PROSITE entry PS51613

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	SAM_MT_RRMJ
Accession [info]	PS51613
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-NOV-2011 CREATED; 26-FEB-2020 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51555
Associated ProRule [info]	PRU00945

Name and characterization of the entry

Description [info]

RrmJ-type ribose 2'-O-methyltransferase (EC 2.1.1.57) domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=203;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=198;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.9052601; R2=0.0044625; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=43736.9023438; R2=4.5154319; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=2487; H_SCORE=54967; N_SCORE=15.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=582; H_SCORE=46365; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-125; D=-100; I=-100; B1=-1000; E1=-1000; MI=-255; MD=-255; IM=-255; DM=-255;

...

                A    C    D    E    F    G    H    I    K    L    M    N    P    Q    R    S    T    V    W    Y
/I:         B1=0; BI=-255; BD=-255;
/M: SY='I';  M=  42,-178,-171,-168,-171,-173,  59,  61,-169, -13,-158,  24,-176,  44,-172,   6,  36,-153,-187,-167;
/M: SY='F';  M=-180,-182,-186,-178, 117,-188,-171,-164,   7,-156,-162,-176,-189,-176,  61,-177,-174,-167,-155,-135;
/M: SY='M';  M=-170,-184,-176,-166,-169,-182,  59,  46,-156, -10,  88,-167,-179,  58,  65,   6,-167,-157,-184,-162;
/M: SY='N';  M=-170,-178,-150,-164,-184,-163,-156,-182,-155,-188,-176, 120,  45,-159,  27,-154,  28,-182,-198,-179;
/M: SY='R';  M=-175,-191,-171,-159,-183,-185,-160,-190,-131,-182,-171,-164,-183,-147, 127,-169,-173,-184,-183,-170;
/M: SY='A';  M=  99,  96,-178,-171,-182,-161,-179,-175,-173,-175,-170,-171,-178,-171,-178,-153,-161,-162,-188,-181;
/M: SY='W';  M=  92,-177,-181,-173,-173,  20,-183,-177,-173,-177,-173,-174,-177,-170,-177,-156,-167,-168, 121,-165;
/M: SY='H';  M=-168,-179,-177,-173,-164,-185,  93,-149,-166,  23,  74,-169,-181,-166,  36,-169,  26,  57,-191,-160;
/M: SY='K';  M=-170,-184,-162,-149,-186,-177,-166,-187, 121,-186,-173,-155,-170,-147,-131,-164,-165,-182,-180,-173;
/M: SY='M';  M=-171,-177,-189,-182,-154,-188,-170,  21,-178,  63, 122,-181,-182,-172,-177,-177,  13,-146,-181,-160;
/M: SY='A';  M=  92,-173,-174,-166,-176,-164,  67,-170,  21,  11,-163,-167,-176,-164,-167,-155,-163,-162,-185,-170;
/M: SY='N';  M=   9,-179,-143,  83,-187,-166,-156,-186,-154,-186,-178, 106,-172,-151,-163,-156,-160,-182,-194,-180;
/M: SY='I';  M=-170,-178,-188,-184,-156,-192,-182,  78,-182,  54,  44,-181,-183,-178,-183,-175,  35,  16,-183,-164;
/M: SY='D';  M=-174,-186, 120,-143,-188,-172,-160,-183,-163,-180,  66,  24,-175,-162,-170,-164,-164,-183,-206,-175;
/M: SY='A';  M=  71,-178,-160,  56,-185,-169,  56,-182,  67,-180,-171,-162,-171,-153,-154,-157,-164,-173,-185,-173;
/M: SY='I';  M=  38,-178,-177,-168,-170,-179,-176,  43,  30,  -2,-157,-170,-178,  27,  27,-163,  26,  36,-185,-170;
/M: SY='F';  M=   6,  49,-192,-187, 118,-186,-178,-154,-184,-151,-159,-182,-191,-191,-183,-176,-171,  22,-157,-136;
/M: SY='N';  M=-165,-182,  50,  20,-187,  62,  68,-191,-164,-189,-179,  75,-175,-160,-170,   5,-164,-188,-194,-174;
/M: SY='W';  M=-175,-181,-193,-185,  66,-190,-182,  17,-184,  62,-148,-189,  20,-183,-184,-182,-171,  23,  87,-150;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-8; IM=0; DM=-8;
/M: SY='K';  M=  43,-188,-181,-170,-189,-182,-180,-175,  58,-179,  44,-174,-184,  44,-165,-169,  12,  12,-194,-182; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-8;
/M: SY='T';  M=-185,-194,  46,-178,-188,-192,-185,-181,-184,  25,-178,  21,  33,-185,-191,-175,  60,-181,-209,-189; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-8; IM=0; DM=-8;
/M: SY='H';  M=   7,-198,-175,  46,-200,  -3,  47,-200,   6,-196,-188,-176,-187,-169,  35,-174,  26,-193,-204,-188; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-8;
/M: SY='C';  M=  42,  96,-173,   7,-178,-173,  58,-171,-172, -13,-167,-169,  58,-169,-176,  21,-163,   0,-192,-175;
/M: SY='R';  M=-170,-186,  72,  38,-188,-174,-161,-190,  29,-186,-179,  21,-175,-151,  76,  19,-164,-184,-191,-175;
/I:         I=-19; MI=0; MD=-47; IM=0; DM=-47;
/M: SY='D';  M=-170,-186,  82,   9,-190,  20,  68,-190,-159,-186,-177,  59,-175,  71,-163,-159,-166,-189,-196,-172;
/M: SY='V';  M=-166,-177,-178,  21,  29,-189,-177,   6,-176,  27,-151,-178,-182,-175,-178,-170,  35,  72,-177,  31;
/M: SY='F';  M=-175,-180,  38,-175,  87,-188,-173,  16,-172,  18,  60,-175,-186,-176,  27,-177,-169,  12,-169,-147;
/M: SY='Y';  M=-171,-179,-176,-178,  17,-184,-161,  17,-173,   2,-156,-171,-181,-172,-175,-162,  80,-157,-156, 107;
/M: SY='F';  M=   7,-179,-191,-187, 123,-185,-171,-158,-183,-151,-159,-182,-191,-190,-181,-177,-173,-162,-149,  46;
/M: SY='A';  M=  68,  59,-182,-177,-170,   8,-183,-150,-177,  11,-158,-176,-182,-176,-181,-162,-162,  65,-188,-174;
/M: SY='D';  M=-175,-189, 129,-138,-196,-172,-161,-194,-162,-192,-191,-143,-174,-162,-171,-163,-165,-191,-211,-178;
/M: SY='V';  M=-167,-178,-192,-187,-157,-194,-189,  71,-184,  36,-144,-186,-186,-183,-186,-178,-163,  80,-186,-166;
/M: SY='C';  M=-170, 157,-189,-189,  33,-185,-187,-182,-185,-173,-174,-176,-199,-193,-190,-172,-169,-172,-197,-177;
/M: SY='G';  M=  76,-176,-173,-175,-187,  84,-178,-184,-174,-184,-176,-163,-175,-171,-180,-153,-167,-174,-182,-182;
/M: SY='G';  M=-157,-184,-172,-184,-190, 112,-179,-198,-177,-194,-183,-158,-176,-175,-185,-157,-176,-192,-181,-185;
/M: SY='P';  M=-174,-199,-174,-163,-194,-176,-177,-181,-170,-192,-178,-181, 136,-174,-183,-171,-166,-187,-187,-191;
/M: SY='G';  M=-157,-184,-172,-184,-190, 112,-179,-198,-177,-194,-183,-158,-176,-175,-185,-157,-176,-192,-181,-185;
/M: SY='G';  M=  18,-183,-166,  31,-190,  94,-173,-192,-168,-188,-179,-160,-174,  43,-175,-156,-172,-185,-182,-182;
/M: SY='F';  M=-182,  62,-195,-191, 128,-190,-176,-159,-186,-150,-160,-183,-194,-197,-184,-181,-174,-163,-151,-130;
/M: SY='S';  M=  44,-170,-166,-166,-180,-160,-170,-175,-166,-179,-173,-156,-171,-161,-171,  94,  63,-166,-190,-175;
/M: SY='E';  M=-168,-186,  15, 100,-190,-175,-158,-189,-151,-185,-178,  71,-168,  51,-159,-160,-165,-185,-191,-179;
/M: SY='Y';  M=  17,-187,-178,-179,-130,-181,-147,-165,-173,-162,-158,-178,-189,-168,-170,-170,-171,-168,-138, 140;
/M: SY='L';  M=-167,-176,-188,-183,-156,-190,-181,  44,-181,  57,  56,-181,-184,-178,-182,-173,  36,  57,-185,-164;
/M: SY='Y';  M=-172,-179,-185,-181,  40,-185,-164,-149,-179,  66,  67,-180,-187,-173,-177,  20,-168,-155,-161,  82;
/M: SY='W';  M=  17,-189,-183,-177,-159,-170,-186,-180,-172,-180,-179,  36,-181,-170,-177,  49,-171,-184, 164,-147;
/M: SY='R';  M=-172,-185,-169,-161,-175,-180,-161,-172,  18,  11,  66,  36,-181,  28,  97,-168,-169,-172,-183,-168;
/M: SY='N';  M=-165,-180,-163,-163,-179,  20,-164,-172,  58, -13,-168,  71,-178,-157,  48,  20,-161,  13,-187,-174;
/M: SY='K';  M=-170,-185,  53,-153,-186,-176,  58,-182,  73,-184,-174,-156,  69,-159,-154,-161,  55,-179,-191,-173;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-34; IM=0; DM=-34;
/M: SY='W';  M=-179,-195,  25,  22,-163,  -3,-178,-173,-175,  36,-168,-180,-187,  40,-178,-179,-181,-179, 126,  31; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-34;
/M: SY='N';  M=-169,-179,-164,-167,-171,-174,  47,-164,-155,  35,-160,  80,-183,-160,  68,  19,-162,  11,-190,-168;
/M: SY='C';  M=  71, 107,-180,-175,-174,-169,-180,-164,-176,  10,-164,-172,-183,-174,-180,  20,-161,  11,-190,-177;
/M: SY='K';  M=-171,-186,-163,-150,-186,-178,  58,-187, 105,-183,-171,-156,-173,  43,  35,-164,-167,-184,-182,-168;
/M: SY='G';  M=  19,-181,-174,-181,-186, 101,-179,-181,-177,-184,-177,-161,-176,-175,-183,-157,-172,  12,-183,-183;
/M: SY='F';  M=-182,-183,-192,-188, 118,-189,-168,-159,-183,-152,-159,-184,-192,-188,-180,-180,-176,-165,  71,  80;
/M: SY='G';  M=-157,-184,-172,-184,-190, 112,-179,-198,-177,-194,-183,-158,-176,-175,-185,-157,-176,-192,-181,-185;
/M: SY='F';  M=-174,-178,-194,-188, 102,-191,-179,  19,-184,  10,  44,-185,-189,-187,-183,-180,-169,  49,-163,-141;
/M: SY='T';  M=-158,-169,-165,-168,-176,-173,-174,-167,-165,-172,-168,-154,-167,-168,-173,  22, 122,-159,-195,-173;
/M: SY='L';  M=-173,-176,-189,-183,-151,-192,-177,  16,-183,  92,-139,-185,-188,-178,-182,-178,  28,-146,-180,-162;
/M: SY='K';  M=  -5,-183,-168,-157,-181,-178,-167,   5,  84,-177,-169,-160,-174,-152,  76,-162,  36,-170,-183,-172;
/M: SY='N';  M=   9,-178,-158,-173,-187,  81,-164,-189,-166,-190,-179,  98,-178,-166,-174,-154,-164,-185,-189,-182;
/I:         I=-17; MD=-42;
/M: SY='H';  M=-176,-192,  53,  10,-190,-184,  59,-174,-173,-183,-179,  22,-187,  39,-177,  19,-171,  42,-207,-179; D=-17;
/I:         I=-17; MD=-42;
/M: SY='N';  M=-176,  82,-164,-172,-171,-176,  44,-179,  29,   2,-170,  92,-188,-167,-167,-167,-167,-180,-188,  47; D=-17;
/I:         I=-17; MD=-42;
/M: SY='D';  M=-178,-196,  97,  52,-202,-182,-172,-201,-169,-199,-196,-159,-181,-165,-177,  29,-172,-196,-211,-188; D=-17;
/I:         I=-17; MI=0; MD=-42; IM=0; DM=-42;
/M: SY='F';  M=-180,-187,  26,-184,  91,-192,-180,-157,-185,-160,-166,-184,-194,-189,-186,-183,-176,  48,  83,  46; D=-17;
/I:         I=-17; DM=-42;
/M: SY='N';  M=-168,  70,-158,   7,-180,  20,  60,-180,   7, -13,-169,  82,-178,  40,-164,-159,  15,-178,-193,-173;
/M: SY='W';  M=-168,-180,  26,-174,-160,-184,-181,-145,-178,  54,-153,-179,  37,-176,-181,   5,-165,  64,  86,-164;
/M: SY='E';  M=-173,-185,  58,  64,  61,-181,  58,-177,-162,-171,-170,-161,-175,  29,-166,-165,  12,-177,-171,  54;
/M: SY='W';  M=-168,-181,-168,  10,-170,-179,-172,   5,  66,-166,  59,  22,-174,-161,-157,-163,  55,  14,  94,-165;
/I:         I=-14; MD=-37;
/M: SY='F';  M=-193,-199,-199,-193,  93,-198,-182,-177,-192,-172,-176,-196,  69,-197,-194,-190,-185,-182,-166,  53; D=-14;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-37; IM=0; DM=-37;
/M: SY='T';  M=-188,-199,-192,-187,  20,-200,-191,   4,-175,-187,-184,-184,  33,-185,  51,-178,  65,-181,-200,-183; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-37;
/M: SY='M';  M=  43,-195,  37,  20,-195,-191,-190,-177,-186,-182,  59,-185,-194,-182,-191,-180,-181,  23,-209,-192; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-37;
/M: SY='C';  M=  -6,  95,-190,-192,-188,  36,-192,-186,-190,  10,-180,-179,-195,-188,-195,  16,  13,-181,-203,-191; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-37;
/M: SY='P';  M=  11,-201,-189,-179,-199,-190,-191,  17,  54,-193,-186,-184,  65,-179,-175,   6,-179,-183,-201,-194; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-37;
/M: SY='Q';  M=  -5,  49,-187,-175,-205,-189,-183,-200,-172,-199,-189,-181,  37,  69,  36,  28,-180,-196,-204,-193; D=-14;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-37; IM=0; DM=-37;
/M: SY='E';  M=   7,-187,  14,  66,-187,-175,  55,-187,  30,-184,-175,  22,  59,-153,  35,-163,-166,-183,-189,-175;
/M: SY='N';  M=-164,-176,  27,-161,-176,-164,-158,-180,  20,-183,-175,  94,-175,-158,-162,  55,  43,-177,-188,  31;
/M: SY='F';  M=-183,-179,-196,-191, 132,-190,-175,-156,-186,-148,-158,-184,-194,-197,-183,-182,-175,-162,-148,-126;
/M: SY='H';  M=-170,  61,  30,  37,  40,-181,  82,-171,-162,-170,-168,-161,-177,-163,  26,-163,  55,  11,-188,-160;
/M: SY='P';  M=  52,-182,-172,-163,-184,-171,-176,   4,  42,-178,-170,-169,  95,-167,-167,-160,  36,-167,-185,-180;
/M: SY='C';  M=-171,  94,  51,  19,  72,-186,-178,  28,-176,-159,-163,-171,-185,-178,-180,-173,-167,  37,-179,-158;
/M: SY='Y';  M=-175,-186,-177,-180,-132,-185,-150,  19,-173,-159,-157,-176,-186,-170,-172,-169,  36,-161,-142, 135;
/I:         I=-18; MI=0; MD=-45; IM=0; DM=-45;
/M: SY='G';  M=-157,-184,-172,-184,-190, 112,-179,-198,-177,-194,-183,-158,-176,-175,-185,-157,-176,-192,-181,-185;
/M: SY='P';  M=  56,-178,  29,-167,-175,-171,-177,  27,-172,  -2,-163,-169,  64,-170,-178,   8,  13,  -1,-187,-175;
/M: SY='D';  M=  33,-182, 101,   8,-186,-169,-163,-182,   9, -14,-177,  37,-175,-160,-166,-160,-163,-178,-197,-177;
/M: SY='D';  M=-167,-185,  71,  11,-191,  57,-164,-191,  54,-189,-180,  36,-173,  29,-158,-160,-167,-188,-189,-178;
/M: SY='T';  M=-162,-174,  44,  24,-181,-170,-166,-175,-161,-179,-174,  53,-169,-161,-169,  29,  96,-169,-197,-175;
/M: SY='G';  M=-157,-184,-172,-184,-190, 112,-179,-198,-177,-194,-183,-158,-176,-175,-185,-157,-176,-192,-181,-185;
/M: SY='D';  M=-173,-183, 110,-146,-191,-166,-157,-190,-160,-192,-186,  91,-177,-160,-168,-159,-161,-189,-208,-179;
/M: SY='I';  M=-167,-179,-192,-187,-158,-194,-187,  83,-183,   2,  56,-185,-184,-181,-185,-178,-163,  73,-186,-165;
/M: SY='F';  M=-179,-179,-189,-186, 109,-189,-168,-154,-182,  29,-153,-182,-190,-185,-180,-177,  13,-159,-152,  68;
/M: SY='D';  M=  -6,-182,  77,  23,-188,-169,-162,-187,  69,-187,-179,  52,-172,-154,-153,  18,-161,-182,-192,-177;
/M: SY='P';  M=-166,-186,-168,  22,-178,-176,-171,  19,  30,  10,-165,-168,  86,  27,-165,  47,-162,-168,-184,-176;
/M: SY='D';  M=  -4,-185,  85,  80,-192,-173,-160,-189,-155,-186,-181,  45,-170,  31,-163,-160,-164,-184,-195,-179;
/M: SY='N';  M=-169,-176,-149,-168,-177,-163,-157,  19,-160,-175,-169, 126,-181,-162,-168,-156,-156,  23,-200,-176;
/M: SY='I';  M=-168,-184,-186,-177,-162,-192,-184,  98,-176,-146,-147,-178,-181,  67,-178,-174,-165,  50,-184,-166;
/M: SY='E';  M=  11,-183,  15,  65,  41,-177,-164,-177,  20, -13,-169,  36,-175,-155,  53,-164,-167,-175,-180,-165;
/M: SY='S';  M=-161,-182,  50,  52,-187,-169,  56,-187,  21,-184,-177,-153,-171,  42,-159,  76,-157,-182,-191,-171;
/M: SY='F';  M=-179,-179,-194,-189, 110,-192,-177,  29,-186,  48,-149,-186,-191,-189,-184,-183,-173,-151,-158,-137;
/M: SY='C';  M=   7,  69,-162,  45,-174,-171,-165,-172,-160,-175,-170,  36,-177,  27,  15,  53,-159,  15,-184,  31;
/M: SY='S';  M=   9,-179,-161,  46,-178,-170,-165,  28,   6,-168,  58,  22,-172,  40,-163,  65,-157,-164,-186,-172;
/M: SY='T';  M=-170,-179,-172,-167,-160,-182,  45,-162,  54,  48,-155,-165,-178,-163,  12,-163,  68,-163,-177,  47;
/I:         I=-22; MD=-57;
/M: SY='V';  M=-183,-197,-210,-206,-177,-212,-211,  69,-202,-161,-164,-203,-202,-202,-204,-195,-179,  69,-206,-185; D=-22;
/I:         I=-22; MD=-57;
/M: SY='M';  M=-203,-209,-210,-199,  28,-215,-200,-185,  45,  24,  46,-203,-211,-195,-186,-205,-199,-189,-202,-185; D=-22;
/I:         I=-22; MI=-57; MD=-57; IM=-57; DM=-57;
/M: SY='K';  M=  -6,-210,-197,-188,-197,-200,-192,-209,  59,-208,-200,-190,-204,-184,-177,  21,-190,-204,-199,  42; D=-22;
/I:         I=-22; DM=-57;
/M: SY='H';  M=-189,-208,-179,  21,-211,  -3,  47,-212,   6,-208,-197,  32,-197,  44,-180,   5,-188,-209,-213,-195; D=-22;
/I:         I=-22; DM=-57;
/M: SY='T';  M=-172,-182,-176,-178,-187,-187,-184,-179,-170,-183,-178,-166,-179,-177,  24,-156, 111,-171,-205,-183; D=-22;
/I:         I=-22; DM=-57;
/M: SY='C';  M=-170, 114,  58,   8,-177,  -2,-167,-187,   6,-182,-177,  33,-183,-165,  26,-165,-167,-181,-189,  33;
/M: SY='G';  M=-161,-184,  28,-168,-188,  90,-172,-192,  29,-189,-180,-156,-175,-166,  28,-158,  12,-186,-184,-180;
/I:         I=-30; MI=0; MD=-77; IM=0; DM=-77;
/M: SY='N';  M=-172,-181,-156,  30,  28,-174,  59,-176,  59,   3,-167,  82,-177,-155,  12,-164,-165,-177,-184,-163;
/M: SY='G';  M=  19,-181,-165,-174,-188,  89,-169,-191,-165,-189,-179,  64,-177,-167,  27,-156,-168,-185,-185,-182;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='C';  M=  39,  96,-187,-181,-167,-181,-187,-143,-180,  -1,-156,-180,-187,-182,-183,-168,-161,  84,-194,-174;
/M: SY='H';  M=  -6,-188,  79,-149,-186,-175, 112,-190,-156,-181,-171,-151,-176,  64,  35,-162,-169,-187,-198,-162;
/M: SY='L';  M=-176,-177,-193,-185,  55,-193,-176,-142,-186,  94,-139,-190,-192,-181,-183,-184,-171,-149,-172,-153;
/M: SY='V';  M=   9,  59,-189,-183,  29,-185,-183,  21,-180,-148,  75,-181,-185,-181,-182,-172,-162,  82,-185,-163;
/M: SY='M';  M=-166,-175,-187,-181,-158,-188,-177,  17,-178,  35,  98,-179,-182,-176,-179,-171,  42,  64,-187,-164;
/M: SY='A';  M=  96,  62,-175,-170,-183,   9,-177,-176,-172,-177,-171,-167,-176,-168,-176,   8,-160,-164,-185,-180;
/M: SY='D';  M=-175,-189, 129,-138,-196,-172,-161,-194,-162,-192,-191,-143,-174,-162,-171,-163,-165,-191,-211,-178;
/M: SY='G';  M=-157,-184,-172,-184,-190, 112,-179,-198,-177,-194,-183,-158,-176,-175,-185,-157,-176,-192,-181,-185;
/M: SY='G';  M=-155,-182,-171,-181,-189, 106,-177,-196,-175,-193,-182,-157,-175,-172,-182,  29,-170,-189,-182,-184;
/M: SY='F';  M=-176,-179,-192,-188, 112,-191,-180,  47,-184,-147,-154,-181,-188,-190,-184,-177,  12,  23,-159,-138;
/M: SY='D';  M=  -5,  47,  93,-155,  33,   9,-166,-184,-167,-182,-180,  33,-178,-166,-174,  36,-161,-180,-191,-170;
/M: SY='V';  M=-161,-173,-186,-182,  31,-189,-188,-133,-179,-150,-153,-179,-183,-183,-182,-168,  47, 102,-188,-163;
/I:         I=-28; MD=-71;
/M: SY='D';  M=-175,-189,  77,  10,-181,   9,-166,-188,-168,-189,-183,  45,  44,-168,-176,-165,  26,-186,-189,  45; D=-28;
/I:         I=-28; MI=-71; MD=-71; IM=-71; DM=-71;
/M: SY='G';  M=-161,-186,-175,-186,-193, 101,-183,-197,-180,-194,-185,-162,-179,-179,-188,-159,  35,-190,-187,-188; D=-28;
/I:         I=-28; DM=-71;
/M: SY='K';  M=-171,-186,  51,  50,-189,-176,-161,-189,  77,-186,-177,  35,-172,  31,  36,-163,-165,-185,-188,-175;
/I:         I=-30; MI=0; MD=-77; IM=0; DM=-77;
/M: SY='E';  M=-168,-186,-145, 108,-181,-181,-164,-176,-154,-178,-175,  37,-168,-148,-163,-165,-166,  22,  71,-174;
/M: SY='N';  M=   9,-174,-146,-164,-184,-157,-153,-182,-157,-189,-177, 127,-179,-158,-165,  17,-153,-181,-200,-179;
/M: SY='F';  M=  -5,  62,  29,  31,  65,-183,  58,  36,-168,  -2,-160,-169,-182,-168,  11,-171,-169,-161,-178,-156;
/M: SY='Q';  M=-167,-192,-162,-141,-197,-175,-155,-183,-147,-178,-165,-157,-174, 143,-147,-156,-169,-185,-180,-168;
/M: SY='E';  M=-167,-189,-138, 122,-191,-184,-161,-192,-149,-184,-180,-164,-163,-141,-159,-164,-168,-184,-188,-181;
/M: SY='I';  M=-171,-181,-176,  20,  17,-188,-173,  59,-165,  47,-150,-174,-180,  28,  36,-170,  35,-150,-179,-162;
/M: SY='I';  M=-170,-180,-185,-181,-156,-187,  56,  70,-180,  63,  55,-177,-183,-173,-179,  19,-166,-143,-183,-161;
/M: SY='S';  M=   9,-174,-167,-169,-170,-167,  44,-165,-168,  28,  58,  45,-176,-162,-171,  76,  12,-164,-189,-168;
/M: SY='K';  M=-171,  69,-170,-157,  41,-180,-167,-174,  89,   2,-165,-163,-178,  70,-147,-167,-168,-174,-176,-163;
/M: SY='Q';  M=-172,-192,  38,-149,-190,-178,-159,-187,-142,-183,-171,-160,  36,  99,  90,-163,-170,-185,-185,-172;
/M: SY='L';  M=-174,-178,-192,-185,-149,-195,-179,  48,-186,  93,-137,-190,-190,-179,-184,-184,-170,-142,-179,-161;
/M: SY='Y';  M=-171,-181,-188,-186,-146,-192,-173,  69,-182,  30,-146,-185,-187,-178,-181,-178,-166,  56,-166,  85;
/M: SY='L';  M=   9,-177,-188,-181,-148,-186,-169,-145,-181,  84,  67,-185,-188,-174,-179,-178,-169,-151,-171,  53;
/M: SY='C';  M=-167, 151,-183,-182,-181,  19,-184,-187,  21,-179,-177,-170,-192,-183,-179,-169,-169,-176,-201,-187;
/M: SY='Q';  M=-168,-189,-156,  68,-187,-179,-158,-178,-150,   3,-164,-162,-172, 122,-153,-160,-169,-179,-182,-171;
/M: SY='C';  M=-171, 100,-189,-186,  54,-187,-187,  47,-181, -12,-158,-179,-187,-184,-185,-173,  36,  16,  94,-156;
/M: SY='L';  M=-171,-180,-179,  22,-157,-190,-173,   5,-174,  81,-143,-181,-184,  52,-174,-177,-169,  14,-181,-164;
/M: SY='T';  M=-162,-173,-175,-175,-164,-180,-178,  20,-173,  37,-154,-166,-176,-172,-177,  28,  89,  31,-189,-169;
/M: SY='M';  M=  73,-175,-180,-175,-171,   9,-176,  54,-174,-157,  86,-171,-176,-169,-177,   6,-162,-150,-183,-171;
/M: SY='L';  M=-171,-176,-192,-185,  29,-193,-179,-137,-185,  86,-140,-189,-191,-181,-183,-182,-168,  49,-178,-158;
/M: SY='C';  M=  11,  76,  29,  19,-175,-179,-173,  28,  29,-165,  46,-165,-177,-164,  12,-164,  26,  12,-190,-173;
/M: SY='C';  M=-166, 112,-187,-185,-164,-189,-188,  36,-182,  10,-155,-179,-188,-184,-186,-171,  23,  67,-194,-173;
/M: SY='L';  M=-172,-178,-192,-186,-151,-194,-181,  48,-185,  84,-139,-189,-189,-180,-184,-182,-168,  31,-181,-163;
/M: SY='R';  M=-170,-189,-170,-161,-185,  38,-163,-191,  21,-185,-174,-162,-180,-151, 113,-166,-173,-185,-183,-173;
/M: SY='P';  M=-171,-192,-169,   8,-187,-179,-171,-174,   7,-181,-172,-172, 107,  27,  54,-169,-167,  14,-186,-180;
/M: SY='G';  M=-157,-184,-172,-184,-190, 112,-179,-198,-177,-194,-183,-158,-176,-175,-185,-157,-176,-192,-181,-185;
/M: SY='G';  M=-157,-184,-172,-184,-190, 112,-179,-198,-177,-194,-183,-158,-176,-175,-185,-157,-176,-192,-181,-185;
/M: SY='N';  M=-167,  69,-154,-166,-180,-166,  83,-182,-162,-182,-172, 105,-179,-161,-167,   6,  48,-179,-203,-171;
/M: SY='F';  M=  11,  70,-188,-184, 116,-181,-176,-163,-182,-155,-163,-177,-189,-187,-182,  20,-168,-164,-158,-137;
/M: SY='V';  M=-164,-176,-192,-186,  18,-193,-190,  49,-184, -12,-148,-186,-186,-185,-185,-176,-161,  97,-186,-163;
/M: SY='C';  M=-170, 131,-188,-185,-162,-187,-182,-158,-183,  66,-153,-179,-193,-184,-186,-174,  15,-159,-192,-174;
/M: SY='K';  M=-170,-184,-162,-149,-186,-177,-166,-187, 121,-186,-173,-155,-170,-147,-131,-164,-165,-182,-180,-173;
/M: SY='V';  M=-169,-177,-190,-185,  54,-192,-184,  48,-183,  44,-146,-183,-186,-183,-184,-176,  12,  64,-177,-156;
/M: SY='F';  M=-183,-179,-196,-191, 132,-190,-175,-156,-186,-148,-158,-184,-194,-197,-183,-182,-175,-162,-148,-126;
/M: SY='D';  M=-175,-189, 129,-138,-196,-172,-161,-194,-162,-192,-191,-143,-174,-162,-171,-163,-165,-191,-211,-178;
/M: SY='C';  M=  18,  69,-181,-178,-163,-182,-181,  19,-177,  45,-153,-173,-181,-177,-181,-163,  68,  30,-189,-170;
/M: SY='F';  M=-182,-180,-192,-188, 119,-190,-168,-156,-184,   2,-155,-184,-193,-189,-181,-181,-174,-161,-147,  69;
/M: SY='T';  M=  10,-173,-161,  31,-180,-169,-170,-173,-161,-176,-171,-156,-168,  27,-168,  54,  97,-165,-191,-174;
/M: SY='P';  M=-170,-191,  44,  22,-189,-175,  68,-186,-160,-187,-177,-163, 101,-161,  27,  21,-165,-186,-192,-176;
/I:         I=-16; MI=0; MD=-40; IM=0; DM=-40;
/M: SY='F';  M=-175,-178,-179,-178, 116,-180,-170,-163,  30,-157,-163,  36,-186,-178,-169,  19,-167,-167,-157,-137;
/M: SY='T';  M=-155,-170,-164,-166,-178,-167,-171,-172,-165,-176,-171,-153,-168,-163,-171,  81, 104,-164,-193,-173;
/M: SY='I';  M=  38,-179,-186,-180,  32,-183,-183,  75,-171,-151,-153,-179,-182,-175,  35,-170,-164,  53,-180,-162;
/M: SY='G';  M=  18,-182,-166,  37,-187,  84,-173,-178,-167,-181,-174,-162,-174,  52,-173,-158,-170,  14,-183,-180;
/M: SY='L';  M=-172,-177,-192,-185,-151,-193,-177,  28,-184,  84,  67,-188,-188,-177,-182,-182,-168,  15,-181,-161;
/M: SY='L';  M=-168,  47,-191,-185,-155,-193,-183,   5,-184,  71,-143,-187,-190,-182,-184,-179,-165,  71,-186,-166;
/M: SY='Y';  M=-177,-187,-170,  22,  40,-181,-153,-169,-169,-165,-163,  45,-186,-167,-170,-171,-172,-173,  86, 121;
/M: SY='L';  M=-171,-180,-186,-180,-156,-188,-176,  62,-172,  73,-144,-180,-185,-172,  36,  20,-166,-145,-181,-164;
/M: SY='M';  M=-171,-176,-188,-182,  67,-187,-172,-145,-179,  45, 107,-179,-183,-176,-178,-174,  35,  11,-173,-151;
/M: SY='Y';  M=  -5,-177,-174,-175,-150,-178,-164,  20,-171,-161,-159,-168,-178,-170,-174,  18,  73,  23,-163,  98;
/M: SY='Q';  M=  -4,-183,-163,-155,-182,-172,  67,-180,  22, -14,-166,  45,-177,  84,  50,  20,-164,-178,-187,-167;
/M: SY='C';  M=-169,  95,-173,-175,-166,-179,  92,-161,-174,  51,-156,  36,-186,-170,-175,  21,-165,  -1,-195,-164;
/M: SY='F';  M=-182,-182,-190,-188, 117,-189,-164,-158,-182,-151,-158,-183,-193,-187,-179,-179,-174,-164,-144,  92;
/M: SY='E';  M=-165,-186,  29,  88,-190,  13,-161,-190,-152,-186,-179,  22,-170,  39,  24,  20,-165,-184,-189,-178;
/M: SY='K';  M=-165,-183,-154,  65,-186,-173,-162,-187,  68,-185,-176,  24,-171,-148,  49,  52,-160,-181,-186,-175;
/M: SY='W';  M=-170,-180,-191,-186,  74,-190,-188,  58,-182,-150,-154,-183,-185,-185,-184,-175,  24,  61,  95,-149;
/M: SY='C';  M=-160, 114,-174,-171,-170,-173,-170,-169,-170,-172,-169,-165,-183,  51,-173,  72,-158,  23,-184,  45;
/M: SY='I';  M=-170,-181,-193,-189,-155,-196,-189,  95,-185,  35,-143,-186,-185,-182,-187,-180,-165,  48,-183,-164;
/M: SY='V';  M=-168,-178,-182,-181,  56,-188,  45,  41,-178,-152,-154,-174,-183,-178,-179,-168,  49,  64,-171,  54;
/M: SY='K';  M=-170,-184,-162,-149,-186,-177,-166,-187, 121,-186,-173,-155,-170,-147,-131,-164,-165,-182,-180,-173;
/M: SY='P';  M=-174,-199,-174,-163,-194,-176,-177,-181,-170,-192,-178,-181, 136,-174,-183,-171,-166,-187,-187,-191;
/M: SY='F';  M=  11,-182,-177,-173,  59,-180,  45,   4,-167,   1,-159,  24,  45,-171,  35,-170,-167,  14,-172,  31;
/M: SY='S';  M=-156,-173,-163,-163,-179,-166,  67,-177,-163,-178,-171,-153,-170,  27,-167,  89,  78,-170,-193,-168;
/M: SY='S';  M=-148,-171,-163,-164,-182,-157,-166,-181,-164,-185,-178,-152,-171,-156,-169, 120,-143,-174,-190,-174;
/M: SY='R';  M=-175,-191,-171,-159,-183,-185,-160,-190,-131,-182,-171,-164,-183,-147, 127,-169,-173,-184,-183,-170;
/M: SY='P';  M=-172,-195,-176,-165,-188,-177,-179,-170,-172,-183,-174,-181, 130,-175,-183,-171,-165,  22,-188,-188;
/M: SY='A';  M=  99,-170,-178,-170,-176,-162,-178,-160,-173,  -2,-162,-173,-177,-169,-176,-153,-160,  22,-184,-176;
/M: SY='N';  M=-170,-175,-143,-164,-184,-158,-150,-184,-155,-191,-177, 136,-181,-157,-164,-152,-154,-186,-204,-180;
/M: SY='S';  M=  39,-171,-165,-165,-182,-157,-168,-180,-165,-183,-176,-155,-172,-158,-170, 111,-146,-170,-189,-175;
/M: SY='E';  M=-167,-189,-138, 122,-191,-184,-161,-192,-149,-184,-180,-164,-163,-141,-159,-164,-168,-184,-188,-181;
/M: SY='R';  M=-175,-191,-171,-159,-183,-185,-160,-190,-131,-182,-171,-164,-183,-147, 127,-169,-173,-184,-183,-170;
/M: SY='Y';  M=-179,-189,-179,-182,  18,-186,-146,-163,-174,-160,-157,-180,-191,-170,-171,-174,-173,-169,-135, 143;
/M: SY='L';  M=-173,-179,-193,-187,-152,-195,-182,  74,-186,  78,-139,-188,-188,-180,-185,-183,-168,   1,-180,-162;
/M: SY='V';  M=-164,-177,-192,-187,-160,-194,-193,  75,-184,-144,-147,-185,-185,-184,-186,-176,-161,  95,-190,-167;
/M: SY='C';  M=-168, 158,-187,-188,-180,  -3,-188,-187,-184,-177,-177,-173,-197,-191,-190,-170,-169,-174,-206,-189;
/M: SY='K';  M=-172,-184,-169,  20,  41,-184,-169,  27,  73,  25,-158,-167,-177,  44,  12,-170,-168,-162,-175,-161;
/M: SY='N';  M=-164,-181,  27,-167,-188,  74,-162,-191,-161,-192,-180,  98,-178,-163,  15,-156,-164,-189,-192,-181;
/M: SY='F';  M=-176,-182,-180,-169,  80,-187,-169,-162,  50,  40,-157,-173,-185,-164,  70,-175,-171,-165,-168,-150;
/M: SY='L';  M=-170,-180,-180,-170,-161,-188,-173,  28,   9,  63,-148,-175,-183,  40,  42,-172,  11,  14,-182,-165;
/I:         E1=0; IE=-255; DE=-255;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_05 which contains 572'214 sequence entries.

Total number of hits	18 in 18 different sequences
Number of true positive hits	18 in 18 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes, Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	RrmJ-type SAM-dependent 2'-O-MTase
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

18 sequences

CMTR1_AILME (D2HRF1), CMTR1_BOVIN (A2VE39), CMTR1_DANRE (Q803R5),

CMTR1_DROME (Q9W4N2), CMTR1_HUMAN (Q8N1G2), CMTR1_MOUSE (Q9DBC3), 
CMTR1_PONAB (Q5R981), CMTR1_RAT   (Q5U2Z5), CMTR1_XENLA (Q6GQ76), 
CMTR_NPVAC  (P41469), MTR1A_CAEBR (A8XYX2), MTR1B_CAEBR (A8XYX3), 
MTR1_CAEEL  (Q9NAA5), MTR1_DICDI  (Q54WR1), MTR1_LEIBR  (A4HQI9), 
MTR1_LEIMA  (Q4Q089), MTR1_TRYB2  (Q38AH0), MTR1_TRYCC  (Q4E123)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

6 PDB

4N48; 4N49; 4N4A; 8P4E; 8P4F; 8W8F