PROSITE entry PS51248

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS51248
Entry name [info]	NIKE
Accession [info]	PS51248
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-AUG-2006 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51237

Name and characterization of the entry

Description [info]

Nickel import ATP-binding protein nikE.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=55;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=50;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.6977783; R2=0.0087076; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1148113; N_SCORE=9999.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=2791; N_SCORE=26.0; MODE=1; TEXT='?';
/CUT_OFF: LEVEL=-2; SCORE=552; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='??';
/DEFAULT: M0=-11; D=-80; I=-80; B1=-500; E1=-500; MI=-255; MD=-255; IM=-255; DM=-255;

...

                A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y
/I:         B1=0; BI=-255; BD=-255;
/M: SY='L';  M=-21,-22,-38,-30,  6,-40,-22, 15,-32, 59, 18,-37,-38,-24,-28,-31,-17,  7,-24, -7;
/M: SY='R';  M=-13,-32,-15, -6,-29,-23, -7,-34, 18,-29,-19, -7,-26,  5, 71, 18,-11,-27,-31,-17;
/M: SY='L';  M=-21,-22,-38,-30,  6,-40,-22, 15,-32, 59, 18,-37,-38,-24,-28,-31,-17,  7,-24, -7;
/M: SY='V';  M= -5,-19,-36,-30, -7,-38,-39, 28,-28,  7,  4,-32,-32,-31,-30,-20, -4, 63,-42,-15;
/M: SY='Q';  M=-13,-36,  6, 55,-40,-25, -4,-34,  6,-27,-19, -7,-13, 60,  1, -6,-15,-31,-30,-21;
/M: SY='R';  M=-20,-35,-16, -6, -9,-29, -3,-28, 35,-23,-14,-10,-27,  3, 61,-15,-17,-26,-12, 38;
/M: SY='F';  M=-29,-25,-42,-37, 88,-36,-21, -2,-32,  6, -4,-30,-39,-43,-29,-28,-21, -7,  6, 28;
/M: SY='C';  M= 19,118,-31,-29,-26,-22,-31,-28,-26,-22,-20,-19,-38,-30,-32,-11,-12,-16,-47,-33;
/M: SY='Q';  M= 19,-31,-11,  8,-39,-16, -5,-26,  3,-23,-12, -6,-20, 75,  2,  0,-13,-23,-26,-16;
/M: SY='R';  M=-21,-37,-17, -5,-29,-31, -6,-36, 23,-28,-17,-10,-29,  7, 81,-15,-19,-30,-29,-16;
/M: SY='C';  M= -7, 72,-36,-31,-11,-36,-38, 19,-29,  2, -1,-29,-35,-33,-31,-19, -6, 53,-45,-19;
/M: SY='M';  M=-14,-23,-38,-30, -2,-36,-21, 32,-26, 30, 58,-29,-29,-21,-26,-25,-12, 29,-29, -8;
/M: SY='V';  M= -8,-20,-37,-30, -4,-38,-35, 25,-29, 25,  8,-33,-34,-29,-29,-22, -6, 55,-37,-13;
/M: SY='M';  M=-17,-22,-37,-28,  0,-33,-12, 13,-24, 40, 75,-28,-29,-16,-22,-27,-15,  5,-26, -5;
/M: SY='D';  M=-22,-34, 76, 12,-36,-19, 55,-40, -9,-34,-29, 10,-21, -6,-14,-10,-13,-37,-57,-14;
/M: SY='N';  M=-12,-28,  9, 44,-34, 27, -6,-36, -2,-34,-26, 47,-17,  2,-11, -4,-10,-32,-37,-27;
/M: SY='G';  M= -2,-30,-18,-30,-36, 78,-24,-44,-23,-40,-29, -4,-22,-21,-31, -3,-22,-38,-27,-31;
/M: SY='Q';  M=-15,-36,-10,  8,-38,-23, -4,-31, 30,-26,-14, -4,-21, 68, 38, -6,-15,-30,-26,-15;
/M: SY='I';  M=-19,-32,-40,-38, -2,-44,-40, 68,-33, 15, 11,-30,-27,-29,-36,-27,-12, 28,-27,-10;
/M: SY='V';  M= 10,-19,-34,-28, -9,-32,-37, 24,-27,  5,  2,-30,-31,-28,-29,-16, -4, 59,-40,-16;
/M: SY='E';  M=-13,-35, 16, 74,-37,-30, -7,-38,  5,-30,-26,-10, -9, 13, -5,-10,-14,-30,-34,-27;
/M: SY='E';  M=-10,-26,  8, 58,-31,-27,-11,-27,  0,-25,-21, -6,-10,  5, -9, -1, 36,-19,-36,-24;
/M: SY='Q';  M= 12,-31,-18, -4,-25,-23,-13, 19,  1,-11, -6,-12,-23, 49, 31, -8,-13, -4,-27,-15;
/M: SY='P';  M= 19,-29,-19, -8,-31,-18,-21,-16, 23,-25,-17,-17, 67,-11, -8, -9, -9, -1,-31,-26;
/M: SY='V';  M= -5,-18,-29,-26,-10,-33,-34, 21,-23,  2,  1,-22,-27,-27,-27,-10, 28, 54,-42,-16;
/M: SY='G';  M= 23,-20,-16,-19,-28, 42,-23,-23,-16,-25,-18, -5,-17,-16,-23,  5, 39,-14,-33,-24;
/M: SY='D';  M=-16,-34, 59, 21,-35, 21, 54,-40, -9,-33,-26,  5,-20, -5,-15, -9,-15,-36,-47,-15;
/M: SY='K';  M= 12,-26, 32, -1,-20,-20,-15,-15, 34, 12, -9, -6,-22, -6,  0,-10,-11,-14,-31,-18;
/M: SY='L';  M=-19,-28, 32, -5, -8,-30,-13,  0,-16, 39,  5,-14,-29, 27,-17,-18,-15, -6,-31,-12;
/M: SY='C';  M= -7, 68,-16,-15,-25,-19,-18,-23, -5,-23,-18, -5,-22,-10, 23, 25, 38,-15,-40,-22;
/M: SY='F';  M=-25,-24,-40,-34, 78,-34,-17,  1,-29,  9, 43,-29,-35,-33,-26,-27,-19, -4,  0, 22;
/M: SY='S';  M= 20,-24, -7, 23,-30,-12,-11,-29,  2,-28,-21, -6,-18,  1, 32, 33, -3,-20,-32,-21;
/M: SY='H';  M=-11,-28, -7, -8,-23,-15, 94,-35,-11,-25,-12,  3,-21, -1, -9, 31, -7,-31,-48,  2;
/M: SY='P';  M=-20,-41, 47,  2,-40,-20,-17,-31,-13,-38,-28, -9, 85,-15,-24,-14,-12,-34,-40,-32;
/M: SY='A';  M= 53,-16,-24,-16,-23, -8,-26, -3,-18,-13,-10,-19,-22,-16,-22,  1, -5, 21,-32,-23;
/M: SY='G';  M=  1,-24,-14,-20,-32, 59,-19,-36,-17,-36,-27, -1,-20,-12,-23, 38, -5,-29,-31,-26;
/M: SY='R';  M=-21,-37,-17, -5,-29,-31, -6,-36, 23,-28,-17,-10,-29,  7, 81,-15,-19,-30,-29,-16;
/M: SY='V';  M= 15,-23,-26,-14,-12,-25,-21,  9,-16, 20,  3,-22,-28, 31,-17,-12, -9, 31,-31,-14;
/M: SY='L';  M=-21,-22,-38,-30,  6,-40,-22, 15,-32, 59, 18,-37,-38,-24,-28,-31,-17,  7,-24, -7;
/M: SY='Q';  M=-14,-38,-10,  9,-39,-23, -2,-31, 11,-25,-12, -5,-22, 76, 39, -5,-16,-31,-26,-15;
/M: SY='N';  M= 16,-25,  3, 28,-31,-13, -5,-30,  4,-30,-21, 46,-21,  1, 27, -2, -8,-24,-37,-24;
/M: SY='A';  M= 62,-15,-21,-13,-29, -2,-23,-19,-16,-21,-14,-16,-20,-12,-21,  6, -5, -5,-29,-25;
/M: SY='V';  M= -8,-22,-37,-32, -6,-39,-39, 42,-29,  9,  6,-31,-31,-30,-31,-21, -6, 56,-37,-14;
/M: SY='L';  M=-21,-22,-38,-30,  6,-40,-22, 15,-32, 59, 18,-37,-38,-24,-28,-31,-17,  7,-24, -7;
/M: SY='P';  M=-20,-45,-20, -9,-39,-22,-23,-27,-16,-38,-24,-27,102,-20,-29,-17,-12,-32,-33,-37;
/M: SY='P';  M= 41,-21,-24,-15,-25,-12,-26, -5,-18,-16,-11,-21, 47,-18,-24, -4, -7, 18,-32,-25;
/M: SY='F';  M=-23,-29,-29,-20, 51,-35,-14, -7, -1, 19, -2,-22,-35,-13, 47,-23,-19,-10,-12,  7;
/M: SY='P';  M=-20,-45,-20, -9,-39,-22,-23,-27,-16,-38,-24,-27,102,-20,-29,-17,-12,-32,-33,-37;
/M: SY='V';  M= 17,-22,-26,-14,-17,-25,-25, 13,-16, -3, -2,-21,-27, 30,-17,-10, -6, 45,-35,-17;
/M: SY='R';  M= 11,-32,-18, -6,-29,-24, -8,-32, 18,-27,-17,-11,-27,  4, 73,-10,-16,-24,-29,-17;
/M: SY='R';  M= 33,-26,-19, -8,-29,-16,-12,-28, 10,-25,-16,-12,-25,  0, 60, -5,-13,-18,-29,-19;
/M: SY='P';  M=-11,-29,-20,-12,-24,-23,-17, -8,  1,-19,-13,-15, 44, -7, 42, 14, -7, 15,-34,-20;
/M: SY='T';  M= 10,-20, -7, 26,-23,-18,-18, -8, -9,-17,-14, -8,-16, -6,-16, 23, 29, 14,-37,-21;
/M: SY='P';  M= -6,-23,-14,-15,-28, 22,-21,-22,-14,-26,-20, -5, 46,-15,-22, 19, 44,-16,-36,-25;
/M: SY='E';  M=-15,-32, 37, 43,-37,-18, -3,-34,  2,-32,-23, 37,-17, 39, -5, -5,-10,-32,-39,-23;
/I:         E1=0; IE=-255; DE=-255;

» more

Post-processing [info]

PROMOTED_BY

PS50893

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_03 which contains 573'661 sequence entries.

Total number of hits	16 in 16 different sequences
Number of true positive hits	16 in 16 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	V_Lesaux
Version [info]	4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

16 sequences

NIKE_BRUA2  (Q2YL69), NIKE_BRUAB  (Q578S7), NIKE_BRUME  (Q8YCN7),

NIKE_BRUSU  (Q8FVN0), NIKE_ECO57  (Q8X4L6), NIKE_ECOL5  (Q0TBX8), 
NIKE_ECOL6  (Q8FCM9), NIKE_ECOLI  (P33594), NIKE_ECOUT  (Q1R5D8), 
NIKE_PSEPK  (Q88HL0), NIKE_RHORT  (Q2RS22), NIKE_SHIBS  (Q31VE6), 
NIKE_SHIDS  (Q32AQ1), NIKE_SHIF8  (Q0SZJ3), NIKE_SHIFL  (Q83J77), 
NIKE_SHISS  (Q3YW48)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment