PROSITE entry PS51501

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	ZF_DNL
Accession [info]	PS51501
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-JUL-2010 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 08-NOV-2023 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51501
Associated ProRule [info]	PRU00834

Name and characterization of the entry

Description [info]

Zinc finger DNL-type profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=98;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=93;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.5998648; R2=0.0072396; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=6019.4628906; R2=16.9158573; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=954; H_SCORE=22157; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=677; H_SCORE=17471; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-6; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='A';  M=  4, -4,-20, -5, -1,-13, -1,-13, -4,  1, -5,  0, -4,-10, -3, -4,  1, -3, -7,-21,-11, -3;
/M: SY='P';  M=  2,-12,-24, -9,  6,-24,-10, -4,-12,  5,-16,-15,-16, 36,  3, -6, -3,  1,-16,-26,-15,  2;
/M: SY='R';  M=  0,  0,-16,  5, 10,-20,-12,-11,-21, 11,-16, -4, -1, -6, 12, 19,  1,-11,-15,-20,-13,  9;
/M: SY='R';  M= -4, -6,-26, -1, -3,-23,  1, -7,-22,  4,-19,-12,-10, 13,  8, 20, -5,-14,-20,-15,-13, -2;
/M: SY='S';  M=  5, -2,-21,  1,  0,-15,-12,-10,-12,  2,-12, -6, -5, -8,  7,  7, 11,  5, -7,-26,-10,  0;
/M: SY='Y';  M=-17,-20,-35,-14,-14, 19,-24, -5,  1, -4, 24,  9,-23,-24,-13, -5,-16, -5,  8,  9, 44,-15;
/M: SY='L';  M= -1, -7,-20, -5, -5, -6,-19, -6,  3, -3,  9,  8, -9,-20, -4, -5, -9, -1,  4,-20,  7, -5;
/M: SY='I';  M=  3,-15,-15,-22,-19, 10,-18,-15, 28,-13, 21, 15,-11,-31,-18,-16,-12,  2, 23,-26,  6,-19;
/M: SY='T';  M=  9, -8,-17,-10, -5,-12,-17,-13,  4, -5,  0,  3, -6,-15,  5, -6,  3, 12,  6,-30, -8, -2;
/M: SY='F';  M=-24,-26,-17,-39,-31, 72,-30,-26, -4,-11, 18,-17,-12,-35,-25,-10,-12,-17,  6, 11, 30,-32;
/M: SY='T';  M= 11, -1,-21,-10,-18,-19,-19,-19,  1, -8,  0,  3,  8, -3, -1,-26, 17, 44, 10,-48,-11,-10;
/M: SY='C';  M=-28,-19,158,-28, 11,-29,-39,-47,-19,-28,  0,-19,-10,-29,-19,-19,-19,-19,-19,-20,-57,  1;
/M: SY='N';  M=  1, 16,-19,  5, -1,-14, -2,-15, -9,  7,-15,  2, 30,-12, -2, -7,  1,  4,-16,-40,-21, -2;
/M: SY='A';  M=  3, -6,-23, -6,  0,-12,-13, -9,  2,  3, -5,  1, -7,  0, -7, -8, -5, -2,  0,-29, -8, -4;
/M: SY='C';  M=-24,-15,144,-22,  8,-30,-36,-46,-19,-26, -1,-18, -8,-27,-17,-20,-16,-15,-17,-24,-55,  0;
/M: SY='G';  M=  3, 13,-23,  8,  0,-26, 21,-16,-13,  0,-18,-13, 17, -6, -6,-14,  4, -4,-23,-26,-27, -3;
/M: SY='T';  M=  3,  2, -7, -4,  4,-23,-13, -8,-11, -1, -9, -3, 10, -4,  5,-13,  8, 12,-11,-36,-20,  6;
/M: SY='R';  M= -8,-16,-23, -8, -5,-12,-14,-12,-28, 14,-20,  1,-16, -4, 22, 63, -8,-26,-13, -3, -3,  1;
/M: SY='S';  M= 11,  0,-20, -5, -3,-15, -2,-11, -3, -1,-12, -7,  6,-12, -3,-12, 21, 16, -5,-34,-21, -7;
/M: SY='A';  M= 14, -3,-22, -7, -7,-14, -6,-18,  3, -5, -7, -3,  1,-13, -1,-12,  9, 14,  5,-34,-17, -6;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='R';  M=-10,-11,-33, -8,  7,-12,-16, 16,-22, 17,-16, 13,-11,  3,  5, 19, -6,-18,-19,-11,  1,  4;
/M: SY='M';  M=  2, -5,-21, -8, -6,-11,-12,-11, -7,  4, -3,  7, -2, -6,  2,  1,  0,  7, -5,-27, -6, -4;
/M: SY='F';  M= -7,-24,-24,-41,-33, 44,-21,-24, 30,-15, 19, -2, -7,-36,-25,-18,-11, -7, 26,-13, 10,-33;
/M: SY='S';  M=  8,  7,-13,  0, -5,-11, -4,-13, -5, -3,-16,-12, 16,-15,-10,-14, 26, 19, -7,-40,-23,-10;
/M: SY='K';  M= -4, -8,-27, -5, 12,-11,-13,-13,-23, 27,-20,  5, -9, 19,  5, 19, -4,-13,-20,-16, -8,  6;
/M: SY='H';  M= -2, -7,-24, -5,  6,-22,-19, 24,-11, -5, -7,  1, -9, -4, 16,  2, -6, -6,-14,-26, -4, 10;
/M: SY='A';  M= 26, -1,-20, -2, -1,-19,  5,-19, -4, -2,-13, -2,  0,-11,  1,-11, 16,  9,  0,-38,-35, -4;
/M: SY='Y';  M=-38,-29,-56,-12,-19, 31,-28, -4,-11, -8, 26,-10,-38,-20,-10,  0,-19,-12,  7, 50, 82,-19;
/M: SY='H';  M= -8, -7,-28, -2, 13,-28,-22, 51,-20, -3, -9,  3, -6,  8,  6, -9, -4,-10,-22,-32, -6, 11;
/M: SY='K';  M= -5,  0,-18, -2,  8,-18,-15, 10,-19, 11,-17,  7,  7, -2,  7,  9, -3,-10,-21,-30,-14,  6;
/M: SY='G';  M=  0,  0,-40,-10,-20,-30, 80,-30,-10,-10,-20,-20,  0,-10,-20,-20,  0,-20,-30, 10,-30,-20;
/M: SY='V';  M=  7,-12,-19,-20,-24, -3,-22,-22, 27,-15, 11,  5, -5,-24,-17,-21, -1, 21, 30,-36,  0,-21;
/M: SY='V';  M= 10,-20,-20,-20,-29,  9,-30,-28, 39,-18, 10,  2,-19,-40,-29,-10,-10, 10, 48,-30,  9,-29;
/M: SY='F';  M= -6,-19,-20,-31,-26, 30,-19,-20, 28,-16, 23,  3,-10,-31,-21,-19,-12, -4, 23,-15, 13,-26;
/M: SY='I';  M=  8,-17,-20,-23,-25,  3,-16,-24, 39,-18, 12,  5,-11,-32,-21,-18, -8,  5, 37,-30, -2,-25;
/M: SY='Q';  M=  3,-12,-20,-10,  6,-21,-19, -5,-19,  8,-14,  3, -9, -5, 41, 34, -7, -5,-17,-14, -7, 17;
/M: SY='C';  M=-28,-20,158,-29,  8,-28,-39,-49,-16,-29,  1,-19,-11,-31,-21,-19,-19,-18,-16,-21,-56, -2;
/M: SY='P';  M= -3, -2,-21, 10,  9,-33, -9, -6,-27,  7,-21,-24,-14, 44,  1, -1, -3, -5,-26,-28,-19,  2;
/M: SY='G';  M=  1,  5,-32, -2, -7,-22, 38,-19,-12,  2,-20,-10,  8, -8,-13,-12,  6, -9,-24,-12,-24,-11;
/M: SY='C';  M=-28,-19,157,-29,  8,-30,-33,-49,-19,-29, -1,-20, -9,-29,-20,-20,-19,-20,-21,-18,-58, -1;
/M: SY='Q';  M=  2,  2,-20,  1, 14,-23, -6, -1,-18, 10,-17,  0,  4, -2, 15,  6, -1, -9,-22,-23,-18, 14;
/M: SY='N';  M=  7,  7,-18, -2, -6, -6,-10,-17,  5,  1,-11, -1, 20,-21,-12,-10,  5,  8,  2,-42,-18,-10;
/M: SY='R';  M=-13,-19,-26,-16, -5, -2,-17,  6,-14, -4, -4,  2,-21,-12, 10, 18,-13,-18,-11, 11, 14, -1;
/M: SY='H';  M=-18,-16,-47,-17,  0,-28,-27,124,-19,-16,-11, 19, -4,  8, -1,-10, -9,-18,-29,-50, -3,  0;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='L';  M= -6,-10, -6,-12,-10, 14,-18,-13, 20,-13, 28, 16,-16,-26,-18,-16,-15,  0, 13,-21, 20,-11; D=-12;
/I:         I=-12; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='I';  M= -1,-17,-15,-29,-21,  4,-14,-17, 42,-15, 19,  9, -6,-28,-18,-23,-10, -1, 30,-25, -2,-21; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='A';  M= 22, -3,-24, -3,  0,-13, -6,-16,  0,  0, -9,  2, -4,-11,  6, -5,  9,  9,  4,-35,-22, -1; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='D';  M=  0, 38,-28, 69,  5,-36,-10,-20,-30, -1, -6,-25,  8,-12,-11,-10, -1, -9,-14,-35, -8, -4; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='H';  M= -7,  9,-24, -4, -3,-18,-14, 38, -9, -4,-14,  7, 30,-11, -2, -9, -4, -4,-20,-51,-20, -3;
/M: SY='L';  M= -9,-10, -5,-12,-13, 16,-19,-11, 19,-18, 32, 15,-14,-28,-17,-18,-16,  2, 11,-21, 23,-12;
/M: SY='G';  M= -1,  4,-31, -7,-12,-25, 51,-19,-10, -3,-19,-11, 11,-10,-15,-16, -1,-14,-27, -8,-28,-14;
/M: SY='W';  M=-27,-32,-11,-33,-15, 18, -8,-33, -2,-16,  3, -9,-37,-31,-16, -9,-21,-25, -5, 79, 27,-16;
/M: SY='F';  M=-14,-25,-28,-38,-31, 57,-23,-24,  7,-11, 15,-12,-11,-32,-23,-13, -6, -9, 12,  6, 21,-31;
/M: SY='G';  M=  0, -3,-27, -4,  0,-15,  3,  0,-10,  1, -8, -2, -1,-10, -5, -8,  1, -6,-13,-19,-10, -3;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='D';  M= -2, 23,-21, 39, 15,-34, -8, -8,-27,  3, -9,-17,  8, -7,  1, -9, -2,-10,-21,-27,-11, 10;
/I:         I=-6; MD=-13;
/M: SY='I';  M=  1, -3,-15, -7, -6, -5, -3, -9,  4, -4, -3, -5,  3, -5, -4, -9, -1,  2, -1,-17, -7, -7; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-13;
/M: SY='P';  M= -2, -3,-15, -1,  4,-12, -1, -9,-11,  6,-10, -5, -7,  9, -2, -2,  1, -3,-12, -6, -6,  1; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-13;
/M: SY='G';  M= -4, -2,-24, -2,  1, -9,  3,-10,-14,  3, -7, -6, -2, -9, -2, -3, -3,-12,-15,-10, -6, -1; D=-6;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-13; IM=0; DM=-13;
/M: SY='K';  M= -2, -4,-20, -2,  6,-11,-10, -1,-15, 12,-13,  2, -3,  3,  5, 12,  0, -8,-13,-16, -7,  3; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-13;
/M: SY='Q';  M=  1,-10,-22,-11,  0,-10, -7,-12, -9,  1,-10, -5, -9, -6,  3,  0,  1, -4, -7,-10, -9,  0;
/M: SY='N';  M=  5, 12,-21, 12, -4,-20,-12,-12,-10,  0,-10, -5, 14, -9, -4,-11,  9, 13, -6,-42,-15, -5;
/M: SY='I';  M=  3,-13,-17,-21,-18,  1,-11,-19, 32,-15, 14,  6, -8,-26,-18,-20, -5,  3, 24,-27, -3,-19;
/M: SY='E';  M=  0,  0, -2,  5, 38,-22,-17, -6,-24, 15, -9, -9, -5,  2, 12, -8,  2,-14,-23,-14,-15, 30;
/M: SY='D';  M=  1, 22,-19, 40, 18,-36, -9,-14,-28,  8,-12,-15,  4, -4,  4, -3,  1,-10,-21,-27,-14, 12;
/M: SY='I';  M= -9,-18,-22,-23,-19,  9,-20, -5, 21,-14, 21,  9,-13,-25,-15,-17,-12, -1, 17,-14, 17,-19;
/I:         I=-3; MD=-6;
/M: SY='L';  M=  0,-10, -9,-14,-11,  8,-15, -8, 16,-10, 23, 18,-10,-25,-13,-14,-12,  2, 10,-22, 10,-11; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-6;
/M: SY='K';  M=  6,  1,-17,  1,  3,-11, -4,-12, -9,  7, -8,  4,  0, -7,  2,  3,  1, -3, -7,-23,-13,  1; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-6;
/M: SY='A';  M=  9,  2,-14,  0,  9,-16, -9, -8, -7,  6,-10,  1,  5, -5,  4, -7,  6,  4, -7,-29,-18,  7; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-6; IM=0; DM=-6;
/M: SY='K';  M= -1,  1,-20,  1,  8,-12,-10, -8,-15, 17,-14,  7,  3,  0,  9, 13, -2, -6,-15,-18, -9,  7; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='G';  M=  1,  2,-24, -4, -5,-21, 39,-18, -9, -2,-13,-10,  3, -7, -8,-12,  0,-12,-21, -3,-21, -6; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='E';  M=  3, -1, -7,  1, 22,-22,-14,  1,-11,  8, -7,  0, -2, -2, 13, -4, -2, -7,-14,-18,-14, 20; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='E';  M=  5, -1,-13,  0, 11,-14, -9, -9,-12,  9,-11, -1,  0, -1,  8,  1,  7,  2,-11,-20,-12,  9; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='V';  M=  3,-17,-16,-21,-22, 12,-22,-19, 28,-13, 13,  5,-13,-31,-19,-10,-10,  4, 30,-21,  8,-21; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='K';  M=  2, -6,-13, -5,  2,-11,-14,-16, -6,  7, -9,  1, -6, -4,  1,  4,  1,  0, -3,-21, -8,  0; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='R';  M= -3,-10,-21, -9, -3, -5,-13,-16,-10, 10,-10,  3, -8, -6,  3, 17,  1, -5, -5,-11, -3, -3; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='G';  M=  4, -1,-24, -3,-14,-14, 11,-19,  3, -8, -3, -4, -1,-17,-13,-13,  0,  1,  0,-20,-12,-14; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='T';  M=  1, -3,-20, -6, -5,-13, -2,-12, -3, -3, -5, -6,  0, -3, -3,-10,  1,  4, -6,-22, -8, -5; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='G';  M=  0,  0,-19, -3, -8,-12, 15,-16,  1, -7, -3, -7,  0,-11,-13,-16, -1, -3, -8,-18,-11,-10; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='D';  M=  3,  6,-17,  9,  4,-22,  5,-15,-14,  0,-11,-12,  2, -1, -1, -9, -1, -6,-16,-22,-18,  1; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='D';  M=  2,  2,-17,  7,  0,-12, -5,-15, -5, -3,  0, -5, -4,-14, -5, -7, -3, -5, -2,-20, -6, -2; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='A';  M=  4,  3,-15,  3,  2,-19, -3,-15, -2, -3, -4, -7,  3,-12, -2,-13, -1,  0, -3,-24,-13,  1; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='L';  M= -1, -4,-12, -5, -9,  3, -9,-15,  9,-10, 11,  3, -4,-24,-16,-14, -8, -1,  6,-21,  4,-11; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='E';  M=  1,  2,-12,  5, 15,-19, -3,-12,-13,  4, -8,-10, -3, -6,  1,-10,  2, -8,-14,-11,-12,  9; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='D';  M= -1,  3,-21,  6, -5,-15, -9, -6, -2, -6, -1, -6, -1, -9, -8,-11, -6, -3, -3,-27, -6, -7; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='E';  M= -4, -5,-13, -2,  1, -3,-15,-17, -4, -4, -1,-10, -9,-17, -6,-10, -3, -6, -2, -4,  1, -2; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='E';  M=  1,  3,-20, 12, 13,-26,  0,-11,-19,  3,-11,-17, -7,  8,  1,-10,  0, -8,-19,-17,-14,  7; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='E';  M=  2,  7,-14, 18, 20,-27,-10,-11,-22,  4, -9,-12, -4, -5,  8, -6,  3, -7,-18,-15,-11, 15;
/M: SY='A';  M=  6,  4,-25,  4, -8,-13,  1,-19, -4, -6, -7,-10,  3,-16, -1, -9,  2,  2, -5,-26,-13, -7;
/M: SY='D';  M=  4,  4,-17,  7, -2,-13,-12,-15,  0, -4,  2,  0,  0,-15, -5, -9,  0,  1,  2,-31, -8, -4;
/M: SY='A';  M=  6,  0,-22, -2,  0,-19,  5,-17, -6,  2,-11, -4,  2, -8, -1, -4, -2, -6, -9,-23,-19, -1;
/M: SY='A';  M= 10, -1,-25, -3,  2,-16, -6,-11,-10,  3,-13, -6,  2,  6,  4, -9,  5,  6,-10,-32,-20,  0;
/M: SY='E';  M=  4,  2,-17,  3, 10,-21,  1,-12,-12,  3, -9, -6, -1, -2,  5, -9,  1, -2,-16,-22,-15,  8;
/M: SY='A';  M=  8,  0,-17, -1,  7,-13,-11,-13, -5,  3, -6,  0,  2,-10,  8, -5,  2,  1, -6,-29,-15,  6;
/M: SY='E';  M=  6,  3,-20,  5, 12,-27,  9,-14,-17,  6,-16,-11, -1,  0,  4, -8,  7, -4,-21,-19,-22,  8;
/M: SY='D';  M=  5,  6,-22,  8,  6,-24, -3, -3,-11,  0,-12, -6,  5, -8,  2, -7,  3, -4,-13,-30,-20,  3;
/M: SY='N';  M= -1,  6,-20,  3, -6,-10, -3,-13, -4, -2, -5, -5, 10,-18, -7, -6,  1, -2, -7,-27,-11, -8;
/M: SY='A';  M=  8,  3,-22,  2,  1,-19, -3,-18, -6,  3,-10, -3,  4, -4, -4,-12,  4,  6, -5,-31,-18, -2;
/M: SY='A';  M=  1, -2,-21, -4, -4,  1,-14,-14, -1, -2,  1, -2,  0,-14, -2, -8, -4, -2, -1,-24, -3, -5;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2023_05 which contains 570'420 sequence entries.

Total number of hits	9 in 9 different sequences
Number of true positive hits	9 in 9 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	1
Feature key [info]	ZN_FING
Feature description [info]	DNL-type
Version [info]	4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

9 sequences

DNLZ_DANRE  (A1L1P7), DNLZ_HUMAN  (Q5SXM8), DNLZ_MOUSE  (Q9D113),

DNLZ_XENLA  (Q0IH40), YA72_SCHPO  (Q09759), ZIM17_YEAS1 (B3LPE4), 
ZIM17_YEAS6 (B5VQB0), ZIM17_YEAS7 (A6ZSH0), ZIM17_YEAST (P42844)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

1 PDB

2E2Z