PROSITE logo

PROSITE entry PS51441


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry

Entry name [info] CPCD_LIKE
Accession [info] PS51441
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-MAR-2009 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE;
29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC51441
Associated ProRule [info] PRU00771

Name and characterization of the entry

Description [info] CpcD-like domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=53;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=48;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1588817; R2=0.0153242; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2455.7473145; R2=2.6340206; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=414; H_SCORE=3546; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=284; H_SCORE=3204; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='G';  M=  2,  7,-23,  6,  1,-26, 11, -9,-26, -5,-25,-18, 10,-12, -3, -7,  8, -5,-20,-29,-21, -1;
/M: SY='R';  M=-14, -4,-29, -4,  5,-25,-15, -3,-29, 28,-23,-10,  2,-15, 13, 41, -6, -8,-21,-21,-12,  7;
/M: SY='L';  M= -5,-18,-19,-22,-15, -1,-23,-16,  5,-11,  8,  7,-15,-21,-11, -4, -8,  2,  8,-22, -5,-14;
/M: SY='F';  M=-17,-27,-21,-33,-27, 53,-30,-12,  5,-24,  9,  2,-21,-29,-30,-18,-19, -8,  4,  7, 34,-27;
/M: SY='R';  M=-10,-10,-20,-12, -4,-16,-22,-11,-15, 12,-10, -5, -6,-18,  0, 25, -5,  2, -7,-23,-10, -4;
/M: SY='I';  M= -8,-28,-23,-33,-27,  4,-34,-23, 35,-25, 18, 15,-23,-25,-21,-24,-17, -7, 28,-18,  5,-27;
/M: SY='E';  M= -8, -5,-23, -4, 14,-18,-22,-10,-12,  2,-11, -8, -7,-12,  5,  4, -2,  1, -7,-23,-12,  9;
/M: SY='V';  M=  1,-26,-13,-28,-27,  3,-27,-25, 21,-19,  6,  6,-25,-27,-26,-19, -9, -1, 35,-20, -4,-27;
/M: SY='T';  M=  6, -8, -9,-12, -9,-13,-13,-18, -6,-12, -9, -8, -6,-15,-10,-13, 13, 20,  3,-30,-14, -9;
/M: SY='G';  M=  2, -9,-25,-11, -9,-24, 21,-13,-24, -6,-21,-10, -3,-16, -3, -7,  1,-10,-18,-21,-19, -6;
/M: SY='M';  M= -1,-17,-21,-19,-13, -5,-15,-15, -1,-13,  0,  2,-13,-12,-11,-10, -5, -3,  0,-22, -8,-13;
/M: SY='S';  M=  2, -5,-19, -8, -5,-22,  0,-10,-21, -1,-20,-13,  2, -9, -2,  3,  4, -3,-16,-26,-18, -5;
/M: SY='Q';  M= -1, -4,-22, -7, -4,-19, -9, -9,-11, -2,-12, -6,  0,-17,  3, -1,  0, -3, -9,-24,-11, -1;
/M: SY='N';  M= -2, -1,-25, -3, -4,-23, -1, -9,-19, -3,-22,-13,  4,  0, -1, -4,  4, -2,-18,-27,-17, -4;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='G';  M=  2, -3,-19, -4, -6,-20, 11,-11,-22, -4,-19,-13,  2,-10, -6,  0,  5, -1,-15,-23,-17, -7; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='R';  M= -5, -2,-16, -3, -1,-10, -7, -3,-12,  1,-11, -7, -1,-11,  0,  5,  0,  0, -9,-12,  0, -2; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='T';  M=  2, -4,-10, -6, -3, -8, -6, -8, -5, -4, -2, -3, -3, -6, -3, -4,  0,  3, -4,-14, -7, -3; D=-7;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='R';  M= -7, -6,-17, -6, -2, -9,-14, -7, -8,  3, -7, -3, -4, -8,  0,  8, -5, -5, -5,-16, -6, -2; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='V';  M= -7,-15,-15,-18,-14,  2,-21,-12,  7,-11,  5,  5,-13,-17,-11, -8,-10, -3, 10,-18, -3,-13; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='R';  M=-15, -8,-28, -8,  1,-21,-18, -3,-27, 24,-21,-11,  0,-11,  9, 50, -5, -6,-19,-22,-12,  1; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='R';  M= -8, -4,-23, -7, -3,-16,-17, -6,-19, 10,-15, -9,  2,-18,  3, 26, -1,  0,-13,-24,-10, -2;
/M: SY='S';  M= 10, -4,-12, -6, -5,-20,  8,-14,-20,-12,-23,-16,  3,-13, -6,-13, 23, 10,-10,-33,-20, -6;
/M: SY='N';  M= -2,  4,-16, -3, -3,-14,-13, -6,-11, -3,-15,-10, 11,-16, -4, -4,  7,  6,-10,-28,-10, -4;
/M: SY='Q';  M= -5, -8,-21,-11, -4, -9,-19, -5,-10,  0,-11, -4, -5,-17,  5,  3,  1,  4, -8,-17,  2, -1;
/M: SY='T';  M= -4, -7,-19, -8,  4,-12,-20, -9,-10, -1,-11, -7, -7,-14, -2, -1,  2,  5, -3,-25, -9,  1;
/M: SY='Y';  M=-13,-22,-24,-24,-19, 18,-28, -7,  6,-12,  8,  4,-19,-26,-16, -9,-16, -7,  4, -2, 26,-19;
/M: SY='V';  M= -9,-16,-21,-20,-13, -2,-27,-14,  6, -8,  5,  4,-13,-21,-12, -6,-10,  0,  8,-21, -1,-14;
/M: SY='V';  M= -1,-30,-12,-31,-30,  0,-31,-30, 32,-21, 11, 11,-29,-29,-29,-21,-11, -1, 48,-29, -9,-30;
/M: SY='P';  M= -4, -9,-30, -4,  0,-27,-11,-15,-21,-10,-30,-20, -7, 50, -7,-16,  5,  0,-24,-33,-26, -7;
/M: SY='Y';  M=-15,-20,-26,-23,-19, 29,-25,  9, -3,-15,  3,  1,-17,-27,-14,-12,-18,-10, -8, 11, 46,-18;
/M: SY='B';  M= -2, 14,-22, 14, 14,-25, -4, -5,-26,  1,-24,-19, 14,-10,  2, -4, 10,  2,-21,-33,-19,  8;
/M: SY='R';  M=-12,  1,-28,  0, 10,-27,-17,  5,-24, 16,-21, -8,  6,-15, 24, 28, -2, -8,-24,-24,-11, 15;
/M: SY='L';  M=-11,-27,-22,-31,-21,  6,-26,-13, 18,-22, 35, 32,-27,-26,-13,-16,-27,-11,  8,-10,  2,-16;
/M: SY='S';  M=  0,  3,-16, -2, -2,-13, -7, -6,-16, -8,-19,-13, 13,-15,  1, -5, 19, 10,-13,-33,-14,  0;
/M: SY='Q';  M=  6,  1,-20,  0,  7,-26, -9, -6,-20, -1,-21,-13,  3, -6, 13, -3, 11,  3,-17,-28,-17, 10;
/M: SY='E';  M=  0, -1,-21, -2, 13,-20,-16, -9,-18,  3,-16,-11, -3, -9,  7, -3,  5,  8,-14,-24,-11, 10;
/M: SY='M';  M= -9,-23,-21,-28,-19,  2,-28,-13, 19,-18, 20, 24,-21,-23, -9,-16,-17, -5, 12,-18,  2,-15;
/M: SY='Q';  M=-12, -2,-25, -3, 12,-33,-20,  3,-22, 17,-21, -4,  0,-13, 38, 22, -4,-10,-25,-21,-11, 24;
/M: SY='R';  M=-11, -3,-24, -5,  3,-19,-18, -3,-19, 12,-16, -8,  3,-17,  9, 26, -2, -2,-15,-24,-10,  4;
/M: SY='I';  M=-10,-29,-26,-37,-28,  4,-37,-27, 41,-28, 22, 19,-21,-22,-21,-27,-20, -8, 26,-20,  0,-28;
/M: SY='H';  M=-10,  5,-24, -1, -1,-18,-13, 25,-17, -4,-13, -4, 13,-18,  8, -2, -2, -6,-20,-27, -2,  2;
/M: SY='R';  M= -8, -5,-27, -6,  4,-25,-16, -3,-26, 24,-22, -9,  1,-15, 15, 38, -3, -7,-19,-22,-12,  7;
/M: SY='Q';  M= -5, -7,-20, -9,  0,-16,-18, -7,-12,  2, -7,  1, -6,-15,  9,  5, -2,  1,-11,-24, -9,  4;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-29,-10,-19,-30, 68,-20,-39,-20,-30,-20,  0,-20,-19,-20,  1,-19,-29,-21,-30,-19;
/M: SY='G';  M=  6,-10,-23,-12,-18,-25, 52,-20,-34,-19,-26,-18, -2,-19,-18,-20,  3,-15,-24,-21,-26,-18;
/M: SY='R';  M=-13, -4,-28, -5,  4,-24,-20, -7,-28, 37,-24,-10,  0,-14,  8, 42, -8, -6,-18,-21,-10,  4;
/M: SY='I';  M= -8,-30,-26,-38,-30,  0,-38,-30, 46,-28, 18, 18,-22,-22,-22,-28,-18, -8, 34,-22, -2,-30;
/M: SY='V';  M=  3,-23,-16,-26,-20, -3,-24,-22, 18,-18, 14,  9,-21,-24,-18,-18,-11, -4, 23,-25, -8,-20;
/M: SY='S';  M=  4,  5,-16,  3,  3,-23, -3, -7,-22,  1,-28,-18, 13,-11,  3, -1, 23,  9,-16,-35,-18,  3;
/M: SY='I';  M= -5,-30,-21,-35,-30,  0,-35,-30, 41,-25, 15, 15,-25,-25,-25,-25,-15, -5, 39,-25, -5,-30;
/M: SY='T';  M= -1,  1,-16, -3,  2,-17,-16,-13,-16, -2,-17,-13,  2,-10, -1, -2, 16, 26, -8,-30,-13,  0;
/M: SY='P';  M= -3,-12,-28, -8,  4,-20,-19,-16,-12, -8,-12,-11,-13, 27, -6,-13, -5, -5,-15,-28,-20, -3;
/M: SY='A';  M= 17,-19,-16,-25,-17,-10,-16,-21,  8,-14,  3,  5,-17,-16,-15,-16, -5, -3, 13,-23,-12,-17;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_03 which contains 571'609 sequence entries.


Total number of hits 34 in 34 different sequences
Number of true positive hits 34 in 34 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info] Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 1
Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] CpcD-like
Version [info] 4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
34 sequences

FENR_NOSS1  (P58558), FENR_NOSSO  (P21890), FENR_PICP2  (P31973), 
FENR_SYNY3  (Q55318), FENR_THEVB  (Q93RE3), FENR_TRIV2  (Q44549), 
PYC1_ARTPT  (P72506), PYC1_MASLA  (P20116), PYC1_MICDP  (P16569), 
PYC1_NOSS1  (P80558), PYC1_SYNP6  (P06114), PYC1_SYNY3  (Q01950), 
PYC1_SYNY4  (Q02925), PYC1_THEVB  (P50036), PYR1_MASLA  (P11398), 
PYR1_MICDP  (P18542), PYR1_NOSS1  (P07123), PYR1_PICP2  (Q05237), 
PYR1_SYNY3  (P73203), PYR1_THEVB  (P50034), PYR2_MASLA  (P11399), 
PYR2_MICDP  (P18543), PYR2_NOSS1  (P31329), PYR2_SYNY3  (P73204), 
PYR3_MICDP  (P11400), PYR5_MICDP  (P11401), PYR6_MICDP  (P14880), 
PYS1_MASLA  (P11396), PYS1_MICDP  (P11397), PYS1_NOSS1  (P07124), 
PYS1_PICP2  (P31966), PYS1_SYNY3  (P73202), PYS1_THEVB  (P50035), 
PYS2_MICDP  (P14878)
» more

PDB
[Detailed view]
13 PDB

1B33; 2B5O; 7EXT; 7EYD; 7SC7; 7SC8; 7SC9; 7SCA; 7SCB; 7SCC; 7VEA; 7VEB; 8HFQ
» more