PROSITE entry PS51487

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	NBD
Accession [info]	PS51487
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-APR-2010 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51487
Associated ProRule [info]	PRU00820

Name and characterization of the entry

Description [info]

NBD domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=68;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=63;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=4.6124501; R2=0.0053998; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=720; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=350; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-96; D=-100; I=-100; B1=-500; E1=-500; MI=-255; MD=-255; IM=-255; DM=-255;

...

                A    C    D    E    F    G    H    I    K    L    M    N    P    Q    R    S    T    V    W    Y
/I:         B1=0; BI=-255; BD=-255;
/M: SY='G';  M= -97,-124,-112,-124,-130, 109,-119,-138,-117,-134,-123, -98,-116,-115,-125, -97,-116,-132,-121,-125;
/M: SY='G';  M= -97,-124,-112,-124,-130, 109,-119,-138,-117,-134,-123, -98,-116,-115,-125, -97,-116,-132,-121,-125;
/M: SY='R';  M=-115,-131,-111, -99,-123,-125,-100,-130, -71,-122,-111,-104,-123, -87, 124,-109,-113,-124,-123,-110;
/M: SY='P';  M=-114,-139,-114,-103,-134,-116,-117,-121,-110,-132,-118,-121, 134,-114,-123,-111,-106,-127,-127,-131;
/M: SY='R';  M=-115,-131,-111, -99,-123,-125,-100,-130, -71,-122,-111,-104,-123, -87, 124,-109,-113,-124,-123,-110;
/M: SY='Q';  M=-107,-132,-102, -81,-137,-115, -95,-123, -87,-118,-105, -97,-114, 140, -87, -96,-109,-125,-120,-108;
/M: SY='H';  M=-117,-129,-101,-101,-115,-119, 157,-134,-106,-116,-101, -90,-117, -95,-100,-106,-115,-133,-151, -84;
/M: SY='L';  M=-115,-116,-132,-124, -88,-134,-116, -79,-126,  99, -76,-131,-132,-118,-122,-125,-111, -87,-119,-101;
/M: SY='L';  M=-115,-116,-132,-124, -88,-134,-116, -79,-126,  99, -76,-131,-132,-118,-122,-125,-111, -87,-119,-101;
/M: SY='S';  M= -90,-111,-103,-105,-121, -99,-108,-119,-104,-123,-116, -92,-110, -98,-109, 110,  44,-111,-131,-114;
/M: SY='L';  M=-115,-116,-132,-124, -88,-134,-116, -79,-126,  99, -76,-131,-132,-118,-122,-125,-111, -87,-119,-101;
/M: SY='T';  M=-100,-109,-105,-108,-115,-116,-115,-106,-105,-111,-107, -94,-106,-109,-113, -83, 124, -98,-136,-113;
/M: SY='R';  M=-115,-131,-111, -99,-123,-125,-100,-130, -71,-122,-111,-104,-123, -87, 124,-109,-113,-124,-123,-110;
/M: SY='R';  M=-115,-131,-111, -99,-123,-125,-100,-130, -71,-122,-111,-104,-123, -87, 124,-109,-113,-124,-123,-110;
/M: SY='A';  M= 107,-109,-115,-107,-123, -97,-117,-113,-110,-115,-109,-110,-114,-107,-115, -88,-100, -99,-123,-119;
/M: SY='Q';  M=-107,-132,-102, -81,-137,-115, -95,-123, -87,-118,-105, -97,-114, 140, -87, -96,-109,-125,-120,-108;
/M: SY='K';  M=-110,-124,-102, -89,-126,-117,-106,-127, 118,-126,-113, -95,-110, -87, -71,-104,-105,-122,-120,-113;
/M: SY='H';  M=-117,-129,-101,-101,-115,-119, 157,-134,-106,-116,-101, -90,-117, -95,-100,-106,-115,-133,-151, -84;
/M: SY='R';  M=-115,-131,-111, -99,-123,-125,-100,-130, -71,-122,-111,-104,-123, -87, 124,-109,-113,-124,-123,-110;
/M: SY='L';  M=-115,-116,-132,-124, -88,-134,-116, -79,-126,  99, -76,-131,-132,-118,-122,-125,-111, -87,-119,-101;
/M: SY='R';  M=-114,-130,-109, -97,-124,-123,-101,-130,  51,-123,-112,-102,-120, -87, 115,-108,-111,-123,-123,-111;
/M: SY='E';  M=-110,-129,  87,  98,-133,-119,-101,-133, -94,-127,-124, -94,-107, -88,-103,-104,-107,-127,-136,-120;
/M: SY='L';  M=-115,-116,-132,-124, -88,-134,-116, -79,-126,  99, -76,-131,-132,-118,-122,-125,-111, -87,-119,-101;
/M: SY='K';  M=-110,-124,-102, -89,-126,-117,-106,-127, 118,-126,-113, -95,-110, -87, -71,-104,-105,-122,-120,-113;
/M: SY='N';  M=-112,-120,-101,-109,-111,-113,  48,  26, -97,  -9,  74,  94,-121,-100,  51,-104,-103,-104,-131,-107;
/M: SY='Q';  M=-108,-129,-106, -87,-122,-118, -98,-110, -92,  31, -97,-102,-117, 130, -93,-100,-110,-114,-119,-107;
/M: SY='V';  M= -99,-113,-131,-124,-102,-132,-133, -66,-122, -87, -90,-126,-127,-125,-124,-114, -98, 112,-136,-109;
/M: SY='K';  M=-110,-124,-102, -89,-126,-117,-106,-127, 118,-126,-113, -95,-110, -87, -71,-104,-105,-122,-120,-113;
/M: SY='A';  M=  76,-111,-107,  29,-118,-107,-112,-108,-106,-108,  58,-105,-111,-103,-112, -91,  71,-100,-127,-115;
/M: SY='F';  M=-123,-119,-136,-131, 130,-130,-115, -96,-126, -88, -98,-124,-134,-137,-123,-122,-115,-102, -88, -66;
/M: SY='A';  M= 107,-109,-115,-107,-123, -97,-117,-113,-110,-115,-109,-110,-114,-107,-115, -88,-100, -99,-123,-119;
/M: SY='D';  M=-112,-129, 101,  86,-133,-117,-101,-133, -96,-128,-126, -91,-109, -91,-105,-104,-106,-128,-139,-119;
/M: SY='K';  M=-110,-124,-102, -89,-126,-117,-106,-127, 118,-126,-113, -95,-110, -87, -71,-104,-105,-122,-120,-113;
/M: SY='E';  M=-107,-129, -78, 120,-131,-124,-101,-132, -89,-124,-120,-104,-103, -81, -99,-104,-108,-124,-128,-121;
/M: SY='E';  M=-107,-129, -78, 120,-131,-124,-101,-132, -89,-124,-120,-104,-103, -81, -99,-104,-108,-124,-128,-121;
/M: SY='G';  M= -99,-125,-102,  56,-131,  98,-114,-137,-109,-131,-122, -99,-112,-105,-117, -98,-114,-130,-123,-124;
/M: SY='G';  M= -97,-124,-112,-124,-130, 109,-119,-138,-117,-134,-123, -98,-116,-115,-125, -97,-116,-132,-121,-125;
/M: SY='D';  M=-115,-129, 127, -78,-136,-112,-101,-134,-102,-132,-131, -83,-114,-102,-111,-103,-105,-131,-151,-118;
/M: SY='V';  M=-104,-116,-131,-126, -97,-133,-129,  46,-124,  32, -85,-127,-127,-123,-125,-117,-102,  91,-129,-106;
/M: SY='K';  M=-110,-124,-102, -89,-126,-117,-106,-127, 118,-126,-113, -95,-110, -87, -71,-104,-105,-122,-120,-113;
/M: SY='S';  M=  51,-111,-106,-105,-122, -97,-109,-119,-106,-122,-115, -96,-112, -98,-110, 104, -87,-109,-128,-115;
/M: SY='V';  M= -99,-113,-131,-124,-102,-132,-133, -66,-122, -87, -90,-126,-127,-125,-124,-114, -98, 112,-136,-109;
/M: SY='C';  M=-109, 159,-129,-129,-119,-124,-129,-126,-124,-116,-117,-115,-139,-132,-131,-111,-109,-113,-149,-130;
/M: SY='M';  M=-113,-117,-132,-123, -90,-131,-112, -80,-122,  87,  97,-127,-128,-114,-119,-123,-110, -88,-119,-100;
/M: SY='T';  M=-100,-109,-105,-108,-115,-116,-115,-106,-105,-111,-107, -94,-106,-109,-113, -83, 124, -98,-136,-113;
/M: SY='L';  M=-115,-116,-132,-124, -88,-134,-116, -79,-126,  99, -76,-131,-132,-118,-122,-125,-111, -87,-119,-101;
/M: SY='F';  M=-123,-119,-136,-131, 130,-130,-115, -96,-126, -88, -98,-124,-134,-137,-123,-122,-115,-102, -88, -66;
/M: SY='L';  M=-115,-116,-132,-124, -88,-134,-116, -79,-126,  99, -76,-131,-132,-118,-122,-125,-111, -87,-119,-101;
/M: SY='L';  M=-115,-116,-132,-124, -88,-134,-116, -79,-126,  99, -76,-131,-132,-118,-122,-125,-111, -87,-119,-101;
/M: SY='A';  M= 107,-109,-115,-107,-123, -97,-117,-113,-110,-115,-109,-110,-114,-107,-115, -88,-100, -99,-123,-119;
/M: SY='L';  M=-115,-116,-132,-124, -88,-134,-116, -79,-126,  99, -76,-131,-132,-118,-122,-125,-111, -87,-119,-101;
/M: SY='R';  M=-115,-131,-111, -99,-123,-125,-100,-130, -71,-122,-111,-104,-123, -87, 124,-109,-113,-124,-123,-110;
/M: SY='A';  M=  97,-109,-113,-107,-123, -97,-115,-114,-109,-116,-110,-106,-113,-104,-113,  49, -96,-102,-124,-118;
/M: SY='R';  M=  39,-123,-110,-102,-125,  40,-107,-127,  46,-123,-113,-102,-117, -95,  87,-101,-109,-119,-122,-115;
/M: SY='N';  M=-110,-115, -83,-104,-124, -98, -90,-124, -95,-131,-117, 133,-121, -97,-104, -92, -94,-126,-144,-120;
/M: SY='E';  M=-107,-129, -78, 120,-131,-124,-101,-132, -89,-124,-120,-104,-103, -81, -99,-104,-108,-124,-128,-121;
/M: SY='H';  M=-117,-129,-101,-101,-115,-119, 157,-134,-106,-116,-101, -90,-117, -95,-100,-106,-115,-133,-151, -84;
/M: SY='R';  M=-113,-128,-108, -95,-125,-122,-102,-129,  77,-124,-112,-100,-118, -87, 104,-107,-110,-123,-122,-111;
/M: SY='Q';  M=-107,-132,-102, -81,-137,-115, -95,-123, -87,-118,-105, -97,-114, 140, -87, -96,-109,-125,-120,-108;
/M: SY='A';  M= 107,-109,-115,-107,-123, -97,-117,-113,-110,-115,-109,-110,-114,-107,-115, -88,-100, -99,-123,-119;
/M: SY='D';  M=-115,-129, 127, -78,-136,-112,-101,-134,-102,-132,-131, -83,-114,-102,-111,-103,-105,-131,-151,-118;
/M: SY='E';  M=-107,-129, -78, 120,-131,-124,-101,-132, -89,-124,-120,-104,-103, -81, -99,-104,-108,-124,-128,-121;
/M: SY='L';  M=-115,-116,-132,-124, -88,-134,-116, -79,-126,  99, -76,-131,-132,-118,-122,-125,-111, -87,-119,-101;
/M: SY='E';  M=-107,-129, -78, 120,-131,-124,-101,-132, -89,-124,-120,-104,-103, -81, -99,-104,-108,-124,-128,-121;
/M: SY='A';  M= 107,-109,-115,-107,-123, -97,-117,-113,-110,-115,-109,-110,-114,-107,-115, -88,-100, -99,-123,-119;
/M: SY='I';  M=-112,-124,-133,-130, -97,-135,-125, 107,-124, -79,  86,-122,-121,-119,-126,-121,-106, -70,-121,-103;
/M: SY='M';  M=-109,-117,-131,-120, -98,-123,-101, -83,-113, -76, 155,-117,-118,-105,-111,-118,-107, -90,-121, -97;
/M: SY='Q';  M=-107,-132, -97,  40,-136,-116, -96,-124, -87,-119,-107, -98,-112, 133, -89, -97,-109,-125,-121,-110;
/I:         E1=0; IE=-255; DE=-255;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_02 which contains 571'282 sequence entries.

Total number of hits	8 in 8 different sequences
Number of true positive hits	8 in 8 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	1
Feature key [info]	DNA_BIND
Feature description [info]	NBD
Version [info]	1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

8 sequences

RAG1_CHICK  (P24271), RAG1_DANRE  (O13033), RAG1_HUMAN  (P15918),

RAG1_MOUSE  (P15919), RAG1_ONCMY  (Q91187), RAG1_PIG(Q867B5), 
RAG1_RABIT  (P34088), RAG1_XENLA  (Q91829)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

38 PDB

3GNA; 3GNB; 3JBW; 3JBX; 3JBY; 4WWX; 5ZDZ; 5ZE0; 5ZE1; 5ZE2; 6CG0; 6CIJ; 6CIK; 6CIL; 6CIM; 6DBI; 6DBJ; 6DBL; 6DBO; 6DBQ; 6DBR; 6DBT; 6DBU; 6DBV; 6DBW; 6DBX; 6OEM; 6OEN; 6OEO; 6OEP; 6OEQ; 6OER; 6OES; 6OET; 6V0V; 6XNX; 6XNY; 6XNZ
» more