 |
|
| Entry: PS51248 |
General information about the entry
| Entry name [info] | NIKE |
| Accession [info] | PS51248 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-AUG-2006 CREATED;
01-OCT-2013 DATA UPDATE; 12-AUG-2020 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51237 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Nickel import ATP-binding protein nikE. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=55; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=50; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.6977783; R2=0.0087076; TEXT='NScore'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1148113; N_SCORE=9999.0; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=2791; N_SCORE=26.0; MODE=1; TEXT='?'; /CUT_OFF: LEVEL=-2; SCORE=552; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='??'; /DEFAULT: M0=-11; D=-80; I=-80; B1=-500; E1=-500; MI=-255; MD=-255; IM=-255; DM=-255; ... A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y /I: B1=0; BI=-255; BD=-255; /M: SY='L'; M=-21,-22,-38,-30, 6,-40,-22, 15,-32, 59, 18,-37,-38,-24,-28,-31,-17, 7,-24, -7; /M: SY='R'; M=-13,-32,-15, -6,-29,-23, -7,-34, 18,-29,-19, -7,-26, 5, 71, 18,-11,-27,-31,-17; /M: SY='L'; M=-21,-22,-38,-30, 6,-40,-22, 15,-32, 59, 18,-37,-38,-24,-28,-31,-17, 7,-24, -7; /M: SY='V'; M= -5,-19,-36,-30, -7,-38,-39, 28,-28, 7, 4,-32,-32,-31,-30,-20, -4, 63,-42,-15; /M: SY='Q'; M=-13,-36, 6, 55,-40,-25, -4,-34, 6,-27,-19, -7,-13, 60, 1, -6,-15,-31,-30,-21; /M: SY='R'; M=-20,-35,-16, -6, -9,-29, -3,-28, 35,-23,-14,-10,-27, 3, 61,-15,-17,-26,-12, 38; /M: SY='F'; M=-29,-25,-42,-37, 88,-36,-21, -2,-32, 6, -4,-30,-39,-43,-29,-28,-21, -7, 6, 28; /M: SY='C'; M= 19,118,-31,-29,-26,-22,-31,-28,-26,-22,-20,-19,-38,-30,-32,-11,-12,-16,-47,-33; /M: SY='Q'; M= 19,-31,-11, 8,-39,-16, -5,-26, 3,-23,-12, -6,-20, 75, 2, 0,-13,-23,-26,-16; /M: SY='R'; M=-21,-37,-17, -5,-29,-31, -6,-36, 23,-28,-17,-10,-29, 7, 81,-15,-19,-30,-29,-16; /M: SY='C'; M= -7, 72,-36,-31,-11,-36,-38, 19,-29, 2, -1,-29,-35,-33,-31,-19, -6, 53,-45,-19; /M: SY='M'; M=-14,-23,-38,-30, -2,-36,-21, 32,-26, 30, 58,-29,-29,-21,-26,-25,-12, 29,-29, -8; /M: SY='V'; M= -8,-20,-37,-30, -4,-38,-35, 25,-29, 25, 8,-33,-34,-29,-29,-22, -6, 55,-37,-13; /M: SY='M'; M=-17,-22,-37,-28, 0,-33,-12, 13,-24, 40, 75,-28,-29,-16,-22,-27,-15, 5,-26, -5; /M: SY='D'; M=-22,-34, 76, 12,-36,-19, 55,-40, -9,-34,-29, 10,-21, -6,-14,-10,-13,-37,-57,-14; /M: SY='N'; M=-12,-28, 9, 44,-34, 27, -6,-36, -2,-34,-26, 47,-17, 2,-11, -4,-10,-32,-37,-27; /M: SY='G'; M= -2,-30,-18,-30,-36, 78,-24,-44,-23,-40,-29, -4,-22,-21,-31, -3,-22,-38,-27,-31; /M: SY='Q'; M=-15,-36,-10, 8,-38,-23, -4,-31, 30,-26,-14, -4,-21, 68, 38, -6,-15,-30,-26,-15; /M: SY='I'; M=-19,-32,-40,-38, -2,-44,-40, 68,-33, 15, 11,-30,-27,-29,-36,-27,-12, 28,-27,-10; /M: SY='V'; M= 10,-19,-34,-28, -9,-32,-37, 24,-27, 5, 2,-30,-31,-28,-29,-16, -4, 59,-40,-16; /M: SY='E'; M=-13,-35, 16, 74,-37,-30, -7,-38, 5,-30,-26,-10, -9, 13, -5,-10,-14,-30,-34,-27; /M: SY='E'; M=-10,-26, 8, 58,-31,-27,-11,-27, 0,-25,-21, -6,-10, 5, -9, -1, 36,-19,-36,-24; /M: SY='Q'; M= 12,-31,-18, -4,-25,-23,-13, 19, 1,-11, -6,-12,-23, 49, 31, -8,-13, -4,-27,-15; /M: SY='P'; M= 19,-29,-19, -8,-31,-18,-21,-16, 23,-25,-17,-17, 67,-11, -8, -9, -9, -1,-31,-26; /M: SY='V'; M= -5,-18,-29,-26,-10,-33,-34, 21,-23, 2, 1,-22,-27,-27,-27,-10, 28, 54,-42,-16; /M: SY='G'; M= 23,-20,-16,-19,-28, 42,-23,-23,-16,-25,-18, -5,-17,-16,-23, 5, 39,-14,-33,-24; /M: SY='D'; M=-16,-34, 59, 21,-35, 21, 54,-40, -9,-33,-26, 5,-20, -5,-15, -9,-15,-36,-47,-15; /M: SY='K'; M= 12,-26, 32, -1,-20,-20,-15,-15, 34, 12, -9, -6,-22, -6, 0,-10,-11,-14,-31,-18; /M: SY='L'; M=-19,-28, 32, -5, -8,-30,-13, 0,-16, 39, 5,-14,-29, 27,-17,-18,-15, -6,-31,-12; /M: SY='C'; M= -7, 68,-16,-15,-25,-19,-18,-23, -5,-23,-18, -5,-22,-10, 23, 25, 38,-15,-40,-22; /M: SY='F'; M=-25,-24,-40,-34, 78,-34,-17, 1,-29, 9, 43,-29,-35,-33,-26,-27,-19, -4, 0, 22; /M: SY='S'; M= 20,-24, -7, 23,-30,-12,-11,-29, 2,-28,-21, -6,-18, 1, 32, 33, -3,-20,-32,-21; /M: SY='H'; M=-11,-28, -7, -8,-23,-15, 94,-35,-11,-25,-12, 3,-21, -1, -9, 31, -7,-31,-48, 2; /M: SY='P'; M=-20,-41, 47, 2,-40,-20,-17,-31,-13,-38,-28, -9, 85,-15,-24,-14,-12,-34,-40,-32; /M: SY='A'; M= 53,-16,-24,-16,-23, -8,-26, -3,-18,-13,-10,-19,-22,-16,-22, 1, -5, 21,-32,-23; /M: SY='G'; M= 1,-24,-14,-20,-32, 59,-19,-36,-17,-36,-27, -1,-20,-12,-23, 38, -5,-29,-31,-26; /M: SY='R'; M=-21,-37,-17, -5,-29,-31, -6,-36, 23,-28,-17,-10,-29, 7, 81,-15,-19,-30,-29,-16; /M: SY='V'; M= 15,-23,-26,-14,-12,-25,-21, 9,-16, 20, 3,-22,-28, 31,-17,-12, -9, 31,-31,-14; /M: SY='L'; M=-21,-22,-38,-30, 6,-40,-22, 15,-32, 59, 18,-37,-38,-24,-28,-31,-17, 7,-24, -7; /M: SY='Q'; M=-14,-38,-10, 9,-39,-23, -2,-31, 11,-25,-12, -5,-22, 76, 39, -5,-16,-31,-26,-15; /M: SY='N'; M= 16,-25, 3, 28,-31,-13, -5,-30, 4,-30,-21, 46,-21, 1, 27, -2, -8,-24,-37,-24; /M: SY='A'; M= 62,-15,-21,-13,-29, -2,-23,-19,-16,-21,-14,-16,-20,-12,-21, 6, -5, -5,-29,-25; /M: SY='V'; M= -8,-22,-37,-32, -6,-39,-39, 42,-29, 9, 6,-31,-31,-30,-31,-21, -6, 56,-37,-14; /M: SY='L'; M=-21,-22,-38,-30, 6,-40,-22, 15,-32, 59, 18,-37,-38,-24,-28,-31,-17, 7,-24, -7; /M: SY='P'; M=-20,-45,-20, -9,-39,-22,-23,-27,-16,-38,-24,-27,102,-20,-29,-17,-12,-32,-33,-37; /M: SY='P'; M= 41,-21,-24,-15,-25,-12,-26, -5,-18,-16,-11,-21, 47,-18,-24, -4, -7, 18,-32,-25; /M: SY='F'; M=-23,-29,-29,-20, 51,-35,-14, -7, -1, 19, -2,-22,-35,-13, 47,-23,-19,-10,-12, 7; /M: SY='P'; M=-20,-45,-20, -9,-39,-22,-23,-27,-16,-38,-24,-27,102,-20,-29,-17,-12,-32,-33,-37; /M: SY='V'; M= 17,-22,-26,-14,-17,-25,-25, 13,-16, -3, -2,-21,-27, 30,-17,-10, -6, 45,-35,-17; /M: SY='R'; M= 11,-32,-18, -6,-29,-24, -8,-32, 18,-27,-17,-11,-27, 4, 73,-10,-16,-24,-29,-17; /M: SY='R'; M= 33,-26,-19, -8,-29,-16,-12,-28, 10,-25,-16,-12,-25, 0, 60, -5,-13,-18,-29,-19; /M: SY='P'; M=-11,-29,-20,-12,-24,-23,-17, -8, 1,-19,-13,-15, 44, -7, 42, 14, -7, 15,-34,-20; /M: SY='T'; M= 10,-20, -7, 26,-23,-18,-18, -8, -9,-17,-14, -8,-16, -6,-16, 23, 29, 14,-37,-21; /M: SY='P'; M= -6,-23,-14,-15,-28, 22,-21,-22,-14,-26,-20, -5, 46,-15,-22, 19, 44,-16,-36,-25; /M: SY='E'; M=-15,-32, 37, 43,-37,-18, -3,-34, 2,-32,-23, 37,-17, 39, -5, -5,-10,-32,-39,-23; /I: E1=0; IE=-255; DE=-255;» more |
Post-processing [info]
| PROMOTED_BY | PS50893 |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 16 in 16 different sequences |
| Number of true positive hits | 16 in 16 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | V_Lesaux |
| Taxonomic range [info] | Prokaryotes (Bacteria) |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Version [info] | 4 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
16 sequences
NIKE_BRUA2 (Q2YL69 ), NIKE_BRUAB (Q578S7 ), NIKE_BRUME (Q8YCN7 ), NIKE_BRUSU (Q8FVN0 ), NIKE_ECO57 (Q8X4L6 ), NIKE_ECOL5 (Q0TBX8 ), NIKE_ECOL6 (Q8FCM9 ), NIKE_ECOLI (P33594 ), NIKE_ECOUT (Q1R5D8 ), NIKE_PSEPK (Q88HL0 ), NIKE_RHORT (Q2RS22 ), NIKE_SHIBS (Q31VE6 ), NIKE_SHIDS (Q32AQ1 ), NIKE_SHIF8 (Q0SZJ3 ), NIKE_SHIFL (Q83J77 ), NIKE_SHISS (Q3YW48 )» more
|
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission