PROSITE logo

PROSITE entry PS51523


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry

Entry name [info] ZF_HD_DIMER
Accession [info] PS51523
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-FEB-2011 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE;
29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC51523
Associated ProRule [info] PRU00856

Name and characterization of the entry

Description [info] Zinc-finger ZF-HD dimerization-type profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=50;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=45;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.3594837; R2=0.0175728; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2746.1230469; R2=2.5307693; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=435; H_SCORE=3847; N_SCORE=10.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=236; H_SCORE=3343; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='Y';  M=-16,-16,-27,-16,-15, 18,-25, 14, -6, -5, -6, -4,-14,-26, -6, -1,-11, -6,-11, 15, 56,-15;
/M: SY='R';  M= -3,-10,-28,-12, -6,-22, -2,-13,-19, 13,-18, -8, -4,-16, -2, 17, -7,-11,-13,-20,-14, -6;
/M: SY='E';  M= -4,  3,-28,  8, 33,-30, -7, -4,-28,  9,-22,-16, -1, -6, 16,  0,  0,-11,-26,-25,-19, 25;
/M: SY='C';  M= -9,-19,100,-27,-29,-21,-17,-29,-31,-29,-21,-20,-17,-37,-29,-29, -9,-11,-13,-46,-30,-29;
/M: SY='L';  M= -9,-13,-23,-13,  0,-10,-24, -5, -2, -8, 12,  9,-13,-18,  2, -6,-13, -4, -6,-23, -5,  1;
/M: SY='K';  M=-12, -2,-30, -2,  8,-28,-20, -8,-30, 46,-28,-10,  0,-12, 10, 37,-10,-10,-20,-20,-10,  8;
/M: SY='N';  M=-11, 26,-21, 10, -2,-18, -5,  8,-17,  3,-23, -9, 43,-20,  1,  8,  4, -2,-24,-35,-16, -1;
/M: SY='H';  M=-15, -2,-28, -3, -5,-18, -9, 66,-27,-11,-19, -4,  6,-19,  3, -4, -5,-11,-25,-26, 13, -5;
/M: SY='A';  M= 33,-11,  3,-20,-11,-20, -6,-19,-15, -7,-13,-11,-10,-15,-10, -9,  5, -3, -4,-24,-20,-11;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='A';  M= 25,-10,-12,-14, -3,-14, -9,-16, -4, -9, -3, -5,-12,-12, -8,-15,  2, -2,  3,-20,-15, -6; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='A';  M= 21, -6,-13,-10, -7,-19,  7,-13,-17, -7,-18,-13, -1,-11, -6, -7, 13,  2, -8,-23,-18, -7; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='M';  M=-14,-16,-24,-23,-17,  5,-25,  2,  8,-13,  9, 17, -9,-23, -9, -4,-16,-10,  1,-19,  3,-14;
/M: SY='G';  M= -2,-13,-15,-14,-21,-24, 49,-21,-32,-22,-20,-15, -5,-23,-21,-21, -4,-18,-24,-23,-27,-21;
/M: SY='G';  M=  3,-11,-29,-11,-17,-29, 53,-20,-35,-18,-28,-19, -3, -5,-18,-20,  0,-17,-27,-21,-29,-18;
/M: SY='H';  M=-12, -4,-28, -3,  0,-19,-18, 37,-21, -3,-19, -6,  2, -5,  8, -2, -4,-10,-23,-24,  6,  1;
/M: SY='A';  M= 30,-12,-13,-18,-13,-17,  3,-20, -9,-14, -8, -8,-10,-15,-13,-19,  8, -1,  1,-23,-19,-13;
/M: SY='L';  M= -9,-29,-18,-32,-25, 21,-30,-23, 20,-27, 26, 12,-26,-28,-26,-20,-20, -5, 19,-17,  3,-25;
/M: SY='D';  M=-19, 40,-29, 57, 15,-34,-13, -3,-32, -4,-20,-24, 14,-13, -3,-11, -4,-10,-25,-37,-17,  6;
/M: SY='G';  M= -4,-13,-29,-13,-18,-24, 46,-18,-31,-15,-19,-14, -4,-21,-16, -9, -5,-18,-24,-20,-24,-18;
/M: SY='C';  M=-12,-19, 84,-27,-26, -8,-29,-12,-26,-27,-16,-15,-16,-36,-26,-25,-11,-11,-11,-40,-16,-26;
/M: SY='G';  M= -3, -8, -8,-11,-12,-28, 28,-15,-31,-14,-24,-15, -3,-19, -4,-14,  1, -8,-24,-25,-24, -8;
/M: SY='E';  M= -7,  3,-26,  9, 37,-24,-19, -5,-23,  8,-14,-14, -2, -6, 12,  0,  0, -6,-22,-29,-16, 24;
/M: SY='F';  M=-20,-25,-22,-33,-25, 62,-29, -1, -4,-25,  5,  0,-16,-29,-31,-16,-19,-11, -5,  7, 34,-25;
/M: SY='M';  M=-12, -7,-25, -9, -9,-12,-24, -8, 10,-12,  9, 21,-11,-18,  1,-13,-15,-10,  2,-24, -5, -5;
/M: SY='P';  M=  3,-10,-25, -9, -4,-24, -3,-15,-21, -6,-25,-17, -6, 21, -7, -6,  7,  1,-18,-28,-22, -8;
/M: SY='S';  M=  9,  1,-19,  1,  5,-24,  0,-10,-24,  0,-23,-17,  2,-11,  0,  0, 13,  1,-15,-29,-19,  2;
/M: SY='S';  M= -2, -1,-23,  0,  6,-23,  1,-11,-19, -7,-23,-16,  3,  0, -4,-11,  8, -2,-15,-32,-22,  0;
/M: SY='E';  M= -9, -7,-33, -2, 17,-25,-11,-10,-25, -3,-23,-17, -9, 12,  8, -8, -4, -9,-28, -6,-15, 12;
/M: SY='E';  M= -6,  9,-23, 10, 16,-24,-12, -3,-25,  6,-22,-17, 10,-11,  6, 11,  8,  2,-20,-31,-17, 10;
/I:         I=-5; MD=-10;
/M: SY='G';  M= -3, -4,-21, -6,-10,-17, 17,-12,-18,-12,-14,-11,  2, -2,-11,-13, -1, -4,-17,-21,-18,-11; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-10;
/M: SY='S';  M=  7,  2,-15, -1,  4,-17, -7, -8,-14, -4,-16,-13,  5,  2, -2, -8, 10,  7,-12,-25,-16,  1; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-10;
/M: SY='L';  M= -2,-10,-17,-13, -5,-10,-16, -9, -3, -5,  3,  1, -8,-14,  3,  1, -3,  2, -4,-18, -7, -2; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-10;
/M: SY='E';  M=  2,  9,-19, 13, 15,-13,-11, -6,-19, -2,-13,-14,  0, -7, -1, -9,  0, -6,-15,-20,-11,  8; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-10; IM=0; DM=-10;
/M: SY='A';  M=  8, -2,-20, -3, -1,-21,-10, -9,-18,  0,-14,-10, -2,-14,  3,  6,  5, -2,-12,-26,-15,  0;
/M: SY='V';  M=  0,-25,-15,-27,-22,  2,-26,-22, 17,-15, 15, 13,-24,-26,-20,-15,-14, -4, 25,-23, -6,-21;
/M: SY='L';  M=-11,-17,-11,-21,-14, -9,-27,-18,  1, -5,  4,  2,-12,-21,-10,  4,-11,  0,  1,-24, -8,-14;
/M: SY='C';  M= -3, -9, 62,-17,-15,-22,-11,-21,-29,-20,-21,-19, -7,-29,-19,-22, -4, -9,-15,-41,-27,-17;
/M: SY='A';  M= 12,-15,-22,-17,-10,-11, -3,-19,-13,-15,-12,-11,-12, 10,-14,-19,  1, -4,-11,-22,-17,-13;
/M: SY='A';  M= 25,-15,-19,-20,-13,-18,  0,-21, -7,-15, -7, -7,-13, -2,-13,-21,  0, -6, -4,-21,-19,-14;
/M: SY='C';  M=-13,-18, 51,-23,-16,-14,-26,-10,-24,-22,-14,-14,-18,-31,-18,-21,-15,-14,-15,-17,-12,-17;
/M: SY='G';  M= -9, -7,-30, -9,-10,-23, 17,  1,-26, -1,-22,-11,  2,-19, -6,  7, -6,-15,-21,-22,-14,-10;
/M: SY='C';  M=-11,-16, 41,-22,-18,-18,-28,  2,-13,-21,-12, -6,-12,-29,-11,-19,-10,-11, -6,-37,-11,-16;
/M: SY='H';  M=-16, 13,-29, 16,  5,-28, -7, 46,-31, -5,-24,-10, 14,-17, 10, -3, -4,-15,-30,-31, -1,  5;
/M: SY='R';  M=-17,  4,-29,  4, -3,-17,-15, -2,-19,  6,-15, -2,  4,-19,  1, 18,-10,-11,-18,-10, -7, -2;
/M: SY='N';  M= -7, 18,-21, 16,  2,-22, -8, -3,-19, -3,-24,-18, 22,-15, -1, -1, 13,  2,-17,-36,-17, -1;
/M: SY='F';  M= -8,-24,-21,-32,-22, 33,-25,-17,  3,-18,  9,  7,-17,-24,-22, -8,-16, -9,  2, -6, 10,-21;
/M: SY='H';  M= -8,  1,-26, -6, -7,-13,-17, 44,-12,-11,-14, -2, 10,-20,  0, -7, -6,-11,-17,-24, 10, -7;
/M: SY='R';  M= -4,-11,-23,-13, -2,-19,-20, -7,-12,  5, -8, -2, -7,-17, 11, 18, -4, -3, -8,-22,-10,  3;
/M: SY='R';  M=-12,  7,-26,  5,  1,-22,-16, -5,-18, 13,-21,-11, 12,-16,  2, 18, -2, -5,-16,-28,-13, -1;
/M: SY='L';  M= -6, -4,-23, -1, -2,-13,-23,-16,  3,-15,  7, -1,-11,-18,-10,-17,-11, -8,  3,-27,-10, -7;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_03 which contains 571'609 sequence entries.


Total number of hits 40 in 40 different sequences
Number of true positive hits 40 in 40 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Feature key [info] ZN_FING
Feature description [info] ZF-HD dimerization-type
Version [info] 4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
40 sequences

MIF1_ARATH  (Q9CA51), MIF1_ORYSI  (B8BIU8), MIF1_ORYSJ  (Q2RB28), 
MIF2_ARATH  (Q9LJW5), MIF2_ORYSI  (B8BLT3), MIF2_ORYSJ  (B9GBM3), 
MIF3_ARATH  (Q2Q493), MIF3_ORYSI  (A2Z182), MIF3_ORYSJ  (Q6ER22), 
MIF4_ORYSJ  (Q0J5F8), ZHD10_ARATH (Q9FIW9), ZHD10_ORYSJ (Q6Z528), 
ZHD11_ARATH (Q9SEZ1), ZHD11_ORYSI (A2XLF4), ZHD11_ORYSJ (Q10DV5), 
ZHD12_ARATH (Q9FKJ9), ZHD13_ARATH (Q9FMY7), ZHD14_ARATH (Q9LQW3), 
ZHD1_ARATH  (Q9FKP8), ZHD1_ORYSI  (A2Z259), ZHD1_ORYSJ  (Q6YXH5), 
ZHD2_ARATH  (Q9SB61), ZHD2_ORYSI  (A2YWA6), ZHD2_ORYSJ  (Q6ZB90), 
ZHD3_ARATH  (O64722), ZHD3_ORYSJ  (Q2QW44), ZHD4_ARATH  (Q9M9S0), 
ZHD4_ORYSJ  (Q53N87), ZHD5_ARATH  (Q9FRL5), ZHD5_ORYSI  (A2WSZ6), 
ZHD5_ORYSJ  (Q5VM82), ZHD6_ARATH  (Q9ZPW7), ZHD6_ORYSI  (B8AX53), 
ZHD6_ORYSJ  (Q688U3), ZHD7_ARATH  (Q9SVL0), ZHD7_ORYSJ  (Q8S3Q9), 
ZHD8_ARATH  (Q9LXG0), ZHD8_ORYSJ  (Q7X7N3), ZHD9_ARATH  (Q9LHF0), 
ZHD9_ORYSJ  (Q6ER21)
» more