PROSITE entry PS51653

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	CV_ZBD
Accession [info]	PS51653
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-AUG-2012 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 13-SEP-2023 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51652
Associated ProRule [info]	PRU00986

Name and characterization of the entry

Description [info]

Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=84;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=79;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.6085346; R2=0.0097928; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=9030.4951172; R2=6.8697047; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=704; H_SCORE=13867; N_SCORE=9.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=398; H_SCORE=11765; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='A';  M= 35, -6,-10,-12, -6,-20,  0,-16,-14,-10,-18,-14, -2,-10, -6,-16, 22,  8, -4,-28,-20, -6;
/M: SY='C';  M=  7, -6, 11,-14,-18,-18,  2,-18,-15,-16,-16,-12,  0,-24,-18,-18,  0, -6, -5,-32,-22,-18;
/M: SY='G';  M= -8,-18,-26,-22,-24, 13, 31,-20,-24,-24,-14,-12, -8,-24,-28,-20, -8,-16,-18, -8, -7,-24;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='V';  M=  7,-26,-12,-28,-24, -1,-25,-26, 21,-20, 16,  9,-26,-26,-24,-20,-11, -2, 32,-26,-10,-24;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='F';  M= -8,-30,-14,-34,-30, 31,-30,-26, 18,-24, 10,  6,-26,-30,-34,-20,-14, -4, 31,-14,  6,-30;
/M: SY='C';  M= -4,-26, 41,-30,-30, -8,-30,-30,  7,-24, -2, -2,-26,-34,-30,-24,-10, -4, 27,-38,-18,-30;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P';  M= -4, -2,-28, -2, -5,-26,  8,-12,-25,-10,-30,-20,  6, 25, -8,-14,  5, -5,-26,-32,-26, -8;
/M: SY='N';  M=  2, 16,-14,  8,  0,-20,  0, -2,-20, -6,-30,-20, 29,-14,  0, -6, 28, 12,-18,-40,-20,  0;
/M: SY='Q';  M=-10, -8,-34, -4, 12,-36,-20, -2,-20,  2,-24, -8, -8, 29, 33, -2, -4,-10,-30,-24,-18, 21;
/M: SY='T';  M= 19, -4,-10,-14,-10,-14,-12,-20,-10,-10,-10,-10, -4,-10,-10,-14, 16, 31,  0,-26,-14,-10;
/M: SY='V';  M=  0,-25,-14,-27,-25, -4,-27,-26, 25,-20,  5,  7,-21,-24,-23,-20, -3,  2, 35,-30,-10,-25;
/M: SY='L';  M= -2,-18,-16,-18,-12, -2,-18,-16,  4,-22, 19,  4,-14,-22,-12,-16, -3,  2,  2,-28, -8,-12;
/M: SY='R';  M=-12,-18,-22,-18,-12,-12,-24,-12, -7, 11, -8, -2,-12,-24, -6, 35,-10, -6,  7,-24,-10,-12;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G';  M= -4, -2,-30,  2, 11,-30, 35,-12,-36, -8,-26,-20,  0,-12, -4,-12,  0,-16,-30,-24,-26,  3;
/M: SY='D';  M= -9, 23,-24, 28, 28,-28,-10,  0,-28,  2,-26,-22, 19, -8,  8, -4,  9, -3,-26,-36,-20, 18;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='Y';  M=-14,-26,-28,-30,-24, 14,-34, -8, 24,-22, 19, 12,-22,-26,-16,-20,-22,-10, 10, -1, 31,-24;
/M: SY='R';  M=-12,-18,-22,-18,-12,-12,-24,-12, -7, 11, -8, -2,-12,-24, -6, 35,-10, -6,  7,-24,-10,-12;
/M: SY='P';  M=-12,-10,-34, -6,  4,-28,-20,-12,-26, 22,-28,-14, -8, 27,  2, 20,-10,-10,-24,-24,-18,  0;
/M: SY='P';  M=-10,-24,-32,-18, -8,-14,-24,-20, -4,-18,  1, -4,-24, 43,-14,-20,-18,-10,-14,-26,-18,-14;
/M: SY='P';  M=-12,-24,-28,-24,-14,  7,-24,-15,  0,-18,  4,  9,-22, 19,-16,-18,-18,-10, -8,-18, -6,-16;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='C';  M= 16,-12, 40,-22,-18,-18,-16,-24,-18,-18,-14,-14,-12,-22,-18,-22,  5,  8, -4,-34,-22,-18;
/M: SY='K';  M=-14, -8,-30, -8, -2, -7,-24,  2,-18, 27,-18, -6, -8,-18,  2, 14,-14,-10,-16, -1, 25, -2;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='Y';  M= 11,-16,  9,-22,-18, -1,-18, -7,-10,-14, -8, -8,-16,-24,-14,-18, -6, -6, -6, -7, 17,-18;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='D';  M=-12, 19,-22, 31,  1,-24,-18,-12,-13, -8,-14,-14,  1,-18,-12,-14, -4, -6,  1,-36,-16, -6;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='V';  M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='M';  M= -8,-26,-16,-32,-26, 18,-26,-16, 19,-18, 14, 27,-24,-26,-21,-16,-16, -6, 23,-17,  3,-22;
/M: SY='H';  M= -6,-14,-26,-18,-16,-15, -4,  2,  1,-20, -9,  0, -4,-18,-10,-18, -3, -9, -3,-26, -6,-16;
/M: SY='T';  M=  4,  0,-10, -6, -6,-14,-12,-16,-14,-10,-18,-14,  4,-10, -6,-10, 28, 38, -4,-34,-14, -6;
/M: SY='D';  M=-12, 39,-24, 47, 12,-32, -6,  0,-32, -2,-30,-26, 26,-12,  0, -8, 10, -2,-26,-40,-20,  6;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='K';  M= -6, -4,  2, -6,  0,-26,-18,-14,-28, 23,-28,-14, -2,-16,  0, 11,  0, -4,-16,-30,-16,  0;
/M: SY='Y';  M=-14, -2,-26, -9, -7,  8,-20, -3,-16, 11,-16, -8,  4,-20, -7,  5,-10, -8,-16, -8, 13, -7;
/M: SY='V';  M= -4,-30,-18,-34,-30,  0,-34,-30, 38,-24, 14, 14,-26,-26,-26,-24,-14, -4, 42,-26, -6,-30;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='L';  M= -6,-18,-12,-18,-12,  6,-18,-12, 12,-18, 31, 12,-18,-18,-12,-12,-18, -6,  6,-12,  0,-12; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='S';  M= 15, -2, -6, -5, -2,-12,  0, -8,-10, -6,-14,-10,  2, -6, -2, -8, 18,  8, -4,-20,-12, -2; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='I';  M= -8,-14,-26,-15,  5,-12,-30,-18, 15,-13,  3,  3,-14,-14, -6,-17,-10, -8, 10,-26,-10, -3;
/M: SY='D';  M= -8, 28,-20, 29,  5,-25, -8, -4,-25, -4,-25,-22, 22,-12, -2, -8, 14, 11,-20,-38,-18,  2;
/M: SY='P';  M=-10,-12,-36, -6,  4,-30,-20,-16,-24, 13,-30,-16,-12, 51, -2, -1,-10,-10,-26,-26,-22, -2;
/M: SY='Y';  M=-20,-24,-26,-28,-24, 49,-30,  4,  0,-18,  4,  0,-20,-30,-22,-14,-20,-10, -6, 22, 61,-24;
/M: SY='V';  M= -6,-18,-22,-20,-14,-12,-28,-22, 11,  5, -3,  4,-16,-20,-12, -3,-12, -6, 19,-24, -8,-14;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='N';  M= -8,  7,-22, -2, -6, -2,-10, -6,-16,-10,-22,-16, 19,  1,-10,-10,  6,  0,-20,-28,-12, -8;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10, -2,  2,-14, -9, -4,-10, -2,-12, -6,  2, -6, 10, -2, 12, 13, -8,-18, -8,  6; D=-13;
/I:         I=-13; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
/M: SY='P';  M= -2,-10,-14, -8, -4, -8,-10,-10, -4,-10, -2, -4, -7,  8, -6,-10,  1,  1, -6,-19,-10, -6; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='G';  M=  0, -6,-18, -6,-12,-18, 43,-12,-24,-12,-18,-12,  0,-12,-12,-12,  0,-12,-18,-12,-18,-12; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G';  M= -6, 12,-28, 11, -8,-30, 40,-10,-35,-12,-30,-22, 17,-18,-12,-14,  2,-14,-30,-28,-26,-10;
/M: SY='Q';  M= -6,-10,-22, -8,  8,-22,-24, -8, -2, -2, -8,  0,-12,-16, 15, -4, -4, -6,  3,-26,-12, 12;
/M: SY='B';  M= -2, 34,-22, 31,  6,-28, -4,  0,-26, -2,-26,-22, 30,-14, -2, -8,  6, -4,-24,-36,-20,  2;
/M: SY='D';  M=-18, 48,-28, 60, 16,-36, -8,  2,-36,  0,-30,-28, 28,-12,  0, -8,  2, -8,-30,-40,-20,  8;
/M: SY='V';  M= -4,-30,-18,-34,-30,  0,-34,-30, 38,-24, 14, 14,-26,-26,-26,-24,-14, -4, 42,-26, -6,-30;
/M: SY='T';  M= -8, -4,-18,-10, -6,-14,-20,-12,-18,  6,-14,-10,  0,-14, -2, 21,  8, 27, -8,-26,-10, -6;
/M: SY='K';  M=-10,  4,-30,  8, 29,-30,-20, -6,-30, 34,-26,-14,  0, -6, 14, 18, -6,-10,-24,-24,-14, 22;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='Y';  M=-20,-22,-28,-24,-22, 39,-30, 12,  0,-14,  2,  0,-20,-30,-16,-12,-20,-10, -8, 26, 71,-22;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-24,-34,-24,  6,-34,-24, 32,-30, 38, 20,-26,-26,-20,-24,-26,-10, 18,-20,  0,-24;
/M: SY='G';  M=  0,-18,-22,-18,-24,-18, 31,-24,-13,-20,-14, -8,-12,-24,-24,-20, -4,-12,  1,-24,-22,-24;
/M: SY='G';  M= -4,-18,-26,-18,-20,-14, 31,-20,-17,-24,  1, -4,-12,-24,-20,-20,-12,-16,-14,-20,-18,-20;
/M: SY='M';  M=-10,  1,-20,-11,-12, -5,-15, -1,  4,-11,  7, 20,  9,-22, -5, -8,-11, -6, -6,-28, -8, -8;
/M: SY='N';  M= -2, 25,-16, 12,  0,-20,  0,  2,-20, -4,-30,-20, 41,-16,  0, -4, 22,  8,-22,-40,-20,  0;
/M: SY='Y';  M= -8,-12,-22,-12,-12, 11,-18,  8, -8,-10,-12, -8, -8,-22, -6,-10,  3,  2,-10,  3, 41,-12;
/M: SY='Y';  M=-16,-26,-28,-32,-26, 29,-34, -8, 19,-22, 10,  8,-20,-26,-20,-20,-20,-10,  8,  6, 39,-26;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='M';  M= -6,-17,-23,-19,-10,-12, -8,-17,  7,-15,  0, 10,-15,-19,-11,-16,-10,-10,  8,-24,-12,-11;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='D';  M=-14, 29,-28, 33, 16,-36,-12,  6,-28,  4,-26,-16, 20,-12, 23,  0,  2, -8,-30,-32,-16, 20;
/M: SY='H';  M=-16, -8, 28,-12,-12,-20,-24, 49,-30,-18,-20, -8, -2,-28, -6,-12,-10,-16,-22,-38,  1,-12;
/M: SY='K';  M=-12, -2,-30, -2,  8,-28,-20, -8,-30, 46,-28,-10,  0,-12, 10, 38,-10,-10,-20,-20,-10,  8;
/M: SY='P';  M= -6, -4,-30, -2,  0,-26,-12,-12,-20, -8,-30,-20,  2, 49, -6,-14,  3, -2,-26,-34,-26, -6;
/M: SY='C';  M=-12, -8, 28,-12, -6,-26,-24, 11,-28, -2,-22,-10, -5,-24,  3, -4, -8,-12,-20,-34,-11, -2;
/M: SY='L';  M= -8,-28,-18,-28,-24, 10,-30,-17, 20,-23, 26, 13,-28,-30,-22,-18,-20, -6, 22,-15, 10,-24;
/M: SY='S';  M=  2,  4,-18,  8, 23,-24, -8, -6,-24, -2,-26,-20,  6, -6,  8, -6, 24,  8,-18,-36,-20, 16;
/M: SY='F';  M= -6,-18,-18,-24,-18, 25,-20,-18,  2,-22, -3, -4, -8,-20,-20,-18,  3,  2,  2,-16,  4,-18;
/M: SY='P';  M=-14, 11,-34, 23, 10,-34,-16,-10,-30,  5,-30,-22, -1, 33, -3, -7, -6,-10,-28,-32,-23,  1;
/M: SY='L';  M=-14,-22,-24,-22,-12, -2,-26,-12,  1, -7, 23,  8,-18,-26, -8, 15,-22,-10, -2,-20, -4,-12;
/M: SY='V';  M= -6,-28, 16,-30,-26, -1,-30,-26, 12,-26, 19,  7,-28,-32,-26,-22,-18, -6, 21,-31,-11,-26;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2023_04 which contains 570'157 sequence entries.

Total number of hits	33 in 33 different sequences
Number of true positive hits	33 in 33 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Taxonomic range [info]	Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	CV ZBD
Version [info]	4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

33 sequences

R1AB_BC133  (P0C6W1), R1AB_BC279  (P0C6V9), R1AB_BC512  (P0C6W0),

R1AB_BCHK3  (P0C6W2), R1AB_BCHK4  (P0C6W3), R1AB_BCHK5  (P0C6W4), 
R1AB_BCHK9  (P0C6W5), R1AB_BCRP3  (P0C6W6), R1AB_BEV(P0C6V7), 
R1AB_BRV1   (P0C6V8), R1AB_CVBEN  (P0C6W7), R1AB_CVBLU  (P0C6W8), 
R1AB_CVBM   (P0C6W9), R1AB_CVBQ   (P0C6X0), R1AB_CVH22  (P0C6X1), 
R1AB_CVHN1  (P0C6X2), R1AB_CVHN2  (P0C6X3), R1AB_CVHN5  (P0C6X4), 
R1AB_CVHNL  (P0C6X5), R1AB_CVHOC  (P0C6X6), R1AB_CVM2   (P0C6X8), 
R1AB_CVMA5  (P0C6X9), R1AB_CVMJH  (P0C6Y0), R1AB_CVPPU  (P0C6Y5), 
R1AB_FIPV   (Q98VG9), R1AB_IBVB   (P0C6Y1), R1AB_IBVBC  (P0C6Y2), 
R1AB_IBVM   (P0C6Y3), R1AB_MERS1  (K9N7C7), R1AB_PEDV7  (P0C6Y4), 
R1AB_SARS   (P0C6X7), R1AB_SARS2  (P0DTD1), R1AB_WBV24  (Q008X6)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

58 PDB

5RL6; 5RL7; 5RL8; 5RL9; 5RLB; 5RLC; 5RLD; 5RLE; 5RLF; 5RLG; 5RLH; 5RLI; 5RLJ; 5RLK; 5RLL; 5RLM; 5RLN; 5RLO; 5RLP; 5RLQ; 5RLR; 5RLS; 5RLT; 5RLU; 5RLV; 5RLW; 5RLY; 5RLZ; 5RM0; 5RM1; 5RM2; 5RM3; 5RM4; 5RM5; 5RM6; 5RM7; 5RM8; 5RM9; 5RMA; 5RMB; 5RMC; 5RMD; 5RME; 5RMF; 5RMG; 5RMH; 5RMI; 5RMJ; 5RMK; 5RML; 5RMM; 5ROB; 6JYT; 6ZSL; 7CYQ; 7NIO; 7NN0; 7NNG
» more