PROSITE logo

PROSITE entry PS51248


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry

Entry name [info] NIKE
Accession [info] PS51248
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-AUG-2006 CREATED;
01-OCT-2013 DATA UPDATE;
29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC51237

Name and characterization of the entry

Description [info] Nickel import ATP-binding protein nikE.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=55;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=50;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.6977783; R2=0.0087076; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1148113; N_SCORE=9999.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=2791; N_SCORE=26.0; MODE=1; TEXT='?';
/CUT_OFF: LEVEL=-2; SCORE=552; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='??';
/DEFAULT: M0=-11; D=-80; I=-80; B1=-500; E1=-500; MI=-255; MD=-255; IM=-255; DM=-255;
...
                A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y
/I:         B1=0; BI=-255; BD=-255;
/M: SY='L';  M=-21,-22,-38,-30,  6,-40,-22, 15,-32, 59, 18,-37,-38,-24,-28,-31,-17,  7,-24, -7;
/M: SY='R';  M=-13,-32,-15, -6,-29,-23, -7,-34, 18,-29,-19, -7,-26,  5, 71, 18,-11,-27,-31,-17;
/M: SY='L';  M=-21,-22,-38,-30,  6,-40,-22, 15,-32, 59, 18,-37,-38,-24,-28,-31,-17,  7,-24, -7;
/M: SY='V';  M= -5,-19,-36,-30, -7,-38,-39, 28,-28,  7,  4,-32,-32,-31,-30,-20, -4, 63,-42,-15;
/M: SY='Q';  M=-13,-36,  6, 55,-40,-25, -4,-34,  6,-27,-19, -7,-13, 60,  1, -6,-15,-31,-30,-21;
/M: SY='R';  M=-20,-35,-16, -6, -9,-29, -3,-28, 35,-23,-14,-10,-27,  3, 61,-15,-17,-26,-12, 38;
/M: SY='F';  M=-29,-25,-42,-37, 88,-36,-21, -2,-32,  6, -4,-30,-39,-43,-29,-28,-21, -7,  6, 28;
/M: SY='C';  M= 19,118,-31,-29,-26,-22,-31,-28,-26,-22,-20,-19,-38,-30,-32,-11,-12,-16,-47,-33;
/M: SY='Q';  M= 19,-31,-11,  8,-39,-16, -5,-26,  3,-23,-12, -6,-20, 75,  2,  0,-13,-23,-26,-16;
/M: SY='R';  M=-21,-37,-17, -5,-29,-31, -6,-36, 23,-28,-17,-10,-29,  7, 81,-15,-19,-30,-29,-16;
/M: SY='C';  M= -7, 72,-36,-31,-11,-36,-38, 19,-29,  2, -1,-29,-35,-33,-31,-19, -6, 53,-45,-19;
/M: SY='M';  M=-14,-23,-38,-30, -2,-36,-21, 32,-26, 30, 58,-29,-29,-21,-26,-25,-12, 29,-29, -8;
/M: SY='V';  M= -8,-20,-37,-30, -4,-38,-35, 25,-29, 25,  8,-33,-34,-29,-29,-22, -6, 55,-37,-13;
/M: SY='M';  M=-17,-22,-37,-28,  0,-33,-12, 13,-24, 40, 75,-28,-29,-16,-22,-27,-15,  5,-26, -5;
/M: SY='D';  M=-22,-34, 76, 12,-36,-19, 55,-40, -9,-34,-29, 10,-21, -6,-14,-10,-13,-37,-57,-14;
/M: SY='N';  M=-12,-28,  9, 44,-34, 27, -6,-36, -2,-34,-26, 47,-17,  2,-11, -4,-10,-32,-37,-27;
/M: SY='G';  M= -2,-30,-18,-30,-36, 78,-24,-44,-23,-40,-29, -4,-22,-21,-31, -3,-22,-38,-27,-31;
/M: SY='Q';  M=-15,-36,-10,  8,-38,-23, -4,-31, 30,-26,-14, -4,-21, 68, 38, -6,-15,-30,-26,-15;
/M: SY='I';  M=-19,-32,-40,-38, -2,-44,-40, 68,-33, 15, 11,-30,-27,-29,-36,-27,-12, 28,-27,-10;
/M: SY='V';  M= 10,-19,-34,-28, -9,-32,-37, 24,-27,  5,  2,-30,-31,-28,-29,-16, -4, 59,-40,-16;
/M: SY='E';  M=-13,-35, 16, 74,-37,-30, -7,-38,  5,-30,-26,-10, -9, 13, -5,-10,-14,-30,-34,-27;
/M: SY='E';  M=-10,-26,  8, 58,-31,-27,-11,-27,  0,-25,-21, -6,-10,  5, -9, -1, 36,-19,-36,-24;
/M: SY='Q';  M= 12,-31,-18, -4,-25,-23,-13, 19,  1,-11, -6,-12,-23, 49, 31, -8,-13, -4,-27,-15;
/M: SY='P';  M= 19,-29,-19, -8,-31,-18,-21,-16, 23,-25,-17,-17, 67,-11, -8, -9, -9, -1,-31,-26;
/M: SY='V';  M= -5,-18,-29,-26,-10,-33,-34, 21,-23,  2,  1,-22,-27,-27,-27,-10, 28, 54,-42,-16;
/M: SY='G';  M= 23,-20,-16,-19,-28, 42,-23,-23,-16,-25,-18, -5,-17,-16,-23,  5, 39,-14,-33,-24;
/M: SY='D';  M=-16,-34, 59, 21,-35, 21, 54,-40, -9,-33,-26,  5,-20, -5,-15, -9,-15,-36,-47,-15;
/M: SY='K';  M= 12,-26, 32, -1,-20,-20,-15,-15, 34, 12, -9, -6,-22, -6,  0,-10,-11,-14,-31,-18;
/M: SY='L';  M=-19,-28, 32, -5, -8,-30,-13,  0,-16, 39,  5,-14,-29, 27,-17,-18,-15, -6,-31,-12;
/M: SY='C';  M= -7, 68,-16,-15,-25,-19,-18,-23, -5,-23,-18, -5,-22,-10, 23, 25, 38,-15,-40,-22;
/M: SY='F';  M=-25,-24,-40,-34, 78,-34,-17,  1,-29,  9, 43,-29,-35,-33,-26,-27,-19, -4,  0, 22;
/M: SY='S';  M= 20,-24, -7, 23,-30,-12,-11,-29,  2,-28,-21, -6,-18,  1, 32, 33, -3,-20,-32,-21;
/M: SY='H';  M=-11,-28, -7, -8,-23,-15, 94,-35,-11,-25,-12,  3,-21, -1, -9, 31, -7,-31,-48,  2;
/M: SY='P';  M=-20,-41, 47,  2,-40,-20,-17,-31,-13,-38,-28, -9, 85,-15,-24,-14,-12,-34,-40,-32;
/M: SY='A';  M= 53,-16,-24,-16,-23, -8,-26, -3,-18,-13,-10,-19,-22,-16,-22,  1, -5, 21,-32,-23;
/M: SY='G';  M=  1,-24,-14,-20,-32, 59,-19,-36,-17,-36,-27, -1,-20,-12,-23, 38, -5,-29,-31,-26;
/M: SY='R';  M=-21,-37,-17, -5,-29,-31, -6,-36, 23,-28,-17,-10,-29,  7, 81,-15,-19,-30,-29,-16;
/M: SY='V';  M= 15,-23,-26,-14,-12,-25,-21,  9,-16, 20,  3,-22,-28, 31,-17,-12, -9, 31,-31,-14;
/M: SY='L';  M=-21,-22,-38,-30,  6,-40,-22, 15,-32, 59, 18,-37,-38,-24,-28,-31,-17,  7,-24, -7;
/M: SY='Q';  M=-14,-38,-10,  9,-39,-23, -2,-31, 11,-25,-12, -5,-22, 76, 39, -5,-16,-31,-26,-15;
/M: SY='N';  M= 16,-25,  3, 28,-31,-13, -5,-30,  4,-30,-21, 46,-21,  1, 27, -2, -8,-24,-37,-24;
/M: SY='A';  M= 62,-15,-21,-13,-29, -2,-23,-19,-16,-21,-14,-16,-20,-12,-21,  6, -5, -5,-29,-25;
/M: SY='V';  M= -8,-22,-37,-32, -6,-39,-39, 42,-29,  9,  6,-31,-31,-30,-31,-21, -6, 56,-37,-14;
/M: SY='L';  M=-21,-22,-38,-30,  6,-40,-22, 15,-32, 59, 18,-37,-38,-24,-28,-31,-17,  7,-24, -7;
/M: SY='P';  M=-20,-45,-20, -9,-39,-22,-23,-27,-16,-38,-24,-27,102,-20,-29,-17,-12,-32,-33,-37;
/M: SY='P';  M= 41,-21,-24,-15,-25,-12,-26, -5,-18,-16,-11,-21, 47,-18,-24, -4, -7, 18,-32,-25;
/M: SY='F';  M=-23,-29,-29,-20, 51,-35,-14, -7, -1, 19, -2,-22,-35,-13, 47,-23,-19,-10,-12,  7;
/M: SY='P';  M=-20,-45,-20, -9,-39,-22,-23,-27,-16,-38,-24,-27,102,-20,-29,-17,-12,-32,-33,-37;
/M: SY='V';  M= 17,-22,-26,-14,-17,-25,-25, 13,-16, -3, -2,-21,-27, 30,-17,-10, -6, 45,-35,-17;
/M: SY='R';  M= 11,-32,-18, -6,-29,-24, -8,-32, 18,-27,-17,-11,-27,  4, 73,-10,-16,-24,-29,-17;
/M: SY='R';  M= 33,-26,-19, -8,-29,-16,-12,-28, 10,-25,-16,-12,-25,  0, 60, -5,-13,-18,-29,-19;
/M: SY='P';  M=-11,-29,-20,-12,-24,-23,-17, -8,  1,-19,-13,-15, 44, -7, 42, 14, -7, 15,-34,-20;
/M: SY='T';  M= 10,-20, -7, 26,-23,-18,-18, -8, -9,-17,-14, -8,-16, -6,-16, 23, 29, 14,-37,-21;
/M: SY='P';  M= -6,-23,-14,-15,-28, 22,-21,-22,-14,-26,-20, -5, 46,-15,-22, 19, 44,-16,-36,-25;
/M: SY='E';  M=-15,-32, 37, 43,-37,-18, -3,-34,  2,-32,-23, 37,-17, 39, -5, -5,-10,-32,-39,-23;
/I:         E1=0; IE=-255; DE=-255;
» more

Post-processing [info]

PROMOTED_BY PS50893

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_03 which contains 571'609 sequence entries.


Total number of hits 16 in 16 different sequences
Number of true positive hits 16 in 16 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info] Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 1
Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] V_Lesaux
Version [info] 4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
16 sequences

NIKE_BRUA2  (Q2YL69), NIKE_BRUAB  (Q578S7), NIKE_BRUME  (Q8YCN7), 
NIKE_BRUSU  (Q8FVN0), NIKE_ECO57  (Q8X4L6), NIKE_ECOL5  (Q0TBX8), 
NIKE_ECOL6  (Q8FCM9), NIKE_ECOLI  (P33594), NIKE_ECOUT  (Q1R5D8), 
NIKE_PSEPK  (Q88HL0), NIKE_RHORT  (Q2RS22), NIKE_SHIBS  (Q31VE6), 
NIKE_SHIDS  (Q32AQ1), NIKE_SHIF8  (Q0SZJ3), NIKE_SHIFL  (Q83J77), 
NIKE_SHISS  (Q3YW48)
» more