PROSITE entry PS51248

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	NIKE
Accession [info]	PS51248
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-AUG-2006 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 08-NOV-2023 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51237

Name and characterization of the entry

Description [info]

Nickel import ATP-binding protein nikE.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=55;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=50;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.6977783; R2=0.0087076; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1148113; N_SCORE=9999.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=2791; N_SCORE=26.0; MODE=1; TEXT='?';
/CUT_OFF: LEVEL=-2; SCORE=552; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='??';
/DEFAULT: M0=-11; D=-80; I=-80; B1=-500; E1=-500; MI=-255; MD=-255; IM=-255; DM=-255;

...

                A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y
/I:         B1=0; BI=-255; BD=-255;
/M: SY='L';  M=-21,-22,-38,-30,  6,-40,-22, 15,-32, 59, 18,-37,-38,-24,-28,-31,-17,  7,-24, -7;
/M: SY='R';  M=-13,-32,-15, -6,-29,-23, -7,-34, 18,-29,-19, -7,-26,  5, 71, 18,-11,-27,-31,-17;
/M: SY='L';  M=-21,-22,-38,-30,  6,-40,-22, 15,-32, 59, 18,-37,-38,-24,-28,-31,-17,  7,-24, -7;
/M: SY='V';  M= -5,-19,-36,-30, -7,-38,-39, 28,-28,  7,  4,-32,-32,-31,-30,-20, -4, 63,-42,-15;
/M: SY='Q';  M=-13,-36,  6, 55,-40,-25, -4,-34,  6,-27,-19, -7,-13, 60,  1, -6,-15,-31,-30,-21;
/M: SY='R';  M=-20,-35,-16, -6, -9,-29, -3,-28, 35,-23,-14,-10,-27,  3, 61,-15,-17,-26,-12, 38;
/M: SY='F';  M=-29,-25,-42,-37, 88,-36,-21, -2,-32,  6, -4,-30,-39,-43,-29,-28,-21, -7,  6, 28;
/M: SY='C';  M= 19,118,-31,-29,-26,-22,-31,-28,-26,-22,-20,-19,-38,-30,-32,-11,-12,-16,-47,-33;
/M: SY='Q';  M= 19,-31,-11,  8,-39,-16, -5,-26,  3,-23,-12, -6,-20, 75,  2,  0,-13,-23,-26,-16;
/M: SY='R';  M=-21,-37,-17, -5,-29,-31, -6,-36, 23,-28,-17,-10,-29,  7, 81,-15,-19,-30,-29,-16;
/M: SY='C';  M= -7, 72,-36,-31,-11,-36,-38, 19,-29,  2, -1,-29,-35,-33,-31,-19, -6, 53,-45,-19;
/M: SY='M';  M=-14,-23,-38,-30, -2,-36,-21, 32,-26, 30, 58,-29,-29,-21,-26,-25,-12, 29,-29, -8;
/M: SY='V';  M= -8,-20,-37,-30, -4,-38,-35, 25,-29, 25,  8,-33,-34,-29,-29,-22, -6, 55,-37,-13;
/M: SY='M';  M=-17,-22,-37,-28,  0,-33,-12, 13,-24, 40, 75,-28,-29,-16,-22,-27,-15,  5,-26, -5;
/M: SY='D';  M=-22,-34, 76, 12,-36,-19, 55,-40, -9,-34,-29, 10,-21, -6,-14,-10,-13,-37,-57,-14;
/M: SY='N';  M=-12,-28,  9, 44,-34, 27, -6,-36, -2,-34,-26, 47,-17,  2,-11, -4,-10,-32,-37,-27;
/M: SY='G';  M= -2,-30,-18,-30,-36, 78,-24,-44,-23,-40,-29, -4,-22,-21,-31, -3,-22,-38,-27,-31;
/M: SY='Q';  M=-15,-36,-10,  8,-38,-23, -4,-31, 30,-26,-14, -4,-21, 68, 38, -6,-15,-30,-26,-15;
/M: SY='I';  M=-19,-32,-40,-38, -2,-44,-40, 68,-33, 15, 11,-30,-27,-29,-36,-27,-12, 28,-27,-10;
/M: SY='V';  M= 10,-19,-34,-28, -9,-32,-37, 24,-27,  5,  2,-30,-31,-28,-29,-16, -4, 59,-40,-16;
/M: SY='E';  M=-13,-35, 16, 74,-37,-30, -7,-38,  5,-30,-26,-10, -9, 13, -5,-10,-14,-30,-34,-27;
/M: SY='E';  M=-10,-26,  8, 58,-31,-27,-11,-27,  0,-25,-21, -6,-10,  5, -9, -1, 36,-19,-36,-24;
/M: SY='Q';  M= 12,-31,-18, -4,-25,-23,-13, 19,  1,-11, -6,-12,-23, 49, 31, -8,-13, -4,-27,-15;
/M: SY='P';  M= 19,-29,-19, -8,-31,-18,-21,-16, 23,-25,-17,-17, 67,-11, -8, -9, -9, -1,-31,-26;
/M: SY='V';  M= -5,-18,-29,-26,-10,-33,-34, 21,-23,  2,  1,-22,-27,-27,-27,-10, 28, 54,-42,-16;
/M: SY='G';  M= 23,-20,-16,-19,-28, 42,-23,-23,-16,-25,-18, -5,-17,-16,-23,  5, 39,-14,-33,-24;
/M: SY='D';  M=-16,-34, 59, 21,-35, 21, 54,-40, -9,-33,-26,  5,-20, -5,-15, -9,-15,-36,-47,-15;
/M: SY='K';  M= 12,-26, 32, -1,-20,-20,-15,-15, 34, 12, -9, -6,-22, -6,  0,-10,-11,-14,-31,-18;
/M: SY='L';  M=-19,-28, 32, -5, -8,-30,-13,  0,-16, 39,  5,-14,-29, 27,-17,-18,-15, -6,-31,-12;
/M: SY='C';  M= -7, 68,-16,-15,-25,-19,-18,-23, -5,-23,-18, -5,-22,-10, 23, 25, 38,-15,-40,-22;
/M: SY='F';  M=-25,-24,-40,-34, 78,-34,-17,  1,-29,  9, 43,-29,-35,-33,-26,-27,-19, -4,  0, 22;
/M: SY='S';  M= 20,-24, -7, 23,-30,-12,-11,-29,  2,-28,-21, -6,-18,  1, 32, 33, -3,-20,-32,-21;
/M: SY='H';  M=-11,-28, -7, -8,-23,-15, 94,-35,-11,-25,-12,  3,-21, -1, -9, 31, -7,-31,-48,  2;
/M: SY='P';  M=-20,-41, 47,  2,-40,-20,-17,-31,-13,-38,-28, -9, 85,-15,-24,-14,-12,-34,-40,-32;
/M: SY='A';  M= 53,-16,-24,-16,-23, -8,-26, -3,-18,-13,-10,-19,-22,-16,-22,  1, -5, 21,-32,-23;
/M: SY='G';  M=  1,-24,-14,-20,-32, 59,-19,-36,-17,-36,-27, -1,-20,-12,-23, 38, -5,-29,-31,-26;
/M: SY='R';  M=-21,-37,-17, -5,-29,-31, -6,-36, 23,-28,-17,-10,-29,  7, 81,-15,-19,-30,-29,-16;
/M: SY='V';  M= 15,-23,-26,-14,-12,-25,-21,  9,-16, 20,  3,-22,-28, 31,-17,-12, -9, 31,-31,-14;
/M: SY='L';  M=-21,-22,-38,-30,  6,-40,-22, 15,-32, 59, 18,-37,-38,-24,-28,-31,-17,  7,-24, -7;
/M: SY='Q';  M=-14,-38,-10,  9,-39,-23, -2,-31, 11,-25,-12, -5,-22, 76, 39, -5,-16,-31,-26,-15;
/M: SY='N';  M= 16,-25,  3, 28,-31,-13, -5,-30,  4,-30,-21, 46,-21,  1, 27, -2, -8,-24,-37,-24;
/M: SY='A';  M= 62,-15,-21,-13,-29, -2,-23,-19,-16,-21,-14,-16,-20,-12,-21,  6, -5, -5,-29,-25;
/M: SY='V';  M= -8,-22,-37,-32, -6,-39,-39, 42,-29,  9,  6,-31,-31,-30,-31,-21, -6, 56,-37,-14;
/M: SY='L';  M=-21,-22,-38,-30,  6,-40,-22, 15,-32, 59, 18,-37,-38,-24,-28,-31,-17,  7,-24, -7;
/M: SY='P';  M=-20,-45,-20, -9,-39,-22,-23,-27,-16,-38,-24,-27,102,-20,-29,-17,-12,-32,-33,-37;
/M: SY='P';  M= 41,-21,-24,-15,-25,-12,-26, -5,-18,-16,-11,-21, 47,-18,-24, -4, -7, 18,-32,-25;
/M: SY='F';  M=-23,-29,-29,-20, 51,-35,-14, -7, -1, 19, -2,-22,-35,-13, 47,-23,-19,-10,-12,  7;
/M: SY='P';  M=-20,-45,-20, -9,-39,-22,-23,-27,-16,-38,-24,-27,102,-20,-29,-17,-12,-32,-33,-37;
/M: SY='V';  M= 17,-22,-26,-14,-17,-25,-25, 13,-16, -3, -2,-21,-27, 30,-17,-10, -6, 45,-35,-17;
/M: SY='R';  M= 11,-32,-18, -6,-29,-24, -8,-32, 18,-27,-17,-11,-27,  4, 73,-10,-16,-24,-29,-17;
/M: SY='R';  M= 33,-26,-19, -8,-29,-16,-12,-28, 10,-25,-16,-12,-25,  0, 60, -5,-13,-18,-29,-19;
/M: SY='P';  M=-11,-29,-20,-12,-24,-23,-17, -8,  1,-19,-13,-15, 44, -7, 42, 14, -7, 15,-34,-20;
/M: SY='T';  M= 10,-20, -7, 26,-23,-18,-18, -8, -9,-17,-14, -8,-16, -6,-16, 23, 29, 14,-37,-21;
/M: SY='P';  M= -6,-23,-14,-15,-28, 22,-21,-22,-14,-26,-20, -5, 46,-15,-22, 19, 44,-16,-36,-25;
/M: SY='E';  M=-15,-32, 37, 43,-37,-18, -3,-34,  2,-32,-23, 37,-17, 39, -5, -5,-10,-32,-39,-23;
/I:         E1=0; IE=-255; DE=-255;

» more

Post-processing [info]

PROMOTED_BY

PS50893

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2023_05 which contains 570'420 sequence entries.

Total number of hits	16 in 16 different sequences
Number of true positive hits	16 in 16 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	V_Lesaux
Taxonomic range [info]	Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	1
Version [info]	4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

16 sequences

NIKE_BRUA2  (Q2YL69), NIKE_BRUAB  (Q578S7), NIKE_BRUME  (Q8YCN7),

NIKE_BRUSU  (Q8FVN0), NIKE_ECO57  (Q8X4L6), NIKE_ECOL5  (Q0TBX8), 
NIKE_ECOL6  (Q8FCM9), NIKE_ECOLI  (P33594), NIKE_ECOUT  (Q1R5D8), 
NIKE_PSEPK  (Q88HL0), NIKE_RHORT  (Q2RS22), NIKE_SHIBS  (Q31VE6), 
NIKE_SHIDS  (Q32AQ1), NIKE_SHIF8  (Q0SZJ3), NIKE_SHIFL  (Q83J77), 
NIKE_SHISS  (Q3YW48)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment