We are deeply saddened by the passing of Amos Bairoch (1957–2025), the creator of PROSITE. We wish to dedicate our latest paper, published shortly before his death, to him. He will always be a source of inspiration to us.
Our deepest condolences go out to his family and friends, and to all those who had the privilege of working with him. Rest in peace, Amos. Your work will live on long after you are gone.

PROSITE entry PS51177

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
PURL: https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS51177

Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	LUMAZINE_BIND
Accession [info]	PS51177
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2005 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00581
Associated ProRule [info]	PRU00524

Name and characterization of the entry

Description [info]

Riboflavin synthase alpha chain lumazine-binding repeat profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=97;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=97;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2626936; R2=0.0168533; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5649.8559570; R2=6.9319963; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=371; H_SCORE=8222; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=252; H_SCORE=7397; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='M';  M= -7,-21,-22,-29,-18,  6,-20,-12, 15,-17, 15, 29,-18,-20,-11,-16,-17,-10,  8,-17,  0,-15;
/M: SY='F';  M=-11,-29, -9,-34,-28, 35,-30,-22, 11,-26, 16,  8,-25,-30,-31,-20,-18, -7, 16,-12,  8,-27;
/M: SY='T';  M=  1, -1,-15, -5, -1,-19,-13,-10,-15, -1,-19, -8,  2,-11,  6, -3, 19, 21, -9,-31,-13,  2;
/M: SY='G';  M=  3,-10,-29,-11,-19,-29, 66,-20,-38,-19,-29,-19, -1,-19,-19,-20,  1,-19,-28,-20,-29,-19;
/M: SY='H';  M=-13, -9,-27,-15,-13,-10,-25, 22,  4,-15, -1,  5,  1,-20, -5, -9,-11, -9, -4,-26,  3,-13;
/M: SY='V';  M= -4,-30,-19,-34,-30,  0,-34,-30, 39,-24, 14, 14,-26,-26,-26,-24,-14, -4, 41,-26, -6,-30;
/M: SY='E';  M=-11, 11,-21, 18, 21,-30,-17, -2,-25,  6,-18,-11,  2,-10, 15, -1, -2, -8,-23,-30,-15, 18;
/M: SY='G';  M=  1, -4,-16, -4, -1,-21, 20,-15,-29,-12,-22,-18, -2,-15,-10,-15,  3, -6,-21,-25,-21, -5;
/M: SY='V';  M= -3,-17,-15,-23,-21, -3,-27,-24, 17,-18,  7,  5,-14,-22,-20,-17, -3, 13, 23,-28, -8,-21;
/M: SY='G';  M= 21, -7,-21,-13,-15,-25, 35,-18,-26,-15,-21,-16, -1,-16,-15,-19,  5,-10,-17,-21,-25,-15;
/M: SY='E';  M= -8, -4,-26, -3, 12,-19,-21,-11,-11,  2,-13, -9, -3, -1,  1, -2, -2, -1,-12,-28,-15,  5;
/M: SY='I';  M= -6,-29,-21,-34,-29,  2,-35,-27, 37,-25, 16, 15,-25,-25,-24,-24,-16, -6, 36,-22,  0,-29;
/M: SY='A';  M=  1, -2,-16, -3, -4,-21,-14,-17, -9, -1,-13, -8, -6,-15, -8, -9, -4, -5, -2,-27,-15, -7;
/M: SY='E';  M=  2,  6,-22,  5, 10,-20,-12, -7,-21,  6,-18,-13,  5,-12,  3,  0,  2, -4,-17,-26,-14,  7;
/M: SY='I';  M=-10,-26,-25,-34,-25,  8,-33,-25, 30,-22, 13, 12,-18,-22,-20,-19,-15, -7, 20,-18,  1,-25;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='E';  M= -9,  3,-18,  3,  9,-20,-16, -1,-16, -4,-14,-10,  2,-13, -1, -7,  0, -1,-14,-30,-12,  3;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='E';  M= -7, -5,-25, -4, 11,-16,-19, -4,-16,  3,-13, -9, -4, -3,  4,  3, -2, -2,-15,-24,-10,  6; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='N';  M= -6,  5,-23,  2,  1,-16, -9,  4,-15, -2,-17,-10, 11,-16,  3, -4,  2, -4,-17,-23, -3,  1; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='G';  M= -6,  8,-26, 12,  9,-27, 14, -5,-31, -6,-25,-19,  7, -8, -3,-10,  4, -7,-25,-29,-21,  3; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='D';  M=-10, 25,-25, 27, 18,-28,-10,  6,-27,  5,-24,-19, 21,-11,  8,  1,  2, -7,-26,-32,-16, 12; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='G';  M= -1, -8,-22,-10,-13, -6,  6, -8,-17,-15,-10,-10, -4,-19,-13,-15, -2, -6,-14,-11, -5,-13; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='L';  M= -7,-14,-23,-16, -8, -2,-23,-11,  0, -8,  4,  4,-13,-20, -4, -4,-11, -6,  0,-17, -1, -7;
/M: SY='S';  M= -3, -1,-22, -1,  5,-20,-14, -7,-18,  6,-21,-12,  1,-13,  6,  3,  7,  1,-13,-21,-10,  5;
/M: SY='I';  M=-11,-24,-23,-28,-23,  8,-31, -4, 21,-21, 14, 16,-20,-25,-16,-18,-18, -9, 15,-13, 15,-22;
/M: SY='W';  M= -5,-15,-24,-16,-16, -9, -6,-16,-11, -9,-10, -6,-13,-21,-13, -7, -7, -3, -5,  4, -2,-14;
/M: SY='I';  M= -9,-30,-25,-38,-30, 11,-36,-28, 39,-28, 18, 16,-22,-24,-24,-26,-19, -8, 29,-18,  2,-30;
/M: SY='E';  M= -9,  4,-26,  4, 13,-17,-13, -6,-25, 12,-21,-13,  5,-12,  5,  9, -3, -6,-21,-23,-12,  9;
/I:         I=-4; MD=-22;
/M: SY='I';  M=  0,-15,-19,-23,-17,  1,-21,-18, 10,-15,  2,  6,-11,-14,-15,-16, -6,  0,  8,-20, -5,-17; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='P';  M= -6, -3,-30,  2,  1,-26,-15,-13,-21, -6,-25,-18, -5, 44, -6,-11, -2, -2,-23,-30,-23, -6; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-22;
/M: SY='E';  M= -5,  3,-26,  3, 10,-25,-10, -8,-22,  8,-23,-14,  3,  5,  3,  0,  0, -4,-20,-27,-18,  6; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-22;
/M: SY='N';  M= -7,  8,-19,  7,  3,-15, -7,  0,-17, -4,-13,-10,  9,-13,  2, -5,  3, -1,-16,-26,-11,  2; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-22;
/M: SY='L';  M=-10,-22,-22,-24,-20,  8,-27,-19, 15,-20, 19, 13,-21,-24,-18,-17,-20, -9, 11,-10,  2,-19; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-22;
/M: SY='L';  M= -1,-22,-18,-26,-18, -1,-25,-19, 15,-19, 22, 13,-20,-22,-15,-17,-13, -1, 12,-23, -5,-17;
/M: SY='E';  M=-10,  7,-26, 10, 14,-25,-18, -7,-21,  9,-20,-14,  3, -6,  5,  5,  0, -1,-16,-29,-15,  9;
/M: SY='D';  M=-14, 10,-27, 13, -4, -6, -9,  2,-20, -8,-18,-15,  5,-15, -8,-11, -3, -6,-20,-13, 12, -7;
/M: SY='V';  M= -6,-28, -5,-31,-27, -1,-27,-27, 22,-26, 18, 11,-25,-28,-24,-23,-17, -7, 24,-26, -8,-27;
/M: SY='V';  M= -6,-10,-20,-12, -6,-11,-22, -1,  1, -8, -4,  0, -7,-19, -8, -9, -4, -2,  5,-29, -7, -8;
/M: SY='E';  M= -8, -7,-23, -5,  4,-12,-23,-11, -7, -3, -5, -6, -9,-10, -4, -7, -4,  1, -5,-23, -5, -1;
/M: SY='K';  M= -7,  0,-30,  3,  5,-31, 15,-12,-34, 16,-29,-16,  1,-13, -1,  5, -4,-14,-25,-22,-19,  2;
/M: SY='D';  M= -6, 19,-26, 27,  1,-32, 18,-10,-35, -9,-28,-24, 10,-13, -8,-14,  6, -6,-25,-32,-23, -3;
/M: SY='S';  M=  0, -4,-15, -4, -6, -6,-10, -2,-15,-12,-20,-13,  2,-16, -6,-11, 20, 10, -8,-27, -2, -6;
/M: SY='I';  M= -8,-29,-26,-38,-29,  0,-37,-28, 45,-27, 18, 21,-22,-22,-21,-27,-18, -8, 32,-22, -2,-29;
/M: SY='A';  M= 25,-10,-14,-17,-12,-17,  5,-18,-12,-13, -9, -7, -8,-13,-11,-17,  7,  4, -4,-22,-18,-12;
/M: SY='V';  M= -6,-27,-18,-31,-27,  4,-32,-23, 28,-23, 14, 12,-23,-26,-24,-21,-13, -2, 32,-24, -3,-27;
/M: SY='D';  M=-15, 45,-25, 47, 11,-31, -5,  5,-31,  0,-30,-25, 38,-15,  0, -5,  5, -5,-30,-40,-20,  5;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='V';  M= -4,-25,  1,-32,-27, -5,-32,-29, 24,-24,  7,  7,-21,-25,-23,-25,-11, -2, 26,-28, -9,-27;
/M: SY='C';  M=  1, -9, 39,-14,-13,-15,-13,-18,-23,-19,-24,-19, -3,-22,-14,-18, 18,  7, -9,-41,-21,-13;
/M: SY='L';  M= -9,-26,-19,-27,-19,  8,-28,-19, 18,-28, 43, 17,-25,-29,-19,-19,-26, -9, 10,-22, -2,-19;
/M: SY='T';  M=  0, -1,-12, -9, -9,-12,-19,-19,-11,-10,-12,-11,  0, -5, -9,-11, 20, 45, -2,-31,-12, -9;
/M: SY='V';  M= -4,-30,-18,-33,-29,  1,-33,-29, 36,-24, 17, 14,-27,-27,-26,-23,-15, -4, 40,-26, -6,-29;
/M: SY='T';  M=  0, -1,-15, -5, -7,-11,-13,-16, -8,-10,-12,-10,  1,-15,-11,-12, 10, 18,  1,-30,-13, -9;
/M: SY='E';  M= -7,  8,-25, 13, 14,-25, -8, -1,-27,  5,-23,-17,  4,-11,  6,  1,  4, -3,-22,-27,-12,  9;
/M: SY='V';  M= -8,-27,-12,-32,-26, 10,-31,-24, 21,-22, 15, 12,-23,-27,-24,-17,-16, -5, 23,-21, -1,-25;
/M: SY='N';  M= -7, 11,-21,  8,  3,-20, -9, -5,-21,  3,-20,-15, 13,-14, -1,  1,  7,  5,-18,-29,-12,  0;
/M: SY='N';  M= -5,  9,-25,  9,  7,-22,  1, -6,-26, -4,-25,-19, 11, -3, -1, -6,  5, -5,-24,-30,-19,  2;
/M: SY='D';  M= -8, 24,-21, 25, 12,-24, -7,  0,-25, -2,-26,-21, 23,-12,  2, -6, 13,  3,-23,-35,-15,  6;
/I:         I=-5; MD=-25;
/M: SY='Q';  M= -6,-10,-22,-13, -7,-15,-17, -4, -3, -5, -7,  0, -6,-16,  1, -3, -2,  0, -2,-24, -7, -4; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='F';  M=-12,-29,-20,-36,-28, 35,-32,-22, 19,-26, 15,  8,-23,-28,-30,-21,-19, -8, 18, -7, 15,-28;
/M: SY='T';  M= -8,-11, -5,-17,-11,  6,-21,-16,-15, -9,-12,-11, -8,-19,-14, -8,  1,  9, -8,-11,  1,-12;
/M: SY='F';  M= -4,-28,-19,-34,-27, 22,-30,-25, 21,-25, 14,  9,-23,-26,-28,-22,-15, -6, 22,-14,  4,-27;
/M: SY='D';  M= -9, 24,-23, 28,  5,-28,  1,  2,-28, -5,-27,-19, 19,-14, -2, -9, 10, -1,-23,-36,-18,  1;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='I';  M= -8,-27,-21,-30,-24,  6,-31,-18, 27,-23, 23, 16,-24,-25,-19,-20,-20, -7, 22,-15,  7,-23; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='I';  M= -3,-19,-23,-24,-17, -5,-24,-21, 15,-19,  0,  6,-13, -5,-14,-21, -2,  0,  9,-25, -8,-18;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='P';  M=-10,-10,-32, -4,  3,-25,-19,-14,-19,  1,-20,-14,-11, 37, -4, -5, -7, -8,-22,-28,-21, -3;
/M: SY='E';  M=-12, 10,-28, 14, 33,-26,-19, 17,-27,  6,-20,-14,  6, -8, 15,  1, -1, -8,-27,-28, -8, 23;
/M: SY='T';  M=  4, -6,-12,-15,-12, -9,-19,-20, -4,-13, -2, -5, -5,-13,-11,-13, 12, 33,  2,-28,-10,-12;
/M: SY='L';  M= -8,-21,-24,-24,-16,  0,-26,-12, 11,-14, 17, 11,-18,-23, -9, -6,-16, -8,  4,-16,  4,-14;
/M: SY='K';  M=  5, -2,-23, -5,  6,-24,-14, -9,-19, 16,-20,-10,  1,-11,  6,  9,  1, -5,-14,-24,-14,  5;
/M: SY='R';  M=-10, -7, -9, -9, -1,-15,-20,-10,-16,  1, -9, -8, -3,-18, -2, 12, -2,  1,-11,-28,-13, -3;
/M: SY='T';  M= -1,  1,-11, -6, -9,-12,-19,-19,-11,-10,-11,-11,  0,-11,-10,-10, 19, 43,  0,-31,-11, -9;
/M: SY='N';  M= -2, 16,-16,  2, -6,-15, -9, -6,-11, -7,-19,-13, 27,-16, -5, -7, 13, 16,-13,-34,-15, -6;
/M: SY='L';  M=-12,-29,-20,-33,-24, 22,-30,-20, 20,-28, 33, 19,-26,-28,-23,-20,-25, -9, 12,-14,  6,-23;
/M: SY='G';  M=  3, -8,-25,-10,-10,-26, 24, -8,-28, -3,-23,-13, -2,-17, -6, -2,  0,-12,-19,-22,-19, -9;
/M: SY='E';  M= -6,  3,-24,  3, 10,-16,-14, -6,-22,  6,-23,-15,  5,-12,  4,  0,  6,  1,-19,-17, -8,  7;
/M: SY='Y';  M=-10,-17,-20,-19,-11, -4,-25,-11, -6,  2,  3,  1,-17,-23, -8,  1,-19,-11, -7, -4,  9,-10;
/M: SY='K';  M= -4,  1,-25, -2,  8,-24,-18, -8,-21, 22,-21,-10,  3,-11,  7, 15, -3, -3,-16,-24,-12,  7;
/M: SY='V';  M= -2,-19,-11,-23,-18, -9,-26,-23, 13,-11,  2,  4,-17,-22,-14,-13, -6,  2, 20,-27,-10,-17;
/M: SY='G';  M= -2, -2,-29, -1,-15,-30, 56,-16,-38,-17,-30,-21,  5,-19,-16,-18,  2,-16,-29,-24,-28,-15;
/M: SY='D';  M= -4, 19,-20, 24,  6,-27, -9, -7,-24, -3,-24,-19, 11,-12,  1, -8, 13,  6,-15,-35,-17,  3;
/M: SY='R';  M=-13, -9,-30, -8,  6,-19,-22, -2,-17, 12,-13, -3, -8, -6,  8, 13,-12,-11,-18,-13, -4,  5;
/M: SY='V';  M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 12, 10,-30,-30,-30,-20,-11,  0, 48,-30,-10,-30;
/M: SY='N';  M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='L';  M= -7,-30,-17,-31,-24,  5,-30,-23, 26,-26, 32, 18,-29,-29,-23,-20,-22, -7, 25,-23, -3,-24;
/M: SY='E';  M= -9,  9,-30, 18, 56,-30,-15, -1,-31,  8,-21,-20,  0, -1, 18, -1,  0,-11,-30,-29,-21, 37;
/M: SY='R';  M= -7,-14,-17,-18,-12,-12,-24,-16, -2, -1, -5, -2, -9,-15, -9,  8, -6,  2,  3,-25,-10,-13;
/M: SY='D';  M=  7,  8,-20, 11,  0,-18,-10,-11,-18, -8,-12,-14,  0,-14, -7,-10,  3, -3,-11,-27,-14, -4;
/M: SY='M';  M= -6,-12,-22,-17,-14,-10,-20,-12,  8,-13,  1, 12, -8, -4, -9,-14,-10, -6,  4,-27,-11,-13;
/M: SY='M';  M= -5,-14,-23,-16, -7,-13,-17,-14, -2,  1, -1,  4,-12,-18, -3,  2, -9, -7,  1,-23,-10, -6;
/M: SY='A';  M=  1,-16,-22,-20,-15, -1, -5,-18, -8,-17, -8, -4,-11,-13,-13,-16, -2, -2, -6,-10, -7,-14;
/M: SY='N';  M= -6,  7,-25,  4, -1,-27, 10, -8,-29,  8,-28,-16, 12,-15,  0,  4,  3, -5,-23,-27,-18, -1;
/M: SY='Y';  M= -1, -2,-22, -1, -2, -8,-13, -4,-12, -7,-11, -8, -6,-16, -6,-12,  0,  0, -9,-14,  8, -5;
/M: SY='R';  M= -7,-12,-23,-14, -5,-12,-20,-11, -7, -1, -5, -2, -8,-19, -2,  9, -7, -5, -3,-14, -8, -5;
/M: SY='I';  M= -9,-18,-23,-20, -6,  3,-27,-14, 10,-16, 10,  7,-16,-19, -8,-15,-12, -7,  5,-19,  0, -8;
/M: SY='G';  M= -6,  0,-20,  0, -9,-29, 31,-13,-36, -5,-28,-18,  4,-19, -9, -4, -2,-15,-27,-25,-24,-10;
/M: SY='G';  M= -6,-15,-27,-17,-18, -7, 21,-18,-21,-16,-11,-10,-10,-22,-18,-15, -8,-10,-17, -5, -8,-18;
/M: SY='H';  M=-13,-12,-25,-13,-12,-11,-18, 42, -7,-16, -2,  7, -6,-23, -5,-10,-13,-14, -6,-27,  7,-11;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_04 which contains 573'661 sequence entries.

Total number of hits	52 in 26 different sequences
Number of true positive hits	52 in 26 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	2
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	PS_Langendijk_Genevaux
Feature key [info]	REPEAT
Feature description [info]	lumazine-binding
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

26 sequences

BFP_ALIFS   (P80893), LUXP_PHOLE  (Q06877), LUXP_PHOPO  (P25082),

LUXY_ALIFS  (P21578), RISA_ACTPL  (P50854), RISA_AQUAE  (O67604), 
RISA_BACAM  (Q44680), RISA_BACSU  (P16440), RISA_BRUA2  (Q2YN92), 
RISA_BUCAI  (P57212), RISA_BUCAP  (Q8KA22), RISA_BUCBP  (Q89AX1), 
RISA_CHLMU  (Q9PJZ1), RISA_CHLPN  (Q9Z820), RISA_CHLTR  (O84410), 
RISA_ECOLI  (P0AFU8), RISA_HAEIN  (P45273), RISA_MYCBO  (P65328), 
RISA_MYCTO  (P9WK34), RISA_MYCTU  (P9WK35), RISA_PHOLE  (Q01993), 
RISA_PHOPO  (P51961), RISA_PICGU  (A5DB51), RISA_SCHPO  (Q9Y7P0), 
RISA_SHIFL  (P0AFU9), RISA_YEAST  (P38145)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

12 PDB

pdb_00001hze; pdb_00001i18; pdb_00001i8d; pdb_00001kzl; pdb_00001pkv; pdb_00003ddy; pdb_00004e0f; pdb_00004fxu; pdb_00004g6i; pdb_00004gqn; pdb_00008e4c; pdb_00008ema