PROSITE entry PS51177
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | LUMAZINE_BIND |
| Accession [info] | PS51177 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-DEC-2005 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC00581 |
| Associated ProRule [info] | PRU00524 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Riboflavin synthase alpha chain lumazine-binding repeat profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=97; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=97; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2626936; R2=0.0168533; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5649.8559570; R2=6.9319963; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=371; H_SCORE=8222; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=252; H_SCORE=7397; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='M'; M= -7,-21,-22,-29,-18, 6,-20,-12, 15,-17, 15, 29,-18,-20,-11,-16,-17,-10, 8,-17, 0,-15; /M: SY='F'; M=-11,-29, -9,-34,-28, 35,-30,-22, 11,-26, 16, 8,-25,-30,-31,-20,-18, -7, 16,-12, 8,-27; /M: SY='T'; M= 1, -1,-15, -5, -1,-19,-13,-10,-15, -1,-19, -8, 2,-11, 6, -3, 19, 21, -9,-31,-13, 2; /M: SY='G'; M= 3,-10,-29,-11,-19,-29, 66,-20,-38,-19,-29,-19, -1,-19,-19,-20, 1,-19,-28,-20,-29,-19; /M: SY='H'; M=-13, -9,-27,-15,-13,-10,-25, 22, 4,-15, -1, 5, 1,-20, -5, -9,-11, -9, -4,-26, 3,-13; /M: SY='V'; M= -4,-30,-19,-34,-30, 0,-34,-30, 39,-24, 14, 14,-26,-26,-26,-24,-14, -4, 41,-26, -6,-30; /M: SY='E'; M=-11, 11,-21, 18, 21,-30,-17, -2,-25, 6,-18,-11, 2,-10, 15, -1, -2, -8,-23,-30,-15, 18; /M: SY='G'; M= 1, -4,-16, -4, -1,-21, 20,-15,-29,-12,-22,-18, -2,-15,-10,-15, 3, -6,-21,-25,-21, -5; /M: SY='V'; M= -3,-17,-15,-23,-21, -3,-27,-24, 17,-18, 7, 5,-14,-22,-20,-17, -3, 13, 23,-28, -8,-21; /M: SY='G'; M= 21, -7,-21,-13,-15,-25, 35,-18,-26,-15,-21,-16, -1,-16,-15,-19, 5,-10,-17,-21,-25,-15; /M: SY='E'; M= -8, -4,-26, -3, 12,-19,-21,-11,-11, 2,-13, -9, -3, -1, 1, -2, -2, -1,-12,-28,-15, 5; /M: SY='I'; M= -6,-29,-21,-34,-29, 2,-35,-27, 37,-25, 16, 15,-25,-25,-24,-24,-16, -6, 36,-22, 0,-29; /M: SY='A'; M= 1, -2,-16, -3, -4,-21,-14,-17, -9, -1,-13, -8, -6,-15, -8, -9, -4, -5, -2,-27,-15, -7; /M: SY='E'; M= 2, 6,-22, 5, 10,-20,-12, -7,-21, 6,-18,-13, 5,-12, 3, 0, 2, -4,-17,-26,-14, 7; /M: SY='I'; M=-10,-26,-25,-34,-25, 8,-33,-25, 30,-22, 13, 12,-18,-22,-20,-19,-15, -7, 20,-18, 1,-25; /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='E'; M= -9, 3,-18, 3, 9,-20,-16, -1,-16, -4,-14,-10, 2,-13, -1, -7, 0, -1,-14,-30,-12, 3; /I: I=-4; MD=-23; /M: SY='E'; M= -7, -5,-25, -4, 11,-16,-19, -4,-16, 3,-13, -9, -4, -3, 4, 3, -2, -2,-15,-24,-10, 6; D=-4; /I: I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23; /M: SY='N'; M= -6, 5,-23, 2, 1,-16, -9, 4,-15, -2,-17,-10, 11,-16, 3, -4, 2, -4,-17,-23, -3, 1; D=-4; /I: I=-4; DM=-23; /M: SY='G'; M= -6, 8,-26, 12, 9,-27, 14, -5,-31, -6,-25,-19, 7, -8, -3,-10, 4, -7,-25,-29,-21, 3; D=-4; /I: I=-4; DM=-23; /M: SY='D'; M=-10, 25,-25, 27, 18,-28,-10, 6,-27, 5,-24,-19, 21,-11, 8, 1, 2, -7,-26,-32,-16, 12; D=-4; /I: I=-4; DM=-23; /M: SY='G'; M= -1, -8,-22,-10,-13, -6, 6, -8,-17,-15,-10,-10, -4,-19,-13,-15, -2, -6,-14,-11, -5,-13; D=-4; /I: I=-4; DM=-23; /M: SY='L'; M= -7,-14,-23,-16, -8, -2,-23,-11, 0, -8, 4, 4,-13,-20, -4, -4,-11, -6, 0,-17, -1, -7; /M: SY='S'; M= -3, -1,-22, -1, 5,-20,-14, -7,-18, 6,-21,-12, 1,-13, 6, 3, 7, 1,-13,-21,-10, 5; /M: SY='I'; M=-11,-24,-23,-28,-23, 8,-31, -4, 21,-21, 14, 16,-20,-25,-16,-18,-18, -9, 15,-13, 15,-22; /M: SY='W'; M= -5,-15,-24,-16,-16, -9, -6,-16,-11, -9,-10, -6,-13,-21,-13, -7, -7, -3, -5, 4, -2,-14; /M: SY='I'; M= -9,-30,-25,-38,-30, 11,-36,-28, 39,-28, 18, 16,-22,-24,-24,-26,-19, -8, 29,-18, 2,-30; /M: SY='E'; M= -9, 4,-26, 4, 13,-17,-13, -6,-25, 12,-21,-13, 5,-12, 5, 9, -3, -6,-21,-23,-12, 9; /I: I=-4; MD=-22; /M: SY='I'; M= 0,-15,-19,-23,-17, 1,-21,-18, 10,-15, 2, 6,-11,-14,-15,-16, -6, 0, 8,-20, -5,-17; D=-4; /I: I=-4; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22; /M: SY='P'; M= -6, -3,-30, 2, 1,-26,-15,-13,-21, -6,-25,-18, -5, 44, -6,-11, -2, -2,-23,-30,-23, -6; D=-4; /I: I=-4; DM=-22; /M: SY='E'; M= -5, 3,-26, 3, 10,-25,-10, -8,-22, 8,-23,-14, 3, 5, 3, 0, 0, -4,-20,-27,-18, 6; D=-4; /I: I=-4; DM=-22; /M: SY='N'; M= -7, 8,-19, 7, 3,-15, -7, 0,-17, -4,-13,-10, 9,-13, 2, -5, 3, -1,-16,-26,-11, 2; D=-4; /I: I=-4; DM=-22; /M: SY='L'; M=-10,-22,-22,-24,-20, 8,-27,-19, 15,-20, 19, 13,-21,-24,-18,-17,-20, -9, 11,-10, 2,-19; D=-4; /I: I=-4; DM=-22; /M: SY='L'; M= -1,-22,-18,-26,-18, -1,-25,-19, 15,-19, 22, 13,-20,-22,-15,-17,-13, -1, 12,-23, -5,-17; /M: SY='E'; M=-10, 7,-26, 10, 14,-25,-18, -7,-21, 9,-20,-14, 3, -6, 5, 5, 0, -1,-16,-29,-15, 9; /M: SY='D'; M=-14, 10,-27, 13, -4, -6, -9, 2,-20, -8,-18,-15, 5,-15, -8,-11, -3, -6,-20,-13, 12, -7; /M: SY='V'; M= -6,-28, -5,-31,-27, -1,-27,-27, 22,-26, 18, 11,-25,-28,-24,-23,-17, -7, 24,-26, -8,-27; /M: SY='V'; M= -6,-10,-20,-12, -6,-11,-22, -1, 1, -8, -4, 0, -7,-19, -8, -9, -4, -2, 5,-29, -7, -8; /M: SY='E'; M= -8, -7,-23, -5, 4,-12,-23,-11, -7, -3, -5, -6, -9,-10, -4, -7, -4, 1, -5,-23, -5, -1; /M: SY='K'; M= -7, 0,-30, 3, 5,-31, 15,-12,-34, 16,-29,-16, 1,-13, -1, 5, -4,-14,-25,-22,-19, 2; /M: SY='D'; M= -6, 19,-26, 27, 1,-32, 18,-10,-35, -9,-28,-24, 10,-13, -8,-14, 6, -6,-25,-32,-23, -3; /M: SY='S'; M= 0, -4,-15, -4, -6, -6,-10, -2,-15,-12,-20,-13, 2,-16, -6,-11, 20, 10, -8,-27, -2, -6; /M: SY='I'; M= -8,-29,-26,-38,-29, 0,-37,-28, 45,-27, 18, 21,-22,-22,-21,-27,-18, -8, 32,-22, -2,-29; /M: SY='A'; M= 25,-10,-14,-17,-12,-17, 5,-18,-12,-13, -9, -7, -8,-13,-11,-17, 7, 4, -4,-22,-18,-12; /M: SY='V'; M= -6,-27,-18,-31,-27, 4,-32,-23, 28,-23, 14, 12,-23,-26,-24,-21,-13, -2, 32,-24, -3,-27; /M: SY='D'; M=-15, 45,-25, 47, 11,-31, -5, 5,-31, 0,-30,-25, 38,-15, 0, -5, 5, -5,-30,-40,-20, 5; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='V'; M= -4,-25, 1,-32,-27, -5,-32,-29, 24,-24, 7, 7,-21,-25,-23,-25,-11, -2, 26,-28, -9,-27; /M: SY='C'; M= 1, -9, 39,-14,-13,-15,-13,-18,-23,-19,-24,-19, -3,-22,-14,-18, 18, 7, -9,-41,-21,-13; /M: SY='L'; M= -9,-26,-19,-27,-19, 8,-28,-19, 18,-28, 43, 17,-25,-29,-19,-19,-26, -9, 10,-22, -2,-19; /M: SY='T'; M= 0, -1,-12, -9, -9,-12,-19,-19,-11,-10,-12,-11, 0, -5, -9,-11, 20, 45, -2,-31,-12, -9; /M: SY='V'; M= -4,-30,-18,-33,-29, 1,-33,-29, 36,-24, 17, 14,-27,-27,-26,-23,-15, -4, 40,-26, -6,-29; /M: SY='T'; M= 0, -1,-15, -5, -7,-11,-13,-16, -8,-10,-12,-10, 1,-15,-11,-12, 10, 18, 1,-30,-13, -9; /M: SY='E'; M= -7, 8,-25, 13, 14,-25, -8, -1,-27, 5,-23,-17, 4,-11, 6, 1, 4, -3,-22,-27,-12, 9; /M: SY='V'; M= -8,-27,-12,-32,-26, 10,-31,-24, 21,-22, 15, 12,-23,-27,-24,-17,-16, -5, 23,-21, -1,-25; /M: SY='N'; M= -7, 11,-21, 8, 3,-20, -9, -5,-21, 3,-20,-15, 13,-14, -1, 1, 7, 5,-18,-29,-12, 0; /M: SY='N'; M= -5, 9,-25, 9, 7,-22, 1, -6,-26, -4,-25,-19, 11, -3, -1, -6, 5, -5,-24,-30,-19, 2; /M: SY='D'; M= -8, 24,-21, 25, 12,-24, -7, 0,-25, -2,-26,-21, 23,-12, 2, -6, 13, 3,-23,-35,-15, 6; /I: I=-5; MD=-25; /M: SY='Q'; M= -6,-10,-22,-13, -7,-15,-17, -4, -3, -5, -7, 0, -6,-16, 1, -3, -2, 0, -2,-24, -7, -4; D=-5; /I: I=-5; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25; /M: SY='F'; M=-12,-29,-20,-36,-28, 35,-32,-22, 19,-26, 15, 8,-23,-28,-30,-21,-19, -8, 18, -7, 15,-28; /M: SY='T'; M= -8,-11, -5,-17,-11, 6,-21,-16,-15, -9,-12,-11, -8,-19,-14, -8, 1, 9, -8,-11, 1,-12; /M: SY='F'; M= -4,-28,-19,-34,-27, 22,-30,-25, 21,-25, 14, 9,-23,-26,-28,-22,-15, -6, 22,-14, 4,-27; /M: SY='D'; M= -9, 24,-23, 28, 5,-28, 1, 2,-28, -5,-27,-19, 19,-14, -2, -9, 10, -1,-23,-36,-18, 1; /I: I=-6; MD=-32; /M: SY='I'; M= -8,-27,-21,-30,-24, 6,-31,-18, 27,-23, 23, 16,-24,-25,-19,-20,-20, -7, 22,-15, 7,-23; D=-6; /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='I'; M= -3,-19,-23,-24,-17, -5,-24,-21, 15,-19, 0, 6,-13, -5,-14,-21, -2, 0, 9,-25, -8,-18; /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='P'; M=-10,-10,-32, -4, 3,-25,-19,-14,-19, 1,-20,-14,-11, 37, -4, -5, -7, -8,-22,-28,-21, -3; /M: SY='E'; M=-12, 10,-28, 14, 33,-26,-19, 17,-27, 6,-20,-14, 6, -8, 15, 1, -1, -8,-27,-28, -8, 23; /M: SY='T'; M= 4, -6,-12,-15,-12, -9,-19,-20, -4,-13, -2, -5, -5,-13,-11,-13, 12, 33, 2,-28,-10,-12; /M: SY='L'; M= -8,-21,-24,-24,-16, 0,-26,-12, 11,-14, 17, 11,-18,-23, -9, -6,-16, -8, 4,-16, 4,-14; /M: SY='K'; M= 5, -2,-23, -5, 6,-24,-14, -9,-19, 16,-20,-10, 1,-11, 6, 9, 1, -5,-14,-24,-14, 5; /M: SY='R'; M=-10, -7, -9, -9, -1,-15,-20,-10,-16, 1, -9, -8, -3,-18, -2, 12, -2, 1,-11,-28,-13, -3; /M: SY='T'; M= -1, 1,-11, -6, -9,-12,-19,-19,-11,-10,-11,-11, 0,-11,-10,-10, 19, 43, 0,-31,-11, -9; /M: SY='N'; M= -2, 16,-16, 2, -6,-15, -9, -6,-11, -7,-19,-13, 27,-16, -5, -7, 13, 16,-13,-34,-15, -6; /M: SY='L'; M=-12,-29,-20,-33,-24, 22,-30,-20, 20,-28, 33, 19,-26,-28,-23,-20,-25, -9, 12,-14, 6,-23; /M: SY='G'; M= 3, -8,-25,-10,-10,-26, 24, -8,-28, -3,-23,-13, -2,-17, -6, -2, 0,-12,-19,-22,-19, -9; /M: SY='E'; M= -6, 3,-24, 3, 10,-16,-14, -6,-22, 6,-23,-15, 5,-12, 4, 0, 6, 1,-19,-17, -8, 7; /M: SY='Y'; M=-10,-17,-20,-19,-11, -4,-25,-11, -6, 2, 3, 1,-17,-23, -8, 1,-19,-11, -7, -4, 9,-10; /M: SY='K'; M= -4, 1,-25, -2, 8,-24,-18, -8,-21, 22,-21,-10, 3,-11, 7, 15, -3, -3,-16,-24,-12, 7; /M: SY='V'; M= -2,-19,-11,-23,-18, -9,-26,-23, 13,-11, 2, 4,-17,-22,-14,-13, -6, 2, 20,-27,-10,-17; /M: SY='G'; M= -2, -2,-29, -1,-15,-30, 56,-16,-38,-17,-30,-21, 5,-19,-16,-18, 2,-16,-29,-24,-28,-15; /M: SY='D'; M= -4, 19,-20, 24, 6,-27, -9, -7,-24, -3,-24,-19, 11,-12, 1, -8, 13, 6,-15,-35,-17, 3; /M: SY='R'; M=-13, -9,-30, -8, 6,-19,-22, -2,-17, 12,-13, -3, -8, -6, 8, 13,-12,-11,-18,-13, -4, 5; /M: SY='V'; M= 0,-30,-10,-30,-30, 0,-30,-30, 30,-20, 12, 10,-30,-30,-30,-20,-11, 0, 48,-30,-10,-30; /M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20, 0,-20, 0, 10,-20, 0,-30,-20, 60,-20, 0, 0, 10, 0,-30,-40,-20, 0; /M: SY='L'; M= -7,-30,-17,-31,-24, 5,-30,-23, 26,-26, 32, 18,-29,-29,-23,-20,-22, -7, 25,-23, -3,-24; /M: SY='E'; M= -9, 9,-30, 18, 56,-30,-15, -1,-31, 8,-21,-20, 0, -1, 18, -1, 0,-11,-30,-29,-21, 37; /M: SY='R'; M= -7,-14,-17,-18,-12,-12,-24,-16, -2, -1, -5, -2, -9,-15, -9, 8, -6, 2, 3,-25,-10,-13; /M: SY='D'; M= 7, 8,-20, 11, 0,-18,-10,-11,-18, -8,-12,-14, 0,-14, -7,-10, 3, -3,-11,-27,-14, -4; /M: SY='M'; M= -6,-12,-22,-17,-14,-10,-20,-12, 8,-13, 1, 12, -8, -4, -9,-14,-10, -6, 4,-27,-11,-13; /M: SY='M'; M= -5,-14,-23,-16, -7,-13,-17,-14, -2, 1, -1, 4,-12,-18, -3, 2, -9, -7, 1,-23,-10, -6; /M: SY='A'; M= 1,-16,-22,-20,-15, -1, -5,-18, -8,-17, -8, -4,-11,-13,-13,-16, -2, -2, -6,-10, -7,-14; /M: SY='N'; M= -6, 7,-25, 4, -1,-27, 10, -8,-29, 8,-28,-16, 12,-15, 0, 4, 3, -5,-23,-27,-18, -1; /M: SY='Y'; M= -1, -2,-22, -1, -2, -8,-13, -4,-12, -7,-11, -8, -6,-16, -6,-12, 0, 0, -9,-14, 8, -5; /M: SY='R'; M= -7,-12,-23,-14, -5,-12,-20,-11, -7, -1, -5, -2, -8,-19, -2, 9, -7, -5, -3,-14, -8, -5; /M: SY='I'; M= -9,-18,-23,-20, -6, 3,-27,-14, 10,-16, 10, 7,-16,-19, -8,-15,-12, -7, 5,-19, 0, -8; /M: SY='G'; M= -6, 0,-20, 0, -9,-29, 31,-13,-36, -5,-28,-18, 4,-19, -9, -4, -2,-15,-27,-25,-24,-10; /M: SY='G'; M= -6,-15,-27,-17,-18, -7, 21,-18,-21,-16,-11,-10,-10,-22,-18,-15, -8,-10,-17, -5, -8,-18; /M: SY='H'; M=-13,-12,-25,-13,-12,-11,-18, 42, -7,-16, -2, 7, -6,-23, -5,-10,-13,-14, -6,-27, 7,-11; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 52 in 26 different sequences |
| Number of true positive hits | 52 in 26 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria) |
| Maximum number of repetitions [info] | 2 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | PS_Langendijk_Genevaux |
| Feature key [info] | REPEAT |
| Feature description [info] | lumazine-binding |
| Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
26 sequences
BFP_ALIFS (P80893), LUXP_PHOLE (Q06877), LUXP_PHOPO (P25082), LUXY_ALIFS (P21578), RISA_ACTPL (P50854), RISA_AQUAE (O67604), RISA_BACAM (Q44680), RISA_BACSU (P16440), RISA_BRUA2 (Q2YN92), RISA_BUCAI (P57212), RISA_BUCAP (Q8KA22), RISA_BUCBP (Q89AX1), RISA_CHLMU (Q9PJZ1), RISA_CHLPN (Q9Z820), RISA_CHLTR (O84410), RISA_ECOLI (P0AFU8), RISA_HAEIN (P45273), RISA_MYCBO (P65328), RISA_MYCTO (P9WK34), RISA_MYCTU (P9WK35), RISA_PHOLE (Q01993), RISA_PHOPO (P51961), RISA_PICGU (A5DB51), RISA_SCHPO (Q9Y7P0), RISA_SHIFL (P0AFU9), RISA_YEAST (P38145)» more
|
| PDB [Detailed view] |
12 PDB
1HZE; 1I18; 1I8D; 1KZL; 1PKV; 3DDY; 4E0F; 4FXU; 4G6I; 4GQN; 8E4C; 8EMA |