PROSITE entry PS51690

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	ALPHAVIRUS_CP
Accession [info]	PS51690
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-OCT-2013 CREATED; 13-FEB-2019 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51690
Associated ProRule [info]	PRU01027

Name and characterization of the entry

Description [info]

Alphavirus core protein (CP) domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=150;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=145;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8271319; R2=0.0111345; TEXT='-LogE';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3942.4648438; R2=26.2968521; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=824; H_SCORE=25611; N_SCORE=11.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=420; H_SCORE=14987; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='C';  M=-12,-10, 34,-15, -9,-24,-24,-17,-30, 12,-24,-14, -9,-25, -7, 12,-10,-10,-16,-33,-19, -9;
/M: SY='I';  M= -6,-19,-20,-27,-20, -2,-30,-24, 21,-22, 14,  9,-14,-18,-16,-20, -7, 13, 15,-24, -4,-20;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='P';  M=-12,  6,-34, 18, 30,-32,-18, -8,-28,  0,-26,-22, -4, 32,  5,-10, -4,-10,-30,-32,-24, 15;
/M: SY='V';  M= -4,-30,-18,-34,-30,  0,-34,-30, 38,-24, 14, 14,-26,-26,-26,-24,-14, -4, 42,-26, -6,-30;
/M: SY='K';  M=-11, -9,-26,-13, -3,-17,-20, -5,-11, 25,-10, 17, -8,-15,  6, 19,-14,-10, -9,-20, -6,  1;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='H';  M=-13,-13,-25,-11,  2, -7,-25, 23, -6,-16, 14,  6,-11,-21, -3,-10,-18,-13,-11,-25,  3, -2;
/M: SY='D';  M=-13, 29,-28, 35, 34,-31,-12,  2,-31,  5,-25,-23, 20, -8,  9, -3,  2, -8,-30,-35,-20, 22;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='K';  M=-12, 10,-30, 13, 14,-34,-18, -3,-30, 31,-28,-12,  4,-10, 20, 18, -6,-10,-24,-24,-12, 17;
/M: SY='V';  M= -2,-30,-13,-32,-30,  0,-32,-30, 33,-22, 12, 12,-28,-28,-28,-22,-12, -2, 47,-28, -8,-30;
/M: SY='N';  M= -6,  9,-18, -4,-10,-12,-16,-10, -2,-10,-12, -8, 19,-16, -8,-10,  9, 19, -6,-32,-12,-10;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='Y';  M=-20,-16,-30,-16,-16, 20,-28, 35, -6,-10, -4,  0,-14,-28, -6, -8,-18,-12,-14, 19, 69,-16;
/M: SY='A';  M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='C';  M=-10,-22, 93,-30,-28,-14,-30,-28,-20,-30, -7,-12,-22,-38,-28,-28,-14,-10, -6,-44,-24,-28;
/M: SY='L';  M=  5,-26,-14,-28,-22,  0,-24,-24, 18,-22, 23, 10,-26,-26,-22,-20,-15, -4, 23,-24, -8,-22;
/M: SY='V';  M= -2,-28,-12,-30,-28,  0,-28,-24, 28,-18, 12, 20,-28,-28,-24,-18,-12, -2, 42,-28, -8,-26;
/M: SY='G';  M= -2, -6,-30, -4, -5,-30, 53,-16,-38,-14,-28,-20,  0,-16,-12,-16,  0,-18,-30,-22,-28, -9;
/M: SY='G';  M= -9, 16,-30, 24, -3,-34, 36,-11,-40,-11,-30,-24,  9,-16,-11,-16,  0,-16,-30,-29,-26, -7;
/M: SY='K';  M=-12, -2,-30, -2,  8,-28,-20, -8,-30, 45,-28,-10,  0,-12, 10, 39,-10,-10,-20,-20,-10,  8;
/M: SY='V';  M= -3,-30,-13,-30,-27,  3,-30,-27, 27,-23, 21, 13,-30,-30,-27,-20,-15, -3, 39,-27, -7,-27;
/M: SY='M';  M=-13,-23,-20,-33,-23, 21,-23, -5, 15,-15, 17, 44,-20,-23,-11,-13,-20,-10,  7,-12,  8,-15;
/M: SY='K';  M=-12, -2,-30, -2,  8,-28,-20, -8,-30, 47,-28,-10,  0,-12, 10, 36,-10,-10,-20,-20,-10,  8;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='L';  M= 16,-20,-16,-26,-16, -4,-16,-17,  7,-18, 20, 13,-20,-20,-13,-18,-11, -6,  6,-20, -9,-14;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='V';  M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='E';  M=-10,  1,-31,  6, 28,-30,-20, -8,-29, 27,-26,-15, -3,  7, 11, 12, -6,-10,-25,-25,-16, 19;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='T';  M= -5, -7,-18,-12, -8,-14,-22,-17, -9,  8,-12, -6, -6,-15, -7,  8,  2, 17,  3,-26,-10, -8;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-30,-40,-30,  0,-40,-30, 50,-30, 20, 20,-20,-20,-20,-30,-20,-10, 30,-20,  0,-30;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='N';  M=-12, 32,-22, 16,  0,-20, -4, 27,-22, -2,-28,-16, 50,-20,  2,  0,  6, -4,-30,-38,-12,  0;
/M: SY='P';  M=  8,  1,-26,  6, 14,-28,-12,-12,-22, -4,-21,-18, -6, 22, -2,-14,  0, -7,-20,-28,-23,  5;
/M: SY='D';  M=-11, 11,-23, 20,  3,-26,-19, -8,-11, -5,-14, -9, -2,-17,  4, -9, -3, -7, -3,-32,-14,  3;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='A';  M= 42, -8,-10,-16, -8,-20,  0,-18,-12,-10,-14,-12, -6,-10, -8,-18, 16,  4, -2,-24,-20, -8;
/M: SY='K';  M= 12, -5,-22, -9,  1,-25,-12,-12,-22, 25,-21,-10, -4,-11,  2, 16, -2, -6,-12,-20,-14,  1;
/M: SY='L';  M= -9,-30,-20,-31,-22,  8,-31,-22, 25,-29, 42, 19,-29,-29,-21,-21,-27, -9, 17,-21, -1,-22;
/M: SY='K';  M=  5, -2,-21, -5,  3,-25,-14,-13,-23, 24,-24,-11, -1,-10,  3, 11,  4,  2,-13,-24,-13,  3;
/M: SY='F';  M=-15,-23,-21,-28,-22, 39,-28,-11,  3,-22, 14,  3,-19,-27,-24,-16,-16, -1,  0,  2, 29,-22;
/M: SY='K';  M= -8,  0,-26, -2,  6,-26,-20,-12,-26, 39,-26,-10,  0,-10,  6, 22, -4,  1,-16,-22,-10,  6;
/M: SY='K';  M=-11, -1,-30, -1,  9,-29,-20, -9,-30, 48,-29,-10,  0,-11, 10, 35,-10,-10,-20,-20,-10,  9;
/M: SY='S';  M= 25, -4,-10, -8, -4,-20,  0,-14,-16,-10,-22,-16,  2,-10, -4,-14, 29, 12, -6,-32,-20, -4;
/M: SY='S';  M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='K';  M=  1, -8,-25,-12, -2,-21,-19,-13,-11, 22,-15,  1, -7,-12,  2,  9, -8, -8, -7,-20,-10, -1;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='L';  M=-10,-28,-20,-30,-20,  8,-28,-16, 20,-26, 44, 28,-28,-28,-16,-18,-28,-10, 10,-20,  0,-18;
/M: SY='E';  M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='C';  M=-16,-22, 36,-28,-26, 18,-30, -9,-13,-22, -7, -9,-20,-34,-24,-20,-16,-10, -8, -8, 23,-26;
/M: SY='A';  M= 38,-10,-15,-18,-12,-22, 16,-20,-17,-12,-15,-12, -8,-12,-12,-20,  8, -5, -7,-20,-22,-12;
/M: SY='Q';  M=-14, 19,-30, 27, 20,-40,-16,  6,-28,  6,-24,-11,  8,-10, 37,  2,  0,-10,-30,-28,-14, 29;
/M: SY='I';  M= -6,-30,-20,-34,-28,  2,-34,-28, 37,-26, 22, 16,-26,-26,-24,-24,-18, -6, 34,-24, -4,-28;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='V';  M= -4,-19,-18,-19,-11,-15,-26,-15, 11, -9, -1,  6,-19,-22,  4, -9, -6, -4, 20,-26,-10, -3;
/M: SY='H';  M= -5, 15, -5,  3, -5,-20, -9, 28,-23, -8,-23,-13, 27,-21, -2, -6,  2, -7,-24,-36, -9, -5;
/M: SY='M';  M=-10,-20,-20,-30,-20,  0,-20,  0, 20,-10, 20, 60,-20,-20,  0,-10,-20,-10, 10,-20,  0,-10;
/M: SY='R';  M=-14, -4,-30, -4,  6,-26,-20, -6,-30, 42,-26,-10,  0,-14, 10, 47,-10,-10,-20,-20,-10,  6;
/M: SY='S';  M= 16, -2,-10, -3, -2,-20,  0,-12,-18,-10,-27,-18,  7,-10, -2,-12, 35, 17, -8,-37,-20, -2;
/M: SY='D';  M=-18, 42,-30, 60, 28,-38,-12,  0,-38,  2,-28,-28, 16, -8,  4, -8,  0,-10,-30,-38,-20, 16;
/M: SY='A';  M= 31, -6,-10,-16,-10,-16, -8,-20,-10,-10,-10,-10, -6,-10,-10,-16, 14, 19,  0,-24,-16,-10;
/M: SY='F';  M= -5,-17,-16,-21,-15, 21,-17,-16, -4,-21,  2, -4, -9,-21,-18,-16,  3,  3, -2,-18,  2,-15;
/M: SY='K';  M= -8,  0,-26, -2,  8,-28,-20, -7,-24, 29,-24, -8,  0,-10, 18, 18, -2,  1,-18,-22,-10, 13;
/M: SY='Y';  M=-20,-21,-29,-22,-21, 36,-30, 15,  0,-12,  1,  0,-20,-30,-13,-11,-20,-10, -9, 28, 74,-21;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='H';  M= -7,  0,-22,  0,  0,-20,-12, 54,-26,-10,-24, -8, 10,-16,  6, -4, 11, -3,-22,-34,  3,  0;
/M: SY='E';  M=-12, 19,-30, 32, 51,-32,-18,  0,-32,  8,-22,-22,  5, -2, 15, -2,  0,-10,-30,-32,-20, 33;
/M: SY='K';  M=-12,  0,-30,  0,  8,-28,-20, 11,-30, 39,-28, -8,  2,-12, 10, 24,-10,-12,-22,-22, -4,  8;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='E';  M=-10,  2,-32, 10, 40,-32,-20, -3,-26,  5,-22,-17, -5, 19, 19, -3, -2,-10,-30,-28,-21, 28;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='Y';  M=-20,-18,-26,-22,-18, 35,-27, 28, -9,-18, -2,  0,-11,-27,-16,-11,-17,-13,-12,  3, 40,-18;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='N';  M= -7, 34,-18, 17,  0,-20,  0,  7,-20, -2,-30,-20, 52,-18,  0, -2, 15,  3,-27,-40,-20,  0;
/M: SY='W';  M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='H';  M=-20, -3,-30, -3, -3,-13,-21, 89,-26,-10,-17,  0,  6,-21,  7, -1,-11,-19,-27,-22, 28, -3;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='A';  M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='V';  M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='Q';  M=-10,  0,-30,  0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20,  0,  0,-10, 60, 10,  0,-10,-30,-20,-10, 40;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='E';  M=  1,  4,-18,  6, 22,-22,-10, -8,-22, -2,-24,-19,  5, -6,  6, -6, 22, 13,-16,-35,-19, 14;
/M: SY='G';  M= -4,  9,-26,  1,-12,-26, 43, -9,-32,-12,-30,-20, 23,-20,-12,-12,  4,-12,-30,-28,-26,-12;
/M: SY='G';  M= -1, -4,-29, -6,-18,-29, 62,-16,-38,-18,-30,-20,  7,-20,-18,-18,  1,-18,-30,-22,-29,-18;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='I';  M= -5,-30,-20,-35,-30,  0,-35,-30, 40,-25, 15, 15,-25,-25,-25,-25,-15, -5, 40,-25, -5,-30;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='R';  M=-11, -6,-21,-10, -4,-16,-20, -9,-21, 13,-16,-10,  0,-16,  1, 36,  3, 16,-11,-24,-10, -4;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='V';  M= 15,-24,-10,-27,-24, -6,-21,-27, 18,-17,  4,  4,-24,-24,-24,-20, -4,  0, 35,-27,-13,-24;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='G';  M=  3, -6,-27, -7, -6,-28, 21,-16,-31, 11,-27,-14, -2,-14, -6,  1, -3,-13,-21,-20,-20, -6;
/M: SY='P';  M=-13,-12,-34, -8,  2,-27,-20,-11,-26, 17,-27,-14, -9, 29,  1, 22,-10,-10,-24,-24,-19, -2;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='S';  M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-30,-40,-30,  0,-40,-30, 50,-30, 20, 20,-20,-20,-20,-30,-20,-10, 30,-20,  0,-30;
/M: SY='F';  M=-14,-28,-20,-34,-24, 38,-28,-16, 11,-26, 27, 19,-24,-28,-25,-18,-24,-10,  6, -7, 13,-22;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='N';  M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='K';  M= -7, -1,-26, -1,  8,-28,-16, -6,-27, 30,-27,-10,  2,-11, 16, 24,  1, -4,-20,-24,-12, 11;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='R';  M=-19,-11,-31,-10,  0,-21,-20, -3,-29, 25,-21,-11, -3, -5,  7, 58,-10,-10,-21,-21,-13, -1;
/M: SY='V';  M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='V';  M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='A';  M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-30,-40,-30,  0,-40,-30, 50,-30, 20, 20,-20,-20,-20,-30,-20,-10, 30,-20,  0,-30;
/M: SY='V';  M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='A';  M= 37,-15,-10,-23,-15,-15, -8,-23,  1,-13, -5, -5,-15,-15,-15,-20,  5,  0, 13,-23,-17,-15;
/M: SY='N';  M=-12, 42,-22, 30,  4,-24, -2,  8,-24,  0,-30,-22, 52,-18,  0, -2,  8, -2,-30,-40,-20,  2;
/M: SY='E';  M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='T';  M=  9, -1,-10, -8, -7,-14,-11,-17,-13,-10,-17,-13,  2,-10, -7,-11, 26, 35, -3,-32,-14, -7;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='A';  M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='S';  M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='V';  M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='V';  M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='T';  M= -2, -3,-12,-13,-12, -8,-20,-17, -5,-10, -5,  1, -3,-12, -8,-10, 14, 41,  2,-28, -8,-10;
/M: SY='W';  M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='N';  M= -9, 36,-18, 18,  0,-18,  0,  9,-18,  0,-27,-18, 54,-18,  0,  0,  9,  0,-27,-36,-18,  0; D=-14;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='Q';  M= -2,  2,-14,  2, 13,-19,-10, -2,-14,  1,-14, -8,  2, -5, 16, -1, 10,  5,-13,-20,-10, 14; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='G';  M= -9, 16,-30, 24, -3,-34, 36,-11,-40,-11,-30,-24,  9,-16,-11,-16,  0,-16,-30,-29,-26, -7;
/M: SY='M';  M= -6,-21,-19,-25,-19, -6,-26,-17, 18, -5,  7, 23,-20,-22,-12, -8,-14, -6, 22,-24, -6,-16;
/M: SY='T';  M=  0,-13,-10,-19,-19, -6,-24,-24,  7,-14, -1, -1,-13,-19,-19,-14,  7, 29, 21,-30,-10,-19;
/M: SY='V';  M= -3,-17,-16,-24,-21, -4,-29,-26, 19,-19,  4,  4,-14,-18,-18,-19,  0, 18, 23,-27, -7,-21;
/M: SY='K';  M=-12, -2,-30, -2,  8,-28,-20, -8,-30, 46,-28,-10,  0,-12, 10, 37,-10,-10,-20,-20,-10,  8;
/M: SY='V';  M=-10, -4,-23, -4,-13, -7,-26,-14,  7,-14, -2, -2, -9,-19,-14,-17, -6,  3,  8,-21,  4,-15;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='E';  M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='G';  M= -2, -2,-28, -5,-17,-28, 59,-15,-37,-17,-30,-20,  9,-20,-17,-17,  2,-17,-30,-23,-28,-17;
/M: SY='T';  M=  3, -3, 10, -9, -9,-16,-13,-17,-17,-13,-20,-16,  1,-15, -9,-13, 24, 28, -6,-37,-17, -9;
/M: SY='E';  M= -8,  0,-25,  8, 38,-23,-22, -7,-15,  3,-13,-13, -7, -7,  8, -5, -2, -8,-10,-30,-18, 23;
/M: SY='E';  M=-10,  2,-32, 10, 40,-32,-20, -3,-26,  5,-22,-17, -5, 19, 19, -3, -2,-10,-30,-28,-21, 28;
/M: SY='W';  M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_06 which contains 572'619 sequence entries.

Total number of hits	34 in 34 different sequences
Number of true positive hits	34 in 34 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	peptidase S3
Version [info]	4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

34 sequences

POLSF_CHIKS (P0DOK1), POLSF_SFV   (P0DJZ6), POLSF_SINDV (P0DOK0),

POLS_AURAV  (Q86925), POLS_BFV(P89946), POLS_CHIK3  (Q5XXP3), 
POLS_CHIKN  (Q5WQY5), POLS_CHIKS  (Q8JUX5), POLS_EEEV   (P08768), 
POLS_EEEV1  (Q306W5), POLS_EEEV3  (P27284), POLS_EEEV8  (Q306W7), 
POLS_EEEVF  (Q4QXJ7), POLS_EEVV3  (P36329), POLS_EEVV8  (P05674), 
POLS_EEVVE  (P36330), POLS_EEVVM  (P36331), POLS_EEVVP  (P36332), 
POLS_EEVVT  (P09592), POLS_GETV   (Q5Y388), POLS_MAYAB  (Q8QZ72), 
POLS_MIDDV  (Q80S27), POLS_ONNVG  (P22056), POLS_ONNVI  (O90371), 
POLS_ONNVS  (O90369), POLS_RRVN   (P13890), POLS_RRVT   (P08491), 
POLS_SAGV   (Q9JGK8), POLS_SFV(P03315), POLS_SINDO  (P27285), 
POLS_SINDV  (P03316), POLS_SLDV   (Q8QL52), POLS_SPDV   (Q8JJX0), 
POLS_WEEV   (P13897)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

61 PDB

1DYL; 1EP5; 1EP6; 1KXA; 1KXB; 1KXC; 1KXD; 1KXE; 1KXF; 1LD4; 1SVP; 1VCP; 1VCQ; 1WYK; 1Z8Y; 2SNV; 2SNW; 2YEW; 3J0C; 3J0F; 3J2W; 4AGJ; 4AGK; 4UON; 5G4B; 5H23; 5VU2; 6MX4; 6MX7; 6NK5; 6NK6; 6XO4; 6XOB; 7CVY; 7CVZ; 7CW0; 7CW2; 7CW3; 7FD2; 7LIH; 7SFU; 7SFV; 7SFW; 7V4T; 7VGA; 7WCO; 8DEC; 8DEE; 8DWW; 8DWX; 8DWY; 8EEU; 8EEV; 8IHP; 8P61; 8UA4; 8UA9; 8XI4; 8XI5; 8YS2; 8YS4
» more