PROSITE logo

PROSITE entry PS51309


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry

Entry name [info] PABC
Accession [info] PS51309
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-APR-2007 CREATED;
01-OCT-2013 DATA UPDATE;
29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC51309
Associated ProRule [info] PRU00641

Name and characterization of the entry

Description [info] Poly(A)-binding protein C-terminal (PABC) domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=80;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=80;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2303166; R2=0.0056120; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1118; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=619; N_SCORE=5.7; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: M0=-17; D=-100; I=-100; B1=-1000; E1=-1000; MI=-255; MD=-255; IM=-255; DM=-255;
...
                A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y
/I:         B1=0; BI=-255; BD=-255;
/M: SY='Q';  M=-11,-48, 10, -4, -7,-15,-29, -5,-26, -1,  7,-29, 22, 60, -2, -5,  3,-11,-42, 13;
/M: SY='T';  M=  1,-43,-10, -4, -2, 17,-37, 13,-35, -3, 10, -5, -4, -3,-40,-26, 32, 16,-44, 11;
/M: SY='D';  M=-32,-48, 37,-20,-46, -5,-30, -9, 34,-11,-34, 11, 29, 27,  8,  7,  1,-38,-52,-38;
/M: SY='N';  M= 14,-43, -2, 26,-14,-35,-30,  8, -7,-22,-32, 32,  8,-24, -6, 24,  0,-13,-46,  9;
/M: SY='Q';  M=  7,-44, -7,-26,  9,-13,-30,-12,  0, -2,-29, 27,  2, 45,  6, 19,  2,-33,-46,-32;
/M: SY='M';  M= 33,-39,-41,-39,  0,-36,-37, 25,-37,  0, 51, 11,  1,-34,-41, 15,  0,  7,-47,-31;
/M: SY='E';  M= -3,-45,-18, 50, -6, -5,-29,-19,-24,-44,-39, 36, 22,  6,-31, 35, -4,-39,-51,-38;
/M: SY='D';  M= -4,-47, 65, 19,-43,-39,-29,-13,-26,-21,  0,-21,-39, 41,-32, -7,  8,  4,-54, -3;
/M: SY='F';  M= -9,-42,-11,-38, 52,-47,-36, -2,-37, 46,-14, -6,-50, 15,-10,-10, -9,-21,-36,-17;
/M: SY='A';  M= 44,-40, 25, -3,-40,-33,-34,-29,  4, 16,-27,  0,-41, 19,-31,  9,-26, -5,-51,-37;
/M: SY='K';  M= 19,-42,  6,-21,-48,-31,-28,-43, 40,-44,  4, 38, -2, 22,  7, 25,  8,-39,-52,-39;
/M: SY='A';  M= 29,-43, -2, 18, -3,-41,-35,  2, 19, 25, 28,-34,-41, 18,-28,-30,-30,-12,-45,-31;
/M: SY='P';  M=-30,-47,-30,-27,-44,-36, 17,-41, -9,-46,-37, 15, 78,  5,-35, 19, 47,-39,-51,  0;
/M: SY='P';  M=-15,-50, 20, 21,-45,-42,-36,-12,-29, -6,-31,-32, 72, 31,-36,-28, 19, -1,-53,-41;
/M: SY='E';  M=-31,-52, 53, 53,-51,-15,-25,-52,  0,-49,-42,-20,  0, 53,-24, 12,-29,-49,-50, -2;
/M: SY='Q';  M=  6,-46, 25, 41,-50,-34,-26,-41, -2,-42,  5, 28,-36, 57,-24, 21,-25,-15,-53,-39;
/M: SY='Q';  M= -7,-51,-27,  3,  7,-39, 52,-46, 17,-40,-30,-23,-39, 91, -2, -6,-32,-45,-44,-26;
/M: SY='R';  M=-37,-49, 10,-20,-41,-46,-28,-39, 60,  3, 27,-26,-42,-16, 62,-33,-33,-38,-47,-34;
/M: SY='Q';  M=-14,-50,  2,  8,-52,-14,-22,-46,-13,-42, 14, 26,-39, 82, 35, -2,-13,-44,-49,-35;
/M: SY='I';  M= 19,-43,-48,-39, 15,-46,-39, 40,-39, 23, 37,-42,-46, 31,-40,-34,-30, 20,-41,  2;
/M: SY='L';  M=-37,-42,-57,-50,-15,-59,-45, 44,-50, 65, -3,-53,-53,-44,-49,-47,-32, 20,-45,-27;
/M: SY='G';  M= -8,-48,-35,-39,-55, 85,-39,-59,  2,-55,-44,-22,-39, 16,-38,-21,-38,-53,-45,-47;
/M: SY='E';  M=-33,-51, 20, 74,-55,-40,-22,-53,  7,-49,-41, 37,-33, 52,-20,-25,-30,-49,-53,-42;
/M: SY='R';  M=-15,-46,-38,-10,-28,-46,-30, -4,  1, 23, 42,-12,  6,  4, 43,-31, 16,-26,-42, 20;
/M: SY='L';  M=-36,-40,-52,-46,-15,-55,-40,  8,-47, 73, -3,-49,-52,-41,-46,-18,  6,-12,-44,-26;
/M: SY='Y';  M=-43,-50,-45,-43, 62,-50, 17,-27,  1,-21, 20,-41,-53,-36,-32,-39,-37,-31, -8, 97;
/M: SY='P';  M=-34,-53,-31,  0, -2,-38,-30,-17, -8,-43,-36, 17, 85, 13,-35, 12,-28,-41,-39, 34;
/M: SY='K';  M=-37,-48,-37,-26,-27,-48,-29, -1, 62, 23, 16,-31,-43,-21, 34,-36,-32,-29,-37, 33;
/M: SY='V';  M=-29,-43,-56,-52,-24,-59,-58, 64,-48, -8,-11,-49,-49,-48,-51,-41,-25, 70,-53,-31;
/M: SY='Q';  M=-31,-48,-24, 45, 15, -9, 36,-36,  8, -7,-30,-28,-39, 48,  4,  7,-31, -5,-46,-28;
/M: SY='E';  M= 29,-46, 31, 35,-52,-35,-29,-46, 14,-45,-38,-24, -4, 35, 27,  9,-27,-25,-51,-40;
/M: SY='H';  M=-33,-45,-35, -6,-31,-46, 40, -2, 28, 29, 27, -4,-43, 11, 19, -5, -8, -1,-49,-29;
/I:         I=-9; MD=-23;
/M: SY='L';  M=-60,-71,-16,-63,-56,-33,-69,-40,-26, 14,-44,-65,  1,-65,-66,-62,-20,  4,-78,-62; D=-9;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='Q';  M=-59,-76,  5,-12,-80,-25, 17,-80, 12,-77,-66,  9,-65, 18,-45,-21,-55,-77,-82,-63; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-23;
/M: SY='N';  M=-16,-46, 40, 38, 25,-39, 29,-40,-24,-39,-35, 40,-39, 26,-30,-25,  7,-19,-46, 12;
/M: SY='P';  M=  5,-52,-28, 25,-50,-39,-35, -3, 36,-45,-36, -4, 76,  8,-25,-11,-28,-38,-49,-44;
/M: SY='Q';  M=  9,-48, 36, 41,-54, -8,-29,-48, 15,-47,-40,-22,  9, 49,-24,  5,  9,-43,-52,-41;
/M: SY='H';  M= -2,-43,-38,-36, 39,-43, 59,-24,-13, 26,-19,  7,-47,  3,-34, -1,  2, -6,-38, 24;
/M: SY='A';  M= 73,-35,-40,-34,-42,-25,-43,-33,-35,-37,-33,-34,-38,-32,-40, -4, 22, -6, 59,-37;
/M: SY='P';  M= 17,-46,-32,-32,  9, 36, 21,-46, 20,-45,-37, 20, 46,-30,-31,  5,-29,-42,-43,  0;
/M: SY='K';  M=-35,-50,-27,-14,-50,-42, 46,-52, 84,-48,-35,-20,-36, 24, 24,-28,-31,-48,-47,-32;
/M: SY='I';  M=-35,-47,-57,-54,-20,-61,-55, 82,-50, 18, -7,-49,-48,-47,-53,-45,-29, 34,-47,-29;
/M: SY='T';  M=  3,-34,-32,-34,-38,-38,-41,-25,-31,-33,-30,-22,-33,-34,-38, 13, 88, 14,-59,-37;
/M: SY='G';  M=-23,-49,-27, 22,-54, 84,-38,-61,-35,-56,-46,  9,-38,-31,-43,-22,-37,-54,-47,-49;
/M: SY='M';  M=-34,-42,-56,-46,-22,-49,-29, 27,-40, 11,120,-43,-43,-32,-38,-43,-32,-10,-46,-22;
/M: SY='L';  M=-38,-42,-57,-49,  6,-57,-41, 33,-49, 67, 43,-53,-53,-42,-47,-48,-34, -8,-42,-23;
/M: SY='L';  M=-35,-41,-51,-46,-17,-53,-42, 31,-46, 66, -5,-46,-50,-40,-46, -2,  7, -9,-45,-27;
/M: SY='E';  M=-34,-53, 69, 72,-57, -9,-25,-57,-19,-51,-48,-18,-32, 18,-28,-27,-32,-51,-58,-44;
/M: SY='M';  M=-37,-46,-46,-38,  7,-49, 23, 10,  0, 34, 70,-41, 48,-34,-37,-39, -5,-20,-45,-26;
/M: SY='D';  M=-30,-48, 70, 26,-54,-14,-29,-51,-26,-52,-47,  5, 42,-24,-35, 30, 10,-47,-61,-43;
/I:         I=-26; MI=0; MD=-65; IM=0; DM=-65;
/M: SY='N';  M=-34,-47,-21, -2,-47,-34,-26,  5,  8,-43,-34, 69, 45, 37, -6,-22, 16,-37,-55,-41;
/I:         I=-26; MI=0; MD=-65; IM=0; DM=-65;
/M: SY='E';  M= 16,-45, 27, 37,-51, -1,-32,-48,  8,-48,-41,-22, 27,  6,-29, 35,  6,-41,-53,-42;
/M: SY='E';  M=-33,-53, 50, 82,-57,-44,-25,-56,  3,-49,-45,-22,-31, 28,-23,-27,-32,-50,-55,-43;
/M: SY='I';  M=-15,-45,-56,-52,-21,-58,-54, 72,-49, 25, -8,-49,-48,-46,-51,-43,-29, 42,-48,-29;
/M: SY='L';  M=-38,-43,-57,-51, 33,-59,-45, 46,-50, 58, -5,-52,-53,-46,-49,-47,-33, 15,-39,-20;
/M: SY='H';  M= -1,-45, 23, 44,-44,-35, 59,-43,-25,-10,  4, 34,  0,-19,-30, 25,-26,-41,-58,-34;
/M: SY='M';  M=-35,-42,-54,-47, 10,-53,-39, 16,-44, 46, 76,-47,-48,-39,-44,-42,  6, 13, 51,-21;
/M: SY='L';  M=-37,-41,-57,-50, 46,-57,-44, 20,-50, 59, -6,-53,-55,-47,-48,-46,-33, 26,-37,-17;
/M: SY='E';  M= -1,-46, 34, 57,-46,-38,-29,-44, 28,-44,-40,-22,-33,-16,-23, 22,  9,-15,-50, -4;
/M: SY='D';  M=-26,-42, 60, 11,-51,-28,-24,-49,-24,-52,-45, 56,-38,-21,-32, 51,  3,-45,-63,-41;
/M: SY='E';  M= -9,-52, 45, 55,-52,-41, 29,-45,  0,-47,-41,-25, 54,-20,-30,-11,-29,-11,-57,-41;
/M: SY='E';  M=-33,-49, 43, 56,-16,-39,-25,-51, 36,-48,-42, 25,-35, 34,-18,  1,-28,-48,-52,-38;
/M: SY='E';  M= 13,-43, 18, 42,-38,-14,-32,-31,-27, 20,  7,-28,-37, 19,-33, -6, 31,-30,-51,-37;
/M: SY='L';  M=-40,-42,-57,-50, 48,-57,-40, 15,-50, 66, 20,-53,-55,-45,-47,-48,-35,-12,-35,-16;
/M: SY='N';  M=-14,-46, -2, -2,-45,-37, 13,-11, 23,-24,-31, 54,-42, 44, 33, -8,-27, -3,-53,-36;
/M: SY='E';  M= 16,-44, 37, 46,-50,-35,-30,-42,  3,-44,-39,-21,-34, 26,-27, 22, 25,-17,-55,-40;
/M: SY='R';  M=-37,-51,-31,-23,-29,-44, 36,-44, 53,-39, 12,  8,-43,  9, 55,-31,-33,-43,-34, 52;
/M: SY='I';  M=-31, 20,-56,-52,  2,-58,-52, 62,-48,  4,-12,-49,-50,-48,-50,-42,-28, 59,-46,  5;
/M: SY='D';  M= -5,-47, 51, 25,-54, -4,-24,-50, 12,-50,-41, 46,-37, 48,-24, -2, -6,-47,-56,-41;
/M: SY='E';  M=-33,-52, 46, 84,-55,-44,-25,-54,-16,-49,-45,-23,-30, 20,-25,-26,  0,-48,-55,-43;
/M: SY='A';  M= 76, 14,-39,-35,-48, 28,-42,-41,-36,-42,-35,-32,-39,-33,-41,-15,-26,-28,-48,-45;
/M: SY='M';  M=-32,-42,-50,-47,  2,-50,-41, 48,-44, 36, 54,-12,-48,-39,-45,  7,-27, 25,-46,-26;
/M: SY='E';  M=  6, 12, 35, 66,-53,-22,-28,-50,  8,-47,-42,  8,-33, 19,-25,-23,  9,-43,-55,-43;
/M: SY='V';  M= 22,-40,-50,-41,-25,-47,-44, 10,-42, 42,-11,-46,-49, 14,-42,-34,-28, 50,-49,-31;
/M: SY='I';  M=-39,-46,-55,-51,  8,-58,-39, 57,-48, 52, -6,-51,-52,-43,-47,-46,-34, -5,-33, 43;
/M: SY='Q';  M=-12,-49,-27, 21,-44,-42,-28,  2, 37, -9,-29, 16,-39, 48, 43,-27, -4,-34,-48,-35;
/M: SY='E';  M= -2,-47,-18, 64, -5, -8, 17,-43,  9,-24,-36,-27,-34,  6, -4, 23,-28,-19,-48,-35;
/M: SY='H';  M= -2,-45,-26, 14,  9,-35, 63,-39, -4,-38,-33, 38,-41,  7,-28, 25,-27, -9, 51, 24;
/M: SY='Q';  M= 21,-43,-34,-23, -4,-14,-32,-13, 33,  0,-27,-27,-39, 58,-21,  6, 13,-17,-45,-32;
/M: SY='Q';  M=  2, 37,-10,  5,-48, -1,-31,-44, 39,-22,-35,  3, -4, 42,  0, 11,  9,-40,-50,-39;
/I:         E1=0; IE=-255; DE=-255;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_03 which contains 571'609 sequence entries.


Total number of hits 54 in 54 different sequences
Number of true positive hits 54 in 54 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 1
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 98.18 %

Comments [info]

Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] PABC
Version [info] 4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
54 sequences

EPABA_XENLA (Q98SP8), EPABB_XENLA (Q6GR16), EPAB_XENTR  (Q6DEY7), 
HYD_DROME   (P51592), MPC_ARATH   (Q9LT82), PABP1_BOVIN (P61286), 
PABP1_HUMAN (P11940), PABP1_MOUSE (P29341), PABP1_PONAB (Q5R8F7), 
PABP1_RAT   (Q9EPH8), PABP2_ARATH (P42731), PABP3_ARATH (O64380), 
PABP3_HUMAN (Q9H361), PABP4_ARATH (O22173), PABP4_HUMAN (Q13310), 
PABP5_ARATH (Q05196), PABP7_ARATH (Q9ZQA8), PABP8_ARATH (Q9FXA2), 
PABPA_DANRE (F1QB54), PABPA_XENLA (P20965), PABPB_XENLA (Q6IP09), 
PABP_ASPCL  (A1CRM1), PABP_ASPFU  (Q4WK03), PABP_ASPNC  (A2Q848), 
PABP_ASPOR  (Q2UK72), PABP_ASPTN  (Q0CR95), PABP_CANAL  (Q5AI15), 
PABP_CANGA  (Q6FKG4), PABP_CHAGB  (Q2GSX8), PABP_COCIM  (Q1DXH0), 
PABP_CRYNB  (P0CP47), PABP_CRYNJ  (P0CP46), PABP_DEBHA  (Q6BI95), 
PABP_DROME  (P21187), PABP_EMENI  (Q5B630), PABP_EREGS  (Q74ZS6), 
PABP_KLULA  (Q6CSV3), PABP_LODEL  (A5DW14), PABP_NEOFI  (A1D4K4), 
PABP_NEUCR  (Q7S6N6), PABP_PHANO  (Q0U1G2), PABP_PICGU  (A5DM21), 
PABP_PICST  (A3LXL0), PABP_PYRO7  (A4QUF0), PABP_SCHPO  (P31209), 
PABP_USTMA  (Q4P8R9), PABP_YARLI  (Q6CDH3), PABP_YEAST  (P04147), 
PAP1A_DICDI (Q54BM2), PAP1B_DICDI (Q1ZXC2), PAP1L_HUMAN (Q4VXU2), 
UBR5_HUMAN  (O95071), UBR5_MOUSE  (Q80TP3), UBR5_RAT(Q62671)
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
1 sequence

RRM4_USTMA  (A0A0D1DWZ5)

		
PDB
[Detailed view]
30 PDB

1G9L; 1I2T; 1IFW; 1JGN; 1JH4; 2RQG; 2RQH; 2X04; 3KTP; 3KTR; 3KUI; 3KUJ; 3KUR; 3KUS; 3KUT; 3NTW; 3PKN; 3PTH; 4IVE; 6R5K; 7BN3; 7PZE; 8BJA; 8C06; 8C07; 8D4X; 8E0Q; 8EWI; 8P82; 8P83
» more