PROSITE logo

PROSITE entry PS51342


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry

Entry name [info] COLIPASE_2
Accession [info] PS51342
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-DEC-2007 CREATED;
26-FEB-2020 DATA UPDATE;
29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC00111
Associated ProRule [info] PRU00674

Name and characterization of the entry

Description [info] Colipase family profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=85;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=80;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1244767; R2=0.0089201; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=9717.3603516; R2=13.8706970; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=883; H_SCORE=21965; N_SCORE=10.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=491; H_SCORE=16528; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-11; D=-20; I=-20; B1=-400; E1=-400; MI=-255; MD=-255; IM=-255; DM=-255;
...
                A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y
/I:         B1=0; BI=-255; BD=-255;
/M: SY='G';  M= -3,-24,-15,-24,-30, 63,-23,-31,-18,-30,-23, -2,-18,-19,-26,  3, 30,-23,-31,-27;
/M: SY='I';  M=-18,-29,-26,-17, -7,-35,-24, 41, 27, 22,  6,-19,-25,-13, -6,-21,-12, 12,-26,-11;
/M: SY='Y';  M=-18,-30,-33,-32, 11,-38,-15, 44,-27, 16,  8,-29,-31,-23,-27,-24,-13, 24, -6, 51;
/M: SY='I';  M=-17,-27,-16,-27, -9,-26,-20, 52,-20,  4,  3, 39,-27,-19,-26,-15, -7, 16,-33,-14;
/M: SY='N';  M=-17,-21,  1,-15,-15,-12, -2,-10, -8, 18, -5, 67,-30, -8,-15, -5, -4,-15,-40,-18;
/M: SY='L';  M=-20,-22,-38,-30,  7,-39,-21, 15,-31, 58, 19,-37,-37,-24,-28,-30,-16,  7,-24, -6;
/M: SY='E';  M=-15,-34, 45, 64,-38,-26, -6,-38,  3,-31,-28, -3,-11,  9, -7, -9,-13,-31,-38,-26;
/M: SY='N';  M=-17,-26, 34, 28,-17,-21, -7,-12, -8, 19, -7, 34,-23, -4,-15,-11,-10,-15,-37,-18;
/M: SY='G';  M= -6,-30,-14,-15,-35, 63,-19,-40, 29,-36,-25, -2,-19, -9, -5, -5,-17,-34,-26,-27;
/M: SY='E';  M=-13,-34, 16, 73,-37,-29, -6,-38,  6,-30,-26,-10, -8, 13, -4,-10,-14,-30,-33,-27;
/M: SY='L';  M=-10,-22,-26,-23, -4,-24,-21, 25,-23, 36,  7,-19,-28,-16,-24, 24, -5,  6,-28,-11;
/M: SY='C';  M=-14,129,-34,-34,-24,-30,-34,-31,-30,-22,-22,-20,-45,-38,-36,-17,-14,-19,-54,-35;
/M: SY='M';  M=-18,-25,-38,-31,  2,-38,-22, 39,-28, 41, 46,-31,-31,-22,-28,-28,-14, 15,-25, -6;
/M: SY='N';  M=-17,-25,  5, -8,-30,-10,  2,-31,  8,-34,-21, 68,-27,  1, 41, -2, -5,-31,-42,-22;
/M: SY='S';  M=  0,-18, -1,-10,-28, -3, -6,-28, -7,-32,-23, 45,-19, -2,-13, 51,  8,-23,-40,-21;
/M: SY='Q';  M= 43,-21,-17, -4,-29, -9,-13,-17, -7,-15, 17,-12,-20, 44, -9,  1, -9,-10,-27,-18;
/M: SY='Q';  M=-15,-37, 45, 14,-42,-19, -2,-32,  3,-28,-17,  2,-20, 70,  1, -4,-13,-32,-33,-17;
/M: SY='C';  M=-14,129,-34,-34,-24,-30,-34,-31,-30,-22,-22,-20,-45,-38,-36,-17,-14,-19,-54,-35;
/M: SY='K';  M=-15,-31,  1, 40,-33,-25,-10,-34, 56,-31,-21, -3,-13,  9, 16,-10,-11,-28,-28,-21;
/M: SY='S';  M=  3,-16, -9,-11,-25, -7,-15,-21,-10,-25,-20,  2,-15, -5,-16, 52, 39,-14,-37,-19;
/M: SY='G';  M= -7,-27, -7,-12,-34, 49,-10,-35, -5,-34,-23, 35,-22, 21, 10, 11,-10,-32,-32,-24;
/M: SY='C';  M=-14,129,-34,-34,-24,-30,-34,-31,-30,-22,-22,-20,-45,-38,-36,-17,-14,-19,-54,-35;
/M: SY='C';  M=-14,129,-34,-34,-24,-30,-34,-31,-30,-22,-22,-20,-45,-38,-36,-17,-14,-19,-54,-35;
/M: SY='Q';  M=-13,-37, -7, 11,-39,-21, 38,-30,  6,-23,-10, -2,-20, 80,  6, -3,-16,-31,-28,-10;
/M: SY='H';  M=-22,-35, -9, -6,-23,-26, 95,-38,  3,-23,-10,  0,-25,  2, 42,-13,-20,-35,-46,  4;
/M: SY='D';  M= 26,-22, 45, -2,  8,-10,-14,-24,-13,-24,-22, -1,-21,-10,-18, 24, -3,-17,-32,-14;
/M: SY='P';  M= -3,-23,-12,-10,-29,-11,-17,-23,-12,-29,-21, -5, 58, -9,-19, 40, 28,-19,-36,-24;
/M: SY='P';  M= 16,-30, 42, -4,-26,-18,-19, 15,-16,-17,-14, -9, 46,-15,-24, -9,-10, -6,-36,-23;
/M: SY='L';  M=-19,-21,-15,-22, -2,-24,-11,  5,-19, 44,  9, 38,-34,-16,-21,-17,-10, -2,-31,-11;
/M: SY='C';  M= -3, 82,-20,-25,-30, 48,-24,-35,-21,-31,-25, -6,-26,-19,-28, 22, -9,-26,-36,-29;
/M: SY='L';  M=-16,-26,-13, 31, -6,-36,-19, 17,-15, 35,  6,-25,-24, -9,-20,-21,-13, 13,-29,-13;
/M: SY='A';  M= 44,-15,-15,-11,-28, -2,-18,-22,-13,-24,-18, -6,-18, -7,-17, 40,  3,-11,-32,-22;
/M: SY='H';  M=-21,-36,-13, -5,-26,-28, 67,-37, 15,-26,-13, -4,-27,  5, 66,-13,-19,-32,-36, -5;
/M: SY='C';  M=-14,129,-34,-34,-24,-30,-34,-31,-30,-22,-22,-20,-45,-38,-36,-17,-14,-19,-54,-35;
/M: SY='A';  M= 48,-14,-17,-13,-26, -7,-22,-16,-14,-19,-14,-10,-17,-13,-20,  8, 34, -5,-32,-22;
/M: SY='E';  M=-14,-32, 24, 37,-26,-23, 29,-25, -2, -5,-16, -7, 26,  1, 12,  6,-11,-24,-36,-17;
/M: SY='K';  M=-15,-29,-10,  3,-28,-23,-11,-24, 63,-21, 18, -3,-17,  6, 20,-11,-11,-22,-25,-16;
/M: SY='A';  M= 49,-19,-20,-17,-31, 41,-23,-25,-18,-25,-18,-11,-20,-15,-23,  4,-10,-13,-28,-26;
/M: SY='S';  M= -1,-21,-13,-10,-25,-10,-10,-23,  0,-22, 13, -2,-20,  0, 32, 49,  4,-18,-33,-16;
/M: SY='E';  M=-13,-34, 16, 73,-37,-29, -6,-38,  6,-30,-26,-10, -8, 13, -4,-10,-14,-30,-33,-27;
/M: SY='N';  M=-11,-23,  5,-15,-32, 41, -3,-33, -7,-38,-25, 68,-25, -8,-15,  1, -5,-33,-41,-27;
/M: SY='S';  M=  6,-17, -9,-10,-27, -2,-12,-27,-10,-30,-24,  3,-17, -1,-14, 63, 11,-19,-36,-19;
/M: SY='E';  M=-13,-29,  1, 50,-18,  7,-13,-14, -6, 19, -6,-16,-17,  1,-14,-14,-15,-15,-29,-19;
/M: SY='C';  M=-14,129,-34,-34,-24,-30,-34,-31,-30,-22,-22,-20,-45,-38,-36,-17,-14,-19,-54,-35;
/M: SY='S';  M=  1,-23, -8, -1,-32, -7, -8,-27, -4,-28,-19,  1,-18, 46, -6, 51,  5,-22,-32,-17;
/M: SY='P';  M=  6,-26,-18,-13,-27,-20,-24,-10,-15,-21,-15,-15, 70,-18,-24, -3, 33,  4,-36,-26;
/M: SY='Q';  M=-15,-33,-10,  7,  9,-23, -5,-26, 35,-21,-12, -5,-20, 64, 10, -6,-14,-26,-20, -7;
/M: SY='T';  M= -5,-16,-17,-18,-16,-26,-26,  5,-15, -7, -6, -8,-17,-19,-22,  4, 56, 29,-41,-17;
/M: SY='F';  M=-22,-25,-39,-34, 50,-39,-25, 32,-32, 38, 11,-33,-35,-30,-30,-29,-16, 10,-12,  7;
/M: SY='Y';  M=-26,-31,-28,-30, 57,-32,  3, -7,-22, -2, -3,-27,-37,-21,-19,-22,-19,-12, 16, 80;
/M: SY='G';  M= -2,-30,-17,-29,-36, 78,-24,-44,-23,-39,-28, -3,-21,-20,-30, -2,-21,-37,-27,-31;
/M: SY='I';  M=-13,-30,-26,-13,-13,-33,-23, 43,-14,  4,  4,-19,-25, 41,-16,-15,-11, 30,-29,-12;
/M: SY='Y';  M=-24,-35,-24,-27, 28,-31, 10,-10,-18, -6, -3,-25,-36,-14,-15,-19,-19,-15, 20, 92;
/M: SY='Y';  M=-23,-36,-21,-18, 17,-31,  6,-16,  0,-12, -7,-19,-34, -6, 40,-18,-19,-19,  9, 77;
/M: SY='K';  M= 24,-24,-16, -4,-24,-17,-15,-19, 42, -2,-10, -9,-20, -1, 22, -6,-10,-14,-26,-18;
/M: SY='C';  M=-14,129,-34,-34,-24,-30,-34,-31,-30,-22,-22,-20,-45,-38,-36,-17,-14,-19,-54,-35;
/M: SY='P';  M=-19,-45,-20, -8,-39,-21,-23,-27,-16,-37,-23,-26,102,-20,-29,-17,-12,-32,-32,-36;
/M: SY='C';  M=-14,129,-34,-34,-24,-30,-34,-31,-30,-22,-22,-20,-45,-38,-36,-17,-14,-19,-54,-35;
/M: SY='E';  M=-15,-30,  5, 58,-18,-32,-11,-13, -3, 20, -6,-17,-16,  4,-11,-15,-14,-14,-30,-19;
/M: SY='R';  M=-20,-36,-16, -4,-29,-30, -5,-36, 23,-28,-17, -9,-29,  7, 80,-14,-19,-29,-29,-15;
/M: SY='G';  M= -6,-27, -6,-22,-34, 64,-13,-39,-14,-38,-27, 44,-23,-14,-22, -1,-13,-35,-33,-29;
/M: SY='L';  M=-20,-22,-38,-30,  7,-39,-21, 15,-31, 58, 19,-37,-37,-24,-28,-30,-16,  7,-24, -6;
/M: SY='T';  M= -5,-14,-10,-14,-20,-21,-21,-12,-10,-16,-13,  0,-12,-15,-19, 11, 69, -4,-41,-19;
/M: SY='C';  M=-14,129,-34,-34,-24,-30,-34,-31,-30,-22,-22,-20,-45,-38,-36,-17,-14,-19,-54,-35;
/M: SY='E';  M=-14,-30, 26, 52,-24,-27, -6,-15, -2, -8, 47,-10,-14,  5,-10,-14,-13,-16,-33,-17;
/M: SY='G';  M= -7,-30,-18,-26, -4, 57, -9,-28,-20,-25,-18, -8,-25,-16,-23,  8,-16,-27, -6, 48;
/M: SY='D';  M=-10,-28, 70,  9,-36,-12, -8,-35, -9,-35,-32,  9,-19, -5,-16, 29, -2,-30,-49,-22;
/M: SY='K';  M=-16,-31,-10,  4,-31,-24,-10,-33, 62,-30,-18, -2,-18,  7, 42,-11,-12,-28,-26,-18;
/M: SY='N';  M= -2,-17, -1,-11,-26, -6, -8,-24, -7,-29,-21, 45,-18, -5,-14, 42, 30,-18,-41,-21;
/I:         I=-6; MD=-71;
/M: SY='I';  M=-35,-46,-56,-53,-17,-60,-52, 45,-49,  9, -4,-47,-45,-44,-51,-44,-29,  9,-43,-26; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-71; MD=-71; IM=-71; DM=-71;
/M: SY='I';  M=-28,-41,-54,-50,-21,-57,-56, 34,-47, -5, -9,-47,-46,-46,-49,-39,-24, 32,-50,-29; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-71;
/M: SY='G';  M= -5,-31, -4, 32,-36, 63,-18,-42,-11,-36,-28, -5,-17, -7,-20, -4,-19,-35,-29,-29;
/M: SY='S';  M= 29,-20,-12, -5,-29, -8,-15,-25, 31,-27,-19, -4,-17, -1,  0, 33,  0,-16,-30,-21;
/M: SY='W';  M=-21,-37,-44,-36,  1,-38,-44, 52,-30,  6,  3,-35,-29,-27,-33,-29,-19, 15,107,  2;
/M: SY='T';  M= -9,-17,-17,-18,-10,-26,-21, -1,-16, 23,  0, -8,-19,-18,-22,  2, 55,  0,-35,-14;
/M: SY='N';  M= -7,-19,  6,-10,-29, -3,  0,-28, -4,-35,-23, 68,-23, -2,-11, 32,  4,-27,-44,-23;
/M: SY='T';  M= -9,-19,-18,-20,-14,-27,-26, 30,-16, -4, -3, -7,-16,-19,-24,  2, 56,  9,-36,-15;
/M: SY='N';  M= 25,-18,  4,-11,-30, -3, -3,-25, -5,-31,-20, 67,-24, -6,-13,  4, -1,-21,-42,-25;
/M: SY='Y';  M=-26,-31,-29,-30, 59,-33,  2, -7,-23, -1, -3,-27,-37,-22,-20,-22,-19,-12, 16, 79;
/M: SY='G';  M= -2,-30,-17,-29,-36, 78,-24,-44,-23,-39,-28, -3,-21,-20,-30, -2,-21,-37,-27,-31;
/M: SY='I';  M=-17,-31,-30,-23,-10,-38,-25, 47, -6,  4,  3,-22,-28,-14, 37,-22,-13, 24,-29,-12;
/M: SY='C';  M=-14,129,-34,-34,-24,-30,-34,-31,-30,-22,-22,-20,-45,-38,-36,-17,-14,-19,-54,-35;
/M: SY='H';  M=-17,-31,-15, -1,-17,-26, 56,-11, -6, 21,  2, -9,-25, 55, -5,-11,-17,-16,-30, -5;
/M: SY='D';  M=-19,-33, 70, 13,-38,-19, -8,-37, 32,-35,-30,  8,-19, -2,  1, -9,-10,-33,-44,-22;
/M: SY='I';  M= 18,-24,-28,-22,-14,-22,-30, 34,-22, -1, -1,-22, 26,-20,-27,  4, -5, 28,-32,-18;
/I:         E1=0; IE=-255; DE=-255;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_03 which contains 571'609 sequence entries.


Total number of hits 19 in 19 different sequences
Number of true positive hits 19 in 19 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] PS_Langendijk_Genevaux
Version [info] 6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
19 sequences

COLA_HORSE  (P02704), COLB_HORSE  (P02705), COLL1_HUMAN (A2RUU4), 
COLL2_HUMAN (Q6UWE3), COLL2_MOUSE (Q3UW21), COLL2_RAT   (D3ZVN1), 
COL_BOVIN   (A0JNQ7), COL_CANLF   (P19090), COL_CHICK   (P11148), 
COL_HUMAN   (P04118), COL_ICTTR   (Q91XL7), COL_MOUSE   (Q9CQC2), 
COL_MYOCO   (P42889), COL_PIG (P02703), COL_RABIT   (P42890), 
COL_RAT (P17084), COL_SQUAC   (P11149), COL_XENTR   (A9JSD6), 
TXI1A_ETHRU (P0DQE7)
» more

PDB
[Detailed view]
6 PDB

1ETH; 1LPA; 1LPB; 1N8S; 1PCN; 1PCO