PROSITE entry PS51837

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	LITAF
Accession [info]	PS51837
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	30-AUG-2017 CREATED; 26-FEB-2020 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51837
Associated ProRule [info]	PRU01181

Name and characterization of the entry

Description [info]

LITAF domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=85;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=80;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.7422600; R2=0.0115005; TEXT='-LogE';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3304.9433594; R2=17.4136906; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=501; H_SCORE=12029; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=327; H_SCORE=8999; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-10; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M:         M= -4,-10,-22,-12, -7,-15,-15,-11, -6, -7,-10, -4, -7, -6, -4, -7, -2, -1, -4,-25,-11, -7;
/M: SY='Q';  M= -4, -5,-24, -7,  1,-21,-15, -8,-13, -2,-15, -7, -3,  1,  6, -4, -1, -2,-14,-26,-14,  3;
/M: SY='T';  M= -4, -9,-22,-11, -6,-13,-14,-10, -8, -7,-11, -5, -6, -6, -4, -7,  0,  2, -6,-24, -9, -6;
/M:         M= -3,-13,-22,-14,-10,-12,-16,-14, -2,-11, -7, -3,-10, -3, -9,-11, -5, -3,  0,-25,-12,-11;
/M: SY='T';  M= -4,-12,-21,-15,-12, -8,-18,-11,  0,-12, -5, -1, -9,-12, -9,-12, -4,  1,  1,-22, -4,-12;
/M: SY='V';  M= -1,-14,-20,-16,-11,-12,-18,-16,  0,-11, -5, -2,-12, -6,-10,-12, -4, -1,  3,-26,-12,-12;
/M: SY='T';  M= -5,-11,-21,-14, -8,-11,-18, -9, -2, -9, -5, -1, -8,-13, -3, -9, -3,  1, -3,-22, -5, -7;
/M: SY='P';  M= -5, -6,-26, -6,  0,-20,-14, -8,-14, -6,-17,-10, -4,  9,  0, -8,  0, -1,-15,-26,-14, -2;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M:         M= -4, -8,-22, -9, -2,-15,-15, -9, -7, -6, -7, -4, -6, -4, -2, -7, -4, -3, -8,-24,-11, -3; D=-8;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M:         M= -3, -9,-19,-10, -6,-12,-15, -8, -6,-10, -5, -3, -8, -6, -6,-10, -4, -2, -5,-23, -9, -7; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M:         M= -5, -4,-22, -6, -2,-14,-15, -7,-11, -5,-12, -7, -2, -8, -3, -6, -1, -2, -9,-26,-10, -3;
/M: SY='F';  M=-12,-21,-23,-23,-18, 16,-22,-15,  2,-20, 12,  3,-18,-21,-19,-16,-18, -9, -1, -6,  8,-18;
/M: SY='G';  M= -3, -5,-23, -6, -8,-22, 18,-11,-27, -7,-22,-14,  1,-14, -7, -5,  2, -6,-20,-24,-18, -8;
/M: SY='P';  M= -9,  2,-28,  6,  5,-23,-13, -5,-22,  1,-22,-15,  1,  7,  0,  1, -1, -5,-21,-27,-15,  1;
/M: SY='H';  M= -6, -1,-23, -2,  1,-16,-12,  2,-18, -1,-16, -9,  0,-14,  1, -2, -1, -3,-15,-21, -4,  0;
/M: SY='P';  M= -4,-14,-32, -8,  0,-26,-14,-17,-20, -9,-28,-18,-12, 58, -7,-16,  1, -3,-24,-31,-26, -7;
/M: SY='V';  M=  1,-13,-16,-16,-10,-11,-17,-12, -1,-10, -5,  0,-11,-17, -5,-11, -2,  0,  4,-22, -6, -8;
/M: SY='Q';  M= -9, -6,-24, -7, -1,-15,-18, -4,-13, -1,-12, -6, -4, -9,  3,  1, -5, -4,-12,-21, -7,  0;
/M: SY='V';  M= -3,-21,-14,-26,-19, -1,-26,-20, 16,-18, 10, 12,-19,-21,-16,-18,-10,  0, 17,-23, -5,-19;
/M: SY='Y';  M=-10, -6,-21, -8, -7, -6,-22, -5, -7, -5, -8, -4, -6,-17, -4, -4, -5,  0, -6,-18,  2, -6;
/M: SY='C';  M=-10,-20,115,-30,-29,-20,-29,-30,-30,-29,-20,-20,-20,-39,-29,-29,-10,-10,-10,-49,-29,-29;
/M: SY='P';  M= -8,-15,-33, -9, -2,-25,-16,-14,-18, -9,-25,-16,-14, 55, -7,-15, -5, -6,-24,-27,-22, -8;
/M: SY='H';  M= -8, -2,-23, -7, -6, -6,-14, 13,-16, -4,-16, -8,  5,-17, -3, -1,  0, -3,-15,-19,  4, -6;
/M: SY='C';  M=-10,-20,116,-29,-29,-19,-30,-30,-29,-29,-19,-20,-20,-39,-30,-29,-10,-10,-10,-49,-29,-29;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='H';  M= -9,  2,-26, -1,  2,-24, -2, 11,-25,  3,-21, -9,  9,-17, 11,  7, -2,-10,-24,-25,-10,  5;
/M: SY='Q';  M= -4, -2,-19, -6,  2,-21,-15, -1,-18,  6,-17, -7,  0,-14, 10,  6,  0, -3,-15,-23, -9,  5;
/M: SY='Q';  M= -8, -3,-23, -4,  1,-16,-18,  0,-12, -2,-11, -5,  0,-14,  4,  1, -2, -2,-12,-22, -6,  1;
/M: SY='V';  M= -2,-20,-18,-23,-21, -8,-18,-23, 15,-18,  1,  5,-16,-21,-17,-18, -6, -1, 20,-26,-11,-20;
/M: SY='V';  M= -7,-12,-20,-15, -9, -8,-24,-12,  4, -9,  2,  4,-11,-18, -6, -7, -6,  2,  5,-24, -6, -8;
/M: SY='T';  M=  1, -1,-11, -9, -8,-12,-17,-18,-12,-10,-14,-12,  1, -7, -9,-10, 21, 42, -2,-31,-12, -9;
/M: SY='R';  M= -9, -5,-24, -6,  0,-17,-19, -4,-13,  7,-13, -6, -1,-16,  3, 14, -3, -2, -9,-25, -9,  0;
/M: SY='V';  M= -3,-21,-16,-26,-22, -3,-28,-24, 20,-19,  9,  9,-19,-20,-19,-18, -7,  8, 25,-27, -7,-22;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='E';  M= -8,  2,-24,  3, 14,-21,-17, -1,-21,  8,-18,-11,  2,-12,  7,  8,  1, -1,-16,-27,-11, 10;
/M: SY='Y';  M=-12,-11,-25,-13, -8,  0,-22,  9,-12, -1,-10, -4, -7,-17, -4,  3, -7, -3,-12, -9, 18, -8;
/M: SY='E';  M= -7, -2,-24, -1, 12,-22,-19, -4,-17, 10,-17, -9, -2,-12,  8,  8, -1, -2,-13,-26,-12,  9;
/M: SY='S';  M=  2, -6,-20, -9, -8,-16,-12,-13, -9,-10,-15,-10, -2,  2, -8,-13,  4,  2, -7,-28,-15,-10;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='G';  M=  1, -5,-24, -7,-13,-25, 40,-16,-31,-15,-27,-18,  4,-16,-13,-15,  8, -5,-23,-25,-25,-13;
/M: SY='T';  M= -1, -8,-13,-12,-10,-13,-11,-14,-11, -8, -9, -6, -5,-15, -9, -8,  0,  1, -6,-23,-12,-10;
/M: SY='L';  M= -4,-17,-10,-21,-16, -2,-13,-15, -5,-14,  3,  3,-14,-23,-14,-11,-11, -7, -3,-19, -6,-15;
/M: SY='T';  M=  9, -4,-11,-12, -9,-14,-13,-18,-11,-10,-12,-10, -3,-10, -8,-13, 14, 26, -3,-25,-13, -9;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='W';  M=-16,-22,-27,-24,-19,  8,-23,  7,-12,-16,-10, -6,-19,-26,-12,-13,-21,-16,-16, 40, 27,-16;
/M: SY='L';  M= -4,-24,-14,-28,-21,  1,-25,-22, 16,-23, 18, 10,-20,-24,-19,-20,-15, -4, 13,-21, -5,-21;
/M: SY='V';  M=  2,-20, -5,-25,-19, -5,-19,-20,  4,-19,  3,  3,-16,-21,-16,-19, -6, -2,  6,-16, -7,-18;
/M: SY='C';  M= 12,-14, 31,-22,-19,-14,-11,-22,-15,-19,-13,-11,-12,-23,-18,-22,  2, -2, -3,-32,-20,-18;
/M: SY='L';  M=  0,-21, -9,-25,-21,  1,-10,-21,  2,-22,  6,  1,-17,-24,-21,-21,-10, -6,  5,-20, -8,-21;
/M: SY='L';  M= -1,-22,-17,-27,-22,  1,-16,-22, 12,-23, 14,  7,-19,-24,-20,-20,-13, -6, 11,-21, -7,-21;
/M: SY='L';  M= -7,-25, -4,-29,-22,  5,-26,-21, 12,-26, 23, 11,-23,-27,-20,-21,-19, -7,  8,-22, -4,-21;
/M: SY='C';  M= -5,-21, 31,-28,-24,  5,-22,-23, -8,-25, -1, -6,-17,-29,-25,-23,-10, -6, -1,-26, -9,-24;
/M: SY='L';  M= -8,-27, -8,-31,-24, 13,-27,-22, 13,-26, 21, 11,-23,-27,-23,-21,-19, -8, 11,-18,  0,-23;
/M: SY='F';  M= -8,-24, -6,-30,-24, 17,-26,-22,  9,-25, 14,  6,-21,-26,-24,-20,-14, -3, 10,-18,  1,-23;
/M: SY='G';  M= -3,-15,-10,-19,-20, -8, 16,-21,-18,-21,-11,-10, -9,-21,-21,-20, -4, -7,-11,-21,-15,-20;
/I:         I=-3; MD=-6;
/M: SY='C';  M= -7,-18, 27,-23,-21, -2,-14,-20, -9,-22, -3, -6,-15,-24,-21,-20,-11, -9, -4,-21,-11,-21; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-6;
/M: SY='W';  M= -9,-20,-15,-22,-18,  6,-15,-16, -3,-16, -4, -5,-18,-15,-16,-15,-16,-11, -5, 25,  5,-16; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-6; IM=0; DM=-6;
/M: SY='L';  M= -4,-17,  0,-20,-16,  6,-17,-15,  2,-17,  8,  1,-15,-16,-16,-15,-11, -5,  2, -9, -2,-15; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='G';  M= -3,-15,-13,-15,-14,-14, 12,-18,-19,-17,-15,-12,-11,  3,-16,-18, -6,-11,-16,-19,-18,-16; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='C';  M= -8,-21, 70,-29,-26, -8,-26,-26,-17,-27, -7,-11,-20,-32,-27,-26,-11, -8, -4,-38,-19,-26; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='C';  M= -1,-17, 61,-25,-22, -9,-21,-23,-17,-22,-11,-12,-16,-28,-22,-23, -7, -7, -4,-31,-18,-22; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='F';  M= -9,-24, -6,-27,-20, 14,-23,-19,  5,-22, 12,  3,-21,-21,-20,-18,-19,-10,  2,  2,  3,-19; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='I';  M= -8,-28,-21,-33,-25,  4,-33,-24, 31,-27, 24, 15,-24,-24,-21,-24,-20, -8, 22,-20, -1,-26;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-34,-12, -3,-26,-21,-20,-17,-11,-26,-17,-20, 76,-11,-20,-10, -9,-25,-29,-27,-11;
/M: SY='F';  M=-16,-25,  0,-31,-25, 37,-30,-12, -1,-24,  8,  0,-21,-30,-27,-19,-19,-10, -2, -1, 25,-25;
/M: SY='C';  M= -9,-23, 46,-30,-26,  1,-28,-23, -9,-26, -1, -5,-21,-33,-25,-23,-14, -8,  0,-28, -9,-25;
/M: SY='I';  M= -7,-23, -5,-29,-23,  3,-26,-20, 12,-21, 10, 11,-20,-25,-18,-19,-14, -5, 12,-17, -4,-21;
/M: SY='D';  M=-12, 20,-27, 25,  9,-29, -9, -2,-28,  3,-26,-19, 13, -4,  1, -2,  1, -6,-24,-32,-18,  4;
/M: SY='S';  M= -3, -1,-13, -1, -4,-19, -4,-10,-21, -7,-20,-14,  1,-15, -5, -8,  5, -2,-15,-22,-14, -5;
/M: SY='C';  M= -9,-21, 38,-28,-24,  6,-26,-23,-12,-25, -2, -7,-19,-29,-25,-21,-12, -5, -4,-25, -8,-24;
/M: SY='K';  M= -9, -3,-28, -3,  7,-25,-19, -5,-23, 27,-21, -6, -2,-12, 14, 19, -7, -8,-19,-17, -7, 10;
/M: SY='D';  M=-15, 37,-27, 47, 14,-32,-10,  1,-32,  0,-27,-24, 20,-12,  0, -7,  2, -6,-25,-36,-17,  7;
/M: SY='V';  M=  3,-18,-14,-21,-17, -7,-22,-20,  8,-10, -1,  1,-16,-21,-16,-12, -3,  3, 18,-24, -7,-17;
/M:         M= -8, -4,-22, -6, -1,-13,-21, -2, -6, -4, -8, -4, -3,-17, -3, -3, -5, -3, -4,-25, -5, -3;
/M: SY='H';  M=-19, -2,-29, -2, -1,-18,-21, 90,-27,-10,-17,  1,  7,-20,  9, -1,-10,-18,-27,-28, 19, -1;
/M: SY='Y';  M=-11,-11,-23,-14,-10,  5,-22,  5, -8, -6, -8, -4, -7,-21, -6, -2, -5,  0, -8,-10, 18,-10;
/M: SY='C';  M=-10,-20,116,-30,-29,-20,-30,-30,-30,-29,-20,-20,-20,-39,-29,-29,-10,-10,-10,-49,-29,-29;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='P';  M= -4,-15,-31,-10, -3,-26,-12,-17,-19,-10,-26,-17,-13, 53, -8,-16, -2, -5,-23,-29,-26, -9;
/M: SY='N';  M= -6,  9,-19,  2,  0,-18,-11,  2,-17,  2,-20,-11, 18,-17,  3,  3,  5, -1,-18,-30,-12,  1;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='C';  M=-10,-20,113,-29,-29,-18,-29,-29,-29,-29,-19,-19,-20,-39,-29,-29,-10,-10,-10,-47,-28,-29;
/M: SY='N';  M= -7,  6,-25,  3,  0,-25,  6,  1,-27,  4,-25,-13, 13,-16,  3,  3,  1, -9,-24,-26,-15,  1;
/M: SY='N';  M=  0, -3,-17, -9, -4,-17,-12, -3,-15,  1,-15, -7,  2,-16,  1,  2,  1, -1,-12,-24, -9, -3;
/M: SY='Y';  M=-11,-14,-23,-16, -8, -1,-24, -4, -3, -6, -1,  1,-12,-17, -6, -5,-11, -5, -3,-14,  7, -8;
/M: SY='L';  M= -8,-27,-21,-30,-23,  4,-31,-23, 26,-25, 27, 16,-25,-25,-21,-21,-20, -7, 22,-22, -2,-23;
/M: SY='G';  M=  7, -9,-24,-12,-15,-24, 40,-14,-29,-16,-22,-15, -2,-18,-15,-17,  1,-13,-20,-20,-21,-15;
/M: SY='R';  M= -6,-10,-20,-13, -7,-11,-22, -9, -5, -1, -8, -3, -7,-17, -4,  4, -2,  4,  0,-23, -5, -7;
/M: SY='Y';  M=-14,-13,-24,-15,-11,  5,-23,  8,-12, -2, -9, -4, -9,-23, -7,  1,-12, -9,-12,  2, 23,-11;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-27,  1,  6,-22,-16, -1,-22, 12,-20,-11,  1, -8,  7, 12, -3, -6,-18,-23, -9,  5;
/M: SY='R';  M=-11, -9,-24,-12, -6, -9,-16, -4,-18,  7,-15, -8, -3,-14, -1, 20, -8, -7,-15,-16, -1, -6;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_05 which contains 572'214 sequence entries.

Total number of hits	16 in 16 different sequences
Number of true positive hits	16 in 16 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes, Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	LITAF
Version [info]	3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

16 sequences

075L_FRG3G  (Q6GZQ0), CDIP1_BOVIN (Q58D45), CDIP1_DICDI (Q54HX8),

CDIP1_HUMAN (Q9H305), CDIP1_MOUSE (Q9DB75), CDIP1_RAT   (Q5U2U6), 
CDIP1_XENLA (Q8AVW3), CDIP1_XENTR (Q5BJ83), GILP_ARATH  (Q94CD4), 
LITAD_HUMAN (A0A1B0GVX0), LITAF_CHICK (Q8QGW7), LITAF_DANRE (Q6GMG8), 
LITAF_HUMAN (Q99732), LITAF_MOUSE (Q9JLJ0), LITAF_RAT   (P0C0T0), 
LITAF_XENTR (Q6P828)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment