PROSITE

Home | Contact

	Home ScanProsite ProRule Documents Downloads Links Funding
	Entry: PS51653

General information about the entry

Entry name [info]

CV_ZBD

Accession [info]

PS51653

Entry type [info]

MATRIX

Date [info]

01-AUG-2012 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE;
22-FEB-2023 INFO UPDATE.

PROSITE Doc. [info]

PDOC51652

Associated ProRule [info]

PRU00986

Name and characterization of the entry

Description [info]

Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=84;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=79;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.6085346; R2=0.0097928; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=9030.4951172; R2=6.8697047; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=704; H_SCORE=13867; N_SCORE=9.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=398; H_SCORE=11765; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='A';  M= 35, -6,-10,-12, -6,-20,  0,-16,-14,-10,-18,-14, -2,-10, -6,-16, 22,  8, -4,-28,-20, -6;
/M: SY='C';  M=  7, -6, 11,-14,-18,-18,  2,-18,-15,-16,-16,-12,  0,-24,-18,-18,  0, -6, -5,-32,-22,-18;
/M: SY='G';  M= -8,-18,-26,-22,-24, 13, 31,-20,-24,-24,-14,-12, -8,-24,-28,-20, -8,-16,-18, -8, -7,-24;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='V';  M=  7,-26,-12,-28,-24, -1,-25,-26, 21,-20, 16,  9,-26,-26,-24,-20,-11, -2, 32,-26,-10,-24;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='F';  M= -8,-30,-14,-34,-30, 31,-30,-26, 18,-24, 10,  6,-26,-30,-34,-20,-14, -4, 31,-14,  6,-30;
/M: SY='C';  M= -4,-26, 41,-30,-30, -8,-30,-30,  7,-24, -2, -2,-26,-34,-30,-24,-10, -4, 27,-38,-18,-30;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P';  M= -4, -2,-28, -2, -5,-26,  8,-12,-25,-10,-30,-20,  6, 25, -8,-14,  5, -5,-26,-32,-26, -8;
/M: SY='N';  M=  2, 16,-14,  8,  0,-20,  0, -2,-20, -6,-30,-20, 29,-14,  0, -6, 28, 12,-18,-40,-20,  0;
/M: SY='Q';  M=-10, -8,-34, -4, 12,-36,-20, -2,-20,  2,-24, -8, -8, 29, 33, -2, -4,-10,-30,-24,-18, 21;
/M: SY='T';  M= 19, -4,-10,-14,-10,-14,-12,-20,-10,-10,-10,-10, -4,-10,-10,-14, 16, 31,  0,-26,-14,-10;
/M: SY='V';  M=  0,-25,-14,-27,-25, -4,-27,-26, 25,-20,  5,  7,-21,-24,-23,-20, -3,  2, 35,-30,-10,-25;
/M: SY='L';  M= -2,-18,-16,-18,-12, -2,-18,-16,  4,-22, 19,  4,-14,-22,-12,-16, -3,  2,  2,-28, -8,-12;
/M: SY='R';  M=-12,-18,-22,-18,-12,-12,-24,-12, -7, 11, -8, -2,-12,-24, -6, 35,-10, -6,  7,-24,-10,-12;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G';  M= -4, -2,-30,  2, 11,-30, 35,-12,-36, -8,-26,-20,  0,-12, -4,-12,  0,-16,-30,-24,-26,  3;
/M: SY='D';  M= -9, 23,-24, 28, 28,-28,-10,  0,-28,  2,-26,-22, 19, -8,  8, -4,  9, -3,-26,-36,-20, 18;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='Y';  M=-14,-26,-28,-30,-24, 14,-34, -8, 24,-22, 19, 12,-22,-26,-16,-20,-22,-10, 10, -1, 31,-24;
/M: SY='R';  M=-12,-18,-22,-18,-12,-12,-24,-12, -7, 11, -8, -2,-12,-24, -6, 35,-10, -6,  7,-24,-10,-12;
/M: SY='P';  M=-12,-10,-34, -6,  4,-28,-20,-12,-26, 22,-28,-14, -8, 27,  2, 20,-10,-10,-24,-24,-18,  0;
/M: SY='P';  M=-10,-24,-32,-18, -8,-14,-24,-20, -4,-18,  1, -4,-24, 43,-14,-20,-18,-10,-14,-26,-18,-14;
/M: SY='P';  M=-12,-24,-28,-24,-14,  7,-24,-15,  0,-18,  4,  9,-22, 19,-16,-18,-18,-10, -8,-18, -6,-16;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='C';  M= 16,-12, 40,-22,-18,-18,-16,-24,-18,-18,-14,-14,-12,-22,-18,-22,  5,  8, -4,-34,-22,-18;
/M: SY='K';  M=-14, -8,-30, -8, -2, -7,-24,  2,-18, 27,-18, -6, -8,-18,  2, 14,-14,-10,-16, -1, 25, -2;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='Y';  M= 11,-16,  9,-22,-18, -1,-18, -7,-10,-14, -8, -8,-16,-24,-14,-18, -6, -6, -6, -7, 17,-18;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='D';  M=-12, 19,-22, 31,  1,-24,-18,-12,-13, -8,-14,-14,  1,-18,-12,-14, -4, -6,  1,-36,-16, -6;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='V';  M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='M';  M= -8,-26,-16,-32,-26, 18,-26,-16, 19,-18, 14, 27,-24,-26,-21,-16,-16, -6, 23,-17,  3,-22;
/M: SY='H';  M= -6,-14,-26,-18,-16,-15, -4,  2,  1,-20, -9,  0, -4,-18,-10,-18, -3, -9, -3,-26, -6,-16;
/M: SY='T';  M=  4,  0,-10, -6, -6,-14,-12,-16,-14,-10,-18,-14,  4,-10, -6,-10, 28, 38, -4,-34,-14, -6;
/M: SY='D';  M=-12, 39,-24, 47, 12,-32, -6,  0,-32, -2,-30,-26, 26,-12,  0, -8, 10, -2,-26,-40,-20,  6;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='K';  M= -6, -4,  2, -6,  0,-26,-18,-14,-28, 23,-28,-14, -2,-16,  0, 11,  0, -4,-16,-30,-16,  0;
/M: SY='Y';  M=-14, -2,-26, -9, -7,  8,-20, -3,-16, 11,-16, -8,  4,-20, -7,  5,-10, -8,-16, -8, 13, -7;
/M: SY='V';  M= -4,-30,-18,-34,-30,  0,-34,-30, 38,-24, 14, 14,-26,-26,-26,-24,-14, -4, 42,-26, -6,-30;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='L';  M= -6,-18,-12,-18,-12,  6,-18,-12, 12,-18, 31, 12,-18,-18,-12,-12,-18, -6,  6,-12,  0,-12; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='S';  M= 15, -2, -6, -5, -2,-12,  0, -8,-10, -6,-14,-10,  2, -6, -2, -8, 18,  8, -4,-20,-12, -2; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='I';  M= -8,-14,-26,-15,  5,-12,-30,-18, 15,-13,  3,  3,-14,-14, -6,-17,-10, -8, 10,-26,-10, -3;
/M: SY='D';  M= -8, 28,-20, 29,  5,-25, -8, -4,-25, -4,-25,-22, 22,-12, -2, -8, 14, 11,-20,-38,-18,  2;
/M: SY='P';  M=-10,-12,-36, -6,  4,-30,-20,-16,-24, 13,-30,-16,-12, 51, -2, -1,-10,-10,-26,-26,-22, -2;
/M: SY='Y';  M=-20,-24,-26,-28,-24, 49,-30,  4,  0,-18,  4,  0,-20,-30,-22,-14,-20,-10, -6, 22, 61,-24;
/M: SY='V';  M= -6,-18,-22,-20,-14,-12,-28,-22, 11,  5, -3,  4,-16,-20,-12, -3,-12, -6, 19,-24, -8,-14;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='N';  M= -8,  7,-22, -2, -6, -2,-10, -6,-16,-10,-22,-16, 19,  1,-10,-10,  6,  0,-20,-28,-12, -8;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10, -2,  2,-14, -9, -4,-10, -2,-12, -6,  2, -6, 10, -2, 12, 13, -8,-18, -8,  6; D=-13;
/I:         I=-13; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
/M: SY='P';  M= -2,-10,-14, -8, -4, -8,-10,-10, -4,-10, -2, -4, -7,  8, -6,-10,  1,  1, -6,-19,-10, -6; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='G';  M=  0, -6,-18, -6,-12,-18, 43,-12,-24,-12,-18,-12,  0,-12,-12,-12,  0,-12,-18,-12,-18,-12; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G';  M= -6, 12,-28, 11, -8,-30, 40,-10,-35,-12,-30,-22, 17,-18,-12,-14,  2,-14,-30,-28,-26,-10;
/M: SY='Q';  M= -6,-10,-22, -8,  8,-22,-24, -8, -2, -2, -8,  0,-12,-16, 15, -4, -4, -6,  3,-26,-12, 12;
/M: SY='B';  M= -2, 34,-22, 31,  6,-28, -4,  0,-26, -2,-26,-22, 30,-14, -2, -8,  6, -4,-24,-36,-20,  2;
/M: SY='D';  M=-18, 48,-28, 60, 16,-36, -8,  2,-36,  0,-30,-28, 28,-12,  0, -8,  2, -8,-30,-40,-20,  8;
/M: SY='V';  M= -4,-30,-18,-34,-30,  0,-34,-30, 38,-24, 14, 14,-26,-26,-26,-24,-14, -4, 42,-26, -6,-30;
/M: SY='T';  M= -8, -4,-18,-10, -6,-14,-20,-12,-18,  6,-14,-10,  0,-14, -2, 21,  8, 27, -8,-26,-10, -6;
/M: SY='K';  M=-10,  4,-30,  8, 29,-30,-20, -6,-30, 34,-26,-14,  0, -6, 14, 18, -6,-10,-24,-24,-14, 22;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='Y';  M=-20,-22,-28,-24,-22, 39,-30, 12,  0,-14,  2,  0,-20,-30,-16,-12,-20,-10, -8, 26, 71,-22;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-24,-34,-24,  6,-34,-24, 32,-30, 38, 20,-26,-26,-20,-24,-26,-10, 18,-20,  0,-24;
/M: SY='G';  M=  0,-18,-22,-18,-24,-18, 31,-24,-13,-20,-14, -8,-12,-24,-24,-20, -4,-12,  1,-24,-22,-24;
/M: SY='G';  M= -4,-18,-26,-18,-20,-14, 31,-20,-17,-24,  1, -4,-12,-24,-20,-20,-12,-16,-14,-20,-18,-20;
/M: SY='M';  M=-10,  1,-20,-11,-12, -5,-15, -1,  4,-11,  7, 20,  9,-22, -5, -8,-11, -6, -6,-28, -8, -8;
/M: SY='N';  M= -2, 25,-16, 12,  0,-20,  0,  2,-20, -4,-30,-20, 41,-16,  0, -4, 22,  8,-22,-40,-20,  0;
/M: SY='Y';  M= -8,-12,-22,-12,-12, 11,-18,  8, -8,-10,-12, -8, -8,-22, -6,-10,  3,  2,-10,  3, 41,-12;
/M: SY='Y';  M=-16,-26,-28,-32,-26, 29,-34, -8, 19,-22, 10,  8,-20,-26,-20,-20,-20,-10,  8,  6, 39,-26;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='M';  M= -6,-17,-23,-19,-10,-12, -8,-17,  7,-15,  0, 10,-15,-19,-11,-16,-10,-10,  8,-24,-12,-11;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='D';  M=-14, 29,-28, 33, 16,-36,-12,  6,-28,  4,-26,-16, 20,-12, 23,  0,  2, -8,-30,-32,-16, 20;
/M: SY='H';  M=-16, -8, 28,-12,-12,-20,-24, 49,-30,-18,-20, -8, -2,-28, -6,-12,-10,-16,-22,-38,  1,-12;
/M: SY='K';  M=-12, -2,-30, -2,  8,-28,-20, -8,-30, 46,-28,-10,  0,-12, 10, 38,-10,-10,-20,-20,-10,  8;
/M: SY='P';  M= -6, -4,-30, -2,  0,-26,-12,-12,-20, -8,-30,-20,  2, 49, -6,-14,  3, -2,-26,-34,-26, -6;
/M: SY='C';  M=-12, -8, 28,-12, -6,-26,-24, 11,-28, -2,-22,-10, -5,-24,  3, -4, -8,-12,-20,-34,-11, -2;
/M: SY='L';  M= -8,-28,-18,-28,-24, 10,-30,-17, 20,-23, 26, 13,-28,-30,-22,-18,-20, -6, 22,-15, 10,-24;
/M: SY='S';  M=  2,  4,-18,  8, 23,-24, -8, -6,-24, -2,-26,-20,  6, -6,  8, -6, 24,  8,-18,-36,-20, 16;
/M: SY='F';  M= -6,-18,-18,-24,-18, 25,-20,-18,  2,-22, -3, -4, -8,-20,-20,-18,  3,  2,  2,-16,  4,-18;
/M: SY='P';  M=-14, 11,-34, 23, 10,-34,-16,-10,-30,  5,-30,-22, -1, 33, -3, -7, -6,-10,-28,-32,-23,  1;
/M: SY='L';  M=-14,-22,-24,-22,-12, -2,-26,-12,  1, -7, 23,  8,-18,-26, -8, 15,-22,-10, -2,-20, -4,-12;
/M: SY='V';  M= -6,-28, 16,-30,-26, -1,-30,-26, 12,-26, 19,  7,-28,-32,-26,-22,-18, -6, 21,-31,-11,-26;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2023_01 which contains 569'213 sequence entries.

Total number of hits

33 in 33 different sequences

Number of true positive hits

33 in 33 different sequences

Number of 'unknown' hits

Number of false positive hits

Number of false negative sequences

Number of 'partial' sequences

Precision (true positives / (true positives + false positives))

100.00 %

Recall (true positives / (true positives + false negatives))

100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info]

protein_domain

Scaling database [info]

reversed

Author [info]

CJA_Sigrist

Taxonomic range [info]

Eukaryotic viruses

Maximum number of repetitions [info]

Feature key [info]

DOMAIN

Feature description [info]

CV ZBD

Version [info]

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

33 sequences

R1AB_BC133  (P0C6W1    ), R1AB_BC279  (P0C6V9    ), R1AB_BC512  (P0C6W0    ),

R1AB_BCHK3  (P0C6W2    ), R1AB_BCHK4  (P0C6W3    ), R1AB_BCHK5  (P0C6W4    ), 
R1AB_BCHK9  (P0C6W5    ), R1AB_BCRP3  (P0C6W6    ), R1AB_BEV    (P0C6V7    ), 
R1AB_BRV1   (P0C6V8    ), R1AB_CVBEN  (P0C6W7    ), R1AB_CVBLU  (P0C6W8    ), 
R1AB_CVBM   (P0C6W9    ), R1AB_CVBQ   (P0C6X0    ), R1AB_CVH22  (P0C6X1    ), 
R1AB_CVHN1  (P0C6X2    ), R1AB_CVHN2  (P0C6X3    ), R1AB_CVHN5  (P0C6X4    ), 
R1AB_CVHNL  (P0C6X5    ), R1AB_CVHOC  (P0C6X6    ), R1AB_CVM2   (P0C6X8    ), 
R1AB_CVMA5  (P0C6X9    ), R1AB_CVMJH  (P0C6Y0    ), R1AB_CVPPU  (P0C6Y5    ), 
R1AB_FIPV   (Q98VG9    ), R1AB_IBVB   (P0C6Y1    ), R1AB_IBVBC  (P0C6Y2    ), 
R1AB_IBVM   (P0C6Y3    ), R1AB_MERS1  (K9N7C7    ), R1AB_PEDV7  (P0C6Y4    ), 
R1AB_SARS   (P0C6X7    ), R1AB_SARS2  (P0DTD1    ), R1AB_WBV24  (Q008X6    )

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

58 PDB

5RL6; 5RL7; 5RL8; 5RL9; 5RLB; 5RLC; 5RLD; 5RLE; 5RLF; 5RLG; 5RLH; 5RLI; 5RLJ; 5RLK; 5RLL; 5RLM; 5RLN; 5RLO; 5RLP; 5RLQ; 5RLR; 5RLS; 5RLT; 5RLU; 5RLV; 5RLW; 5RLY; 5RLZ; 5RM0; 5RM1; 5RM2; 5RM3; 5RM4; 5RM5; 5RM6; 5RM7; 5RM8; 5RM9; 5RMA; 5RMB; 5RMC; 5RMD; 5RME; 5RMF; 5RMG; 5RMH; 5RMI; 5RMJ; 5RMK; 5RML; 5RMM; 5ROB; 6JYT; 6ZSL; 7CYQ; 7NIO; 7NN0; 7NNG
» more

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission