Due to maintenance work, this service will be unavailable from
Mon Nov 11 17:30 until
Tue Nov 12 09:00
CET.
Apologies for the inconvenience.
PROSITE entry PS51197
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | HTH_RRF2_2 |
| Accession [info] | PS51197 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-APR-2006 CREATED;
13-FEB-2019 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC01035 |
| Associated ProRule [info] | PRU00540 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Rrf2-type HTH domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=129; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=124; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8683825; R2=0.0215343; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=8886.7958984; R2=4.9582663; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 0.5%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=490; H_SCORE=11316; N_SCORE=12.4; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=216; H_SCORE=9958; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='R'; M=-13, -6,-28, -7, 3,-23,-19, -1,-19, 21,-16, -1, -2,-15, 15, 28, -9,-10,-17,-20, -9, 7; /M: SY='L'; M=-10,-29,-21,-32,-23, 11,-32,-20, 24,-28, 35, 18,-26,-27,-21,-21,-25, -9, 15,-18, 3,-23; /M: SY='S'; M= 4, 2,-12, -3, -3,-17, -8,-12,-16, -7,-21,-15, 8,-11, -3, -8, 26, 26, -8,-34,-16, -3; /M: SY='R'; M= -2, 0,-21, -4, 1,-22,-15, -8,-20, 13,-20,-10, 3,-13, 5, 14, 3, 4,-13,-26,-13, 2; /M: SY='K'; M= -8, -8,-24,-11, -3, -6,-16, -6,-16, 7,-11, -5, -5,-17, -1, 7, -6, -5,-13,-16, 0, -2; /M: SY='T'; M= 6, -8,-13,-14,-12,-12, -5,-19, -9,-14, -9, -8, -5,-14,-13,-15, 10, 18, -1,-27,-14,-13; /M: SY='D'; M=-16, 21,-29, 31, 20,-30,-15, 1,-31, 8,-22,-19, 9,-11, 7, 9, -3, -9,-25,-32,-16, 12; /M: SY='Y'; M=-19,-21,-28,-22,-21, 29,-30, 14, 0,-12, 2, 0,-21,-30,-12,-11,-21,-10, -9, 29, 70,-20; /M: SY='A'; M= 33, -9,-14,-16,-12,-22, 16,-19,-18,-13,-16,-13, -6,-13,-12,-19, 10, -3, -7,-22,-22,-12; /M: SY='L'; M= -7,-27,-19,-30,-22, 8,-30,-23, 22,-27, 32, 15,-25,-27,-21,-21,-21, -5, 17,-21, -1,-22; /M: SY='R'; M=-14,-11,-27,-12, -4,-16,-20, 2,-16, 13,-11, -1, -5,-19, 4, 33,-10, -8,-11,-22, -6, -3; /M: SY='A'; M= 21,-17, -8,-24,-17,-10,-14,-22, 4,-17, 2, 0,-15,-18,-15,-20, -1, 0, 10,-24,-13,-17; /M: SY='L'; M= -8,-27,-15,-30,-22, 6,-28,-17, 20,-24, 34, 25,-26,-27,-17,-19,-23, -8, 14,-22, -2,-19; /M: SY='I'; M= -4,-21,-20,-26,-20, 0,-25,-17, 18,-19, 15, 16,-18,-22,-15,-17,-12, -3, 15,-22, -3,-18; /M: SY='Y'; M=-13, -3,-26, 0, -3, 0,-22, 8,-11, -6, -9, -6, -6,-20, -4, -6, -9, -8,-12, -8, 21, -6; /M: SY='L'; M= -8,-27,-18,-30,-22, 5,-29,-19, 22,-26, 36, 23,-26,-27,-18,-20,-24, -8, 15,-21, -2,-20; /M: SY='A'; M= 36, -9,-12,-17,-10,-20, 5,-18,-13,-11,-13,-11, -7,-12,-10,-18, 11, 1, -4,-23,-20,-10; /M: SY='R'; M= -4, -8,-20,-10, -3,-15,-18, -8,-10, 1, -6, -2, -6,-17, 2, 6, -3, -1, -7,-23, -8, -1; /I: I=-13; MD=-27; /M: SY='H'; M= -6, -1,-24, -3, 3,-19,-15, 12,-16, 0,-12, -5, 4,-14, 7, 2, -4, -8,-16,-25, -7, 4; D=-13; /I: I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27; /M: SY='P'; M= -6, 3,-26, 7, 6,-26, -2, -8,-26, -1,-24,-17, 1, 8, -1, -5, 2, -4,-22,-27,-19, 1; D=-13; /I: I=-13; DM=-27; /M: SY='G'; M= -5, 5,-27, 8, 7,-28, 14, -8,-31, -1,-25,-18, 5,-12, -2, -6, 1, -9,-25,-26,-20, 3; /M: SY='E'; M= -6, 1,-25, 2, 13,-25, -7, -4,-27, 8,-21,-14, 2,-10, 7, 11, 1, -5,-22,-26,-16, 9; /M: SY='P'; M= -5,-19,-24,-18,-10,-11,-21,-15, -3,-10, -2, -2,-17, 7, -8, -9, -9, -5, -5,-22, -9,-11; /M: SY='V'; M= -1,-23,-14,-26,-21, 0,-26,-18, 15,-18, 9, 8,-21,-23,-19,-17,-10, -1, 21,-23, -3,-21; /M: SY='T'; M= 0, -2,-18, -5, -2,-18,-12,-11,-16, -5,-18,-11, 2, -3, 0, -5, 14, 16,-12,-30,-15, -2; /M: SY='V'; M= 8,-19,-18,-25,-18, -7,-21,-22, 15,-18, 6, 6,-15,-19,-15,-19, -4, 1, 16,-24, -9,-18; /M: SY='K'; M= 2, -1,-23, -2, 5,-25,-10, -8,-22, 10,-21,-12, 1, -9, 6, 9, 4, -3,-16,-26,-15, 5; /M: SY='E'; M= -6, 11,-26, 17, 28,-27,-15, -3,-25, 2,-18,-16, 2, -7, 12, -4, 2, -5,-23,-28,-16, 20; /M: SY='I'; M= -8,-29,-24,-35,-26, 2,-35,-26, 37,-27, 25, 20,-23,-23,-20,-25,-20, -8, 26,-21, -1,-26; /M: SY='A'; M= 36, -7,-10,-15, -8,-20, 0,-18,-13,-10,-15,-13, -5,-11, -8,-17, 17, 6, -3,-26,-20, -8; /M: SY='E'; M= -4, 6,-24, 10, 19,-26,-14, -5,-23, 5,-18,-14, 1,-10, 10, 4, 1, -6,-19,-28,-16, 14; /M: SY='R'; M= -6, -4,-22, -4, 2,-17,-18, -2,-17, 5,-13, -7, -2,-16, 5, 11, -5, -7,-13,-23, -8, 2; /M: SY='Q'; M= -9, -9,-22,-11, -1, -7,-22, 3, -9, -7, -6, -1, -7,-17, 9, -6, -4, -1,-12,-16, 5, 4; /M: SY='G'; M= -7, 12,-27, 12, 1,-28, 15, -3,-30, -3,-26,-18, 15,-14, -2, -5, 2,-10,-27,-29,-20, -1; /M: SY='I'; M= -6,-28,-23,-35,-27, 1,-34,-28, 37,-27, 20, 16,-22,-23,-21,-25,-17, -6, 28,-22, -3,-27; /M: SY='P'; M= 0, -9,-25, -5, 0,-25,-10,-14,-20, -9,-29,-19, -4, 36, -5,-14, 14, 5,-20,-34,-24, -5; /M: SY='R'; M=-10,-10,-27, -9, 2,-14,-21, -4,-12, 3, -8, -4, -9, -8, 3, 6,-10, -8,-11,-20, -5, 1; /M: SY='N'; M= -6, 4,-25, 1, 1,-23,-11, -2,-21, 2,-23,-14, 9, 5, 0, 1, 2, -2,-21,-30,-16, -1; /M: SY='Y'; M=-16,-16,-24,-20,-17, 26,-26, 23, -8,-16, -3, -1,-10,-25,-14,-11,-12, -6,-10, 1, 37,-16; /M: SY='L'; M= -5,-28,-16,-29,-21, 6,-28,-21, 19,-26, 37, 16,-27,-28,-20,-20,-22, -6, 16,-23, -3,-21; /M: SY='E'; M= 6, -5,-20, -6, 10,-18,-14,-10,-12, -3,-10, -7, -5,-11, 2, -5, 3, -1, -8,-26,-15, 6; /M: SY='K'; M=-10, -2,-29, -2, 9,-30,-19, -5,-26, 35,-24, -7, -1,-12, 19, 25, -8, -9,-21,-20,-10, 14; /M: SY='I'; M= -4,-27,-21,-32,-26, -1,-32,-25, 33,-24, 18, 15,-23,-24,-21,-23,-16, -5, 30,-24, -4,-26; /M: SY='L'; M= -6,-27,-18,-31,-23, 12,-28,-20, 20,-24, 29, 19,-25,-27,-21,-19,-20, -6, 17,-19, 0,-22; /M: SY='Q'; M= -3, -4,-24, -7, 0,-21,-14, 4,-16, 3,-16, -5, 1,-13, 12, 3, 0, -4,-15,-23, -7, 5; /M: SY='Q'; M= -5, -3,-25, -4, 5,-21,-15, -4,-18, 6,-16, -8, -2,-10, 8, 6, -1, -4,-15,-22,-11, 6; /M: SY='L'; M=-10,-29,-20,-30,-20, 10,-29,-19, 20,-29, 47, 23,-29,-29,-19,-19,-29,-10, 10,-20, 0,-19; /M: SY='R'; M= 2, -7,-19, -9, -4,-20, -8,-13,-15, 5,-17, -9, -2,-16, -2, 7, 4, 0, -6,-26,-15, -4; /M: SY='R'; M=-10, 0,-27, -1, 7,-25,-17, -1,-26, 25,-22,-10, 3,-14, 11, 28, -5, -8,-20,-23,-11, 8; /M: SY='A'; M= 20, -7,-18,-12, -4,-20, -2,-12,-14, -7,-10, -8, -5,-13, -4,-12, 3, -4, -9,-23,-16, -4; /M: SY='G'; M= -2, -5,-29, -5,-14,-29, 55,-15,-37,-14,-29,-20, 4,-19,-15,-14, 1,-17,-29,-22,-27,-15; /M: SY='L'; M=-11,-29,-23,-33,-25, 17,-32,-20, 22,-27, 28, 14,-26,-28,-22,-21,-24,-10, 14, -7, 11,-24; /M: SY='V'; M= -4,-29,-17,-32,-27, 2,-31,-27, 30,-24, 22, 14,-27,-27,-25,-22,-17, -4, 34,-25, -6,-27; /M: SY='E'; M= -8, 0,-22, -1, 7,-19,-17, -4,-18, 7,-16, -9, 2,-13, 4, 7, -1, 0,-14,-26,-10, 4; /M: SY='S'; M= 13, -3,-12, -6, -5,-18, -1,-14,-16,-11,-22,-16, 4,-11, -5,-13, 28, 19, -6,-34,-18, -5; /M: SY='V'; M= -6,-14,-21,-17, -9, -8,-24,-12, 1, -5, -3, 1,-12,-19, -4, -2, -6, 0, 6,-22, -4, -8; /M: SY='R'; M=-17, -9,-30, -9, 2,-20,-20, -2,-27, 27,-19, -9, -2,-15, 10, 54,-10, -9,-19,-20, -9, 2; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='P'; M= 1,-13,-25,-13, -4,-21,-18,-15,-13, 6,-16, -8,-10, 8, -3, 7, -5, -5, -9,-24,-16, -6; /M: SY='N'; M= -6, 4,-24, 0, -2,-23, 6, 1,-25, 2,-24,-13, 12,-16, 2, 3, 3, -5,-22,-27,-15, -1; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='Y'; M=-16,-23,-26,-25,-22, 26,-30, 5, 7,-17, 7, 5,-20,-28,-16,-14,-19, -9, 0, 13, 49,-22; /M: SY='R'; M= -4,-12,-18,-14, -5,-14,-18, -9,-12, 4, -9, -3, -8,-19, 1, 14, -5, -5, -7,-21, -9, -4; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 11,-30,-20, 20,-30, 48, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-19, 1,-20; /M: SY='A'; M= 25, -5,-14,-13, -9,-19, 2,-16,-13,-10,-14,-10, -1,-13, -9,-14, 9, 3, -6,-24,-18, -9; /M: SY='R'; M=-14, -6,-28, -5, 3,-22,-17, -1,-24, 22,-20, -8, -1,-13, 8, 34, -7, -9,-18,-22,-10, 3; /M: SY='P'; M= 0, 0,-27, 5, 10,-27,-12,-10,-22, -1,-21,-16, -3, 17, 0, -8, 0, -6,-21,-29,-21, 3; /M: SY='P'; M= 9,-16,-28,-14, -5,-24,-10,-19,-15,-11,-19,-14,-15, 42,-10,-18, -3, -6,-17,-26,-24,-10; /M: SY='E'; M= -2, 5,-22, 8, 12,-24,-10, -5,-24, 3,-20,-15, 3,-11, 3, 2, 5, -2,-17,-27,-15, 7; /M: SY='E'; M= -5, 10,-25, 14, 21,-29,-15, -3,-26, 9,-22,-15, 4, -9, 14, 4, 3, -3,-22,-29,-16, 17; /M: SY='I'; M= -7,-29,-27,-37,-28, 1,-37,-28, 43,-28, 20, 18,-21,-21,-20,-27,-18, -8, 28,-20, -1,-28; /M: SY='T'; M= -1, 0,-14, -6, -6,-14,-14,-12,-14, -4,-17,-12, 5,-12, -5, -2, 17, 23, -7,-31,-12, -6; /M: SY='I'; M= -7,-29,-19,-33,-26, 9,-32,-25, 28,-26, 26, 15,-26,-27,-24,-22,-20, -7, 26,-20, -1,-26; /M: SY='G'; M= 5,-13,-22,-16,-14,-15, 15,-14,-17,-14, -8, -7, -8,-20,-13,-11, -5,-11,-13,-17,-14,-14; /M: SY='D'; M=-12, 23,-28, 33, 25,-33,-14, 1,-30, 4,-22,-19, 9, -9, 12, -2, -1, -8,-26,-32,-17, 19; /M: SY='I'; M= -4,-29,-20,-34,-29, 0,-34,-28, 37,-25, 18, 16,-25,-25,-24,-24,-16, -5, 36,-24, -5,-28; /M: SY='I'; M= -6,-29,-20,-33,-28, 3,-32,-26, 33,-25, 20, 15,-26,-26,-24,-23,-17, -6, 32,-23, -3,-27; /M: SY='R'; M=-10, -2,-27, 0, 13,-20,-17, -4,-23, 12,-16,-11, -1,-14, 7, 24, -4, -6,-18,-24,-12, 8; /M: SY='A'; M= 21,-12,-13,-17, -9,-15,-11,-16, -4,-11, -5, -4,-10,-15, -7,-15, 4, 1, 2,-24,-14, -8; /M: SY='V'; M= -5,-26,-17,-30,-24, 7,-29,-24, 23,-24, 21, 13,-24,-25,-22,-20,-15, -2, 24,-22, -3,-24; /M: SY='E'; M=-11, 16,-30, 26, 43,-31,-13, -1,-31, 6,-22,-20, 5, -4, 13, -2, 0,-10,-29,-31,-20, 28; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='G'; M= -3, -1,-27, 2, -4,-28, 34,-13,-33, -9,-26,-18, 2,-11, -9,-11, 0,-13,-26,-23,-24, -7; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='P'; M= -7, 0,-29, 4, 4,-25,-10, -9,-22, -4,-22,-15, -2, 19, -3, -9, -1, -4,-22,-30,-20, -1; /M: SY='L'; M= -6,-17,-22,-20,-14, -2,-21,-17, 7,-17, 8, 5,-15,-17,-13,-15,-11, -3, 6,-21, -5,-14; /M: SY='A'; M= 8, -3,-20, -5, -2,-20, -9,-10,-15, -3,-15,-11, -3, -8, -4, -7, 1, -4,-10,-24,-14, -4; /M: SY='L'; M= -6,-22,-24,-23,-15, -1,-25,-17, 10,-18, 12, 8,-20, -7,-14,-17,-15, -7, 4,-20, -4,-16; /M: SY='V'; M= -2,-13,-14,-18,-15, -2,-21,-19, 5,-14, 0, 0,-11,-21,-15,-13, -1, 7, 12,-26, -8,-15; /M: SY='E'; M= -9, 6,-26, 10, 15,-23,-12, -3,-23, 1,-19,-15, 2, -5, 4, 1, 0, -5,-20,-28,-15, 9; /M: SY='C'; M= -9,-17, 92,-26,-24,-20,-25,-26,-28,-24,-19,-18,-17,-35,-24,-23, -9,-10,-11,-45,-27,-24; /I: I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23; /M: SY='E'; M= -2, 0,-17, 0, 3,-14, -7, -3,-13, -1,-10, -7, 0, -6, 0, -1, -1, -3,-11,-18, -9, 1; D=-11; /I: I=-11; DM=-23; /M: SY='D'; M= -3, 4,-25, 5, 4,-24, -2, -3,-23, -3,-20,-14, 3, -8, 1, -4, 2, -6,-19,-26,-15, 2; D=-11; /I: I=-11; DM=-23; /M: SY='E'; M= -5, -3,-15, -3, 3,-20, -9,-10,-18, -5,-14,-11, -3, -7, -4, -8, -2, -4,-15,-28,-16, -1; /M: SY='D'; M= -6, 4,-26, 5, 5,-24, -5, -4,-22, 0,-22,-15, 5, -2, 0, -3, 1, -5,-21,-28,-16, 2; /M: SY='S'; M= -1, -3,-22, -3, -2,-19, -6,-10,-17, -7,-16,-12, -2, -3, -6, -9, 2, -2,-14,-27,-15, -5; /M: SY='C'; M= -8,-16, 87,-25,-25,-19,-24,-25,-26,-25,-18,-17,-15,-34,-25,-25, -7, -8,-10,-44,-26,-25; /M: SY='E'; M= -1, -3,-22, -2, 3,-20,-11,-10,-16, -4,-16,-11, -2, -4, -1, -6, 3, -1,-12,-26,-15, 0; /M: M= -9, -9,-25, -9, -5,-10,-20, -8, -3, -9, -2, -2, -8,-10, -6, -8, -8, -5, -6,-23, -6, -7; /I: I=-10; MD=-22; /M: SY='E'; M= -2, 0,-21, -1, 5,-16,-11, -6,-15, -1,-14, -9, 1,-10, 2, -2, 2, -2,-13,-24,-11, 3; D=-10; /I: I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22; /M: SY='S'; M= 3, -1,-22, -1, 1,-24, 3, -9,-22, -7,-21,-15, 1, 0, -5,-10, 4, -4,-19,-26,-19, -3; D=-10; /I: I=-10; DM=-22; /M: SY='A'; M= 5, -4,-19, -6, -3,-17, -9,-11,-13, -6,-13,-10, -4, -4, -5, -8, 4, 2, -8,-24,-14, -5; D=-10; /I: I=-10; DM=-22; /M: SY='C'; M= -8,-17, 95,-25,-24,-20,-26,-26,-28,-25,-20,-19,-17,-35,-24,-26, -8, -9,-11,-42,-27,-24; /M: M= -3, -9,-21,-11, -7,-17, -8,-10,-13, -5,-12, -6, -6,-10, -5, -1, -2, -2, -8,-26,-14, -7; /M: SY='L'; M= -5,-23,-17,-27,-21, 2,-28,-21, 20,-23, 22, 14,-21,-24,-18,-19,-14, 0, 17,-23, -4,-20; /M: SY='R'; M=-12, -4,-25, -4, 1,-21,-17, 14,-23, 11,-18, -7, 1,-16, 6, 22, -5, -8,-18,-25, -6, 1; /M: SY='S'; M= -2, -4,-24, -4, 0,-21, -3, -3,-21, -4,-20,-12, -1, -4, -1, -4, 1, -6,-18,-25,-14, -2; /M: SY='V'; M= 2,-17,-19,-22,-16, -4,-22,-13, 10,-16, 7, 6,-14,-20,-13,-15, -9, -5, 11,-23, -5,-16; /M: SY='W'; M=-15,-34,-35,-36,-26, 13,-25,-23, 1,-23, 8, 3,-32,-28,-19,-20,-32,-20, -8, 64, 17,-20; /M: SY='Q'; M= -4, -1,-22, -1, 0,-19,-12, -6,-16, 0,-15,-10, 0,-14, 1, 1, 0, -3,-12,-23,-12, 0; /M: SY='E'; M= -6, -2,-26, 1, 11,-23,-14, -6,-20, 8,-15,-10, -3,-13, 6, 9, -5, -8,-15,-24,-14, 8; /M: SY='A'; M= 15,-20,-16,-26,-19, -6,-17,-23, 12,-19, 9, 5,-18,-19,-17,-21, -6, -3, 15,-22,-10,-19; /M: SY='Q'; M= -9, 4,-25, 3, 8,-22,-11, 0,-19, 3,-16, -9, 6,-15, 10, 8, -1, -7,-19,-27,-13, 8; /M: SY='E'; M= -5, 10,-25, 11, 15,-26,-14, -1,-22, 5,-20,-14, 7,-10, 9, 1, 1, -4,-20,-27,-14, 11; /M: SY='A'; M= 15, -5,-18, -9, -1,-20,-11, -7,-13, -2,-13, -8, -3,-13, 1, -3, 5, -1, -8,-24,-14, -1; /M: SY='F'; M=-11,-28,-22,-34,-25, 22,-30,-19, 18,-24, 17, 14,-23,-26,-22,-20,-20, -8, 13, -4, 11,-24; /M: SY='L'; M=-10,-13,-23,-15, -6, -1,-23, -6, -4, -5, 3, 3,-10,-20, -4, 1,-11, -5, -5,-16, 3, -6; /M: SY='D'; M= -2, 8,-23, 9, 7,-26, -8, -2,-23, 4,-21,-14, 6,-13, 5, 1, 3, -3,-18,-28,-15, 6; /M: SY='V'; M= -2,-16,-18,-18,-11, 2,-23,-14, 4,-12, 0, -1,-14,-20,-14,-13, -6, 0, 8,-18, 2,-13; /M: SY='L'; M=-11,-29,-20,-30,-20, 17,-30,-18, 17,-28, 42, 18,-28,-29,-21,-19,-28,-10, 9,-16, 5,-20; /M: SY='D'; M= -8, 20,-26, 26, 17,-29, -7, -1,-30, 3,-25,-20, 12,-11, 6, -1, 4, -6,-25,-32,-17, 11; /M: SY='S'; M= -4, 3,-23, 2, 5,-25, -2, -5,-25, 6,-25,-14, 7,-12, 8, 6, 9, 0,-20,-28,-17, 6; /M: SY='I'; M= -8,-20,-21,-25,-20, 5,-29,-12, 14,-16, 7, 7,-17,-23,-15,-14,-12, -1, 13,-14, 11,-19; /M: SY='T'; M= 2, 1,-12, -6, -6,-14,-14,-15,-13, -8,-16,-12, 4,-10, -6, -8, 22, 36, -4,-32,-13, -6; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-32,-23, 12,-31,-22, 24,-28, 38, 17,-28,-28,-22,-20,-26, -9, 16,-19, 1,-23; /M: SY='A'; M= 15, -2,-20, -5, 5,-23, -7, -9,-19, 3,-17,-12, -3,-11, 4, -4, 4, -4,-14,-22,-14, 4; /M: SY='D'; M=-15, 36,-28, 50, 21,-36,-11, -1,-35, 2,-28,-25, 15, -9, 4, -7, 2, -6,-27,-36,-18, 12; /M: SY='L'; M= -7,-28,-18,-31,-22, 8,-29,-20, 21,-26, 34, 20,-26,-26,-19,-20,-24, -9, 14,-20, -1,-21; /M: SY='V'; M= 3,-19,-12,-23,-18, -5,-22,-19, 10,-17, 9, 6,-18,-20,-15,-17, -8, -1, 12,-23, -7,-17; /M: SY='R'; M= -5, 2,-21, 0, 3,-20,-12, -3,-21, 4,-19,-12, 4,-14, 3, 6, 0, -4,-16,-25,-11, 2; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 158 in 158 different sequences |
| Number of true positive hits | 158 in 158 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Prokaryotes (Bacteria) |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | window20 |
| Author [info] | PS_Langendijk_Genevaux |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | HTH rrf2-type |
| Version [info] | 6 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
158 sequences
AAU3_RHIME (Q9R9M8), BADM_RHOPA (O07465), CYMR_BACSU (O34527), ISCR_ALISL (B6EGX4), ISCR_CERS4 (Q3J0R9), ISCR_CITK8 (A8AD51), ISCR_CROS8 (A7MGX6), ISCR_ECO24 (A7ZPX5), ISCR_ECO27 (B7UGX7), ISCR_ECO45 (B7MIM1), ISCR_ECO55 (B7LDC3), ISCR_ECO57 (P0AGL0), ISCR_ECO5E (B5Z105), ISCR_ECO7I (B7NRI0), ISCR_ECO81 (B7MYG4), ISCR_ECO8A (B7M7N4), ISCR_ECOBW (C4ZXA6), ISCR_ECODH (B1XB06), ISCR_ECOHS (A8A337), ISCR_ECOK1 (A1AE68), ISCR_ECOL5 (Q0TEV4), ISCR_ECOL6 (P0AGK9), ISCR_ECOLC (B1IWD0), ISCR_ECOLI (P0AGK8), ISCR_ECOLU (B7N6B8), ISCR_ECOSE (B6I5A3), ISCR_ECOSM (B1LNI7), ISCR_ECOUT (Q1R8K1), ISCR_EDWI9 (C5BEU6), ISCR_ENT38 (A4WDB2), ISCR_ERWT9 (B2VI31), ISCR_ESCF3 (B7LJQ3), ISCR_KLEP3 (B5XNJ6), ISCR_KLEP7 (A6TCF2), ISCR_PECAS (Q6D258), ISCR_PECCP (C6DBJ2), ISCR_PHOLL (Q7N223), ISCR_PHOPR (Q6LU63), ISCR_SALA4 (B5F1C1), ISCR_SALAR (A9MHJ3), ISCR_SALCH (Q57LG8), ISCR_SALDC (B5FR87), ISCR_SALEP (B5R5A3), ISCR_SALG2 (B5RD13), ISCR_SALHS (B4TDB7), ISCR_SALNS (B4T1C0), ISCR_SALPA (Q5PNG2), ISCR_SALPB (A9N1X3), ISCR_SALPC (C0PYK6), ISCR_SALPK (B5BAW5), ISCR_SALSV (B4TRX7), ISCR_SALTI (Q8XF25), ISCR_SALTY (Q7CQ10), ISCR_SERP5 (A8GHY4), ISCR_SHIB3 (B2TXV6), ISCR_SHIBS (Q31XV9), ISCR_SHIDS (Q32D33), ISCR_SHIF8 (Q0T1Y8), ISCR_SHIFL (P0AGL1), ISCR_SHISS (Q3YZ21), ISCR_SODGM (Q2NS30), ISCR_VIBA3 (B7VJS5), ISCR_VIBC1 (A7MU47), ISCR_VIBCH (Q9KTY3), ISCR_VIBPA (Q87S29), ISCR_VIBVU (Q8DEY6), ISCR_VIBVY (Q7MNG3), ISCR_XENNA (Q8GLE9), ISCR_YERE8 (A1JKQ1), ISCR_YERP3 (A7FFX0), ISCR_YERPA (Q1C5G9), ISCR_YERPE (Q0WD07), ISCR_YERPG (A9R819), ISCR_YERPN (Q1CKB0), ISCR_YERPP (A4TMV5), ISCR_YERPS (Q667Y0), NSRR_ALIF1 (Q5E2D6), NSRR_ALIFM (B5FBQ6), NSRR_ALISL (B6EMP9), NSRR_BACLD (Q65M01), NSRR_BACSU (O07573), NSRR_ECO24 (A7ZV48), NSRR_ECO27 (B7UQI7), NSRR_ECO45 (B7MLI3), NSRR_ECO55 (B7LC37), NSRR_ECO57 (P0AF65), NSRR_ECO5E (B5Z2I4), NSRR_ECO7I (B7NTN4), NSRR_ECO81 (B7MSJ6), NSRR_ECO8A (B7M8T8), NSRR_ECOBW (C4ZR55), NSRR_ECODH (B1XDS9), NSRR_ECOHS (A8A7S3), NSRR_ECOK1 (A1AJ83), NSRR_ECOL5 (Q0T9L5), NSRR_ECOL6 (P0AF64), NSRR_ECOLC (B1IT28), NSRR_ECOLI (P0AF63), NSRR_ECOLU (B7NGB2), NSRR_ECOSE (B6I282), NSRR_ECOSM (B1LQJ8), NSRR_ECOUT (Q1R382), NSRR_ENT38 (A4W5R9), NSRR_ESCF3 (B7LLW0), NSRR_GEOKA (Q5KZ63), NSRR_HALH5 (Q9RC41), NSRR_KLEP3 (B5Y324), NSRR_KLEP7 (A6TH94), NSRR_OCEIH (Q8ETG9), NSRR_PECAS (Q6D125), NSRR_PECCP (C6DE26), NSRR_PHOLL (Q7MYU4), NSRR_PHOPR (Q6LM38), NSRR_PROMH (B4F272), NSRR_SALA4 (B5F393), NSRR_SALCH (Q57GL3), NSRR_SALEP (B5R0P4), NSRR_SALG2 (B5R9C4), NSRR_SALHS (B4TFB2), NSRR_SALPA (Q5PL57), NSRR_SALPB (A9N4Z2), NSRR_SALPK (B5BKI6), NSRR_SALSV (B4TSF8), NSRR_SALTI (Q8Z183), NSRR_SALTY (Q8ZKA3), NSRR_SERP5 (A8G8V5), NSRR_SHIB3 (B2TY53), NSRR_SHIBS (Q31TA8), NSRR_SHIDS (Q328F7), NSRR_SHIF8 (Q0SXA4), NSRR_SHIFL (P0AF66), NSRR_SHISS (Q3YUG5), NSRR_SHOC1 (Q5WL64), NSRR_STRCO (Q9L132), NSRR_VIBC1 (A7MX86), NSRR_VIBPA (P40610), NSRR_VIBVU (Q8DCU1), NSRR_VIBVY (Q7MH10), NSRR_YERE8 (A1JIS1), NSRR_YERP3 (A7FMX3), NSRR_YERPA (Q1C106), NSRR_YERPE (Q0WJT1), NSRR_YERPN (Q1CEG1), NSRR_YERPS (Q66FA9), RRF2_NITV2 (P33395), Y1287_MYCTO (P9WME2), Y1287_MYCTU (P9WME3), Y1318_MYCBO (P67160), Y1378_NEIMB (P0A0Z0), Y1593_NEIMA (P0A0Y9), Y2142_RHOCB (O68025), Y268_AQUAE (O66625), Y379_HAEIN (P44675), Y846_SYNY3 (Q55433), YFFB_LACLA (Q48660), YOR2_AZOVI (O69219), YWGB_BACSU (P71047), YWNA_BACSU (P71036)» more
|
| PDB [Detailed view] |
8 PDB
1XD7; 2Y75; 4HF0; 4HF1; 4HF2; 5N07; 5N08; 7B0C |