PROSITE entry PS51487

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	NBD
Accession [info]	PS51487
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-APR-2010 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51487
Associated ProRule [info]	PRU00820

Name and characterization of the entry

Description [info]

NBD domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=68;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=63;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=4.6124501; R2=0.0053998; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=720; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=350; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-96; D=-100; I=-100; B1=-500; E1=-500; MI=-255; MD=-255; IM=-255; DM=-255;

...

                A    C    D    E    F    G    H    I    K    L    M    N    P    Q    R    S    T    V    W    Y
/I:         B1=0; BI=-255; BD=-255;
/M: SY='G';  M= -97,-124,-112,-124,-130, 109,-119,-138,-117,-134,-123, -98,-116,-115,-125, -97,-116,-132,-121,-125;
/M: SY='G';  M= -97,-124,-112,-124,-130, 109,-119,-138,-117,-134,-123, -98,-116,-115,-125, -97,-116,-132,-121,-125;
/M: SY='R';  M=-115,-131,-111, -99,-123,-125,-100,-130, -71,-122,-111,-104,-123, -87, 124,-109,-113,-124,-123,-110;
/M: SY='P';  M=-114,-139,-114,-103,-134,-116,-117,-121,-110,-132,-118,-121, 134,-114,-123,-111,-106,-127,-127,-131;
/M: SY='R';  M=-115,-131,-111, -99,-123,-125,-100,-130, -71,-122,-111,-104,-123, -87, 124,-109,-113,-124,-123,-110;
/M: SY='Q';  M=-107,-132,-102, -81,-137,-115, -95,-123, -87,-118,-105, -97,-114, 140, -87, -96,-109,-125,-120,-108;
/M: SY='H';  M=-117,-129,-101,-101,-115,-119, 157,-134,-106,-116,-101, -90,-117, -95,-100,-106,-115,-133,-151, -84;
/M: SY='L';  M=-115,-116,-132,-124, -88,-134,-116, -79,-126,  99, -76,-131,-132,-118,-122,-125,-111, -87,-119,-101;
/M: SY='L';  M=-115,-116,-132,-124, -88,-134,-116, -79,-126,  99, -76,-131,-132,-118,-122,-125,-111, -87,-119,-101;
/M: SY='S';  M= -90,-111,-103,-105,-121, -99,-108,-119,-104,-123,-116, -92,-110, -98,-109, 110,  44,-111,-131,-114;
/M: SY='L';  M=-115,-116,-132,-124, -88,-134,-116, -79,-126,  99, -76,-131,-132,-118,-122,-125,-111, -87,-119,-101;
/M: SY='T';  M=-100,-109,-105,-108,-115,-116,-115,-106,-105,-111,-107, -94,-106,-109,-113, -83, 124, -98,-136,-113;
/M: SY='R';  M=-115,-131,-111, -99,-123,-125,-100,-130, -71,-122,-111,-104,-123, -87, 124,-109,-113,-124,-123,-110;
/M: SY='R';  M=-115,-131,-111, -99,-123,-125,-100,-130, -71,-122,-111,-104,-123, -87, 124,-109,-113,-124,-123,-110;
/M: SY='A';  M= 107,-109,-115,-107,-123, -97,-117,-113,-110,-115,-109,-110,-114,-107,-115, -88,-100, -99,-123,-119;
/M: SY='Q';  M=-107,-132,-102, -81,-137,-115, -95,-123, -87,-118,-105, -97,-114, 140, -87, -96,-109,-125,-120,-108;
/M: SY='K';  M=-110,-124,-102, -89,-126,-117,-106,-127, 118,-126,-113, -95,-110, -87, -71,-104,-105,-122,-120,-113;
/M: SY='H';  M=-117,-129,-101,-101,-115,-119, 157,-134,-106,-116,-101, -90,-117, -95,-100,-106,-115,-133,-151, -84;
/M: SY='R';  M=-115,-131,-111, -99,-123,-125,-100,-130, -71,-122,-111,-104,-123, -87, 124,-109,-113,-124,-123,-110;
/M: SY='L';  M=-115,-116,-132,-124, -88,-134,-116, -79,-126,  99, -76,-131,-132,-118,-122,-125,-111, -87,-119,-101;
/M: SY='R';  M=-114,-130,-109, -97,-124,-123,-101,-130,  51,-123,-112,-102,-120, -87, 115,-108,-111,-123,-123,-111;
/M: SY='E';  M=-110,-129,  87,  98,-133,-119,-101,-133, -94,-127,-124, -94,-107, -88,-103,-104,-107,-127,-136,-120;
/M: SY='L';  M=-115,-116,-132,-124, -88,-134,-116, -79,-126,  99, -76,-131,-132,-118,-122,-125,-111, -87,-119,-101;
/M: SY='K';  M=-110,-124,-102, -89,-126,-117,-106,-127, 118,-126,-113, -95,-110, -87, -71,-104,-105,-122,-120,-113;
/M: SY='N';  M=-112,-120,-101,-109,-111,-113,  48,  26, -97,  -9,  74,  94,-121,-100,  51,-104,-103,-104,-131,-107;
/M: SY='Q';  M=-108,-129,-106, -87,-122,-118, -98,-110, -92,  31, -97,-102,-117, 130, -93,-100,-110,-114,-119,-107;
/M: SY='V';  M= -99,-113,-131,-124,-102,-132,-133, -66,-122, -87, -90,-126,-127,-125,-124,-114, -98, 112,-136,-109;
/M: SY='K';  M=-110,-124,-102, -89,-126,-117,-106,-127, 118,-126,-113, -95,-110, -87, -71,-104,-105,-122,-120,-113;
/M: SY='A';  M=  76,-111,-107,  29,-118,-107,-112,-108,-106,-108,  58,-105,-111,-103,-112, -91,  71,-100,-127,-115;
/M: SY='F';  M=-123,-119,-136,-131, 130,-130,-115, -96,-126, -88, -98,-124,-134,-137,-123,-122,-115,-102, -88, -66;
/M: SY='A';  M= 107,-109,-115,-107,-123, -97,-117,-113,-110,-115,-109,-110,-114,-107,-115, -88,-100, -99,-123,-119;
/M: SY='D';  M=-112,-129, 101,  86,-133,-117,-101,-133, -96,-128,-126, -91,-109, -91,-105,-104,-106,-128,-139,-119;
/M: SY='K';  M=-110,-124,-102, -89,-126,-117,-106,-127, 118,-126,-113, -95,-110, -87, -71,-104,-105,-122,-120,-113;
/M: SY='E';  M=-107,-129, -78, 120,-131,-124,-101,-132, -89,-124,-120,-104,-103, -81, -99,-104,-108,-124,-128,-121;
/M: SY='E';  M=-107,-129, -78, 120,-131,-124,-101,-132, -89,-124,-120,-104,-103, -81, -99,-104,-108,-124,-128,-121;
/M: SY='G';  M= -99,-125,-102,  56,-131,  98,-114,-137,-109,-131,-122, -99,-112,-105,-117, -98,-114,-130,-123,-124;
/M: SY='G';  M= -97,-124,-112,-124,-130, 109,-119,-138,-117,-134,-123, -98,-116,-115,-125, -97,-116,-132,-121,-125;
/M: SY='D';  M=-115,-129, 127, -78,-136,-112,-101,-134,-102,-132,-131, -83,-114,-102,-111,-103,-105,-131,-151,-118;
/M: SY='V';  M=-104,-116,-131,-126, -97,-133,-129,  46,-124,  32, -85,-127,-127,-123,-125,-117,-102,  91,-129,-106;
/M: SY='K';  M=-110,-124,-102, -89,-126,-117,-106,-127, 118,-126,-113, -95,-110, -87, -71,-104,-105,-122,-120,-113;
/M: SY='S';  M=  51,-111,-106,-105,-122, -97,-109,-119,-106,-122,-115, -96,-112, -98,-110, 104, -87,-109,-128,-115;
/M: SY='V';  M= -99,-113,-131,-124,-102,-132,-133, -66,-122, -87, -90,-126,-127,-125,-124,-114, -98, 112,-136,-109;
/M: SY='C';  M=-109, 159,-129,-129,-119,-124,-129,-126,-124,-116,-117,-115,-139,-132,-131,-111,-109,-113,-149,-130;
/M: SY='M';  M=-113,-117,-132,-123, -90,-131,-112, -80,-122,  87,  97,-127,-128,-114,-119,-123,-110, -88,-119,-100;
/M: SY='T';  M=-100,-109,-105,-108,-115,-116,-115,-106,-105,-111,-107, -94,-106,-109,-113, -83, 124, -98,-136,-113;
/M: SY='L';  M=-115,-116,-132,-124, -88,-134,-116, -79,-126,  99, -76,-131,-132,-118,-122,-125,-111, -87,-119,-101;
/M: SY='F';  M=-123,-119,-136,-131, 130,-130,-115, -96,-126, -88, -98,-124,-134,-137,-123,-122,-115,-102, -88, -66;
/M: SY='L';  M=-115,-116,-132,-124, -88,-134,-116, -79,-126,  99, -76,-131,-132,-118,-122,-125,-111, -87,-119,-101;
/M: SY='L';  M=-115,-116,-132,-124, -88,-134,-116, -79,-126,  99, -76,-131,-132,-118,-122,-125,-111, -87,-119,-101;
/M: SY='A';  M= 107,-109,-115,-107,-123, -97,-117,-113,-110,-115,-109,-110,-114,-107,-115, -88,-100, -99,-123,-119;
/M: SY='L';  M=-115,-116,-132,-124, -88,-134,-116, -79,-126,  99, -76,-131,-132,-118,-122,-125,-111, -87,-119,-101;
/M: SY='R';  M=-115,-131,-111, -99,-123,-125,-100,-130, -71,-122,-111,-104,-123, -87, 124,-109,-113,-124,-123,-110;
/M: SY='A';  M=  97,-109,-113,-107,-123, -97,-115,-114,-109,-116,-110,-106,-113,-104,-113,  49, -96,-102,-124,-118;
/M: SY='R';  M=  39,-123,-110,-102,-125,  40,-107,-127,  46,-123,-113,-102,-117, -95,  87,-101,-109,-119,-122,-115;
/M: SY='N';  M=-110,-115, -83,-104,-124, -98, -90,-124, -95,-131,-117, 133,-121, -97,-104, -92, -94,-126,-144,-120;
/M: SY='E';  M=-107,-129, -78, 120,-131,-124,-101,-132, -89,-124,-120,-104,-103, -81, -99,-104,-108,-124,-128,-121;
/M: SY='H';  M=-117,-129,-101,-101,-115,-119, 157,-134,-106,-116,-101, -90,-117, -95,-100,-106,-115,-133,-151, -84;
/M: SY='R';  M=-113,-128,-108, -95,-125,-122,-102,-129,  77,-124,-112,-100,-118, -87, 104,-107,-110,-123,-122,-111;
/M: SY='Q';  M=-107,-132,-102, -81,-137,-115, -95,-123, -87,-118,-105, -97,-114, 140, -87, -96,-109,-125,-120,-108;
/M: SY='A';  M= 107,-109,-115,-107,-123, -97,-117,-113,-110,-115,-109,-110,-114,-107,-115, -88,-100, -99,-123,-119;
/M: SY='D';  M=-115,-129, 127, -78,-136,-112,-101,-134,-102,-132,-131, -83,-114,-102,-111,-103,-105,-131,-151,-118;
/M: SY='E';  M=-107,-129, -78, 120,-131,-124,-101,-132, -89,-124,-120,-104,-103, -81, -99,-104,-108,-124,-128,-121;
/M: SY='L';  M=-115,-116,-132,-124, -88,-134,-116, -79,-126,  99, -76,-131,-132,-118,-122,-125,-111, -87,-119,-101;
/M: SY='E';  M=-107,-129, -78, 120,-131,-124,-101,-132, -89,-124,-120,-104,-103, -81, -99,-104,-108,-124,-128,-121;
/M: SY='A';  M= 107,-109,-115,-107,-123, -97,-117,-113,-110,-115,-109,-110,-114,-107,-115, -88,-100, -99,-123,-119;
/M: SY='I';  M=-112,-124,-133,-130, -97,-135,-125, 107,-124, -79,  86,-122,-121,-119,-126,-121,-106, -70,-121,-103;
/M: SY='M';  M=-109,-117,-131,-120, -98,-123,-101, -83,-113, -76, 155,-117,-118,-105,-111,-118,-107, -90,-121, -97;
/M: SY='Q';  M=-107,-132, -97,  40,-136,-116, -96,-124, -87,-119,-107, -98,-112, 133, -89, -97,-109,-125,-121,-110;
/I:         E1=0; IE=-255; DE=-255;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_05 which contains 572'214 sequence entries.

Total number of hits	8 in 8 different sequences
Number of true positive hits	8 in 8 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	DNA_BIND
Feature description [info]	NBD
Version [info]	1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

8 sequences

RAG1_CHICK  (P24271), RAG1_DANRE  (O13033), RAG1_HUMAN  (P15918),

RAG1_MOUSE  (P15919), RAG1_ONCMY  (Q91187), RAG1_PIG(Q867B5), 
RAG1_RABIT  (P34088), RAG1_XENLA  (Q91829)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

38 PDB

3GNA; 3GNB; 3JBW; 3JBX; 3JBY; 4WWX; 5ZDZ; 5ZE0; 5ZE1; 5ZE2; 6CG0; 6CIJ; 6CIK; 6CIL; 6CIM; 6DBI; 6DBJ; 6DBL; 6DBO; 6DBQ; 6DBR; 6DBT; 6DBU; 6DBV; 6DBW; 6DBX; 6OEM; 6OEN; 6OEO; 6OEP; 6OEQ; 6OER; 6OES; 6OET; 6V0V; 6XNX; 6XNY; 6XNZ
» more