PROSITE logo

PROSITE entry PS51164


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry

Entry name [info] CBM1_2
Accession [info] PS51164
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-NOV-2005 CREATED;
01-OCT-2013 DATA UPDATE;
27-MAR-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC00486
Associated ProRule [info] PRU00597

Name and characterization of the entry

Description [info] CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=37;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=4; N2=34;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.5836288; R2=0.0081856; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=845; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=601; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: M0=-10; D=-20; I=-20; B1=-1000; E1=-1000; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='G';  M=  8, -8,-10,-12,-10,-20, 11,-14,-21,-13,-19,-14, -3,-12,-11,-15,  5, -4,-13,-26,-20,-11;
/M: SY='C';  M=  0, -9, 14,-13, -8,-19,-17,-17,-15,-12,-14,-10, -8,-17, -5,-14,  4,  6, -7,-32,-17, -7;
/M: SY='A';  M= 10,-15,-16,-18,-13,-15,-10,-18,  1,-12, -6, -2,-12,-18, -8,-14,  2, -1, 10,-26,-15,-11;
/M: SY='P';  M=  5, -5,-24, -5, -1,-25, -3,-14,-20, -2,-23,-14, -3,  9, -2, -9,  5,  0,-16,-27,-20, -3;
/M: SY='Q';  M= -4,-12,-24,-13, -3,-16,-19, -1, -8, -4, -4,  0,-10, -9,  2, -2, -9, -7, -7,-23, -8, -2;
/M: SY='W';  M=-19,-30,-40,-30,-25, 19,-24, -6,-11,-15,-10,-10,-29,-30,-15,-15,-29,-20,-20, 88, 52,-20;
/M: SY='G';  M=  7, -8,-26,-10,-11,-25, 37,-14,-30,-12,-23,-15, -2,-17,-11,-15,  1,-13,-22,-19,-20,-11;
/M: SY='Q';  M= -8, -1,-29, -1, 18,-38,-19,  8,-20,  9,-20, -1, -1,-10, 55,  9,  0, -9,-29,-18,-10, 37;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G';  M=  0, -9,-30,-10,-20,-30, 69,-20,-40,-20,-30,-20,  1,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='I';  M= -6, -6,-24,-11, -4,-16,-21,-11,  3, -7, -6,  1, -1,-13,  2, -8, -3, -2, -3,-26,-10, -3;
/M: SY='G';  M= -1,  2,-26, -3,-11,-25, 39,-11,-30,-13,-26,-16, 11,-18,-12,-14,  3,-11,-26,-25,-24,-11;
/M: SY='W';  M=-20,-29,-36,-31,-26, 32,-26, -6, -8,-18, -6, -8,-27,-30,-20,-16,-27,-18,-16, 71, 50,-22;
/M: SY='T';  M=  0,  3,-15, -2, -4,-16,-12, -8,-15, -6,-18,-11,  7, -9, -2, -7, 18, 24, -9,-32,-12, -3;
/M: SY='G';  M=  0, -8,-30, -8,-19,-30, 67,-19,-39,-19,-30,-20,  1,-20,-19,-19,  1,-19,-30,-21,-30,-19;
/M: SY='P';  M=  3,-12,-18, -9, -3,-25,-10,-18,-19,-10,-23,-17,-11, 32, -9,-17,  1, -4,-18,-30,-25, -8;
/M: SY='T';  M= -1, -1,-14, -9, -7,-13,-16,-17,-13, -4,-13, -9,  0,-10, -6, -6, 15, 36, -5,-28,-11, -6;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='C';  M=  2, -7, 12,-13, -8,-19,-16,-16,-15,-11,-15,-10, -6,-18, -5,-12,  7, 10, -6,-32,-17, -7;
/M: SY='C';  M=-10,-20,117,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-39,-30,-30, -9, -9,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='A';  M= 10,-10,-16,-11, -3,-19,-14,-16, -7, -5,-11, -7,-10, -9, -3,-10,  2,  0,  1,-26,-16, -3;
/M: SY='S';  M= 12, -3,-15, -4,  1,-19, -5,-13,-18, -7,-22,-16,  1, -3, -3,-11, 20, 10,-11,-31,-18, -1;
/M: SY='G';  M= -1,-13,-31,-11,-14,-29, 41,-20,-32,-16,-29,-19, -6,  8,-17,-19, -2,-16,-27,-23,-29,-17;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='Y';  M= -2,-13,-18,-16,-13,  8,-16, -4, -6,-13, -5, -6, -9,-20,-11,-13, -1,  2, -7,  0, 18,-13; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='T';  M= -1, -4,-14, -9, -6,-14,-19,-16,-11,  1,-14, -8, -3,-13, -5, -3, 11, 25, -1,-28,-10, -6;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='T';  M= -4, -9,-19,-11, -6,-15,-21, -9, -4,  2,-10, -2, -7,-16, -2, -3, -1,  4,  4,-26, -7, -4;
/M: SY='K';  M= -1, -8,-22, -9,  0,-12,-18,-10,-12,  7,-13, -6, -8,-14, -2,  0, -3, -3, -5,-19, -3, -2;
/M: SY='I';  M= -8,-17,-23,-20,-13, -2,-25,-10,  8,-15,  6,  8,-15,-21, -5,-13,-10, -4,  4,-14,  4, -9;
/M: SY='N';  M= -6, 29,-20, 14, -1,-21,  4,  5,-22, -3,-30,-20, 46,-17, -1, -3, 13,  1,-27,-38,-20, -1;
/M: SY='D';  M=-11, 16,-31, 27, 17,-33,-12, -5,-29, -2,-26,-22,  3, 16,  2,-10, -1, -9,-27,-33,-21,  8;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='W';  M=-19,-28,-35,-29,-24, 27,-26, -3, -7,-16, -6, -6,-26,-29,-17,-15,-26,-16,-15, 66, 52,-20;
/M: SY='Y';  M=-20,-21,-31,-21,-20, 28,-29, 16, -2,-10, -1, -1,-20,-29, -9,-10,-20,-11,-11, 34, 73,-18;
/M: SY='S';  M=  6, -4,-15, -4, -3,-14, -4, -2,-19,-10,-25,-16,  5,-13, -2,-10, 26, 11,-11,-27, -7, -3;
/M: SY='Q';  M=-10,  0,-29,  0, 19,-39,-19, 11,-20,  9,-20, -1,  1,-10, 57,  9,  1, -9,-29,-21,-10, 38;
/M: SY='C';  M=-10,-20,117,-30,-30,-19,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-47,-28,-30;
/M: SY='L';  M= -7,-20,-22,-23,-15, -4,-27,-15, 14,-16, 15,  9,-18,-23, -7,-11,-15, -7, 10,-20, -1,-12;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_02 which contains 571'282 sequence entries.


Total number of hits 125 in 121 different sequences
Number of true positive hits 125 in 121 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 4
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] CBM1
Version [info] 3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
121 sequences

AXE1_ASPFU  (Q4WBW4), AXE1_COPC7  (A8PB24), AXE1_HYPJE  (Q99034), 
AXE1_NEOFI  (A1DBP9), AXE1_TALPU  (Q8NJP6), CBHB_ASPAC  (O59843), 
CBHB_ASPCL  (A1CU44), CBHB_ASPFC  (B0Y8K2), CBHB_ASPFU  (Q4WM08), 
CBHB_ASPNC  (A2QAI7), CBHB_ASPNG  (Q9UVS8), CBHB_ASPTN  (Q0CMT2), 
CBHB_EMENI  (Q8NK02), CBHB_NEOFI  (A1DNL0), CBHC_ASPCL  (A1CCN4), 
CBHC_ASPFC  (B0XWL3), CBHC_ASPFU  (Q4WFK4), CBHC_ASPNC  (A2QYR9), 
CBHC_ASPTN  (Q0CFP1), CBHC_EMENI  (Q5B2E8), CBHC_NEOFI  (A1DJQ7), 
CE12C_PYRO7 (G4NBX2), CEL6A_PODAN (B2ABX7), CEL6A_PYRO7 (G4MM92), 
CEL7A_THET4 (G2QCS4), CHI2_METAN  (Q4U4T0), CHI2_METRA  (E9F9R9), 
CUTI1_VERDA (A0A2J8C362), EG5A_PHACH  (Q66NB7), FAEB_TALFU  (Q9HE18), 
FAEB_TALSN  (B8M9H9), GCE1_PHACR  (P0CT87), GCE1_PODAN  (B2ABS0), 
GCE1_SODAL  (A0A1D8EJG8), GCE_CERUI   (A0A0A7EQR3), GCE_HYPJQ   (G0RV93), 
GH6D_PODAN  (B2ADA5), GUN1_HYPJE  (P07981), GUN1_HYPJR  (A0A024SNB7), 
GUN1_TRILO  (Q12714), GUN2_HYPJE  (P07982), GUN2_HYPJR  (A0A024SH20), 
GUN3_HUMIN  (Q12624), GUN3_NEUCR  (Q7SDR1), GUN5_HYPJE  (P43317), 
GUNB_FUSOX  (P46236), GUNF_FUSOX  (P46239), GUNK_FUSOX  (P45699), 
GUX1A_NEUCR (Q7SA23), GUX1B_NEUCR (P38676), GUX1_HUMGT  (P15828), 
GUX1_HYPJE  (P62694), GUX1_HYPJR  (A0A024RXP8), GUX1_HYPRU  (P19355), 
GUX1_PENJA  (Q06886), GUX1_PHACH  (P13860), GUX1_TRIHA  (Q9P8P3), 
GUX1_TRIKO  (P62695), GUX2_AGABI  (Q92400), GUX2_HYPJE  (P07987), 
GUX2_HYPJR  (A0A024SH76), GUX3_AGABI  (P49075), GUX6_HUMIN  (Q9C1S9), 
GUXC_FUSOX  (P46238), LP9A_ASPCL  (A1C4H2), LP9A_ASPFC  (B0Y9G4), 
LP9A_ASPFN  (B8MXJ7), LP9A_ASPKW  (Q96WQ9), LP9A_ASPNC  (A2R5N0), 
LP9A_ASPOR  (Q2US83), LP9A_ASPTM  (A0A5N6V703), LP9A_ASPTN  (Q0CEU4), 
LP9A_BOTFB  (A0A384K4U6), LP9A_HYPJE  (O14405), LP9A_HYPJQ  (G0R6T8), 
LP9A_NEOFI  (A1DBS6), LP9A_NEUCR  (Q7S439), LP9A_PODAN  (B2B629), 
LP9B_EMENI  (Q5BCX8), LP9B_PODAN  (B2AVF1), LP9B_THET4  (G2QCJ3), 
LP9B_THETO  (A0A1C9CXI1), LP9B_THETT  (G2RB73), LP9C_ASPFU  (Q4WBU0), 
LP9C_BOTFB  (A0A384JJB6), LP9C_NEUCR  (Q7SHI8), LP9E_EMENI  (Q5AQA6), 
LP9E_NEUCR  (Q7RWN7), LP9E_PODAN  (B2ATL7), LP9G_ASPTM  (A0A5N6UV50), 
LP9G_THETT  (G2QZK6), LP9H_PODAN  (B2ADG1), LP9H_THET4  (G2Q9T3), 
LP9J_NEUCR  (Q7SHD9), LP9_AGABI   (Q00023), LP9_COPC7   (A8NCG7), 
MANA_HYPJR  (Q99036), MANF_ASPCL  (A1C8U0), MANF_ASPFC  (B0Y9E7), 
MANF_ASPFN  (B8NIV9), MANF_ASPFU  (Q4WBS1), MANF_ASPOR  (Q2U2I3), 
MANF_EMENI  (Q5AR04), MANF_NEOFI  (A1DBV1), PSBP_PORPU  (P50272), 
XG74_HYPJQ  (Q7Z9M8), XYN1_HUMGT  (P79046), XYN6_PYRGI  (Q8NJ73), 
XYN6_PYRO7  (G4MPQ7), XYNA_PHACH  (Q9HEZ1), XYNA_TALFU  (Q8WZJ4), 
XYNB_NEOPA  (Q02290), XYNB_PENOX  (E7EF85), XYNB_PHACH  (B7SIW1), 
XYNB_TALFU  (Q8J0K5), XYNC_NEOPA  (Q9UV68), XYNC_PHACH  (B7SIW2), 
XYND_GIBZE  (I1S3C6), XYND_TALFU  (Q5ZNB1), XYS20_NEOPA (A8TGA1), 
YKK5_SCHPO  (Q9P7F1)
» more

PDB
[Detailed view]
21 PDB

1AZ6; 1AZH; 1AZJ; 1AZK; 1CBH; 2CBH; 2MWJ; 2MWK; 4BMF; 5X34; 5X35; 5X36; 5X37; 5X38; 5X39; 5X3C; 6RV8; 7YHF; 7YHG; 7YHH; 7YHI
» more