PROSITE entry PS51425
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | SCD |
| Accession [info] | PS51425 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-JAN-2009 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51425 |
| Associated ProRule [info] | PRU00750 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Stromalin conservative (SCD) domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=86; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=81; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0093286; R2=0.0164597; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=6050.4150391; R2=5.0283017; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=516; H_SCORE=8645; N_SCORE=10.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=273; H_SCORE=7423; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-14; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='F'; M=-32,-50,-48,-58,-56, 69,-53,-21, 17,-55, 21, 5,-34,-51,-49,-44,-34,-29, -5,-16, 47,-49; /M: SY='V'; M= -7,-21,-39,-24,-18,-19,-24,-19, 16,-15, 9, 13,-14,-19,-17,-16,-12, -4, 18,-54,-27,-15; /M: SY='H'; M= -9, 2,-45, -1, 0,-38,-12, 16,-14, 0,-23,-12, 7,-12, 8, 1, -3, -5,-13,-50,-28, 5; /M: SY='R'; M=-18, -8,-39,-18,-18,-51,-36, 17,-20, 39,-40, -9, 1, -1, 9, 64, -8, -8,-29, 14,-49, -1; /M: SY='F'; M=-26,-37,-21,-45,-44, 28,-46,-15, 5,-36, 2, -3,-25,-39,-37,-29,-24,-20, -5,-26, 28,-39; /M: SY='R'; M=-20,-10,-48,-18,-16,-44,-37, 13,-16, 33,-27, 1, -1, -7, 9, 50,-11,-10,-24, 0,-45, -1; /M: SY='D'; M= 0, 40,-60, 50, 40,-70, 0, 0,-30, 0,-50,-40, 30,-20, 20,-20, 0, 0,-30,-80,-50, 30; /M: SY='I'; M= -5,-26,-23,-26,-23,-14,-23,-26, 34,-24, 12, 12,-19,-21,-25,-24,-11, 1, 32,-67,-26,-22; /M: SY='D'; M= -1, 4,-40, 6, 4,-41, -8,-10, -8,-11,-26,-19, 5,-16, -5,-16, -3, -3, -7,-63,-35, 1; /M: SY='P'; M= 4, 4,-45, 1, 4,-48, -8, -3,-21,-12,-30,-25, 4, 23, 3, -8, 4, -2,-16,-66,-42, 2; /M: SY='D'; M= -3, 19,-49, 21, 20,-51, -6, 5,-21, 3,-34,-21, 17,-11, 13, -8, 1, -1,-18,-60,-37, 16; /M: SY='I'; M=-10,-31,-32,-31,-30, 9,-31,-30, 57,-22, 23, 21,-21,-29,-29,-22,-21, -1, 39,-59,-21,-29; /M: SY='R'; M=-20,-10,-40,-20,-20,-50,-40, 20,-20, 40,-40,-10, 0, 0, 10, 70,-10,-10,-30, 20,-50, 0; /M: SY='I'; M= -9,-21,-16,-25,-24,-19,-25,-19, 5,-24, -4, -4,-18,-18,-20,-21,-10, -5, 4,-50,-20,-22; /M: SY='V'; M= -6,-13,-50,-14, -7,-20,-23,-21, 14,-19, 14, 12,-12,-21, -9,-26,-15, -7, 16,-62,-32, -7; /M: SY='C'; M=-17,-34, 73,-42,-49,-52,-25,-33,-20,-49,-53,-42,-33,-27,-51,-32, 4,-14,-11,-78,-11,-50; /M: SY='I'; M=-10,-32,-33,-36,-31, -1,-31,-29, 30,-30, 25, 19,-26,-26,-28,-29,-19, -6, 27,-54,-20,-28; /M: SY='D'; M= 0, 8,-48, 10, 9,-52, -8, -5,-17, 9,-29,-14, 8, -5, 9, 1, 3, 6,-16,-54,-43, 9; /M: SY='E'; M= 4, 4,-43, 5, 10,-36, -4, -9,-15,-15,-22,-19, 3, -9, 0,-23, -1, -4, -9,-64,-28, 6; /M: SY='L'; M=-21,-41,-49,-49,-43, 20,-47,-30, 21,-40, 46, 28,-37,-34,-29,-37,-33,-19, 16,-30,-10,-35; /M: SY='G'; M= -1,-11,-23,-15,-15,-27, 16,-20,-20,-24,-35,-29, -6,-17,-25,-32, 1, -3,-15,-56,-19,-20; /M: M= -9, -9,-42,-11, -8,-28,-24, -9, -3,-13, -5, -4, -7,-18, -6,-13,-12, -6, -1,-49,-27, -5; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='W'; M=-48,-45,-62,-60,-67, -8,-53,-27,-47,-36,-24,-44,-37,-53,-49, 4,-20,-43,-59,105, -9,-55; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='L'; M=-15,-34,-42,-40,-36, 13,-37,-28, 27,-29, 29, 25,-27,-30,-28,-28,-24,-12, 19,-44,-12,-31; /M: SY='N'; M= -7, 2,-49, 2, 3,-38,-16, -5,-10, 1,-20, -9, 4,-16, 1, -6, -5, -4,-11,-47,-32, 1; /M: SY='K'; M= -5, -2,-42, -4, -2,-37,-14, -5, -8, 4,-18, -4, 1, -9, 1, -2, -1, 4, -8,-46,-33, -1; /M: SY='Y'; M=-26,-34,-11,-43,-41, 28,-45,-10, -4,-42, -3,-11,-23,-40,-37,-37,-23,-21, -9,-28, 41,-38; /M: SY='P'; M= 3,-12,-37,-21,-14,-48,-15,-10,-24,-19,-26,-25,-10, 45, -5, -2, 6, -1,-18,-56,-45,-13; /M: SY='E'; M= 1, 10,-47, 10, 11,-46, -4, -4,-16, -5,-25,-17, 8, -6, 5,-13, 2, 2,-12,-62,-38, 7; /M: SY='Y'; M=-16,-22, -9,-27,-26, -5,-30,-10, -5,-29,-18,-17,-14,-25,-26,-26,-10,-11, -6,-49, 11,-26; /M: SY='F'; M=-36,-52,-48,-62,-61, 84,-56,-17, 4,-62, 13, -5,-34,-55,-54,-48,-36,-35,-19, -6, 68,-54; /I: I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; /M: SY='L'; M=-14,-27,-44,-34,-30, 2,-34,-22, 12,-26, 24, 16,-23,-23,-21,-25,-21,-10, 10,-33,-17,-25; /M: SY='D'; M= 0, 20,-51, 24, 22,-56, -3, 4,-23, 8,-37,-20, 18, -7, 16, -4, 5, 3,-21,-61,-40, 17; /M: SY='P'; M= 4, 7,-40, 4, 5,-55, -4, -5,-23, -3,-36,-25, 6, 16, 3, -1, 6, 2,-18,-56,-48, 3; /M: SY='T'; M= 0, 3,-32, 0, -2,-41, -7, -8,-15, 2,-29,-13, 4, -3, -4, -4, 6, 8,-13,-47,-32, -5; /M: SY='Y'; M=-28,-23,-28,-30,-31, 27,-43, 5,-15,-34,-17,-20,-11,-40,-26,-27,-21,-24,-24,-23, 42,-27; /M: SY='L'; M=-16,-35,-60,-43,-35, 11,-42,-29, 24,-30, 54, 38,-32,-28,-20,-33,-31,-12, 23,-33,-22,-27; /M: SY='R'; M=-15, -2,-51, -7, -7,-55,-24, 4,-20, 34,-35, -4, 5, -6, 8, 36, -3, -3,-26,-23,-45, 0; /M: SY='Y'; M=-37,-36,-15,-45,-44, 50,-56, 1,-18,-43,-14,-24,-19,-52,-39,-38,-28,-28,-27, -6, 78,-41; /M: SY='L'; M=-18,-33,-53,-40,-35, 20,-40,-26, 23,-34, 35, 23,-27,-32,-26,-33,-28,-15, 15,-34, -8,-30; /M: SY='G'; M= -4,-16,-44,-18,-18,-13, 12,-24,-12,-31,-21,-22,-11,-23,-27,-38, -6, -8,-13,-55,-20,-21; /M: SY='W'; M=-36,-29,-65,-39,-42,-20,-47,-14,-31,-18,-20,-27,-22,-38,-26, 10,-16,-29,-41, 60,-24,-31; /M: SY='A'; M= 3, -8,-23,-13,-11,-32, -3,-21, -5,-15,-15, -7, -7, -6,-15,-21, 2, 3, 0,-55,-34,-14; /M: SY='L'; M=-20,-37,-59,-45,-37, 15,-45,-28, 16,-38, 50, 31,-35,-31,-22,-37,-33,-20, 15,-30,-15,-29; /M: SY='H'; M= -5, 0,-33, -4, -4,-25,-15, 6,-15, -6,-26,-15, 4, -9, -1, -4, -1, -2,-15,-36,-16, -3; /M: SY='D'; M= 1, 38,-57, 47, 38,-68, 1, -1,-29, 0,-49,-39, 29,-18, 18,-19, 1, 1,-29,-77,-49, 28; /M: SY='K'; M= -2, 1,-36, -1, -1,-50, -8,-13,-12, 12,-31, -8, 4, -6, -3, 3, 5, 6,-11,-54,-39, -5; /M: SY='N'; M= -2, 5,-31, 3, 2,-38,-10, 1,-12, -7,-24,-13, 7, -9, 0, -9, 1, 0, -8,-51,-29, 0; /M: SY='A'; M= 8, 0,-30, -3, -3,-42, 7,-14,-10,-11,-25,-15, 2, 2, -9,-17, 8, 8, -3,-62,-38, -6; /M: SY='K'; M= -9, 5,-55, 6, 8,-55,-16, 0,-16, 19,-29, -7, 8,-12, 12, 12, -2, -1,-18,-50,-44, 9; /M: SY='V'; M= -2,-23,-27,-23,-18,-20,-20,-25, 31,-21, 11, 13,-15,-19,-23,-21,-10, 1, 34,-68,-31,-17; /M: SY='R'; M=-22,-14,-40,-23,-23,-48,-39, 8,-20, 30,-34, -8, -5, -9, 2, 52,-10,-12,-28, 9,-45, -7; /M: SY='Q'; M= -9, -5,-59, -4, 2,-35,-21, -8, -5, -2, -2, 3, -4,-15, 6, -8,-12, -8, -5,-52,-38, 4; /M: M=-10, -7, -3, -7, -8,-54,-18,-12,-19,-17,-41,-28, -8,-17,-10,-13, 0, -9,-15,-70,-29, -9; /M: SY='C'; M= 2,-15, 6,-20,-20,-41, -6,-23, -6,-24,-28,-20,-13,-10,-26,-20, 4, 1, 2,-63,-29,-22; /M: SY='L'; M=-14,-36,-52,-42,-34, 11,-39,-29, 28,-36, 47, 29,-32,-28,-25,-35,-28,-12, 27,-40,-19,-28; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='K'; M=-13, -2,-53, -3, -3,-47,-19, -4,-14, 21,-25, -1, 4,-16, 4, 12, -4, -1,-18,-42,-36, -1; /M: SY='A'; M= 6, -8,-34,-10, -9,-23, -4,-17, 3,-17,-11, -7, -5, -8,-14,-20, 0, 4, 4,-56,-29,-11; /M: SY='L'; M=-13,-35,-46,-40,-34, 7,-38,-30, 29,-34, 43, 26,-31,-27,-25,-33,-28,-11, 26,-41,-22,-29; /M: M= -8, -9,-42,-11, -8,-22,-21, -4, -4,-10,-10, -5, -4,-12, -3, -9, -9, -5, -6,-45,-23, -5; /M: SY='R'; M= -7, -5,-40, -8, -8,-36,-16, -1,-14, 7,-28,-12, 1, -8, -2, 9, -3, -3,-17,-37,-28, -4; /M: SY='L'; M=-19,-36,-61,-43,-34, 16,-45,-27, 17,-38, 53, 29,-33,-30,-21,-38,-34,-18, 17,-29,-14,-27; /M: SY='Y'; M=-20,-26,-21,-32,-31, 13,-34,-11, -5,-31, -9,-12,-16,-33,-29,-30,-17,-16,-10,-35, 23,-30; /I: I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23; /M: SY='E'; M= 1, 8,-44, 7, 9,-50, -3, 1,-19, 6,-34,-18, 9, -4, 7, 2, 3, 0,-17,-51,-41, 8; /M: SY='K'; M= -8, 8,-49, 7, 5,-50,-13, 7,-17, 22,-33, -8, 13,-10, 9, 16, 2, 2,-19,-42,-36, 5; /M: SY='E'; M= 1, 10,-40, 11, 13,-57, -6, -4,-23, 0,-36,-22, 8, -2, 8, -7, 4, 1,-18,-66,-41, 10; /I: I=-10; MD=-21; /M: SY='D'; M= 2, 12,-46, 13, 12,-46, -6, -4,-17, -4,-25,-18, 10, -2, 6,-12, 2, 2,-14,-59,-38, 8; D=-10; /I: I=-10; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21; /M: SY='L'; M=-11,-10,-46,-13,-11, -7,-23, -9, -1,-15, 2, 1, -7,-21, -8,-18,-12, -8, -4,-38,-12, -9; D=-10; /I: I=-10; DM=-21; /M: SY='R'; M= -9,-11,-39,-16,-14,-24,-25, -7, 2, 0, -9, 0, -6,-13, -7, 4,-10, -5, -3,-29,-30, -9; D=-10; /I: I=-10; DM=-21; /M: SY='A'; M= 5, 1,-40, 1, 3,-41, -5,-12,-12,-12,-24,-18, 2, 2, -3,-15, 2, 2, -8,-63,-37, 0; /M: SY='N'; M= 0, 8,-47, 9, 9,-52, -1, -2,-19, 9,-33,-14, 10, -7, 7, 1, 3, 0,-17,-53,-43, 7; /I: I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; /M: SY='L'; M=-18,-37,-17,-44,-43, -6,-38,-28, 7,-37, 8, 2,-32,-31,-35,-26,-19,-18, 5,-37,-13,-37; /M: M= -7, -7,-45, -9, -7,-37,-18, -7, -5, 0,-11, -2, -3,-13, -2, 0, -8, -5, -4,-43,-39, -3; /M: SY='Q'; M= -3, 2,-49, 0, 4,-34,-15, 3,-14, -8,-11, -8, 2, -9, 8,-10, -6, -4,-10,-49,-32, 6; /M: SY='F'; M=-25,-45,-59,-52,-48, 51,-48,-22, 14,-50, 31, 12,-34,-41,-37,-40,-34,-26, -1,-19, 22,-40; /M: SY='T'; M= -1,-17,-27,-21,-21,-20, -9,-24, 2,-24, -4, -4,-14,-13,-22,-26, -2, 5, 5,-52,-24,-21; /M: SY='E'; M= 0, 4,-43, 5, 7,-39,-10, -7,-14, -5,-25,-15, 5, -8, 2,-14, 0, 0,-11,-62,-28, 4; /M: SY='R'; M=-17, -8,-49,-14,-13,-40,-31, 5,-16, 26,-31, -3, 1,-11, 3, 35, -8, -9,-24,-13,-35, -3; /M: SY='F'; M=-30,-46,-45,-55,-54, 67,-48,-19, 10,-53, 12, -1,-30,-47,-48,-42,-30,-27,-11,-12, 47,-48; /M: SY='K'; M=-12, -4,-49, -7, -7,-47,-21, -6,-14, 27,-30, -2, 3,-13, 2, 22, -3, -1,-20,-32,-37, -4; /M: SY='E'; M= -4, 10,-49, 10, 12,-52,-10, 0,-21, 9,-31,-13, 10, -1, 11, 2, 1, -1,-19,-51,-42, 10; /M: SY='R'; M=-11, -3,-34, -8,-10,-44,-23, 6,-17, 14,-35,-14, 2, -3, 2, 24, -2, -4,-21,-24,-37, -3; /M: SY='L'; M=-15,-35,-56,-42,-35, 14,-40,-29, 27,-30, 47, 35,-30,-28,-22,-31,-30,-13, 23,-36,-20,-28; /M: SY='L'; M=-11,-32,-46,-37,-30, 3,-31,-29, 28,-30, 36, 27,-27,-26,-25,-32,-23, -9, 27,-49,-23,-26; /M: SY='E'; M= 2, 14,-46, 16, 18,-46, 0, -6,-18, -7,-29,-20, 11, -9, 5,-19, 2, -1,-12,-64,-36, 11; /M: SY='M'; M=-16,-33,-52,-40,-32, 6,-39,-30, 31,-16, 42, 49,-26,-29,-19,-23,-25,-10, 28,-47,-25,-25; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 17 in 17 different sequences |
| Number of true positive hits | 17 in 17 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | SCD |
| Version [info] | 4 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
17 sequences
REC11_SCHPO (Q92380), SCC3_ARATH (O82265), SCC3_CAEEL (Q19555), SCC3_SCHPO (O13816), SCC3_YEAST (P40541), ST3L1_HUMAN (P0CL83), ST3L2_HUMAN (P0CL84), ST3L3_HUMAN (P0CL85), STAG1_HUMAN (Q8WVM7), STAG1_MOUSE (Q9D3E6), STAG1_XENLA (Q9DGN1), STAG2_HUMAN (Q8N3U4), STAG2_MOUSE (O35638), STAG2_XENLA (Q9DGN0), STAG3_HUMAN (Q9UJ98), STAG3_MOUSE (O70576), STAG3_RAT (Q99M76)» more
|
| PDB [Detailed view] |
16 PDB
4PJU; 4PJW; 4PK7; 5QST; 5QSU; 5QSV; 5QSW; 5QSX; 6H8Q; 6QB5; 6QNX; 6RRC; 6WG3; 7W1M; 7ZJS; 8K4D » more |