PROSITE entry PS51832

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	HD_GYP
Accession [info]	PS51832
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	10-MAY-2017 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51831
Associated ProRule [info]	PRU01176

Name and characterization of the entry

Description [info]

HD-GYP domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=198;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=193;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.9501035; R2=0.0128349; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=628; N_SCORE=10.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=355; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-22,-32,-22,  8,-32,-22, 25,-30, 45, 20,-28,-28,-20,-22,-28,-10, 13,-20,  0,-22;
/M: SY='Q';  M=-12, -1,-30,  1, 20,-32,-20,  2,-26, 23,-22, -8,  0,-11, 32, 26, -4,-10,-26,-22,-12, 25;
/M: SY='K';  M=-12, -2,-30, -2, 12,-32,-20,  0,-26, 30,-24, -6,  0,-12, 30, 30, -6,-10,-24,-20,-10, 20;
/M: SY='T';  M=  9, -9,-12,-17,-12, -8,-18,-20, -3,-15,  4, -3, -9,-15,-12,-15,  6, 24,  2,-25,-10,-12;
/M: SY='Q';  M=-16, -4,-30, -4,  8,-28,-20, 27,-26, 13,-20, -4,  2,-16, 30, 30, -6,-12,-26,-22, -3, 16;
/M: SY='D';  M=-14, 16,-28, 26, 19,-26,-18, -6,-23,  4,-11,-14,  2,-12,  2, -3, -8,-10,-20,-30,-14, 11;
/M: SY='E';  M=  2,  6,-25,  8, 11,-27,-16, -8,-12, -4,-13, -9, -1,-10, 10,-10, -1, -8,-13,-26,-15, 10;
/M: SY='V';  M=  7,-27,-13,-30,-27, -3,-27,-28, 27,-20,  8,  8,-25,-25,-25,-22, -8, -2, 39,-27,-10,-27;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-30,-40,-30,  0,-40,-30, 50,-30, 20, 20,-20,-20,-20,-30,-20,-10, 30,-20,  0,-30;
/M: SY='H';  M=-16, -7,-28, -6,  9,  1,-24, 20,-16, -4,-11, -5, -6,-17, 10, -3, -9,-12,-21, -8, 20,  9;
/M: SY='R';  M=  5, -7,-19,-11, -4,-18,-12,-10,-20,  8,-18,-12, -1,-14,  0, 23,  8,  7,-10,-25,-14, -4;
/M: SY='L';  M=-10,-28,-20,-30,-20,  8,-28,-17, 20,-27, 45, 26,-28,-28,-17,-18,-28,-10, 10,-20,  0,-18;
/M: SY='A';  M= 30, -8,-14,-13,-10,-22, 15,-18,-19,-12,-19,-14, -3,-12,-10,-18, 15,  0, -9,-25,-22,-10;
/M: SY='H';  M=-10, -1,-22, -3,  5,-18,-20, 15,-22,  2,-16, -9,  2,-13,  4, 11,  4, 12,-16,-28, -5,  2;
/M: SY='A';  M= 26,-18,-14,-24,-14, -8,-12,-20,  2,-18, 14,  2,-18,-18,-14,-20, -6, -4,  4,-20,-12,-14;
/M: SY='G';  M= 10, -6,-18,-10,-12,-22, 23,-18,-24,-14,-22,-16,  0,-14,-12,-16, 15,  8,-14,-27,-22,-12;
/M: SY='E';  M=-12, 17,-30, 27, 39,-32,-18, -2,-32, 17,-25,-20,  5, -5, 13,  5, -2,-10,-28,-30,-18, 26;
/M: SY='F';  M=-13,-21,-20,-27,-21, 25,-27, -8,  6,-19, 16, 13,-19,-25,-18,-15,-16,  0,  2, -4, 22,-19;
/M: SY='R';  M=-16, -6,-30, -6,  4,-24,-20, -4,-30, 39,-24,-10,  0,-16, 10, 52,-10,-10,-20,-20,-10,  4;
/M: SY='D';  M=-15, 42,-27, 59, 17,-37, -8, -2,-37, -2,-30,-28, 18,-10,  0,-10,  6, -5,-27,-40,-20,  8;
/M: SY='N';  M=-10, 20,-26, 10,  2,-24, -8,  0,-22,  6,-30,-18, 32,  7, -1,  0,  2, -4,-28,-35,-21, -1;
/M: SY='E';  M=-10,  3,-32, 13, 46,-30,-20, -5,-28,  5,-22,-20, -5, 21, 13, -5, -2,-10,-30,-30,-22, 28;
/M: SY='T';  M= -5, -2,-15,-10, -8,-12,-20,-15,-15, -1,-12,-10,  0,-12, -5,  9, 13, 36, -5,-28,-10, -8;
/M: SY='G';  M=  0, -5,-25, -5, -6,-30, 33,-11,-31,-11,-28,-15,  2,-15,  3,-11,  9, -8,-25,-25,-23, -1;
/M: SY='N';  M= -3,  7,-21, -4, -6,-16, -9,  1,-12,  3,-14,  1, 17,-18,  1, 11, -1, -4,-14,-28,-13, -4;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='I';  M= -6,-30,-20,-34,-28,  2,-34,-28, 36,-26, 23, 16,-26,-26,-24,-24,-19, -6, 33,-24, -4,-28;
/M: SY='I';  M= -8,-23,-27,-23,-15,-10,-28,-23, 12,-10,  3,  4,-21,  4,-15,-14,-16, -8,  9,-24,-11,-17;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='V';  M= -4,-23,-17,-29,-25, -2,-29,-22, 26,-19, 11, 20,-21,-22,-18,-19,-10,  4, 29,-26, -6,-23;
/M: SY='E';  M=  6, -2,-23, -1, 11,-28,  8, -8,-25, -4,-23,-15,  1,-10,  8, -8, 10, -4,-21,-27,-21, 10;
/M: SY='H';  M=-16,-11,-28, -9,  2, -7,-24, 20,-14, -2, -1, -1, -8,-21,  1, 10,-15,-12,-15,-16, 12, -2;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='C';  M=  1,-17, 20,-19,-19,-12,-19,-23, -2,-19,-12, -8,-13,-25,-19,-19,  8,  5, 14,-38,-18,-19;
/M: SY='R';  M=-14, -2,-30,  0, 17,-26,-20, -3,-30, 32,-23,-12,  0,-12, 12, 41, -8,-10,-22,-22,-12, 12;
/M: SY='L';  M=  0,-27,-21,-31,-21,  3,-27,-22, 22,-27, 33, 15,-24,-24,-18,-22,-21, -8, 13,-20, -3,-21;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='A';  M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='E';  M=-12, -9,-26, -5, 17,-13,-24, -7,-12,  0,  6, -3,-11,-16,  3,  9,-13,-10,-13,-24,-10,  9;
/M: SY='H';  M= 12, -3,-23, -4,  7,-24,  2, 13,-24, -7,-18,-12, -1,-12,  0,-11,  1,-10,-19,-25,-12,  2;
/M: SY='L';  M=  2,-22, 10,-26,-20,  0,-23,-16, -1,-22, 13,  1,-22,-28,-18,-21,-15, -8,  0,-18,  2,-20;
/M: SY='G';  M= 10, -8,-25,-11,-11,-29, 39,-15,-30,-13,-24,-14, -2,-16, -5,-15,  2,-14,-23,-20,-24, -8;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='F';  M=-16,-30,-20,-36,-26, 53,-30,-20,  8,-30, 26,  8,-24,-30,-32,-20,-24,-10,  4, -2, 18,-26;
/M: SY='S';  M= 13,  9,-15, 11,  2,-25, -2,-10,-22, -8,-25,-20,  8,-10, -2,-12, 24,  8,-12,-35,-20,  0;
/M: SY='E';  M=-12, 24,-28, 32, 41,-31,-14,  2,-31,  6,-24,-22, 15, -6, 12, -2,  2, -8,-30,-34,-20, 26;
/M: SY='E';  M=-10, 10,-26, 12, 34,-21,-17, -1,-20,  1,-11,-13,  8, -9,  9, -3, -3, -8,-23,-30,-17, 22;
/M: SY='L';  M=  0, -1,-22,  3,  4,-14,-17,-12, -8,-13,  8, -4,-10,-16, -7,-15,-10, -8, -8,-26,-12, -1;
/M: SY='A';  M= 20,-11,-10,-17,-13,-13,-12,-21, -2,-12, -9, -7, -9,-15,-13,-16, 13, 15, 10,-28,-15,-13;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='D';  M=-16, 34,-30, 51, 36,-36,-14,  0,-36,  4,-26,-26, 12, -6,  8, -6,  0,-10,-30,-36,-20, 22;
/M: SY='L';  M=-12,-12,-22, -9,-12, -2,-24,-13,  7,-21, 28, 16,-18,-24,-13,-16,-22,-10,  2,-24, -4,-12;
/M: SY='I';  M= -8,-30,-21,-34,-26,  4,-34,-26, 34,-28, 30, 18,-26,-26,-22,-24,-22, -8, 27,-22, -2,-26;
/M: SY='Y';  M=-11,-11,-23,-13, -7,  7,-19, -6,-16,  6,-15, -9, -5,-19, -6, 10, -2, -3,-12,-10, 11, -7;
/M: SY='K';  M=-10, -2,-24, -7, -4,-14,-18, -6, -8, 12, -4,  6,  3,-18, -1,  6,-12, -8,-10,-24, -8, -2;
/M: SY='A';  M= 34, -6,-10,-12, -6,-20,  0,-16,-14,-10,-18,-14, -2,-10, -6,-16, 22,  8, -4,-28,-20, -6;
/M: SY='A';  M= 44, -8,-10,-17, -8,-20,  0,-18,-12,-10,-13,-12, -7,-10, -8,-18, 15,  3, -2,-23,-20, -8;
/M: SY='P';  M=-10,-22,-35,-15, -5,-21,-22,-20,-11,-15,-11,-11,-22, 62,-12,-20,-15,-10,-21,-28,-23,-12;
/M: SY='M';  M=-10,-24,-20,-30,-20,  4,-24, -8, 20,-18, 32, 44,-24,-24, -8,-14,-24,-10, 10,-20,  0,-14;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-30,-40,-30,  0,-40,-30, 50,-30, 20, 20,-20,-20,-20,-30,-20,-10, 30,-20,  0,-30;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='V';  M= -4,-30,-17,-34,-30,  0,-34,-30, 37,-24, 14, 14,-26,-26,-26,-24,-14, -4, 43,-26, -6,-30;
/M: SY='G';  M= 20,-10,-22,-14,-16,-26, 42,-20,-28,-16,-22,-16, -4,-16,-16,-20,  4,-12,-18,-20,-26,-16;
/M: SY='I';  M= -8,-30,-25,-38,-30,  0,-38,-30, 45,-28, 18, 18,-22,-22,-22,-28,-18, -8, 35,-22, -2,-30;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='R';  M= -2,  2,-21, -4, -2,-20, -9, -3,-23, 11,-22,-14, 13,-17,  3, 28,  5, -2,-17,-27,-15, -2;
/M: SY='V';  M= -4,-30,-17,-34,-30,  0,-34,-30, 37,-24, 14, 14,-26,-26,-26,-24,-14, -4, 43,-26, -6,-30;
/M: SY='L';  M=-10,-28,-20,-30,-20,  8,-28,-16, 20,-26, 44, 28,-28,-28,-16,-18,-28,-10, 10,-20,  0,-18;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='K';  M=-10,  9,-28,  5,  8,-28,-15, -5,-28, 38,-30,-12, 14,-12,  8, 23, -5, -8,-22,-25,-12,  8;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='G';  M= 11,-10,-26,-12,-18,-28, 55,-20,-34,-18,-26,-18, -2,-18,-18,-20,  2,-16,-24,-20,-28,-18;
/M: SY='K';  M=-12, -2,-30, -2, 12,-32,-20,  0,-26, 30,-24, -6,  0,-12, 30, 30, -6,-10,-24,-20,-10, 20;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='D';  M=-13, 37,-23, 42,  9,-29,-10, -2,-29, -2,-26,-23, 25,-12, -2, -8,  7,  5,-24,-38,-18,  3;
/M: SY='D';  M= 10, 18,-22, 24, 17,-30, -8, -8,-26, -2,-20,-20,  4, -8,  0,-12,  4, -6,-18,-30,-20,  8;
/M: SY='E';  M=  3, 12,-25, 18, 37,-29,-14, -5,-27,  4,-19,-19,  1, -4, 10, -6,  2, -8,-23,-29,-20, 23;
/M: SY='E';  M=-12, 18,-30, 29, 44,-34,-18,  2,-31,  8,-22,-19,  5, -4, 22, -1,  0,-10,-30,-31,-18, 33;
/M: SY='W';  M=-15,-28,-34,-33,-25, 20,-22,-26,-13,-20,-11,-13,-26,-25,-22,-18,-22, -7,-17, 78, 21,-20;
/M: SY='E';  M=  6, -3,-22, -1, 23,-25,-17, -8,-14,  1,-13,-10, -7, -9, 12, -6,  1, -6,-10,-26,-17, 17;
/M: SY='I';  M=-10,-22,-28,-25, -9, -4,-33,-21, 26,-22, 19, 12,-18,-18,-12,-21,-18,-10, 13,-22, -4,-13;
/M: SY='M';  M=-10,-22,-20,-30,-20,  2,-22, -5, 20,-15, 27, 51,-22,-22, -5,-12,-22,-10, 10,-20,  0,-12;
/M: SY='K';  M=-12, -2,-30, -2, 11,-31,-20, -4,-28, 37,-26, -8,  0,-12, 22, 32, -8,-10,-22,-20,-10, 15;
/M: SY='K';  M= -4, -2,-27, -2,  3,-30,  4, -9,-29, 17,-28,-12,  2,-12,  9,  9,  2, -8,-22,-23,-16,  6;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='T';  M= -4, -7,-21,-10, -6,-17,-20,-20,-14,-10,-17,-14, -7, 27,-10,-14,  9, 28,-11,-30,-17,-10;
/M: SY='E';  M=-12, -6,-30, -5, 17,-23,-25, -5, -9,  6,-11, -4, -5,-11, 17, 12, -7,-10,-14,-23,-11, 14;
/M: SY='I';  M=  2,-23,-25,-31,-23,  2,-28,-16, 24,-21,  8,  8,-18,-20,-15,-23,-13, -8, 14, -8, 14,-23;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='H';  M=  6,-11,-23,-14, -8, -8,-15, 13,-16, -1,-12, -6, -7,-19, -2,  7, -5, -8,-12,-10, 12, -8;
/M: SY='D';  M=-16, 23,-30, 35, 34,-32,-16,  0,-34,  9,-24,-22,  8, -7, 10,  7, -2,-10,-28,-32,-18, 22;
/M: SY='I';  M= 14,-20,-20,-30,-20, -8,-21,-21, 21,-19,  8, 14,-16,-16,-13,-23, -8, -6, 15,-20, -8,-19;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='A';  M= 19, -6,-19,-10, -6,-24, 10,-16,-23,  2,-22,-14, -2,-12, -6, -7,  8, -3,-13,-23,-20, -6;
/M: SY='E';  M= -5,  1,-25,  5, 18,-26,  5,  9,-30, -5,-25,-17,  4,-10,  4, -7,  8, -7,-25,-30,-16, 10;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='E';  M=  0,  2,-23,  6, 19,-26,  8, -8,-29, -4,-26,-20,  4, -8,  3, -8, 15, -1,-23,-31,-22, 11;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='D';  M=-16, 27,-32, 43, 22,-36,-14, -5,-34, -1,-28,-26,  7, 15,  1,-11, -2,-10,-30,-36,-22, 10;
/M: SY='S';  M= 12, -3,-13, -5, -2,-20, -3,-10,-20, -4,-25,-17,  5,-12,  0,  1, 27, 12,-10,-34,-18, -2;
/M: SY='G';  M= -2,  1,-28,  5, -2,-28,  7,-11,-30, -1,-24,-18, -1,  1, -6,  3, -2,-11,-23,-26,-22, -6;
/M: SY='F';  M=-14,-30,-22,-36,-26, 36,-32,-22, 17,-30, 29, 12,-24,-28,-28,-22,-24,-10,  9, -8, 12,-26;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-22,-32,-22,  8,-32,-22, 26,-30, 44, 20,-28,-28,-20,-22,-28,-10, 14,-20,  0,-22;
/M: SY='Q';  M=-12,  0,-30,  2, 22,-32,-20,  2,-26, 21,-22, -8,  0,-10, 32, 25, -4,-10,-26,-22,-12, 26;
/M: SY='F';  M=-12,-24,-22,-30,-23, 24,-31,-16, 14,-24, 16,  7,-19,-25,-22,-19,-16, -1,  7, -6, 19,-23;
/M: SY='A';  M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='K';  M= 11, -6,-22,-10,  0,-24,-12,-12,-22, 22,-20,-10, -4,-12,  2, 20, -2, -6,-12,-20,-14,  0;
/M: SY='D';  M= -9,  2,-23,  8,  8,-24,-21, -9, -8, -3,-11, -6, -6,-16,  6, -7, -4, -6,  0,-30,-14,  7;
/M: SY='I';  M= -6,-30,-23,-36,-30,  0,-36,-30, 43,-26, 16, 16,-24,-24,-24,-26,-16, -6, 37,-24, -4,-30;
/M: SY='A';  M= 42, -8,-10,-16, -8,-20,  0,-18,-12,-10,-14,-12, -6,-10, -8,-18, 16,  4, -2,-24,-20, -8;
/M: SY='Y';  M=-14,-26,-26,-28,-22, 16,-32, -6, 19,-22, 23, 12,-24,-28,-16,-18,-24,-10,  7,  0, 32,-22;
/M: SY='E';  M=  0,  4,-18,  6, 21,-22,-12, -8,-22, -2,-22,-18,  4, -6,  6, -6, 20, 15,-16,-34,-18, 13;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='E';  M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='R';  M=-15, -5,-30, -5,  5,-25,-20, -5,-30, 41,-25,-10,  0,-15, 10, 49,-10,-10,-20,-20,-10,  5;
/M: SY='W';  M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='D';  M=-18, 48,-28, 62, 17,-37, -8,  2,-37,  0,-30,-28, 26,-12,  0, -8,  2, -8,-30,-40,-20,  8;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='S';  M= -3, -2,-18, -5, -1,-19,-13,-10,-22,  9,-23,-14,  4,-12,  2, 15, 16, 15,-12,-30,-14, -1;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='Y';  M=-20,-22,-28,-25,-22, 42,-30, 11,  0,-15,  2,  0,-20,-30,-17,-12,-20,-10, -8, 25, 68,-22;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='E';  M=-14, -4,-28, -3, 19, -3,-22, -7,-23, 12,-15,-12, -5,-12,  2, 13, -8,-10,-19,-17, -5, 11;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='L';  M=-10,-23,-22,-23,-13,  1,-28,-18,  8,-12, 32, 13,-23,-25,-13, -8,-25,-10,  3,-20, -2,-13;
/M: SY='A';  M= 27, -6,-18,-12, -2,-24, -8,-16,-18, 13,-18,-10, -6,-10, -2, -1,  2, -4, -8,-20,-16, -2;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='E';  M=-12, 21,-28, 28, 44,-30,-15,  2,-30,  7,-23,-22, 13, -5, 14, -2,  2, -8,-30,-33,-20, 29;
/M: SY='E';  M=-16, 18,-30, 29, 33,-31,-17,  0,-33, 12,-23,-21,  6, -8, 11, 13, -2,-10,-28,-31,-18, 21;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-30,-40,-30,  0,-40,-30, 50,-30, 20, 20,-20,-20,-20,-30,-20,-10, 30,-20,  0,-30;
/M: SY='P';  M= -7,-12,-32, -6,  0,-26,-15,  1,-22,-10,-28,-17, -8, 50, -5,-15,  2, -5,-25,-32,-20, -6;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-26,-36,-26,  4,-36,-26, 38,-30, 32, 20,-24,-24,-20,-26,-24,-10, 22,-20,  0,-26;
/M: SY='Y';  M=  1,-12,-20,-16,-12,  7,-16, 16,-12,-13,-10, -6, -6,-20, -9,-12, -1, -5,-10, -9, 19,-12;
/M: SY='G';  M= 20,-10,-22,-14,-16,-26, 42,-20,-28,-16,-22,-16, -4,-16,-16,-20,  4,-12,-18,-20,-26,-16;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='I';  M=-10,-28,-26,-36,-26,  2,-34,-21, 38,-25, 25, 29,-22,-22,-15,-24,-22,-10, 22,-20,  0,-24;
/M: SY='V';  M= -2,-17,-12,-22,-21, -4,-24,-21, 13,-14,  4, 10,-17,-21,-17,-14,  0, 18, 24,-28, -8,-19;
/M: SY='A';  M= 41, -8,-10,-15, -8,-20,  0,-18,-12,-10,-15,-12, -5,-10, -8,-18, 17,  5, -2,-25,-20, -8;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-24,-34,-24,  6,-34,-24, 32,-30, 38, 20,-26,-26,-20,-24,-26,-10, 18,-20,  0,-24;
/M: SY='A';  M= 41, -8,-10,-15, -8,-20,  0,-18,-12,-10,-15,-12, -5,-10, -8,-18, 17,  5, -2,-25,-20, -8;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='V';  M= -5,-25,-15,-25,-23, -5,-28,-23, 16, -8,  3,  5,-23,-28,-21,  1,-10, -2, 33,-28,-10,-23;
/M: SY='F';  M=-20,-26,-24,-32,-26, 60,-30, -4,  0,-22,  6,  0,-20,-30,-28,-16,-20,-10, -4, 18, 50,-26;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='A';  M= 36, -5,-15,-11,  7,-22, -5,-15,-15, -5,-12,-12, -8, -8, -3,-15,  8, -2, -7,-22,-20,  2;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='T';  M= -2, -6,-16,-15,-15,-12, -9,-22, -5,-15, -8, -7, -3,-13,-13,-15, 10, 29,  0,-27,-12,-15;
/M: SY='S';  M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='K';  M=-16, 17,-30, 25, 12,-32,-16, -4,-34, 26,-28,-18,  8,-12,  6, 24, -6,-10,-24,-28,-14,  8;
/M: SY='R';  M=-20, -8,-30, -8,  0,-20,-20, 24,-30, 21,-20, -8,  2,-20, 10, 53,-10,-12,-22,-22, -3,  0;
/M: SY='P';  M=  7,-21,-23,-19,-12,-18,-18,-23, -2,-13,-12, -8,-21, 28,-16,-20, -5, -4,  3,-28,-21,-16;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='K';  M=-12, -2,-30, -2,  8,-28,-20, -8,-30, 45,-28,-10,  0,-12, 10, 39,-10,-10,-20,-20,-10,  8;
/M: SY='P';  M=-10, -6,-34,  0, 17,-30,-20,-12,-26, 18,-28,-16, -8, 32,  4,  4, -8,-10,-26,-26,-20,  8;
/M: SY='A';  M= 36,-12,-17,-18, -8,-22, -5,-20,-12,-10,-15,-12,-12, 14,-10,-20,  5, -2, -7,-22,-22,-10;
/M: SY='W';  M=-18,-36,-38,-38,-28, 21,-24,-26, -7,-24,  1, -7,-34,-30,-23,-20,-34,-22,-16, 87, 23,-22;
/M: SY='D';  M=  8, 17,-18, 22,  5,-28, -4, -8,-25, -6,-25,-22,  9,-10, -2,-12, 17,  4,-15,-35,-20,  2;
/M: SY='H';  M=-14,-16,-26,-20,-14, -6,-26, 31,  6,-17,  9, 21,-10,-22, -3,-12,-18,-14, -2,-24,  8,-12;
/M: SY='D';  M= -3, 36,-25, 49, 13,-35, -8, -5,-33, -2,-25,-25, 13,-10, -2,-12,  2, -8,-23,-35,-20,  5;
/M: SY='R';  M=-14, -2,-30,  1, 18,-26,-20, -4,-30, 33,-24,-12,  0,-12, 12, 38, -8,-10,-22,-22,-12, 13;
/M: SY='T';  M= 18, -9,-13,-19,-13,-12,-15,-22, -1,-13, -5, -5, -7,-12,-12,-17, 10, 20,  5,-24,-12,-13;
/M: SY='V';  M= -5,-23,-17,-25,-20, -3,-26,-19, 17, -8, 12, 19,-23,-25,-16,-10,-15, -5, 24,-25, -6,-18;
/M: SY='Q';  M= -9, -7,-24, -5, 11,-18,-19, -5,-15,  2, -5, -5, -6,-15, 12, 11, -3, -5,-15,-25,-11, 10;
/M: SY='F';  M=-14,-28,-24,-32,-24, 29,-32,-13, 16,-26, 25, 11,-24,-28,-22,-20,-24,-10,  7, -3, 24,-24;
/M: SY='F';  M=-14,-30,-24,-38,-28, 33,-34,-24, 24,-30, 22, 12,-22,-26,-28,-24,-22,-10, 14, -8, 12,-28;
/M: SY='Q';  M=-10, -5,-28, -5, 10,-28,-22, -3,-17, 19,-12, -1, -5,-13, 28, 13, -9,-10,-20,-20, -8, 19;
/M: SY='E';  M=  4,  3,-25,  6, 35,-30,-15, -3,-23,  5,-18,-13, -2, -4, 21, -3,  2, -8,-23,-26,-18, 28;
/M: SY='Q';  M= -6, -2,-30, -1, 10,-34, 16, -4,-30, -2,-24,-11,  0,-12, 22, -4,  0,-14,-30,-22,-20, 16;
/M: SY='K';  M=  4, -2,-25, -5,  5,-28,-15,-12,-25, 36,-25,-10, -2,-10,  5, 18, -5, -8,-15,-20,-12,  5;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='K';  M= -2,  2,-22,  3, 14,-26,-12, -8,-26, 20,-28,-16,  4, -8,  8,  9, 12,  2,-18,-30,-16, 11;
/M: SY='H';  M=-18,  2,-30,  5, 14,-22,-20, 76,-30, -5,-20, -5,  8,-15, 12,  0, -8,-18,-30,-30, 11,  9;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='R';  M= -3,-12,-24,-16, -7, -3, -5, -9,-19, -2,-13, -7, -6,-19,  1,  8, -5,-10,-16,-13, -6, -3;
/M: SY='L';  M= -8,-30,-18,-30,-22,  8,-30,-22, 22,-28, 43, 18,-30,-30,-22,-20,-27, -8, 17,-22, -2,-22;
/M: SY='V';  M= -2,-23,-13,-27,-25, -2,-29,-28, 24,-19,  7,  7,-22,-24,-24,-19, -5, 10, 35,-28, -8,-25;
/M: SY='D';  M=-16, 34,-30, 50, 36,-36,-14,  0,-36,  4,-26,-26, 12, -6,  8, -6,  0,-10,-30,-36,-20, 22;
/M: SY='V';  M= 16,-22,-17,-28,-20, -6,-20,-24, 16,-20, 13,  6,-20,-20,-18,-22, -9, -4, 17,-22,-10,-20;
/M: SY='F';  M=-18,-30,-20,-38,-28, 69,-30,-20,  3,-30, 16,  3,-22,-30,-37,-20,-22,-10,  2,  5, 25,-28;
/M: SY='L';  M= -9,-22,  3,-25,-17,  3,-28,-18,  3,-19,  8,  4,-20,-27,-10,-15,-14, -8,  6,-23, -5,-13;
/M: SY='K';  M=  3, -2,-25, -3, 14,-28,-15, -5,-23, 18,-20, -9, -2,-10, 17, 16, -2, -8,-19,-22,-14, 15;
/M: SY='N';  M= -8,  9,  4,  0, -3,-17,-15, -8,-11, -8,-17,-13, 16,-22, -9,-10,  0, -3, -8,-38,-19, -6;
/M: SY='L';  M=  4,-19,-22,-22, -7, -6,-24,-19, 12,-19, 17,  6,-18,-18,-11,-19,-13, -8,  6,-22, -8,-10;
/M: SY='D';  M=-18, 42,-30, 59, 20,-40,-12,  2,-37,  2,-28,-25, 17,-10, 10, -7,  0,-10,-30,-37,-18, 15;
/M: SY='Q';  M=  4, -2,-25, -5,  9,-32,-15, -4,-21, 20,-21, -6, -2,-10, 25, 10, -1, -8,-19,-20,-12, 17;
/M: SY='F';  M=-14,-26,-22,-36,-26, 32,-27,-13, 17,-21, 16, 30,-20,-24,-19,-17,-20,-10,  9, -8, 12,-21;
/M: SY='L';  M=  4,-25,-16,-30,-22, 17,-23,-22, 10,-24, 20,  7,-23,-25,-24,-20,-15, -6, 12,-15,  1,-22;
/M: SY='E';  M= -5,  8,-25, 15, 46,-28,-15, -2,-28,  5,-22,-20,  2, -2, 15, -2,  9, -3,-25,-32,-20, 31;
/M: SY='I';  M= -8,-30,-25,-38,-30,  0,-38,-30, 45,-28, 18, 18,-22,-22,-22,-28,-18, -8, 35,-22, -2,-30;
/M: SY='K';  M= 12, -6,-22,-10,  0,-24,-12,-12,-22, 23,-20,-10, -4,-12,  2, 16, -2, -6,-12,-20,-14,  0;
/M: SY='R';  M= -6,  4,-27,  7, 14,-25,-15, -3,-28, 14,-20,-15,  2,-13,  7, 28, -3, -8,-20,-25,-15,  8;
/M: SY='R';  M=-14, -2,-30,  0, 19,-27,-20,  0,-28, 25,-22,-11,  0,-12, 20, 38, -6,-10,-24,-22,-12, 17;
/M: SY='Y';  M=-18,-27,-32,-27,-22, 21,-28,  0,  0,-17,  7,  0,-27,-30,-14,-14,-27,-14,-10, 44, 51,-20;
/M: SY='R';  M=  4, -6,-22, -9,  2,-24,-12, -4,-22, 10,-19,-10, -1,-14, 14, 23,  5, -3,-16,-23,-14,  6;
/M: SY='D';  M=-18, 42,-30, 59, 28,-38,-12,  0,-38,  2,-28,-28, 16, -8,  4, -8,  0,-10,-30,-38,-20, 16;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Post-processing [info]

COMPETES_HIT_WITH

PS51831; PS51833

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_06 which contains 572'619 sequence entries.

Total number of hits	11 in 11 different sequences
Number of true positive hits	11 in 11 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	HD-GYP
Version [info]	1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

11 sequences

CDPD1_PSEAE (Q9HWS0), CDPD1_VIBCH (Q9KSG1), CDPD2_PSEAE (Q9HV27),

CDPD2_VIBCH (Q9KSB1), CDPD_THEMA  (Q9WY30), CGAP1_VIBCH (Q9KLR1), 
CGAP2_VIBCH (Q9KMV8), CGAP3_VIBCH (Q9KL18), PDEB_BORBU  (O50161), 
RPFG_XANC8  (Q4UU85), Y2027_AQUAE (O67821)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

2 PDB

4R8Z; 5Z7C