PROSITE entry PS51218
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | SF3_HELICASE_2 |
| Accession [info] | PS51218 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-JUN-2006 CREATED;
28-JUN-2023 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51206 |
| Associated ProRule [info] | PRU00551 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=165; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=160; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.9249181; R2=0.0090433; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=22538.4628906; R2=15.1991482; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1446; H_SCORE=44516; N_SCORE=15.0; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=506; H_SCORE=30229; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-15; D=-150; I=-150; B1=-500; E1=-500; MI=-255; MD=-255; IM=-255; DM=-255; ... A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y /I: B1=0; BI=-255; BD=-255; /M: SY='E'; M= -9, 4, 11, 34,-29,-38, 2, -5, -4, 27, -3, 10,-17, 18,-18, -1,-36,-12,-56,-24; /M: SY='K'; M= -3,-52,-26, 6,-50,-20, 4,-12, 53,-26,-39, 6,-32, 11, 16, 16, 9,-13,-55,-19; /M: SY='R'; M=-15,-53, 13,-16,-46,-25, -1, -7, 35, 1,-34,-15,-30, -2, 46, -3, -8, 12,-57,-28; /M: SY='M'; M= 5,-14,-37,-48,-21,-43, -9, 37, 0, 40, 48,-48,-53,-42, -4,-44,-10, 11,-54,-36; /M: SY='N'; M= 16,-49, -6,-20,-30,-28, 26, 6,-20, 7, 31, 34, -3,-28,-22, 10, 13, -6,-13,-22; /M: SY='E'; M= 0, 1, 40, 41,-35,-23,-10,-18, 1,-23,-26, 32,-25,-28, 18, 3, -2,-37,-62,-46; /M: SY='C'; M= 27, 31,-34,-16, 17,-39,-42, -3, 0, 25,-16, 2,-31,-24,-23,-12,-19, 4,-47, 21; /M: SY='H'; M= 8, -8,-17, 13,-32, -8, 38, 10,-13, 0, 19, -8,-33, 19, 10, 5,-10, -8,-56,-12; /M: SY='Q'; M= -2,-25,-17,-12,-32,-33,-21,-32, 34,-12, -3, 4,-33, 54, -6, 32, 1,-12,-53, -1; /M: SY='R'; M= 2, 18,-49,-25, 32,-38,-22, 3,-25, 15, 9,-30,-37,-18, 45, 3, -8, 4,-48, -9; /M: SY='K'; M=-11,-52,-29, 0,-32, 12, 15, 8, 36, -7, -3, 13,-21,-13, 1,-26, 2, 7,-53, 6; /I: I=-25; MD=-42; /M: SY='A'; M= 31, 29, -7,-46,-36, 5,-23,-21,-16,-21,-45, 6,-12,-21,-25, -1, -3, -7,-66,-53; D=-25; /I: I=-25; MD=-42; /M: SY='M'; M=-27, -4,-33,-49,-36,-20,-66,-46,-35,-27, 9,-33,-38, 3,-13,-16,-22,-31,-80,-35; D=-25; /I: I=-25; MI=0; MD=-42; IM=0; DM=-42; /M: SY='M'; M= -7,-56,-24, 0, 13,-21, 2,-17, -7, -8, 28, 2, -1,-31,-27, 12, 2,-12,-58,-12; D=-25; /I: I=-25; DM=-42; /M: SY='D'; M= 8,-54, 37, -7,-57, 5,-41,-31, -1,-42, 8, 10, -1, 8,-10, 22, 9,-24,-64,-50; D=-25; /I: I=-25; DM=-42; /M: SY='G'; M=-26,-52,-39,-19,-51, 44, -9,-49, 33,-27,-17,-17, 14, 12, -2, 9, 30,-25,-54,-11; /M: SY='P'; M=-24,-35,-41,-26,-21,-46, 5, -8, -4,-13,-13, -6, 32, 28, 17, 31, 28, 1, 27,-16; /M: SY='R'; M=-45,-61,-42,-30,-54,-42,-32,-59, 7,-53,-43,-35,-38,-20,105,-30,-43,-39,-55,-42; /M: SY='P'; M=-25, 19,-44,-12,-17,-51,-25, 13, 21,-22, 29, -5, 54, 11, -2,-30, 6, 16,-55,-16; /M: SY='E'; M= 1, 1, 7, 62,-32,-50,-39,-22,-10,-45, 11,-38, 38, 11, 9,-29,-11, 1,-58,-47; /M: SY='P'; M=-34,-17,-46,-35,-64,-47,-49,-52,-42,-62,-49,-51,119,-45,-54,-41,-19,-56,-59,-62; /M: SY='F'; M=-11,-48,-61,-56, 71,-60,-55, 17,-37,-11,-25,-54,-58,-56,-29,-45,-18, 62,-42,-20; /M: SY='W'; M= 3, 74,-56,-52,-36, -1, -8, -1,-49,-23, 20,-47,-54,-49,-53,-27, 16, 40, 89,-11; /M: SY='V'; M=-35, 2,-63,-58, -8,-64,-58, 59,-54, 22, 7,-56,-57,-53,-42,-49,-35, 60,-54, -7; /M: SY='W'; M=-44, 60,-59,-54, 21,-58, 2, 5,-50, 13, 28,-53,-59,-31,-50,-36,-24, 14, 89, 65; /M: SY='L'; M=-26,-20,-64,-58, 42,-63,-51, 46,-56, 52, 31,-57,-59,-52,-55,-52,-40, 14,-45,-26; /M: SY='H'; M=-32, 41,-44,-29, 31,-37, 63,-41,-18,-25, -6,-36,-52, 18, 9, 10, 16,-20, 0, 56; /M: SY='G'; M=-27,-55,-43,-54,-61, 95,-49,-69,-48,-65,-54,-29,-47,-45,-55, -2,-45,-62,-53,-56; /M: SY='P'; M= 20,-55, 10, 34,-58,-14,-10,-53, 13,-54,-10,-10, 64,-17,-10, 10, -4,-48,-59,-50; /M: SY='P'; M= 11,-53,-40,-34,-58,-38,-42,-51, -9,-57,-47, -9, 84,-35, -6, 54, 1,-48,-59,-52; /M: SY='G'; M=-30,-57,-42,-48,-60, 88, 33,-68,-41,-62,-50,-29,-47, 5, 3,-29,-47,-62,-54,-50; /I: I=-45; MI=0; MD=-77; IM=0; DM=-77; /M: SY='C'; M=-29, 72,-50,-45,-41,-36,-20, 42,-43,-29,-10,-28,-52, 31,-23,-13, 34, 36,-62,-42; /M: SY='G'; M= -3, -6, -4, -5, -6, 10, -5, -7, -5, -6, -5, -3, -5, -5, -6, -3, -4, -6, -5, -6; /M: SY='K'; M= -4, -6, -3, -2, -6, -5, -4, -6, 10, -6, -4, -3, -4, -2, 0, -4, -4, -5, -5, -4; /M: SY='S'; M= -2, -2, -4, -4, -5, -2, -4, -5, -4, -5, -5, -2, -4, -3, -4, 8, 6, -4, -6, -5; /M: SY='T'; M=-38,-18,-42,-12, 8,-17, 3,-12,-10, 22, 11, 13,-49,-22, -7, 0, 46, 7,-52, 5; /M: SY='L'; M= 26, 10,-57,-51, 20,-52,-49, 11,-51, 49, 32,-51,-55,-47,-51,-22, -4, 13,-50,-33; /M: SY='M'; M= 38, 25,-48,-45,-42,-34,-47, -2,-43,-23, 55,-39,-47,-41,-47, 25, 40, 25,-60,-43; /M: SY='H'; M=-20,-54, 19, 20,-17,-17, 43,-40,-11,-46, 20, 40,-47, 38,-12, 17,-14,-48, 10, 32; /M: SY='P'; M= -1,-54,-30,-18,-27,-23, 25, 12, 2,-11, 17, 3, 40, -7, 7, -7, -5, 2,-50, 29; /M: SY='L'; M=-44,-49,-63,-56, 21,-64,-50, 37,-55, 63, 26,-59,-60,-25,-54,-53,-40, 20,-49,-29; /M: SY='A'; M= 54, 35,-33,-43,-47, 14,-47, 8,-43,-17, 27,-38,-48,-19,-33, 23, -6,-10,-57,-46; /M: SY='R'; M= -8,-53, 4,-15,-50,-45, 3, 4, 33,-31, 14, 23,-24, 30, 37, 11, 11,-33,-58,-42; /M: SY='D'; M= 25,-21, 47, 19,-21,-24, 15,-29, 7,-36, 13, -1,-24, -2, 11,-13, -8,-36,-56, 0; /M: SY='L'; M=-11,-50,-63,-57, 21,-61,-53, 44,-55, 54, 17,-58,-58,-51,-55,-51,-40, 21, 43,-29; /M: SY='C'; M= 29, 41,-48,-45,-39, 13,-45,-22,-45, 39, 12, -9,-52, 0,-37, 21,-17,-21,-56,-42; /M: SY='E'; M= -6,-14, 35, 35,-54,-46, -2,-42, 34,-27,-43, 12,-24, 31, 22,-10, 4,-42,-58,-20; /M: SY='H'; M= 9,-51,-35, 23,-14,-34, 45,-32, 25,-26,-22,-13,-23, 20,-10, 11, 15, 7,-53, 10; /M: SY='M'; M=-31, 5,-20, 11, 30,-41, 6, 23, -5, 23, 46,-19,-52,-39,-30, 6,-25,-11,-46, 15; /I: I=-15; MD=-26; /M: SY='G'; M=-13,-23, 13, 0, -6, 46, 3,-51,-23,-43, -7, 25, 11, 10, -4,-12, 3,-29,-54, -4; D=-15; /I: I=-15; MD=-26; /M: SY='W'; M=-40,-56, 2, 14,-16, 24,-20,-11,-33, 11,-18, -4, 10,-39, -8, 11, 10,-42, 34, -8; D=-15; /I: I=-15; MD=-26; /M: SY='P'; M=-16,-65, -4, 10,-64, 9,-11,-31, -3,-47,-52, 4, 51, -6, -6, -8,-21,-25,-68,-58; D=-15; /I: I=-15; MD=-26; /M: SY='P'; M=-26,-66,-47, 16,-29, -3,-29,-36, 9,-59,-30,-31, 24, 14,-13, -4, 2,-21,-65,-16; D=-15; /I: I=-15; MD=-26; /M: SY='D'; M=-32,-70, 40,-20,-73,-21, -2,-64, 0,-69,-64, -1, -6,-51,-37,-21, 16,-19,-84,-64; D=-15; /I: I=-15; MI=0; MD=-26; IM=0; DM=-26; /M: SY='S'; M=-13,-29, -1,-21,-55,-20, -7,-31,-37,-30,-16, 12,-11,-10, 28, 31, 8, 1,-67,-28; D=-15; /I: I=-15; DM=-26; /M: SY='V'; M=-33, 4,-64,-61, -3,-16,-63, 48,-38,-21,-29,-56,-22,-58,-60,-43, -5, 52,-59, -3; D=-15; /I: I=-15; DM=-26; /M: SY='Y'; M=-33, 23,-58,-58, -1,-61,-30,-23,-52, -9,-34,-57,-66,-48,-50,-34,-32,-23, 55,103; D=-15; /I: I=-15; DM=-26; /M: SY='S'; M= 7,-49,-42,-25,-14,-16, -6,-11,-41,-44,-11, -3, 5,-39,-32, 48, 42, 4,-59, -6; D=-15; /I: I=-15; DM=-26; /M: SY='R'; M=-45, 3,-47,-38, 14,-56,-39, 11, 18, 11,-32, -3, 6,-31, 72,-36,-31,-21, 1,-35; /M: SY='N'; M=-25, 8,-16,-25,-56,-28,-33,-51,-19,-56,-22, 75, 56, 17, 1, 18, 9,-39,-65,-50; /M: SY='P'; M= 15, 32,-44, -3,-29,-15,-47,-29,-29,-10,-16,-28, 72,-18,-48, 9, -2, 15,-58,-48; /M: SY='D'; M= 19, -2, 48, 27,-33, 12,-39,-49,-17,-21, -6, -7,-45,-14, -3, 6, 21,-37,-61,-46; /M: SY='D'; M=-36,-12, 51, 11,-52,-31,-39,-27,-36,-23,-42, 12, 37, 20,-42, 29, 7, 15,-65,-47; /M: SY='D'; M=-31,-57, 65, 49,-39,-22,-34,-60, 27,-57,-51, -9, -5, 6, 2, 11,-16,-55,-63,-47; /M: SY='H'; M=-51,-57,-49,-48, 75,-56, 89,-39,-46,-31,-31,-42,-36,-43,-42,-46,-46,-43, 14, 78; /M: SY='W'; M=-52,-65,-34,-53, 54,-54, 49,-43,-50,-19, 0,-56,-58,-49,-50,-53,-39,-51,146, 16; /M: SY='D'; M=-35,-52, 86, -7,-61,-28,-34,-59,-34,-60,-56, 16,-18,-31,-41, 52, -6,-54,-72,-48; /M: SY='G'; M=-11,-13, -7,-33,-57, 83,-45,-62,-44,-47,-50, 7,-17,-20,-36,-13,-15,-57,-54,-25; /M: SY='Y'; M=-50,-14,-50,-53, 7,-57,-17,-20,-45,-31,-28,-51,-62,-41,-42,-45,-44,-27, -8,122; /M: SY='T'; M=-16,-50, -3, -6,-47,-47, 28,-18, 36, -9,-17, 14,-45, 15, 22, -4, 47,-32,-58,-19; /M: SY='G'; M=-26,-57,-13,-30,-33, 62, 20,-61,-29,-57,-46, 21,-18, 55, 33,-15,-41,-58,-55,-45; /M: SY='Q'; M=-19,-60,-27, 32,-64,-45, 26,-56,-21,-51,-39, 19,-44,105,-23,-18,-39,-55,-55,-41; /M: SY='P'; M= 18,-53, 14, 26,-27,-26,-12,-19, 2,-14,-41, -5, 56,-33,-18, -2, 23,-34,-58,-47; /M: SY='V'; M= -5, 47,-57,-28, 7,-59,-56, 41,-19, -7,-24,-52,-56,-51,-51,-36,-34, 64,-55, -3; /M: SY='V'; M= 7, 42,-43,-51, -3,-19, 13, 17,-49, -4, 16,-47,-21,-49,-52,-30, 11, 58,-60,-38; /I: I=-42; MD=-71; /M: SY='I'; M=-35, 27,-57,-38,-16,-62,-25, 57,-16, 25,-21,-51,-56, 3,-50,-31,-11, 31,-54, -1; D=-42; /I: I=-42; MI=0; MD=-71; IM=0; DM=-71; /M: SY='W'; M=-33,-21,-62,-56, 14,-59,-43, 46,-51, 1, 68,-55,-56,-47,-51,-50,-42, 12, 86, 59; /M: SY='D'; M=-46,-59,106, -6,-63,-44, -1,-43,-34,-40,-34, -1,-46,-14,-42,-35,-36,-58,-79,-47; /M: SY='D'; M=-38,-60,101, 42,-63,-45,-32,-64,-31,-61,-59,-18,-44,-29,-40,-35,-37,-60,-73,-17; /M: SY='F'; M= -4, -6,-27,-37, 74,-57,-45, 0,-53, 41, -2,-53,-41,-52,-52,-29,-41,-18, 4, 22; /M: SY='G'; M= 6,-15, 25,-23, 13, 60,-30,-40,-43,-32, 3, 11,-48,-41,-49, 14,-25,-48, 20,-20; /M: SY='Q'; M= 39,-18,-39,-26,-57,-39,-35,-44,-18,-44, 20,-20, -5, 85,-31, 19, -3,-20,-55,-43; /M: SY='N'; M= -9, 5, 29,-36,-46,-19,-18, 23, -7,-25,-19, 53,-50, -6, -5, 1, -4, 24,-64,-44; /M: SY='P'; M=-18,-54,-19, 11,-54,-32,-42,-31, 34,-41,-42, -4, 66,-19, 2, 18, 9, 8,-59,-49; /M: SY='D'; M=-39, -7, 68, 13,-56,-19,-37,-23, 21,-30,-47, -7, 8, 2,-24, 13, 22,-37,-65,-47; /M: SY='G'; M=-18, -2, 20, 13,-38, 49,-40,-38,-16,-46,-27, 17,-15, 11,-12, 20, -1,-13,-59,-48; /M: SY='P'; M= 12,-55, 27, 21,-57, -8,-15,-41, 35,-43,-29,-13, 37, 18, 7, 2,-15,-25,-58,-47; /M: SY='D'; M= -9,-52, 62,-29, 7,-23, -9,-31,-38,-31, -4, -9, -5, -7,-30, 36, 12,-32, 25, 21; /M: SY='M'; M= 2, 30,-28,-20, 27,-50, -8, 11, -3, 13, 45, 16,-53,-42,-44,-12,-10, 15, 31,-12; /M: SY='P'; M= 5,-54, 9, 46,-53,-39,-37,-49, 5,-16,-20, 5, 47, 4, -4, 20, -6,-40,-58,-28; /I: I=-26; MD=-45; /M: SY='N'; M= -7,-74, -1,-16,-37,-48,-61,-45,-12,-55,-66, 30,-72,-34,-41, -7,-40,-25,-85,-69; D=-26; /I: I=-26; MI=0; MD=-45; IM=0; DM=-45; /M: SY='E'; M=-26,-54, 8, 62,-11,-50,-34,-42, -9, 7, 27, 17,-44, 32,-14,-24, 7,-35,-54, -7; /M: SY='F'; M=-29,-49,-64,-57, 62,-61,-49, 28,-54, 42, 54,-56,-59,-53,-53,-51,-27, 14, 14,-20; /M: SY='C'; M=-28, 79,-57,-53, -4,-59,-53, 67,-31, -1, 27,-21,-27, 6,-52,-31,-38, -1,-55,-20; /M: SY='Q'; M= -2,-56, -1,-10,-60, 12,-32,-56,-22,-54,-22, 43, 9, 71, 41, -7,-20,-53,-57,-46; /M: SY='M'; M=-14, 6,-60,-54, 3,-58,-46, 31,-51, 47, 78,-53,-55,-46,-51,-27,-13, 13,-52,-32; /M: SY='V'; M= 14, 35,-54,-50,-38,-15,-17, 37, -1,-26,-26,-26,-53,-48,-48,-21,-32, 64,-61,-42; /M: SY='S'; M=-14,-45, 16,-20,-55,-23,-33,-53,-33,-57,-49, 64,-45,-29,-39, 74, 7,-48,-66,-47; /M: SY='T'; M=-23, 42,-36,-40,-49,-32,-41,-13,-37,-46, -7, 35, 19,-37,-26, 46, 64,-30,-65,-47; /M: SY='T'; M= 30, 18, 4,-15, 15,-42,-41,-22,-13,-39,-10, 26,-48, 5,-21, -1, 32, 17,-55,-11; /M: SY='P'; M= -5,-24, -4, 15,-58,-30,-16,-31,-38,-53,-23,-22, 99,-39,-28,-37, -5,-11,-60,-55; /M: SY='Y'; M=-47, 20,-43,-52, 69,-59, -7,-20,-33, 10, 25,-51,-61,-15,-22,-48,-42, 7,-25, 75; /M: SY='P'; M=-22,-53,-44,-41,-45,-19, 10, 25,-41,-15, 23, 13, 67,-10,-27, 6, 26, 0,-59,-44; /M: SY='P'; M=-26, 25,-57,-49,-11,-58,-51,-17,-52, 56,-19,-56, 56,-50,-54,-47,-15, 29,-55,-39; /M: SY='N'; M=-42,-55, -7, 6,-55,-40, 58,-29,-24,-54,-27, 75, 70,-32,-40,-22,-21,-26,-67,-46; /M: SY='M'; M=-29, 70,-58,-50,-18,-23,-37,-23,-18,-16,118,-46,-52,-16,-43,-26,-38,-22,-54,-16; /M: SY='A'; M= 80,-44, 40,-32,-57,-31,-45,-47,-40,-49,-43,-35, -7,-37,-45,-13,-32,-36,-58,-50; /M: SY='D'; M= 26,-51, 46, 5,-53, -1, 25,-39,-19,-34,-27, 10,-47,-30, 31, 28,-33,-34,-61,-22; /M: SY='L'; M=-13,-49,-62,-55,-25,-62,-54, 44,-55, 59,-13,-58,-17,-51,-55,-50,-38, 35,-54,-36; /M: SY='E'; M= -2,-56, 20, 82,-60,-24, 4,-59, -5,-46,-49, -6, -4, -8,-33, 7,-26,-52,-60,-49; /M: SY='D'; M=-17,-56, 61, 59,-60, -8, 7,-59,-11,-39,-50, 45,-43, 2,-25,-17,-35,-55,-66,-48; /M: SY='K'; M=-41,-56,-33,-20,-58,-48,-37,-58,100,-57,-45,-17,-42,-18, -3,-36,-36,-54,-51,-44; /M: SY='G'; M=-13,-54,-38,-30,-59, 80, -8,-60,-18,-60,-50, 31,-16,-23,-14,-20,-17,-36,-56,-52; /M: SY='M'; M=-27,-50,-42,-37,-42,-49,-39, 26, 39,-10, 63, 22,-47,-11, 23, -6, 28,-23,-56,-39; /M: SY='H'; M=-38, 1,-46,-42, -2,-51, 41, -7,-41, 9, 31,-39, 36, 2,-17, 6, 40, 9,-52, 20; /M: SY='F'; M=-23, 36,-59,-55, 97,-42,-42,-32,-32,-25, 5,-35,-61,-20,-50,-25,-31,-28, 10, 37; /M: SY='T'; M= -5,-11, 44,-32, 11,-45,-40,-10,-14,-23,-40, 20,-19, 6, -1, 0, 55,-24,-59,-39; /M: SY='S'; M= 0, -2,-36,-27,-26,-32,-39,-50,-18,-37,-46,-14, -9, -8,-26, 86, 4,-43,-59,-44; /M: SY='K'; M=-26,-57, 12, 14,-57,-45, -9,-54, 58,-45,-45, -6, 48, 22, 8, 15,-34,-37, 4,-46; /M: SY='Y'; M= -6,-52,-31,-27, 51,-56,-40, 26, 9, 11, -3,-48,-55,-44,-30,-21,-38, 16,-34, 56; /M: SY='V'; M=-38,-16,-63,-58, 6,-65,-60, 57,-56, 24, -6,-57,-57,-55,-57,-49,-35, 64,-56,-34; /M: SY='I'; M=-42,-31,-64,-60, 36,-44,-56, 67,-56, 26, 2,-56,-57,-55,-57,-51,-38, 38,-47,-10; /M: SY='C'; M= 45, 52,-50,-47, -9,-26,-47, 18,-46, -8, 24,-42,-50,-43,-49, 18, 10, 9,-53, 4; /I: I=-45; MI=0; MD=-77; IM=0; DM=-77; /M: SY='T'; M= 0, 38,-17,-39,-49,-40,-44,-29,-29,-37,-42, -1,-42,-37,-44, 48, 78,-34,-65,-46; /M: SY='T'; M= -3, 11,-37,-38,-49,-38,-44,-43,-37,-47,-43,-26,-41,-36,-43, 59, 82,-35,-64,-45; /M: SY='N'; M=-29,-46,-15,-36,-55,-30,-23,-54,-27,-61,-48,111,-51,-29,-36, -7, 1,-55,-74,-50; /M: SY='N'; M= -5, -6,-27,-21, 29,-34, 26,-34, 10, 12, -5, 31,-52, 17, 1, 2,-14, 5,-11, 1; /M: SY='P'; M= -6,-53,-25, 8, 6,-15, 7,-31,-15, 2,-20, 5, 51, 0, -8, 7, 1,-10,-49, 19; /M: SY='T'; M=-10, 5, 16, 14, -4, -9, 18,-28, -7,-21,-15, 23, -7, -5, -4, 13, 43,-30,-60,-41; /M: SY='P'; M= 16, 9,-25,-14, 7,-20,-48, 5,-45, 8, -4,-33, 69,-19,-50,-11,-36, 13,-54,-42; /I: I=-33; MI=0; MD=-57; IM=0; DM=-57; /M: SY='P'; M= 4,-26, 9,-25,-47,-47, -4, 4, 17, -9,-35, 3, 34, 2, 1, -5, 31, 14,-60,-44; /M: SY='P'; M=-27,-25, 0, 14,-28,-25,-41,-25, 7,-20,-17, 23, 61, -8,-39, 17, 20, 0,-60,-47; /M: SY='P'; M= 20, 15,-15, 15,-50,-15, -2,-15, 0,-23, 20,-16, 52,-35, -6, 1, -7, 6,-59,-47; /M: SY='T'; M=-12,-48, 31, -8,-49, 10,-41,-40, 9, -5,-18, 3,-27,-17,-22, 22, 50, -6,-62,-45; /M: SY='V'; M=-27,-50,-31,-50,-12,-29, 32, 43,-31, 18, 26,-11,-54,-45,-49, -6,-35, 46,-54, 9; /M: SY='H'; M= 15,-50,-38, -2,-44,-44, 32,-24,-13,-15, -9, 21, 27,-33, 22, 16, 19, 7,-57, 3; /M: SY='D'; M=-20, 37, 63, -6, 0,-43, 37,-54,-30,-51,-16, 41,-49,-32, 25, 8,-11,-42,-63,-10; /M: SY='P'; M= 21,-19, -7,-10,-17,-38,-41,-11, 1, -1,-11, -5, 64,-24,-27, 16,-26,-27,-51, 13; /M: SY='D'; M= 10,-54, 46, 44,-57, 23,-39,-51, 10,-51, 17,-20, 19,-29,-24, -8,-17,-22,-60,-49; /M: SY='A'; M= 80,-43,-24,-38,-54,-14,-48,-21,-42,-35,-40,-40, 20,-38,-47, 1,-31,-32,-55,-50; /M: SY='F'; M=-14,-18,-60,-56, 72,-59, -8, 11,-53, 27, 10,-54,-60,-53,-52,-48,-41, 21,-32, 46; /M: SY='Y'; M=-14, 18, -9, 8, -4,-37, 4,-44, -1,-12, 0, 12,-52, -1, 42, 5,-22,-39, 3, 59; /M: SY='R'; M=-30,-58,-38,-33,-52,-49,-31,-31, -3,-40,-10, 40,-53,-22, 94,-20,-40,-50, 15,-41; /M: SY='R'; M=-46,-61, -7,-30,-54,-55,-31,-59, -4,-36,-42,-15,-54,-20,104,-40,-44,-54,-56,-41; /M: SY='R'; M=-30,-54,-53,-45, 49,-59,-43, 33,-13, -6, 11,-25,-56,-38, 63,-45,-40, 16,-11,-15; /M: SY='H'; M= 1,-53, 40,-32, 10,-30, 71,-21,-12,-12,-19, 19, 2,-24, 11,-34, 9,-30,-13, -5; /I: I=-31; MD=-53; /M: SY='F'; M=-43,-68,-32,-67, 36,-75, 4, 27,-52, -1,-11,-64,-71,-41,-66,-61,-12, 2, 29, -5; D=-31; /I: I=-31; MI=0; MD=-53; IM=0; DM=-53; /M: SY='V'; M= 0, 23,-54, -9, 30,-58,-21, 29,-37, 9, -9,-51,-56,-48,-25,-27,-13, 47,-51, 0; D=-31; /I: I=-31; DM=-53; /M: SY='D'; M=-13, 27, 52, 2,-29,-49, 9, -3,-13, -6,-36, 14,-50, -5, -5,-26, 14, 11,-58, 16; /M: SY='V'; M=-30, 39,-56,-35,-33,-48,-53, 37,-18, 2, 34,-22, 5,-49,-50,-44,-17, 60,-57, -1; /M: SY='E'; M=-19,-53, 19, 47,-49,-48, 4,-43, 12, -9,-40, -5,-23,-14, 28, 18, 11, -2,-59,-24; /M: SY='V'; M= 12, 31,-54,-51,-11,-30,-53, 33,-46, -1, 2,-14,-54,-47, -7, -7, -7, 56,-59,-40; /M: SY='R'; M= -6,-16, 16, 18,-53,-30,-11,-43, 26,-42,-32, -9, 25, 17, 39, 18, -4,-22,-56, -9; /M: SY='P'; M= 9,-56, 30, 1,-54, -7,-19,-26, -8,-21,-16, 12, 54, -1, 35,-30,-19,-12,-60,-47; /M: SY='K'; M= 4,-52, 7, 24,-50, 4,-15,-14, 45,-26, 3, 10,-28,-14,-11, -8,-17, 8, 2,-44; /M: SY='P'; M= -6, -4, -4, 31, 7,-40,-38,-21, 5,-35,-39,-12, 49, -5, 8,-18,-18, 7,-46, 35; /M: SY='E'; M= -8,-54, 6, 44,-38, 17, 9,-34, 24,-29, -4,-11, -1, 13, 2, -2, 4,-38,-56,-21; /M: SY='Y'; M=-28, 1, 6,-22, 31,-53, 4,-23, 5,-34, 18,-19,-53,-39, -5,-27, 16, 14, 52, 68; /M: SY='D'; M= -8,-53, 28, 10, 1,-35,-14,-11, 11,-10,-15, 2, 21, -8, 8, 16, 3, -8,-54, -5; /M: SY='R'; M=-21,-56, -5, -8, 8, -6, 17,-11, 26,-35,-39, -2, 33, 6, 35, -9,-11,-19,-48, 22; /M: SY='G'; M= 0,-52, 26, 17,-33, 28,-21,-50, 2,-50, 1, 28, -7, -6, 4, 2, 16,-22, -3,-21; /M: SY='N'; M= -7, 22, 25, -9, -7, 23, 17,-45, -6,-45,-27, 40, 28, -1, 1, 3,-15,-22,-60,-44; /M: SY='P'; M= 2,-54,-12, -4, 7,-19,-14,-22, 22, 5, 5,-15, 48, 3, 18, -9,-19,-18,-10,-39; /M: SY='D'; M=-22,-26, 36, -5,-47, 24,-10,-18, -3, 7, -2, 30,-11,-36,-15, -4, 26,-33, -6,-44; /M: SY='D'; M= 13, 5, 37,-25,-27, -3, 7,-21, 5, -7, 1, 15, 25,-22,-10,-13,-36, 3,-56, 7; /I: E1=0; IE=-255; DE=-255;» more |
Post-processing [info]
| PROMOTED_BY | PS52020 |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 137 in 137 different sequences |
| Number of true positive hits | 137 in 137 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 11 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 92.57 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | N_Hulo |
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes, Eukaryotic viruses |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | SF3 helicase |
| Version [info] | 8 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
137 sequences
POL1_ARMVN (Q6W8W5), POL1_BBWV2 (Q9WNW0), POL1_BBWVS (Q76L40), POL1_BPMV (Q9YJU5), POL1_BRAV (Q8V5E0), POL1_BRSV (P18522), POL1_CNSV (Q8QVV0), POL1_CPMVS (P03600), POL1_CPSMV (P36312), POL1_CRLVP (Q6EWG9), POL1_GCMV (P13025), POL1_GFLV (P29149), POL1_RCMV (P35930), POL1_RRVC (Q6W8W4), POL1_SDVS5 (Q9WAL8), POL1_TBRVM (Q8B8X3), POL1_TORVR (P29150), POL1_TOTV (A1XIP9), POL1_TRSVB (Q88893), POLFS_SINV3 (C1JCT2), POLG_AEVCA (Q9YLS4), POLG_AEVL2 (Q6WQ42), POLG_AEVVR (Q6R325), POLG_AIVA8 (O91464), POLG_BECN1 (Q288N7), POLG_BECNB (Q8JN60), POLG_BOVEV (P12915), POLG_CACV4 (Q8V736), POLG_COSAA (B8XTP8), POLG_CX16G (Q65900), POLG_CX16T (Q9QF31), POLG_CXA21 (P22055), POLG_CXA24 (P36290), POLG_CXA9 (P21404), POLG_CXB1J (P08291), POLG_CXB2O (Q9YLG5), POLG_CXB3N (P03313), POLG_CXB3W (Q66282), POLG_CXB4E (Q86887), POLG_CXB4J (P08292), POLG_CXB5P (Q03053), POLG_CXB6S (Q9QL88), POLG_EBHSG (Q96725), POLG_EC01F (O91734), POLG_EC05N (Q9YLJ1), POLG_EC06C (Q66474), POLG_EC09B (Q66577), POLG_EC09H (Q66849), POLG_EC11G (P29813), POLG_EC12T (Q66575), POLG_EC30B (Q9WN78), POLG_EMCV (P03304), POLG_EMCVB (P17593), POLG_EMCVD (P17594), POLG_EMCVR (Q66765), POLG_ENMGO (P12296), POLG_FCV(N0A3C0), POLG_FCVC6 (P27407), POLG_FCVF4 (P27408), POLG_FCVF9 (P27409), POLG_FCVUR (Q66914), POLG_FMDV1 (P03306), POLG_FMDV5 (P03307), POLG_FMDVA (P03308), POLG_FMDVC (P03309), POLG_FMDVI (P03310), POLG_FMDVO (P03305), POLG_FMDVS (P03311), POLG_FMDVT (P15072), POLG_FMDVZ (P49303), POLG_HAV88 (Q8V0N6), POLG_HAVCF (Q5Y944), POLG_HAVGB (Q67825), POLG_HAVH2 (A3FMB2), POLG_HAVHM (P08617), POLG_HAVJ8 (A5LGW7), POLG_HAVLA (P06441), POLG_HAVMB (P13901), POLG_HAVNO (Q9DWR1), POLG_HAVS2 (P14553), POLG_HE701 (P32537), POLG_HE71 (B9VUU3), POLG_HE71B (Q66478), POLG_HE71M (Q66479), POLG_HED68 (Q68T42), POLG_HKV1 (C6KEF6), POLG_HPE1H (Q66578), POLG_HPE2W (O73556), POLG_HPEV5 (Q9YID8), POLG_HRV14 (P03303), POLG_HRV15 (E5D8F2), POLG_HRV16 (Q82122), POLG_HRV1A (P23008), POLG_HRV1B (P12916), POLG_HRV2 (P04936), POLG_HRV3 (Q82081), POLG_HRV8A (P07210), POLG_LJUV1 (Q8JV21), POLG_LORDV (P54634), POLG_NVN68 (Q83883), POLG_PESV (Q9QEJ5), POLG_PEV9U (O41174), POLG_POL1M (P03300), POLG_POL1S (P03301), POLG_POL2L (P06210), POLG_POL2W (P23069), POLG_POL32 (P06209), POLG_POL3L (P03302), POLG_PYFV1 (Q05057), POLG_RHDV3 (P27411), POLG_RHDVA (Q86119), POLG_RHDVB (Q89273), POLG_RHDVF (P27410), POLG_RHDVS (Q86117), POLG_RTSVA (Q83034), POLG_RTSVT (Q91PP5), POLG_SAFV (C0MHL9), POLG_SALVA (C5MSH2), POLG_SMSV1 (P36286), POLG_SMSV4 (P36287), POLG_SOUV3 (Q04544), POLG_SVDVH (P16604), POLG_SVDVU (P13900), POLG_SVM10 (Q6XDK8), POLG_SVM93 (Q69014), POLG_SVSAP (Q672I1), POLG_SVV1 (Q155Z9), POLG_TMEVB (P08544), POLG_TMEVD (P13899), POLG_TMEVG (P08545), POLG_VESVA (Q9DUN3), POLN_ABPVR (Q9DSN9), POLN_CRPVC (Q9IJX4), POLN_DCVEB (O36966), POLN_EOPV (Q6UP17), POLR_NORAV (Q27YG9), POL_SINV3 (C1JCT1)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
11 sequences
FTSI1_ARATH (O22993), H962R_ASFB7 (Q65162), H962R_ASFK5 (P0C9X2), H962R_ASFM2 (Q8V9U4), H962R_ASFP4 (P0C9X3), H962R_ASFWA (P0C9X1), LT_POVK3(P0DOI7), LT_POVK6(P0DOI6), LT_POVKI(P0DOI5), LT_POVWU(A5HBG1), YL207_MIMIV (Q5UQ22)» more |
| PDB [Detailed view] |
6 PDB
5GQ1; 5GRB; 5Z3Q; 6S3A; 6T3W; 7XT3 |