 |
|
| Entry: PS51467 |
General information about the entry
| Entry name [info] | HARP |
| Accession [info] | PS51467 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-FEB-2012 CREATED;
01-FEB-2012 DATA UPDATE; 12-AUG-2020 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51467 |
| Associated ProRule [info] | PRU00800 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | HARP domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=76; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=71; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.7124363; R2=0.0121282; TEXT='NScore'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=684; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='R'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=511; N_SCORE=6.9000; MODE=1; TEXT='R?'; /DEFAULT: M0=-6; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='N'; M= 6, 4,-21, -3, -5,-20, -8, -5, -4, -2,-10, -3, 14, -2, 2,-12, 4, 11, -8,-41,-21, -4; /I: I=-14; MD=-29; /M: M= -2, -8,-15,-10, -6, -3, -6,-16, -3, -5, 0, -5, -9,-11, -3, -6, -3, -2, -5,-14, -2, -6; D=-14; /I: I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29; /M: SY='A'; M= 5, -3,-22, -3, -5,-12, -4,-15, -3, -3, -8,-11, -3, -6, -3, -8, 5, 3, -3,-24,-13, -6; D=-14; /I: I=-14; DM=-29; /M: SY='N'; M= -1, -7,-25,-14,-10, -2,-10,-10, 2, -2, -5, 2, 3,-15, -5, -5, -3, -2, 0,-20, -6,-10; /M: SY='I'; M= 1,-15,-14,-19,-14, 2,-20,-15, 25,-15, 15, 7,-13,-25, -2, -9,-12, 3, 18,-23, 7,-10; /I: I=-9; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19; /M: SY='R'; M= -3,-10,-25,-10, -4, -5,-12,-10,-16, 11,-13, 2, -8, -2, 5, 21, -1, -9, -9,-16, -5, -3; D=-9; /I: I=-9; DM=-19; /M: SY='I'; M= 2,-14,-26,-21,-22, 10, 0,-26, 14,-11, 1, -7,-10,-26,-18, -9, -7, -4, 13,-11, 0,-21; D=-9; /I: I=-9; DM=-19; /M: SY='E'; M= 0, -1,-13, 0, 20,-21,-16, 0,-18, 14,-12, 2, 0, 1, 9, 2, 0, -8,-16,-23,-13, 16; D=-9; /I: I=-9; DM=-19; /M: SY='C'; M= 1,-12, 23,-15, -8, -1,-21,-25, 9,-16, 11, 3,-12,-26,-13,-12,-10, -2, 11,-27,-11,-10; D=-9; /I: I=-9; DM=-19; /M: SY='I'; M= 3, -5,-18,-11,-12, 5,-13,-17, 12, -7, 6, 3, 1,-25,-14,-14, -3, 2, 10,-29, -4,-14; /I: I=-10; MD=-21; /M: SY='F'; M=-10,-15,-11,-19,-18, 36,-20,-14, 10,-12, 23, 3,-14,-27,-18, -9,-13, -6, 10, -6, 24,-17; D=-10; /I: I=-10; MD=-21; /M: SY='H'; M= -5, -9,-24, -6, 5,-19,-18, 40,-14, -5, -8, 4, -8, 3, 16, 5, -6, -8,-18,-24, -2, 8; D=-10; /I: I=-10; MD=-21; /M: SY='P'; M= -1, -8,-15, -7, 0, -5,-11, -7, -1, -3, 3, -2,-13, 6, -7,-11, -1, 4, -7,-24, 0, -4; D=-10; /I: I=-10; MD=-21; /M: SY='I'; M= -2, -6,-18, -5, -5, -9,-11, -2, 5, -6, 3, 1, -7,-13, -7, -8, -4, -3, 5,-19, 0, -6; D=-10; /I: I=-10; MD=-21; /M: SY='D'; M= 3, 9,-11, 11, 4,-19, 1,-14,-13, 3,-13,-10, 8, -7, -5,-10, 10, 2,-14,-25,-19, -1; D=-10; /I: I=-10; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21; /M: SY='P'; M= 3, -8,-21, -7, -1,-21, -5,-11,-13, 3,-12, -6, -8, 7, 6, 4, 1, 1,-11,-21,-13, 1; /M: SY='D'; M= 1, 0,-25, 5, 1,-18, -3, -5,-14, 0,-10,-11, -5, -2, -4, -6, 3, -4,-11,-22,-11, -3; /M: SY='F'; M=-10,-19, 4,-22,-15, 10,-24,-21, 3,-11, 6, -3,-15,-25, -6, 10,-11,-11, 8,-10, 4,-14; /M: SY='F'; M= -4,-18,-23,-32,-27, 41,-20,-22, 15,-11, 15, -3, -5,-31,-20,-16, -5, -3, 16,-16, 8,-27; /I: I=-8; MD=-17; /M: SY='A'; M= 11, -5,-22, -6, -1,-18, -3,-15, -6, 2, -9, 1, -3, -8, 6, 0, 4, 4, -2,-25,-17, 0; D=-8; /I: I=-8; MD=-17; /M: SY='V'; M= 9,-11,-10,-15,-16, -8,-12,-22, 16,-12, 2, -1, -7,-19,-14,-16, 0, 10, 18,-31,-12,-16; D=-8; /I: I=-8; MD=-17; /M: SY='D'; M= 1, 1,-14, 8, 6,-20,-16,-14,-14, 5, -8, -4, -6, 0, 4, 2, -3, -3, -8,-24, -8, 4; D=-8; /I: I=-8; MD=-17; /M: SY='F'; M= -4,-15, -9,-22,-16, 14,-17,-14, 9, -9, 6, -3, -6,-20,-13,-10, -3, -2, 11,-16, 0,-17; D=-8; /I: I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17; /M: SY='D'; M= 3, 1, -9, 4, 0,-13,-11,-11, -6, -2, -4, -6, -2, -4, 1, -6, 1, 4, -2,-19, -7, -1; D=-8; /I: I=-8; DM=-17; /M: SY='P'; M= 1, -9,-28, -7, 2,-29, 16, -9,-18, 2,-20,-20,-13, 31, 2, -6, -2, -7,-26,-15,-22, -1; /M: SY='Y'; M=-24,-25,-39,-20,-14, 28,-21,-11,-11, -4, 12,-12,-26,-13, -9, -4,-14,-13, -2, 30, 43,-15; /M: SY='H'; M= -2, 3,-12, -1, -1,-20,-14, 13,-12, -4,-13, -5, 10, -6, -4, -9, 7, 4,-15,-40,-18, -3; /M: SY='Q'; M= 9, 2,-17, 3, 13,-25,-10,-10,-15, 5,-12, -5, 1, 0, 19, -1, 2, 2,-15,-28,-18, 14; /M: SY='E'; M= 9, 0,-16, 7, 15,-21,-13,-12,-11, 7, -7, -2, -8, 1, 5, -6, -1, -3, -8,-27,-14, 11; /M: SY='I'; M= -1,-16,-13,-21,-21, 9,-21,-18, 33,-17, 21, 11,-15,-32,-20,-13,-14, 2, 29,-25, 12,-21; /M: SY='I'; M= -1, -7,-18,-13,-13, -4,-14,-13, 24,-10, 12, 8, -2,-21,-13,-17, -8, 0, 16,-30, -3,-14; /M: SY='A'; M= 18, 6,-23, 12, 7,-26, -1,-15,-13, 1,-12, -7, -1, -7, 9, -7, 9, 4, -8,-33,-24, 6; /M: SY='V'; M= 7,-16,-20,-17,-18, 3,-21,-20, 27,-15, 11, 4,-15,-29,-13,-11, -9, 5, 29,-25, 6,-17; /M: SY='F'; M=-13,-22,-15,-33,-27, 52,-25,-23, 15,-15, 25, -3,-14,-35,-25,-15,-14, -9, 16, -6, 24,-28; /M: SY='K'; M= 1, -2,-22, -1, 17,-16,-10,-10,-20, 23,-18, 7, -2, 3, 10, 14, 1,-11,-20,-19,-13, 12; /M: SY='Q'; M= 10, 3,-23, 6, 4,-22, -7,-13,-12, 1,-13, -8, -1, -6, 15, -2, 9, 8,-12,-28,-15, 5; /M: SY='I'; M= 4,-12,-19,-22,-16, -6,-14, -7, 27, -9, 10, 11, 0,-22,-14,-18, -6, 4, 17,-33, -9,-17; /M: SY='P'; M= -4, -8,-24, -5, 8,-27, -9, 8,-21, 5,-20,-18, -9, 37, 9, 0, -3, -3,-28,-27,-16, 5; /I: I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22; /M: SY='G'; M= 1, -1,-31, -6,-10, -3, 21,-22,-11, 0,-13,-14, -1,-12,-14,-11, 9, -6,-15,-10,-15,-15; /M: SY='Q'; M= 10, -5,-26, -1, 3,-16, -8,-14,-14, 6,-11, 0, -6, -5, 13, 9, 3, -1, -6,-22,-13, 4; /I: I=-10; MD=-22; /M: SY='F'; M= -5, -6,-25,-11, -9, 1, -7, -3, -5, -1, -7, -7, 1, -3, -8, -5, 0, -2, -7,-19, -3,-12; D=-10; /I: I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22; /M: SY='W'; M=-34,-29,-30,-18,-14, 22,-13,-21,-16,-12, 7,-18,-38,-23,-11, -2,-17,-21, -6, 79, 52,-15; D=-10; /I: I=-10; DM=-22; /M: SY='D'; M=-11, 14,-31, 28, -5,-11,-15, -7,-16, -5, 2,-13, 5,-17,-10, -7, -5, -6, -8,-19, 11, -9; D=-10; /I: I=-10; DM=-22; /M: SY='P'; M= -1, -3,-27, 6, -1,-22,-14, -2,-12, -1, -7,-10, -9, 9, -2, -7, -2, 1, -7,-27, -5, -3; /M: SY='K'; M= 6, -5,-29, -3, 3,-16, -2,-16,-14, 12,-14, 0, -6, 8, 2, 3, 0, -6,-11,-22,-15, 0; /M: SY='E'; M= -2, -4, 0, -6, 9,-22, -9,-17,-11, 2, -9, -7, -2, -4, 0, -9, 0, -2,-12,-15,-16, 7; /M: SY='R'; M= -3,-10,-20, -7, 2,-12,-16,-11,-21, 15,-16, 5, -9, -5, 20, 40, -5,-15,-13,-12, -5, 6; /M: SY='A'; M= 4,-10,-22,-11, -6, -8, 2,-19, -2, -3, -2, 4,-12,-15, -3, -5, -4, -4, -3, -4, -6, -6; /M: SY='W'; M=-47,-47,-24,-38,-13, 17, 4,-44,-26,-18,-13,-28,-64,-30,-11, -1,-28,-44,-24,175, 53,-13; /M: SY='I'; M= 3, -6,-18,-12,-13, -5,-16, -9, 14, -7, 7, 9, 0,-22,-14,-15, -1, 10, 11,-34, -3,-14; /M: SY='F'; M=-18,-27,-31,-37,-33, 68,-28,-23, 8,-12, 22,-12,-16,-36,-26,-10,-12,-13, 16, 7, 35,-33; /M: SY='P'; M= -5,-11,-26, -4, 7,-31, -8, 2,-22, 7,-21,-26,-19, 68, -2,-10, -5, 0,-29,-30,-17, -1; /M: SY='L'; M= -3,-14,-14,-17, -9, -1,-18, 2, 16, -7, 18, 17,-12,-18,-15,-14,-13, 0, 7,-26, 7,-11; /M: SY='E'; M= 4, 3, -2, 2, 13,-24, -4,-14,-16, 3,-14,-11, 4, -7, 3, -9, 9, 0,-17,-25,-25, 8; /M: SY='D'; M= 4, 10,-10, 18, 14,-28,-12, -6,-18, 2, -9, -9, 3,-10, 4, -7, 5, -2,-17,-30,-18, 9; /M: SY='Y'; M=-28,-25,-47,-13,-15, 13,-28, 26, -6,-13, 20, 1,-29,-16, -9, -3,-17,-11, 3, 14, 55,-15; /M: SY='Q'; M= 5, -1,-15, -1, 4,-21,-11, -7,-13, 1,-13, -7, -1, -6, 13, 2, 8, 4,-12,-27,-16, 5; /M: SY='N'; M= 2, 6,-23, 7, -1,-19,-13, 4,-12, 0, -9, 1, 8, -9, -1, -4, 3, 3, -9,-38,-13, -2; /M: SY='L'; M= 0,-12, -9,-14,-14, 15,-19,-16, 23,-17, 27, 13,-16,-29,-18,-18,-14, 2, 18,-25, 15,-14; /M: SY='I'; M= 3,-13, -6,-18, -4, -8,-19, -8, 16, -3, 13, 15, -8,-26,-12,-13, -9, -1, 11,-26, -5, -7; /M: SY='A'; M= 8, 1,-21, -3, 1,-13, -8,-16, -5, 6, -8, 3, 5, -7, 0, -9, 6, 7, -3,-32,-15, 0; /M: SY='A'; M= 16, -3,-24, -4, -1,-14, -9,-16, 0, 5, -9, 7, 1,-12, 5, 1, 2, 1, 3,-34,-20, -1; /M: SY='L'; M= -5,-14, -9,-16,-17, 24,-22,-16, 22,-18, 29, 11,-17,-32,-22,-17,-15, 1, 18,-20, 22,-17; /M: SY='Q'; M= 3, -7,-22, -4, 8,-17,-15, -5,-19, 10,-15, 2, -7, -2, 22, 22, -1, -7,-14,-18, -9, 11; /M: SY='E'; M= 4, 1,-14, 2, 10,-21, -5, -9,-17, 7,-16, -7, 3, -3, 5, 2, 8, -3,-17,-25,-20, 6; /I: I=-10; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21; /M: SY='L'; M= -2,-10,-11,-11,-10, 7,-12,-12, 9,-10, 15, 9,-13,-21, -6, -2,-11, -4, 7,-16, 9, -8; D=-10; /I: I=-10; DM=-21; /M: SY='T'; M= 1, 0,-13, -1, -2,-13, -4, -1, -7, -2, -7, -7, 1, 6, 2, -5, 4, 7, -9,-20, -8, -1; D=-10; /I: I=-10; DM=-21; /M: SY='P'; M= 3,-13,-23,-11, -2,-18,-16, -4, -6, 0,-12,-10,-14, 14, 4, 1, 0, 3, -6,-27,-10, -3; /M: SY='Q'; M= 1, -5,-23, -1, 4,-24, -7, -2,-20, 3,-16, -8, -6, 3, 16, 14, 0, -7,-18,-20,-14, 7; /M: SY='V'; M= 1,-17, -4,-21,-23, 10,-26,-26, 29,-20, 16, 3,-15,-34,-24,-16,-10, 7, 32,-27, 7,-23; /M: SY='E'; M= 5, -3,-14, -1, 15,-22,-17, -3,-11, 8, -8, 2, -2, -6, 13, 0, -1, -2,-12,-25,-13, 14; /M: SY='I'; M= 1,-18,-16,-27,-26, 10,-19,-22, 42,-19, 20, 8,-11,-33,-23,-21,-11, 4, 36,-27, 6,-26; /M: SY='E'; M= 0, 2, -5, 3, 26,-26,-16, -5,-15, 11,-10, -3, 1, 0, 9, -8, 0, -7,-17,-24,-17, 21; /I: I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23; /M: SY='P'; M= -2, -8,-15, -3, 11,-24,-10, -7,-17, 7,-13,-12,-14, 30, 4, -4, -5, -4,-20,-23,-13, 7; D=-11; /I: I=-11; DM=-23; /M: SY='I'; M= -6,-12, -9,-20,-14, 15,-17,-14, 26,-16, 26, 11,-10,-28,-16,-19,-14, -2, 16,-21, 12,-14; D=-11; /I: I=-11; DM=-23; /M: SY='P'; M= -5,-12,-25, -3, 10,-35,-11, 3,-23, 7,-23,-31,-20, 73, 1, -9, -6, 0,-29,-30,-18, 2; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 16 in 9 different sequences |
| Number of true positive hits | 16 in 9 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 2 |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | HARP |
| Version [info] | 2 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
9 sequences
SMAL1_BOVIN (Q9TTA5 ), SMAL1_CAEEL (Q8MNV7 ), SMAL1_DANRE (B2ZFP3 ), SMAL1_DROME (Q9VMX6 ), SMAL1_HUMAN (Q9NZC9 ), SMAL1_MOUSE (Q8BJL0 ), SMAL1_RAT (B4F769 ), SMAL1_XENLA (Q498E7 ), SMAL1_XENTR (Q0P4U8 )» more
|
| PDB [Detailed view] |
1 PDB
4O66 |
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission