Home  |  Contact
Entry: PS51827

General information about the entry

Entry name [info] XTBD
Accession [info] PS51827
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 15-MAR-2017 CREATED;
13-FEB-2019 DATA UPDATE;
16-OCT-2019 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC51827
Associated ProRule [info] PRU01171

Name and characterization of the entry

Description [info] XRN2-binding (XTBD) domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=85;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=80;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1024818; R2=0.0114432; TEXT='-LogE';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=8507.5146484; R2=5.9352160; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=647; H_SCORE=12348; N_SCORE=9.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=385; H_SCORE=10793; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='V';  M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='E';  M=-12, 19,-30, 31, 51,-32,-18,  0,-32,  8,-22,-22,  4, -2, 16, -2,  0,-10,-30,-32,-20, 33;
/M: SY='A';  M= 27, -5,-10,-11, -6,-19, -3,-16,-14,-10,-18,-14, -1,-10, -6,-15, 23, 15, -4,-29,-19, -6;
/M: SY='L';  M=-12,-15,-25,-12,  5,  2,-27, -5,  0,-13, 17,  3,-18,-21, -5,-11,-18,-10, -7,-12, 11, -1;
/M: SY='R';  M=-15, -5,-30, -5,  5,-25,-20, -5,-30, 41,-25,-10,  0,-15, 10, 49,-10,-10,-20,-20,-10,  5;
/M: SY='C';  M= -6, -7, 17,-13,-11,-23, -7,-20,-27,  1,-23,-15, -6,-20,-11, -5, -2,  2,-15,-31,-19,-11;
/M: SY='E';  M=-12,  1,-25,  8, 17,-19,-22, 10,-14, -6, -5, -7, -5,-14,  1, -8, -8,-10,-12,-30, -8,  8;
/M: SY='W';  M=-13,-23, -9,-25,-25, -2,  2,-16,-23,-20,-18,-16,-21,-29,-20,-20,-19,-19,-22, 39, 13,-22;
/M: SY='E';  M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='T';  M=  5,  0,-10, -5, -5,-15, -9,-15,-15,-10,-21,-15,  5,-10, -5,-10, 31, 34, -5,-35,-15, -5;
/M: SY='D';  M=-18, 48,-28, 61, 16,-36, -8,  2,-36,  0,-30,-28, 27,-12,  0, -8,  2, -8,-30,-40,-20,  8;
/M: SY='D';  M=-13, 18,-30, 26, 24,-33,-17, -5,-33, 25,-28,-19,  6, -8,  9, 11, -5,-10,-25,-29,-15, 17;
/M: SY='H';  M=  4, -3,-24, -6,  0,-24,-14, 46,-22, -6,-17, -3,  2,-15, 13, -4, -2,-12,-21,-25,  2,  4;
/M: SY='W';  M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='E';  M=-17,  8,-30, 15, 20,-19,-20,  4,-27, 10,-19,-16,  1,-13,  7, 16, -6,-10,-24,-19,  1, 11;
/M: SY='L';  M= -2,-18,-21,-20,-13, -4,-22, 14,  0,-21, 19,  9,-15,-24,-10,-14,-17,-11, -3,-23,  2,-13;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='R';  M=-18, -8,-30, -8,  2,-22,-20, -2,-30, 33,-22,-10,  0,-18, 10, 63,-10,-10,-20,-20,-10,  2;
/M: SY='E';  M= 12,  7,-19, 10, 19,-26, -8, -9,-23, -2,-21,-18,  2, -7,  3,-10, 12,  0,-16,-31,-20, 11;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='M';  M= -8,-25,-18,-30,-22,  3,-25,-11, 22,-17, 27, 40,-25,-25,-11,-15,-21, -8, 17,-22, -2,-16;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='R';  M= 18,-10,-19,-15, -5,-20, -9,-11,-19,  9,-15,-10, -5,-15, -1, 22,  1, -5, -9,-20,-15, -5;
/M: SY='H';  M=-15, 19,-25,  9,  0,-20,-11, 58,-25, -5,-25, -9, 33,-20,  5,  0, -1,-11,-30,-35,  1,  0;
/M: SY='Y';  M=  4,-13,-23,-17,-11, -3,-17, -2, -6,  3, -6,  6,-13,-18, -4, -4, -9, -7, -6, -4, 17, -9;
/M: SY='D';  M=-13, 26,-30, 38, 16,-35, 11, -6,-38, -4,-28,-25, 11,-11, -2,-11,  0,-13,-30,-33,-23,  7;
/M: SY='D';  M= -7, 26,-26, 36, 10,-32,-10, -4,-32,  5,-24,-22, 10,-12,  0,  6,  0, -8,-22,-32,-18,  4;
/M: SY='F';  M=-17,-27,-23,-31,-24, 44,-30, -7,  6,-24, 18,  6,-23,-30,-25,-17,-23,-10,  0,  8, 37,-24;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-10; IM=0; DM=-10;
/M: SY='P';  M= -6, -4,-30,  1, 19,-31,-16, -5,-22,  0,-25,-14, -4, 24, 18, -5,  4, -5,-26,-29,-20, 17;
/M: SY='L';  M=-10,-12,-25, -9,  7,-11,-25,-12, -7,  4,  9,  2,-14,-17, -2,  0,-17,-10, -8,-22, -8,  3;
/M: SY='D';  M=-14, 11,-30, 15,  4,-27,-22, -7, -6, -7,-11, -6,  2,-13, 11,-11, -6,-10,-11,-28,-11,  6;
/M: SY='Q';  M=-14, -4,-30, -4, 12,-32,-20,  6,-24, 18,-20, -4,  0,-14, 40, 34, -4,-10,-26,-20,-10, 24;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='I';  M= -6,-21,-21,-22,-12,-11,-28,-16, 15,-14,  9, 10,-19,-22,  2,-12,-12, -6, 15,-24, -7, -6;
/M: SY='C';  M= -1,-11, 60,-16,-16,-20,-16,-21,-25,-21,-25,-20, -6,-26,-16,-21, 13,  4,-10,-45,-25,-16;
/M: SY='L';  M=-13,-30,-20,-33,-23, 30,-30,-20, 14,-30, 39, 14,-27,-30,-26,-20,-27,-10,  7,-11,  9,-23;
/M: SY='S';  M= 19, -2,-10, -4, -2,-20,  0,-12,-18,-10,-26,-18,  6,-10, -2,-12, 33, 16, -8,-36,-20, -2;
/M: SY='Q';  M=-10, -9,-25,-14,  1,-21,-20,  5, -1,  1, -1, 28, -9,-15, 32,  1, -9,-10,-11,-20, -5, 17;
/M: SY='L';  M= 11,-18,-13,-23,-17, -5,-19,-22,  7,-18, 12,  3,-18,-20,-17,-18, -4,  8, 12,-24,-10,-17;
/M: SY='W';  M=-20,-35,-34,-40,-30, 48,-25,-25, -9,-25, -4, -9,-29,-30,-31,-20,-29,-19,-14, 75, 30,-25;
/M: SY='V';  M= 20,-21,-16,-29,-21, -9,-19,-25, 18,-19,  4,  4,-18,-18,-18,-23, -4, -3, 21,-22,-11,-21;
/M: SY='N';  M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='H';  M=-11,-14,-21,-16,-14, -9,-23, 37,  0,-13, -2, 16, -9,-23, -5, -9,-12,-11,  4,-28,  6,-12;
/M: SY='V';  M= -4,-12,-17,-11, -1,-13,-25,-19,  1, -1, -6, -3,-14,-17,-10, -7, -3,  5, 14,-29,-12, -5;
/M: SY='F';  M=-17,-30,-20,-37,-27, 58,-30,-20,  6,-30, 23,  6,-23,-30,-34,-20,-23,-10,  3,  1, 21,-27;
/M: SY='L';  M=-10,-28,-20,-30,-20,  8,-28,-16, 20,-26, 43, 29,-28,-28,-16,-18,-28,-10, 10,-20,  0,-18;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='R';  M=-15, -1,-30,  2, 21,-25,-20, -2,-30, 28,-22,-13,  0,-11, 13, 39, -7,-10,-23,-23,-13, 15;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='P';  M= -4,-14,-31, -7,  0,-27,-14,-17,-20,-10,-30,-20,-11, 59, -7,-17,  6, -1,-24,-33,-27, -7;
/M: SY='Q';  M= -6,  1,-26,  3, 21,-34,-16,  4,-21,  6,-22, -7,  2, -9, 41,  4,  9, -3,-26,-26,-14, 31;
/M: SY='K';  M=  6, -4,-19, -8, -1,-21,-13,-12,-21, 14,-20,-11, -1,-12,  1, 14,  7,  7,-11,-25,-14, -1;
/M: SY='V';  M= -3,-23,-13,-26,-22,  1,-28,-25, 18,-21, 18,  9,-23,-26,-22,-18,-10,  8, 26,-27, -7,-22;
/M: SY='M';  M=-10,-20,-20,-30,-20,  0,-20,  0, 20,-10, 20, 60,-20,-20,  0,-10,-20,-10, 10,-20,  0,-10;
/M: SY='D';  M=-15, 17,-28, 26, 11,-29,-18, -1,-20, -4, -9, -9,  3,-14, 14, -6, -7,-10,-21,-29,-12, 13;
/M: SY='K';  M=-10, -7,-28, -7,  3,-21,-22,-12,-19, 32,-12, -3, -7,-14,  3, 19,-14,-10,-13,-20, -8,  3;
/M: SY='I';  M= -8,-30,-26,-38,-30,  0,-38,-30, 46,-28, 18, 18,-22,-22,-22,-28,-18, -8, 34,-22, -2,-30;
/M: SY='Q';  M=  2, -5,-21,-11, -5,-14,-15, -7, -8, -4,  0, -2,  0,-19,  3,  3, -6, -6,-10,-24,-11, -2;
/M: SY='E';  M= -1,  4,-18,  5, 21,-21,-14, -9,-21, -2,-20,-17,  3, -6,  5, -6, 18, 17,-15,-33,-17, 13;
/M: SY='M';  M=-10,-22,-20,-30,-20,  2,-22, -4, 20,-14, 27, 51,-22,-22, -4,-12,-22,-10, 10,-20,  0,-12;
/M: SY='A';  M= 25, -8,-16,-12,-11,-23, 22,-18,-22,-13,-21,-15, -2,-13,-11,-18, 14, -2,-12,-24,-23,-11;
/M: SY='E';  M=  9,  1,-24,  3, 27,-27,-14, -9,-24, 13,-19,-15, -3, -5,  8,  0,  1, -7,-18,-25,-18, 18;
/M: SY='G';  M= -2, -6,-30, -3, -2,-30, 50,-16,-38,-13,-28,-20,  0,-16,-11,-16,  0,-18,-30,-22,-28, -7;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-30,-40,-30,  0,-40,-30, 50,-30, 20, 20,-20,-20,-20,-30,-20,-10, 30,-20,  0,-30;
/M: SY='A';  M= 24, -5,-16,-13, -4,-21, -9,-17,-16,  7,-16,-10, -5,-10, -4, -4,  6,  6, -6,-22,-15, -4;
/M: SY='A';  M= 27,-19,-10,-25,-19,-11,-14,-25,  9,-15, -1, -1,-19,-19,-19,-20,  1,  0, 23,-25,-15,-19;
/M: SY='T';  M= -6, 12,-20,  9, -4,-18,-15,-11, -9,-10,-15,-12, 12,-13, -6,-12, 10, 13, -8,-34,-14, -6;
/M: SY='D';  M=-15,  9,-28, 15, 13, -8,-19, -8,-26, 11,-19,-15,  1,-13, -2,  2, -8,-10,-20,-21, -6,  7;
/M: SY='A';  M= 12,  9,-21, 11,  2,-26, -8, -9,-24,  2,-19,-16,  2,-12, -2,  3,  2, -5,-14,-26,-18, -1;
/M: SY='P';  M=-13,-12,-35, -8,  4,-29,-20, -7,-23,  7,-25,-12, -9, 33, 12, 15, -8,-10,-27,-25,-19,  4;
/M: SY='T';  M= -5, -2,-21, -7,  4,-17,-23,-16,-10,  4,-12, -8, -3,-10, -2, -2,  4, 18, -6,-26,-10,  1;
/M: SY='R';  M=-17, -7,-30, -7,  0,-16,-21, 14,-26, 25,-20, -7, -1,-18,  7, 36,-11,-11,-20,-14,  7,  0;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='E';  M= -3,  2,-15,  3, 13,-17,-11, -7,-17,  8,-16,-11,  1, -5,  5,  2,  7,  7,-12,-21,-11,  9; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='T';  M= -2, -3,-21, -8, -6,-23,  8,-13,-22, -9,-19,-11,  0,-13,  2, -9,  9, 15,-16,-25,-16, -2;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='R';  M= -8,  2,-17, -1,  0,-14, -8,  0,-18, 10,-17,-10, 10,-13,  4, 26,  4, -1,-14,-21,-10,  0; D=-10;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='Y';  M=-10,-18,-20,-21,-17, 11,-27, -7,  5,-18, 17,  5,-18,-24,-14,-14,-13,  7,  1, -7, 22,-17;
/M: SY='R';  M=-10,-12,-24,-12, -5,-18,-23,-13,-11, 22,-15, -4, -9,-19, -3, 26,-10, -7,  2,-23,-10, -5;
/M: SY='R';  M=-17, 10,-30, 16,  9,-29,-17, -3,-33, 28,-26,-16,  6,-14,  7, 35, -7,-10,-23,-26,-13,  6;
/M: SY='E';  M= 11, -4,-21, -5, 12,-22,-14,-14,-17, -4,-16,-15, -7, 11, -1,-12,  6,  6,-14,-27,-20,  4;
/M: SY='F';  M=  5,-17,-15,-21,-14, 11,-15,-17, -2,-20,  5, -2,-12,-20,-16,-17,  1,  1,  0,-20, -3,-14;
/M: SY='V';  M=  8,-27,-10,-28,-27, -3,-25,-28, 23,-18,  7,  7,-27,-27,-27,-20, -7,  0, 42,-28,-12,-27;
/M: SY='A';  M= 34, -6,-10,-12, -6,-20,  0,-16,-14,-10,-18,-14, -2,-10, -6,-16, 22,  8, -4,-28,-20, -6;
/M: SY='K';  M= 14, -4,-22, -8,  2,-26,-12,-14,-22, 26,-22,-10, -4,-10,  2, 10, -2, -6,-12,-20,-14,  2;
/M: SY='K';  M=  9, -7,-17, -9, -3,-20,-12,-15,-13, 10,-19, -9, -4,-13, -3,  1,  7,  2, -2,-27,-15, -3;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2019_09 which contains 561'176 sequence entries.


Total number of hits 10 in 10 different sequences
Number of true positive hits 10 in 10 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] XRN2-binding (XTBD)
Version [info] 3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
10 sequences

C2AIL_BOVIN (Q24JY8    ), C2AIL_HUMAN (Q96HQ2    ), C2AIL_MOUSE (Q9D211    ), 
C2AIL_RAT   (Q5RK03    ), CARFA_XENLA (Q7ZXV6    ), CARFB_XENLA (Q6PAV5    ), 
CARF_HUMAN  (Q9NXV6    ), CARF_MOUSE  (Q8BI72    ), CARF_RAT    (Q5U2X0    ), 
PAXT1_CAEEL (Q21738    )
» more

PDB
[Detailed view]
1 PDB

5FIR

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission