27,-14,-11, 55, -4,-14,-10,-13,-30,-30,-14, -7; /M: SY='A'; M= 31, -7,-16,-14, -1,-26, -6,-11,-13, -4,-13, -7, -7,-10, 12,-11, 7, -3, -9,-20,-17, 6; /M: SY='P'; M=-10,-24,-35,-22,-12,-16,-27,-23, 7,-19, -5, -3,-21, 41,-14,-23,-15,-10, -6,-26,-17,-17; /M: SY='A'; M= 31,-13,-19,-17, -7,-23, -6,-20,-13,-10,-16,-13,-13, 22,-10,-20, 4, -3, -9,-23,-23,-10; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='D'; M=-19, 49,-29, 64, 18,-38, -9, 1,-38, 0,-30,-29, 25,-11, 0, -9, 1, -9,-30,-40,-20, 9; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='A'; M= 50,-10,-10,-20,-10,-20, 0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10, 0, 0,-20,-20,-10; /M: SY='S'; M= 2, -5,-12,-10, -8, 0,-11,-15,-13,-13,-17,-13, 2,-13,-10,-12, 24, 24, -5,-28, -8, -8; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='Q'; M=-13, -6,-30, -6, 7,-18,-23, 13,-14, 4,-14, 0, -6,-16, 38, 4, -6,-10,-24, -4, 18, 21; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20, 0,-30, 10, 0,-20,-30,-40,-20,-20,-10, 0, 10, 30,-30; /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20, 0,-30, 10, 0,-20,-30,-40,-20,-20,-10, 0, 10, 30,-30; /M: SY='R'; M=-14, 6,-27, -1, -3,-22, 1, 0,-28, 13,-25,-15, 19,-20, 2, 33, -2, -8,-25,-26,-16, -3; /M: SY='S'; M= 23, -3,-10, -6, -3,-20, 0,-13,-17,-10,-24,-17, 4,-10, -3,-13, 31, 14, -7,-34,-20, -3; /M: SY='A'; M= 26,-16,-13,-25,-16, 12, -9,-19, -7,-16, -5, -7,-12,-16,-19,-19, 2, -2, -1,-12, -4,-16; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='T'; M= -3, -6,-16, -9, -9, -1,-16, -4,-11,-10,-14,-11, -3,-16, -6,-10, 15, 20, -7,-15, 15, -9; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='V'; M= -3,-21,-16,-21,-17, -9,-27,-24, 11, 2, -3, 4,-21,-24,-17, -4,-10, -3, 28,-27,-10,-17; /M: SY='L'; M=-10,-30,-23,-33,-23, 7,-33,-23, 29,-30, 41, 20,-27,-27,-20,-23,-27,-10, 16,-20, 0,-23; /M: SY='N'; M= 2, 16,-14, 7, -1,-19, -1, -3,-19, -6,-29,-19, 29,-14, -1, -6, 27, 14,-17,-39,-19, -1; /M: SY='P'; M= -8,-14,-28,-11, -5,-20,-21,-19,-15, -9,-17,-13,-13, 42, -9,-11, -2, 9,-17,-29,-20,-10; /M: SY='T'; M= -3, 9,-14, -2, -6,-14,-14,-11,-15, -5,-17,-13, 15,-13, -5, -2, 17, 31, -9,-32,-13, -6; /I: I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
Total number of hits | 48 in 48 different sequences |
Number of true positive hits | 48 in 48 different sequences |
Number of 'unknown' hits | 0 |
Number of false positive hits | 0 |
Number of false negative sequences | 10 |
Number of 'partial' sequences | 0 |
Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 82.76 % |
Comments [info]
Matrix type [info] | protein_domain |
Scaling database [info] | reversed |
Author [info] | CJA_Sigrist |
Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
Maximum number of repetitions [info] | 1 |
Feature key [info] | DOMAIN |
Feature description [info] | Agouti |
Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
48 sequences
AGRP_BOVIN (P56413), AGRP_HUMAN (O00253), AGRP_MOUSE (P56473), AGRP_PIG(Q9TU18), ASIP_BOVIN (Q29414), ASIP_CALGE (A1YL78), ASIP_CALGO (A1YL80), ASIP_CALJA (A1YL77), ASIP_CANLF (Q5UK76), ASIP_CEBPY (A1YL79), ASIP_CERMI (Q1XGU9), ASIP_CHLAE (Q1XGV1), ASIP_COLPO (Q1XGU5), ASIP_ERYPA (Q1XGV0), ASIP_FELCA (Q865F0), ASIP_GORGO (Q1XGV5), ASIP_HORSE (Q95MP2), ASIP_HUMAN (P42127), ASIP_LEOCY (A1YL81), ASIP_LEORO (A1YL82), ASIP_MACAR (A8CEM9), ASIP_MACAS (A8CEN3), ASIP_MACCY (A8CEM1), ASIP_MACFA (Q1XGV3), ASIP_MACFU (A8CEM0), ASIP_MACHE (A8CEM5), ASIP_MACMR (A8CEM4), ASIP_MACMU (A1YL67), ASIP_MACNE (A1YL69), ASIP_MACNG (A1YL68), ASIP_MACNR (A8CEM7), ASIP_MACRA (Q1XGV2), ASIP_MACSI (A8CEN1), ASIP_MACSL (A8CEM8), ASIP_MACSY (A1YL66), ASIP_MOUSE (Q03288), ASIP_PANPA (Q1XGV6), ASIP_PANTR (Q1XGV7), ASIP_PAPAN (A1YL70), ASIP_PIG(Q6ZYM3), ASIP_PONPY (Q1XGV4), ASIP_RAT(Q99JA2), ASIP_SEMEN (Q1XGU8), ASIP_TRAAU (A1YL72), ASIP_TRACR (Q1XGU6), ASIP_TRAFR (A1YL74), ASIP_TRAOB (Q1XGU7), ASIP_VULVU (P79407)» more
|
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
10 sequences
TXD01_LYCSI (B6DD19), TXD02_LYCSI (B6DD20), TXD03_LYCSI (B6DD21), TXD04_LYCSI (B6DD22), TXD05_LYCSI (B6DD23), TXD06_LYCSI (B6DD24), TXD07_LYCSI (B6DD25), TXD08_LYCSI (B6DD26), TXD09_LYCSI (B6DD27), TXD10_LYCSI (B6DD28)» more |
PDB [Detailed view] |
6 PDB
1HYK; 1MR0; 1Y7J; 1Y7K; 2KZA; 2L1J |