 |
|
| Entry: PS51441 |
General information about the entry
| Entry name [info] | CPCD_LIKE |
| Accession [info] | PS51441 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-MAR-2009 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 07-APR-2021 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51441 |
| Associated ProRule [info] | PRU00771 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | CpcD-like domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=53; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=48; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1588817; R2=0.0153242; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2455.7473145; R2=2.6340206; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=414; H_SCORE=3546; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=284; H_SCORE=3204; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='G'; M= 2, 7,-23, 6, 1,-26, 11, -9,-26, -5,-25,-18, 10,-12, -3, -7, 8, -5,-20,-29,-21, -1; /M: SY='R'; M=-14, -4,-29, -4, 5,-25,-15, -3,-29, 28,-23,-10, 2,-15, 13, 41, -6, -8,-21,-21,-12, 7; /M: SY='L'; M= -5,-18,-19,-22,-15, -1,-23,-16, 5,-11, 8, 7,-15,-21,-11, -4, -8, 2, 8,-22, -5,-14; /M: SY='F'; M=-17,-27,-21,-33,-27, 53,-30,-12, 5,-24, 9, 2,-21,-29,-30,-18,-19, -8, 4, 7, 34,-27; /M: SY='R'; M=-10,-10,-20,-12, -4,-16,-22,-11,-15, 12,-10, -5, -6,-18, 0, 25, -5, 2, -7,-23,-10, -4; /M: SY='I'; M= -8,-28,-23,-33,-27, 4,-34,-23, 35,-25, 18, 15,-23,-25,-21,-24,-17, -7, 28,-18, 5,-27; /M: SY='E'; M= -8, -5,-23, -4, 14,-18,-22,-10,-12, 2,-11, -8, -7,-12, 5, 4, -2, 1, -7,-23,-12, 9; /M: SY='V'; M= 1,-26,-13,-28,-27, 3,-27,-25, 21,-19, 6, 6,-25,-27,-26,-19, -9, -1, 35,-20, -4,-27; /M: SY='T'; M= 6, -8, -9,-12, -9,-13,-13,-18, -6,-12, -9, -8, -6,-15,-10,-13, 13, 20, 3,-30,-14, -9; /M: SY='G'; M= 2, -9,-25,-11, -9,-24, 21,-13,-24, -6,-21,-10, -3,-16, -3, -7, 1,-10,-18,-21,-19, -6; /M: SY='M'; M= -1,-17,-21,-19,-13, -5,-15,-15, -1,-13, 0, 2,-13,-12,-11,-10, -5, -3, 0,-22, -8,-13; /M: SY='S'; M= 2, -5,-19, -8, -5,-22, 0,-10,-21, -1,-20,-13, 2, -9, -2, 3, 4, -3,-16,-26,-18, -5; /M: SY='Q'; M= -1, -4,-22, -7, -4,-19, -9, -9,-11, -2,-12, -6, 0,-17, 3, -1, 0, -3, -9,-24,-11, -1; /M: SY='N'; M= -2, -1,-25, -3, -4,-23, -1, -9,-19, -3,-22,-13, 4, 0, -1, -4, 4, -2,-18,-27,-17, -4; /I: I=-7; MD=-15; /M: SY='G'; M= 2, -3,-19, -4, -6,-20, 11,-11,-22, -4,-19,-13, 2,-10, -6, 0, 5, -1,-15,-23,-17, -7; D=-7; /I: I=-7; MD=-15; /M: SY='R'; M= -5, -2,-16, -3, -1,-10, -7, -3,-12, 1,-11, -7, -1,-11, 0, 5, 0, 0, -9,-12, 0, -2; D=-7; /I: I=-7; MD=-15; /M: SY='T'; M= 2, -4,-10, -6, -3, -8, -6, -8, -5, -4, -2, -3, -3, -6, -3, -4, 0, 3, -4,-14, -7, -3; D=-7; /I: I=-7; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15; /M: SY='R'; M= -7, -6,-17, -6, -2, -9,-14, -7, -8, 3, -7, -3, -4, -8, 0, 8, -5, -5, -5,-16, -6, -2; D=-7; /I: I=-7; DM=-15; /M: SY='V'; M= -7,-15,-15,-18,-14, 2,-21,-12, 7,-11, 5, 5,-13,-17,-11, -8,-10, -3, 10,-18, -3,-13; D=-7; /I: I=-7; DM=-15; /M: SY='R'; M=-15, -8,-28, -8, 1,-21,-18, -3,-27, 24,-21,-11, 0,-11, 9, 50, -5, -6,-19,-22,-12, 1; D=-7; /I: I=-7; DM=-15; /M: SY='R'; M= -8, -4,-23, -7, -3,-16,-17, -6,-19, 10,-15, -9, 2,-18, 3, 26, -1, 0,-13,-24,-10, -2; /M: SY='S'; M= 10, -4,-12, -6, -5,-20, 8,-14,-20,-12,-23,-16, 3,-13, -6,-13, 23, 10,-10,-33,-20, -6; /M: SY='N'; M= -2, 4,-16, -3, -3,-14,-13, -6,-11, -3,-15,-10, 11,-16, -4, -4, 7, 6,-10,-28,-10, -4; /M: SY='Q'; M= -5, -8,-21,-11, -4, -9,-19, -5,-10, 0,-11, -4, -5,-17, 5, 3, 1, 4, -8,-17, 2, -1; /M: SY='T'; M= -4, -7,-19, -8, 4,-12,-20, -9,-10, -1,-11, -7, -7,-14, -2, -1, 2, 5, -3,-25, -9, 1; /M: SY='Y'; M=-13,-22,-24,-24,-19, 18,-28, -7, 6,-12, 8, 4,-19,-26,-16, -9,-16, -7, 4, -2, 26,-19; /M: SY='V'; M= -9,-16,-21,-20,-13, -2,-27,-14, 6, -8, 5, 4,-13,-21,-12, -6,-10, 0, 8,-21, -1,-14; /M: SY='V'; M= -1,-30,-12,-31,-30, 0,-31,-30, 32,-21, 11, 11,-29,-29,-29,-21,-11, -1, 48,-29, -9,-30; /M: SY='P'; M= -4, -9,-30, -4, 0,-27,-11,-15,-21,-10,-30,-20, -7, 50, -7,-16, 5, 0,-24,-33,-26, -7; /M: SY='Y'; M=-15,-20,-26,-23,-19, 29,-25, 9, -3,-15, 3, 1,-17,-27,-14,-12,-18,-10, -8, 11, 46,-18; /M: SY='B'; M= -2, 14,-22, 14, 14,-25, -4, -5,-26, 1,-24,-19, 14,-10, 2, -4, 10, 2,-21,-33,-19, 8; /M: SY='R'; M=-12, 1,-28, 0, 10,-27,-17, 5,-24, 16,-21, -8, 6,-15, 24, 28, -2, -8,-24,-24,-11, 15; /M: SY='L'; M=-11,-27,-22,-31,-21, 6,-26,-13, 18,-22, 35, 32,-27,-26,-13,-16,-27,-11, 8,-10, 2,-16; /M: SY='S'; M= 0, 3,-16, -2, -2,-13, -7, -6,-16, -8,-19,-13, 13,-15, 1, -5, 19, 10,-13,-33,-14, 0; /M: SY='Q'; M= 6, 1,-20, 0, 7,-26, -9, -6,-20, -1,-21,-13, 3, -6, 13, -3, 11, 3,-17,-28,-17, 10; /M: SY='E'; M= 0, -1,-21, -2, 13,-20,-16, -9,-18, 3,-16,-11, -3, -9, 7, -3, 5, 8,-14,-24,-11, 10; /M: SY='M'; M= -9,-23,-21,-28,-19, 2,-28,-13, 19,-18, 20, 24,-21,-23, -9,-16,-17, -5, 12,-18, 2,-15; /M: SY='Q'; M=-12, -2,-25, -3, 12,-33,-20, 3,-22, 17,-21, -4, 0,-13, 38, 22, -4,-10,-25,-21,-11, 24; /M: SY='R'; M=-11, -3,-24, -5, 3,-19,-18, -3,-19, 12,-16, -8, 3,-17, 9, 26, -2, -2,-15,-24,-10, 4; /M: SY='I'; M=-10,-29,-26,-37,-28, 4,-37,-27, 41,-28, 22, 19,-21,-22,-21,-27,-20, -8, 26,-20, 0,-28; /M: SY='H'; M=-10, 5,-24, -1, -1,-18,-13, 25,-17, -4,-13, -4, 13,-18, 8, -2, -2, -6,-20,-27, -2, 2; /M: SY='R'; M= -8, -5,-27, -6, 4,-25,-16, -3,-26, 24,-22, -9, 1,-15, 15, 38, -3, -7,-19,-22,-12, 7; /M: SY='Q'; M= -5, -7,-20, -9, 0,-16,-18, -7,-12, 2, -7, 1, -6,-15, 9, 5, -2, 1,-11,-24, -9, 4; /M: SY='G'; M= 0,-10,-29,-10,-19,-30, 68,-20,-39,-20,-30,-20, 0,-20,-19,-20, 1,-19,-29,-21,-30,-19; /M: SY='G'; M= 6,-10,-23,-12,-18,-25, 52,-20,-34,-19,-26,-18, -2,-19,-18,-20, 3,-15,-24,-21,-26,-18; /M: SY='R'; M=-13, -4,-28, -5, 4,-24,-20, -7,-28, 37,-24,-10, 0,-14, 8, 42, -8, -6,-18,-21,-10, 4; /M: SY='I'; M= -8,-30,-26,-38,-30, 0,-38,-30, 46,-28, 18, 18,-22,-22,-22,-28,-18, -8, 34,-22, -2,-30; /M: SY='V'; M= 3,-23,-16,-26,-20, -3,-24,-22, 18,-18, 14, 9,-21,-24,-18,-18,-11, -4, 23,-25, -8,-20; /M: SY='S'; M= 4, 5,-16, 3, 3,-23, -3, -7,-22, 1,-28,-18, 13,-11, 3, -1, 23, 9,-16,-35,-18, 3; /M: SY='I'; M= -5,-30,-21,-35,-30, 0,-35,-30, 41,-25, 15, 15,-25,-25,-25,-25,-15, -5, 39,-25, -5,-30; /M: SY='T'; M= -1, 1,-16, -3, 2,-17,-16,-13,-16, -2,-17,-13, 2,-10, -1, -2, 16, 26, -8,-30,-13, 0; /M: SY='P'; M= -3,-12,-28, -8, 4,-20,-19,-16,-12, -8,-12,-11,-13, 27, -6,-13, -5, -5,-15,-28,-20, -3; /M: SY='A'; M= 17,-19,-16,-25,-17,-10,-16,-21, 8,-14, 3, 5,-17,-16,-15,-16, -5, -3, 13,-23,-12,-17; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 34 in 34 different sequences |
| Number of true positive hits | 34 in 34 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Taxonomic range [info] | Prokaryotes (Bacteria) |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | CpcD-like |
| Version [info] | 4 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
34 sequences
FENR_NOSS1 (P58558 ), FENR_NOSSO (P21890 ), FENR_SYNP2 (P31973 ), FENR_SYNY3 (Q55318 ), FENR_THEEB (Q93RE3 ), FENR_TRIV2 (Q44549 ), PYC1_ARTPT (P72506 ), PYC1_MASLA (P20116 ), PYC1_MICDP (P16569 ), PYC1_NOSS1 (P80558 ), PYC1_SYNP6 (P06114 ), PYC1_SYNY3 (Q01950 ), PYC1_SYNY4 (Q02925 ), PYC1_THEEB (P50036 ), PYR1_MASLA (P11398 ), PYR1_MICDP (P18542 ), PYR1_NOSS1 (P07123 ), PYR1_SYNP2 (Q05237 ), PYR1_SYNY3 (P73203 ), PYR1_THEEB (P50034 ), PYR2_MASLA (P11399 ), PYR2_MICDP (P18543 ), PYR2_NOSS1 (P31329 ), PYR2_SYNY3 (P73204 ), PYR3_MICDP (P11400 ), PYR5_MICDP (P11401 ), PYR6_MICDP (P14880 ), PYS1_MASLA (P11396 ), PYS1_MICDP (P11397 ), PYS1_NOSS1 (P07124 ), PYS1_SYNP2 (P31966 ), PYS1_SYNY3 (P73202 ), PYS1_THEEB (P50035 ), PYS2_MICDP (P14878 )» more
|
| PDB [Detailed view] |
2 PDB
1B33; 2B5O |
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission