PROSITE entry PS51828

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	PTX_2
Accession [info]	PS51828
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	15-MAR-2017 CREATED; 13-FEB-2019 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00261
Associated ProRule [info]	PRU01172

Name and characterization of the entry

Description [info]

Pentraxin (PTX) domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=201;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=196;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.2195389; R2=0.0231348; TEXT='-LogE';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1053.3404541; R2=20.2455311; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 0.5%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=272; H_SCORE=6560; N_SCORE=9.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=142; H_SCORE=3928; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-11; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M:         M= -5,-13,-14,-14,-11,-17,-20,-18, -4, -6, -8, -8,-11,-19, -9, -9, -1,  0, -3,-29,-17,-11;
/M: SY='G';  M= -3, -7,-26, -9,-12,-26, 26,-17,-27,-11,-30,-22, -5,-19,-13,-13,  0,-11,-20,-30,-25,-13;
/M: SY='K';  M= -8, -6,-26,-13,  1,-21,-20,-10,-23, 24,-23,-15, -4, -9,  6, 11, -1, -5,-16,-27,-16,  3;
/M: SY='T';  M=  1,-15,-15,-17,-11,-17,-20,-18, -2, -2, -9, -1,-10,-15, -6,-10,  0,  7,  5,-29,-16, -8;
/M: SY='F';  M=-17,-34,-14,-38,-30, 20,-35,-23, 15,-28, 20, 12,-34,-32,-24,-25,-24,-12,  8,-11,  4,-28;
/M: SY='V';  M= -5,-21,-13,-21,-21,-12,-28,-25, 15,-16,  4,  4,-21,-20,-16,-22,-13,  4, 20,-29,-13,-16;
/M: SY='F';  M=-19,-31,-19,-39,-29, 51,-31,-11,  3,-29,  3,  3,-30,-38,-28,-29,-21,-19, -6,  6, 27,-29;
/M: SY='P';  M= -8,-15,-27,-14, -5,-30,-18,-12,-27, -7,-27,-24,-13, 47, -2,-16, -3, -8,-20,-32,-20, -4;
/M: SY='K';  M= -8, -5,-28, -8,  5,-25,-14, -9,-22, 14,-22,-12, -2,-10,  7,  5,  0, -8,-18,-29,-19,  5;
/M: SY='E';  M= -4,  2,-31,  5, 26,-28,-17, -5,-26,  8,-26,-18, -1,-10, 12,  6,  4, -3,-24,-30,-20, 21;
/M: SY='S';  M=  3, -2,-15, -2,  0,-20, -4,-10,-20, -3,-25,-18,  6,-12, -2,-10, 24, 13,-17,-29,-18, -1;
/M: SY='N';  M= -5, 13,-24, 11,  4,-28,-11, -7,-22,  1,-30,-19, 16,-16, -1, -7,  8,  0,-19,-37,-22,  2;
/M: SY='N';  M= -7,  0,-21, -3, -6,-21,-17, -9,-14, -6,-21,-14,  7,-12, -7, -9,  1,  7, -9,-31,-13, -6;
/M: SY='S';  M= -5,  6,-22, 11,  0,-21, -9, -9,-18, -8,-26,-17,  5,-18, -4,-14, 12, -2,-18,-32,-16, -3;
/M: SY='Y';  M=-16,-11,-19,-11,-13, 10,-24,  1,-10,-19,-13,-10,-15,-28,-13,-22,-13,-15,-12,-11, 15,-14;
/M: SY='V';  M=  2,-26,-12,-27,-25,-13,-23,-27, 18,-18,  2,  3,-26,-14,-18,-25,-14, -2, 27,-30,-13,-18;
/M: SY='K';  M= -7, -4,-26, -7,  8,-20,-18, -9,-21, 16,-21,-15, -2,-14,  4,  6,  4, -4,-18,-27,-16,  6;
/M: SY='L';  M=-16,-34,-11,-35,-27, -3,-36,-28, 18,-26, 30, 15,-33,-27,-19,-20,-24, -7, 11,-22,-11,-26;
/M: SY='I';  M=-10,-18,-19,-20,-14, -6,-26,-11,  1,-13, -1,  1,-16,-19,-11,-14,-12, -9, -1,-22, -7,-14;
/M: SY='P';  M=  0,-14,-19,-15, -8,-28,-15,-18,-20, -5,-21,-16,-11, 22, -7,-12,  1,  9,-11,-33,-23, -8;
/M: SY='P';  M= -2,-17,-22,-17, -8,-23,-16,-15,-13, -7,-15, -6,-14,  7, -2, -9, -5, -6, -7,-29,-20, -7;
/M: SY='K';  M= -9,-15,-17,-19, -8,-17,-21,-15,-11,  4, -9, -7,-14,-15,  0, -4, -8, -8, -8,-24,-15, -6;
/M: SY='P';  M= -5, -9,-25, -7,  3,-27,-15,-15,-20, -3,-22,-18, -8, 10, -3, -8,  1,  4,-14,-32,-22,  1;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='E';  M=-11,-14,-23,-13,  2,-17,-26,-16, -8, -2, -3, -2,-15,-10, -2, -8,-10, -5, -7,-26,-16, -1; D=-13;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='P';  M= -3, -5,-20, -7, -1,-25,-11,-10,-20, -2,-24,-18,  0, 21, -3, -8,  4, -2,-15,-29,-19, -2; D=-13;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='L';  M=-18,-37,-11,-37,-29, -2,-34,-29, 17,-29, 34, 17,-37,-29,-20,-20,-27,-11,  8,-21,-11,-29;
/M: SY='Q';  M= -6, -6,-26, -9,  4,-21,-18,  1,-21,  8,-21,-13,  0,-15, 11, 11,  1, -4,-17,-25,-11,  5;
/M: SY='A';  M= 20, -8,-11,-10, -2,-23, -6,-12,-16, -4,-23,-13, -4,-12, -3, -4, 11,  3,-10,-31,-20, -2;
/M: SY='F';  M=-18,-32,-17,-38,-29, 39,-33,-16,  9,-29, 10,  8,-31,-37,-27,-28,-22,-17, -1,  0, 16,-29;
/M: SY='T';  M=  2, -8,-10, -8, -8,-20,-15,-18,-12, -8,-15,-12,  2,-10, -8,-10, 17, 41, -5,-30,-20, -8;
/M: SY='L';  M= -6,-32, -7,-34,-27,  3,-30,-25, 13,-24, 16, 11,-31,-26,-20,-23,-19, -7, 11,-19, -6,-25;
/M: SY='C';  M= -1,-29, 76,-39,-38,-13,-29,-28, -9,-29, -9,-18,-29,-30,-29,-38,-10, -9,-10,-18,-16,-38;
/M: SY='F';  M=-15,-30,-15,-33,-25, 15,-31,-17,  6,-25,  8,  7,-27,-31,-19,-23,-17,-11,  0,  0,  8,-25;
/M: SY='W';  M=-19,-14,-28,-20, -4,-12,-24, -3,-25, -1,-25,-20,-15,-25, -2, -2,-14,-19,-27, 20,  0, -5;
/M: SY='V';  M=  2,-26,-10,-27,-22, -2,-23,-23,  9,-19,  4,  5,-24,-22,-17,-21, -9,  1, 11,-22, -8,-19;
/M: SY='K';  M=-10,-14,-24,-19, -5, -8,-23, -1,-17,  7,-16,-11, -9,-19,  2,  6, -7, -9,-13,-15,  4, -3;
/M: SY='T';  M=  2,-12,-14,-14,-10,-17, -9,-17,-13, -6,-17,-11, -6,-15, -8, -9,  9, 11, -7,-24,-17, -9;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='D';  M= -7, 14,-26, 19, 10,-27, -9, -2,-24, -4,-29,-19,  8,-15,  3, -8,  4, -3,-21,-34,-19,  6; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='L';  M= -4,-19, -8,-18,-14,-12,-21,-21,  3,-16,  5,  0,-20,-19,-11,-17, -8, -3,  2,-24,-14,-14; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='S';  M= -1, -6,-16, -8, -6,-18, -6,-13,-14, -4,-17,-11, -2,-13, -4, -9,  9,  1,-12,-26,-17, -6; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='R';  M= -6, -2,-30, -9, -3,-27, -3,  0,-29,  5,-28,-21,  7,-18,  1, 20,  2, -7,-26,-31,-20, -3;
/M:         M= -9,-11,-22,-11, -7,-16,-17,-11,-13, -8,-14,-12,-11, -9, -7,-10, -5, -2,-10,-25, -9, -7;
/M: SY='Y';  M=-11,-19,-22,-21,-15, -6, -5, -5,-19,-17,-18,-15,-16,-19,-12,-17, -9,-11,-18, -2,  2,-15;
/M: SY='T';  M=  3,-12,-11,-12,-10,-16,-16,-15, -5,-10,-11, -6, -4,-14, -9,-13, 12, 20, -2,-28,-17,-10;
/M: SY='L';  M= -7,-30,-14,-30,-22,-12,-29,-26,  7,-22, 11,  6,-30, -2,-17,-21,-18, -9,  6,-26,-16,-22;
/M: SY='F';  M=-18,-29,-18,-37,-28, 45,-30,-13,  3,-28,  3,  1,-28,-36,-27,-27,-18,-17, -6,  3, 21,-28;
/M: SY='S';  M= 12, -3, -9, -3, -2,-19, -2,-12,-17, -2,-27,-18,  6,-11, -2,-11, 34, 10,-16,-30,-20, -2;
/M: SY='Y';  M=-19,-31,-19,-31,-21, 26,-31, 14, -6,-21, -5, -7,-22,-30,-20,-20,-21,-18, -7, 15, 60,-21;
/M: SY='A';  M= 16, -9,-12,-12, -9,-22,  5,-14,-16, -9,-25,-15, -3,-14, -9,-10, 12, -2,-11,-31,-21, -9;
/M: SY='T';  M= -2,-10,-15, -9,-12,-20,-14,-20, -7,-13,-10, -7, -6,-15,-12,-15,  1, 24,  1,-31,-19,-12;
/M: SY='K';  M= -2, -2,-26, -5,  9,-29,-15, -6,-25, 11,-26,-15, -2,  0, 11,  2,  1, -7,-19,-31,-21,  9;
/M: SY='S';  M= -4, -1,-24, -4, -6,-23, -1,-12,-22, -2,-27,-18,  2,-17, -6, -6,  3, -4,-17,-29,-19, -6;
/M: SY='N';  M=-10, -2,-24, -8, -3,-20,-13, -6,-18,  2,-20,-11,  5,-16,  4, -2,  0, -6,-15,-27,-16, -1;
/M: SY='D';  M= -6,  4,-24, 11,  0,-25,-12,-15,-19,-10,-23,-19, -4, -7, -6,-16,  3,  0,-17,-35,-21, -3;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='N';  M=-17, 16,-26,  5,  0,-23,-13,  5,-24, -1,-29,-15, 34,-19,  3, -3,  5, -3,-23,-31,-13,  0; D=-12;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='E';  M=-11,  3,-32,  9, 23,-20,-21, -7,-20,  2,-21,-14, -6,-16,  7, -6, -4, -9,-20,-28,-16, 17;
/M: SY='L';  M=-16,-29,-13,-32,-25, -1,-36,-25, 18,-21, 21, 10,-28,-28,-20,-19,-22,-10, 11,-21, -9,-25;
/M: SY='L';  M= -8,-22,-14,-22,-18,-12,-27,-22,  8,-17,  9,  5,-22,-22,-10,-16,-13, -2,  9,-27,-14,-15;
/M: SY='L';  M=-13,-33, -2,-35,-28,  0,-35,-27, 15,-27, 23, 10,-32,-28,-22,-23,-21, -5,  9,-19, -9,-28;
/M: SY='F';  M=-13,-20,-20,-23,-15, 11,-18, -2, -9,-19, -9, -8,-17,-27,-15,-19,-10,-13,-12, -7, 11,-16;
/M:         M=-10,-16,-22,-18, -8,-16,-18,-17,-10, -2, -8, -8,-16,-21, -7, -6, -9,-10,-10,-17,-14, -8;
/M: SY='S';  M= -1, -4,-23, -4,  3,-21, -6, -8,-23, -4,-26,-19, -3,-16, -2, -4,  4, -4,-20,-21,-14,  0;
/M: SY='K';  M= -8,  0,-30, -2,  0,-28,  4, -9,-31,  5,-33,-24,  2, -9, -3, -1,  2,-10,-25,-31,-20, -1;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='N';  M=-10,  1,-24,  0, -1,-21,-14, -6,-17, -3,-20,-10,  4,-16,  4, -6,  1, -5,-14,-29,-15, -1; D=-11;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='G';  M= -6, -6,-22, -9,-10,-20, 15, -6,-22,-11,-21,-16, -2,-14, -8, -9, -3,-11,-18,-24,-17,-10; D=-11;
/I:         I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='S';  M= -3, -2,-26,  0,  3,-28,  3,-10,-27, -4,-29,-18, -1, -6,  4, -7,  7, -7,-22,-31,-23,  3;
/M: SY='Y';  M=-13,-31,-13,-33,-25, 14,-32,-10,  9,-24,  5,  6,-27,-30,-21,-25,-20,-14,  5,  1, 21,-25;
/M:         M= -6,-11,-21,-11,  0,-11,-18, -4, -8,-10,-11, -5,-10,-19, -3,-13, -2, -6, -8,-24, -9, -2;
/M: SY='L';  M=-19,-36,-13,-39,-30, 15,-37,-25, 17,-30, 27, 15,-36,-33,-23,-24,-26,-13,  7,-12,  0,-30;
/M: SY='Y';  M=-11,-19,-17,-22,-18,  4,-21,  1, -5,-16, -9, -7,-11,-24,-15,-18, -9, -9, -4,-10, 19,-16;
/M: SY='I';  M= -5,-27,-11,-27,-26, -7,-33,-27, 28,-22, 11,  8,-25,-24,-22,-25,-15, -1, 27,-25,-11,-23;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='G';  M= -5, -5,-28, -9,-13,-24, 28, -7,-32,-12,-33,-24,  1,-20,-11, -9,  2,-14,-27,-29,-21,-13;
/M: SY='G';  M= -6, 11,-30, 12, -1,-32, 13,-10,-31, -7,-36,-24,  8,-18, -4, -9,  2,-11,-26,-37,-26, -3;
/M: SY='K';  M= -4, -3,-24, -4,  6,-28,-15,-10,-23,  8,-26,-18, -1,  4,  4, -3,  5, -2,-18,-32,-21,  5;
/M: SY='E';  M= -2, -4,-24, -3,  6,-23,-13, -7,-19,  5,-23,-15, -5,-14,  3, -3,  2, -3,-13,-28,-15,  5;
/M: SY='I';  M= -1,-23, -1,-28,-24, -1,-25,-21,  8,-21,  0,  3,-20,-25,-19,-24,-11, -6,  8,-21, -8,-22;
/M: SY='T';  M= -7,-15,-19,-17, -8,-17,-23,-13, -9, -1, -8, -8, -9,-12, -3,  0, -3,  7, -6,-25,-13, -7;
/M: SY='F';  M=-15,-26,-17,-30,-21, 12,-30,-18,  5,-22,  4,  2,-25,-29,-18,-23,-19,-12,  1, -5,  3,-20;
/M: SY='K';  M=-10, -6,-21,-10, -1,-25,-21,-10,-19,  5,-18,-13, -4, -6,  2,  0, -4, -7,-16,-31,-19, -1;
/M: SY='A';  M=  4,-16,-10,-20,-16,-18,-10,-14,-11,-13,-16,-12,-12, -6,-12,-15, -4, -6, -5,-28,-14,-14;
/M:         M= -4,-12,-19,-11, -8,-18,-17,-10,-12,-12,-13,-10,-11, -1, -7,-15,  0, -3,-10,-30,-16, -9;
/M:         M=-10,-14,-21,-15, -4,-10,-25,-14, -7, -9, -5, -4,-14,-15, -3,-11,-10, -4, -6,-23,-12, -4;
/M:         M= -7, -9,-21,-12, -5,-20,-20,-14,-11, -3,-15,-11, -4, -4, -6, -9, -1, -2, -8,-30,-18, -5;
/M:         M= -7,-15,-16,-13,-14,-15,-22,-20, -4,-16, -9,-10,-18, -2,-14,-21, -8, -6, -2,-29,-15,-14;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='G';  M= -4,-11,-25,-11, -9,-19,  9,-12,-24,-13,-25,-19,-11, -8,-11,-14, -3,-12,-19,-27,-17,-10;
/M: SY='Q';  M= -5, -6,-23, -8,  1,-20,-15, -3,-19,  3,-20,-13, -3,-14,  6,  2,  2, -4,-15,-24,-11,  2;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='W';  M=-23,-33,-22,-40,-24,  0,-27,-19,-20,-24,-19,-17,-32, -7,-17,-26,-23,-23,-24, 50,  6,-24; D=-11;
/I:         I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='H';  M=-10, -7,-22,-11, -3,-16,-21, 20,-14, -5,-18,-11,  0,-16,  0, -6, -4,  2, -9,-26, -3, -2;
/M: SY='H';  M=-17, -2,-29,-10,  0,-14,-20, 61,-29, -7,-28,-18,  7,-14, 11,  2, -8,-14,-27,-22, 11,  1;
/M: SY='I';  M=-11,-32,-11,-32,-29,  0,-36,-29, 28,-27, 21, 11,-31,-27,-24,-26,-21, -5, 23,-21, -8,-27;
/M: SY='C';  M=  0,-28, 73,-37,-36,-19,-29,-28, -8,-28, -7,-16,-27,-29,-27,-35,-10, -9, -8,-21,-19,-36;
/M: SY='V';  M= -5,-26,-12,-27,-23, -4,-25,-19, 11,-21,  6,  4,-24,-23,-18,-21,-13, -1, 12,-23, -8,-21;
/M: SY='T';  M=  1,-11,-10,-12,-12,-17,-18,-19, -3,-11,-10, -8, -3,-14,-11,-14, 10, 26,  2,-29,-18,-11;
/M: SY='W';  M=-30,-40,-20,-50,-30, 10,-30,-20,-20,-30,-20,-20,-40,-40,-20,-30,-30,-30,-30,100, 20,-30;
/M: SY='E';  M= -8,  9,-28, 12, 18,-28,-16, -8,-24,  4,-27,-19,  7,-12,  5, -5,  7,  9,-20,-34,-21, 13;
/M: SY='S';  M=  5,  0,-14, -1, -1,-22,  0,-10,-22,  0,-29,-19, 10,-11,  0, -8, 30, 10,-19,-30,-21, -1;
/M: SY='S';  M=  2,-11,-18,-13, -4,-20,-15,-14,-13,  2,-18,-13, -7,-14, -3, -1,  5,  3, -8,-23,-16, -3;
/M: SY='S';  M= -5,  1,-24,  3,  9,-23,-10, -8,-23,  1,-25,-17,  1,-14,  6, -6, 10,  1,-21,-25,-18,  7;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 60,-20,-40,-20,-40,-30,-10,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-30,-30,-20;
/M: SY='I';  M= -9,-22,-18,-23,-15,-11,-29,-18,  8,-11,  6,  1,-19,-23,-11, -6,-12, -8,  4,-24,-13,-15;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='I';  M= -1,-26,-10,-28,-20, -2,-22,-18,  2,-19, -2, -1,-24,-22,-16,-19,-12, -7,  2,  2,  0,-19; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='E';  M= -6, -3,-29, -1, 16,-24, -9, -9,-27,  4,-27,-19, -5,-14,  6, -3,  1, -6,-24,-18,-17, 12;
/M: SY='L';  M= -9,-33,-11,-35,-28,  7,-32,-25, 17,-26, 19, 11,-33,-28,-22,-24,-21, -9, 14,-18, -4,-26;
/M: SY='W';  M=-22,-27,-21,-34,-22, 15,-25,  2,-17,-23,-18,-15,-21,-33,-17,-22,-20,-22,-22, 42, 28,-22;
/M: SY='V';  M= -5,-26,-14,-27,-22, -3,-29,-22, 16,-19,  7,  7,-25,-23,-13,-20,-15, -6, 17,-22, -8,-18;
/M: SY='B';  M=-18, 31,-34, 30,  9,-34, -8, -2,-30, -2,-39,-25, 31,-19,  0, -8,  4, -6,-29,-43,-25,  4;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='G';  M= -1, -9,-29,-10,-15,-28, 42,-16,-36,-11,-34,-26, -7,-18,-14, -7, -1,-17,-28,-28,-26,-15; D=-13;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='E';  M= -7,  0,-17, -2,  5,-11,-11,  1,-14,  2,-13,-10,  3,-10,  2,  5, -1,  1,-13,-16, -7,  3; D=-13;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='K';  M=-13,-18,-16,-23, -9,-13,-28,-13,-10,  7, -4, -6,-16,-20, -4,  1,-12,-10, -9,-20, -7, -9;
/M: SY='P';  M= -6,-15,-24,-16, -5,-21,-19,-15,-13, -4,-14,-12,-15,  4, -5, -6, -6, -7,-10,-29,-18, -5;
/M: SY='A';  M=  1,-15,-17,-15,-12,-17, -6,-16,-14,-10,-15,-11,-12,-18, -9, -8, -1,  0,-10,-21,-14,-12;
/M: SY='T';  M=  0,-13,-15,-14,-16,-19, -7,-19, -5,-13,-14,-10, -7,-12,-13,-18,  3,  7,  1,-31,-19,-13;
/M: SY='R';  M= -3, -9,-27,-11, -8,-27,  0,-15,-23, -2,-22,-18, -9,-12, -6,  4, -4, -7,-18,-31,-23, -8;
/M: SY='K';  M= -3, -9,-12,-12,  0,-26,-19,-14,-20, 10,-22,-17, -7, -6, -1,  0,  1, -1,-14,-30,-20, -1;
/M: SY='G';  M= -3, -1,-25, -2, -7,-25,  8,-13,-21, -8,-27,-19,  1,-18, -8, -9,  6, -7,-18,-32,-22, -7;
/M: SY='L';  M=-10,-28,-13,-29,-23, -1,-22,-22,  6,-23, 12, 10,-25,-26,-17,-20,-14, -6,  3,-19, -8,-23;
/M: SY='K';  M=  2, -5,-22, -8,  1,-25,-11, -7,-23, 10,-25,-17, -3,-14,  5,  7,  4, -3,-18,-26,-18,  1;
/M: SY='K';  M= -3,-10,-23,-12,  2,-23,-21,-11,-13,  8,-16, -8, -9, -9,  8,  1, -3, -5, -7,-28,-18,  4;
/M: SY='G';  M= -2,-12,-24,-13,-14,-23, 25,-16,-29,-14,-31,-24,-10,-13,-14,-16,  3,-13,-24,-20,-20,-15;
/M: SY='Y';  M=-15,-15,-23,-20,-10,  2,-23, 27,-18, -9,-18,-14, -7,-19, -6, -7,-11,-15,-17, -7, 29,-10;
/M: SY='T';  M= -1,-10,-18,-10, -5,-22,-18,-16,-12, -8,-17,-14, -7,  2, -7,-12,  4, 11, -7,-31,-19, -5;
/M: SY='I';  M= -9,-32,-11,-32,-29, -1,-35,-26, 28,-25, 18, 10,-31,-26,-23,-27,-22, -7, 26,-20, -3,-25;
/M: SY='P';  M= -4,-10,-28,-12, -8,-32, 10,-16,-32, -2,-32,-25, -9, 14, -6,-10,  1,-10,-23,-33,-27, -7;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='P';  M=  0, -9,-23, -9, -2,-28, -3,-14,-26, -7,-28,-21, -8, 16, -2,-13,  5, -3,-19,-32,-23, -2;
/M: SY='G';  M=-10,  4,-31,  3,  0,-28, 14,  2,-34, -8,-35,-23,  6,-14,  0,-10,  0,-14,-28,-31,-19, -1;
/M: SY='G';  M=  6,-12,-23,-12,-16,-27, 30,-20,-27,-17,-31,-23,-13, -8,-16,-19,  0,-13,-18,-31,-26,-16;
/M: SY='S';  M= -3,-11,-15,-14,-10,-16,-19,-16, -4, -4, -9, -5, -4,-17, -7, -9,  5,  3, -4,-28,-17,-10;
/M: SY='L';  M=-15,-36,-10,-36,-30, -1,-39,-30, 27,-29, 31, 16,-36,-29,-23,-24,-26, -9, 19,-21,-10,-29;
/M: SY='V';  M= -7,-28,-12,-28,-25, -6,-33,-25, 25,-21, 12, 10,-28,-24,-15,-25,-19, -6, 26,-23,-10,-19;
/M: SY='L';  M=-18,-37,-10,-37,-29, -1,-40,-29, 23,-29, 35, 18,-37,-30,-20,-21,-27,-10, 13,-20,-10,-29;
/I:         I=-5; MD=-10;
/M: SY='G';  M=  2,-10,-28,-10,-19,-29, 55,-19,-37,-19,-38,-28,-10,-19,-19,-19,  0,-18,-28,-29,-29,-19; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-10;
/M: SY='Q';  M= -7,  0,-27, -1, 14,-26,-13, 10,-28,  6,-22, -5,  1,-11, 44,  5,  4, -8,-20,-21,-17, 21; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-10;
/M: SY='E';  M=-12, 12,-37, 20, 35,-25,-18, -2,-27,  6,-29,-19,  2,-13, 12, -4, -1,-10,-27,-30,-18, 27; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-10;
/M: SY='Q';  M=-10, -3,-29, -4, 14,-28,-16,  5,-28,  9,-19, -4, -2, -8, 45,  9, -2,-10,-19,-21,-20, 21; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-10;
/M: SY='D';  M=-17, 33,-36, 47, 16,-36,-10, -8,-29, -6,-37,-27, 12,-19,  1,-14,  2, -8,-28,-45,-27,  8; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-10;
/M: SY='S';  M=  2, -1,-14, -3, -2,-21, -3, -9,-19, -1,-24,-15,  8,-12,  0, -7, 21,  9,-16,-28,-19, -2; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-10; IM=0; DM=-10;
/M: SY='Y';  M=-10,-20,-17,-21,-12,  7,-25, -9,  2,-13, -2, -2,-19,-22,-13,-17,-14, -9,  2,-10, 11,-11; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-10;
/M: SY='G';  M= -1, -5,-26, -7,-15,-26, 44,-15,-34,-15,-35,-25, -2,-17,-15,-16,  2,-15,-26,-28,-25,-15; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-10;
/M: SY='G';  M= -1, -7,-28, -7,-10,-28, 41,-15,-35,-13,-35,-25, -7,-17,-11,-13,  1,-16,-27,-28,-26,-11; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-10;
/M: SY='G';  M= -1, -6,-24, -7, -8,-24, 14,-11,-23, -6,-27,-19, -5,-16, -8, -8,  0,-10,-17,-28,-20, -8; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-10;
/M: SY='F';  M=-17,-25,-19,-33,-24, 46,-26, -9, -3,-21, -3, -2,-24,-34,-24,-24,-15,-17,-10,  5, 24,-24; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-10;
/M: SY='D';  M=-15, 28,-33, 40, 14,-34,-11, -8,-25, -7,-34,-24, 11,-18,  1,-16,  4, -5,-24,-43,-26,  8; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-10;
/M: SY='A';  M=  6, -7,-18, -6,  3,-21,-12,-13,-13,  0,-19,-11, -8, -8, -1, -5,  3, -4, -9,-28,-18,  1; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-10;
/M: SY='T';  M= -3, -1,-17, -3, -3,-20,-13,-10,-13, -3,-18,-11,  5,-14, -4, -6,  8,  9, -9,-29,-17, -4; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-10;
/M: SY='Q';  M= -8, -4,-26, -3, 14,-24,-19,  4,-21,  4,-15, -4, -5, -8, 33,  4, -3, -9,-16,-21,-16, 19; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-10;
/M: SY='S';  M= 16, -6, -6, -7, -4,-19, -2,-11,-16, -3,-24,-15,  1,-10, -3, -7, 23,  5,-13,-28,-18, -4; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-10;
/M: SY='F';  M=-18,-30,-15,-37,-27, 38,-30,-15,  6,-27, 11,  6,-30,-34,-25,-25,-21,-15, -3,  1, 16,-27; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-10;
/M: SY='V';  M= -2,-17,-14,-16,-14,-15,-22,-21,  9,-10, -3,  0,-17,-13,-10,-17, -8,  0, 16,-28,-13,-10; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-10;
/M: SY='G';  M=  0, -9,-27, -9,-18,-27, 53,-18,-36,-18,-36,-27, -8,-18,-18,-18,  1,-17,-27,-27,-27,-18; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-10;
/M: SY='E';  M= -6,  8,-27, 13, 17,-22,-12, -5,-22,  1,-26,-18,  4,-13,  6, -4,  8, -4,-22,-29,-17, 13; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-10;
/M: SY='I';  M=-12,-30,-10,-30,-26,  1,-35,-26, 28,-26, 23, 17,-29,-28,-22,-24,-21, -9, 20,-18, -9,-26; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-10;
/M: SY='S';  M=  0,-13,-15,-14,-11, -9,  0, -8,-19,-10,-22,-17, -7,-17,-10,-14,  7, -2,-16, -8, -1,-11; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-10;
/M: SY='D';  M=-14, 16,-34, 22, 12,-29, -3, -1,-30, -6,-34,-22,  9,-18,  6,-10,  0,-11,-28,-34,-18,  8;
/M: SY='F';  M=-15,-33,-15,-38,-30, 25,-33,-21, 13,-28, 15,  9,-33,-32,-25,-27,-23,-12,  8, -9,  8,-28;
/M: SY='N';  M=-10,  4,-25, -7, -5,-17,-16,  5,-19, -3,-25,-14, 19,-20,  0,  1,  1, -6,-19,-27, -8, -4;
/M: SY='L';  M=-14,-34,-12,-34,-28,  0,-37,-28, 24,-27, 28, 26,-32,-30,-18,-23,-24,-10, 17,-20,-10,-27;
/M: SY='W';  M=-30,-40,-20,-50,-30, 10,-30,-20,-20,-30,-20,-20,-40,-40,-20,-30,-30,-30,-30,100, 20,-30;
/M: SY='D';  M=-17, 33,-37, 45, 19,-37,-10, -6,-30, -6,-38,-27, 15,-19,  2,-15,  2, -8,-29,-45,-27, 11;
/M: SY='H';  M=-12,-13,-27,-19, -8, -4,-19, 13,-21, -2,-19,-15, -4,-22, -3, 11, -6,-10,-21,-16,  7, -8;
/M: SY='V';  M= 11,-25, -8,-25,-22,-14,-21,-26, 14,-15, -1,  2,-24,-17,-16,-21, -9,  2, 23,-29,-14,-16;
/M: SY='L';  M=-18,-38,-11,-38,-29,  0,-39,-29, 20,-29, 36, 24,-37,-30,-18,-20,-28,-10, 11,-20,-10,-29;
/M: SY='T';  M= -3, -5,-18, -6, -4,-23,-15,-13,-15, -6,-19,-15,  1, -2, -5,-10, 10, 11,-12,-32,-20, -4;
/M: SY='P';  M= -9,-14,-26,-17, -9,-31,-19,-12,-23,-10,-23,-22,-10, 42, -8,-15, -6, -8,-18,-36,-23, -9;
/M: SY='E';  M= -6,  7,-33, 11, 22,-30, -9, -5,-29,  8,-30,-20,  0,-13, 12,  1,  2, -9,-25,-32,-22, 18;
/M: SY='E';  M= -9,  7,-34, 11, 32,-28,-19,  2,-27,  7,-27,-15,  3,-12, 23,  0,  1, -9,-24,-29,-19, 28;
/M: SY='I';  M= -9,-32,-11,-32,-29,  1,-36,-28, 30,-27, 19, 13,-31,-28,-25,-28,-21, -8, 25,-21, -8,-27;
/M: SY='K';  M= -1, -9,-14,-14, -5,-19,-16, -6,-16,  4,-17, -9, -3,-17,  0,  0,  2, -5,-13,-27,-14, -5;
/I:         I=-10; MD=-22;
/M: SY='N';  M= -4, -2,-19, -6, -4,-15,-11, -5,-15, -6,-18, -6,  7,-17, -3, -6,  3, -1,-13,-25,-12, -5; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-22;
/M: SY='L';  M= -7,-28, -9,-28,-22, -1,-27,-19, 13,-20, 15,  8,-26,-22,-16,-19,-17, -6, 12,-16, -1,-20; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-22;
/M: SY='Y';  M=  3,-16,-10,-18,-13,  3, -8, -7,-10,-12,-12, -9,-13,-18,-12,-12, -1, -5, -8,-10,  6,-13; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-22;
/M: SY='T';  M= -1, -9, -7,-12, -9,-15,-11,-12,-10, -5,-13,-10, -4,-14, -5, -8,  2,  3, -7,-22,-14, -8; D=-10;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='S';  M=  5, -4, -6, -4,-10,-26, 10,-17,-24,-11,-29,-22, -4,-17,-11,-17, 11, -3,-19,-31,-24,-11;
/M: SY='C';  M=  2,-17, 11,-21,-17,-17,-15,-13,-14,-10,-16,-14,-13,-19,-12,-15,  1, -1,-10,-22,-13,-16;
/M:         M= -9,-12,-18,-12, -7,-18,-21,-10,-11,-12,-14,-12,-10,  0, -9,-16, -5, -3, -9,-28,-14, -8;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='I';  M= -5,-16,-11,-16,-14, -8, -9,-14,  1,-13, -1, -1,-14, -7,-11,-14, -7, -6,  1,-16, -9,-13; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-22;
/M: SY='N';  M= -7,  2,-23, -1,  4,-21,-13, -3,-21,  4,-23,-15,  6, -8,  2,  1,  5,  0,-18,-27,-14,  2; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-22;
/M: SY='G';  M= -2,-11,-28,-11,-15,-30, 36,-14,-36,-16,-36,-27,-10, -3,-13,-17, -1,-15,-26,-31,-26,-15;
/M: SY='N';  M=-10, 16,-23,  2, -4,-26, -9,  1,-23, -4,-31,-16, 38,-19, -3, -4,  9,  1,-22,-36,-20, -4;
/M: SY='I';  M= -6,-30,-10,-30,-28, -4,-33,-28, 29,-24, 16, 10,-30,-25,-23,-27,-19, -5, 27,-24,-10,-24;
/M: SY='L';  M=-14,-35,-11,-35,-30,  2,-37,-28, 25,-28, 26, 14,-35,-28,-23,-25,-25, -9, 19,-19, -6,-28;
/M: SY='N';  M= -5,  9,-24,  9,  1,-28, -5, -8,-24, -5,-30,-20, 11,-10,  0, -9, 10,  0,-21,-36,-23,  0;
/M: SY='W';  M=-24,-35,-19,-43,-26,  5,-27,-19,-17,-25,-16,-17,-33,-35,-17,-24,-22,-22,-25, 72, 12,-26;
/M: SY='Q';  M= -5, -1,-28,  1,  6,-27,-12, -3,-24, -1,-24,-16, -3,-11,  8,  2, -1, -4,-19,-31,-19,  5;
/M: SY='S';  M=  0,  1,-21,  1,  0,-26,-11, -9,-19, -5,-25,-17,  1, -6, -4,-10,  3, -1,-14,-35,-20, -2;
/M:         M= -9,-12,-18,-12,-12,-15,-18,-19, -8,-15, -5, -7,-13,-13,-12,-15, -6, -1, -8,-29,-17,-14;
/M:         M= -4, -7,-19,-12, -5,-14,-18, -7,-12, -5,-15, -8,  0,-18, -1, -8,  0, -1, -9,-25,-10, -4;
/M: SY='Y';  M=-17,-31,-16,-34,-24, 16,-30, -7,  0,-24, -1, -3,-26,-30,-20,-23,-19,-15, -4, 16, 26,-24;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='E';  M= -5,  1,-26,  4, 15,-23,-12, -7,-22,  2,-22,-14, -1,-13,  9, -4,  4, -3,-19,-28,-19, 12; D=-13;
/I:         I=-13; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
/M: SY='V';  M= -1,-22,-13,-21,-20,-12,-20,-24, 12,-20,  2,  5,-22,-18,-17,-22,-12, -5, 13,-26,-15,-18; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='H';  M=-11, -4,-24,-11, -8,-13,-11,  5,-20, -7,-23,-15,  5,-12, -4, -7, -1, -3,-18,-23, -6, -7; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='G';  M= -5, -7,-29, -7,-14,-25, 30,-17,-33,-13,-35,-26, -7,-11,-15,-17, -1,-14,-26,-30,-25,-14;
/M:         M= -8,-13,-22,-12,-10,-11, -6, -9,-14,-11,-16,-12,-10,-20, -9,-15, -4, -7,-11,-19, -3,-10;
/M: SY='V';  M= 12,-23, -8,-23,-18,-14,-18,-23, 10,-14, -3,  1,-22,-16,-11,-19, -5, -1, 17,-28,-15,-13;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='T';  M= -5,-18,-13,-19,-15, -5,-24,-15,  3,-12, -3, -3,-15,-15,-13,-16, -7,  8,  7,-19, -3,-13; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='V';  M= -5,-17,-15,-18,-14,-13,-26,-20,  9, -8,  1,  3,-18,-18, -8,-15,-11, -1, 12,-26,-13,-11; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='K';  M= -3, -7,-23,-10, -2,-21,-11,-11,-22,  7,-24,-16, -6,-17,  0,  1,  2, -6,-18,-17,-15, -2;
/M: SY='P';  M= -2,-12,-26,-13, -6,-33,-13,-16,-25, -6,-27,-23,-12, 35, -7,-10, -3, -6,-17,-36,-26, -6;
/M: SY='N';  M= -8, -2,-24, -9, -1,-20,-17, -5,-21,  7,-21,-12,  8,-16,  7,  7,  4,  2,-17,-27,-16,  1;
/M: SY='L';  M=-12,-15, -7,-16,-12,-13,-28,-19,  0,-17,  2, -1,-16,-24,-12,-18,-13, -6, -2,-27,-15,-13;
/M: SY='W';  M= -8,-27,-15,-31,-20, -3,-25,-20, -4,-18, -5, -6,-24,-25,-14,-15,-13, -5, -6, 10, -4,-19;
/M: SY='C';  M=  0,-21, 34,-25,-24,-19,-21,-20,-15,-20,-17,-20,-20,-10,-19,-28, -3, -7,-12,-23,-13,-24;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Post-processing [info]

COMPETES_HIT_WITH

PS50025

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_06 which contains 572'619 sequence entries.

Total number of hits	60 in 60 different sequences
Number of true positive hits	60 in 60 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	4

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	Pentraxin (PTX)
Version [info]	3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

60 sequences

AGRD1_BOVIN (A6QLU6), AGRD1_HUMAN (Q6QNK2), AGRD1_MOUSE (Q80T32),

AGRD2_HUMAN (Q7Z7M1), AGRG4_HUMAN (Q8IZF6), AGRG4_MOUSE (B7ZCC9), 
AGRG6_DANRE (C6KFA3), AGRG6_HUMAN (Q86SQ4), AGRG6_MOUSE (Q6F3F9), 
CRP1_GADMO  (P86688), CRP1_LIMPO  (P06205), CRP2_GADMO  (P86689), 
CRP3_LIMPO  (P06207), CRP4_LIMPO  (P06206), CRP_CAVPO   (P49254), 
CRP_DANRE   (Q0IIP8), CRP_HUMAN   (P02741), CRP_MESAU   (P49262), 
CRP_MOUSE   (P14847), CRP_PIG (O19062), CRP_PLEPL   (P12245), 
CRP_RABIT   (P02742), CRP_RAT (P48199), CRP_XENLA   (Q07203), 
FP_NOTMI(P15697), JELT_LEPLA  (Q9PTT2), LIMU_LIMPO  (P02744), 
MPTX_BOVIN  (Q3T166), MPTX_HUMAN  (A8MV57), MPTX_MOUSE  (Q8R1M8), 
MPTX_RAT(Q6TA48), NPTX1_HUMAN (Q15818), NPTX1_MOUSE (Q62443), 
NPTX1_RAT   (P47971), NPTX2_CAVPO (P47970), NPTX2_HUMAN (P47972), 
NPTX2_MOUSE (O70340), NPTX2_RAT   (P97738), NPTXR_HUMAN (O95502), 
NPTXR_MOUSE (Q99J85), NPTXR_RAT   (O35764), PTX3_BOVIN  (Q0VCG9), 
PTX3_HUMAN  (P26022), PTX3_MOUSE  (P48759), PTX4_HUMAN  (Q96A99), 
PTX4_MOUSE  (Q6RUU0), PXN1_XENLA  (P49263), SAMP_BOVIN  (Q3T004), 
SAMP_CAVPO  (P49255), SAMP_HIPHI  (P86695), SAMP_HUMAN  (P02743), 
SAMP_MESAU  (P07629), SAMP_MOUSE  (P12246), SAMP_PIG(O19063), 
SAMP_RAT(P23680), SAMP_SALSA  (P86693), SVEP1_DANRE (A0A1D5NSM8), 
SVEP1_HUMAN (Q4LDE5), SVEP1_MOUSE (A2AVA0), SVEP1_RAT   (P0C6B8)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
'Partial' sequences

4 sequences

CRP_MUSCA   (P19094), SAMP_ANALU  (P86694), SAMP_MUSCA  (P19095),

SAMP_PLEPL  (P20677)

» more

PDB
[Detailed view]

35 PDB

1B09; 1GNH; 1GYK; 1LGN; 1LJ7; 1SAC; 2A3W; 2A3X; 2A3Y; 2W08; 3D5O; 3KQR; 3L2Y; 3PVN; 3PVO; 4AVS; 4AVT; 4AVV; 4AYU; 4PBO; 4PBP; 6YPE; 7PK9; 7PKB; 7PKD; 7PKE; 7PKF; 7PKG; 7PKH; 7TBA; 7ZL1; 8B55; 8PVQ; 8WV4; 8WV5
» more