PROSITE entry PS51775

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	GTD_BINDING
Accession [info]	PS51775
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-SEP-2015 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51775
Associated ProRule [info]	PRU01111

Name and characterization of the entry

Description [info]

GTD-binding domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=99;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=94;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.4952223; R2=0.0050261; TEXT='-LogE';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=11170.2529297; R2=10.3652611; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1394; H_SCORE=25619; N_SCORE=9.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=797; H_SCORE=19431; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-14; D=-100; I=-100; B1=-1000; E1=-1000; MI=-255; MD=-255; IM=-255; DM=-255;

...

                A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y
/I:         B1=0; BI=-255; BD=-255;
/M: SY='N';  M= -5,-38, -2,  7, 20, 14,-26,  6,-27,-17,-23, 25,-37,-25,-32,-12,-23, -5,-34,  8;
/M: SY='D';  M=-15,-40, 40, 34,  6,-34,-23,-23,-17,-33,-32, -1,-29,  8,-12, -8, 21,-30,-45,-26;
/M: SY='C';  M= -3, 41,-33,  5,-28,-40,-38,  3,-29,-10,  4,-33,  3,-29,-21,-12,  0, 38,-50,-31;
/M: SY='E';  M= -5,-39, 27, 34,-35,-34,-25, -1, -7,-10, -2, -5,-31,-15,-15,  5, -9, -8,-47,-31;
/M: SY='A';  M= 23,-36, 17, -7,-36,  6,-27,-27,-11, -4,-24, -6,-34, 15,-11, -9, -1,-11,-45,-32;
/M: SY='L';  M=-29,-35,-40,-19,-12,-33,-33, -1,-34, 51,  0,-20,-45,-32,-16,-34, -7, 12,-40,-22;
/M: SY='R';  M=-29,-45, 15,  2,-39,-40,-21,-33, 15,-18,-26,-19,-36, 20, 59,-24,-16,-11,-44,-29;
/M: SY='C';  M= 10, 39,-20, 30,-15,-34,-25,-22, 10,-34,-29,-23,-33,  8, 31,-10,-13,-30,-42,-30;
/M: SY='R';  M= 15,-37,-11, 20,-35, -9,-26,-15,-14,-11,  7,-23,-32,  1, 27,-18,  8,-14,-43,-31;
/M: SY='V';  M=  2,-35,-10,-18,-20,-40,-34, 10,-29, 26, 18,-34,-41,-29, -2,-15,-22, 27,-44,-25;
/M: SY='R';  M= -4, 24,  8, -1,-11,-33,-24,-31, 12,-24,-27,-21,-36,-17, 26,  9,-10,-11, 19, 12;
/M: SY='A';  M= 27,-36, 21,  0,-18,-18, -2,-17,-20, -6, -1, -2,-34, -1,  5, -2,-21,-24,-44,-28;
/M: SY='Q';  M= -2,  7, 11, 43,-48,-19,  9,-45, -9,-39,-31,-18,-29, 54,  4,-18,-26,-40,-44,-32;
/M: SY='R';  M=-17,-45,-24,  5,-35, -8, 19,-37, 11,-35,-26,-20,-36, 32, 53,-22,-28,-17,-37,  5;
/M: SY='K';  M=-13,-44,-18, 21,-36,-13,  9,-16, 30,-35,-27, -6,-32, 30, 25,-13,-25,-33,-36,  5;
/M: SY='E';  M= -2,-37, -8, 22,-13,-34,-26, -8, -6, -6, -2,-22,-31, -1, 10, 11, 14,-11,-43,-27;
/M: SY='I';  M= -2,-38,-13, -3,-23, -6,-33, 24, -6, 15, 18,-31,-37,-26, -6,-28,-24, 12,-42,-26;
/M: SY='E';  M= -2,-40, 14, 27,-42,-19,  7,-24, 21,-25,-29, 16,-30, 23, -4, -3,-21,-34,-45,-31;
/M: SY='E';  M= 29,-36,  9, 32,-37,-28,-25,-33,  5,-23,-29,-21,-30,-13,  4, -2, -9,-18,-42,-13;
/M: SY='L';  M= 19,-33,-44,-36,-14,-39,-34, 12,-35, 45, 10,-40,-43,-31,-16,-29,-25, -6,-38,-23;
/M: SY='Y';  M=-30, 25,-28,  1, -2,-15, 37,-31, -9, -6,-20,-25,-40, 16, 18,-16,-29,-33, 29, 44;
/M: SY='M';  M= 18,-37,  5,  9,-33,  3, 19,-27, -3, -7, 20, -9,-33,  7,-24,-18,-12,-18,-42,-13;
/M: SY='E';  M=-26,-47, 12, 77,-49,-41,-19,-50, -6,-42,-38,-21,-22,  0,  4,-22,-26,-42,-46,-38;
/M: SY='L';  M=-32,-36,-14,-36, -9,-49,-33,  0,-41, 58,  3,-44,  0,-35,-40,-40,-28, -3,-38,-21;
/M: SY='E';  M=-27,-45, 40, 64,-45,-14,  8,-45,-13,-21,-35,-17,-25, -6,-21,-22,-26,-40,-49,-35;
/M: SY='K';  M= 24,-37, -4, 30,-43,-29,-25,-36, 38,-37,-30, -5,-28, -1,-10,-15, -4,-20,-43,-34;
/M: SY='E';  M=-24,-45,  0, 74,-46, -7,-21,-42,-10,-39,-36,-23,-23, -3,-19,-22,-26,-18,-46,-38;
/M: SY='R';  M=-31,-49,-29,-17,-42,-41,-19,-47,  9,-41,-30,-22,  2, -7, 83,-17,-30,-41,-42,-29;
/M: SY='E';  M=-11,-38,-18, 26,-35,  6,-23,-17, -5,-24, 10,  3,-31,-13, 18, 20, -7,-29,-42,-13;
/M: SY='A';  M= 57,-29,-31,-28,-42, 25,-34,-35,-29,-36,-29,-24,-32,-25,-34,  7,-19,-23,-41,-37;
/M: SY='S';  M= 42,-30,-27,-22,-41,-17,-28,-36,  0,-38,-31,-18,-31,-17, -3, 43,-11,-25,-43,-34;
/M: SY='A';  M= 50, 45,-26,  6,-41,-19,-32,-35,-25,-35,-30,-24,-32,-21,-31, 20,-16,-23,-45,-37;
/I:         I=-8; MD=-21;
/M: SY='T';  M=-19,-35,-31,-33,-39,-21,-38,-16,-31,-35,-32,-20,-35,-29,-37, 36, 45, -2,-56,-37; D=-8;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='A';  M= 56,-34,-38,-32,-47, -1,-40,-39,-34,-40,-34,-31,-38,-30,-39,  4,-23,-26,-47,-43; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-21;
/M: SY='A';  M= 54,-33,-39,-32,-44,-23,-41,-30,-34,-35,-31,-33,-38,-31,-39,  0, -9, -3,-49,-41; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-21;
/M: SY='S';  M=-24,-43, 28, 20,-46,-30,-25,-48,-23,-48,-42, 11,-35,  0,-29, 36, -9,-43,-53,-14; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-21;
/M: SY='E';  M=-21, 19, -6, 66,-54,-44,-26,-54,-15,-47,-43,-11,-30,  5,-24,-27,-31,-46,-53,-45; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-21;
/M: SY='A';  M= 52, 23,-38,-32,-46,-23,-40,-38,-34,-39,-34,-31,-38,-31,-39,  6, -3,-25,-50,-42; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-21;
/M: SY='M';  M=-32,-41,-54,-45,-21,-16,-29, -8,-40, 18, 88,-42,-44,-32,-38,-41,-32,-15,-45,-23; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-21;
/M: SY='A';  M= 36,-36,-32,-32,-45,  5,-35,-39,-30,-29,-34,  6,-39,-27,-17, 19,-12,-31,-50,-41; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-21;
/M: SY='M';  M=-31,-41,-52,-43,-24,-15,-28, -9,-22,  3, 91,-39,-42,-30,-34,-40,-31, -8,-46,-24; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-21;
/M: SY='I';  M=-35,-49,-55,-54,-22,-21,-53, 63,-49, -1, 16,-45,-45,-45,-52,-43,-31,  6,-45,-28; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-21;
/M: SY='L';  M= -9,-39,-35, -5, -7,-20,-33,-15,-28, 29,-13,-16,-42,-10,  0,-28,  2, -5,-43,-27; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-21;
/M: SY='R';  M=-35,  0,-31,-19,-46,-44,-24,-50, 28,-45,-34,-25,  2,-11, 71,-29,-32,-45,-45,-34; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-21;
/M: SY='L';  M=-34,-38,-51,-44,-11,-52,-37,  2,-45, 57,  1,-49,-51,-38,-43,-21,-30, -9,-41,-23; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-21;
/M: SY='Q';  M=-29,-53,-24, -4,-57,-37,-17,-45,  5,-40,-27,-19,-36, 87, 10,-18,-31,-46,-41,-30; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-21;
/M: SY='R';  M=-19,-46,-23, 10,-45, -1,  3,-47, 20,-43,-12,  5,-36,-13, 45,-12,-15,-42,-47,-34; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-21;
/M: SY='E';  M=-30,-50, 25, 71,-53,-43,-22,-53,-11,-46,-42,-22,-26,  7,-21,-25,-29,-46,-51,-41; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-21;
/M: SY='K';  M=-31,-45,-24,-11,-47,-39,-27,-47, 72,-46,-34,-17,-32, -9,  7,-25,-12,-42,-42,-34; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-21;
/M: SY='A';  M= 47,-31,-14,-26,-44,-19,-34,-37,-29,-39,-33,-23,-34,-24,-34, 32, -2,-25,-48,-38; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-21;
/M: SY='A';  M= 30, -5,  8, 26,-40,-30,-31,-30,-26,-15, -6,-27,-34,-21,-32,  3,-22,-11,-49,-37; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-21;
/M: SY='M';  M= 16,-35,-39, -3,-20,-39,-34, 20,-33, 21, 44,-37,-38,-28,-36,-28,-23, 14,-42,-25; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-21;
/M: SY='Q';  M=-15,-44,-17, 39,-37,-39,-20,-29,  5, -4, 32,-24,-31, 46,  7,-23,-27,-30,-41,-28; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-21;
/M: SY='M';  M=-25,-34,-44,-35,-15,-40,-19, 12,-25, 10, 99,-32,-34,-21,  1,-32,-10, -5,-38,-15; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-21;
/M: SY='E';  M=-23,-45, 12, 77,-48,-38,-16,-47, -5,-40,-35,-18,-20, 28,-14,-19,-24,-40,-43,-35; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-21;
/M: SY='A';  M= 59,-26,-31,-25,-33,-17,-32,-22,-27, -4,-20,-25,-31,-23,-31,  8,  2, -7,-40,-32; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-21;
/M: SY='R';  M=-15,-40,-23,  6,-32,-17,-20,-33, 11, -8, -3, -6,-34,-10, 61,-12,  2,-30, 20,-25; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-21;
/M: SY='Q';  M=-23,-48,-18,  3,-53,-31,-11,-39,  5,-34,-21,-13,-30, 96, -3,-12,-25,-41,-35,-24; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-21;
/M: SY='Y';  M=-34,-40,-39,-38, 62,-42,-12,-15,-33,  2,-12,-36,-46,-13,-30,-19,-28,-21,  0, 78; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-21;
/M: SY='R';  M=-28,-44,-24,-10,-38,-37,  7,-39, 37,-18,-23,-17,-34, 39, 64,-22,-26,-36,-38,-24; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-21;
/M: SY='R';  M=-30,-45,-27, -6,-36,-41,-17,-21, 10,-23,-24,-21,-38, -5, 83,-25,-28,-23,-39,-26; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-21;
/M: SY='M';  M=-23, 15,-34, -4, 27,-40,-21, 16,-28, 12, 59,-31,-35,-25,-29,-26,  2, 19,-22, 37;
/M: SY='A';  M= 58,-24,-32,-24,-27,-17,-28, -5,-25,-13, 46,-25,-29,-21,-28, -1,-13, 14,-37,-25;
/M: SY='E';  M=-20,-40, 23, 72,-41, -7,-16,-35,  9,-34,-30,-15,-19, 11,-12,-17,-20,-11,-41,-32;
/M: SY='E';  M=-19,-41, 15, 73,-45,-15,-13,-43, -3,-36,-30,-14,-19, 44,-11, -5,-20,-37,-39,-31;
/M: SY='K';  M=-23,-40,-16,  7,-41,-31,-14,-40, 60,-36,-24,-11,-26, 48, 47,-16,-21,-36,-34,-24;
/M: SY='M';  M= 16,  5,-32,-24,  2, -1,  7, 15,-24, 12, 51,-23,-32, 23,-25,  4,-18, -9,-33,-16;
/M: SY='E';  M= 14,  4, 24, 28, -1,-11,  2,-15,-16,-17, -2, -1,-26, 10,-22, 17,  5,-14,-39,-22;
/M: SY='H';  M=-29,-40,-23,-23,  8,-18, 92,-26,-21,  0,-10,-16,-36,-15, -5,-23,-27,-29,-16, 68;
/M: SY='D';  M=  3,  5, 79, 18,-38,-24,-16,-38,-16,-25,-34,  8,-28,-14,-24,-14, -7,-34,-51, -9;
/M: SY='Q';  M= 14,-36,  1, 31,-36,-27, 29,-32, -4,-12,-20, 11,-27, 44, 30,-12, -7,-28,-40,-23;
/M: SY='E';  M= 11,-36, 27, 56,-41,-26,-15,-36, -1,-32, -2,  0,-22, 31, -2,  0, -7,-30,-41,-29;
/M: SY='E';  M= 29,  3,-17, 36,-28,-27,-26,-14, -8,-13,  1,-22,-26,-13, -7,  0,  2, 19, 27,-26;
/M: SY='I';  M= -5,-32,-39,-18,  5,-42,-33, 47,-33, 40, 12,-36,-37, -8,-34,-30,-20, 18,-32,-15;
/M: SY='Q';  M= 22,  0,  7, 26,-36,-23,  9,-21, -2,-21,-23, 16,-26, 33, 16,  5,  0,-25,-41,-26;
/I:         I=-8; MD=-20;
/M: SY='A';  M= 20,  7,-27,-13, 13,-26,  6,  2,-19,  4,-15,  3,-34, -7, 10, 20,-15, -3,-36,-18; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-20;
/M: SY='L';  M= -7,-30,-45,-37,  5,-43,-30, 10,-38, 59, 25,-42,-43,-31,-36,-34,-23,  4,-33,-15; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-20;
/M: SY='H';  M=-26,  2,-13, 35,-41,-35, 37,-40, 30,-34, 13, -3,-29, 34,  9,-11,-24,-38,-44,-26; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-20;
/M: SY='W';  M=  3,-45, 48, 38,-43,-32,-24,-46,-16,-43,-39,-17,-31, 14,-10,-11,-26,-41, 60,-30; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-20;
/M: SY='L';  M= -8,-36,-21,-24,  0,-46,-37, 23,-38, 33, 26,-39,-42,-34,-39,-33,-11, 17,-40,-21; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-20;
/M: SY='I';  M=-27,-37,-51,-45,-14,-53,-45, 41,-43, 31, 10,-45,-45,-40,-44,-38,-23, 38,-43,-23; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-20;
/M: SY='H';  M= 18,-36,-15, -4,  3,-33, 35,-24,-27, -7, 12,-25,-35, -9,-29, -9, 14,-14,-35, 21; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-20;
/M: SY='Q';  M=-29,-46,-16, 28,-44,-38, 18,-41, 37,-27, -6, -5,-31, 41, 21,-22,-27,-40,-43,-29; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-20;
/M: SY='R';  M= -9,-45,-27, -8,-36,-38, 22,-39, 30,-17,-25,-21,-37, 19, 53,-24,-28,-36,-39, -6; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-20;
/M: SY='E';  M=-20,-47, 46, 58,-51,-23,-20,-50,-11,-44,-40,-15,-27, 22,-11,-21,-26,-44,-51,-37; D=-8;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-20; IM=0; DM=-20;
/M: SY='A';  M= 28,-32,-10, -6,-12,-11,-22, -9,  9,-16, 21, -2,-30, 20, 17,  9,-17,-20,-36,-24; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-20;
/M: SY='E';  M=  2,-34,  9, 57,-38,-28,-18,-32,  5,-32,-27,  1, -6,  9, -5,  8, 23,-15,-42,-30;
/M: SY='I';  M=-18,-34,-29,-26, -1,-38,-27, 44, 18, 24, -3, 13,-34,-20, 11,-25, -8,  0,-34,-18;
/M: SY='Q';  M=  9,  9,  3, -4,-30,-24, 25,-25, -3,  4,-17,-13,-29, 37, 12, 29,  4,-23,-40,-22;
/M: SY='S';  M= 27,-29, 13,  9,-12,  4,-22,-16, -8,-27, -5,-13,-27,-14,-12, 38,-10, -7,-36, -6;
/M: SY='L';  M=-25,-30,-42,-35, -4,-23,  5,  5,-35, 61, 35,-38,-41,-28,-33,-33,-13,  4,-33,-14;
/M: SY='Q';  M= -4,-36, 17, 40,-35,-27,-14, -8,  0,-28, -5,  8,-24, 46,  5, 11, -2,-25,-38,-11;
/I:         I=-19; MI=0; MD=-47; IM=0; DM=-47;
/M: SY='R';  M=  8, 29, 26,  6, -6,-13, 16,-32, -1,-31,-25,  0,-31,-12, 34, 16,-16,-17,-36,  7;
/M: SY='Q';  M=-19,-40,-10, 42,-38,-19,-14,-34, -2,-13,-22,-15,  5, 56, 32, 12,-19,-32,-37,-26;
/M: SY='L';  M=  1,-29,-13,-15, 11,-37,-31, 25,-31, 40,  0,-31,-36,-28,-33, -7, -3, 21,-34,-15;
/M: SY='E';  M=-11,-39, 28, 41,-34,-14,-15,-34,  2,-12,-24,-14,  9, 35, 23, -1,-19,-32,-36, -4;
/M: SY='S';  M= 26,-28,  1,  8,-26, -1,-25, -6,-22,  0, 23,-19,-28,-17,-27, 28,-11, 17,-40,-25;
/M: SY='C';  M=-16, 85,-13,-27, -5,-35, 10,-22,-23,-15,  0,-25,-10,  5, -2,-14,-21, -8,-17, 64;
/M: SY='R';  M=-17,-35,-18, -3,-35,  5, 33,-39, 27,-35,-26,-10,-28, -6, 53, 26, 10,-32,-40,-22;
/I:         E1=0; IE=-255; DE=-255;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_06 which contains 572'619 sequence entries.

Total number of hits	9 in 9 different sequences
Number of true positive hits	9 in 9 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	GTD-binding
Version [info]	3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

9 sequences

FL1L_ARATH  (Q9LM24), FL1_MAIZE   (A8DMN5), MYOB1_ARATH (F4HXQ7),

MYOB2_ARATH (Q9CAC4), MYOB3_ARATH (Q0WNW4), MYOB4_ARATH (F4INW9), 
MYOB5_ARATH (Q9LMC8), MYOB6_ARATH (F4HVS6), MYOB7_ARATH (Q9FG14)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment