PROSITE entry PS51854

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	CSPG
Accession [info]	PS51854
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	28-FEB-2018 CREATED; 28-FEB-2018 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51854
Associated ProRule [info]	PRU01201

Name and characterization of the entry

Description [info]

CSPG repeat profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=92;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=87;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8655000; R2=0.0086952; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1511; N_SCORE=15.0; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=821; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: M0=-17; D=-150; I=-150; B1=-1000; E1=-1000; MI=-380; MD=-380; IM=-380; DM=-380;

...

                A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y
/I:         B1=0; BI=-380; BD=-380;
/M: SY='P';  M= 24,-55,-36,  4,-29,-20,-24,-34, -2,-18,-41,-30, 52, 15,-28,-24, 23,-14,-58,-25;
/M: SY='P';  M=-14,-63,-34,-19,-33,-44,-14,-11,-29,-11,-40,-50, 90,-13,-29,-27,-24,  2,-60,-52;
/M: SY='P';  M=-23,-60,-44, -4,-20,-51, 18,  2,-13,-45,-15,-15, 53, 36,  6,  4,-21,  6, 12,-24;
/M: SY='V';  M=-32,-54,-26, -5,-14,-42,-51, 25,-35, 30, 18,-52,  6,  3,-25,-27,-26, 32,-58,-41;
/M: SY='T';  M= -2,-51,-41,-37,  3,-24,  0,  6,-40, 13, 12,-24,-33, -3,-50,  1, 30, 22, -4,-25;
/M: SY='T';  M=  5,-53,-35,-38, -1,-30,-10, 15, -8, -2,-23,-26,  3, -8,  5,-25, 32, 12, -8,-20;
/M: SY='N';  M= -5,-52,-26,-19,-27,  7, 16,-21,-23,-26, -9, 66,-52,-10, -7, 16, -6,-22,-64,-37;
/M: SY='T';  M= -1,-23, -9, -4,-41,-12,-12,-35, 11,-38,  8, -9,-17, 12, 28,  6, 31,-11,-62,-46;
/M: SY='G';  M=-27,-57,-25, -8,-45, 45,-14,-29,-21,-17,  3, -6, 34,-19,-14, 13, -7,-21,-59,-32;
/M: SY='L';  M=-27,-52,-66,-59, 30,-66,-52, 19,-59, 62, 22,-62,-64,-54,-57,-56,-44,  1,-49,-30;
/M: SY='H';  M=-19,-55,-18, 16,-33,-46, 43, -6,-23,-34, 19,-31,-15, 12,  8,  3, 21, 11, 19,-10;
/M: SY='V';  M=-30,-50,-63,-57,-33,-64,-59, 14,-41, 22, 40,-58,-59,-54,-55,-48, -5, 67,-12,-40;
/M: SY='W';  M= -1, -3,  4, -3, -1,-42,-45,-16,-23,  3,  2,-14, 26, 15,-39, -3, 13,-19, 35, -3;
/I:         I=-31; MI=0; MD=-79; IM=0; DM=-79;
/M: SY='E';  M=-20,-61,-24, 74,-62, -6,-38,-27,-11,-44,-30,-16, -1, 34, -2,-27,-35,-44,-60,-52;
/M: SY='G';  M=-31,-23,-26,-27,-17, 72, 16,-61,-21,-37,-50,  1,-34,-23,-39,-12,-20,-47,-56,-21;
/M: SY='G';  M= -6,-35,  7, 12,-44, 39,  7,-43,-29,-32,  4,-26,-48, 37,-43, 20,-10,-28,-59,-28;
/M: SY='R';  M= -3,-53,-44,-18,-41,-11,-17,-19,-10, -9, 14,-23,-51, 29, 29, 16, 25,  0,-60,-34;
/M: SY='T';  M= 18,-29,-46,-14, -1,-10,-19,-19,  6,-14, -8,-17,-35,-14, 18, -4, 24,  8,-58,-42;
/M: SY='P';  M= -2,-56,-48, -4,-36,-53,-27, 10,-24,  0,-11,-30, 50,-15,-14, -7, 17,  8,  5,-10;
/M: SY='I';  M=-48,-55,-67,-63,-12,-70,-59, 67,-61, 49,-14,-61,-61,-56,-61,-57,-42,  4,-54,-36;
/M: SY='T';  M=-24,-49, 19,-23,-54, -7,-44,-49,-37,-29,-46, -9,-13,  2,-14, 35, 66,-43,-67,-49;
/M: SY='P';  M=-18,-56,-31,-11,-24,-22,-44,-48, -4,-26,-10, 16, 55, -8,  7, 14, 27,-32, 22,-47;
/M: SY='Q';  M=  8,-55, 19, 15,-10,-34, 10,-52,  8,-29,-45,  1, -2, 33,  3, 11,  7,-43,-60,-44;
/M: SY='H';  M=-15,-55,-25, -3,-30,-54, 63, 19,-43,  2,  6, -5,-53, 23,-44, -9,-13, 18,-10,  1;
/M: SY='L';  M=-47,-51,-65,-59,  6,-49,-52, 13,-59, 68,-14,-62,-64,-54,-57,-40,-26,  4,-52,-34;
/M: SY='Q';  M= -8,-25,  6, -8, -7,-33, 32,-43,  7,-23,-13, 10,-50, 35, 11, 32,-13,-34,-60,-41;
/M: SY='A';  M= 50,-26,-54,-49,  4, -5,-52,  2,-48,-19,-35,-38,-19,-34,-31,-23,-14, 29,-53,  2;
/M: SY='T';  M=-14,-51, -8, 22,-48,-42,-45, -1,-21,-31,-30,-28,-20, -3,-23, 25, 46, 13,-62,-11;
/I:         I=-26; MD=-67;
/M: SY='D';  M=-37,-61, 89, -2,-64,-32,-12,-62,-26,-33,-57, -4,-50, -5,-36, -6,-11,-59,-77,-39; D=-26;
/I:         I=-26; MI=0; MD=-67; IM=0; DM=-67;
/M: SY='P';  M= 17,-61,  9,-15,-54,-28,-51,-14,-31,-11,  0,-48, 31, 13,-16,-18,-29, -4,-25,-24; D=-26;
/I:         I=-26; DM=-67;
/M: SY='D';  M=-24,-59, 80, 28,-43, -5,-24,-36,-25,-54,-55, 15,-48,-11,-43,-11,-33,-35,-72,-51;
/M: SY='S';  M=-24,-50, 19,-38,-52,-13,-44,-26,-30,-27,-45,-10, -9,-37,  4, 50, 45, -8,-66,-48;
/M: SY='P';  M= -5,-58, 39, 13,-44,-20,-28,-53,-20,-26,-48, 14, 52, -7, -5,  7,-10,-37,-64,-31;
/M: SY='D';  M=-10,  0, 54, -8,-31, -8, -6,-34, -5,-17,-47,-16, 44, -8, -9, -8,-39,-28,-65,-49;
/M: SY='D';  M=-12,-58, 41, 26,-51, -5,  4,-49, -8,-25,-48,  4, 21,  6,  2, 13,-26,-33,-65,-49;
/M: SY='D';  M=-17,-57, 43, 42,-45,-16, -2,-46,-10,-15, 10,  4,-34, 20,-39,  8,-13,-43,-63,-32;
/M: SY='L';  M=-18,-53,-33,-57,-11,-65,-36, 42,-48, 50,-17,-59,-27,-53,-57,-53,-41, 25,-55,-18;
/M: SY='H';  M=-24,-54,-42,-25, -8,-58, 35, 13,-13, 25,  0,-46,-55, -9,  2, -9,  8, 16, 26,-23;
/M: SY='F';  M=-53, 11,-63,-61, 80,-64,-39,  1,-56, -1,-20,-57,-66,-58,-54,-53,-47,-14,-23, 72;
/M: SY='T';  M=-29,-53,-39, 11,-33,-52, 11,  0, -3,-27,-25, 15,-50, 22, 13,  4, 30, 18,-61,-16;
/M: SY='I';  M=-33,-52,-65,-60,-15,-67,-59, 48,-58, 41, -4,-60,-41,-55,-59,-52,-14, 44,-58,-38;
/M: SY='T';  M=-20,-49,-38, -2,-44,-55,-24, -2,-16,  5, -5,-31,-49,-12, -9,-12, 60, 23,-64,-44;
/M: SY='Q';  M=-10,-57, -4, 15,-56, -5,-24,-41, -2,-41,-45, -8,-39, 48, 38, 14,  0,-29,-23,-15;
/M: SY='P';  M= 13,-57,-26,-18,-12, 31,-47,-41, -7,-10,-42,-41, 47, 25,-22,-14,-12,-24,-56,-48;
/M: SY='P';  M=-34,-68,-28,-39,-31,-51,-27,-49,-45,-10,-45,-53,106,-48,-46,-22,-33,-53,-59,-43;
/M: SY='Q';  M=-31,-27,-28,-15,-41,-30, 17,-34,  0,  2,-11,-19,-19, 58, 28, 12, 14,-35,-59,-42;
/I:         I=-25; MI=0; MD=-63; IM=0; DM=-63;
/M: SY='H';  M=-10,-58,-23,-26, 12,-32, 91,-49,-17,-14,-25, 13,-54, 15,-13,-18,-32,-38,  0, 31;
/M: SY='G';  M=-31,-59,-47,-58,-63, 90,-53,-69,-51,-53,-55,-33,-51,-49,-45,-32,-50,-47,-56,-59;
/M: SY='H';  M=-33,-15,-24,  9,-12,-45, 53,-33,-10,-22, -5,  2,-16, 36, 20,-22, -6,-27,-23, 41;
/M: SY='L';  M=-45,-53,-64,-38,-21,-68,-31, 39,-58, 57,  6,-62,-62,-53,-58,-56,-42, 28,-56,-37;
/M: SY='E';  M=-24,-55,-33, 40, -6,-58,-44,-16,-38, 18,  4,-34,-52, 37,-17,-27, -8, 28,-58,-32;
/M: SY='H';  M=-31,-31,-28,-27,-25,-53, 34,-16,  7, 20, 15, 27,-56, -9, 19,-11,-40,  6, 13,  3;
/M: SY='R';  M= -3,-53,-12,-25,-25,-24,-11,-11,-10, -9, -5, 11,-39, 19, 28, -2, 25,  1,-28,-30;
/M: SY='G';  M=-12,-57, 41,-15,-56, 42, -7,-23,-15,-14,-31,-14,-18,  4,-15,  4,-16,-34,-63,-50;
/I:         I=-15; MD=-38;
/M: SY='Q';  M= -4,-67,  0,-16,-39,-11,  1,-30,-22,-35,-53, -2, 13, 24, -9,-13, -8,-50,-26,-32; D=-15;
/I:         I=-15; MD=-38;
/M: SY='P';  M=-12,-45,-27,-23,-56, 17, -4,-39,-34,-56,-43,-15, 53,-43,-19,-11,-31,-63,-72,-48; D=-15;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-38; IM=0; DM=-38;
/M: SY='G';  M=-20,-64, -4,-15,-29, 36, -5,-63,-24,-32,-19,  3,-59,-49,-32,  3,  4,-52,  2,-55; D=-15;
/I:         I=-15; DM=-38;
/M: SY='E';  M= -8,-55,-13, 23,-34, -5,  0,-11,-25,-17,-19, -2,-50, 10, 22, -3, 12, 11,-19,-30;
/M: SY='P';  M=-20,-64,-42,  8,-41,-43,-13,-52,-23,-53,-24,-19, 91, 13,-17, -1,-11,-29,-61,-55;
/M: SY='I';  M=  7,-52,-33,-44,-36,-15,-57, 44,-53, 24,  2,-52,-37,-51,-45,-38,  1, 33,-59,-42;
/M: SY='T';  M=  3,-51, -3,  2,-35,-18, 32,-47,-23,-37,-31,-14,-30, -6, -1, 35, 38,-13,-62,-12;
/M: SY='M';  M=  7,-14,-11, 24,-30,-24, 10,-41, -8,-22, 43,  4,-20, 15,  2, 36,  8,-18,-56,-19;
/I:         I=-16; MI=0; MD=-40; IM=0; DM=-40;
/M: SY='F';  M=-53,-10,-66,-61,111,-60,-47,-27,-57,-19,-29,-55,-64,-67,-54,-52,-45,-27, 29,  3;
/M: SY='T';  M=-24,-42,-36,-37,-37,-42, 13,-39,-35,-22,-17,-20,-19,-10,-35, 37, 87,-32,-63,-41;
/M: SY='Q';  M=-40,  0,-43,-26,-40,-50,-34,-14,-19, 23, 12,-22,-39, 93,-30,-29,-40,-16, 62, -2;
/M: SY='Q';  M= 22,-52, 14, 31,-35,-28,-16,-44, 17, 10,-17,-34,-45, 37, 29,-13,-19,-41, -4,-41;
/M: SY='D';  M=-27,-58, 95, 34,-63,-44, -8,-60,-29,-45,-38,-18,-43, 37,-36,-33,-36,-57,-71,-46;
/M: SY='V';  M=-31,-47,-62,-56,-25,-64,-56, 47,-55, 46,  0,-57,-57,-52,-55,-49,-35, 58,-56,-35;
/M: SY='N';  M= -4,-50, 33, 19,-33,-44,-22, -4,-10, -7,-11, 43,-47, 13,  7, -2,-15, 16,-59,-21;
/M: SY='N';  M= 16,-50, 10, 34,-53,-13, 21,-49, -3,-25,-41, 49,-44, 33,  2,  7,-12,-32,-60,-33;
/M: SY='G';  M=-25, 48,-39,-37,-43, 66,  3,-53, -4,-25, 21, 28,-36,  3,-10, -8,-39,-51,-56,-47;
/I:         I=-45; MI=0; MD=-115; IM=0; DM=-115;
/M: SY='K';  M=-12,-34,-14,-18,-45,-43, 21,-30, 50,  5,-34,  1,-48, 23, 42, -3,-14,-24,-53,-10;
/M: SY='I';  M=  9,-48,-60,-55,-29,-59,-58, 59,-53, 23,-17,-54,-41,-51,-55,-44,-33, 57,-56,-37;
/M: SY='R';  M= 14,  0,-44,-28, -9,-21,-15,-20,-19,  2,-10, -2,-51,  4, 47,  7, -3, 15, 12,  6;
/M: SY='Y';  M=-50,-57,-52,-53, 56,-57,-20,-32,-46,-19,-27,-51,-62,-43,-43,-46,-44,-37, -8,114;
/M: SY='V';  M= -3,-32,-44,  0,-22,-40, -8, 30,-10,-14, -1,-40,-49, 36, 19,  4,-17, 40,-25,-38;
/I:         I=-33; MI=0; MD=-84; IM=0; DM=-84;
/M: SY='H';  M=-29,-58,-33,-22,-21,-47,125,-58,-34,-47,-16,  2, 27,  2,-15,-20,-37,-58,-69, -8;
/M: SY='D';  M=-27,-32, 63, 13,-32, -9,-35,-44, -3,-32,-46, 15, 18,-23, -2, 14, 30,-47,-62,-19;
/I:         I=-36; MI=0; MD=-90; IM=0; DM=-90;
/M: SY='G';  M=-12,-53, 35,-34,-59, 73,-42,-62,-11,-60,-51, -2,-35,-28, -6, 15,-21,-49,-57,-51;
/M: SY='P';  M=  2,-50,-13, -2,-17, 14,-42, -4,-31,-38,-29,-20, 51,-12,-14, 46,  6,-12,-56,-45;
/M: SY='E';  M=-19,-55, 35, 66,-55,-14, 32,-54,-14,-30,-28, -1, 14,  6,-29,  8,-25,-36,-61,-35;
/M: SY='P';  M= 10,-29, 29, -6,-49,-11, 11,-11,-18,-27,-18,-24, 33,-29,-27, 32, 33, -2,-61,-44;
/M: SY='T';  M=-11,-50,-24,-18,-17, 16, -3,-17,-18,-12,-27,-27,  2, 35,  8,  5, 44, -4, 20,-10;
/M: SY='S';  M=-11,-51,  9, 25,-38, -8, 15,-37,  3,-26,-10,-30,-13, 26, -5, 44, 10,-15, 30,-40;
/I:         I=-36; MI=0; MD=-90; IM=0; DM=-90;
/M: SY='D';  M=-30,-57, 98, -1, -5,-31,-22,-42,-34,-21,-50,-19,-47,-34,-13,-35,-36,-21,-68,-30;
/M: SY='Q';  M=-10,-33, -1, -6,-33,-23, 27,-17,-25,-22,-22,  6,-45, 62,  1, 37, 22,-22,-56,-14;
/M: SY='F';  M=-43,-17,-64,-59, 88,-62,-47, 23,-56, 35, 10,-56,-61,-58,-54,-52,-42, -8,-30, -2;
/M: SY='T';  M= -7,-29,-19, 14,-18,-37,  3,-10, -5,-30,-10,-18,-24, 21, 17, 17, 33, 25,-55, -5;
/M: SY='F';  M=-46,-48,-63,-57, 77,-62,-47,  4,-55, 47,  9,-57,-61,-56,-53,-52,-41, 20,-34,  1;
/M: SY='E';  M=-32,-53,  4, 46,-44,-46,  0,-21,  1,-15,-18,-32,-44, 34, 21, 33, -3,-14, -1, 13;
/M: SY='V';  M=  6,  6,  9,-47,-11,-55,-53, 14,-50, 24, 13,-39,-55,-49,-52,-42,-32, 65,-59,-37;
/M: SY='S';  M= -9,-46,-34, 13,-32,  6,-15,-37,-26,-32,-21, -5,-42, 10,-31, 56, 42,-15, 35,-28;
/I:         E1=0; IE=-380; DE=-380;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_02 which contains 571'282 sequence entries.

Total number of hits	153 in 12 different sequences
Number of true positive hits	153 in 12 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	15
Feature key [info]	REPEAT
Feature description [info]	CSPG
Version [info]	1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

12 sequences

CSPG4_HUMAN (Q6UVK1), CSPG4_MOUSE (Q8VHY0), CSPG4_RAT   (Q00657),

FRAS1_HUMAN (Q86XX4), FRAS1_MOUSE (Q80T14), FREM1_HUMAN (Q5H8C1), 
FREM1_MOUSE (Q684R7), FREM2_HUMAN (Q5SZK8), FREM2_LYTVA (Q9GV77), 
FREM2_MOUSE (Q6NVD0), FREM3_HUMAN (P0C091), FREM3_MOUSE (Q5H8B9)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

3 PDB

7ML7; 7N8X; 7N9Y