PROSITE entry PS51448

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	P_TREFOIL_2
Accession [info]	PS51448
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-MAY-2009 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 08-NOV-2023 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00024
Associated ProRule [info]	PRU00779

Name and characterization of the entry

Description [info]

P-type 'Trefoil' domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=44;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=40;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.2270780; R2=0.0119778; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1962.0344238; R2=2.7503076; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=441; H_SCORE=3175; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=274; H_SCORE=2716; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-23; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S';  M= -1, -9,-41,-10,-11,-40,-19,-20,-41,-12,-39,-28, -5,-23, -9,-22,  4, -6,-29,-48,-34,-11;
/M: SY='T';  M= -4,-12,-39,-16, -4,-42,-27,-16,-34, -1,-33,-19, -5,-26,  3,-10,  7,  8,-21,-53,-34, -3;
/M: SY='C';  M=-10,-58, 95,-66,-62,-36,-58,-63,-12,-53,-23,-23,-49,-55,-43,-54,-21,-18,-10,-46,-45,-61;
/M: SY='S';  M=  2,-11,-37,-16,-12,-42,-19,-18,-39, -8,-36,-25, -3,-14, -8,-20, 14,  0,-28,-56,-34,-11;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='V';  M=-13,-42,-20,-45,-32,-18,-48,-32, 10,-28, -4,  1,-36,-35,-27,-28,-21, -4, 21,-44,-25,-31; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='P';  M= -8,-12,-45, -8, -3,-49,-35,-24,-42, -8,-39,-27,-12,  9, -6,-18, -6, -8,-30,-60,-45, -4;
/M:         M= -2,-21,-42,-18, -8,-42,-34,-26,-30,-11,-31,-21,-22, -2, -9,-20, -7,-11,-18,-56,-41, -8;
/M: SY='S';  M= -2, -2,-41, -7, -6,-41,-20,-15,-42, -4,-39,-27,  4,-29, -5,-12, 12, -3,-31,-53,-34, -6;
/M: SY='E';  M=-11,  0,-52,  4, 14,-46,-31, -9,-46,  0,-45,-30, -4,-21,  5,-12, -5, -8,-32,-55,-36, 10;
/M: SY='R';  M=-27,-19,-60,-29, -8,-48,-39,  3,-50, 33,-40,-31, -9,-27, 10, 74,-19,-19,-40,-50,-35,  0;
/M: SY='I';  M=-23,-48,-32,-52,-36, -7,-58,-35, 17,-29,  3,  4,-43,-43,-24,-30,-29,-16, 16,-41,-18,-33;
/M: SY='D';  M=-18, 27,-58, 43, 13,-56,-27,-16,-58,-11,-58,-43, 13,-15, -1,-22, -4,-12,-47,-69,-51,  7;
/M: SY='C';  M=-10,-59,126,-69,-69,-40,-60,-68,-21,-58,-30,-30,-49,-59,-49,-57,-20,-20,-20,-50,-50,-68;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='G';  M= -2,-29,-48,-37,-39,-29, 33,-26,-46,-29,-44,-32,-21,-45,-34,-37,-11,-23,-39,-43,-26,-37; D=-12;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='P';  M=-20,-36,-50,-36,-28,-12,-41,-13,-37,-26,-33,-28,-32,  5,-27,-32,-20,-24,-31,-27, -2,-27; D=-12;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='P';  M=-12,-24,-47,-23,-16,-40,-40,-22,-33,-17,-35,-26,-19, 14,-16,-23,-11,-16,-24,-51,-36,-16;
/M: SY='G';  M= -8, -2,-59, -3,-18,-58, 36,-27,-65,-18,-64,-47,  1,-31,-23,-27, -6,-23,-54,-64,-55,-20;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='I';  M= -9,-41,-24,-47,-38,-25,-47,-44, 23,-33, -4,  2,-38,-34,-33,-37,-15, -5, 20,-52,-33,-38;
/M: SY='T';  M=  1,  4,-27, -8,-12,-44,-21,-20,-34, -8,-39,-22, 16,-28, -8,-19, 32, 44,-19,-57,-33,-13;
/M: SY='Q';  M= -7,-14,-51,-12, 14,-47,-35,-13,-45, 14,-42,-26,-14, -4, 16, -1, -8,-12,-32,-55,-41, 14;
/M: SY='E';  M= -3,  5,-50, 11, 17,-51,-22,-10,-50,  2,-49,-33, -1,-25, 11,-12,  2, -8,-36,-59,-42, 14;
/M: SY='E';  M=-12, -6,-45, -4, 14,-47,-28,-13,-41, -5,-40,-25, -8,-30, 12,-17, -6, -8,-30,-55,-40, 12;
/M: SY='C';  M=-10,-60,126,-70,-69,-39,-60,-69,-18,-59,-29,-29,-50,-59,-50,-59,-20,-19,-18,-50,-49,-69;
/M: SY='E';  M=-14,-11,-48,-11, 11,-42,-39,-10,-33, -1,-33,-21,-12,-30,  9, -6,-11, -7,-22,-52,-35,  9;
/M: SY='Q';  M=  5,-12,-41,-14,  4,-46,-20,-16,-41,  1,-40,-25, -9,-26,  8,-11,  2, -9,-27,-50,-38,  4;
/M: SY='R';  M=-23,-27,-50,-36,-16,-38,-43,-10,-28, 17,-23,-15,-18,-32,  2, 39,-19,-16,-24,-49,-34, -9;
/M: SY='G';  M= -7, -9,-56,-19,-26,-55, 44,-25,-62,-15,-60,-43,  4,-40,-22,-24, -5,-21,-52,-59,-49,-25;
/M: SY='C';  M=-11,-59,122,-69,-68,-38,-59,-66,-21,-56,-30,-30,-49,-59,-48,-58,-20,-20,-21,-48,-46,-68;
/M: SY='C';  M=-13,-60,106,-70,-68,-35,-61,-68, -8,-58,-21,-21,-51,-58,-49,-58,-23,-20,-11,-50,-47,-67;
/M: SY='W';  M=-41,-64,-39,-67,-56, 33,-59,-16,-33,-51,-24,-22,-56,-63,-39,-47,-42,-39,-35, 69, 47,-49;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='D';  M=-19, 35,-56, 49, 12,-55,-26,-11,-58,-10,-58,-45, 23,-30, -2,-20,  2, -9,-46,-69,-48,  7;
/M: SY='P';  M= -2, -8,-48, -7,-11,-53,-14,-25,-51,-14,-50,-37, -5, 16,-15,-25,  5,-13,-40,-64,-49,-12;
/M: SY='S';  M= -3,-12,-30,-21,-13,-35,-27,-20,-29,-10,-31,-19, -2,-31, -6,-18, 15, 11,-19,-48,-29,-12;
/I:         I=-5; MD=-9;
/M: SY='S';  M= -8,-17,-34,-22,-15,-25,-23,-18,-23,-12,-25,-12,-11,-24, -8,-20,  1, -4,-18,-43,-24,-14; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-9; IM=0; DM=-9;
/M: SY='S';  M= -3,-14,-32,-18,-12,-26,-22,-10,-28, -5,-26,-17, -8,-14, -6,-12,  1, -2,-19,-40,-21,-10; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-9;
/M: SY='N';  M= -9,  7,-45,  1, -9,-47, 12,-15,-50, -7,-49,-35, 16,-25,-12,-16, -1,-10,-40,-53,-41,-11; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-9;
/M: SY='V';  M=  4,-34,-21,-36,-24,-23,-30,-29,  1,-22,-10, -5,-29,-24,-23,-28, -8,  1, 14,-41,-25,-24; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-9;
/M: SY='P';  M=-11,-33,-45,-28,-19,-42,-43,-32,-28,-16,-32,-25,-32, 65,-24,-24,-18,-20,-22,-54,-43,-19; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-9;
/M: SY='W';  M=-27,-47,-42,-48,-32, -9,-43,-18,-38,-31,-31,-24,-40,-37,-21,-25,-29,-29,-35, 55,  9,-27; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-9;
/M: SY='C';  M=-10,-60,126,-70,-69,-40,-60,-70,-19,-60,-29,-29,-50,-60,-50,-60,-20,-20,-18,-50,-50,-69;
/M: SY='Y';  M=-38,-54,-44,-59,-53, 62,-59,  5,-18,-43, -9,-14,-48,-58,-38,-43,-33,-33,-23, 10, 69,-48;
/M: SY='Y';  M=-35,-39,-49,-46,-36, 31,-53, 15,-28,-28,-21,-20,-31,-48,-20,-28,-28,-29,-29, -7, 45,-31;
/M: SY='P';  M= -9,-23,-54,-24,-17,-53,-16,-27,-49, -6,-47,-35,-16, 26,-16,-17, -8,-17,-38,-62,-49,-16;
/M: SY='K';  M=-11, -7,-48,-11, -6,-46,-27,-16,-42,  7,-39,-27,  0,-19, -2, -7, -5, -6,-31,-54,-39, -5;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2023_05 which contains 570'420 sequence entries.

Total number of hits	70 in 44 different sequences
Number of true positive hits	70 in 44 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	6
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	92.11 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	6
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	P-type
Version [info]	4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

44 sequences

LYAG_BOVIN  (Q9MYM4), LYAG_HUMAN  (P10253), LYAG_MOUSE  (P70699),

LYAG_PONAB  (Q5R7A9), LYAG_RAT(Q6P7A9), MGAL_HUMAN  (Q2M2H8), 
MGA_HUMAN   (O43451), MLRP1_ACRMI (B3EWZ5), MLRP2_ACRMI (B3EWZ6), 
MUA1_XENLA  (P10667), MUC1_XENLA  (Q05049), SUIS_HUMAN  (P14410), 
SUIS_RABIT  (P07768), SUIS_RAT(P23739), SUIS_SUNMU  (O62653), 
TFF1_CANLF  (Q863T4), TFF1_HUMAN  (P04155), TFF1_MOUSE  (Q08423), 
TFF1_RAT(Q63467), TFF2_CANLF  (Q863J2), TFF2_HUMAN  (Q03403), 
TFF2_MOUSE  (Q03404), TFF2_PIG(P01359), TFF2_RAT(Q09030), 
TFF3_BOVIN  (A8YXX7), TFF3_CANLF  (Q863B4), TFF3_FELCA  (B4X8D9), 
TFF3_HUMAN  (Q07654), TFF3_MOUSE  (Q62395), TFF3_PIG(Q29183), 
TFF3_RAT(Q03191), XP1_XENLA   (Q00222), XP2_XENLA   (P17437), 
XP4_XENLA   (Q00223), ZP1_HUMAN   (P60852), ZP1_MOUSE   (Q62005), 
ZP1_RABIT   (I6M4H4), ZP1_RAT (O54766), ZP4_BOVIN   (Q9BH11), 
ZP4_FELCA   (P48834), ZP4_HUMAN   (Q12836), ZP4_PIG (Q07287), 
ZP4_RABIT   (Q00193), ZP4_RAT (Q8CH34)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences

6 sequences

FMR1N_HUMAN (Q8N0W7), FMR1N_MOUSE (Q80ZA7), TM190_BOVIN (E1BJD3),

TM190_CANLF (E2R0A5), TM190_HUMAN (Q8WZ59), TM190_MOUSE (Q9D2E9)

» more

PDB
[Detailed view]

33 PDB

1E9T; 1HI7; 1PCP; 1PE3; 1POS; 1PS2; 1PSP; 2PSP; 2QLY; 2QMJ; 3CTT; 3L4T; 3L4U; 3L4V; 3L4W; 3L4X; 3L4Y; 3L4Z; 3LPO; 3LPP; 3TON; 3TOP; 5KZW; 5KZX; 5NN3; 5NN4; 5NN5; 5NN6; 5NN8; 6V1C; 6V1D; 7P2Z; 7P32
» more